单细胞与空转测序相关文章
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当前共找到 27773 篇文献，本页显示第 2141 - 2160 篇。
| 序号 | 推送日期 | 文章 | 类型 | 简述 | 创新点 | 不足 | 研究目的 | 研究对象 | 领域 | 病种 | 技术 | 模型 | 数据类型 | 样本量 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 2141 | 2025-04-25 |
Defining the host dependencies and the transcriptional landscape of RSV infection and bystander activation
2025-Mar-26, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2025.03.26.645108
PMID:40196489
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研究论文 | 本文通过全基因组CRISPR敲除筛选和单细胞RNA测序技术，研究了RSV感染的宿主决定因素及宿主反应，包括感染细胞和未感染的旁观者细胞 | 结合CRISPR筛选和单细胞RNA测序揭示了RSV感染和旁观者激活细胞的转录差异，并识别了多个对病毒感染重要的宿主因子 | 研究结果需要进一步验证和假设测试 | 提高对RSV感染的宿主决定因素和宿主反应的理解 | RSV感染的细胞和未感染的旁观者细胞 | 基因组学 | 呼吸道感染 | 全基因组CRISPR敲除筛选, 单细胞RNA测序 | NA | 基因组数据, 转录组数据 | NA |
| 2142 | 2025-04-25 |
Comparative analysis of nuclei isolation methods for brain single-nucleus RNA sequencing
2025-Mar-26, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2025.03.25.645306
PMID:40196571
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研究论文 | 比较分析不同脑组织单核RNA测序中核分离方法的效果 | 首次系统比较了三种机制不同的核分离方法对核完整性和后续数据质量的影响 | 研究仅针对脑组织，未涵盖其他组织类型 | 评估不同核分离方法对单核RNA测序数据质量和生物学解释的影响 | 脑组织中的细胞核 | 单细胞测序 | NA | 单核RNA测序(snRNA-seq) | NA | RNA测序数据 | 使用三种不同核分离方法的脑组织样本 |
| 2143 | 2025-04-25 |
CellBouncer, A Unified Toolkit for Single-Cell Demultiplexing and Ambient RNA Analysis, Reveals Hominid Mitochondrial Incompatibilities
2025-Mar-23, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2025.03.23.644821
PMID:40166335
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research paper | 介绍了一个名为CellBouncer的计算工具包，用于解复用和分析来自混合实验的单细胞测序数据 | CellBouncer能够分离和量化多物种和多个体细胞混合物，识别细胞中未知的线粒体单倍型，从脂质共轭条形码或CRISPR sgRNAs分配处理，并推断池组成，性能优于现有方法 | NA | 开发一个计算工具包，用于解复用和分析单细胞测序数据，以支持混合实验的设计 | 单细胞测序数据，特别是来自混合实验的数据 | 生物信息学 | NA | 单细胞测序 | NA | 单细胞测序数据 | 10个细胞融合系 |
| 2144 | 2025-04-25 |
Cardiac Fibroblasts regulate myocardium and coronary vasculature development via the collagen signaling pathway
2025-Mar-20, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2024.09.11.612512
PMID:39314489
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research paper | 该研究揭示了心脏成纤维细胞通过胶原信号通路调控心肌和冠状动脉血管发育的机制 | 首次系统研究了心脏成纤维细胞与心肌细胞、血管内皮细胞在发育过程中的相互作用关系，并确定了胶原信号通路的关键调控作用 | 研究主要基于小鼠模型，在人类心脏发育中的适用性需要进一步验证 | 探究心脏成纤维细胞在心肌和血管发育过程中的功能机制 | 小鼠心脏成纤维细胞、心肌细胞和血管内皮细胞 | 发育生物学 | 心血管疾病 | RNA染色、单细胞mRNA测序(scRNA-seq)、Pdgfra-CreER控制的DTA消融系统 | NA | 基因表达数据、单细胞测序数据 | 不同发育阶段的小鼠心脏组织 |
| 2145 | 2025-04-25 |
scMEDAL for the interpretable analysis of single-cell transcriptomics data with batch effect visualization using a deep mixed effects autoencoder
2025-Mar-19, Research square
DOI:10.21203/rs.3.rs-6081478/v1
PMID:40166015
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研究论文 | 本文提出了一种名为scMEDAL的框架，用于分析单细胞转录组数据，通过深度混合效应自编码器可视化批次效应 | scMEDAL通过两个互补的自编码器网络分别建模批次不变和批次特异性效应，支持回顾性分析，如预测细胞在不同批次中的表达 | NA | 解决单细胞RNA测序数据中技术和生物批次效应的混杂问题 | 单细胞转录组数据 | 生物信息学 | 自闭症、白血病、心血管疾病 | scRNA-seq | 深度混合效应自编码器 | 单细胞转录组数据 | NA |
| 2146 | 2025-04-25 |
Accurate trajectory inference in time-series spatial transcriptomics with structurally-constrained optimal transport
2025-Mar-19, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2025.03.19.644194
PMID:40166168
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research paper | 提出了一种基于最优传输的时空轨迹推断方法SOCS，用于时间序列空间转录组数据，以保持生物结构单元的完整性 | SOCS方法在时间序列空间转录组数据中保持生物结构单元的完整性，结合基因表达相似性和全局几何结构，提供更准确的轨迹推断 | 未提及具体的数据集或实验验证范围，可能缺乏广泛的适用性验证 | 开发一种能够保持生物结构单元完整性的轨迹推断方法，用于时间序列空间转录组数据 | 时间序列空间转录组数据中的生物结构单元 | computational biology | NA | optimal transport | SOCS | spatial transcriptomics data | NA |
| 2147 | 2025-04-25 |
Lineage Tracing Reveals Clone-Specific Responses to Doxorubicin in Triple-Negative Breast Cancer
2025-Mar-19, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2025.03.18.643980
PMID:40166195
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research paper | 使用克隆追踪系统ClonMapper结合单细胞RNA测序技术，研究三阴性乳腺癌对阿霉素的克隆特异性反应 | 揭示了在阿霉素治疗过程中，三阴性乳腺癌中存在两种转录组学上不同的克隆亚群，且克隆对治疗的反应与克隆身份无关 | 研究仅基于模型系统，未涉及临床患者数据 | 阐明三阴性乳腺癌对阿霉素治疗的克隆特异性反应 | 三阴性乳腺癌模型 | digital pathology | breast cancer | scRNA-seq | NA | RNA sequencing data | NA |
| 2148 | 2025-04-25 |
Spatial Transcriptomics Identifies Immune-Stromal Niches Associated with Cancer in Adult Dermatomyositis
2025-Mar-19, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2025.03.19.644147
PMID:40166232
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研究论文 | 通过空间和单细胞转录组学分析，揭示了成人皮肌炎中与癌症相关的独特免疫和基质微环境 | 首次全面绘制了成人皮肌炎中免疫和基质细胞的空间分布图，并发现了与癌症相关的特定免疫浸润模式 | 研究样本可能有限，未明确说明样本数量，且结果需要进一步验证 | 探索成人皮肌炎中免疫和基质微环境与癌症的关联 | 成人皮肌炎患者的皮肤组织 | 数字病理学 | 皮肌炎 | 空间转录组学, 单细胞转录组学 | NA | 转录组数据 | 未明确说明 |
| 2149 | 2025-04-25 |
Machine learning predictions from unpredictable chaos
2025-Mar-19, ArXiv
PMID:40166748
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research paper | 本文介绍了一种名为混沌学习的新颖多尺度拓扑范式，能够从混沌系统中进行准确预测 | 首次提出混沌学习范式，通过多尺度拓扑拉普拉斯算子将现实世界数据嵌入到交互式混沌动力系统中，实现对混沌系统的定量预测 | NA | 改变对混沌的传统认知，建立拓扑、混沌和学习之间的桥梁 | 混沌系统及其预测能力 | machine learning | NA | 多尺度拓扑拉普拉斯算子 | NA | 脑电波数据、蛋白质数据、单细胞RNA测序数据、图像数据 | 28个数据集（10个脑电波数据集、4个基准蛋白质数据集、13个单细胞RNA测序数据集和1个图像数据集）以及Lorenz和Rossler吸引子两个混沌动力系统 |
| 2150 | 2025-04-25 |
VISTA Uncovers Missing Gene Expression and Spatial-induced Information for Spatial Transcriptomic Data Analysis
2025-Mar-18, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2024.08.26.609718
PMID:40166134
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研究论文 | 本文介绍了一种名为VISTA的新方法，用于预测空间转录组数据中未观测基因的表达水平 | VISTA通过变分推理和几何深度学习联合建模scRNA-seq数据和SST数据，并引入不确定性量化 | NA | 解决空间转录组技术中基因表达信息缺失的问题 | 空间转录组数据 | 生物信息学 | NA | scRNA-seq, SST | 几何深度学习 | 基因表达数据 | 四个SST数据集 |
| 2151 | 2025-04-25 |
Human Neonatal MR1T Cells Have Diverse TCR Usage, are Less Cytotoxic and are Unable to Respond to Many Common Childhood Pathogens
2025-Mar-18, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2025.03.17.643805
PMID:40166301
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research paper | 该研究探讨了新生儿MR1T细胞的TCR使用多样性、细胞毒性降低以及对常见儿童病原体反应能力的不足 | 揭示了新生儿MR1T细胞与成人相比具有更丰富的TCR多样性、较低的细胞毒性和对常见儿童病原体识别能力的限制 | 研究样本量较小（n=5新生儿和n=5成人），且仅针对特定MR1T细胞亚群进行了分析 | 理解新生儿免疫细胞发育特点及其对感染的易感性 | 新生儿和成人的MR1T细胞 | 免疫学 | 新生儿败血症 | 单细胞RNA测序/TCR测序（scRNA-seq/scTCR-seq） | NA | 基因表达数据和TCR序列数据 | 5例新生儿脐带血样本和5例成人样本 |
| 2152 | 2025-04-25 |
Co-regulator activity of Mediator of DNA Damage Checkpoint 1 (MDC1) is associated with DNA repair dysfunction and PARP inhibitor sensitivity in lobular carcinoma of the breast
2025-Mar-17, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2023.10.29.564555
PMID:39677775
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research paper | 该研究探讨了乳腺浸润性小叶癌（ILC）中DNA损伤检查点中介蛋白1（MDC1）的共调节活性与DNA修复功能障碍及PARP抑制剂敏感性的关联 | 揭示了MDC1在ILC细胞中独特的共调节活性及其与DNA修复功能障碍的关系，并发现这种功能障碍可被PARP抑制剂靶向治疗 | 研究主要基于细胞和动物模型，临床样本数据有限 | 探究ILC中MDC1的共调节活性与DNA修复功能障碍的分子机制及其治疗潜力 | 乳腺浸润性小叶癌（ILC）细胞和肿瘤组织 | 癌症生物学 | 乳腺癌 | 单细胞转录组分析、DNA修复活性分析 | NA | 转录组数据、功能实验数据 | 多个ILC异种移植模型 |
| 2153 | 2025-04-25 |
Periplakin Attenuates Liver Fibrosis via Reprogramming CD44Low Cells into CD44High Liver Progenitor Cells
2025-Mar-17, Cellular and molecular gastroenterology and hepatology
IF:7.1Q1
DOI:10.1016/j.jcmgh.2025.101498
PMID:40107450
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研究论文 | 本文研究了periakin（PPL）通过将CD44Low细胞重编程为CD44High肝脏祖细胞（LPCs）来减轻肝纤维化的机制 | 发现PPL+CD44Low细胞可以重编程为PPL+CD44High LPCs，并提出PPL在治疗肝纤维化中的潜在应用 | 研究机制尚不完全清楚，且实验主要基于小鼠模型，人类应用的可行性需进一步验证 | 探索PPL在肝纤维化中的作用及其潜在治疗应用 | 肝纤维化患者和小鼠模型中的肝脏祖细胞（LPCs） | 肝脏病理学 | 肝纤维化 | 单细胞测序、腺病毒转染 | NA | 基因表达数据、单细胞测序数据 | 人类肝纤维化患者样本和小鼠模型 |
| 2154 | 2025-04-25 |
Inhibition of astrocyte signaling leads to sex-specific changes in microglia phenotypes in a diet-based model of small cerebral vessel disease
2025-Mar-17, Research square
DOI:10.21203/rs.3.rs-6198453/v1
PMID:40166012
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research paper | 该研究探讨了高同型半胱氨酸血症（HHcy）饮食模型中，星形胶质细胞信号对微胶质细胞表型的性别特异性影响 | 揭示了星形胶质细胞通过CN/NFAT信号通路对微胶质细胞表型的性别特异性调控机制 | 研究仅在小鼠模型中进行，尚未在人类中验证 | 研究HHcy诱导的小脑血管疾病中星形胶质细胞信号对微胶质细胞表型的影响 | C57BL/6J小鼠的星形胶质细胞和微胶质细胞 | 神经科学 | 小脑血管疾病 | 免疫组织化学、单细胞RNA测序（scRNAseq） | 小鼠饮食模型 | 基因表达数据、免疫组织化学图像 | 7-8周龄的雄性和雌性C57BL/6J小鼠 |
| 2155 | 2025-04-25 |
Epigenomic subtypes of late-onset Alzheimer's disease reveal distinct microglial signatures
2025-Mar-17, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2025.03.15.643144
PMID:40166175
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研究论文 | 本研究通过分析全基因组DNA甲基化数据，识别了晚发性阿尔茨海默病的两种表观基因组亚型，并探讨了它们的细胞类型特异性和功能影响 | 首次在晚发性阿尔茨海默病中识别出两种具有不同DNA甲基化模式的表观基因组亚型，并揭示了它们与特定小胶质细胞状态的关联 | 研究基于死后脑组织样本，可能无法完全反映疾病发展过程中的动态变化 | 探索晚发性阿尔茨海默病的分子异质性，为精准医疗提供基础 | 晚发性阿尔茨海默病患者脑组织 | 表观遗传学 | 阿尔茨海默病 | 全基因组DNA甲基化分析、RNA测序（包括单细胞RNA测序） | 无监督聚类方法 | 表观遗传数据、转录组数据 | 三个独立队列共831例死后脑组织样本 |
| 2156 | 2025-04-25 |
High-throughput single cell -omics using semi-permeable capsules
2025-Mar-17, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2025.03.14.642805
PMID:40166174
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research paper | 介绍了一种基于半透性胶囊（SPCs）的高通量单细胞组学技术，用于多种核酸分析 | SPCs技术支持单细胞长期培养和克隆扩增，克服了液滴微流控系统的基本限制，提供了更高的转录本捕获效率 | NA | 开发一种高效、可扩展的单细胞组学技术，用于研究复杂和异质的生物系统 | 白细胞（特别是造血系统疾病患者的白细胞） | 单细胞组学 | 急性髓系白血病（AML） | 数字PCR、基因组测序、单细胞RNA测序（scRNA-Seq）、基于FACS的分离 | NA | 核酸序列数据 | 造血系统疾病患者的白细胞样本 |
| 2157 | 2025-04-25 |
Intrinsic OASL expression licenses interferon induction during influenza A virus infection
2025-Mar-17, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2025.03.14.643375
PMID:40166309
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research paper | 该研究揭示了在甲型流感病毒(IAV)感染期间，固有OASL表达对干扰素诱导的关键作用 | 发现了ISGs（尤其是OASL）的固有表达在促进干扰素诱导中的新作用，并提供了关于先天免疫激活中细胞间异质性调控机制的新见解 | 研究主要关注IAV感染，其他病毒感染情况未涉及 | 识别决定细胞在病毒感染时产生干扰素能力差异的宿主因素 | 甲型流感病毒(IAV)感染的细胞 | 免疫学 | 流感 | scRNA-seq | NA | 基因表达数据 | NA |
| 2158 | 2025-04-25 |
Investigating pulmonary neutrophil responses to inflammation in mice via flow cytometry
2025-Mar-14, Journal of leukocyte biology
IF:3.6Q2
DOI:10.1093/jleuko/qiae189
PMID:39212489
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研究论文 | 本文描述了一种通过流式细胞术评估小鼠肺部中性粒细胞表型的详细实验方案 | 提供了一种详细的实验方案，用于评估由真菌细胞壁颗粒zymosan诱导的无菌炎症小鼠模型中的肺部中性粒细胞表型 | 实验方案仅适用于小鼠模型，未涉及人类或其他动物模型 | 探索中性粒细胞在肺部生理和病理条件下的复杂功能 | 小鼠肺部中性粒细胞 | NA | 肺部炎症 | 流式细胞术 | NA | 细胞表型数据 | 小鼠模型 |
| 2159 | 2025-04-25 |
scooby: Modeling multi-modal genomic profiles from DNA sequence at single-cell resolution
2025-Mar-13, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2024.09.19.613754
PMID:39345504
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研究论文 | 介绍了一种名为scooby的框架，用于在单细胞分辨率下从DNA序列建模多模态基因组图谱 | 首个在单细胞分辨率下建模scRNA-seq覆盖度和scATAC-seq插入图谱的框架，利用预训练的多组学预测模型Borzoi作为基础模型，并配备了细胞特异性解码器 | 未明确提及具体限制，但可能受限于单细胞多模态技术的复杂性和数据稀疏性 | 理解调控DNA元件如何影响单个细胞中的基因表达，构建统一的基因调控模型 | 单细胞多模态基因组数据，包括scRNA-seq和scATAC-seq数据 | 基因组学 | NA | scRNA-seq, scATAC-seq, 多模态基因组分析 | Borzoi, 细胞特异性解码器 | 基因组序列, 单细胞多模态数据 | 未明确提及具体样本数量，但应用于造血数据集 |
| 2160 | 2025-04-25 |
A Latent Activated Olfactory Stem Cell State Revealed by Single-Cell Transcriptomic and Epigenomic Profiling
2025-Mar-13, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2023.10.26.564041
PMID:37961539
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研究论文 | 通过单细胞转录组和表观基因组分析揭示了一种潜在的激活嗅觉干细胞状态 | 结合基因表达和可及染色质图谱，识别了激活干细胞在细胞命运指定阶段的转录异质性，并发现了一组在受伤前就准备好激活的静息细胞 | NA | 研究嗅觉上皮干细胞在损伤诱导再生过程中的分子机制 | 嗅觉上皮干细胞 | 单细胞测序 | NA | 单细胞测序 | NA | 转录组和表观基因组数据 | NA |