单细胞与空转测序相关文章

序号	推送日期	文章	类型	简述	创新点	不足	研究目的	研究对象	领域	病种	技术	模型	数据类型	样本量
2141	2025-04-04	Deciphering shared molecular dysregulation across Parkinson's disease variants using a multi-modal network-based data integration and analysis 2025-Mar-31, NPJ Parkinson's disease DOI:10.1038/s41531-025-00914-3 PMID:40164620	research paper	该研究通过整合多模态数据和构建知识图谱，探索帕金森病不同变异之间的共同分子失调机制	利用患者特异性中脑类器官的高通量成像和RNA测序数据构建知识图谱，并首次在特发性帕金森病患者中发现与单基因型帕金森病共同的转录组失调	研究主要基于体外类器官模型，可能无法完全反映人体内复杂的病理生理过程	探索帕金森病不同变异形式之间的共同生物医学特征	携带LRRK2-G2019S、SNCA三倍体、GBA-N370S或MIRO1-R272Q突变的PD患者特异性中脑类器官，以及特发性PD患者(IPD)的中脑类器官	systems biomedicine	Parkinson's disease	high-content imaging, RNA sequencing, single-cell RNA sequencing	knowledge graph	omics data, imaging data	多种基因突变的PD患者特异性中脑类器官和特发性PD患者类器官
2142	2025-04-04	Identification of drug-resistant individual cells within tumors by semi-supervised transfer learning from bulk to single-cell transcriptome 2025-Mar-31, Communications biology IF:5.2Q1 DOI:10.1038/s42003-025-07959-3 PMID:40164749	研究论文	提出一种半监督少样本迁移学习方法SSDA4Drug，用于推断肿瘤中的耐药癌细胞	利用半监督对抗域适应从批量转录组数据向单细胞转录组数据迁移药物敏感性知识，显著提升单细胞药物反应预测性能	需要至少1-2个标记的目标域样本进行迁移学习	开发精确识别肿瘤内耐药单细胞的方法	肿瘤单细胞（肺癌细胞、前列腺癌细胞、口腔鳞状细胞癌细胞）	数字病理	肺癌、前列腺癌、口腔鳞状细胞癌	scRNA-seq	半监督对抗域适应模型	单细胞转录组数据、批量转录组数据	多个独立scRNA-seq数据集
2143	2025-04-04	The neutrophil extracellular trap-related gene FPR1 (formyl peptide receptor 1) as a potential prognostic and therapeutic target in osteosarcoma 2025-Mar-31, BMC musculoskeletal disorders IF:2.2Q3 DOI:10.1186/s12891-024-08231-1 PMID:40165145	研究论文	本研究探讨了中性粒细胞胞外陷阱（NET）相关基因FPR1在骨肉瘤（OS）中的预后意义和生物学功能	首次构建了包含四个NET相关基因（TNFRSF10C、FPR1、BST1和SELPLG）的NET评分模型，用于预测OS患者的预后，并在单细胞分辨率下验证了NET评分模型的作用	研究主要基于公共数据库和体外实验，缺乏体内实验验证	探究FPR1在骨肉瘤中的预后价值和生物学功能	骨肉瘤患者和骨肉瘤细胞系	癌症研究	骨肉瘤	LASSO算法、scRNA-seq、CCK-8实验、transwell实验	NET评分模型	基因表达数据、单细胞RNA测序数据	来自TARGET和GEO（GSE21257）数据库的骨肉瘤数据集，以及GSE162454单细胞RNA测序数据集
2144	2025-04-04	Enhancing anti-CD3 mAb-mediated diabetes remission in autoimmune diabetes through regulation of dynamin-related protein 1(Drp1)-mediated mitochondrial dynamics in exhausted CD8+T-cell subpopulations 2025-Mar-31, BMC medicine IF:7.0Q1 DOI:10.1186/s12916-025-04001-5 PMID:40165248	研究论文	本研究探讨了通过调节线粒体动力学来增强抗CD3单抗在自身免疫性糖尿病中的治疗效果	发现了Lrrk2作为线粒体分裂的关键调节因子，通过磷酸化DRP1影响耗竭CD8+ T细胞亚群的相互转换，并提出了一种新的免疫治疗方法	研究主要基于小鼠模型，人类样本验证相对有限	探索增强抗CD3单抗在1型糖尿病治疗中效果的机制	耗竭CD8+ T细胞亚群	免疫治疗	1型糖尿病	流式细胞术、TCR测序、转录组分析、scRNA-seq	NOD小鼠模型、NY8.3小鼠模型	基因表达数据、单细胞测序数据	NOD小鼠、NY8.3小鼠和1型糖尿病患者的PBMCs
2145	2025-04-04	Chromosome-level genome assembly and single-cell analysis unveil molecular mechanisms of arm regeneration in the ophiuroid Ophiura sarsii vadicola 2025-Mar-31, Genome biology IF:10.1Q1 DOI:10.1186/s13059-025-03542-5 PMID:40165295	研究论文	本研究通过染色体水平基因组组装和单细胞分析揭示了蛇尾类动物Ophiura sarsii vadicola臂再生分子机制	首次报道了Ophiura sarsii vadicola染色体水平基因组，并利用单细胞RNA测序技术揭示了臂再生过程中的细胞动态变化和分子机制	仅针对Ophiura sarsii vadicola这一特定物种进行研究，结果可能不适用于其他蛇尾类动物	探究蛇尾类动物臂再生的分子机制	蛇尾类动物Ophiura sarsii vadicola	基因组学	NA	染色体水平基因组组装、批量RNA测序、单细胞RNA测序	NA	基因组数据、RNA测序数据	NA
2146	2025-04-04	Dynamic single-cell transcriptomic reveals the cellular heterogeneity and a novel fibroblast subpopulation in laryngotracheal stenosis 2025-Mar-31, Biology direct IF:5.7Q1 DOI:10.1186/s13062-025-00639-6 PMID:40165307	research paper	该研究通过动态单细胞转录组测序揭示了喉气管狭窄（LTS）发展过程中的细胞异质性，并发现了一种新的成纤维细胞亚群	首次对LTS进行动态scRNA-seq分析，发现了一种新的成纤维细胞亚群（CIRF），并阐明了SPP1高表达巨噬细胞在纤维化疾病中的重要性	研究仅基于大鼠模型，结果在人类中的适用性需要进一步验证	探索喉气管狭窄（LTS）发展过程中的细胞异质性及其分子机制	LTS大鼠模型的喉气管组织	digital pathology	respiratory disease	scRNA-seq	NA	RNA-seq data	LTS大鼠模型的多时间点喉气管组织样本
2147	2025-04-04	Exploring the mechanisms of PANoptosis in osteoarthritis and the therapeutic potential of andrographolide through bioinformatics and single-cell analysis 2025-Mar-31, Biology direct IF:5.7Q1 DOI:10.1186/s13062-025-00629-8 PMID:40165317	research paper	该研究通过生物信息学和单细胞分析探讨了PANoptosis在骨关节炎中的作用机制以及穿心莲内酯的治疗潜力	首次详细分析了PANoptosis相关基因在骨关节炎中的表达，并探索了穿心莲内酯作为治疗药物的潜力	研究主要基于生物信息学分析和体外实验，缺乏体内实验验证	探索PANoptosis在骨关节炎中的作用机制及潜在治疗药物	骨关节炎患者的软骨组织和软骨细胞	digital pathology	geriatric disease	单细胞RNA测序、分子对接、Western blotting、qRT-PCR	NA	RNA-seq数据、蛋白质数据	NA
2148	2025-04-04	Reference-informed evaluation of batch correction for single-cell omics data with overcorrection awareness 2025-Mar-30, Communications biology IF:5.2Q1 DOI:10.1038/s42003-025-07947-7 PMID:40158033	研究论文	本文提出了一个名为RBET的参考信息统计框架，用于评估单细胞组学数据批次效应校正（BEC）的效果，特别关注过度校正问题	RBET是首个能够敏感检测数据过度校正的统计框架，能够更公平地评估BEC方法的性能	虽然RBET在多种数据集上表现良好，但其在极端批次效应情况下的性能仍需进一步验证	开发一个能够评估单细胞组学数据批次效应校正效果并检测过度校正的统计框架	单细胞RNA测序（scRNA-seq）和单细胞ATAC测序（scATAC-seq）数据	生物信息学	NA	单细胞RNA测序（scRNA-seq），单细胞ATAC测序（scATAC-seq）	统计框架（RBET）	单细胞组学数据	六个真实数据集（包括不同批次数量、批次效应大小和细胞类型数量的scRNA-seq和scATAC-seq数据集）以及大量模拟数据
2149	2025-04-04	Single-cell sequencing uncovers a high ESM1-expression endothelial cell subpopulation associated with bladder cancer progression and the immunosuppressive microenvironment 2025-Mar-30, Scientific reports IF:3.8Q1 DOI:10.1038/s41598-025-95731-2 PMID:40159545	research paper	该研究通过单细胞测序技术揭示了膀胱癌中高表达ESM1的内皮细胞亚群与疾病进展和免疫抑制微环境的关联	首次识别并表征了膀胱癌中高表达ESM1的内皮细胞亚群，揭示了其促肿瘤作用和免疫抑制功能	样本量相对较小，且未进行体内功能验证实验	探究膀胱癌中肿瘤内皮细胞的异质性及其在疾病进展中的作用	膀胱癌组织中的CD45阴性单细胞	digital pathology	bladder cancer	scRNA-seq	pySCENIC	单细胞转录组数据	7,519个CD45阴性单细胞
2150	2025-04-04	SERPINA3 predicts long-term neurological outcomes and mortality in patients with intracerebral hemorrhage 2025-Mar-29, Cell death & disease IF:8.1Q1 DOI:10.1038/s41419-025-07551-x PMID:40157917	研究论文	本研究通过空间转录组学分析慢性脑出血患者的分子特征，发现SERPINA3作为潜在的预后生物标志物，与脑出血患者的长期神经功能结果和死亡率相关	首次将SERPINA3与脑出血患者的长期神经功能结果和死亡率联系起来，并验证其在血浆中的表达水平与疾病严重程度和预后的相关性	需要更大规模的前瞻性队列研究来验证SERPINA3的预后价值	探索脑出血患者长期神经功能结果和死亡率的可靠生物标志物	慢性脑出血患者的脑组织样本和血浆样本，以及小鼠模型	神经科学	脑出血	空间转录组学	小鼠模型	分子表达数据和临床数据	250名脑出血患者和250名健康对照的血浆样本，以及慢性脑出血患者的脑组织样本和小鼠模型
2151	2025-04-04	Single-cell multi-omics analysis reveals the mechanism of action of a novel antioxidant polyphenol nanoparticle loaded with STAT3 agonist in mediating cardiomyocyte ferroptosis to ameliorate age-related heart failure 2025-Mar-29, Journal of nanobiotechnology IF:10.6Q1 DOI:10.1186/s12951-025-03317-x PMID:40158134	研究论文	本研究通过单细胞多组学分析，探讨了一种新型抗氧化多酚纳米颗粒（PN@Col）在改善年龄相关性心力衰竭中的作用机制	首次将抗氧化多酚纳米颗粒与STAT3激动剂结合，靶向心肌细胞铁死亡和氧化应激，为年龄相关性心力衰竭提供新的治疗策略	研究主要基于小鼠模型，尚未进行人体临床试验	探索新型抗氧化纳米颗粒PN@Col在改善年龄相关性心力衰竭中的治疗潜力	心肌细胞和老年心力衰竭小鼠	数字病理学	心血管疾病	单细胞RNA测序（scRNA-seq）和AUCell分析	NA	基因表达数据	老年心力衰竭小鼠模型
2152	2025-04-04	A practical guide for single-cell transcriptome data analysis in neuroscience 2025-Mar-29, Neuroscience research IF:2.4Q3 DOI:10.1016/j.neures.2025.03.006 PMID:40164433	教程	本文为神经科学领域中的单细胞转录组数据分析提供实用指南	专注于神经科学中的scRNA-seq数据分析，提供从质量控制到差异表达分析的完整工作流程，并强调结果的生物学解释	主要基于Seurat R包进行分析，可能未涵盖其他分析工具或方法	提高神经科学中scRNA-seq研究的可靠性和可重复性，支持对细胞机制和脑功能及疾病的研究	单细胞RNA测序数据	生物信息学	神经系统疾病	scRNA-seq	NA	基因表达数据	NA
2153	2025-04-04	Determining composition and distribution of nicotinic acetylcholine receptors in mouse ventral tegmental area brain region with single-cell sequencing approach 2025-Mar-28, Nicotine & tobacco research : official journal of the Society for Research on Nicotine and Tobacco IF:3.0Q2 DOI:10.1093/ntr/ntaf075 PMID:40177951	研究论文	本研究通过单细胞测序方法确定了小鼠腹侧被盖区（VTA）脑区中尼古丁乙酰胆碱受体（nAChRs）的组成和分布	首次在单细胞水平上揭示了VTA区nAChR亚基的组成和分布，并预测了不同神经元中nAChR亚基的潜在组合	研究仅基于小鼠模型，结果是否适用于人类尚需验证	探究尼古丁乙酰胆碱受体在腹侧被盖区单细胞水平的分布和组成	C57BL/6小鼠的腹侧被盖区细胞	神经科学	NA	单细胞核测序, scFEA, hdWGCNA	NA	单细胞测序数据	6只小鼠的53,855个VTA细胞
2154	2025-04-04	Single-cell and spatial analyses reveal the effect of VSIG4+S100A10+TAMs on the immunosuppression of glioblastoma and anti-PD-1 immunotherapy 2025-Mar-22, International journal of biological macromolecules IF:7.7Q1 DOI:10.1016/j.ijbiomac.2025.142415 PMID:40127797	研究论文	本研究通过单细胞和空间分析揭示了VSIG4+S100A10+TAMs对胶质母细胞瘤免疫抑制及抗PD-1免疫疗法的影响	首次证明VSIG4S100A10TAM是胶质母细胞瘤预后不良的独立指标，并显著积累于对抗PD-1免疫疗法无反应的患者中	研究样本量较小（16例患者样本），可能影响结果的普遍性	探索巨噬细胞对胶质母细胞瘤免疫疗法效果的影响，以提升治疗效果	胶质母细胞瘤（GBM）患者的肿瘤相关巨噬细胞（TAMs）	数字病理学	胶质母细胞瘤	bulk RNA-seq, scRNA-seq, 空间转录组学, 流式细胞术, 多重免疫荧光（mIF）	NA	RNA-seq数据, 单细胞数据, 空间转录组数据, 流式细胞数据	16例患者样本
2155	2025-04-04	Spatial lipidomics reveals sphingolipid metabolism as anti-fibrotic target in the liver 2025-Mar-22, Metabolism: clinical and experimental DOI:10.1016/j.metabol.2025.156237 PMID:40127860	研究论文	本研究通过空间脂质组学揭示了鞘脂代谢作为肝脏抗纤维化的潜在靶点	整合了空间脂质组学、转录组学、成像质谱流式细胞术（IMC）和已发表的空间及单细胞RNA测序（scRNA-seq）数据，首次在纤维化区域发现超过40种脂质富集，特别是鞘磷脂（SM）34:1，并证实抑制鞘脂代谢具有抗纤维化效果	研究样本量相对有限，且主要在动物模型和体外实验中验证抗纤维化效果，尚未进行大规模临床验证	探索脂肪肝疾病（SLD）中脂毒性和脂质代谢失调的具体机制，以及不同肝细胞类型在纤维化中的作用，以开发新的治疗方法	脂肪肝疾病患者和3种小鼠模型的肝组织，以及肝星状细胞（HSCs）和人精确切割肝切片（hPCLSs）	数字病理学	脂肪肝疾病	空间脂质组学、转录组学、成像质谱流式细胞术（IMC）、单细胞RNA测序（scRNA-seq）	NA	组织样本、测序数据、图像数据	脂肪肝疾病患者和3种小鼠模型的肝组织
2156	2025-04-04	LSD1 inhibition corrects dysregulated MHC-I and dendritic cells activation through IFNγ-CXCL9-CXCR3 axis to promote antitumor immunity in HNSCC 2025-Mar-17, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2025.03.17.643710 PMID:40166238	研究论文	本研究探讨了LSD1抑制在头颈鳞状细胞癌（HNSCC）中通过IFNγ-CXCL9-CXCR3轴调节MHC-I和树突状细胞激活以促进抗肿瘤免疫的机制	发现LSD1抑制通过上调MHC-I和诱导树突状细胞产生CXCL9，进而通过CXCL9-CXCR3轴激活CD8+ T细胞产生IFNγ，揭示了LSD1在抗肿瘤免疫中的新机制	研究主要基于小鼠模型和体外实验，尚未在人类临床试验中验证	阐明LSD1在HNSCC抗肿瘤免疫中的作用机制	头颈鳞状细胞癌（HNSCC）小鼠模型和人类HNSCC细胞	肿瘤免疫学	头颈鳞状细胞癌	流式细胞术、单细胞RNA-seq分析	小鼠HNSCC模型、人类HNSCC细胞与PBMCs共培养模型	基因表达数据、流式细胞数据	小鼠模型和人类PBMCs共培养实验
2157	2025-04-04	Revealing a coherent cell state landscape across single cell datasets with CONCORD 2025-Mar-15, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2025.03.13.643146 PMID:40161827	研究论文	本文介绍了一种名为CONCORD的自监督对比学习框架，用于单细胞RNA测序数据的降维和整合	CONCORD通过概率性、数据集和邻域感知的采样策略，提高了细胞状态的分辨率并减少了批次效应	NA	解决单细胞RNA测序数据中细胞状态景观的复杂结构解析问题	单细胞RNA测序数据	机器学习	NA	scRNAseq	对比学习框架	单细胞RNA测序数据	NA
2158	2025-04-04	Transcriptomic and genetic analysis suggests a role for mitochondrial dysregulation in schizophrenia 2025-Mar-15, medRxiv : the preprint server for health sciences DOI:10.1101/2025.03.14.25323827 PMID:40162239	研究论文	该研究通过整合遗传分析和单核RNA测序，揭示了精神分裂症中线粒体功能障碍等细胞类型特异性病因相关扰动	整合遗传分析与单核RNA测序技术，首次在精神分裂症中系统揭示了不同神经元亚型及胶质细胞的转录组变化与线粒体功能障碍的关联	样本量相对有限（43例患者和42例对照），且仅分析了背侧前额叶皮层（Brodmann Area 8/9）区域	阐明精神分裂症的细胞类型特异性分子机制	精神分裂症患者和神经典型对照的背侧前额叶皮层组织	神经科学	精神分裂症	单核RNA-seq（snRNA-seq）、表达数量性状位点分析（eQTL）、全转录组关联分析（TWAS）	NA	转录组数据	85例（43例精神分裂症患者和42例对照）的536,618个细胞核
2159	2025-04-04	Response to anti-angiogenic therapy is affected by AIMP protein family activity in glioblastoma and lower-grade gliomas 2025-Mar-14, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2025.03.13.643116 PMID:40161601	research paper	该研究探讨了AIMP蛋白家族在胶质母细胞瘤和低级别胶质瘤中对抗血管生成治疗反应的影响	首次揭示了AIMP1/2/3在胶质瘤血管生成中的作用，并发现AIMP2可作为抗血管生成治疗反应的预测生物标志物	研究为回顾性分析，需要前瞻性临床试验验证AIMP2的预测价值	探索AIMP蛋白家族在胶质瘤血管生成中的作用及其作为抗血管生成治疗反应预测标志物的潜力	胶质母细胞瘤和低级别胶质瘤患者样本	digital pathology	glioblastoma	multi-omic分析（转录组学、表观遗传学、蛋白质组学）和单细胞转录组学	Cox比例风险模型	转录组数据、表观遗传数据、蛋白质组数据和单细胞转录组数据	来自TCGA、CGGA、Rembrandt、Gravendeel、BELOB和REGOMA试验的胶质瘤样本，以及四个单细胞转录组数据集
2160	2025-04-04	Contribution of germline and somatic mutations to risk of neuromyelitis optica spectrum disorder 2025-Mar-12, Cell genomics IF:11.1Q1 DOI:10.1016/j.xgen.2025.100776 PMID:39986280	研究论文	本研究通过基因组范围荟萃分析和单细胞RNA测序技术，探讨了种系和体细胞突变对神经脊髓炎视神经谱系障碍（NMOSD）风险的贡献	首次整合种系和体细胞突变分析，揭示了CCR6风险变异和体细胞嵌合染色体改变（mCAs）与NMOSD发病机制的关联	研究样本量相对较小（240例患者和50,578例对照），且主要针对日本人群，结果可能不适用于其他种族	阐明神经脊髓炎视神经谱系障碍（NMOSD）的遗传背景	日本人群中的NMOSD患者（240例）和对照（50,578例），以及单细胞RNA测序分析的25例患者和101例对照	基因组学	神经脊髓炎视神经谱系障碍（NMOSD）	全基因组荟萃分析、单细胞RNA测序（scRNA-seq）	NA	基因组数据、单细胞RNA测序数据	基因组荟萃分析：240例患者和50,578例对照；scRNA-seq分析：25例患者和101例对照