单细胞与空转测序相关文章

序号	推送日期	文章	类型	简述	创新点	不足	研究目的	研究对象	领域	病种	技术	模型	数据类型	样本量
2141	2025-07-12	Study on the mechanism of action of the active ingredient of Calculus Bovis in the treatment of sepsis by integrating single-cell sequencing and machine learning 2025-Apr-18, Medicine IF:1.3Q2 DOI:10.1097/MD.0000000000042184 PMID:40258762	研究论文	本研究通过整合单细胞测序和机器学习，探讨了牛黄活性成分在治疗脓毒症中的作用机制	结合网络药理学、RNA测序和多种机器学习模型（XGBoost、SVM、决策树、KNN）分析牛黄活性成分的治疗机制，并通过分子对接和分子动力学模拟验证结合亲和力与稳定性	研究依赖于公共数据库数据，未进行实验验证	探索牛黄活性成分在脓毒症治疗中的作用机制	牛黄活性成分及脓毒症相关基因	机器学习	脓毒症	RNA测序、单细胞RNA测序、分子对接、分子动力学模拟	XGBoost、SVM、Decision Tree、KNN	基因表达数据	来自中国国家基因库数据库的脓毒症数据及GSE65682数据库的预后相关基因数据
2142	2025-07-12	FLASH radiation reprograms lipid metabolism and macrophage immunity and sensitizes medulloblastoma to CAR-T cell therapy 2025-Mar, Nature cancer IF:23.5Q1 DOI:10.1038/s43018-025-00905-6 PMID:39910249	研究论文	本文探讨了FLASH放疗对髓母细胞瘤中巨噬细胞免疫和脂质代谢的重编程作用，以及其对CAR-T细胞疗法的增敏效果	首次揭示了FLASH放疗通过调节巨噬细胞脂质代谢逆转肿瘤免疫抑制的机制，并展示了其与CAR-T细胞疗法的协同效应	研究仅基于小鼠模型，尚未在人体临床试验中验证	探究FLASH放疗对肿瘤免疫微环境的影响及其与免疫治疗的协同作用	髓母细胞瘤小鼠模型中的巨噬细胞和CAR-T细胞	肿瘤免疫治疗	髓母细胞瘤	单细胞转录组分析，CAR-T细胞疗法	基因工程小鼠模型	基因表达数据	未明确说明具体样本数量的小鼠模型
2143	2025-07-12	Conserved patterns of transcriptional dysregulation, heterogeneity, and cell states in clear cell kidney cancer 2025-01-28, Cell reports IF:7.5Q1 DOI:10.1016/j.celrep.2024.115169 PMID:39792555	研究论文	通过单细胞转录组学分析透明细胞肾癌中的转录失调模式和细胞状态	识别了肿瘤和血管系统中保守的转录失调模式及其上游调控因子，揭示了与转移潜力相关的Chr14q缺失的亚克隆转录后果，以及预后显著的肿瘤内转录异质性模式	样本量相对较小（75个多区域活检），且仅针对透明细胞肾癌	理解透明细胞肾癌中转录程序的保守模式和细胞状态，以推动新的癌症治疗方法	透明细胞肾癌肿瘤组织和正常肾脏组织的多区域活检样本	数字病理学	肾癌	单细胞转录组学	NA	转录组数据	75个多区域活检样本（来自肾肿瘤和正常肾脏）
2144	2025-07-12	Targeting mitophagy in diabetic retinopathy: novel insights into SQSTM1/BNIP3L pathway regulated by luteolin 2025, Frontiers in pharmacology IF:4.4Q1 DOI:10.3389/fphar.2025.1593213 PMID:40635752	研究论文	本研究探讨了木犀草素通过SQSTM1/BNIP3L通路激活线粒体自噬在糖尿病视网膜病变中的治疗潜力	揭示了木犀草素通过SQSTM1/BNIP3L通路激活线粒体自噬的新机制，并建立了单核细胞活性与DR进展之间的新联系	木犀草素的具体分子机制尚未完全阐明	探索木犀草素对糖尿病视网膜病变的治疗作用及其分子机制	糖尿病视网膜病变患者的外周血单核细胞和视网膜组织	医学研究	糖尿病视网膜病变	单细胞RNA测序(scRNA-Seq)、分子对接模拟、DCFDA测定、H&E和PAS染色、ELISA、免疫荧光、免疫组化、Western blotting	NA	单细胞RNA测序数据、蛋白质表达数据	糖尿病视网膜病变患者的外周血单核细胞和视网膜组织样本
2145	2025-07-12	Integrated single-cell and bulk RNA dequencing to identify and validate prognostic genes related to T Cell senescence in acute myeloid leukemia 2025, Frontiers in bioinformatics IF:2.8Q2 DOI:10.3389/fbinf.2025.1606284 PMID:40635996	研究论文	本研究通过整合单细胞和批量RNA测序数据，识别并验证了与急性髓性白血病（AML）中T细胞衰老相关的预后基因	结合单细胞RNA测序和批量RNA测序数据，识别了与AML进展相关的T细胞衰老基因，并构建了一个新的AML风险模型	研究依赖于公开数据库的数据，可能受到样本量和数据质量的限制	探索T细胞衰老相关基因在AML进展中的作用，并构建预测模型	急性髓性白血病（AML）患者	生物信息学	急性髓性白血病	scRNA-seq, RNA-seq, RT-qPCR	风险模型	RNA测序数据	来自TCGA数据库的AML患者数据，以及GSE116256、GSE114868和GSE71014数据集
2146	2025-07-12	Single-cell transcriptome and multi-omics integration reveal ferroptosis-driven immune microenvironment remodeling in knee osteoarthritis 2025, Frontiers in immunology IF:5.7Q1 DOI:10.3389/fimmu.2025.1608378 PMID:40636124	研究论文	本研究通过单细胞转录组和多组学整合揭示了铁死亡驱动的膝关节骨关节炎免疫微环境重塑	首次在单细胞分辨率下探索铁死亡与免疫功能障碍的相互作用，并鉴定出KOA的诊断生物标志物	样本量相对较小（单细胞数据n=11，批量RNA-seq队列分别为20/18和8/4）	解析铁死亡驱动的免疫重塑并鉴定KOA的诊断生物标志物	膝关节骨关节炎（KOA）患者的软骨细胞和免疫微环境	生物信息学	膝关节骨关节炎	单细胞RNA测序（scRNA-seq）、批量RNA测序（bulk RNA-seq）	LASSO-SVM诊断模型	转录组数据	单细胞数据11例，批量RNA-seq队列分别为20例KOA/18例对照和8例KOA/4例对照
2147	2025-07-12	Investigating the role of tumor cell heterogeneity and angiogenesis genes in the prognosis of multiple myeloma 2025, Frontiers in immunology IF:5.7Q1 DOI:10.3389/fimmu.2025.1610833 PMID:40636123	研究论文	本研究探讨了肿瘤细胞异质性和血管生成相关基因在多发性骨髓瘤预后中的作用	通过整合转录组数据和单细胞RNA测序数据，识别了CREB3L2转录因子在抑制血管生成和肿瘤细胞增殖迁移中的关键作用，并构建了高精度的预后模型	研究依赖于公共数据库数据，未进行独立队列验证	探索肿瘤细胞异质性和血管生成相关基因对多发性骨髓瘤预后的影响	多发性骨髓瘤患者	生物信息学	多发性骨髓瘤	单细胞RNA测序、差异基因表达分析、CNV分析、转录因子分析	预后预测模型	转录组数据、单细胞RNA测序数据	公共数据库(Xena/GEO)中的多发性骨髓瘤患者样本
2148	2025-07-12	A bibliometric analysis of studies related to the nuclear factor kappa B signaling pathway in knee osteoarthritis between 2004 and 2023 2025, Frontiers in medicine IF:3.1Q1 DOI:10.3389/fmed.2025.1572161 PMID:40636390	研究论文	本文通过文献计量学方法分析了2004至2023年间关于核因子κB（NF-κB）信号通路在膝骨关节炎（KOA）中的研究趋势和热点	首次系统性地对NF-κB信号通路在KOA领域的研究进行文献计量学分析，揭示了该领域的研究热点和发展趋势	缺乏实时可视化NF-κB活性的体内成像技术	识别NF-κB信号通路在KOA研究中的主要研究领域和趋势	2004-2023年间发表的752篇关于NF-κB信号通路在KOA中的研究文献	文献计量学分析	膝骨关节炎	文献计量学分析工具（CiteSpace、VOSviewer等）	NA	文献数据	752篇研究文献
2149	2025-07-12	Delineation of single-cell Altas provides new insights for development of coronary artery lesions in Kawasaki disease: bad and good signaling molecules 2025, Frontiers in pediatrics IF:2.1Q2 DOI:10.3389/fped.2025.1596643 PMID:40636515	研究论文	通过单细胞RNA测序分析，揭示了川崎病（KD）患者冠状动脉病变（CALs）发展的新信号分子	首次在单细胞水平上描绘了KD患者CAL发展的信号分子图谱，识别了MCH-II和RESISTIN作为CAL发展的不良和保护信号	样本量较小（每组3例患者），且仅分析了外周血单个核细胞	探究KD患者CAL发展的分子机制	川崎病（KD）患者的外周血单个核细胞	数字病理	心血管疾病	单细胞RNA测序	NA	RNA测序数据	12例样本（3例KD非CAL患者治疗前后，3例KD CAL患者治疗前，3例KD CAL患者治疗后）
2150	2025-07-12	Identification of Shared Biomarkers in Chronic Kidney Disease and Diabetic Nephropathy Using Single-Cell Sequencing 2025, Diabetes, metabolic syndrome and obesity : targets and therapy DOI:10.2147/DMSO.S514319 PMID:40636753	研究论文	通过单细胞测序技术识别慢性肾病和糖尿病肾病的共享生物标志物	首次使用单细胞RNA测序技术比较慢性肾病和糖尿病肾病的基因表达差异，并识别出共享的生物标志物	样本量较小，仅包括3个对照组、3个慢性肾病和3个糖尿病肾病病例	识别慢性肾病和糖尿病肾病的共享生物标志物，探索其共同发病机制	人类血液样本中的不同细胞类型	生物信息学	慢性肾病和糖尿病肾病	单细胞RNA测序	NA	基因表达数据	9例人类血液样本（3对照、3慢性肾病、3糖尿病肾病）
2151	2025-07-12	MatriCom: a scRNA-Seq data mining tool to infer ECM-ECM and cell-ECM communication systems 2024-Dec-16, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2024.12.10.627834 PMID:39763937	研究论文	开发了一个名为MatriCom的网络应用和R包，用于挖掘scRNA-Seq数据并推断ECM组分之间以及不同细胞群与ECM之间的通讯系统	MatriCom基于独特的MatriComDB数据库，包含超过25,000个经过筛选的涉及基质组分的相互作用，覆盖约80%的哺乳动物基质组基因	NA	阐明不同细胞群在ECM-ECM和细胞-ECM相互作用中的作用及其在癌症或纤维化等疾病中的失调	ECM组分和细胞群	生物信息学	癌症或纤维化	scRNA-Seq	NA	scRNA-Seq数据	整合了46个scRNA-Seq数据集
2152	2025-07-12	Evaluating the role of IER3+ macrophages in the prognosis of liver fibrosis by bulk and single-cell transcriptional analyses 2024-Dec, ILIVER.. DOI:10.1016/j.iliver.2024.100132 PMID:40635861	研究论文	通过批量RNA测序和单细胞RNA测序分析，评估IER3+巨噬细胞在肝纤维化预后中的作用	建立了一个包含四个基因（IER3、AKR1B10、ADCY1和PGM1）的肝纤维化相关预后模型FMSig，并发现IER3在髓样细胞中高表达，与抗炎和脂质代谢功能相关	研究依赖于公开数据集，可能缺乏临床样本的直接验证	探索肝纤维化的复杂发病机制并识别能预测肝纤维化预后的关键遗传标记	肝纤维化患者和健康对照	数字病理学	肝纤维化	批量RNA测序和单细胞RNA测序（scRNA-seq）	FMSig（纤维化巨噬细胞相关预后特征）	RNA测序数据	数据集GSE84044、GSE130970和GSE15654
2153	2025-07-12	The generation of stable microvessels in ischemia is mediated by endothelial cell derived TRAIL 2024-10-04, Science advances IF:11.7Q1 DOI:10.1126/sciadv.adn8760 PMID:39365855	research paper	本文揭示了内皮细胞衍生的TRAIL在缺血条件下稳定微血管生成中的作用	发现了TRAIL在促进新生血管形成和血管稳定中的新作用，并提出了重新利用TRAIL-R2激动剂治疗缺血性疾病的潜力	研究主要基于小鼠模型和体外实验，临床应用的可行性和安全性需要进一步验证	探究TRAIL在缺血条件下微血管生成和稳定中的作用机制	内皮细胞、周细胞及其相互作用	血管生物学	外周动脉疾病(PAD)	单细胞RNA测序	小鼠缺血模型	基因表达数据	小鼠模型和患者动脉样本
2154	2025-07-12	Loss of synovial tissue macrophage homeostasis precedes rheumatoid arthritis clinical onset 2024-09-27, Science advances IF:11.7Q1 DOI:10.1126/sciadv.adj1252 PMID:39321281	研究论文	该研究深入探讨了类风湿关节炎（RA）患者、RA风险个体和健康对照者滑膜中的髓系细胞景观	发现了一种表达CD40的CD206CD163巨噬细胞群体在RA炎症滑膜中占主导地位，并揭示了其在疾病活动性和治疗反应中的作用	未明确说明样本量是否足够大以覆盖所有可能的RA亚型	探索RA发病前滑膜组织巨噬细胞的稳态变化及其在疾病发生中的作用	类风湿关节炎患者、RA风险个体和健康对照者的滑膜组织	免疫学	类风湿关节炎	流式细胞术、RNA测序、代谢分析、单细胞RNA测序	NA	细胞数据、基因表达数据	67,908个RA和健康对照的滑膜组织细胞
2155	2025-07-12	Skewed epithelial cell differentiation and premature aging of the thymus in the absence of vitamin D signaling 2024-09-27, Science advances IF:11.7Q1 DOI:10.1126/sciadv.adm9582 PMID:39321290	研究论文	本文研究了维生素D信号缺失对胸腺上皮细胞分化和胸腺早衰的影响	揭示了维生素D信号在维持胸腺上皮细胞正常分化和功能以及延缓胸腺衰老中的关键作用	研究仅基于小鼠模型，尚未在人类中进行验证	探究维生素D信号对胸腺上皮细胞分化和胸腺功能的影响	Cyp27b1基因敲除小鼠的胸腺上皮细胞	免疫学	自身免疫疾病	单细胞RNA测序	基因敲除小鼠模型	基因表达数据	未明确说明样本数量
2156	2025-07-12	A Paradoxical Tumor Antigen Specific Response in the Liver 2024-Sep-24, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2024.09.19.614002 PMID:39372792	研究论文	本研究探讨了肝脏中肿瘤特异性CD8+ T细胞的反应及其在抗肿瘤免疫中的作用	揭示了肝脏中肿瘤特异性CD8+ T细胞的高频率但功能耗竭的现象，并发现了SPP1+巨噬细胞与CD8+ T细胞的相互作用在肝脏纤维化区域中的富集	研究主要基于小鼠模型和有限的临床样本，可能无法完全反映人类疾病的全貌	探究肝脏中肿瘤特异性CD8+ T细胞的功能及其对免疫检查点抑制剂治疗的影响	小鼠肿瘤模型和患者的肝脏转移瘤及原发性结肠癌	肿瘤免疫学	结肠癌	单细胞RNA测序（scRNA-seq）、蛋白质组学CODEX、高维多组学分析	NA	基因表达数据、蛋白质组数据	小鼠肿瘤模型和患者样本（具体数量未提及）
2157	2025-07-12	Modeling Lewy body disease with SNCA triplication iPSC-derived cortical organoids and identifying therapeutic drugs 2024-09-13, Science advances IF:11.7Q1 DOI:10.1126/sciadv.adk3700 PMID:39259788	研究论文	本文利用SNCA三倍体iPSC衍生的皮质类器官模拟路易体病，并筛选潜在治疗药物	首次在人类iPSC衍生的皮质类器官中重现α-突触核蛋白病理，并筛选出四种FDA批准药物可抑制α-SYN聚集	研究仅针对SNCA三倍体突变导致的LBD，可能不适用于其他类型的LBD	探究α-突触核蛋白在皮质神经元中的病理机制并寻找潜在治疗药物	路易体病患者的iPSC衍生的皮质类器官和兴奋性神经元	神经退行性疾病研究	路易体病	单细胞RNA测序、实时震动诱导转化实验	iPSC衍生的皮质类器官模型	基因表达数据、分子功能数据	来自SNCA三倍体LBD患者的iPSC系
2158	2025-07-12	Origin, structure, and composition of the spider major ampullate silk fiber revealed by genomics, proteomics, and single-cell and spatial transcriptomics 2024-08-16, Science advances IF:11.7Q1 DOI:10.1126/sciadv.adn0597 PMID:39141739	研究论文	通过基因组学、蛋白质组学、单细胞和空间转录组学揭示了蜘蛛主要壶腹丝纤维的起源、结构和组成	鉴定了18种构成蜘蛛最强丝纤维的蛋白质，并揭示了腺体分泌上皮的六种细胞类型及其在三个不同腺体区域中的分布	NA	理解蜘蛛丝纤维的生物加工过程和组成	蜘蛛主要壶腹丝纤维	生物材料	NA	基因组学、蛋白质组学、单细胞RNA测序、空间转录组学	NA	基因组数据、蛋白质组数据、转录组数据、图像数据	NA
2159	2025-07-12	Nanos2 marks precursors of somatic lineages and is required for germline formation in the sea anemone Nematostella vectensis 2024-08-16, Science advances IF:11.7Q1 DOI:10.1126/sciadv.ado0424 PMID:39151009	研究论文	本研究通过转基因报告基因和单细胞转录组学技术，在海葵中鉴定出表达生殖系相关标记的细胞群体，并发现Nanos2对生殖系形成不可或缺	揭示了Nanos2在刺胞动物体细胞和生殖系干细胞中的保守作用，为刺胞动物干细胞系统的共同进化起源提供了证据	研究仅针对海葵Nematostella vectensis，未涵盖其他刺胞动物物种	表征刺胞动物中保守的干细胞标记基因	海葵Nematostella vectensis	发育生物学	NA	转基因报告基因、单细胞转录组学、基因敲除	NA	基因表达数据	NA
2160	2025-07-12	RAS/RAF landscape in monoclonal plasma cell conditions 2024-07-11, Blood IF:21.0Q1 DOI:10.1182/blood.2023022295 PMID:38643494	research paper	该研究分析了超过10,000名不同浆细胞疾病患者的RAS/RAF通路突变情况，揭示了其在多发性骨髓瘤中的分子异质性	首次在大规模浆细胞疾病患者队列中描述了RAS/RAF突变景观，并通过单细胞测序证实突变主要发生在不同亚克隆中	研究主要基于诊断或复发时的突变情况，对疾病进展过程中的动态变化缺乏长期追踪	阐明浆细胞疾病中RAS/RAF通路的突变特征及其临床意义	10,000多名不同浆细胞疾病患者	肿瘤基因组学	多发性骨髓瘤	NGS, 单细胞测序	NA	基因组测序数据	>10,000例患者（包括29例进行单细胞测序）