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| 序号 | 推送日期 | 文章 | 类型 | 简述 | 创新点 | 不足 | 研究目的 | 研究对象 | 领域 | 病种 | 技术 | 模型 | 数据类型 | 样本量 | 平台公司 | 平台技术 | 具体产品 | 平台详情 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 2141 | 2026-04-27 |
Smooth Muscle Cells and Fibroblasts in the Proximal Thoracic Aorta Exhibit Minor Differences Between Embryonic Origins in Angiotensin II-driven Transcriptional Alterations
2025-Jan-24, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2025.01.23.610985
PMID:39896657
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研究论文 | 探究在血管紧张素II驱动的转录变化中,近端胸主动脉平滑肌细胞和成纤维细胞在胚胎起源间的微小差异 | 首次在预病理阶段比较了血管紧张素II诱导下第二心场和心脏神经嵴起源的平滑肌细胞与成纤维细胞的转录组差异,并发现了新的成纤维细胞亚群 | 仅关注预病理阶段,未涉及长期血管紧张素II输注后的进展期变化;且差异微小,可能需更大样本量或更敏感的方法来验证 | 揭示血管紧张素II介导的胸主动脉病变中不同胚胎起源细胞(平滑肌细胞和成纤维细胞)的转录组响应差异 | 小鼠近端胸主动脉的平滑肌细胞和成纤维细胞,分为第二心场起源和非第二心场起源 | 机器学习和生物信息学 | 心血管疾病 | 单细胞RNA测序 | NA | 单细胞转录组数据 | 小鼠近端胸主动脉组织,经血管紧张素II输注或基线对照,每组样本量未明确说明 | 10x Genomics | 单细胞RNA测序 | 10x Chromium | 10x Chromium单细胞RNA测序平台 |
| 2142 | 2026-04-27 |
Single-cell RNA sequencing in stroke and traumatic brain injury: Current achievements, challenges, and future perspectives on transcriptomic profiling
2024-Dec-09, Journal of cerebral blood flow and metabolism : official journal of the International Society of Cerebral Blood Flow and Metabolism
IF:4.9Q1
DOI:10.1177/0271678X241305914
PMID:39648853
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综述 | 综述单细胞RNA测序在脑卒中和创伤性脑损伤中的应用现状、挑战及未来转录组分析的展望 | 系统总结了scRNA-seq在脑卒中和急性创伤性脑损伤领域的最新成果,并展望了结合空间转录组学的未来应用方向 | 组织解离过程可能诱导细胞应激反应,影响数据的准确性 | 概述单细胞RNA测序技术的工作流程、数据分析方法及优缺点,并探讨其在脑损伤研究中的应用与未来前景 | 脑卒中和创伤性脑损伤中的细胞类型及转录组特征 | 自然语言处理 | 脑血管疾病 | 单细胞RNA测序,空间转录组学 | NA | 转录组数据 | NA | 10x Genomics | 单细胞RNA测序,空间转录组学 | 10x Chromium, 10x Visium | 基于液滴的scRNA-seq系统和空间转录组学平台 |
| 2143 | 2026-04-27 |
Postischemic inactivation of HIF prolyl hydroxylases in endothelium promotes maladaptive kidney repair by inducing glycolysis
2024-Dec-02, The Journal of clinical investigation
IF:13.3Q1
DOI:10.1172/JCI176207
PMID:39621585
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研究论文 | 本文发现内皮细胞中HIF脯氨酰羟化酶(PHD1-3)在缺血后失活通过诱导糖酵解促进肾脏不良修复 | 首次揭示内皮细胞PHD1、PHD2和PHD3联合失活(而非单独PHD2失活)通过糖酵解/MCT4轴驱动AKI向CKD转变,并发现MCT4抑制剂syrosingopine可恢复适应性修复 | 未明确提及,但可能包括机制细节需进一步验证和临床转化距离 | 探究内皮细胞氧感应PHD酶在缺血后肾脏修复中的调控作用 | 小鼠和人类肾脏内皮细胞 | 数字病理学 | 急性肾损伤、慢性肾脏病 | 单细胞RNA测序、基因敲除小鼠模型、药物抑制 | NA | 单细胞转录组数据、组织病理数据 | 小鼠模型(PHDTiEC基因敲除小鼠)和人类肾组织样本(伴有严重AKI) | 10x Genomics | 单细胞RNA-seq | 10x Chromium | 10x Chromium单细胞3'测序平台 |
| 2144 | 2026-04-27 |
CTLA-4-expressing ILC3s restrain interleukin-23-mediated inflammation
2024-06, Nature
IF:50.5Q1
DOI:10.1038/s41586-024-07537-3
PMID:38867048
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研究论文 | 本研究通过单细胞RNA测序发现肠道IL-23受体表达细胞中,ILC3s上调CTLA-4以抑制IL-23介导的炎症 | 首次揭示ILC3s表达CTLA-4作为免疫检查点限制IL-23病理作用的新机制 | 未阐明CTLA-4阳性ILC3s在人类炎症性肠病中的具体功能变化及长期效应 | 探究IL-23介导组织保护与病理炎症之间的调控机制 | 肠道IL-23受体表达细胞(T细胞和ILC3s)及小鼠模型 | 数字病理学 | 炎症性肠病 | 单细胞RNA测序 | NA | 基因表达数据 | 小鼠肠道细胞及人类ILC3s样本 | 10x Genomics | 单细胞RNA测序 | 10x Chromium | 10x Chromium Single Cell 3' |
| 2145 | 2026-04-27 |
Defective Sec61α1 underlies a novel cause of autosomal dominant severe congenital neutropenia
2020-11, The Journal of allergy and clinical immunology
IF:11.4Q1
DOI:10.1016/j.jaci.2020.03.034
PMID:32325141
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研究论文 | 发现SEC61A1基因的c.A275G;p.Q92R错义突变是导致常染色体显性遗传重症先天性中性粒细胞减少症的新病因 | 首次发现SEC61A1基因突变可导致重症先天性中性粒细胞减少症,扩展了SEC61A1相关疾病的表型谱,并揭示了未折叠蛋白反应失调作为潜在机制 | 仅基于一名患者的病例研究,样本量有限,需要更多病例验证 | 扩展SEC61A1介导的疾病谱系,将其与常染色体显性遗传重症先天性中性粒细胞减少症联系起来 | 一名父母非近亲婚配的比利时重症先天性中性粒细胞减少症患者及其CD34+细胞和HL-60细胞 | 自然语言处理 | 重症先天性中性粒细胞减少症 | 全外显子组测序、Western blotting、Ca2+通量测定、HL-60细胞分化、原代CD34细胞体外分化、定量PCR、单细胞RNA测序 | NA | 基因表达数据、钙离子流数据、蛋白质表达数据 | 1例患者及其骨髓样本 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 2146 | 2026-04-27 |
Single-Cell Isolation from Regenerating Murine Muscles for RNA-Sequencing Analysis
2020-09-18, STAR protocols
IF:1.3Q4
DOI:10.1016/j.xpro.2020.100051
PMID:33111097
|
实验方案 | 提出一个用于再生小鼠骨骼肌单细胞RNA测序分析的完整方案,重点从肌肉中分离单核细胞 | 针对骨骼肌细胞组成独特(主要为多核肌纤维)的特点,优化了单核细胞分离方法 | 未提及 | 建立无偏的再生小鼠骨骼肌单细胞RNA测序分析方案 | 再生小鼠骨骼肌中的单核细胞 | 数字病理学 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | 基因表达数据 | 未明确 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 2147 | 2026-04-27 |
Single-Cell Transcriptomics of Human Lymph Node Stroma
2020-06-19, STAR protocols
IF:1.3Q4
DOI:10.1016/j.xpro.2020.100021
PMID:33111075
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研究论文 | 提供用于表征人类淋巴结基质细胞异质性的单细胞RNA测序的细胞制备方案 | 利用单细胞技术无偏倚地全面表征基质细胞异质性 | 未提供与Takeda等人(2019)研究相关的完整实验操作细节 | 为研究人类淋巴结基质细胞的单细胞转录组提供标准化实验方案 | 人类淋巴结基质细胞 | 单细胞转录组学 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | 单细胞转录组数据 | NA | 10x Genomics | 单细胞RNA-seq | 10x Chromium | 10x Chromium Single Cell 3' |
| 2148 | 2026-04-27 |
Protocol to Prepare Single-Cell Suspensions from Mouse Vagal Sensory Ganglia for Transcriptomic Studies
2020-06-19, STAR protocols
IF:1.3Q4
DOI:10.1016/j.xpro.2020.100030
PMID:33111081
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protocol | 提供了一个从小鼠迷走感觉神经节制备单细胞悬浮液的详细方案,用于转录组研究 | 提供了从迷走神经节提取高质量单细胞悬浮液的标准化方案,可适用于其他外周和中枢神经元群体 | 文中未明确说明局限性 | 提供从小鼠迷走感觉神经节制备单细胞悬浮液用于转录组研究的详细方案 | 小鼠迷走感觉神经节 | 单细胞转录组学 | NA | 单细胞转录组学 | NA | 单细胞悬浮液 | 小鼠迷走感觉神经节样本 | NA | single-cell RNA-seq | NA | NA |
| 2149 | 2026-04-27 |
Protocol for Dissection and Dissociation of Zebrafish Telencephalon for Single-Cell Sequencing
2020-06-19, STAR protocols
IF:1.3Q4
DOI:10.1016/j.xpro.2020.100042
PMID:32835293
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protocol | 展示如何解剖斑马鱼端脑并将其解离为单细胞悬浮液,随后通过流式细胞术分选富集神经祖干细胞 | 提供了一种详细的斑马鱼端脑解剖和解离方案,专门用于单细胞测序,能够从单个斑马鱼端脑中获取约70,000个活细胞 | 仅针对斑马鱼端脑组织,可能不适用于其他组织或物种;依赖流式细胞术分选,设备成本较高 | 提供一种从斑马鱼端脑制备高质量单细胞悬浮液的标准化实验方案 | 斑马鱼端脑及其中的神经祖干细胞 | machine learning | NA | 单细胞测序 | NA | NA | 每个斑马鱼端脑样本约70,000个活细胞 | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 2150 | 2026-04-26 |
Hemolysis transforms liver macrophages into antiinflammatory erythrophagocytes
2020-10-01, The Journal of clinical investigation
IF:13.3Q1
DOI:10.1172/JCI137282
PMID:32663195
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研究论文 | 通过单细胞RNA测序发现溶血过程中肝脏巨噬细胞转化为抗炎性红细胞吞噬细胞,并可缓解炎症性疾病 | 首次揭示溶血诱导的肝脏巨噬细胞转化为具有MarcohiHmoxhiMHC class IIlo特征的红细胞吞噬细胞,并证明这种表型转化可显著减轻由巨噬细胞驱动的无菌性炎症疾病 | NA | 研究溶血过程中肝脏巨噬细胞吞噬受损红细胞后功能的改变及其在炎症性疾病中的作用 | 小鼠和人类巨噬细胞 | 数字病理学 | 非酒精性脂肪性肝炎, 高炎症综合征 | 单细胞RNA测序, 转座酶可及染色质单细胞测序 | NA | 基因表达数据, 染色质可及性数据 | 遗传性球形红细胞增多症小鼠模型和抗CD40诱导的高炎症综合征小鼠模型,以及非酒精性脂肪性肝炎小鼠模型 | 10x Genomics | 单细胞RNA-seq, 单细胞ATAC-seq | 10x Chromium | 10x Chromium单细胞RNA测序和单细胞ATAC测序 |
| 2151 | 2026-04-25 |
Spatial transcriptomics unveils immune cellular ecosystems associated with patient survival in diffuse large B-cell lymphoma
2026-Dec-31, Oncoimmunology
IF:6.5Q1
DOI:10.1080/2162402X.2026.2660418
PMID:42010788
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研究论文 | 利用空间转录组学揭示弥漫大B细胞淋巴瘤中与患者生存相关的免疫细胞生态系统 | 首次在空间水平上识别弥漫大B细胞淋巴瘤肿瘤微环境中六种反复出现的细胞生态系统,并发现具有相似免疫细胞丰度的生态系统表现出不同的功能状态和相反的临床关联,揭示了空间背景和局部相互作用对免疫功能的塑造作用 | 作为初步研究,样本量可能有限,且空间转录组技术仍存在分辨率限制,需进一步在更大队列中验证 | 阐明弥漫大B细胞淋巴瘤中恶性细胞和免疫细胞在肿瘤微环境中的空间组织及其对免疫功能和临床预后的影响 | 弥漫大B细胞淋巴瘤患者的原发性组织切片 | 数字病理学 | 弥漫大B细胞淋巴瘤 | 空间转录组学 | NA | 空间转录组数据 | 超过1000例弥漫大B细胞淋巴瘤患者的独立队列 | NA | 空间转录组学 | NA | NA |
| 2152 | 2026-04-25 |
Identification and multi-layered experimental validation of feature genes related to butyrate metabolism and oxidative stress in sepsis
2026-Dec, Artificial cells, nanomedicine, and biotechnology
DOI:10.1080/21691401.2026.2658990
PMID:42028810
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研究论文 | 该研究鉴定了与败血症中丁酸代谢和氧化应激相关的特征基因,并通过多层面实验验证了其表达和诊断价值 | 首次系统鉴定败血症中丁酸代谢和氧化应激相关的特征基因,并利用单细胞RNA测序揭示单核细胞在其中的关键作用 | 尚未提及具体限制,但可能存在样本量有限和机制研究不够深入的问题 | 阐明败血症中丁酸代谢和氧化应激相关基因的分子特征,寻找潜在治疗靶点 | 败血症相关基因、丁酸代谢和氧化应激相关基因 | 机器学习 | 败血症 | RNA-seq、单细胞RNA-seq、CIBERSORT免疫浸润分析 | 机器学习算法 | 基因表达数据、单细胞数据 | 多个败血症相关数据集及前瞻性收集的临床样本 | Illumina | 单细胞RNA-seq、批量RNA-seq | Illumina NovaSeq | 未提供具体配置详情 |
| 2153 | 2026-04-25 |
Erchen decoction and its active flavonoids hesperidin and quercetin alleviate high-fat diet-induced neuroinflammation by targeting HK2-mediated microglial glycolysis
2026-Jul-15, Journal of ethnopharmacology
IF:4.8Q1
DOI:10.1016/j.jep.2026.121603
PMID:41921767
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研究论文 | 本研究系统表征了二陈汤的活性植物化学物质,并阐明了其通过靶向HK2介导的小胶质细胞糖酵解缓解高脂饮食诱导的神经炎症的神经保护机制 | 首次揭示了二陈汤的活性成分橙皮苷和槲皮素通过直接结合并抑制己糖激酶2(HK2)、阻断HK2/HIF-1α轴、抑制小胶质细胞Warburg效应,从而缓解高脂饮食诱导的神经炎症的机制,将中医传统“化痰”理论与脑代谢稳态恢复相关联 | NA | 研究二陈汤的神经保护机制,特别是其对肥胖相关神经炎症的调控作用 | 二陈汤及其活性成分橙皮苷和槲皮素对高脂饮食小鼠神经炎症和小胶质细胞糖代谢的影响 | 机器学习 | NA | UPLC-MS,单细胞RNA测序,分子对接,分子动力学模拟,酶活性检测 | NA | 代谢组学数据,单细胞RNA测序数据 | 雄性C57BL/6J小鼠(数量未在摘要中指定) | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 2154 | 2026-04-25 |
SLC28A1 inhibits clear cell renal cell carcinoma progression by affecting arachidonic acid metabolism: A novel nucleoside transporter-based targeted therapy strategy
2026-Jul-01, Cancer letters
IF:9.1Q1
DOI:10.1016/j.canlet.2026.218481
PMID:41946263
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研究论文 | 本研究探讨SLC28A1通过影响花生四烯酸代谢抑制肾透明细胞癌进展的机制,并提出基于核苷转运体的靶向治疗策略 | 首次发现SLC28A1作为关键核苷转运体通过调控PLA2G12A介导的MAPK信号通路影响花生四烯酸代谢促进铁死亡,并开发了靶向纳米递送系统增强药物疗效 | 未提及研究的具体局限性 | 评估核苷转运体在肾透明细胞癌中的预后作用,阐明关键转运体的抑癌机制,并开发靶向治疗策略 | 肾透明细胞癌(ccRCC) | 机器学习 | 肾癌 | NA | NA | 转录组数据、单细胞测序数据、临床病理数据 | TCGA数据库中的肾透明细胞癌样本(具体数量未提及) | NA | NA | NA | NA |
| 2155 | 2026-04-25 |
Targeting the NSUN5-circPPAP2A axis reverses immunosuppression and sensitizes renal cell carcinoma to anti-PD-1 therapy
2026-Jul-01, Cancer letters
IF:9.1Q1
DOI:10.1016/j.canlet.2026.218466
PMID:41967697
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研究论文 | 揭示NSUN5-circPPAP2A轴在肾透明细胞癌中通过调控HIF-2α信号和免疫抑制微环境导致治疗抵抗,并证明靶向该轴可增强抗PD-1疗效 | 首次发现circRNA的m5C修饰通过NSUN5/circPPAP2A/YBX1轴协同激活HIF-2α信号和诱导免疫抑制,区别于以往仅关注mRNA的研究 | 未在更大规模队列或不同种族人群中验证,且纳米颗粒递送系统的临床转化可行性尚需进一步评估 | 阐明肾透明细胞癌中circRNA的m5C修饰机制及其临床意义,探索克服HIF-2α靶向治疗和免疫治疗双重耐药的新策略 | 肾透明细胞癌患者临床样本、细胞系、小鼠模型 | 机器学习 | 肾癌 | m5C-MeRIP-seq, 单细胞RNA测序, 空间转录组学, RIP, RNA pull-down, ChIP-qPCR | NA | 基因表达数据, 测序数据 | 临床样本(TCGA、ICGC队列及SYSU队列) | Illumina | 单细胞RNA测序, 空间转录组学 | Illumina NovaSeq | NA |
| 2156 | 2026-04-25 |
ACAT1-mediated lactylation reprogramming governs immune-stromal crosstalk in ulcerative colitis
2026-Jun-15, International immunopharmacology
IF:4.8Q1
DOI:10.1016/j.intimp.2026.116626
PMID:41955702
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research paper | 通过整合分析发现ACAT1通过调控乳酸化修饰在溃疡性结肠炎中发挥关键作用,并揭示了免疫-基质细胞间的相互作用网络 | 首次系统鉴定ACAT1作为溃疡性结肠炎中乳酸化修饰的核心调控基因,并构建乳酸化亚型分层系统,阐明其介导的免疫-基质细胞互作机制 | 研究主要基于生物信息学分析和动物模型验证,缺乏大规模临床样本验证,分子机制的具体下游靶点尚待进一步阐明 | 探究乳酸化修饰在溃疡性结肠炎发病机制中的作用及其潜在治疗靶点 | 溃疡性结肠炎患者结肠组织样本,GEO数据集,小鼠结肠炎模型,体外细胞实验 | machine learning | 溃疡性结肠炎 | RNA-seq, 单细胞RNA测序, 分子对接 | 高斯混合模型, 支持向量机, 随机森林, 梯度提升机, XGBoost, LASSO回归 | 基因表达数据, 单细胞转录组数据 | GEO多个数据集包括健康对照和溃疡性结肠炎患者样本,具体数量未明确 | NA | 单细胞RNA-seq, 批量RNA-seq | NA | NA |
| 2157 | 2026-04-25 |
Licochalcone A from Ma-Xing-Shi-Gan decoction to prevent Asthma through the inhibition of ferroptosis CD4+ T Cell by GART/HSP90α signaling pathway
2026-Jun-15, International immunopharmacology
IF:4.8Q1
DOI:10.1016/j.intimp.2026.116549
PMID:41967212
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研究论文 | 探究麻杏石甘汤中的甘草查尔酮A通过GART/HSP90α信号通路抑制CD4+ T细胞铁死亡预防哮喘的机制 | 首次发现甘草查尔酮A通过抑制GART/HSP90α信号通路调控T细胞铁死亡来预防哮喘,并利用单细胞RNA测序鉴定GART为关键靶点 | 研究仅在动物模型和体外实验中进行,缺乏人体临床试验验证;未深入探讨GART/HSP90α信号通路在其他呼吸系统疾病中的作用 | 揭示甘草查尔酮A预防哮喘的分子机制,重点关注T细胞铁死亡及GART/HSP90α信号通路的调控作用 | 雌性裸鼠和BALB/c小鼠的哮喘模型以及体外T细胞 | 计算机视觉 | 哮喘 | 单细胞RNA测序 | NA | 单细胞转录组数据 | 未明确说明样本量,涉及多组小鼠模型实验 | NA | 单细胞RNA测序 | 10x Chromium | 未明确说明具体平台配置 |
| 2158 | 2026-04-25 |
Myocardin-related transcription factor A contributes to diabetic nephropathy by activating integrin β2 in macrophages
2026-Jun-15, Life sciences
IF:5.2Q1
DOI:10.1016/j.lfs.2026.124394
PMID:41990912
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研究论文 | 本研究探讨了心肌相关转录因子A(MRTF-A)通过激活巨噬细胞中的整合素β2(Itgb2)促进糖尿病肾病发展的机制 | 首次发现巨噬细胞中MRTF-A通过激活Itgb2转录促进糖尿病肾病,并利用单细胞RNA测序分析证实两者在糖尿病肾病小鼠模型中的相关性 | 未提及具体局限性 | 探究巨噬细胞来源的MRTF-A对糖尿病肾病发病机制的作用 | 巨噬细胞条件性敲除MRTF-A小鼠和巨噬细胞条件性过表达MRTF-A小鼠 | 自然语言处理 | 糖尿病肾病 | 单细胞RNA测序 | NA | 基因表达数据 | 小鼠模型(具体数量未提及) | 10x Genomics | 单细胞RNA测序 | 10x Chromium | 10x Chromium单细胞RNA测序系统 |
| 2159 | 2026-04-25 |
Deciphering transcriptome alterations in bone marrow immune cells at single-cell resolution under denosumab treatment
2026-Jun-15, International immunopharmacology
IF:4.8Q1
DOI:10.1016/j.intimp.2026.116663
PMID:41997054
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研究论文 | 通过单细胞分辨率解析地诺单抗治疗下骨髓免疫细胞的转录组变化 | 首次在单细胞水平上揭示了地诺单抗(抗RANKL抗体)治疗后骨髓骨免疫微环境的变化,包括Mmp8hi mNeu中性粒细胞亚群的扩增及其与巨噬细胞通过THBS1-CD36信号通路的相互作用 | 需要进一步研究Mmp8hi mNeu和中性粒细胞-巨噬细胞相互作用对免疫平衡的影响 | 评估地诺单抗治疗下骨髓骨免疫微环境的变化 | 成年雌性小鼠的骨髓细胞 | 数字病理学 | 骨质疏松症 | 单细胞RNA测序,流式细胞术,免疫荧光 | NA | 基因表达数据 | 治疗组和对照组小鼠骨髓细胞 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 2160 | 2026-04-25 |
Beyond polarization: single-cell atlas unveils macrophage heterogeneity and neuro-immune crosstalk in bone regeneration
2026-Jun-15, International immunopharmacology
IF:4.8Q1
DOI:10.1016/j.intimp.2026.116592
PMID:41931958
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研究论文 | 通过单细胞RNA测序揭示了骨再生过程中巨噬细胞的异质性和神经-免疫互作 | 首次系统揭示骨再生微环境中巨噬细胞的8个异质性亚群,并发现OB和OC巨噬细胞高表达G蛋白偶联受体基因,可受神经信号调控,外源性神经生长因子补充能激活神经反应并加速骨修复 | 未提及具体局限性 | 全面分析和定义骨再生环境中巨噬细胞的异质性 | 骨缺损区域的巨噬细胞 | 数字病理学 | NA | 单细胞RNA测序, RNA-seq | NA | 基因表达数据 | 8148个细胞 | NA | 单细胞RNA测序, 批量RNA测序 | NA | NA |