本数据库通过收集和整理最新科研文献信息而得,供了解领域前沿进展之用。数据源自 PubMed Data ,每日自动更新(使用关键词“['single-cell sequencing', 'single-cell RNA sequencing', 'single-cell transcriptomics', 'single-cell RNA-seq', 'single-cell transcriptome', 'scRNA-seq', 'spatial transcriptomics']
”过滤),已收录文献数量参见 统计表格。表格内容由 GPT 自动整理,可能存在错误或遗漏,请使用时务必注意核实!
如有建议或合作意向,欢迎联系 linlin.yan(AT)bioinfo.app 或 微信 yanlinlin82。本项目遵循 MIT 许可 发布,欢迎下载 源码 自行修改使用。如觉得不错,还请不吝 给我打赏,你的支持是我继续创新的重要动力!
除通过在线浏览外,为方便用户离线查阅,本站也提供 付费下载(定价19.9元)。之所以考虑收费,是因为批量扫描这些文献并整理也是有一定成本的,还请理解并多多支持。本站数据会持续更新,而仅需一次付费,未来就可以随时重新下载到最新版本数据。
序号 | 推送日期 | 文章 | 类型 | 简述 | 创新点 | 不足 | 研究目的 | 研究对象 | 领域 | 病种 | 技术 | 模型 | 数据类型 | 样本量 | 平台公司 | 平台技术 | 具体产品 | 平台详情 |
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
2141 | 2025-10-06 |
Integrating single-cell and spatial analysis reveals MUC1-mediated cellular crosstalk in mucinous colorectal adenocarcinoma
2024-05, Clinical and translational medicine
IF:7.9Q1
DOI:10.1002/ctm2.1701
PMID:38778448
|
研究论文 | 本研究整合单细胞RNA测序和空间转录组学数据,系统分析黏液性结直肠腺癌的肿瘤微环境,揭示MUC1介导的细胞间相互作用机制 | 首次整合单细胞RNA测序和空间转录组学技术系统解析MCA肿瘤微环境,发现MUC1+肿瘤细胞与ZEB1+内皮细胞的关键相互作用 | 研究样本量有限,需要更大规模队列验证发现 | 深入理解黏液性结直肠腺癌肿瘤微环境的细胞间相互作用机制 | 黏液性结直肠腺癌患者组织样本 | 数字病理学 | 结直肠癌 | 单细胞RNA测序, 空间转录组学, 三维生物打印, 免疫荧光染色 | NA | 单细胞RNA测序数据, 空间转录组数据, 免疫荧光图像 | 未明确说明具体样本数量 | NA | 单细胞RNA测序, 空间转录组学 | NA | NA |
2142 | 2025-10-06 |
Melanocyte stem cells in the skin: Origin, biological characteristics, homeostatic maintenance and therapeutic potential
2024-05, Clinical and translational medicine
IF:7.9Q1
DOI:10.1002/ctm2.1720
PMID:38778457
|
综述 | 本文全面概述皮肤黑色素细胞干细胞的起源、生物学特性、稳态维持及治疗潜力 | 重点强调单细胞RNA测序、CRISPR-Cas9技术和实用模型在黑色素细胞干细胞研究中的重要意义 | NA | 探讨黑色素细胞干细胞在皮肤组织稳态维持和疾病治疗中的潜在应用价值 | 哺乳动物毛囊、表皮或汗腺中的黑色素细胞干细胞 | 再生医学 | 皮肤色素障碍疾病 | 单细胞RNA测序, CRISPR-Cas9技术 | NA | NA | NA | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
2143 | 2025-10-06 |
Landscape of gut mucosal immune cells showed gap of follicular or memory B cells into plasma cells in immunological non-responders
2024-05, Clinical and translational medicine
IF:7.9Q1
DOI:10.1002/ctm2.1699
PMID:38783408
|
研究论文 | 通过单细胞RNA测序分析HIV感染者肠道黏膜免疫细胞,揭示免疫无应答者B细胞向浆细胞分化存在缺陷 | 首次在单细胞水平描绘HIV感染者肠道黏膜免疫细胞图谱,发现免疫无应答者滤泡/记忆B细胞向浆细胞分化存在障碍 | 样本量较小(仅17名参与者),需要更大规模研究验证 | 探究HIV感染者肠道黏膜免疫细胞在免疫恢复中的作用机制 | HIV感染者肠道黏膜免疫细胞 | 单细胞生物学 | HIV感染 | 单细胞RNA测序,免疫组化,16S rRNA测序,流式细胞术 | NA | 单细胞转录组数据,微生物组数据,流式细胞数据 | 17名参与者(5名HIV阴性对照,9名免疫应答者,3名免疫无应答者),54,475个免疫细胞 | NA | 单细胞RNA测序,16S rRNA测序 | NA | NA |
2144 | 2024-08-07 |
Integrated single-cell RNA sequencing and spatial transcriptomics analysis reveals the tumour microenvironment in patients with endometrial cancer responding to anti-PD-1 treatment
2024-04, Clinical and translational medicine
IF:7.9Q1
DOI:10.1002/ctm2.1668
PMID:38649737
|
NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA |
2145 | 2025-10-06 |
Regulatory T cells in skin mediate immune privilege of the hair follicle stem cell niche
2024-01-05, Science immunology
IF:17.6Q1
DOI:10.1126/sciimmunol.adh0152
PMID:38181095
|
研究论文 | 本研究揭示了皮肤中调节性T细胞通过IL-2信号通路保护毛囊干细胞生态位的免疫豁免机制 | 开发了皮肤特异性Treg细胞基因重组技术,首次证明非淋巴器官中存在局部免疫耐受机制 | 研究主要依赖基因工程小鼠模型,人类疾病验证仅限于罕见脱发类型 | 探究皮肤局部调节性T细胞维持自身免疫耐受的生物学机制 | 皮肤调节性T细胞、毛囊干细胞生态位、脱发疾病模型 | 免疫学 | 脱发症 | 空间转录组学、遗传重组技术 | 基因工程小鼠模型 | 基因表达数据、空间转录组数据 | 未明确说明具体样本数量 | NA | 空间转录组学 | NA | NA |
2146 | 2025-10-06 |
Denoising sparse microbial signals from single-cell sequencing of mammalian host tissues
2023-Sep, Nature computational science
IF:12.0Q1
DOI:10.1038/s43588-023-00507-1
PMID:37946872
|
研究论文 | 开发SAHMI计算方法从哺乳动物组织单细胞测序数据中识别真实存在的微生物核酸并过滤污染物 | 首次提出专门针对单细胞和空间基因组数据中稀疏微生物信号去噪的计算方法 | NA | 解决宿主-微生物组生态系统研究中微生物信号与污染物区分的技术难题 | 哺乳动物组织中的微生物核酸 | 生物信息学 | NA | 单细胞测序, 空间基因组测序, 转录组测序 | NA | 基因组测序数据, 转录组测序数据 | NA | NA | 单细胞RNA-seq, 空间转录组学 | NA | NA |
2147 | 2025-10-06 |
Drosophila Voltage-Gated Sodium Channels Are Only Expressed in Active Neurons and Are Localized to Distal Axonal Initial Segment-like Domains
2020-10-14, The Journal of neuroscience : the official journal of the Society for Neuroscience
DOI:10.1523/JNEUROSCI.0142-20.2020
PMID:32928889
|
研究论文 | 本研究通过标记果蝇中唯一的电压门控钠通道Para,揭示了其在神经元中的表达模式和亚细胞定位 | 首次发现果蝇钠通道仅表达于活跃神经元,并定位于轴突远端起始段样结构 | 研究主要聚焦果蝇模型,在其它无脊椎动物中的普适性需要进一步验证 | 探究无脊椎神经元中动作电位的起始位置和钠通道的表达特征 | 果蝇胚胎期、幼虫期和成年期中枢神经系统神经元 | 神经科学 | NA | 单细胞RNA测序, 全细胞膜片钳电生理记录, 基因标记技术 | NA | 基因表达数据, 电生理记录数据, 转录组数据 | 果蝇第三龄幼虫全脑单细胞转录组图谱 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
2148 | 2025-10-06 |
A revised airway epithelial hierarchy includes CFTR-expressing ionocytes
2018-08, Nature
IF:50.5Q1
DOI:10.1038/s41586-018-0393-7
PMID:30069044
|
研究论文 | 通过单细胞RNA测序和谱系追踪技术,重新定义了小鼠气管上皮细胞的组成和层级结构,发现表达CFTR的离子细胞在囊性纤维化中的关键作用 | 识别出新型Foxi1肺离子细胞、定位依赖的功能性club细胞变异、高周转鳞状上皮结构中的'hillocks'细胞,并开发了结合单细胞测序和谱系追踪的'pulse-seq'技术 | 研究主要基于小鼠模型,人类验证数据有限 | 探索气道上皮细胞的组成、层级结构及其在呼吸系统疾病中的作用 | 小鼠气管上皮细胞 | 单细胞生物学 | 囊性纤维化 | 单细胞RNA测序, 体内谱系追踪 | NA | 单细胞转录组数据 | NA | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
2149 | 2025-10-06 |
Lamin A/C Expression in Hematopoietic Cells Declines During Human Aging and Constrains Atherosclerosis in Mice
2025-Sep, Arteriosclerosis, thrombosis, and vascular biology
DOI:10.1161/ATVBAHA.124.322893
PMID:40605747
|
研究论文 | 本研究探讨了人类衰老过程中造血细胞Lamin A/C表达下降对动脉粥样硬化的影响机制 | 首次发现人类衰老与血液白细胞Lamin A/C表达下降相关,并创建了首个体内Lamin A功能获得性模型 | 研究主要基于小鼠模型,人类数据的直接验证有限 | 研究衰老过程中Lamin A/C表达变化对动脉粥样硬化发展的影响 | 人类循环白细胞、Ldlr-/-缺陷小鼠、Lmna-null小鼠和Lmnatg转基因小鼠 | 分子生物学 | 心血管疾病 | 流式细胞术、单细胞RNA测序、骨髓移植、活体显微镜检查、油红O染色 | NA | 基因表达数据、图像数据、测序数据 | 人类白细胞样本和多种基因工程小鼠模型 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
2150 | 2025-10-06 |
Tricuspid Aortic Valve Regurgitation Associates With Ascending Aortic Aneurysm Through Endothelial Activation and Lipoprotein Infiltration
2025-Sep, Arteriosclerosis, thrombosis, and vascular biology
DOI:10.1161/ATVBAHA.125.323112
PMID:40740135
|
研究论文 | 本研究探讨了三尖瓣主动脉瓣反流通过内皮细胞间质激活和脂蛋白浸润与升主动脉瘤形成的关联机制 | 首次揭示了主动脉瓣反流通过双向血流介导的内皮细胞间质激活和载脂蛋白B脂蛋白浸润在升主动脉瘤形成中的独特病理作用 | 研究样本仅限于三尖瓣主动脉瓣患者,未包含其他类型主动脉瓣病变患者 | 研究主动脉瓣反流与血管激活和炎症的关系,探索升主动脉瘤的发病机制 | 接受择期开胸手术的三尖瓣主动脉瓣患者和器官捐献者的主动脉标本 | 空间转录组学 | 心血管疾病 | 空间转录组学,免疫组织化学,超声心动图 | NA | 基因表达数据,蛋白质表达数据,影像数据 | 未明确具体样本数量,包括患者和器官捐献者标本 | NA | 空间转录组学 | NA | NA |
2151 | 2025-10-06 |
Integrated multi-omics analysis reveals diagnostic biomarkers and therapeutic targets for systemic lupus erythematosus
2025-Aug-15, Medicine
IF:1.3Q2
DOI:10.1097/MD.0000000000042290
PMID:40826785
|
研究论文 | 通过整合多组学分析识别系统性红斑狼疮的诊断生物标志物和治疗靶点 | 首次通过双样本孟德尔随机化分析揭示血浆蛋白与SLE的因果关系,并构建高精度诊断列线图模型 | 未提及样本量大小和研究人群特征 | 探索系统性红斑狼疮的分子机制并发现新的诊断和治疗靶点 | 系统性红斑狼疮相关基因和蛋白质 | 生物信息学 | 系统性红斑狼疮 | 全基因组关联研究, 孟德尔随机化分析, 单细胞RNA测序, 分子对接模拟 | 列线图模型 | 基因组数据, 蛋白质组数据, 单细胞转录组数据 | NA | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
2152 | 2025-10-06 |
Improving reproducibility of differentially expressed genes in single-cell transcriptomic studies of neurodegenerative diseases through meta-analysis
2025-Aug-12, Nature communications
IF:14.7Q1
DOI:10.1038/s41467-025-62579-z
PMID:40796563
|
研究论文 | 开发了一种基于相对差异表达排序可重复性的非参数元分析方法,用于提高单细胞转录组研究中差异表达基因的可重复性 | 提出了SumRank元分析方法,基于跨数据集相对差异表达排序的可重复性来识别差异表达基因,相比传统方法具有更好的预测能力 | 未明确说明样本量限制,且方法在不同疾病类型中的效果存在差异 | 提高单细胞转录组研究中差异表达基因的可重复性 | 帕金森病、亨廷顿病、阿尔茨海默病、精神分裂症和COVID-19的单细胞转录组数据 | 生物信息学 | 神经退行性疾病 | 单细胞RNA测序 | 非参数元分析方法 | 单细胞转录组数据 | NA | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
2153 | 2025-10-06 |
Galectin-9 inhibition of the MIF-CD74/CD44 pathway suppresses chronic arthritis
2025-Aug-11, Molecular therapy : the journal of the American Society of Gene Therapy
IF:12.1Q1
DOI:10.1016/j.ymthe.2025.08.016
PMID:40798883
|
研究论文 | 本研究通过单细胞RNA测序发现类风湿关节炎中MIF亚群的作用,并证明galectin-9通过抑制MIF-CD74/CD44通路可有效抑制关节炎破坏性表型 | 首次在单细胞水平识别RA-FLSs中的MIF功能亚群,并发现sGal-9作为新型抗MIF剂可通过阻断CD44抑制关节炎破坏进程 | 目前尚无临床批准药物,研究主要基于动物模型和体外实验 | 探索galectin-9通过抑制MIF-CD74/CD44通路治疗类风湿关节炎的机制和效果 | 类风湿关节炎成纤维样滑膜细胞(RA-FLSs)和小鼠关节炎模型 | 单细胞测序 | 类风湿关节炎 | 单细胞RNA测序,异种移植关节炎模型,胶原诱导性关节炎模型 | NA | 基因表达数据 | NA | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
2154 | 2025-10-06 |
Impact of intercellular adhesion molecule 1-positive dental pulp stem cells in deep caries progression
2025-08, International endodontic journal
IF:5.4Q1
DOI:10.1111/iej.14248
PMID:40343788
|
研究论文 | 本研究探讨了ICAM1阳性牙髓干细胞在深龋进展中的作用机制 | 首次在单细胞水平揭示了深龋组织中ICAM1+ DPSCs的增多及其与单核巨噬细胞的相互作用 | 研究主要基于体外实验,需要进一步在体验证 | 研究ICAM1+ DPSCs在深龋免疫微环境中的作用以开发治疗策略 | 人源和小鼠模型的牙髓组织及THP-1细胞系 | 单细胞生物学 | 牙科疾病 | 单细胞测序, 免疫荧光, 流式细胞术, RT-qPCR, Western Blot, ELISA, SCENIC, RNA-seq | NA | 单细胞测序数据, 基因表达数据, 蛋白质数据 | 人源和小鼠深龋及健康牙髓组织 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
2155 | 2025-10-06 |
Astrocytic AEG-1 drives neuroinflammation and enhances seizure susceptibility
2025-08, Neurobiology of disease
IF:5.1Q1
DOI:10.1016/j.nbd.2025.106957
PMID:40383165
|
研究论文 | 本研究探讨星形胶质细胞中AEG-1基因在神经炎症和癫痫易感性中的作用机制 | 首次通过单细胞RNA测序揭示AEG-1表达星形胶质细胞亚群与炎症反应的关联,并证实AEG-1通过NF-κB信号通路介导神经炎症和癫痫易感性 | 研究主要基于LPS诱导的小鼠模型和体外培养模型,人类临床相关性需进一步验证 | 探究星形胶质细胞AEG-1在神经炎症和癫痫易感性中的分子机制 | 小鼠模型和体外星形胶质细胞培养模型 | 神经科学 | 神经系统疾病 | 单细胞RNA测序 | NA | 基因表达数据 | NA | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
2156 | 2025-10-06 |
Multi-omics characterization of oncosis in spinal cord injury
2025-08, Neurobiology of disease
IF:5.1Q1
DOI:10.1016/j.nbd.2025.106982
PMID:40467009
|
研究论文 | 本研究通过多组学方法首次系统描绘了脊髓损伤后oncosis相关基因的时空表达图谱 | 首次在脊髓损伤中系统研究oncosis的作用,揭示了6个关键基因的时空表达模式和细胞特异性 | 研究主要基于动物模型,需要进一步验证在人类脊髓损伤中的适用性 | 阐明oncosis在脊髓损伤中的作用机制并寻找潜在治疗靶点 | 脊髓损伤大鼠模型和LPS处理的PC12细胞系 | 数字病理学 | 脊髓损伤 | RNA-seq, 单细胞RNA测序, 空间转录组学, qRT-PCR, 免疫荧光, 透射电镜 | NA | 基因表达数据, 空间转录组数据, 图像数据 | 多个时间点的脊髓损伤大鼠样本和细胞系样本 | NA | 单细胞RNA测序, 空间转录组学, bulk RNA-seq | NA | NA |
2157 | 2025-10-06 |
Emerging molecular Therapeutic targets in breast Cancer: Pathologic identification and clinical implications
2025-Aug, Human pathology
IF:2.7Q2
DOI:10.1016/j.humpath.2025.105881
PMID:40759284
|
综述 | 本文总结了乳腺癌当前和新兴的分子生物标志物及其在精准肿瘤学中的应用 | 系统梳理了包括液体活检、空间转录组学和高通量技术在内的新兴生物标志物发现方法及其临床转化潜力 | 生物标志物的标准化、可重复性和临床验证仍面临挑战 | 总结乳腺癌分子治疗靶点的病理学识别和临床意义 | 乳腺癌分子生物标志物 | 数字病理学 | 乳腺癌 | 下一代测序, 液体活检, 空间转录组学, 多重免疫荧光 | NA | 基因组数据, 分子标志物数据, 肿瘤微环境数据 | NA | NA | 空间转录组学, 液体活检 | NA | NA |
2158 | 2025-10-06 |
MEBOCOST maps metabolite-mediated intercellular communications using single-cell RNA-seq
2025-Jun-20, Nucleic acids research
IF:16.6Q1
DOI:10.1093/nar/gkaf569
PMID:40568942
|
研究论文 | 开发了一种基于单细胞RNA测序和代谢通量平衡分析的算法MEBOCOST,用于检测代谢物介导的细胞间通讯 | 首个专门针对代谢物介导的细胞间通讯设计的计算方法,克服了现有蛋白质导向方法的局限性 | NA | 开发检测代谢物介导细胞间通讯的计算工具 | 人类白色脂肪组织、小鼠棕色脂肪组织中的单细胞 | 生物信息学 | 肥胖相关疾病 | 单细胞RNA测序、代谢通量平衡分析 | 计算算法 | 单细胞RNA测序数据 | NA | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
2159 | 2025-10-06 |
Differences in transcriptome characteristics and drug repositioning of Alzheimer's disease according to sex
2025-06-15, Neurobiology of disease
IF:5.1Q1
DOI:10.1016/j.nbd.2025.106909
PMID:40220916
|
研究论文 | 本研究通过分析阿尔茨海默病患者外周血和前额叶皮层组织的转录组特征,探索性别差异对疾病的影响并进行药物重定位分析 | 首次系统比较男女AD患者在外周血和单细胞水平上前额叶皮层转录组的差异,并基于性别差异进行药物重定位预测 | 样本量较小(共54例),仅使用公开数据库的补充数据,需要更大规模研究验证 | 探究阿尔茨海默病中的性别特异性转录组差异及其在药物重定位中的应用 | 阿尔茨海默病患者、轻度认知障碍患者和健康对照者的外周血样本及前额叶皮层组织 | 生物信息学 | 阿尔茨海默病 | RNA-seq, snRNA-seq, 转录组分析 | NA | RNA测序数据, 单细胞转录组数据 | 54例外周血样本(15例男性AD,10例女性AD,7例男性MCI,11例女性MCI,6例男性对照,5例女性对照),另加GEO数据库中的前额叶皮层单细胞数据集 | NA | RNA-seq, 单细胞RNA-seq | NA | NA |
2160 | 2025-10-06 |
Comprehensive profiling of migratory primordial germ cells reveals niche-specific differences in non-canonical Wnt and Nodal-Lefty signaling in anterior vs posterior migrants
2025-Jun-02, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2024.08.29.610420
PMID:39257761
|
研究论文 | 通过单细胞RNA测序分析小鼠迁移期原始生殖细胞及其周围体细胞,揭示前后位置PGCs在非经典Wnt和Nodal-Lefty信号通路的差异 | 首次系统比较前后位置迁移原始生殖细胞的转录组差异,发现位置特异性信号通路变化 | 研究仅限于小鼠模型,人类数据仅通过重新分析已发表数据集验证 | 阐明迁移期原始生殖细胞在不同体细胞微环境中的转录异质性 | 小鼠原始生殖细胞和周围体细胞 | 单细胞生物学 | NA | 单细胞RNA测序,全胚胎免疫荧光染色 | NA | 单细胞转录组数据,图像数据 | 13,262个小鼠PGCs和7,868个周围体细胞 | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |