单细胞与空转测序相关文章

序号	推送日期	文章	类型	简述	创新点	不足	研究目的	研究对象	领域	病种	技术	模型	数据类型	样本量
21521	2024-08-08	Inferring Cell-type-specific Genes of Lung Cancer Based on Deep Learning 2022, Current gene therapy IF:3.8Q2 DOI:10.2174/1566523222666220324110914 PMID:35331109	研究论文	本文提出了一种基于深度学习的方法，用于推断肺腺癌中特定细胞类型的基因表达	本文融合了图卷积网络（GCN）和卷积神经网络（CNN）来构建模型，以推断肺腺癌中8种细胞类型的特定基因	由于单细胞测序技术的不足，只能检测到一小部分基因表达	旨在充分探索不同细胞类型中所有基因的表达	肺腺癌中的特定细胞类型基因	机器学习	肺腺癌	单细胞测序技术	GCN和CNN	基因表达数据	大量细胞类型特异性基因的已知样本
21522	2024-08-08	Single-Cell Analysis of Refractory Celiac Disease Demonstrates Inter- and Intra-Patient Aberrant Cell Heterogeneity 2022, Cellular and molecular gastroenterology and hepatology IF:7.1Q1 DOI:10.1016/j.jcmgh.2022.03.005 PMID:35338007	研究论文	本研究通过单细胞分析技术探讨了难治性乳糜泻II型（RCDII）中异常细胞的异质性	采用高维单细胞技术揭示了RCDII中异常细胞的肿瘤间和肿瘤内异质性	NA	旨在通过单细胞技术表征RCDII中的固有和适应性免疫系统	RCDII患者的肠道和血液样本	数字病理学	乳糜泻	单细胞质谱流式细胞术，单细胞RNA测序	NA	细胞	12名RCDII患者和6名健康对照者的样本
21523	2024-08-08	Are batch effects still relevant in the age of big data? 2022-09, Trends in biotechnology IF:14.3Q1 DOI:10.1016/j.tibtech.2022.02.005 PMID:35282901	研究论文	本文探讨了在大数据时代批次效应（BEs）的相关性及其在新技术如单细胞RNA测序中的挑战	讨论了批次效应在传统数据集与新数据环境中的模型差异，并介绍了新的测量和缓解批次效应的方法	文章未明确指出具体的局限性	探讨批次效应在大数据时代的重要性及其管理复杂性	批次效应及其在生物技术数据分析中的影响	生物技术	NA	单细胞RNA测序	NA	生物技术数据	NA
21524	2024-08-08	Interrogation of RDEB Epidermal Allografts after BMT Reveals Coexpression of Collagen VII and Keratin 15 with Proinflammatory Immune Cells and Fibroblasts 2022-09, The Journal of investigative dermatology IF:5.7Q1 DOI:10.1016/j.jid.2022.01.034 PMID:35304249	研究论文	研究探讨了接受骨髓移植后的隐性营养不良性大疱性表皮松解症（RDEB）患者表皮同种异体移植后的细胞表型，发现表皮同种异体移植细胞共表达胶原蛋白VII和角蛋白15，并揭示了潜在的炎症和纤维化表型。	首次描述了RDEB皮肤中未在健康人皮肤中发现的一种肌成纤维细胞群体，并发现表达促纤维化基因POSTN的炎症性纤维细胞，这可能与RDEB中常见的致命并发症鳞状细胞癌的发展有关。	NA	旨在确定负责持久愈合和皮肤完整性的表皮同种异体移植细胞的表型。	隐性营养不良性大疱性表皮松解症（RDEB）患者的表皮同种异体移植细胞。	NA	隐性营养不良性大疱性表皮松解症	单细胞RNA测序	NA	皮肤活检样本的RNA数据	NA
21525	2024-08-08	Intratumoral heterogeneity of MYC drives medulloblastoma metastasis and angiogenesis 2022-09-01, Neuro-oncology IF:16.4Q1 DOI:10.1093/neuonc/noac068 PMID:35307743	研究论文	本研究探讨了MYC驱动的髓母细胞瘤细胞与非MYC驱动的髓母细胞瘤细胞之间的克隆间交流，并评估了这种交流对肿瘤转移和血管生成的影响。	研究发现MYC驱动的细胞释放的乳酸脱氢酶A促进转移性播种和生长，而非MYC驱动的细胞分泌的dickkopf WNT信号通路抑制剂3促进肿瘤血管生成，通过药物和遗传抑制LDHA可以显著抑制肿瘤细胞迁移。	NA	研究MYC驱动的髓母细胞瘤细胞与非MYC驱动的髓母细胞瘤细胞之间的克隆间交流的相关性及其对肿瘤进展的影响。	髓母细胞瘤细胞的克隆间交流及其对肿瘤转移和血管生成的影响。	数字病理学	髓母细胞瘤	荧光原位杂交、单细胞转录组学、免疫组织化学、非靶向蛋白质组学、质谱法代谢物定量、HUVECs管形成试验、体内原位实验	NA	细胞	NA
21526	2024-08-08	A mouse model of the LEAP study reveals a role for CTLA-4 in preventing peanut allergy induced by environmental peanut exposure 2022-08, The Journal of allergy and clinical immunology IF:11.4Q1 DOI:10.1016/j.jaci.2022.02.024 PMID:35288169	研究论文	本文通过建立模拟LEAP研究的小鼠模型，研究了环境花生暴露引发的花生过敏中CTLA-4的作用	首次在小鼠模型中验证了CTLA-4在预防由环境花生暴露引起的花生过敏中的关键作用	研究仅限于小鼠模型，尚未在人类中进行验证	开发小鼠模型以模拟LEAP研究并探究其观察结果的潜在机制	BALB/c小鼠及其对花生产品的免疫反应	NA	花生过敏	单细胞RNA测序	NA	NA	成年BALB/c小鼠
21527	2024-08-08	Single-cell transcriptome profile of mouse skin undergoing antigen-driven allergic inflammation recapitulates findings in atopic dermatitis skin lesions 2022-08, The Journal of allergy and clinical immunology IF:11.4Q1 DOI:10.1016/j.jaci.2022.03.002 PMID:35300986	研究论文	本研究通过单细胞转录组测序分析了经抗原驱动的过敏性炎症的小鼠皮肤，并与特应性皮炎皮肤病变中的发现进行了比较	揭示了小鼠皮肤中与特应性皮炎皮肤病变相似的基因表达特征，并发现了可能参与过敏性皮肤炎症的新通路	NA	研究小鼠皮肤在抗原驱动过敏性炎症中的单细胞基因表达特征，并与人类特应性皮炎皮肤病变进行比较	小鼠皮肤细胞在抗原驱动过敏性炎症中的基因表达	数字病理学	特应性皮炎	单细胞RNA测序	NA	转录组	小鼠皮肤细胞样本
21528	2024-08-08	Differential effects on natural killer cell production by membrane-bound cytokine stimulations 2022-07, Biotechnology and bioengineering IF:3.5Q2 DOI:10.1002/bit.28086 PMID:35297033	研究论文	本研究通过开发表达膜结合细胞因子的重组K562饲养细胞系，比较了不同细胞因子对NK细胞扩增的影响	发现41BBL在促进NK细胞扩增方面起主导作用，且不引起细胞耗竭；通过单细胞测序识别了由不同细胞因子诱导的NK细胞的不同亚群	41BBL刺激降低了NK细胞的总体细胞毒性活性	探讨细胞因子信号通路在NK细胞扩增和分化中的不同作用，以改进NK细胞处理设计，提高生产效率和产品质量	NK细胞的扩增和分化	细胞生物学	NA	单细胞测序	NA	基因表达数据	涉及不同细胞因子刺激的NK细胞
21529	2024-08-08	Base-edited cynomolgus monkeys mimic core symptoms of STXBP1 encephalopathy 2022-06-01, Molecular therapy : the journal of the American Society of Gene Therapy IF:12.1Q1 DOI:10.1016/j.ymthe.2022.03.001 PMID:35283272	研究论文	本文通过碱基编辑技术在体外受精胚胎中引入STXBP1 (R292H)突变，生成携带该突变的食蟹猴模型，以模拟STXBP1脑病的关键症状。	首次通过碱基编辑技术成功生成模拟STXBP1脑病的食蟹猴模型，为研究该疾病的发病机制和治疗方法提供了新的动物模型。	文章未详细说明模型的长期效果和治疗应用的具体进展。	研究STXBP1脑病的发病机制和治疗方法。	食蟹猴模型及其在STXBP1脑病研究中的应用。	NA	神经系统疾病	碱基编辑技术	NA	单细胞测序数据	文章未明确提及具体的样本数量。
21530	2024-08-08	Single-cell RNA-seq identification of four differentially expressed survival-related genes by a TARGET: Osteosarcoma database analysis 2022-06, Experimental biology and medicine (Maywood, N.J.) DOI:10.1177/15353702221080131 PMID:35285281	研究论文	本研究利用单细胞RNA测序技术，分析了骨肉瘤数据库中的数据，识别了四种与生存相关的差异表达基因	揭示了骨肉瘤细胞的异质性和细胞类型依赖的差异表达基因，这些基因可能作为骨肉瘤的治疗靶点	NA	识别骨肉瘤中特异表达的关键差异表达基因，并探讨其在治疗中的潜在应用	骨肉瘤细胞及其差异表达基因	数字病理学	骨肉瘤	单细胞RNA测序	NA	基因表达数据	来自骨肉瘤肿瘤组织的九种不同细胞群体
21531	2024-08-08	Mapping the human kidney using single-cell genomics 2022-06, Nature reviews. Nephrology DOI:10.1038/s41581-022-00553-4 PMID:35301441	研究论文	本文利用单细胞基因组学和空间技术，深入研究了人类肾脏的细胞组成和时空相互作用，特别是在胎儿肾脏发育、健康成人肾脏细胞异质性以及肾脏疾病中的应用。	文章通过单细胞技术揭示了急性肾损伤、肾小球疾病和肾细胞癌中特定细胞类型的深入特征，为开发新的治疗和预后生物标志物提供了潜在可能。	NA	旨在通过单细胞基因组学技术，绘制人类肾脏的细胞图谱，以更好地理解发育中、健康和疾病状态下肾脏的细胞过程和相互作用。	人类肾脏的细胞组成、时空相互作用以及在肾脏疾病中的应用。	基因组学	肾脏疾病	单细胞技术	NA	基因组数据	NA
21532	2024-08-08	Single-cell RNA sequencing of mast cells in eosinophilic esophagitis reveals heterogeneity, local proliferation, and activation that persists in remission 2022-06, The Journal of allergy and clinical immunology IF:11.4Q1 DOI:10.1016/j.jaci.2022.02.025 PMID:35304158	研究论文	本研究利用单细胞RNA测序技术，对嗜酸性食管炎患者食管中的肥大细胞进行了全面的分子和空间特征分析	首次揭示了嗜酸性食管炎患者食管中肥大细胞的异质性、局部增殖和激活状态，即使在疾病缓解期也保持激活状态	NA	旨在对嗜酸性食管炎患者食管中的肥大细胞进行全面的分子和空间特征分析	嗜酸性食管炎患者食管中的肥大细胞	数字病理学	嗜酸性食管炎	单细胞RNA测序	NA	单细胞RNA	39,562个单个食管细胞，其中约5%为肥大细胞
21533	2024-08-08	ScRNA-seq identified the metabolic reprogramming of human colonic immune cells in different locations and disease states 2022-05-14, Biochemical and biophysical research communications IF:2.5Q3 DOI:10.1016/j.bbrc.2022.03.034 PMID:35303685	研究论文	本研究通过单细胞RNA测序技术，探讨了人类结肠不同区域和疾病状态下免疫细胞的代谢重编程机制	揭示了结肠不同区域和疾病状态下免疫细胞的代谢重编程模式，并提供了通过免疫代谢调节治疗溃疡性结肠炎的新见解	NA	研究人类结肠不同区域和疾病状态下免疫细胞的免疫代谢机制	人类结肠的免疫细胞，特别是巨噬细胞、CD8 T细胞和IgA浆细胞	数字病理学	溃疡性结肠炎	单细胞RNA测序	NA	基因表达数据	具体样本数量未在摘要中提及
21534	2024-08-08	Learning deep features and topological structure of cells for clustering of scRNA-sequencing data 2022-05-13, Briefings in bioinformatics IF:6.8Q1 DOI:10.1093/bib/bbac068 PMID:35302164	研究论文	提出了一种新的深度学习子空间聚类算法（scGDC），用于单细胞RNA测序数据中的细胞类型聚类，该算法同时学习细胞的深度特征和拓扑结构	scGDC通过引入自表示层扩展自编码器以提取细胞的深度特征，并学习细胞的亲和图，提供了一种更全面的方法来表征细胞类型的结构。此外，scGDC利用生成对抗学习将不同类型的细胞投影到不同的子空间，以更好地区分稀有细胞类型	NA	解决单细胞RNA测序数据中的噪声、高维度和极端稀疏性问题，提高算法的性能和可解释性	单细胞RNA测序数据中的细胞类型	机器学习	NA	scRNA-seq	自编码器，生成对抗网络	基因转录组数据	15个单细胞RNA测序数据集，细胞数量从56到63,103不等
21535	2024-08-08	The XRN1-regulated RNA helicase activity of YTHDC2 ensures mouse fertility independently of m6A recognition 2022-05-05, Molecular cell IF:14.5Q1 DOI:10.1016/j.molcel.2022.02.034 PMID:35305312	研究论文	本文研究了YTHDC2蛋白在鼠类生殖中的作用，发现其RNA解旋酶活性而非m6A识别功能对维持鼠类生育能力至关重要。	首次揭示了YTHDC2的RNA解旋酶活性在哺乳动物生育中的关键作用，并发现其与XRN1酶的相互作用增强了这一活性。	NA	探讨YTHDC2蛋白在哺乳动物生殖中的分子功能及其对生育能力的影响。	YTHDC2蛋白及其在鼠类生殖中的作用。	分子生物学	NA	单细胞转录组学	NA	RNA	涉及鼠类和斑马鱼的生殖细胞。
21536	2024-08-08	Human cerebral organoids reveal progenitor pathology in EML1-linked cortical malformation 2022-05-04, EMBO reports IF:6.5Q1 DOI:10.15252/embr.202154027 PMID:35289477	研究论文	本研究利用源自患者和基因编辑诱导多能干细胞的大脑类器官，探讨了由echinoderm microtubule-associated protein-like 1 (EML1)基因突变引起的复杂皮质发育畸形相关的病理生理变化。	首次使用大脑类器官模型来研究EML1突变引起的皮质发育畸形，揭示了异常神经祖细胞的起源及其分子机制。	NA	深入理解EML1突变引起的皮质发育畸形的分子基础。	EML1突变对大脑皮质发育的影响及其病理生理机制。	数字病理学	皮质发育畸形	单细胞RNA测序	大脑类器官	细胞	源自患者和基因编辑诱导多能干细胞的大脑类器官
21537	2024-08-08	Osteocytes in bone aging: Advances, challenges, and future perspectives 2022-05, Ageing research reviews IF:12.5Q1 DOI:10.1016/j.arr.2022.101608 PMID:35283289	综述	本文综述了骨细胞在骨老化中的作用，包括其形态变化、分子机制以及在年龄相关骨丢失和骨质量下降中的作用	利用先进的RNA测序技术分析骨细胞转录组，识别了与骨老化相关的基因和信号通路，并探讨了单细胞RNA测序技术在骨细胞研究中的应用前景	骨细胞的详细分子机制仍不清楚	总结骨老化和骨细胞的特征，探讨骨细胞在年龄相关骨丢失中的机制，并提供研究骨细胞转录组面临的挑战及可能的解决方案	骨细胞及其在骨老化中的作用	NA	骨质疏松症	RNA测序	NA	转录组数据	NA
21538	2024-08-08	Krüppel-like factors in bone biology 2022-05, Cellular signalling IF:4.4Q2 DOI:10.1016/j.cellsig.2022.110308 PMID:35301064	综述	本文综述了Krüppel样因子（KLF）家族在骨骼发育中的多种功能，包括其在干细胞维持和分化、细胞凋亡及细胞周期中的作用	本文填补了关于KLF家族在骨骼发育中作用的综述空白，并探讨了其在不同动物模型中的基因型-表型相关性	NA	旨在全面总结KLF家族在骨骼发育中的重要性及其通过不同信号通路的功能	KLF家族在骨骼发育中的作用及其在软骨细胞和成骨细胞发育中的表观遗传调控	NA	NA	单细胞RNA测序	NA	RNA	使用公开的小鼠后肢单细胞RNA测序数据
21539	2024-08-08	Linking the genotypes and phenotypes of cancer cells in heterogenous populations via real-time optical tagging and image analysis 2022-05, Nature biomedical engineering IF:26.8Q1 DOI:10.1038/s41551-022-00853-x PMID:35301448	研究论文	本文展示了一种定制的光学显微镜系统，结合快速自动图像分析和可见光激活染料，实现了对大型异质细胞群中特定功能细胞动态的筛选和选择性光标记，进而通过单细胞RNA测序技术，功能性注释了多种癌细胞的转录组特征，并识别了驱动侵袭性迁移和间质样形态的关键基因和通路。	本文创新性地结合了光学标记和单细胞RNA测序技术，无需依赖分子生物标志物，即可对稀有细胞亚群进行富集，并揭示功能表型背后的分子机制。	NA	旨在将癌细胞的基因型与表型联系起来，特别是在时间变化的表型变化方面，以揭示驱动肿瘤细胞亚群生长的分子机制。	研究对象包括MCF10A细胞、MDA-MB-231细胞和患者来源的头颈鳞状细胞癌。	数字病理学	头颈鳞状细胞癌	单细胞RNA测序	NA	图像	涉及多种癌细胞类型和患者来源的细胞样本
21540	2024-08-08	Understanding initiation and progression of hepatocellular carcinoma through single cell sequencing 2022-05, Biochimica et biophysica acta. Reviews on cancer DOI:10.1016/j.bbcan.2022.188720 PMID:35304295	综述	本文通过单细胞RNA测序技术探讨肝细胞癌的发病机制、微环境及免疫逃逸	提供了对肿瘤微环境、癌症干细胞、循环肿瘤细胞及免疫细胞亚群的深入理解	讨论了单细胞RNA测序技术现有的局限性和改进方向	旨在通过单细胞RNA测序技术深化对肝细胞癌的理解，以推动个性化精准治疗	肝细胞癌的发病机制、微环境及免疫逃逸	数字病理学	肝癌	单细胞RNA测序（scRNA-Seq）	NA	RNA	NA