单细胞与空转测序相关文章
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当前共找到 27435 篇文献，本页显示第 21461 - 21480 篇。
| 序号 | 推送日期 | 文章 | 类型 | 简述 | 创新点 | 不足 | 研究目的 | 研究对象 | 领域 | 病种 | 技术 | 模型 | 数据类型 | 样本量 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 21461 | 2024-08-08 |
Dietary Fiber as a Counterbalance to Age-Related Microglial Cell Dysfunction
2022, Frontiers in nutrition
IF:4.0Q2
DOI:10.3389/fnut.2022.835824
PMID:35360677
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研究论文 | 研究通过增加饮食纤维来预防或逆转与年龄相关的微胶质细胞功能障碍 | 首次探讨了饮食纤维中的菊粉对老年小鼠微胶质细胞功能的影响，并通过单细胞RNA测序和基因表达分析验证了其效果 | 研究仅限于小鼠模型，且样本量较小，需要进一步的人体研究来验证结果 | 探讨饮食纤维对年龄相关微胶质细胞功能障碍的影响 | 成年和老年小鼠的微胶质细胞 | NA | 神经退行性疾病 | 单细胞RNA测序（scRNA-seq） | NA | 基因表达数据 | 成年和老年小鼠各若干只 |
| 21462 | 2024-08-08 |
Single-Cell Transcriptome Integration Analysis Reveals the Correlation Between Mesenchymal Stromal Cells and Fibroblasts
2022, Frontiers in genetics
IF:2.8Q2
DOI:10.3389/fgene.2022.798331
PMID:35360851
|
研究论文 | 本研究通过单细胞转录组测序分析，揭示了间充质干细胞与成纤维细胞之间的相关性 | 首次通过单细胞转录组测序数据整合分析，揭示了间充质干细胞与成纤维细胞之间的细胞亚群差异及其分子机制 | 研究仅限于人类脐带和包皮间充质干细胞以及骨髓和脂肪间充质干细胞的数据，可能需要更多样本类型以验证结果的普适性 | 探究间充质干细胞与成纤维细胞之间的细胞亚群差异及其分子机制 | 人类脐带和包皮间充质干细胞以及骨髓和脂肪间充质干细胞 | 数字病理学 | NA | 单细胞转录组测序 | NA | 转录组数据 | 人类脐带和包皮间充质干细胞以及骨髓和脂肪间充质干细胞的单细胞转录组数据 |
| 21463 | 2024-08-08 |
Cell Differentiation Trajectory in Liver Cirrhosis Predicts Hepatocellular Carcinoma Prognosis and Reveals Potential Biomarkers for Progression of Liver Cirrhosis to Hepatocellular Carcinoma
2022, Frontiers in genetics
IF:2.8Q2
DOI:10.3389/fgene.2022.858905
PMID:35360852
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研究论文 | 本研究利用单细胞分化轨迹分析探讨了肝硬化与肝细胞癌的相关性，并揭示了潜在的生物标志物。 | 首次通过单细胞RNA测序数据分析肝硬化细胞分化轨迹，预测肝细胞癌的预后，并构建了基于CD34和RAMP3的预后风险评分签名。 | 研究依赖于公开数据库的数据，可能存在样本选择偏倚和数据异质性。 | 探索肝硬化进展为肝细胞癌的分子机制，并寻找潜在的预后生物标志物。 | 肝硬化和肝细胞癌的单细胞RNA测序数据及临床数据。 | 数字病理学 | 肝细胞癌 | 单细胞RNA测序（scRNA-seq） | NA | RNA序列数据 | 使用了来自Gene Expression Omnibus（GEO）和The Cancer Genome Atlas（TCGA）的肝硬化和肝细胞癌样本数据。 |
| 21464 | 2024-08-08 |
Single Cell Transcriptome Sequencing of Zebrafish Testis Revealed Novel Spermatogenesis Marker Genes and Stronger Leydig-Germ Cell Paracrine Interactions
2022, Frontiers in genetics
IF:2.8Q2
DOI:10.3389/fgene.2022.851719
PMID:35360857
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研究论文 | 本研究通过单细胞转录组测序技术分析了斑马鱼睾丸中的14,315个单细胞，揭示了新的精子发生标记基因及Leydig细胞与生殖细胞间的强旁分泌相互作用 | 首次在斑马鱼中应用单细胞RNA测序技术研究睾丸细胞组成及其基因调控，并发现了数千个细胞类型特异性新标记基因 | NA | 研究斑马鱼精子发生过程及其在人类不孕研究中的应用潜力 | 斑马鱼睾丸中的单细胞及其转录组 | 数字病理学 | 不孕症 | 单细胞RNA测序(scRNA-seq) | NA | 转录组数据 | 14,315个来自成年雄性斑马鱼睾丸的单细胞 |
| 21465 | 2024-08-08 |
Identification of Prognosis Biomarkers for High-Grade Serous Ovarian Cancer Based on Stemness
2022, Frontiers in genetics
IF:2.8Q2
DOI:10.3389/fgene.2022.861954
PMID:35360863
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研究论文 | 本研究通过整合TCGA、UCSC Xena和GEO的批量RNA-Seq样本及单细胞RNA-Seq数据，识别高级别浆液性卵巢癌的干细胞标志物和生存相关标志物 | 采用新的分析流程结合批量RNA-Seq样本、mRNA表达型干细胞指数和单细胞数据，识别出171个关键基因和一种重要的癌症干细胞亚群 | NA | 探索卵巢癌中的干细胞群体并提供潜在的治疗建议 | 高级别浆液性卵巢癌 | 数字病理学 | 卵巢癌 | RNA-Seq | NA | RNA-Seq数据 | 来自TCGA、UCSC Xena和GEO的癌症样本 |
| 21466 | 2024-08-08 |
A Multi-Omics Pan-Cancer Analysis of 4EBP1 in Cancer Prognosis and Cancer-Associated Fibroblasts Infiltration
2022, Frontiers in genetics
IF:2.8Q2
DOI:10.3389/fgene.2022.845751
PMID:35360872
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研究论文 | 本研究通过多组学方法探讨了4EBP1 mRNA、4EBP1蛋白及其磷酸化形式在泛癌中的预后价值及其与癌症相关成纤维细胞（CAFs）浸润的关系 | 首次系统分析了4EBP1及其磷酸化形式在泛癌中的表达与预后关系，并探讨了其与CAFs浸润的关联 | 研究主要基于TCGA数据库，可能存在样本选择偏倚；实验验证仅通过免疫组化染色进行，未进行更深入的功能验证 | 探究4EBP1在泛癌中的预后价值及其与CAFs浸润的关系 | 4EBP1 mRNA、4EBP1蛋白及其磷酸化形式在多种癌症中的表达与预后 | 数字病理学 | 泛癌 | 多组学分析、单细胞测序、免疫组化染色 | NA | mRNA、蛋白 | 基于TCGA项目的多种癌症样本 |
| 21467 | 2024-08-08 |
Lactobacillus paracasei BD5115-Derived 2-Hydroxy-3-Methylbutyric Acid Promotes Intestinal Epithelial Cells Proliferation by Upregulating the MYC Signaling Pathway
2022, Frontiers in nutrition
IF:4.0Q2
DOI:10.3389/fnut.2022.799053
PMID:35369066
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研究论文 | 本研究从人乳样本中分离出一株乳酸菌BD5115，并通过高脂饮食的小鼠模型证实其代谢物2-羟基-3-甲基丁酸促进肠道上皮细胞增殖，揭示了MAFF/MBP1相互作用介导的MYC信号通路调控机制。 | 本研究不仅筛选出一株能促进肠道上皮细胞增殖的菌株，还发现了一条新的信号通路，即MAFF/MBP1相互作用调控基因表达。 | 许多关于益生菌和益生元的研究仍局限于观察人体队列和动物表型，其分子机制有待进一步探索。 | 探索益生菌代谢物对健康的分子调控机制。 | 乳酸菌BD5115的代谢物及其对肠道上皮细胞增殖的影响。 | NA | NA | 单细胞测序 | NA | 基因表达数据 | 小鼠模型 |
| 21468 | 2024-08-08 |
Pseudo-Temporal Analysis of Single-Cell RNA Sequencing Reveals Trans-Differentiation Potential of Greater Epithelial Ridge Cells Into Hair Cells During Postnatal Development of Cochlea in Rats
2022, Frontiers in molecular neuroscience
IF:3.5Q2
DOI:10.3389/fnmol.2022.832813
PMID:35370544
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研究论文 | 本研究通过单细胞RNA测序分析了大鼠耳蜗基底膜在P1、P7和P14时期的基因表达图谱，揭示了耳蜗发育过程中大上皮嵴细胞向毛细胞的转分化潜力 | 首次通过单细胞轨迹分析揭示了大上皮嵴细胞的不同亚型在出生后能转分化为内毛细胞和外毛细胞 | NA | 阐明大上皮嵴细胞亚型向毛细胞转分化的关键调控基因和信号通路机制 | 大鼠耳蜗中的大上皮嵴细胞和毛细胞 | 数字病理学 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | 基因表达数据 | 大鼠耳蜗基底膜在P1、P7和P14时期的细胞样本 |
| 21469 | 2024-08-08 |
Comparison of Lung-Homing Receptor Expression and Activation Profiles on NK Cell and T Cell Subsets in COVID-19 and Influenza
2022, Frontiers in immunology
IF:5.7Q1
DOI:10.3389/fimmu.2022.834862
PMID:35371005
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研究论文 | 本文比较了COVID-19和流感患者中NK细胞和T细胞亚群的肺归巢受体表达和激活特征 | 首次详细比较了COVID-19和流感患者中NK细胞和T细胞的肺归巢受体表达和激活特征 | NA | 研究COVID-19和流感患者中NK细胞和T细胞的肺归巢受体表达和激活特征 | COVID-19和流感患者的NK细胞和T细胞亚群 | 免疫学 | 呼吸道病毒感染 | 28色流式细胞术，单细胞RNA测序 | NA | 流式细胞数据，单细胞RNA测序数据 | NA |
| 21470 | 2024-08-08 |
Single-Cell RNA Sequencing of Peripheral Blood Mononuclear Cells From Pediatric Coeliac Disease Patients Suggests Potential Pre-Seroconversion Markers
2022, Frontiers in immunology
IF:5.7Q1
DOI:10.3389/fimmu.2022.843086
PMID:35371081
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研究论文 | 本研究使用单细胞RNA测序技术分析了儿童乳糜泻患者外周血单个核细胞的基因表达，以寻找潜在的早期诊断标志物 | 首次利用单细胞RNA测序技术在乳糜泻患者中识别出疾病发生前和发生时的基因和通路变化，为早期诊断提供了新的潜在标志物 | 研究样本量较小，且仅限于儿童乳糜泻患者，结果的普遍性和适用性有待进一步验证 | 寻找乳糜泻的早期诊断标志物，以预防广泛的绒毛萎缩和严重症状及并发症 | 儿童乳糜泻患者的外周血单个核细胞 | 数字病理学 | 乳糜泻 | 单细胞RNA测序 | NA | 基因表达数据 | 11名儿童乳糜泻患者和10名匹配的对照个体的外周血单个核细胞样本 |
| 21471 | 2024-08-08 |
Single Cell Technologies: Beyond Microfluidics
2021-07-29, Kidney360
IF:3.2Q1
DOI:10.34067/KID.0001822021
PMID:35368355
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research paper | 本文探讨了不依赖微流控技术的单细胞RNA测序（scRNA-seq）新方法 | 介绍了不依赖微流控技术的新型scRNA-seq方法，这些方法成本低、高度可定制，适用于具备分子生物学知识的实验室 | 目前广泛采用的10× Genomics解决方案存在高成本、中等通量和固定试剂盒组件导致的不可定制性 | 研究不依赖微流控技术的单细胞RNA测序新方法 | 单细胞RNA测序技术 | digital pathology | NA | scRNA-seq | NA | NA | NA |
| 21472 | 2024-08-08 |
Network-Based Structural Learning Nonnegative Matrix Factorization Algorithm for Clustering of scRNA-Seq Data
2023 Jan-Feb, IEEE/ACM transactions on computational biology and bioinformatics
DOI:10.1109/TCBB.2022.3161131
PMID:35316190
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研究论文 | 本文提出了一种基于网络的结构学习非负矩阵分解算法（SLNMF），用于单细胞RNA测序（scRNA-seq）数据的细胞类型识别和轨迹推断 | SLNMF算法通过构建细胞间的相似网络并利用网络拓扑结构提取细胞的潜在特征，通过结构约束保留网络结构信息，显著提高了细胞类型识别和轨迹推断的性能 | NA | 开发一种新的算法以提高scRNA-seq数据中细胞类型识别和细胞轨迹推断的准确性 | scRNA-seq数据中的细胞类型和细胞轨迹 | 生物信息学 | NA | 非负矩阵分解 | SLNMF算法 | scRNA-seq数据 | 14个scRNA-seq数据集，单细胞数量从49到26,484不等 |
| 21473 | 2024-08-08 |
Cellular heterogeneity and transcriptomic profiles during intrahepatic cholangiocarcinoma initiation and progression
2022-11, Hepatology (Baltimore, Md.)
DOI:10.1002/hep.32483
PMID:35340039
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研究论文 | 本研究通过单细胞RNA测序技术，分析了肝内胆管癌（ICC）在不同阶段的转录组特征，揭示了细胞异质性和关键调节因子在ICC起始和进展中的作用 | 首次揭示了锌指蛋白Zmiz1和Ybx1作为核心转录因子在应激反应和ICC增殖亚型中的作用，并证实了纤维母细胞-内皮细胞相互作用促进ICC发展的机制 | NA | 旨在揭示肝内胆管癌的起源、细胞异质性和关键调节因子在ICC起始和进展中的作用 | 肝内胆管癌（ICC）及其相关细胞类型 | 数字病理学 | 肝内胆管癌 | 单细胞RNA测序（scRNA-seq） | NA | 转录组数据 | 使用了AKT/Notch细胞内域诱导的小鼠ICC组织样本，包括早期、中期和晚期阶段 |
| 21474 | 2024-08-08 |
Endothelial OCT4 is atheroprotective by preventing metabolic and phenotypic dysfunction
2022-08-24, Cardiovascular research
IF:10.2Q1
DOI:10.1093/cvr/cvac036
PMID:35325071
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研究论文 | 本文探讨了OCT4在血管内皮细胞中的保护作用及其机制 | 首次证明了OCT4在血管内皮细胞中具有保护性的代谢功能，并揭示了OCT4/ABCG2轴在维持内皮细胞代谢稳态中的作用 | NA | 研究OCT4在血管内皮细胞中的功能及其对动脉粥样硬化的影响 | 血管内皮细胞中的OCT4 | NA | 动脉粥样硬化 | 单细胞RNA测序 | NA | RNA | NA |
| 21475 | 2024-08-08 |
Spatial charting of single-cell transcriptomes in tissues
2022-08, Nature biotechnology
IF:33.1Q1
DOI:10.1038/s41587-022-01233-1
PMID:35314812
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研究论文 | 本文开发了一种名为CellTrek的计算方法，结合单细胞RNA测序和空间转录组学数据，实现单细胞的空间映射 | CellTrek通过共同嵌入和度量学习方法，将单细胞转录组数据与空间信息相结合，实现了单细胞的空间映射 | NA | 开发一种能够结合单细胞RNA测序和空间转录组学数据的方法，以实现单细胞的空间映射 | 小鼠大脑和肾脏组织，以及两个原位导管癌组织 | 生物信息学 | 原位导管癌 | 单细胞RNA测序，空间转录组学 | 共同嵌入和度量学习 | 转录组数据 | 两个原位导管癌组织 |
| 21476 | 2024-08-08 |
Single-cell transcriptomics of mouse lung reveal inflammatory memory neutrophils in allergic asthma
2022-06, Allergy
IF:12.6Q1
DOI:10.1111/all.15286
PMID:35315082
|
NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA |
| 21477 | 2024-08-08 |
Gene expression changes following chronic antipsychotic exposure in single cells from mouse striatum
2022-06, Molecular psychiatry
IF:9.6Q1
DOI:10.1038/s41380-022-01509-7
PMID:35322200
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研究论文 | 本研究通过单细胞RNA测序技术，分析了慢性抗精神病药物暴露对小鼠纹状体中单个细胞基因表达的影响 | 首次直接比较了抗精神病药物诱导的差异表达基因与精神分裂症相关基因的重叠，并强调了单细胞RNA测序在揭示抗精神病药物作用机制和与精神病基因组研究联系中的重要性 | NA | 探讨慢性抗精神病药物暴露对小鼠纹状体中单个细胞基因表达的影响，并比较这些差异表达基因与精神分裂症相关基因的重叠 | 小鼠纹状体中的单个细胞 | 基因组学 | 精神分裂症 | 单细胞RNA测序 | NA | 基因表达数据 | 雄性C57BL/6J小鼠纹状体样本，分为接受典型抗精神病药物（氟哌啶醇）、非典型抗精神病药物（奥氮平）或安慰剂处理组 |
| 21478 | 2024-08-08 |
TWO-SIGMA-G: a new competitive gene set testing framework for scRNA-seq data accounting for inter-gene and cell-cell correlation
2022-05-13, Briefings in bioinformatics
IF:6.8Q1
DOI:10.1093/bib/bbac084
PMID:35325048
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研究论文 | 本文提出了一个新的竞争性基因集测试框架TWO-SIGMA-G，用于处理scRNA-seq数据中的基因间和细胞间相关性 | TWO-SIGMA-G采用基于先前发布的TWO-SIGMA的混合效应回归模型，能够灵活处理复杂实验设计，考虑生物重复间的相关性，并适应scRNA-seq数据的分布，以提高统计推断的准确性。此外，TWO-SIGMA-G还采用了一种新颖的方法来调整基因集级别的基因间相关性（IGC），以控制集级别的假阳性率 | NA | 开发一种新的竞争性基因集测试框架，以提高scRNA-seq数据分析的准确性和效率 | scRNA-seq数据中的基因集测试 | 生物信息学 | NA | scRNA-seq | 混合效应回归模型 | 基因表达数据 | 涉及两个数据集，分别用于分析HIV相关干扰素通路在小鼠异种移植模型和人类阿尔茨海默病进展相关通路 |
| 21479 | 2024-08-08 |
Key benefits of dexamethasone and antibody treatment in COVID-19 hamster models revealed by single-cell transcriptomics
2022-05-04, Molecular therapy : the journal of the American Society of Gene Therapy
IF:12.1Q1
DOI:10.1016/j.ymthe.2022.03.014
PMID:35339689
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研究论文 | 研究使用单细胞转录组学分析了地塞米松和抗SARS-CoV-2抗体在COVID-19仓鼠模型中的治疗效果 | 揭示了地塞米松和抗SARS-CoV-2抗体联合治疗在减少肺部病毒负担和抑制炎症反应中的协同效应 | 研究仅限于仓鼠模型，可能需要进一步的人体试验验证 | 更好地理解地塞米松和抗SARS-CoV-2抗体对COVID-19感染和宿主反应的影响 | COVID-19仓鼠模型中的肺部免疫反应 | 数字病理学 | COVID-19 | 单细胞转录组学 | NA | 转录组数据 | 使用了两个COVID-19仓鼠模型 |
| 21480 | 2024-08-08 |
Genetic mosaicism in the human brain: from lineage tracing to neuropsychiatric disorders
2022-05, Nature reviews. Neuroscience
DOI:10.1038/s41583-022-00572-x
PMID:35322263
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综述 | 本文综述了遗传嵌合现象在人脑中的研究进展，及其对神经发育和神经精神疾病的潜在影响 | 利用下一代和单细胞测序技术研究正常组织中的遗传嵌合现象，揭示了前所未有的克隆结构和生理学见解 | NA | 探讨遗传嵌合现象在人脑发育和疾病中的作用 | 人脑中的遗传嵌合现象及其对神经发育和神经精神疾病的影响 | NA | 自闭症谱系障碍 | 下一代测序技术，单细胞测序技术 | NA | 基因组数据 | NA |