单细胞与空转测序相关文章
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当前共找到 27435 篇文献，本页显示第 21441 - 21460 篇。
| 序号 | 推送日期 | 文章 | 类型 | 简述 | 创新点 | 不足 | 研究目的 | 研究对象 | 领域 | 病种 | 技术 | 模型 | 数据类型 | 样本量 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 21441 | 2024-08-08 |
Comprehensive generation, visualization, and reporting of quality control metrics for single-cell RNA sequencing data
2022-03-30, Nature communications
IF:14.7Q1
DOI:10.1038/s41467-022-29212-9
PMID:35354805
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研究论文 | 本文介绍了SCTK-QC管道，用于单细胞RNA测序数据的质量控制指标的生成、可视化和报告 | SCTK-QC管道整合了多个单细胞平台的预处理工具，并提供了空滴检测、标准QC指标生成、双峰预测和环境RNA估计等功能 | NA | 简化并标准化单细胞RNA测序数据的质量控制过程 | 单细胞RNA测序数据的质量控制 | 生物信息学 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | RNA测序数据 | NA |
| 21442 | 2024-08-08 |
Human forebrain organoids reveal connections between valproic acid exposure and autism risk
2022-03-29, Translational psychiatry
IF:5.8Q1
DOI:10.1038/s41398-022-01898-x
PMID:35351869
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研究论文 | 本研究使用人前脑类器官（hFOs）探讨了丙戊酸（VPA）暴露与自闭症谱系障碍（ASD）风险之间的关联 | 首次使用三维细胞培养的人前脑类器官来研究VPA对ASD风险的影响，揭示了VPA暴露对神经发育相关基因表达的影响 | 研究仅限于体外模型，未来需要进一步的体内研究来验证这些发现 | 探讨VPA暴露如何增加ASD风险，并揭示其潜在的分子机制 | 人前脑类器官（hFOs）中的基因表达和突触传递 | 神经科学 | 自闭症谱系障碍 | 单细胞RNA测序，微电极阵列 | NA | 基因表达数据 | 未具体说明样本数量 |
| 21443 | 2024-08-08 |
Single-cell transcriptomic analysis suggests two molecularly subtypes of intrahepatic cholangiocarcinoma
2022-03-28, Nature communications
IF:14.7Q1
DOI:10.1038/s41467-022-29164-0
PMID:35347134
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研究论文 | 本研究通过单细胞RNA测序分析了14对肝内胆管癌（iCCA）肿瘤和非肿瘤肝组织的144,878个细胞，发现了两种分子亚型的iCCA，并探讨了其肿瘤微环境的差异 | 首次通过单细胞RNA测序揭示了肝内胆管癌的两种分子亚型及其肿瘤微环境的差异 | 研究样本量相对较小，可能需要进一步扩大样本以验证结果的普遍性 | 深入理解肝内胆管癌的分类和肿瘤微环境 | 肝内胆管癌（iCCA）的肿瘤细胞和非肿瘤肝组织细胞 | 数字病理学 | 肝内胆管癌 | 单细胞RNA测序 | NA | 基因表达数据 | 14对肝内胆管癌肿瘤和非肿瘤肝组织的144,878个细胞 |
| 21444 | 2024-08-08 |
Global transcriptomic characterization of T cells in individuals with chronic HIV-1 infection
2022-Mar-28, Cell discovery
IF:13.0Q1
DOI:10.1038/s41421-021-00367-x
PMID:35351857
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研究论文 | 本研究通过单细胞RNA测序技术分析了慢性HIV-1感染者的外周T细胞转录组特征 | 揭示了慢性HIV-1感染者中T细胞的显著变化，包括幼稚T细胞的丧失、持续炎症和干扰素-α反应的增加，以及CD4和CD8效应细胞群的扩张 | NA | 深入理解HIV-1感染的发病机制并开发新的免疫靶向治疗策略 | 慢性HIV-1感染者的外周T细胞 | 数字病理学 | HIV-1感染 | 单细胞RNA测序 | NA | 转录组数据 | 14名慢性HIV-1感染者（包括9名未治疗和8名接受抗逆转录病毒治疗的患者）和4名健康捐赠者 |
| 21445 | 2024-08-08 |
Putting genes on the map: Spatial transcriptomics of the maize shoot apical meristem
2022-03-28, Plant physiology
IF:6.5Q1
DOI:10.1093/plphys/kiab601
PMID:35355051
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NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA |
| 21446 | 2024-08-08 |
BarWare: efficient software tools for barcoded single-cell genomics
2022-Mar-27, BMC bioinformatics
IF:2.9Q1
DOI:10.1186/s12859-022-04620-2
PMID:35346022
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研究论文 | 本文介绍了BarWare工具集，用于高效处理和解析大规模单细胞基因组学研究中的条形码数据 | 开发了BarCounter和BarMixer工具，分别用于计算条形码计数和解析混合单细胞数据，提高了样本解析的效率 | NA | 开发高效的软件工具以满足大规模单细胞基因组学研究中样本解析的计算需求 | 单细胞基因组学数据 | 基因组学 | NA | scRNA-seq | NA | 基因组数据 | 多个含有条形码的10x Genomics scRNA-seq数据孔 |
| 21447 | 2024-08-08 |
A Robust Discovery Platform for the Identification of Novel Mediators of Melanoma Metastasis
2022-03-08, Journal of visualized experiments : JoVE
DOI:10.3791/63186
PMID:35343960
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研究论文 | 本文建立了一个系统的工作流程，使用稳健、可重复的体内模型和标准化方法来识别黑色素瘤转移中的新介质 | 本文采用了一种优化的流程，包括标准化协议，用于移植、监测、组织收获、处理和分析，适用于患者来源的短期培养和已建立的人类及小鼠细胞系 | NA | 识别黑色素瘤转移中的新介质 | 黑色素瘤细胞及其在体内的转移过程 | 数字病理学 | 黑色素瘤 | 单细胞RNA测序 | NA | 图像 | 使用小鼠模型进行实验 |
| 21448 | 2024-08-08 |
Epigenetic alterations at distal enhancers are linked to proliferation in human breast cancer
2022-Mar, NAR cancer
IF:3.4Q2
DOI:10.1093/narcan/zcac008
PMID:35350772
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研究论文 | 本文通过整合DNA甲基化和基因表达数据进行全基因组表达-甲基化数量性状位点（emQTL）分析，以识别受表观遗传控制的疾病驱动通路 | 本文首次报道了在侵袭性乳腺癌肿瘤中，增强子甲基化在驱动增殖的转录因子结合位点的全基因组丢失，并伴随增殖相关基因的高表达 | NA | 研究乳腺癌中表观遗传改变与细胞增殖之间的关系 | 乳腺癌中的DNA甲基化、基因表达及细胞增殖 | 数字病理学 | 乳腺癌 | DNA甲基化测序 | NA | 基因表达数据 | NA |
| 21449 | 2024-08-08 |
Single-cell RNA sequencing technologies and applications: A brief overview
2022-03, Clinical and translational medicine
IF:7.9Q1
DOI:10.1002/ctm2.694
PMID:35352511
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综述 | 本文简要概述了单细胞RNA测序（scRNA-seq）技术及其在生物学和医学领域的应用 | scRNA-seq技术能够揭示单个细胞内RNA转录本的异质性和复杂性，以及高度组织化的组织/器官/生物体中不同细胞类型和功能的组成 | 尽管scRNA-seq技术在各个领域展示了巨大的潜力，但仍存在一些挑战需要克服，如技术实施中的关键步骤和数据处理的复杂性 | 旨在提供scRNA-seq技术的简要概述，并解释其在理解健康和疾病中的关键应用 | 单细胞RNA测序技术及其在生物学和医学领域的应用 | 基因组学 | NA | 单细胞RNA测序（scRNA-seq） | NA | RNA序列数据 | NA |
| 21450 | 2024-08-08 |
Ferroptosis-associated molecular classification characterized by distinct tumor microenvironment profiles in colorectal cancer
2022, International journal of biological sciences
IF:8.2Q1
DOI:10.7150/ijbs.69808
PMID:35342352
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研究论文 | 本研究通过综合分析转录组学、基因组学和单细胞转录组数据，揭示了结直肠癌中与铁死亡相关的分子分类及其与肿瘤微环境的关系 | 首次识别出三种与铁死亡相关的簇（FAC1、FAC2和FAC3），并发现它们与不同的临床结果和生物学途径相关 | NA | 探讨铁死亡相关基因在免疫调节和肿瘤微环境形成中的潜在作用 | 结直肠癌中的铁死亡相关模式 | 数字病理学 | 结直肠癌 | 转录组学、基因组学、单细胞转录组分析 | NA | 转录组数据 | 1251个结直肠癌样本 |
| 21451 | 2024-08-08 |
Antibody-Oligonucleotide Conjugation Using a SPAAC Copper-Free Method Compatible with 10× Genomics' Single-Cell RNA-Seq
2022, Methods in molecular biology (Clifton, N.J.)
DOI:10.1007/978-1-0716-2160-8_6
PMID:35344168
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研究论文 | 本文介绍了一种无铜点击化学方法用于生成抗体-寡核苷酸复合物，并展示了其在10×基因组学液滴法单细胞RNA测序工作流程中的应用 | 提出了一种无铜点击化学方法，用于高效且成本效益地结合蛋白质组学和转录组学分析 | NA | 开发一种新的方法，用于在单细胞分析中结合细胞表面蛋白质组数据和基因表达分析 | 抗体-寡核苷酸复合物及其在单细胞RNA测序中的应用 | 基因组学 | NA | 无铜点击化学 | NA | RNA-seq | NA |
| 21452 | 2024-08-08 |
Methods to Analyze the Developmental Trajectory of Human Primary NK Cells Using Monocle and SCENIC Analyses
2022, Methods in molecular biology (Clifton, N.J.)
DOI:10.1007/978-1-0716-2160-8_7
PMID:35344169
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研究论文 | 本文描述了使用Monocle和SCENIC分析方法来分析人类原代NK细胞发育轨迹的单细胞RNA测序和生物信息学分析策略 | 开发了独特的方法来确定人类NK细胞的转录组特征，并提供了数据分析路线图 | NA | 旨在更好地理解人类NK细胞亚群的单细胞转录组及其在临床治疗中的应用 | 人类原代NK细胞及其在抗肿瘤和抗病毒效应功能中的作用 | 数字病理学 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | 转录组数据 | 人类外周血中NK细胞占淋巴细胞总数的10-20% |
| 21453 | 2024-08-08 |
Methods for Isolating and Defining Single-Cell Transcriptomes of Tissue-Resident Human NK Cells
2022, Methods in molecular biology (Clifton, N.J.)
DOI:10.1007/978-1-0716-2160-8_8
PMID:35344170
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研究论文 | 本文提供了分离和分析组织驻留人NK细胞单细胞转录组的方法 | 使用单细胞RNA测序技术，提高了细胞异质性的分辨率，并更好地理解了细胞间的相互作用 | 目前对组织驻留NK细胞的发育、归巢和功能了解不足，限制了特定器官临床治疗的发展 | 定义组织驻留NK细胞的转录组特征和转录调控 | 组织驻留人NK细胞 | 数字病理学 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | 转录组 | NA |
| 21454 | 2024-08-08 |
Bioinformatics Analysis Combined With Experiments Predicts PUDP as a Potential Prognostic Biomarker for Hepatocellular Carcinoma Through Its Interaction With Tumor Microenvironment
2022, Frontiers in oncology
IF:3.5Q2
DOI:10.3389/fonc.2022.830174
PMID:35350563
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研究论文 | 本研究通过生物信息学分析结合实验，预测PUDP作为肝细胞癌的潜在预后生物标志物，并通过其与肿瘤微环境的相互作用进行验证 | 首次揭示PUDP在肝细胞癌中的潜在致癌作用及其与免疫细胞浸润和免疫检查点表达的正相关性 | 研究主要基于生物信息学分析和有限的实验验证，需要进一步的临床试验验证 | 探索PUDP作为肝细胞癌预后生物标志物的潜在作用及其与肿瘤微环境的关系 | PUDP在肝细胞癌中的表达及其与肿瘤微环境和免疫治疗反应的关系 | 数字病理学 | 肝细胞癌 | 单细胞RNA测序 | NA | 基因表达数据 | 15对肝细胞癌和正常邻近组织样本 |
| 21455 | 2024-08-08 |
Upregulation of MTA1 in Colon Cancer Drives A CD8+ T Cell-Rich But Classical Macrophage-Lacking Immunosuppressive Tumor Microenvironment
2022, Frontiers in oncology
IF:3.5Q2
DOI:10.3389/fonc.2022.825783
PMID:35350571
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研究论文 | 本研究探讨了MTA1蛋白在结直肠癌中的上调如何影响肿瘤微环境，特别是肿瘤相关巨噬细胞和细胞毒性T淋巴细胞的作用 | 首次揭示了MTA1在结直肠癌中通过调节肿瘤相关巨噬细胞影响肿瘤微环境的机制 | NA | 阐明MTA1在结直肠癌肿瘤微环境中的调控作用及其对细胞毒性T淋巴细胞抗肿瘤效应的影响 | MTA1蛋白、肿瘤相关巨噬细胞、细胞毒性T淋巴细胞 | 数字病理学 | 结直肠癌 | 免疫组化染色、流式细胞术、生物信息学分析 | NA | 组织、细胞 | 结直肠癌组织阵列、HCT116细胞、TCGA结直肠癌队列和单细胞RNA测序数据 |
| 21456 | 2024-08-08 |
Metabolic Landscape of Bronchoalveolar Lavage Fluid in Coronavirus Disease 2019 at Single Cell Resolution
2022, Frontiers in immunology
IF:5.7Q1
DOI:10.3389/fimmu.2022.829760
PMID:35350779
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研究论文 | 本文通过重新分析单细胞RNA测序数据中的代谢相关基因谱，描绘了冠状病毒病2019患者支气管肺泡灌洗液免疫细胞的代谢景观，并阐明了可能导致COVID-19进展和细胞因子风暴的代谢重塑机制 | 本文首次揭示了COVID-19患者免疫细胞中增强的糖酵解是最重要的共同代谢特征，并识别了CCL2 T细胞、高SPP1表达的2组巨噬细胞和髓样树突状细胞是感染肺组织产生细胞因子风暴的主要贡献者 | NA | 阐明COVID-19患者免疫细胞的代谢特征及其在疾病进展和细胞因子风暴中的作用 | 冠状病毒病2019患者的支气管肺泡灌洗液免疫细胞 | 数字病理学 | 冠状病毒病2019 | 单细胞RNA测序 | NA | 基因表达数据 | 具体样本数量未在摘要中提及 |
| 21457 | 2024-08-08 |
Molecular Characterization of Differentiated-Resistance MSC Subclones by Single-Cell Transcriptomes
2022, Frontiers in cell and developmental biology
IF:4.6Q1
DOI:10.3389/fcell.2022.699144
PMID:35356283
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研究论文 | 本文通过单细胞转录组分析，研究了间充质干细胞（MSCs）中分化抵抗亚克隆的分子特征及其在肿瘤发生中的作用 | 首次在单细胞水平上揭示了分化抵抗的间充质干细胞（DR-MSCs）与肿瘤启动细胞的相似性，并探讨了YAP1信号通路在其中的作用 | NA | 探讨间充质干细胞中分化抵抗亚克隆的分子机制及其在肿瘤发生中的作用 | 间充质干细胞（MSCs）的分化抵抗亚克隆 | 数字病理学 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | 转录组数据 | 56个临床队列 |
| 21458 | 2024-08-08 |
Single-Cell RNA Sequencing Revealed a 3-Gene Panel Predicted the Diagnosis and Prognosis of Thyroid Papillary Carcinoma and Associated With Tumor Immune Microenvironment
2022, Frontiers in oncology
IF:3.5Q2
DOI:10.3389/fonc.2022.862313
PMID:35359404
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研究论文 | 本研究通过单细胞RNA测序（scRNA-seq）筛选甲状腺乳头状癌（PTC）的预后相关基因，并基于TCGA-THCA数据构建诊断和预后模型，评估肿瘤免疫微环境与预后模型的关联。 | 本研究首次通过scRNA-seq技术筛选出与PTC预后相关的三个基因（FN1, CLU, ANXA1），并构建了基于这些基因的诊断和预后模型，同时探讨了肿瘤免疫微环境与预后模型的关联。 | 本研究主要基于公共数据库和TCGA-THCA数据进行分析，需要进一步的临床验证来证实模型的准确性和实用性。 | 筛选甲状腺乳头状癌的预后相关基因，构建诊断和预后模型，并评估肿瘤免疫微环境与预后模型的关联。 | 甲状腺乳头状癌（PTC）及其免疫微环境。 | 数字病理学 | 甲状腺癌 | 单细胞RNA测序（scRNA-seq） | NA | 基因表达数据 | 20例肿瘤组织及相邻正常组织 |
| 21459 | 2024-08-08 |
Chicken Peripheral Blood Mononuclear Cells Response to Avian Leukosis Virus Subgroup J Infection Assessed by Single-Cell RNA Sequencing
2022, Frontiers in microbiology
IF:4.0Q2
DOI:10.3389/fmicb.2022.800618
PMID:35359721
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研究论文 | 本研究通过单细胞RNA测序技术分析了感染禽白血病病毒J亚群的鸡外周血单个核细胞的反应 | 首次通过单细胞RNA测序技术详细描述了鸡外周血单个核细胞在禽白血病病毒J亚群感染后的细胞亚群及其分子和细胞特征 | NA | 旨在确定鸡外周血单个核细胞的亚群及其在禽白血病病毒J亚群感染后的特定分子和细胞特征 | 鸡外周血单个核细胞在禽白血病病毒J亚群感染后的反应 | 数字病理学 | 禽病 | 单细胞RNA测序 | NA | RNA | 感染和未感染禽白血病病毒J亚群的鸡的外周血单个核细胞 |
| 21460 | 2024-08-08 |
Integrated Analysis Highlights the Immunosuppressive Role of TREM2+ Macrophages in Hepatocellular Carcinoma
2022, Frontiers in immunology
IF:5.7Q1
DOI:10.3389/fimmu.2022.848367
PMID:35359989
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研究论文 | 本研究系统分析了人类肝细胞癌组织中的单细胞转录组，发现TREM2主要由肿瘤组织中富集的脂质相关巨噬细胞亚群表达，并探讨了其在肝细胞癌中的免疫抑制作用。 | 首次系统揭示了TREM2在肝细胞癌肿瘤微环境中的免疫抑制作用，并阐明了其与不良临床预后的关联。 | 研究主要基于单细胞转录组分析和免疫组化，未来需更多体内外实验验证TREM2 LAM-like细胞的具体功能和机制。 | 探讨TREM2信号在肝细胞癌肿瘤微环境中的作用及其对患者预后的影响。 | 肝细胞癌组织中的TREM2+巨噬细胞及其在肿瘤微环境中的作用。 | 数字病理学 | 肝细胞癌 | 单细胞RNA测序 | NA | 转录组数据 | 涉及多个肝细胞癌患者组织的单细胞转录组数据 |