单细胞与空转测序相关文章
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当前共找到 32431 篇文献，本页显示第 21381 - 21400 篇。
| 序号 | 推送日期 | 文章 | 类型 | 简述 | 创新点 | 不足 | 研究目的 | 研究对象 | 领域 | 病种 | 技术 | 模型 | 数据类型 | 样本量 | 平台公司 | 平台技术 | 具体产品 | 平台详情 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 21381 | 2024-08-07 |
Functionalized Lineage Tracing for the Study and Manipulation of Heterogeneous Cell Populations
2022, Methods in molecular biology (Clifton, N.J.)
DOI:10.1007/978-1-0716-1811-0_8
PMID:35094325
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研究论文 | 本文介绍了COLBERT方法，通过使用独特的单引导RNA（sgRNA）条形码作为功能标签来识别和召回特定的细胞谱系 | COLBERT方法利用sgRNA条形码稳定整合并主动转录，使得所有细胞后代都包含亲本条形码并产生功能性sgRNA，从而实现对异质细胞群中特定谱系的追踪和分离 | NA | 研究并操控异质细胞群 | 异质细胞群中的独特细胞谱系 | NA | NA | CRISPR | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA |
| 21382 | 2024-08-07 |
Evaluating Capture Sequence Performance for Single-Cell CRISPR Activation Experiments
2021-Mar-19, ACS synthetic biology
IF:3.7Q1
DOI:10.1021/acssynbio.0c00499
PMID:33625849
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研究论文 | 本文评估了单细胞CRISPR激活实验中捕获序列性能的影响 | 引入了特征条形码技术，允许同时捕获mRNA和gRNA | 该技术尚处于起步阶段，缺乏优化实验参数的信息 | 识别CRISPR激活基因扰动研究的最佳gRNA支架 | 捕获序列、捕获序列位置和gRNA骨架 | NA | NA | 单细胞RNA测序、CRISPR激活 | NA | mRNA、gRNA | NA | NA | NA | NA | NA |
| 21383 | 2024-08-07 |
Detection of gene cis-regulatory element perturbations in single-cell transcriptomes
2021-Mar, PLoS computational biology
IF:3.8Q1
DOI:10.1371/journal.pcbi.1008789
PMID:33711017
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研究论文 | 介绍了一种基于poly-adenine CRISPR gRNA的单细胞RNA测序方法（pAC-Seq），用于直接观察scRNA-seq中的gRNAs，并评估CRISPR/Cas9对基因顺式调控区域改变的表型后果 | pAC-Seq能够检测到顺式调控引起的靶基因表达改变，即使在只有约5%的细胞中发生双等位基因丢失 | 低比例的双等位基因丢失显著增加了检测调控基因组变化后果所需的细胞数量 | 评估CRISPR/Cas9对基因顺式调控区域改变的表型后果 | 基因顺式调控区域的改变及其对靶基因表达的影响 | 基因组学 | NA | 单细胞RNA测序（scRNA-seq） | NA | 转录组数据 | 约5%的细胞发生双等位基因丢失 | NA | NA | NA | NA |
| 21384 | 2024-08-07 |
Direct-seq: programmed gRNA scaffold for streamlined scRNA-seq in CRISPR screen
2020-Jun-08, Genome biology
IF:10.1Q1
DOI:10.1186/s13059-020-02044-w
PMID:32513233
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研究论文 | 本文介绍了一种名为Direct-seq的方法，通过在gRNA支架中引入A/G混合捕获序列，实现gRNA转录本与内源mRNA的直接逆转录，从而在单细胞RNA测序中进行高内涵分子表型分析 | Direct-seq方法创新性地将CRISPR扰动及其转录输出在简化的工作流程中同时进行分析 | NA | 开发一种新的方法，以便在CRISPR筛选中方便地改变DNA序列、转录和表观遗传修饰后，能够以高分辨率和规模进行复杂的分子输出分析 | CRISPR-based genome perturbation及其转录输出 | 基因组学 | NA | scRNA-seq | NA | RNA | NA | NA | NA | NA | NA |
| 21385 | 2024-08-07 |
Single-cell analysis of a mutant library generated using CRISPR-guided deaminase in human melanoma cells
2020-Apr-02, Communications biology
IF:5.2Q1
DOI:10.1038/s42003-020-0888-2
PMID:32242071
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研究论文 | 本文开发了一种结合CRISPR RNA引导的脱氨酶和单细胞RNA测序技术的新平台，用于在多个基因中引入突变并评估突变相关信号 | 本文首次将CRISPR RNA引导的脱氨酶与单细胞RNA测序技术结合，用于评估替代突变 | 目前该平台仅在人黑色素瘤细胞系中进行了测试，尚未应用于其他细胞类型或疾病 | 开发一种新的平台，用于在多个基因中引入突变并评估突变相关信号 | 人黑色素瘤细胞系 | 基因编辑 | 黑色素瘤 | CRISPR-guided deaminase, scRNA-seq | NA | 基因表达数据 | 420个sgRNAs | NA | NA | NA | NA |
| 21386 | 2024-08-07 |
Model-based understanding of single-cell CRISPR screening
2019-May-20, Nature communications
IF:14.7Q1
DOI:10.1038/s41467-019-10216-x
PMID:31110232
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研究论文 | 本文介绍了MUSIC，一个集成管道，用于基于模型的单细胞CRISPR筛选数据理解 | MUSIC能够准确量化和优先处理单细胞CRISPR筛选数据中的个体基因扰动效应，并能容忍数据分析中存在的显著噪声 | NA | 开发一个集成管道，以基于模型的方法分析单细胞CRISPR筛选数据，从而阐明扰动功能和生物电路 | 单细胞CRISPR筛选数据 | 生物信息学 | NA | CRISPR筛选, 单细胞RNA测序 | 集成管道 | 单细胞数据 | 使用所有公开可用的数据进行综合测试 | NA | NA | NA | NA |
| 21387 | 2024-08-07 |
Single-Cell RNA-Sequencing-Based CRISPRi Screening Resolves Molecular Drivers of Early Human Endoderm Development
2019-Apr-16, Cell reports
IF:7.5Q1
DOI:10.1016/j.celrep.2019.03.076
PMID:30995470
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研究论文 | 本文通过结合单细胞RNA测序和CRISPRi筛选技术，解析了人类内胚层早期发育的分子驱动因素 | 首次将单细胞RNA测序与CRISPRi筛选相结合，全面定义了内胚层发育中基因功能丧失的表型 | NA | 研究人类内胚层发育的分子基础 | 人类胚胎干细胞向内胚层的分化过程 | 数字病理学 | NA | 单细胞RNA测序, CRISPRi | NA | RNA | NA | NA | NA | NA | NA |
| 21388 | 2024-08-07 |
CRISPR Screening in Single Cells
2019, Methods in molecular biology (Clifton, N.J.)
DOI:10.1007/978-1-4939-9240-9_23
PMID:31028650
|
研究论文 | 本文描述了在单细胞水平上使用CRISPR筛选技术的当前协议 | 结合单细胞RNA测序和CRISPR技术，可以高效地研究任意数量的基因 | 研究受限于测序能力 | 探索在单细胞水平上使用CRISPR筛选技术的方法 | 单细胞中的基因 | 基因编辑 | NA | CRISPR, 单细胞RNA测序 | NA | 测序数据 | 任意数量的基因，受限于测序能力 | NA | NA | NA | NA |
| 21389 | 2024-08-07 |
Large-scale reconstruction of cell lineages using single-cell readout of transcriptomes and CRISPR-Cas9 barcodes by scGESTALT
2018-Nov, Nature protocols
IF:13.1Q1
DOI:10.1038/s41596-018-0058-x
PMID:30353175
|
研究论文 | 本文介绍了一种名为scGESTALT的方法，该方法结合CRISPR-Cas9的累积编辑和基于液滴的单细胞RNA测序，用于大规模重建细胞系谱关系。 | scGESTALT技术通过在多个时间点使用Cas9和单导向RNA（sgRNAs）进行编辑，生成条形码阵列的编辑，从而与类似的Cas9系谱追踪方法区分开来。 | 生成转基因线需要6个月，进行条形码编辑和生成单细胞文库需要7天的手动操作时间。 | 提供一个可扩展的平台，用于在任何允许发育、再生或疾病期间进行基因组编辑的系统中映射细胞类型之间的系谱关系。 | 重建发育过程中产生的大量异质细胞类型的系谱关系。 | 基因组学 | NA | CRISPR-Cas9, 单细胞RNA测序（scRNA-seq） | NA | 转录组 | 数千个细胞转录组和记录的系谱 | NA | NA | NA | NA |
| 21390 | 2024-08-07 |
On the design of CRISPR-based single-cell molecular screens
2018-Apr, Nature methods
IF:36.1Q1
DOI:10.1038/nmeth.4604
PMID:29457792
|
研究论文 | 本文探讨了基于CRISPR的单细胞分子筛选设计，特别是优化了CROP-seq方法，提高了引导RNA分配给细胞的效率 | 提出了CROP-seq方法的优化，使得引导RNA分配给细胞的效率提高到94% | NA | 优化基于CRISPR的单细胞分子筛选设计 | CRISPR引导RNA与单细胞RNA测序的结合 | NA | NA | CRISPR, 单细胞RNA测序 | NA | RNA | NA | NA | NA | NA | NA |
| 21391 | 2024-08-05 |
Integrative analysis reveals chemokines CCL2 and CXCL5 mediated shear stress-induced aortic dissection formation
2024-Jan-15, Heliyon
IF:3.4Q1
DOI:10.1016/j.heliyon.2023.e23312
PMID:38163105
|
研究论文 | 本研究通过定量生物信息学分析探讨了与剪切应力相关的主动脉夹层形成中的关键分子 | 通过整合分析确定了与剪切应力相关的核心AD差异基因及其潜在治疗剂 | 本研究未能完全阐明剪切应力对主动脉夹层的所有影响机制 | 探讨剪切应力诱导的主动脉夹层形成过程中关键分子的作用 | 主要研究与剪切应力诱导的主动脉夹层相关的化学因子和基因 | 心血管疾病 | 主动脉夹层 | RNA测序 | 无具体模型类型提及 | 基因表达数据 | 分析三个数据集的临床样本及公共RNA测序数据库，共计367个基因 | NA | NA | NA | NA |
| 21392 | 2024-08-05 |
Enhancing Spatial Transcriptomics Analysis by Integrating Image-Aware Deep Learning Methods
2024, Pacific Symposium on Biocomputing. Pacific Symposium on Biocomputing
PMID:38160299
|
研究论文 | 本文章提出了一种新方法，通过整合空间转录组学和组织病理图像数据，以捕捉患者数据中的生物学意义模式 | 整合空间转录组学与组织病理图像数据的新方法，强调了图像感知深度学习在肿瘤分析中的应用 | 没有提到具体的局限性 | 研究如何使用深度学习技术更好地分析空间转录组学数据 | 针对高度侵袭性的癌症类型，如胶质母细胞瘤和三阴性乳腺癌 | 数字病理学 | 胶质母细胞瘤，三阴性乳腺癌 | 深度学习 | ResNet | 图像，基因表达数据 | 未提及样本量 | NA | NA | NA | NA |
| 21393 | 2024-08-07 |
Single-Cell Atlas of Neonatal Mouse Hearts Reveals an Unexpected Cardiomyocyte
2023-12-05, Journal of the American Heart Association
IF:5.0Q1
DOI:10.1161/JAHA.122.028287
PMID:38014657
|
研究论文 | 本文通过设计新生小鼠心脏细胞的分离程序，提供了出生后四个不同阶段心脏细胞的单细胞分辨率详细图谱 | 本文发现了意外的红细胞样心肌细胞-终末期心肌细胞，并提供了心肌细胞与其他心脏细胞之间全面相互作用的初步蓝图 | NA | 研究心肌细胞的异质性并提供在不同生理条件和疾病中的参考 | 新生小鼠心脏的心肌细胞 | 数字病理学 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | 细胞图谱 | 10,000个心肌细胞 | NA | NA | NA | NA |
| 21394 | 2024-08-05 |
Unveiling Hypothalamic Molecular Signatures via Retrograde Viral Tracing and Single-Cell Transcriptomics
2023-12-04, Scientific data
IF:5.8Q1
DOI:10.1038/s41597-023-02789-6
PMID:38049462
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研究论文 | 本研究通过逆行病毒追踪和单细胞转录组学揭示了下丘脑分子的特征 | 本研究创新地结合了多样化数据集进行验证，提供了更细致的下丘脑细胞类型多样性 | 本研究的局限性未在摘要中提及 | 深入理解下丘脑神经回路及其分子身份 | 来自CRH-IRES-Cre小鼠的1,533个下丘脑细胞 | 数字病理学 | NA | 单核RNA测序（snRNA-seq） | NA | 细胞转录组数据 | 1,533个来自CRH-IRES-Cre小鼠的细胞 | NA | NA | NA | NA |
| 21395 | 2024-08-05 |
CD133+ endothelial-like stem cells restore neovascularization and promote longevity in progeroid and naturally aged mice
2023-Nov, Nature aging
IF:17.0Q1
DOI:10.1038/s43587-023-00512-z
PMID:37946040
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研究论文 | 这篇文章研究了CD133+内皮样干细胞如何恢复新生血管形成并促进前老化和自然衰老小鼠的寿命 | 首次识别出CD133骨髓源性内皮样细胞作为潜在内皮祖细胞，并阐明其在衰老小鼠中新生血管形成和寿命延长的机制 | 缺乏在人体研究中的验证，或对临床应用的直接影响未进行评估 | 探讨干细胞在衰老和组织退化中的作用，并提出基于干细胞的治疗策略 | 使用前老化和自然衰老的小鼠作为研究对象 | 数字病理学 | 老年病 | 单细胞转录组学 | NA | 生物样本 | 包含前老化和自然衰老小鼠 | NA | NA | NA | NA |
| 21396 | 2024-08-05 |
Spatiotemporal molecular dynamics of the developing human thalamus
2023-10-13, Science (New York, N.Y.)
DOI:10.1126/science.adf9941
PMID:37824646
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研究论文 | 本研究探讨了人类丘脑发育过程中分子动态的时空特征 | 首次使用单细胞和多重空间转录组技术描绘人类丘脑神经元的分子轨迹 | 尚未深入了解丘脑发育的分子架构 | 阐明人类正在发育的丘脑中细胞命运特征和组织的分子轨迹 | 人类发育中的丘脑神经元及其分子特征 | 数字病理学 | NA | 单细胞空间转录组 | NA | 转录组数据 | NA | NA | NA | NA | NA |
| 21397 | 2024-08-05 |
Identification of efferocytosis-related subtypes in gliomas and elucidating their characteristics and clinical significance
2023, Frontiers in cell and developmental biology
IF:4.6Q1
DOI:10.3389/fcell.2023.1295891
PMID:38161335
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研究论文 | 本研究识别了胶质瘤中的吞噬凋亡相关亚型，并探讨了其特征和临床意义 | 首次通过分析137个与吞噬凋亡相关的基因，建立了与吞噬凋亡相关的胶质瘤亚型分类，并探讨了其在免疫环境、细胞间通信和代谢过程中的特征 | 未提及特定实验设计或样本选择的限制 | 探讨胶质瘤中吞噬凋亡相关亚型的特征和临床意义 | 胶质瘤中的吞噬凋亡相关亚型及其相关特征 | 数字病理学 | NA | RNA-seq | NMF算法 | 基因表型数据 | NA | NA | NA | NA | NA |
| 21398 | 2024-08-07 |
Single-cell RNA landscape of osteoimmune microenvironment in osteoporotic vertebral compression fracture and Kümmell's disease
2023, Frontiers in cell and developmental biology
IF:4.6Q1
DOI:10.3389/fcell.2023.1276098
PMID:38161331
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研究论文 | 本研究利用单细胞RNA测序技术分析了骨质疏松性椎体压缩骨折和Kümmell病在骨免疫微环境中的细胞组成和相互作用 | 首次在单细胞水平上揭示了骨质疏松性椎体压缩骨折和Kümmell病在骨免疫微环境中的分子途径、细胞群组成和细胞间相互作用的差异 | NA | 探讨骨质疏松性椎体压缩骨折和Kümmell病在骨免疫微环境中的细胞组成和相互作用 | 骨质疏松性椎体压缩骨折和Kümmell病 | 数字病理学 | 骨质疏松症 | 单细胞RNA测序 | NA | 单细胞转录组数据 | 8741个单细胞 | NA | NA | NA | NA |
| 21399 | 2024-08-07 |
APOL1 Induces Pyroptosis of Fibroblasts Through NLRP3/Caspase-1/GSDMD Signaling Pathway in Ulcerative Colitis
2023, Journal of inflammation research
IF:4.2Q2
DOI:10.2147/JIR.S437875
PMID:38161356
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研究论文 | 本研究探讨了APOL1通过NLRP3/Caspase-1/GSDMD信号通路诱导纤维母细胞焦亡在溃疡性结肠炎中的作用 | 首次揭示了APOL1通过NLRP3-Caspase1-GSDMD信号通路诱导纤维母细胞焦亡，并促进趋化因子CXCL1的释放，这一发现有助于理解溃疡性结肠炎的发病机制 | NA | 研究APOL1在溃疡性结肠炎中诱导纤维母细胞焦亡的作用及其分子机制 | 溃疡性结肠炎中的纤维母细胞 | NA | 溃疡性结肠炎 | 生物信息学分析、免疫组织化学、免疫荧光、Western blot | NA | 基因表达数据、单细胞RNA测序数据 | 使用了来自Gene Expression Omnibus (GEO)数据库的GSE193677和GSE231993数据集 | NA | NA | NA | NA |
| 21400 | 2024-08-07 |
Urinary PART1 and PLA2R1 Could Potentially Serve as Diagnostic Markers for Diabetic Kidney Disease Patients
2023, Diabetes, metabolic syndrome and obesity : targets and therapy
DOI:10.2147/DMSO.S445341
PMID:38162802
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研究论文 | 本研究通过bulk-seq、scRNA-seq和snRNA-seq数据分析，识别出与糖尿病肾病相关的尿液-肾脏特异性基因，特别是PART1和PLA2R1，这些基因可能作为早期诊断糖尿病肾病的标志物 | 首次识别出尿液中的PART1和PLA2R1作为糖尿病肾病的潜在诊断标志物，并探讨了它们与肾脏损伤和蛋白尿的关系 | 研究样本量较小，且仅包括糖尿病肾病患者和健康对照组，未来研究需扩大样本量并考虑更多疾病阶段的患者 | 探索糖尿病肾病的非侵入性诊断方法，特别是早期诊断 | 糖尿病肾病患者和健康对照组的尿液样本 | NA | 糖尿病肾病 | bulk-seq, scRNA-seq, snRNA-seq | NA | 尿液样本 | 56个尿液样本，包括11个来自糖尿病肾病患者和11个来自健康对照组 | NA | NA | NA | NA |