单细胞与空转测序相关文章

序号	推送日期	文章	类型	简述	创新点	不足	研究目的	研究对象	领域	病种	技术	模型	数据类型	样本量
2121	2025-03-21	Spatial transcriptomics in the adult Drosophila brain and body 2025-Mar-18, eLife IF:6.4Q1 DOI:10.7554/eLife.92618 PMID:40100257	研究论文	本文介绍了在成年果蝇大脑和身体中应用空间转录组学的研究，旨在解决单核测序中丢失的空间信息问题	首次在成年果蝇中应用空间转录组学，成功定位了150种mRNA的空间位置，并发现了肌肉细胞中mRNA定位和转录多样性的新原则	研究中使用的基因面板是有限的，可能无法覆盖所有感兴趣的mRNA	解决单核测序中丢失的空间信息问题，并探索mRNA在细胞中的空间定位和转录多样性	成年果蝇的大脑和身体	空间转录组学	NA	空间转录组学，单核测序	NA	mRNA空间定位数据	成年果蝇的大脑和身体样本
2122	2025-03-21	Targeting HIF-2α in glioblastoma reshapes the immune infiltrate and enhances response to immune checkpoint blockade 2025-Mar-17, Cellular and molecular life sciences : CMLS IF:6.2Q1 DOI:10.1007/s00018-025-05642-8 PMID:40095115	研究论文	本文研究了HIF-2α在胶质母细胞瘤（GBM）中的免疫抑制作用，并探讨了HIF-2α抑制剂PT2385在调节肿瘤微环境（TME）中的应用	首次揭示了HIF-2α在GBM免疫抑制中的关键作用，并展示了HIF-2α抑制剂PT2385与免疫检查点阻断（ICB）联合使用的协同效应	研究主要基于小鼠模型，尚未在人类临床试验中验证	探索HIF-2α在GBM免疫抑制中的作用及其抑制剂PT2385的潜在治疗效果	胶质母细胞瘤（GBM）及其肿瘤微环境（TME）	肿瘤免疫学	胶质母细胞瘤	单细胞RNA测序、流式细胞术	GL261小鼠GBM模型	RNA测序数据、流式细胞数据	未明确提及具体样本数量，但使用了GL261小鼠模型
2123	2025-03-21	Transcriptional heterogeneity shapes stress-adaptive responses in yeast 2025-Mar-17, Nature communications IF:14.7Q1 DOI:10.1038/s41467-025-57911-6 PMID:40097446	研究论文	本文通过单细胞RNA测序技术研究了酵母在渗透适应过程中的转录动态，揭示了渗透响应程序的高度异质性及其对细胞适应策略的影响	首次系统地研究了酵母在渗透适应过程中转录异质性的分子机制及其对细胞适应策略的影响，并通过RNA条形码删除突变体分析确定了影响转录异质性的遗传因素	研究仅限于酵母模型，未涉及其他生物或更复杂的多细胞系统	揭示酵母在渗透适应过程中转录异质性的分子机制及其对细胞适应策略的影响	酵母细胞	分子生物学	NA	scRNA-seq	NA	RNA测序数据	超过300个RNA条形码删除突变体
2124	2025-03-21	Unraveling shared diagnostic genes and cellular microenvironmental changes in endometriosis and recurrent implantation failure through multi-omics analysis 2025-Mar-17, Scientific reports IF:3.8Q1 DOI:10.1038/s41598-025-93146-7 PMID:40097519	研究论文	本研究通过整合转录组和单细胞测序数据，识别了子宫内膜异位症（EMs）和反复植入失败（RIF）之间的共享诊断基因和细胞微环境变化	首次通过多组学分析揭示了EMs和RIF之间的共享诊断基因和细胞微环境变化，并利用机器学习算法筛选出PDIA4和PGBD5作为共享诊断生物标志物	研究结果需要在更大的队列中进行验证，并进一步探索其治疗潜力	探索EMs和RIF之间的共享诊断基因和细胞微环境变化，以提供早期诊断和靶向治疗的新途径	子宫内膜异位症（EMs）和反复植入失败（RIF）	生物信息学	子宫内膜异位症	转录组测序、单细胞测序、机器学习算法（RF和XGBoost）、基因集富集分析（GSEA）、竞争性内源RNA（ceRNA）网络分析	Random Forest (RF)、XGBoost	转录组数据、单细胞测序数据	NA
2125	2025-03-21	Exploring mitochondrial and ferroptotic mechanisms for systemic lupus erythematosus biomarker identification and therapy 2025-Mar-17, Scientific reports IF:3.8Q1 DOI:10.1038/s41598-025-93872-y PMID:40097571	研究论文	本研究通过分析系统性红斑狼疮（SLE）的线粒体和铁死亡相关机制，探索了SLE的生物标志物识别和治疗方法	结合单细胞RNA测序、高维加权相关网络分析和机器学习算法，开发了高预测准确性的诊断模型，并提出了Doxorubicin可能通过影响诊断生物标志物发挥治疗作用的新见解	研究主要依赖于公开的微阵列数据集，可能受到数据质量和样本量的限制	探索系统性红斑狼疮的分子机制，开发有效的治疗策略	系统性红斑狼疮（SLE）患者	生物信息学	系统性红斑狼疮	单细胞RNA测序（scRNA-seq）、高维加权相关网络分析（hdWGNCA）、机器学习算法、分子对接研究	预测诊断模型	基因表达数据	从Gene Expression Omnibus (GEO)数据库下载的微阵列数据集
2126	2025-03-21	Neutrophil extracellular trap-derived double-stranded RNA aggravates PANoptosis in renal ischemia reperfusion injury 2025-Mar-17, Cell communication and signaling : CCS IF:8.2Q1 DOI:10.1186/s12964-025-02145-8 PMID:40098148	研究论文	本研究探讨了中性粒细胞外陷阱（NETs）衍生的双链RNA在肾缺血再灌注损伤（IRI）中加剧PANoptosis的机制	首次揭示了NETs通过其衍生的双链RNA和TLR3受体在肾IRI中加剧PANoptosis的具体机制	研究主要基于小鼠模型，尚未在人类中进行验证	探索肾缺血再灌注损伤中PANoptosis的具体机制及其调控因素	肾缺血再灌注损伤模型小鼠的近端肾小管上皮细胞（PTs）	生物医学	肾脏疾病	单细胞RNA测序（scRNA-seq）	NA	RNA测序数据	使用NETs缺失的Pad4小鼠模型
2127	2025-03-21	Metabolic state uncovers prognosis insights of esophageal squamous cell carcinoma patients 2025-Mar-17, Journal of translational medicine IF:6.1Q1 DOI:10.1186/s12967-025-06087-0 PMID:40098145	研究论文	本研究通过整合代谢物-蛋白质相互作用网络和多尺度转录组数据，首次全面绘制了食管鳞状细胞癌（ESCC）微环境的代谢景观	首次全面绘制ESCC微环境的代谢景观，并重新定义了ESCC的预后亚型，识别了关键的代谢物-蛋白质相互作用途径	研究主要基于单细胞RNA测序数据，可能受到样本量和数据质量的限制	探索ESCC微环境中的代谢状态及其与预后的关系	食管鳞状细胞癌（ESCC）患者	癌症代谢	食管鳞状细胞癌	单细胞RNA测序	NA	转录组数据	64个ESCC样本中的208,659个细胞，以及两个独立队列中的79和119个样本
2128	2025-03-21	Exploring and mitigating shortcomings in single-cell differential expression analysis with a new statistical paradigm 2025-Mar-17, Genome biology IF:10.1Q1 DOI:10.1186/s13059-025-03525-6 PMID:40098192	研究论文	本文提出了一种新的统计框架GLIMES，用于改进单细胞转录组学中的差异表达分析，解决了现有方法在零值过多、标准化、供体效应和累积偏差方面的主要挑战	提出了GLIMES框架，利用UMI计数和零比例在广义泊松/二项混合效应模型中考虑批次效应和样本内变异，显著改进了差异表达分析的性能	尽管GLIMES在多个实验场景中表现出色，但其在不同单细胞数据集上的通用性和计算效率仍需进一步验证	改进单细胞转录组学中的差异表达分析方法，解决现有方法的局限性	单细胞转录组数据	生物信息学	NA	单细胞转录组测序	广义泊松/二项混合效应模型	单细胞RNA测序数据	三个案例研究和模拟实验，涉及不同细胞类型、组织区域和细胞状态的比较
2129	2025-03-21	New insights into cancer immune checkpoints landscape from single-cell RNA sequencing 2025-Mar-13, Biochimica et biophysica acta. Reviews on cancer DOI:10.1016/j.bbcan.2025.189298 PMID:40088992	review	本文综述了单细胞RNA测序在揭示癌症免疫检查点景观中的新见解，特别是在免疫检查点阻断治疗前后的免疫浸润模式	利用单细胞RNA测序技术高分辨率描绘了免疫检查点之间的功能相互作用，揭示了免疫检查点阻断治疗中肿瘤微环境的异质性	未提及具体的研究样本量或实验数据，可能缺乏定量分析	探讨免疫检查点阻断治疗在肿瘤免疫治疗中的效果及其失败的原因	肿瘤微环境中的免疫细胞和肿瘤细胞	digital pathology	cancer	single-cell RNA sequencing	NA	RNA sequencing data	NA
2130	2025-03-21	Integrated analysis of single-cell and bulk RNA sequencing identifies APOC1 as a biomarker and therapeutic target for G0/G1 cell cycle arrest in cholangiocarcinoma 2025-Mar-08, Genomics IF:3.4Q2 DOI:10.1016/j.ygeno.2025.111028 PMID:40064358	研究论文	本研究通过整合单细胞和批量RNA测序技术，识别出APOC1作为胆管癌G0/G1细胞周期阻滞的生物标志物和治疗靶点	首次将APOC1识别为胆管癌G0/G1期细胞的特征基因，并通过实验验证其通过抑制Wnt/β-catenin信号通路诱导G0/G1期阻滞的机制	未明确APOC1在胆管癌G0/G1期细胞中的具体分子机制	探索胆管癌G0/G1期细胞的生物标志物及其分子机制	胆管癌细胞	生物信息学	胆管癌	单细胞RNA测序(scRNA-seq), 批量RNA测序(bulkRNA-seq)	NA	RNA测序数据	未明确样本数量
2131	2025-03-21	Independent signaling pathways provide a fail-safe mechanism to prevent tumorigenesis 2025-Mar-06, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2025.02.28.640798 PMID:40093137	研究论文	本文通过单细胞转录组学研究了促增殖信号对上皮细胞稳态的影响，揭示了EGFR-Ras和Hh信号通路在肿瘤发生中的独立作用	揭示了非相互作用的信号通路在转录水平上如何汇聚以防止恶性细胞行为的新机制	研究主要基于果蝇滤泡细胞系，可能需要在哺乳动物系统中进一步验证	研究促增殖信号对上皮细胞稳态的影响及其在肿瘤发生中的作用	果蝇滤泡细胞系	分子生物学	肿瘤	单细胞转录组学	NA	转录组数据	NA
2132	2025-03-21	A Phase I Clinical Trial Adding OX40 Agonism to In Situ Therapeutic Cancer Vaccination in Patients with Low-Grade B-cell Lymphoma Highlights Challenges in Translation from Mouse to Human Studies 2025-Mar-03, Clinical cancer research : an official journal of the American Association for Cancer Research IF:10.0Q1 DOI:10.1158/1078-0432.CCR-24-2770 PMID:39745391	研究论文	本文报告了一项I期临床试验，评估将OX40激动剂加入原位治疗性癌症疫苗对低级别B细胞淋巴瘤患者的效果	首次在临床试验中将OX40激动剂与TLR9激动剂SD101联合使用，探索其在人类中的效果	临床结果未达到预期的临床前效果，可能由于临床前和临床试剂的差异以及T细胞亚群的复杂生物学特性	测试OX40激动剂与TLR9激动剂SD101联合治疗低级别B细胞淋巴瘤的安全性和有效性	低级别B细胞淋巴瘤患者	癌症免疫治疗	B细胞淋巴瘤	流式细胞术和单细胞RNA测序	NA	临床数据	14名患者
2133	2025-03-21	The trabecular and compact myocardium of adult vertebrate ventricles are transcriptionally similar despite morphological differences 2025-Mar, Annals of the New York Academy of Sciences IF:4.1Q1 DOI:10.1111/nyas.15296 PMID:39934982	研究论文	本研究通过转录组学方法探讨了成年脊椎动物心室中致密心肌和小梁心肌的转录相似性，尽管它们在形态上存在差异	揭示了成年心脏中致密心肌和小梁心肌在转录水平上的相似性，挑战了传统观点	研究主要基于转录组数据，未涉及功能验证实验	探讨成年脊椎动物心室中致密心肌和小梁心肌的转录相似性	小鼠、人类、斑马雀、斑马鱼和金枪鱼的心脏组织	生物信息学	NA	转录组学、空间转录组学、单细胞转录组学	NA	转录组数据	多种脊椎动物的心脏组织样本
2134	2025-03-21	Comprehensive biomarker profiles in hematological malignancies: improving diagnosis, prognosis, and treatment 2025-Mar, Biomarkers in medicine IF:1.9Q3 DOI:10.1080/17520363.2025.2471745 PMID:40015744	综述	本文综述了血液系统恶性肿瘤中的生物标志物，及其在诊断、预后和治疗中的应用	介绍了新兴的生物标志物，如PCR和NGS等先进分子技术，以及质谱和单细胞RNA测序技术，这些技术显著提高了诊断准确性并推动了靶向治疗的发展	NA	提供血液系统恶性肿瘤中生物标志物的全面概述，探讨其诊断和治疗应用及未来发展方向	血液系统恶性肿瘤	数字病理学	血液系统恶性肿瘤	PCR, NGS, 质谱, 单细胞RNA测序	NA	分子数据	NA
2135	2025-03-21	Single-cell RNA sequencing of peripheral blood mononuclear cells from bronchopulmonary dysplasia 2025-Mar, Clinical and translational medicine IF:7.9Q1 DOI:10.1002/ctm2.70276 PMID:40097329	研究论文	本研究通过单细胞RNA测序和T/B细胞受体分析，揭示了支气管肺发育不良（BPD）的免疫机制，并在小鼠模型中验证了BTLA-TNFRSF14信号轴在疾病发病中的关键作用	首次整合单细胞RNA测序与T/B细胞受体分析，揭示了BPD中免疫细胞的代谢重编程和细胞间通讯网络的关键变化，并提出了BTLA-TNFRSF14信号轴作为潜在治疗靶点	研究主要基于早产儿样本和小鼠模型，结果在成人或其他物种中的适用性尚需进一步验证	阐明支气管肺发育不良（BPD）的免疫机制，并探索潜在的治疗靶点	早产儿的外周血单核细胞（PBMCs）和小鼠BPD模型	数字病理学	支气管肺发育不良	单细胞RNA测序，T/B细胞受体分析	NA	RNA测序数据	早产儿PBMCs样本和小鼠BPD模型
2136	2025-03-21	Intratumoral Heterogeneity and Immune Microenvironment in Hepatoblastoma Revealed by Single-Cell RNA Sequencing 2025-Mar, Journal of cellular and molecular medicine IF:4.3Q2 DOI:10.1111/jcmm.70482 PMID:40099956	研究论文	本研究通过单细胞RNA测序技术揭示了肝母细胞瘤的瘤内异质性和免疫微环境	首次提供了肝母细胞瘤的单细胞图谱，揭示了瘤内异质性和免疫微环境的关键见解	研究仅基于一个患者的样本，样本量较小	研究肝母细胞瘤的瘤内异质性和免疫微环境，以推进对该肿瘤生物学的理解并提供精准医学的新方向	肝母细胞瘤患者的肿瘤区域和邻近正常组织	数字病理学	肝母细胞瘤	单细胞RNA测序（scRNA-seq）	NA	单细胞RNA测序数据	43,592个细胞，来自一个肝母细胞瘤患者的三个肿瘤区域和邻近正常组织
2137	2025-03-21	Role of cancer stem cell heterogeneity in intrahepatic cholangiocarcinoma 2025-Feb-28, Translational cancer research IF:1.5Q4 DOI:10.21037/tcr-24-1286 PMID:40104739	研究论文	本研究探讨了癌症干细胞异质性在肝内胆管癌（ICC）中的作用，通过单细胞RNA测序技术分析了不同细胞亚群的信号通路活动和细胞间通讯	利用单细胞RNA测序技术深入探索了ICC中癌症干细胞的异质性，揭示了不同亚群对肿瘤进展和患者预后的影响	研究依赖于公开的数据库数据，可能受到数据质量和样本量的限制	研究ICC中癌症干细胞异质性对预后的影响	肝内胆管癌（ICC）患者	数字病理学	胆管癌	单细胞RNA测序（scRNA-seq）	NA	RNA测序数据	来自GEO数据库的scRNA-seq数据集GSE142784和TCGA数据库的Bulk RNA-seq数据
2138	2025-03-21	Fast, flexible analysis of differences in cellular composition with crumblr 2025-Feb-27, Research square DOI:10.21203/rs.3.rs-5921338/v1 PMID:40060050	研究论文	本文介绍了一种名为crumblr的可扩展统计方法，用于分析细胞类型组成的变化	crumblr方法在细胞谱系层次结构的多个级别上进行统计测试，采用多变量方法提高检测能力	NA	开发一种统计方法来识别细胞类型频率的变化	单细胞RNA测序数据集	生物信息学	前列腺癌	单细胞RNA测序	线性混合模型	RNA测序数据	NA
2139	2025-03-21	Cluster replicability in single-cell and single-nucleus atlases of the mouse brain 2025-Feb-25, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2025.02.24.639959 PMID:40060489	研究论文	本文评估了小鼠大脑图谱中通过单细胞RNA测序和单核测序识别的细胞簇的可重复性	通过转录组范围的邻居投票方法，识别了2009对具有一致空间定位和协调基因表达的互配簇，这些簇在多个物种的数据集中也被观察到	下丘脑的异质性限制了簇的一致性，且使用标记基因区分紧密簇比区分大多数其他簇更具挑战性	评估小鼠大脑图谱中细胞簇的可重复性，以确定其生物学稳健性	小鼠大脑中的细胞簇	单细胞RNA测序	NA	单细胞RNA测序, 单核测序	NA	RNA测序数据	超过400万个细胞，分为5000多个簇
2140	2025-03-21	Cell Type-Agnostic Transcriptomic Signatures Enable Uniform Comparisons of Neurodevelopment 2025-Feb-24, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2025.02.24.639936 PMID:40060479	研究论文	本文通过单细胞转录组学分析，开发了一种细胞类型无关的转录组特征模型，用于比较不同背景、模型系统和物种间的神经发育	提出了一种细胞类型无关的模型，能够准确预测细胞自主成熟度，并在不同细胞类型和数据集中捕捉发育动态	尽管模型在人类神经类器官和小鼠大脑中表现出良好的泛化能力，但其在其他物种或更广泛的应用场景中的有效性仍需进一步验证	开发一种统一的框架，用于比较不同背景、模型系统和物种间的神经发育	人类大脑发育数据集和小鼠大脑发育数据	单细胞转录组学	NA	单细胞转录组学	正则化回归模型	单细胞转录组数据	超过280万个细胞