单细胞与空转测序相关文章

序号	推送日期	文章	类型	简述	创新点	不足	研究目的	研究对象	领域	病种	技术	模型	数据类型	样本量
21341	2024-08-08	Genome architecture used to supplement species delineation in two cryptic marine ciliates 2022-Nov, Molecular ecology resources IF:5.5Q1 DOI:10.1111/1755-0998.13664 PMID:35675173	研究论文	本研究旨在确定哪些分类学方法能够阐明两种隐秘纤毛虫物种之间的清晰且可量化的差异，并测试基因组结构作为新的诊断特征在区分其他无法区分的分类群中的效用。	本研究首次使用单细胞'组学分析（单细胞转录组学和基因组学）来阐明和比较两种隐秘纤毛虫物种之间的微核基因组结构模式，并设计了物种特异性引物作为独特的“结构条形码”。	本研究仅限于两种隐秘纤毛虫物种，且主要依赖于基因组结构分析，未涉及其他可能的分类学方法。	确定分类学方法的有效性，并测试基因组结构在区分隐秘纤毛虫物种中的应用。	两种隐秘纤毛虫物种Schmidingerella arcuata和Schmidingerella meunieri。	基因组学	NA	单细胞转录组学和基因组学	NA	基因组数据	两种纤毛虫物种的11种猎物处理中的9种无法区分生长反应。
21342	2024-08-08	The clinical and bioinformatics analysis for the role of antihypertension drugs on mortality among patients with hypertension hospitalized with COVID-19 2022-10, Journal of medical virology IF:6.8Q1 DOI:10.1002/jmv.27914 PMID:35656698	研究论文	本研究探讨了不同类别降压药物对患有高血压并因COVID-19住院患者死亡率的影响	首次通过单细胞RNA测序分析，揭示了血管紧张素II受体阻滞剂和钙通道阻滞剂显著提高生存率，而血管紧张素转换酶抑制剂/β阻滞剂/利尿剂药物对COVID-19导致的死亡率无影响	研究样本仅来自武汉地区，且时间范围有限，可能影响结果的普遍性	研究不同降压药物对COVID-19患者死亡率的影响	患有高血压并因COVID-19住院的患者	生物信息学	高血压	单细胞RNA测序	NA	基因数据	278名患有高血压并确诊COVID-19的患者
21343	2024-08-08	Recombinant multimeric dog allergen prevents airway hyperresponsiveness in a model of asthma marked by vigorous TH 2 and TH 17 cell responses 2022-10, Allergy IF:12.6Q1 DOI:10.1111/all.15399 PMID:35657107	研究论文	研究通过建立狗过敏的小鼠模型，评估重组多聚体蛋白Can f 1-2-4-6在预防狗过敏原引起的炎症反应中的效果	首次使用重组多聚体蛋白Can f 1-2-4-6在狗过敏模型中诱导耐受，减少气道高反应性和2型炎症	研究仅在动物模型中进行，尚未在人类中验证	探讨狗过敏原引起的炎症反应及重组多聚体蛋白Can f 1-2-4-6的预防效果	狗过敏的小鼠模型及重组多聚体蛋白Can f 1-2-4-6	NA	哮喘	scRNA-Seq	NA	基因表达数据	小鼠模型
21344	2024-08-08	Autoreactive CD8 T cells in NOD mice exhibit phenotypic heterogeneity but restricted TCR gene usage 2022-10, Life science alliance IF:3.3Q1 DOI:10.26508/lsa.202201503 PMID:35667687	研究论文	本研究使用单细胞RNA和T细胞受体测序（scRNA-seq和scTCR-seq）分析了非肥胖糖尿病小鼠胰岛和脾脏中的自身反应性CD8 T细胞，发现这些细胞在表型上具有异质性，但在TCR基因使用上受限	首次详细描述了自身反应性CD8 T细胞在非肥胖糖尿病小鼠中的克隆异质性和TCR基因使用的限制性	研究仅限于非肥胖糖尿病小鼠模型，可能需要进一步研究以验证这些发现是否适用于人类或其他动物模型	探讨非肥胖糖尿病小鼠中自身反应性CD8 T细胞的表型和克隆异质性	非肥胖糖尿病小鼠的胰岛和脾脏中的自身反应性CD8 T细胞	免疫学	1型糖尿病	单细胞RNA测序（scRNA-seq）和单细胞T细胞受体测序（scTCR-seq）	NA	RNA和T细胞受体序列	多个非肥胖糖尿病小鼠的胰岛和脾脏样本
21345	2024-08-08	Transcriptional profiling from whole embryos to single neuroblast lineages in Drosophila 2022-09, Developmental biology IF:2.5Q2 DOI:10.1016/j.ydbio.2022.05.018 PMID:35660371	研究论文	本研究使用单细胞RNA测序技术分析果蝇胚胎中的基因表达，以揭示不同细胞和组织类型在发育过程中的特征基因	首次对单个确定的神经母细胞系进行转录组分析，并发现了一个新的神经母细胞系特异性转录因子	NA	揭示构成每个器官的细胞类型‘部件清单’	果蝇胚胎中的不同细胞和组织类型	发育生物学	NA	单细胞RNA测序 (scRNA-seq)	NA	RNA	三个不同时间点的果蝇胚胎样本
21346	2024-08-08	Identification of CD4+ T cells with T follicular helper cell characteristics in the pig 2022-09, Developmental and comparative immunology IF:2.7Q1 DOI:10.1016/j.dci.2022.104462 PMID:35667468	研究论文	本研究通过使用交叉反应抗体，首次在猪的淋巴组织和血液中鉴定出具有滤泡辅助T细胞特征的CD4+ T细胞	首次在猪中鉴定出具有滤泡辅助T细胞特征的CD4+ T细胞，并证实了它们对B细胞的帮助能力	由于缺乏特定物种的抗体，猪的滤泡辅助T细胞研究之前未得到详细研究	研究猪中具有滤泡辅助T细胞特征的CD4+ T细胞	猪的淋巴组织和血液中的CD4+ T细胞	NA	NA	单细胞RNA测序	NA	RNA	健康猪的淋巴组织和血液样本
21347	2024-08-08	Intermediary Role of Lung Alveolar Type 1 Cells in Epithelial Repair upon Sendai Virus Infection 2022-09, American journal of respiratory cell and molecular biology IF:5.9Q1 DOI:10.1165/rcmb.2021-0421OC PMID:35679221	研究论文	本研究探讨了肺泡类型1细胞（AT1细胞）在仙台病毒感染后肺上皮修复中的中介作用	首次揭示了AT1细胞在肺损伤修复中的重要作用，特别是在AT2细胞缺失区域的维持和修复中的作用	研究主要基于小鼠模型，可能不完全适用于人类	研究肺上皮在仙台病毒感染后的修复机制	肺泡类型1细胞（AT1细胞）及其在肺上皮修复中的作用	NA	NA	单细胞RNA测序	NA	RNA	小鼠模型
21348	2024-08-08	Single-Cell RNA Sequencing Reveals the Tissue Architecture in Human High-Grade Serous Ovarian Cancer 2022-08-15, Clinical cancer research : an official journal of the American Association for Cancer Research IF:10.0Q1 DOI:10.1158/1078-0432.CCR-22-0296 PMID:35675036	研究论文	本研究通过单细胞RNA测序技术揭示了人类高级别浆液性卵巢癌的组织结构	首次通过单细胞RNA测序技术详细描述了高级别浆液性卵巢癌在早期和晚期的生态系统景观，并关注了其与肿瘤微环境的异质性	NA	研究高级别浆液性卵巢癌的异质性及其在肿瘤微环境中的特征	高级别浆液性卵巢癌患者的肿瘤样本及年龄匹配的非恶性卵巢样本	数字病理学	卵巢癌	单细胞RNA测序	NA	基因表达数据	7名未经治疗的高级别浆液性卵巢癌患者和5名年龄匹配的非恶性卵巢样本
21349	2024-08-08	InterCellDB: A User-Defined Database for Inferring Intercellular Networks 2022-08, Advanced science (Weinheim, Baden-Wurttemberg, Germany) DOI:10.1002/advs.202200045 PMID:35652265	研究论文	本文介绍了InterCellDB平台，该平台允许用户自定义分析细胞间通信，结合scRNA-seq数据和蛋白质注释信息	InterCellDB平台提供了一种新的可定制数据分析工具，用于解析与生物功能相关的基因表达中的细胞间通信	NA	开发一种新的平台，用于分析细胞间通信	细胞间通信和配体-受体对	生物信息学	NA	scRNA-seq	NA	基因表达数据	两个独立的scRNA-seq数据集，分别来自人和小鼠
21350	2024-08-08	Skeletal Stem/Progenitor Cells in Periosteum and Skeletal Muscle Share a Common Molecular Response to Bone Injury 2022-08, Journal of bone and mineral research : the official journal of the American Society for Bone and Mineral Research IF:5.1Q1 DOI:10.1002/jbmr.4616 PMID:35652423	研究论文	研究显示，骨再生过程中，来自骨膜和骨骼肌的骨骼干细胞/祖细胞（SSPCs）在骨折修复期间比骨髓基质细胞更有效地参与软骨内骨化	首次揭示了骨膜和骨骼肌中的SSPCs在骨折后共同激活的分子机制，并发现BMP信号传导在此过程中的关键作用	NA	探讨骨骼干细胞/祖细胞在骨再生过程中的分子响应和功能	骨骼干细胞/祖细胞（SSPCs）及其在骨膜和骨骼肌中的作用	NA	NA	单细胞RNA测序（RNAseq）	NA	RNA	NA
21351	2024-08-08	Detection of cell-cell interactions via photocatalytic cell tagging 2022-08, Nature chemical biology IF:12.9Q1 DOI:10.1038/s41589-022-01044-0 PMID:35654846	研究论文	本文介绍了利用光催化细胞标记技术（PhoTag）来研究细胞间相互作用的方法	引入了光催化细胞标记技术（PhoTag），结合单域抗体和光活化黄素基辅因子，实现了对细胞间相互作用的高分辨率分析	NA	开发一种新技术来研究疾病环境中免疫细胞间的相互作用	免疫细胞间的相互作用，特别是抗原呈递细胞与T细胞系统中的PD-1/PD-L1轴	生物技术	NA	光催化细胞标记技术（PhoTag）	NA	细胞	外周血单个核细胞和Raji PD-L1 B细胞
21352	2024-08-08	Single cell- and spatial 'Omics revolutionize physiology 2022-08, Acta physiologica (Oxford, England) DOI:10.1111/apha.13848 PMID:35656634	综述	本文综述了单细胞多组学和空间转录组学技术在生理学研究中的应用	介绍了单细胞和空间转录组学技术在胚胎发育、肿瘤免疫学等领域的最新进展	讨论了这些技术的优势和局限性	探讨单细胞和空间转录组学技术在生理学研究中的应用	胚胎发育、肿瘤免疫学、复杂组织的细胞组成和功能等	生物技术	NA	单细胞多组学、空间转录组学	NA	转录组数据	NA
21353	2024-08-08	Future directions for precision oncology in prostate cancer 2022-08, The Prostate DOI:10.1002/pros.24354 PMID:35657153	综述	本文综述了前列腺癌精准肿瘤学未来的发展方向，重点讨论了临床基因组检测、肿瘤异质性、分子特征及新技术在前列腺癌精准治疗中的应用	探讨了全基因组测序、转录组分析、表观遗传分析和单细胞RNA测序等扩展组织技术以及基于血液的细胞游离DNA、循环肿瘤细胞和外泌体等技术在前列腺癌精准医学中的潜在应用	目前前列腺癌中可操作的基因组改变总体发生率较低，且对肿瘤异质性和共存改变对治疗反应和结果的影响理解有限	探讨前列腺癌精准肿瘤学测试的未来实施和技术进步	前列腺癌患者及肿瘤分子特征	数字病理学	前列腺癌	全基因组测序、转录组分析、表观遗传分析、单细胞RNA测序、细胞游离DNA、循环肿瘤细胞、外泌体	NA	基因组数据、转录组数据、表观遗传数据、单细胞RNA数据、细胞游离DNA、循环肿瘤细胞、外泌体	NA
21354	2024-08-08	Integrated analysis of single-cell and bulk RNA sequencing reveals pro-fibrotic PLA2G7high macrophages in pulmonary fibrosis 2022-08, Pharmacological research IF:9.1Q1 DOI:10.1016/j.phrs.2022.106286 PMID:35662628	研究论文	本研究通过综合分析肺部单细胞和批量RNA测序数据，揭示了在肺纤维化中高度表达PLA2G7的特定巨噬细胞亚群及其在纤维化过程中的作用	首次发现并验证了PLA2G7在肺纤维化中的特定巨噬细胞亚群，并揭示了其在纤维母细胞向肌纤维母细胞转化中的作用机制	NA	探讨肺纤维化中特定巨噬细胞亚群的作用及其分子机制	肺纤维化患者的肺部单细胞和批量RNA测序数据，以及bleomycin诱导的小鼠肺纤维化模型	数字病理学	肺纤维化	RNA测序	NA	RNA数据	涉及肺纤维化患者和小鼠模型的肺部样本
21355	2024-08-08	Hepatobiliary Tumor Organoids Reveal HLA Class I Neoantigen Landscape and Antitumoral Activity of Neoantigen Peptide Enhanced with Immune Checkpoint Inhibitors 2022-08, Advanced science (Weinheim, Baden-Wurttemberg, Germany) DOI:10.1002/advs.202105810 PMID:35665491	研究论文	本研究通过分析肿瘤组织和匹配的肿瘤类器官（27对）的neoantigen-peptides的免疫原性潜力，利用全基因组测序（WGS）基于HLA-I类算法的Score工具，揭示了肝胆肿瘤的HLA-I类新抗原景观及新抗原肽增强的抗肿瘤活性与免疫检查点抑制剂的联合作用	开发了一个平台来评估T细胞对新抗原的反应，用于新抗原筛选	NA	研究肝胆肿瘤的HLA-I类新抗原景观，并探索新抗原肽在个性化免疫治疗中的应用	肿瘤组织和匹配的肿瘤类器官的新抗原肽	数字病理学	肝胆肿瘤	全基因组测序（WGS），RNA-seq，单细胞RNA-seq，质谱	NA	基因组数据，转录组数据	27对肿瘤组织和匹配的肿瘤类器官
21356	2024-08-08	Comparative analysis of the testes from wild-type and Alkbh5-knockout mice using single-cell RNA sequencing 2022-07-29, G3 (Bethesda, Md.) DOI:10.1093/g3journal/jkac130 PMID:35652742	研究论文	本研究通过单细胞RNA测序技术，对比分析了野生型和Alkbh5敲除小鼠的睾丸样本，揭示了ALKBH5在精子发生和生殖细胞发育中的重要作用	本研究首次提供了ALKBH5缺陷小鼠睾丸的单细胞RNA测序图谱，为理解ALKBH5在生殖细胞发育和精子发生中的分子机制提供了新的见解	NA	探究ALKBH5缺陷如何影响小鼠的精子发生和生殖细胞发育	野生型和Alkbh5敲除小鼠的睾丸细胞	数字病理学	男性不育	单细胞RNA测序	NA	RNA测序数据	5,596个野生型小鼠睾丸细胞和6,816个敲除小鼠睾丸细胞
21357	2024-08-08	Spectral clustering of single-cell multi-omics data on multilayer graphs 2022-07-11, Bioinformatics (Oxford, England) DOI:10.1093/bioinformatics/btac378 PMID:35652725	研究论文	本文介绍了两种基于多层图的谱聚类算法，用于对多组学单细胞测序数据进行细胞聚类	本文通过统一的数学框架，将多层图的每一层用哈密顿算子和其本征态的混合表示，展示了加权局部线性（WLL）方法是流行的Seurat加权最近邻（WNN）算法的多层谱图理论重构	NA	探索如何整合多模态信息以获得共同的细胞类型识别	多组学单细胞测序数据	生物信息学	NA	单细胞测序技术	多层图谱聚类算法	多组学数据	脐带血单个核细胞的CITE-seq数据集
21358	2024-08-08	WAT3R: recovery of T-cell receptor variable regions from 3' single-cell RNA-sequencing 2022-07-11, Bioinformatics (Oxford, England) DOI:10.1093/bioinformatics/btac382 PMID:35674381	研究论文	本文介绍了一种分析管道WAT3R，用于处理从3'单细胞RNA测序（scRNA-seq）中富集的T细胞受体（TCR）可变区域数据	WAT3R工具能够将TRA和TRB的核苷酸和氨基酸序列与细胞条形码关联，从而重建具有相关转录组的T细胞克隆型	NA	开发一种全面的计算管道，用于处理从3' scRNA-seq中富集的TCR可变区域数据	T细胞受体（TCR）的可变区域及其在单细胞转录组中的应用	生物信息学	NA	3'单细胞RNA测序（scRNA-seq）	NA	转录组数据	使用健康供者的外周血单个核细胞进行软件验证
21359	2024-08-08	Multimodal analyses of vitiligo skin identify tissue characteristics of stable disease 2022-07-08, JCI insight IF:6.3Q1 DOI:10.1172/jci.insight.154585 PMID:35653192	研究论文	本文通过结合非侵入性多光子显微镜（MPM）成像和单细胞RNA测序（scRNA-Seq），研究了稳定期白癜风患者的皮肤特征，揭示了角质形成细胞的亚群及其在疾病持续中的作用。	首次结合MPM成像和scRNA-Seq技术，揭示了稳定期白癜风皮肤中角质形成细胞的新亚群及其在疾病持续中的作用。	研究主要集中在稳定期白癜风患者，对活动期白癜风的研究较少。	探索稳定期白癜风皮肤中角质形成细胞的亚群及其在疾病持续中的作用。	稳定期白癜风患者的皮肤组织。	数字病理学	白癜风	多光子显微镜（MPM）成像，单细胞RNA测序（scRNA-Seq）	NA	图像，基因表达数据	具体样本数量未在摘要中提及
21360	2024-08-08	hapln1 Defines an Epicardial Cell Subpopulation Required for Cardiomyocyte Expansion During Heart Morphogenesis and Regeneration 2022-07-05, Circulation IF:35.5Q1 DOI:10.1161/CIRCULATIONAHA.121.055468 PMID:35652354	研究论文	本研究通过单细胞RNA测序分析了成年斑马鱼心脏中的7个心外膜细胞集群，并发现其中表达hapln1a和hapln1b的集群与心脏再生有最强关联。研究揭示了这些细胞在心脏生长和再生过程中促进透明质酸沉积，支持心室致密肌层形成，并在心脏损伤部位促进心肌细胞增殖和肌肉再生。	首次鉴定出在心脏再生过程中表达hapln1a和hapln1b的心外膜细胞集群，并阐明了其在心脏生长和再生中的关键作用。	研究主要集中在斑马鱼模型上，未来需要进一步在哺乳动物模型中验证这些发现。	探讨心外膜细胞在心脏再生中的作用及其分子机制。	心外膜细胞及其在心脏再生中的作用。	数字病理学	心血管疾病	单细胞RNA测序	NA	基因表达数据	成年斑马鱼的心外膜细胞