单细胞与空转测序相关文章
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当前共找到 28588 篇文献，本页显示第 21281 - 21300 篇。
| 序号 | 推送日期 | 文章 | 类型 | 简述 | 创新点 | 不足 | 研究目的 | 研究对象 | 领域 | 病种 | 技术 | 模型 | 数据类型 | 样本量 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 21281 | 2024-08-08 |
Ewing Sarcoma and Osteosarcoma Have Distinct Immune Signatures and Intercellular Communication Networks
2022-11-14, Clinical cancer research : an official journal of the American Association for Cancer Research
IF:10.0Q1
DOI:10.1158/1078-0432.CCR-22-1471
PMID:36074145
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研究论文 | 本研究通过多重免疫荧光分析和单细胞RNA测序，探讨了尤文肉瘤和骨肉瘤在复发与原发疾病中的免疫浸润特征及细胞间通讯网络 | 首次揭示了尤文肉瘤和骨肉瘤在复发疾病中免疫浸润的增加，并发现了特定的免疫细胞亚群和细胞间通讯机制 | NA | 深入理解骨肉瘤的免疫生物学特性，为未来的免疫治疗提供理论基础 | 尤文肉瘤和骨肉瘤的免疫特征及细胞间通讯网络 | 数字病理学 | 骨肉瘤 | 单细胞RNA测序 | NA | 免疫细胞数据 | 来自配对血液和骨肉瘤肿瘤样本的免疫细胞 |
| 21282 | 2024-08-08 |
Integrative multi-omics landscape of fluoxetine action across 27 brain regions reveals global increase in energy metabolism and region-specific chromatin remodelling
2022-Nov, Molecular psychiatry
IF:9.6Q1
DOI:10.1038/s41380-022-01725-1
PMID:36056172
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研究论文 | 本文通过综合多组学分析，研究了氟西汀在27个脑区的基因调控变化，揭示了能量代谢的全球性增加和区域特异性的染色质重塑 | 本文首次全面描述了氟西汀在多个脑区的分子景观，包括基因表达和染色质状态的区域特异性变化，并发现了与人类表型相关的表达变化 | NA | 研究氟西汀在多个脑区的分子机制及其对抑郁症和焦虑症的治疗潜力 | 氟西汀在27个脑区的基因表达和染色质状态变化 | 数字病理学 | 抑郁症 | RNA-seq, H3K27ac ChIP-seq, 单细胞RNA-seq | NA | 基因表达数据, 染色质状态数据 | 310个批量RNA-seq和H3K27ac ChIP-seq数据集, 20个单细胞RNA-seq数据集 |
| 21283 | 2024-08-08 |
Single cell RNA-sequencing: A powerful yet still challenging technology to study cellular heterogeneity
2022-11, BioEssays : news and reviews in molecular, cellular and developmental biology
IF:3.2Q1
DOI:10.1002/bies.202200084
PMID:36068142
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综述 | 本文综述了单细胞RNA测序（scRNA-Seq）技术在研究细胞异质性中的应用及其挑战 | scRNA-Seq技术提供了高分辨率的细胞程序动态图谱，有助于解答生物学基本问题及其功能和进化，并能探讨罕见细胞群体在疾病进展和治疗抵抗中的作用 | 需要强大的计算流程和可重复的实验协议以促进该技术在基础和临床研究中的广泛接受 | 探讨scRNA-Seq技术在理解复杂疾病如糖尿病、心血管疾病和癌症中的应用 | 单细胞RNA测序技术及其在生物医学研究中的应用 | 数字病理学 | 心血管疾病 | 单细胞RNA测序（scRNA-Seq） | NA | 转录组数据 | NA |
| 21284 | 2024-08-08 |
Transcriptomic Features in a Single Extracellular Vesicle via Single-Cell RNA Sequencing
2022-11, Small methods
IF:10.7Q1
DOI:10.1002/smtd.202200881
PMID:36068167
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研究论文 | 本研究使用10x Genomics平台，对来自人K562和间充质干细胞的单个外泌体中的RNA货物进行了分析 | 首次在单个外泌体水平上提供了高吞吐量的转录组数据，并揭示了外泌体的异质性 | NA | 探索单个外泌体中的转录组特征和异质性 | 人K562和间充质干细胞的单个外泌体 | 数字病理学 | NA | 单细胞RNA测序 | CB2算法 | RNA | 来自人K562和间充质干细胞的单个外泌体 |
| 21285 | 2024-08-08 |
Brainstem noradrenergic neurons: Identifying a hub at the intersection of cognition, motility, and skeletal muscle regulation
2022-11, Acta physiologica (Oxford, England)
DOI:10.1111/apha.13887
PMID:36073023
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研究论文 | 本文探讨了脑干去甲肾上腺素能神经元在认知、运动和骨骼肌调节中的作用及其潜在的遗传和分子机制 | 通过遗传谱系追踪揭示了脑干去甲肾上腺素能神经元的显著异质性，并探讨了其在神经退行性疾病中的潜在作用 | 需要多学科复杂方法来验证假设，包括遗传追踪、特定电路标记、光遗传学和化学遗传学等 | 识别脑干去甲肾上腺素能神经元在认知、运动和骨骼肌调节中的关键节点，并探讨其在衰老和神经退行性疾病中的作用 | 脑干去甲肾上腺素能神经元及其在神经系统中的功能和潜在病理机制 | 神经科学 | 神经退行性疾病 | 遗传谱系追踪、光遗传学、化学遗传学、电生理学、单细胞转录组学和蛋白质组学 | NA | 遗传数据、电生理数据、转录组数据、蛋白质组数据 | 未明确提及具体样本数量 |
| 21286 | 2024-08-08 |
Genomic Characteristics and Single-Cell Profiles After Immunotherapy in Fumarate Hydratase-Deficient Renal Cell Carcinoma
2022-11-01, Clinical cancer research : an official journal of the American Association for Cancer Research
IF:10.0Q1
DOI:10.1158/1078-0432.CCR-22-1279
PMID:36074152
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研究论文 | 本研究分析了延胡索酸水合酶缺陷型肾细胞癌（FHRCC）的基因组特征和微环境，以及单细胞水平上免疫检查点抑制剂（ICI）治疗后的异质性反应原因 | 首次在单细胞水平上分析了FHRCC对ICI治疗的异质性反应，并探讨了免疫浸润与治疗反应的关系 | ICI治疗无法逆转进展期疾病患者的CD8+ T细胞耗竭，需要额外的治疗策略 | 分析FHRCC的基因组特征和微环境，以及ICI治疗后的单细胞水平反应 | 延胡索酸水合酶缺陷型肾细胞癌（FHRCC）患者 | 数字病理学 | 肾细胞癌 | 全外显子测序、免疫组化染色分析、单细胞RNA测序 | NA | 基因组数据、单细胞RNA序列数据 | 30名晚期FHRCC患者，4名接受ICI治疗的患者的单细胞RNA测序 |
| 21287 | 2024-08-08 |
SD2: spatially resolved transcriptomics deconvolution through integration of dropout and spatial information
2022-10-31, Bioinformatics (Oxford, England)
DOI:10.1093/bioinformatics/btac605
PMID:36063455
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研究论文 | 本文提出了一种新的空间转录组解卷积方法SD2，通过整合空间信息和考虑dropout特征，提高了组织全景图的分辨率 | SD2方法通过提取基于dropout的基因作为信息特征，并利用图卷积神经网络预测细胞类型组成，显著提高了性能 | NA | 探索细胞间相互作用和人类疾病细胞靶点，提高空间转录组数据的解析度 | 空间转录组数据中的细胞类型组成 | 生物信息学 | NA | 空间转录组学 | 图卷积神经网络 | 基因表达数据 | 模拟seqFISH+数据集和三个真实世界数据集 |
| 21288 | 2024-08-08 |
Jag2b-Notch3/1b-mediated neuron-to-glia crosstalk controls retinal gliogenesis
2022-10-06, EMBO reports
IF:6.5Q1
DOI:10.15252/embr.202254922
PMID:36047082
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研究论文 | 本文报道了光感受器细胞衍生的Jag2b在斑马鱼发育中的视网膜中对Notch依赖的Müller胶质细胞（MG）生成的作用 | 揭示了Jag2b与Notch3/Notch1b相互作用介导的神经元与胶质细胞之间的对话，确保了MG的不可逆分化，为发育中的脊椎动物中枢神经系统结构中胶质细胞命运的时间性指定提供了新的机制性见解 | NA | 研究神经元对胶质细胞生成的影响 | 斑马鱼视网膜中的光感受器细胞和Müller胶质细胞 | 神经科学 | NA | 单细胞转录组分析 | NA | 转录组数据 | NA |
| 21289 | 2024-08-08 |
S100A10 might be a novel prognostic biomarker for head and neck squamous cell carcinoma based on bioinformatics analysis
2022-10, Computers in biology and medicine
IF:7.0Q1
DOI:10.1016/j.compbiomed.2022.106000
PMID:36049414
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研究论文 | 本研究通过生物信息学分析探讨了S100A10作为头颈部鳞状细胞癌（HNSCC）新型预后生物标志物的潜力 | 首次揭示了S100A10在HNSCC中的表达水平与患者总体生存率的关系，并通过单细胞RNA测序分析了其在肿瘤发展中的具体作用 | NA | 探索S100A10作为HNSCC预后生物标志物的可能性及其在肿瘤发展中的作用 | S100A10在HNSCC中的表达及其对患者预后的影响 | 数字病理学 | 头颈部鳞状细胞癌 | 单细胞RNA测序 | NA | mRNA表达数据 | 涉及HNSCC患者的mRNA表达水平数据 |
| 21290 | 2024-08-08 |
The progressive application of single-cell RNA sequencing technology in cardiovascular diseases
2022-Oct, Biomedicine & pharmacotherapy = Biomedecine & pharmacotherapie
DOI:10.1016/j.biopha.2022.113604
PMID:36057222
|
综述 | 本文综述了单细胞RNA测序技术在心血管疾病研究中的应用及其数据分析过程 | 介绍了单细胞RNA测序技术如何通过高吞吐量分析单细胞，揭示细胞异质性，识别罕见细胞类型，并构建人类心脏细胞图谱 | 讨论了单细胞RNA测序技术的不足，并探讨了其与空间组学技术结合的可能性 | 总结单细胞测序技术在心血管疾病研究中的最新发现，并探讨其未来应用方向 | 心血管疾病及其发病机制中的细胞类型和细胞异质性 | 数字病理学 | 心血管疾病 | 单细胞RNA测序 | NA | RNA序列数据 | 涉及大量单细胞样本 |
| 21291 | 2024-08-08 |
Intestinal epithelial organoids: regeneration and maintenance of the intestinal epithelium
2022-10, Current opinion in genetics & development
IF:3.7Q2
DOI:10.1016/j.gde.2022.101977
PMID:36058061
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研究论文 | 本文综述了肠道上皮类器官在肠道上皮再生和维持中的作用及其在再生疗法中的应用 | 利用单细胞转录组学和表观遗传分析等技术，对肠道上皮细胞类型及其周围间质微环境进行了遗传学特征分析，并结合基因组工程、遗传谱系追踪和组织移植技术，推动了基于类器官的再生疗法的发展 | NA | 探讨肠道上皮自我更新在稳态和再生中的机制，并展望未来类器官医学的发展 | 肠道上皮细胞及其再生和维持机制 | 数字病理学 | 短肠综合征 | 单细胞转录组学、表观遗传分析 | NA | 基因组数据 | NA |
| 21292 | 2024-08-08 |
DEMOC: a deep embedded multi-omics learning approach for clustering single-cell CITE-seq data
2022-09-20, Briefings in bioinformatics
IF:6.8Q1
DOI:10.1093/bib/bbac347
PMID:36047285
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研究论文 | 本文提出了一种新的深度嵌入式多组学聚类模型DEMOC，用于联合聚类CITE-seq数据，能够有效利用转录组和蛋白质组数据的一致性和互补信息 | DEMOC模型能够处理具有不同特征的多组学数据，并在实际CITE-seq数据集上表现优于现有的单组学和多组学聚类方法 | NA | 开发一种新的计算方法，用于更有效地聚类和分析CITE-seq数据 | CITE-seq数据中的细胞类型识别 | 机器学习 | NA | CITE-seq | 深度学习模型 | 多组学数据 | 两个实际CITE-seq数据集和三个scRNA-seq数据集 |
| 21293 | 2024-08-08 |
Boosting single-cell gene regulatory network reconstruction via bulk-cell transcriptomic data
2022-09-20, Briefings in bioinformatics
IF:6.8Q1
DOI:10.1093/bib/bbac389
PMID:36070863
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研究论文 | 本文探讨了利用大量细胞的转录组数据来辅助单细胞基因调控网络（GRN）重建的可能性 | 提出了一种基于轴向变换器的弱监督学习框架，结合单细胞和大量细胞数据来推断细胞类型特异性的GRN，并展示了其在阿尔茨海默病风险基因的转录因子识别和潜在调控方面的应用 | NA | 研究如何利用大量细胞数据来提高单细胞GRN预测的准确性 | 单细胞和大量细胞的基因调控网络 | 基因组学 | 阿尔茨海默病 | 单细胞RNA测序 | 轴向变换器 | 转录组数据 | 未具体说明 |
| 21294 | 2024-08-08 |
SCDD: a novel single-cell RNA-seq imputation method with diffusion and denoising
2022-09-20, Briefings in bioinformatics
IF:6.8Q1
DOI:10.1093/bib/bbac398
PMID:36070866
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研究论文 | 本文提出了一种新的单细胞RNA测序插补方法SCDD，结合扩散和去噪技术，以解决单细胞RNA测序数据分析中的过平滑问题 | SCDD方法通过扩散策略进行初步插补，并结合图卷积神经网络和收缩自编码器进行去噪，有效抑制了过平滑问题 | NA | 解决单细胞RNA测序数据插补中的过平滑问题，提高下游分析效果 | 单细胞RNA测序数据 | 数字病理学 | NA | 单细胞RNA测序 | 图卷积神经网络，收缩自编码器 | RNA测序数据 | 大规模单细胞 |
| 21295 | 2024-08-08 |
CD8 memory precursor cell generation is a continuous process
2022-Sep-16, iScience
IF:4.6Q1
DOI:10.1016/j.isci.2022.104927
PMID:36065187
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研究论文 | 本研究通过分析急性感染后扩增阶段的单细胞RNA测序数据，研究了记忆前体细胞的生成过程，特别是CD8 T细胞的发育轨迹。 | 发现记忆前体细胞是连续生成的，并且随着时间的推移数量逐渐增加，同时在后期时间点，与效应功能相关的基因表达也在记忆前体细胞中升高。 | NA | 研究记忆前体细胞的生成过程及其动态变化。 | CD8 T细胞的记忆前体细胞生成过程。 | 免疫学 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | RNA测序数据 | 包含CD8 T细胞的单细胞RNA测序数据 |
| 21296 | 2024-08-08 |
Protocol for the isolation of CD8+ tumor-infiltrating lymphocytes from human tumors and their characterization by single-cell immune profiling and multiome
2022-09-16, STAR protocols
IF:1.3Q4
DOI:10.1016/j.xpro.2022.101649
PMID:36065294
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研究论文 | 本文介绍了一种从人类肿瘤中分离CD8+肿瘤浸润淋巴细胞（TILs）并进行单细胞免疫谱和多组学分析的协议 | 本文建立了一种新的协议，通过单细胞RNA测序与VDJ分析和染色质结构分析相结合，用于肿瘤中CD8 TILs的特征描述 | NA | 理解肿瘤浸润淋巴细胞群体的异质性和人类癌症中的免疫生物学，以建立有效的免疫疗法 | 人类肿瘤中的CD8+肿瘤浸润淋巴细胞 | NA | NA | 单细胞RNA测序，VDJ分析，染色质结构分析 | NA | 单细胞数据 | NA |
| 21297 | 2024-08-08 |
Whole-genome CRISPR screening identifies genetic manipulations to reduce immune rejection of stem cell-derived islets
2022-09-13, Stem cell reports
IF:5.9Q2
DOI:10.1016/j.stemcr.2022.08.002
PMID:36055241
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研究论文 | 本研究通过全基因组CRISPR筛选，识别出减少干细胞衍生胰岛免疫排斥的遗传操作 | 首次通过单细胞RNA测序和全基因组CRISPR筛选，揭示了干细胞衍生胰岛在免疫环境中的免疫原性机制，并找到了通过基因编辑减少免疫排斥的方法 | 研究主要在人源化小鼠模型中进行，需要进一步在临床前模型中验证 | 旨在通过遗传修饰减少干细胞衍生胰岛的免疫排斥，以实现胰岛素依赖型糖尿病的细胞替代治疗 | 人类胚胎干细胞衍生的胰岛（SC-islets）及其在免疫环境中的免疫原性 | 基因编辑 | 糖尿病 | CRISPR筛选，单细胞RNA测序（scRNA-seq） | NA | 基因组数据，RNA序列数据 | 涉及干细胞衍生胰岛与异基因外周血单个核细胞（PBMCs）的相互作用 |
| 21298 | 2024-08-08 |
Induction of a colitogenic phenotype in Th1-like cells depends on interleukin-23 receptor signaling
2022-09-13, Immunity
IF:25.5Q1
DOI:10.1016/j.immuni.2022.08.007
PMID:36070768
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研究论文 | 本研究探讨了白细胞介素-23受体（IL-23R）在Th1样细胞中诱导结肠炎表型的作用 | 首次揭示了IL-23R在Th1样细胞中的作用，并证明了IL-23R信号传导是Th1样细胞诱导组织炎症的致病驱动因素 | NA | 研究IL-23R在Th1样细胞中诱导炎症和自身免疫的作用 | Th1样细胞和IL-23R | 免疫学 | 结肠炎 | 单细胞RNA测序 | NA | RNA | 使用eGFP报告小鼠和T细胞适应性转移结肠炎模型进行体内外研究 |
| 21299 | 2024-08-08 |
Clinical application of advanced multi-omics tumor profiling: Shaping precision oncology of the future
2022-09-12, Cancer cell
IF:48.8Q1
DOI:10.1016/j.ccell.2022.08.011
PMID:36055231
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综述 | 本文综述了多组学肿瘤分析的最新进展，重点关注空间基因组学、染色质组织、空间转录组学和蛋白质组学、液体活检以及体外药物反应建模 | 介绍了通过下一代DNA测序技术识别治疗靶点和分子生物标志物，以及多组学数据在精准治疗中的整合 | 高分辨率肿瘤分析和多组学数据整合在精准治疗中的临床转化和实施面临重大挑战 | 总结多组学肿瘤分析的最新进展，并探讨其在未来精准治疗中的应用前景 | 多组学肿瘤分析技术及其在精准治疗中的应用 | NA | NA | 下一代DNA测序技术 | NA | 多组学数据 | NA |
| 21300 | 2024-08-08 |
Injury-induced pulmonary tuft cells are heterogenous, arise independent of key Type 2 cytokines, and are dispensable for dysplastic repair
2022-09-08, eLife
IF:6.4Q1
DOI:10.7554/eLife.78074
PMID:36073526
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研究论文 | 本文通过批量和单细胞转录组学技术，研究了流感损伤后肺部畸胎区域的毛细胞的多样性和发展机制 | 发现了肺部毛细胞的发展不依赖于关键的2型细胞因子信号，与肠道毛细胞的发展机制不同 | 文章未详细探讨毛细胞在肺部健康和疾病中的具体功能 | 揭示肺部毛细胞在肺损伤后的多样性和发展机制 | 肺部毛细胞及其在肺损伤后的发展 | NA | 肺部疾病 | 单细胞转录组学 | NA | 转录组数据 | 涉及流感损伤和博来霉素损伤的肺部样本 |