单细胞与空转测序相关文章

序号	推送日期	文章	类型	简述	创新点	不足	研究目的	研究对象	领域	病种	技术	模型	数据类型	样本量
21261	2024-08-08	Construction of a prognostic model related to copper dependence in breast cancer by single-cell sequencing analysis 2022, Frontiers in genetics IF:2.8Q2 DOI:10.3389/fgene.2022.949852 PMID:36082002	研究论文	本研究通过单细胞测序分析构建了一个与乳腺癌铜依赖相关的预后模型	首次通过单细胞分析获得铜依赖相关基因，并构建了预后模型	需要进一步的研究来验证模型的长期效力和在不同人群中的适用性	探索铜依赖相关基因在女性乳腺癌中的临床意义	女性乳腺癌患者及其铜依赖相关基因	数字病理	乳腺癌	单细胞测序	COX和Lasso回归模型	基因表达数据	训练集和测试集各一半，外部验证集包括GSE20685和GSE20711数据集
21262	2024-08-08	Enriching and Characterizing T Cell Repertoires from 3' Barcoded Single-Cell Whole Transcriptome Amplification Products 2022, Methods in molecular biology (Clifton, N.J.) DOI:10.1007/978-1-0716-2712-9_7 PMID:36087201	研究论文	本文介绍了一种从已使用3'条形码单细胞全转录组扩增产物中富集和表征T细胞受体（TCR）转录本的方法	该方法能够在不改变原有3'条形码单细胞RNA测序流程的情况下，实现单细胞分辨率的TCR序列捕获	NA	旨在简化并扩展单细胞TCR测序数据获取的方法，同时保持单细胞分辨率	T细胞受体（TCR）转录本	NA	癌症	3'条形码单细胞RNA测序	NA	转录本	NA
21263	2024-08-08	A Bioinformatic Framework for Dissecting the Dynamics of T Cells from Single-Cell Transcriptome 2022, Methods in molecular biology (Clifton, N.J.) DOI:10.1007/978-1-0716-2712-9_14 PMID:36087208	研究论文	本文介绍了一种名为STARTRAC的生物信息学框架，该框架整合单细胞转录组和TCR序列作为谱系特异性标记，用于定量评估T细胞的动态特性	提出了一种新的生物信息学框架STARTRAC，该框架能够整合单细胞转录组和TCR序列，以定量评估T细胞的动态特性，包括克隆扩增、组织迁移和发展转变	目前的方法在揭示具有相同克隆型的T细胞表型差异方面存在局限性	定量追踪人类免疫学中T细胞的动态	T细胞的动态特性，包括克隆扩增、组织迁移和发展转变	生物信息学	NA	单细胞转录组测序	NA	转录组数据	NA
21264	2024-08-08	ATAXIC: An Algorithm to Quantify Transcriptomic Perturbation Heterogeneity in Single Cancer Cells 2022, Journal of oncology DOI:10.1155/2022/4106736 PMID:36090907	研究论文	本文提出了一种名为ATAXIC的算法，用于量化单个癌细胞中转录组扰动的异质性	ATAXIC算法通过计算单个细胞中绝对z分数基因表达值的标准偏差，量化了转录组扰动的异质性水平	NA	研究单个癌细胞中转录组扰动的异质性，并探讨其在肿瘤生物学中的应用	单个癌细胞中的转录组扰动异质性	数字病理学	NA	单细胞RNA测序	NA	基因表达数据	分析了八种癌症类型的单细胞RNA测序数据集
21265	2024-08-08	Transcriptome profiles of latently- and reactivated HIV-1 infected primary CD4+ T cells: A pooled data-analysis 2022, Frontiers in immunology IF:5.7Q1 DOI:10.3389/fimmu.2022.915805 PMID:36090997	研究论文	本研究通过综合分析5个HIV-1潜伏期和2个再激活期的原代CD4+ T细胞模型的转录组数据，探讨了HIV-1潜伏期和再激活期感染细胞的基因表达差异	首次综合分析了多个HIV-1潜伏期和再激活期的原代CD4+ T细胞模型的转录组数据，识别了在潜伏期和再激活期感染细胞中差异表达的基因	研究仅限于转录组数据分析，未涉及其他类型的生物标志物或治疗方法	通过比较HIV-1潜伏期和再激活期感染细胞的转录组特征，寻找差异表达的基因，以更好地理解和表征HIV-1的潜伏和再激活	HIV-1潜伏期和再激活期感染的原代CD4+ T细胞	数字病理学	HIV-1感染	转录组分析	NA	转录组数据	5个HIV-1潜伏期原代CD4+ T细胞模型和2个再激活期研究
21266	2024-08-08	An immunotherapy response prediction model derived from proliferative CD4+ T cells and antigen-presenting monocytes in ccRCC 2022, Frontiers in immunology IF:5.7Q1 DOI:10.3389/fimmu.2022.972227 PMID:36091022	研究论文	本研究通过重新分析两个接受免疫检查点阻断（ICB）治疗的透明细胞肾细胞癌（ccRCC）患者的单细胞RNA测序（scRNA-seq）数据集，探索了具有良好预测性能的免疫细胞亚型和特征	本研究识别了具有良好预测能力的增殖性CD4 T细胞和调节性T细胞亚型以及抗原呈递单核细胞亚型，并开发了一个预测模型，该模型在CheckMate队列中达到了93%的AUC	NA	探索透明细胞肾细胞癌（ccRCC）中对免疫检查点阻断（ICB）治疗反应具有良好预测性能的免疫细胞亚型和特征	透明细胞肾细胞癌（ccRCC）患者的免疫细胞亚型和特征	数字病理学	肾癌	单细胞RNA测序（scRNA-seq）	NA	RNA序列	172个样本
21267	2024-08-08	Identification and Characterization of Genes Related to the Prognosis of Hepatocellular Carcinoma Based on Single-Cell Sequencing 2022, Pathology oncology research : POR DOI:10.3389/pore.2022.1610199 PMID:36091935	研究论文	本研究利用单细胞RNA测序和大数据分析，筛选与肝细胞癌（HCC）预后相关的基因，并构建了一个预测HCC预后的模型	通过单细胞RNA测序和大数据分析，首次构建了一个包含七个关键基因的HCC预后模型，为HCC的临床靶点和生物标志物研究提供了新视角	NA	研究HCC的预后相关基因，并构建一个有效的预后预测模型	肝细胞癌（HCC）的细胞和基因	数字病理学	肝细胞癌	单细胞RNA测序	NA	基因表达数据	71,915个细胞，包括34,414个肿瘤细胞，以及371个HCC样本
21268	2024-08-08	Network analysis of hepatocellular carcinoma liquid biopsies augmented by single-cell sequencing data 2022, Frontiers in genetics IF:2.8Q2 DOI:10.3389/fgene.2022.921195 PMID:36092896	研究论文	本研究通过构建基因网络，分析了肝细胞癌患者的细胞外转录组基因网络，并与健康对照组进行比较，同时结合单细胞RNA测序数据，探讨了基因共表达网络分析在肝细胞癌研究中的应用。	本研究首次将单细胞RNA测序数据与细胞外RNA网络分析相结合，以细胞类型特异性转录组为背景，深入探讨了肝细胞癌的基因关联网络。	NA	旨在通过基因共表达网络分析，揭示肝细胞癌患者的细胞外转录组基因网络特征。	肝细胞癌患者的细胞外转录组基因网络。	数字病理学	肝细胞癌	单细胞RNA测序	NA	RNA	未具体说明样本数量
21269	2024-08-08	Repression of enhancer RNA PHLDA1 promotes tumorigenesis and progression of Ewing sarcoma via decreasing infiltrating T-lymphocytes: A bioinformatic analysis 2022, Frontiers in genetics IF:2.8Q2 DOI:10.3389/fgene.2022.952162 PMID:36092920	研究论文	本研究通过生物信息学分析，探讨了增强子RNA PHLDA1在Ewing肉瘤中的作用，发现其通过减少浸润性T淋巴细胞促进肿瘤发生和发展	首次揭示了PHLDA1作为关键调节因子在Ewing肉瘤发生和发展中的作用，并通过Connectivity Map分析筛选出可能靶向Ewing肉瘤的候选化合物	研究主要基于数据库分析和生物信息学方法，需要进一步的实验验证	探索Ewing肉瘤的分子机制，寻找新的靶向治疗途径	Ewing肉瘤样本和正常骨样本中的差异表达基因和增强子RNA	数字病理学	Ewing肉瘤	CIBERSORT, GSVA, ssGSEA	NA	RNA序列	85个Ewing肉瘤样本和3个正常骨样本
21270	2024-08-08	TIGER: A Web Portal of Tumor Immunotherapy Gene Expression Resource 2023-04, Genomics, proteomics & bioinformatics DOI:10.1016/j.gpb.2022.08.004 PMID:36049666	研究论文	本文介绍了TIGER，一个肿瘤免疫治疗基因表达资源门户网站，包含大量转录组数据和单细胞转录组数据，用于分析肿瘤免疫治疗反应和抵抗的有效生物标志物	TIGER整合了大量和单细胞基因表达数据，提供了多种分析模块，有助于理解抗肿瘤免疫机制和发现有效生物标志物	NA	开发新的免疫治疗策略和有效的反应及抵抗生物标志物	肿瘤免疫治疗中的基因表达数据	数字病理学	NA	基因表达谱技术	NA	基因表达数据	包含1508个肿瘤样本的转录组数据和2,116,945个免疫细胞的单细胞转录组数据
21271	2024-08-08	A Clustering Method Unifying Cell-Type Recognition and Subtype Identification for Tumor Heterogeneity Analysis 2023 Mar-Apr, IEEE/ACM transactions on computational biology and bioinformatics DOI:10.1109/TCBB.2022.3203185 PMID:36044493	研究论文	本文提出了一种统一细胞类型识别和亚型鉴定的聚类方法（UCRSI），用于肿瘤异质性分析	UCRSI方法通过分别计算选择性表达基因的差异和表达水平的差异，并使用共识邻接矩阵进行组合，从而更准确地进行细胞类型和亚型的识别	NA	旨在改进肿瘤异质性分析中的细胞类型和亚型识别	肿瘤微环境中的不同免疫细胞和肿瘤克隆	单细胞技术	肿瘤	单细胞RNA测序	谱聚类算法	基因表达数据	NA
21272	2024-08-08	Bioinformatics Analysis Identifies Key Genes in Recurrent Implantation Failure Based on Immune Infiltration 2023-03, Reproductive sciences (Thousand Oaks, Calif.) DOI:10.1007/s43032-022-01060-4 PMID:36045247	研究论文	本研究通过数据挖掘探索了与反复植入失败（RIF）相关的免疫相关基因	本研究通过综合分析方法（WGCNA、随机森林和LASSO回归）识别了四个关键基因（GJA1、PRKAG2、CPT1A和ICA1），并构建了一个有效的RIF预测模型	NA	探索反复植入失败（RIF）中的免疫相关基因	反复植入失败（RIF）患者与对照组的内膜表达谱	生物信息学	生殖障碍	单样本基因集富集分析（ssGSEA）	NA	RNA测序数据	24例反复植入失败患者和24例对照组
21273	2024-08-08	Fc Fragment of IgE Receptor Ig (FCER1G) acts as a key gene involved in cancer immune infiltration and tumour microenvironment 2023-02, Immunology IF:4.9Q2 DOI:10.1111/imm.13557 PMID:36054819	研究论文	本研究基于多个数据库探讨了FcεRIγ在多种肿瘤中的表达模式、预后价值及其在肿瘤增殖、转移中的作用，并分析了其基因组改变和DNA甲基化水平，同时评估了FcεRIγ与肿瘤微环境中免疫浸润细胞的关联及其在免疫检查点阻断治疗中的预测作用。	首次进行了FcεRIγ作为免疫相关基因的泛癌分析，并验证了其在肿瘤免疫治疗中的潜在价值。	NA	探讨FcεRIγ在多种肿瘤中的作用及其在肿瘤免疫学中的潜在价值。	FcεRIγ基因在肿瘤中的表达及其与肿瘤微环境和免疫治疗的关系。	数字病理学	NA	免疫组化染色、单细胞RNA测序	NA	基因表达数据	涉及多种肿瘤类型的多个样本
21274	2024-08-08	Epithelial cell-expressed type II IL-4 receptor mediates eosinophilic esophagitis 2023-02, Allergy IF:12.6Q1 DOI:10.1111/all.15510 PMID:36070083	研究论文	本文研究了IL-4和IL-13在嗜酸性食管炎（EoE）中的作用，特别是通过IL-13Rα1介导的信号传导	首次明确IL-13通过IL-13Rα1在EoE中的作用，并提出II型IL-4R作为未来治疗目标	NA	探讨IL-4和IL-13在嗜酸性食管炎中的作用及IL-13Rα1的介导效应	嗜酸性食管炎（EoE）及其相关细胞和分子机制	NA	嗜酸性食管炎	单细胞RNA测序	NA	RNA	包括WT、Il13ra1-/-和Krt14Cre/Il13ra1fl/fl小鼠以及人类EoE活检样本
21275	2024-08-08	The pleiotropic mode and molecular mechanism of macrophages in promoting tumor progression and metastasis 2023-Jan, Clinical & translational oncology : official publication of the Federation of Spanish Oncology Societies and of the National Cancer Institute of Mexico IF:2.8Q2 DOI:10.1007/s12094-022-02932-6 PMID:36071369	综述	本文综述了巨噬细胞在促进肿瘤进展和转移中的多效性模式及分子机制	利用单细胞RNA测序技术，对肿瘤相关巨噬细胞的起源、分类及功能机制有了新的认识	目前对巨噬细胞的了解主要来自体外实验和动物模型，对人类复杂微环境中的巨噬细胞仍知之甚少	旨在为制定最佳的巨噬细胞靶向治疗策略提供帮助	巨噬细胞在肿瘤进展和转移中的作用	NA	NA	单细胞RNA测序	NA	NA	NA
21276	2024-08-08	Urinary single-cell sequencing captures kidney injury and repair processes in human acute kidney injury 2022-12, Kidney international IF:14.8Q1 DOI:10.1016/j.kint.2022.07.032 PMID:36049643	研究论文	本文通过建立尿液单细胞RNA测序流程，分析了来自32名急性肾损伤患者的42,608个单细胞转录组，揭示了肾脏损伤和修复过程中的细胞和分子动态变化	首次通过尿液单细胞测序技术，非侵入性地深入了解急性肾损伤的细胞过程，为靶点识别、亚分类和疾病自然进程及干预监测提供了新机会	NA	探索急性肾损伤的细胞和分子动态变化	急性肾损伤患者的尿液单细胞转录组	数字病理学	急性肾损伤	单细胞RNA测序（scRNAseq）	NA	转录组	42,608个单细胞转录组，来自32名患者的40份尿液样本
21277	2024-08-08	Single-cell RNA-seq reveals fate determination control of an individual fibre cell initiation in cotton (Gossypium hirsutum) 2022-12, Plant biotechnology journal IF:10.1Q1 DOI:10.1111/pbi.13918 PMID:36053965	研究论文	本研究利用单细胞RNA测序技术分析了棉花纤维细胞发育过程中的基因表达模式	首次通过单细胞RNA测序技术揭示了棉花纤维细胞命运决定的调控机制，并提出了单个纤维细胞早期发育的模型	NA	揭示棉花纤维细胞从胚珠表皮起始的调控机制	棉花纤维细胞的发育过程	数字病理学	NA	单细胞RNA测序 (scRNA-seq)	NA	RNA序列	14,535个细胞
21278	2024-08-08	Single-cell RNA sequencing reveals intra-tumoral heterogeneity of glioblastoma and a pro-tumor subset of tumor-associated macrophages characterized by EZH2 overexpression 2022-12-01, Biochimica et biophysica acta. Molecular basis of disease DOI:10.1016/j.bbadis.2022.166534 PMID:36057370	研究论文	本研究利用单细胞RNA测序技术揭示了胶质母细胞瘤（GBM）的肿瘤内异质性以及EZH2过表达的肿瘤相关巨噬细胞（TAMs）的促瘤作用	首次发现具有胶质-免疫双重特征的MES2样GBM亚群，并揭示了EZH2在肿瘤微环境中的异质性表达及其在TAMs中的促瘤作用	NA	全面解析胶质母细胞瘤的分子景观及其在肿瘤微环境中EZH2的异质性分布和潜在作用	胶质母细胞瘤样本和肿瘤相关巨噬细胞	数字病理学	脑肿瘤	单细胞RNA测序（scRNA-seq）	NA	RNA	8名患者的胶质母细胞瘤样本
21279	2024-08-08	Glioma stem cell signature predicts the prognosis and the response to tumor treating fields treatment 2022-12, CNS neuroscience & therapeutics IF:4.8Q1 DOI:10.1111/cns.13956 PMID:36070228	研究论文	本研究通过单细胞RNA测序和机器学习方法，构建了与胶质瘤干细胞相关的风险评分，并评估了其对预后和肿瘤治疗场治疗的反应的预测价值	本研究首次构建了由11个胶质瘤干细胞特异性基因组成的胶质瘤干细胞特征，并验证了其在胶质瘤中的预后价值	NA	探索胶质瘤干细胞富集的胶质瘤患者的个性化治疗潜力	胶质瘤干细胞及其在胶质瘤复发和化疗放疗抵抗中的作用	数字病理学	脑瘤	单细胞RNA测序	LASSO和COX回归	基因数据	NA
21280	2024-08-08	Plasma CD27, a Surrogate of the Intratumoral CD27-CD70 Interaction, Correlates with Immunotherapy Resistance in Renal Cell Carcinoma 2022-11-14, Clinical cancer research : an official journal of the American Association for Cancer Research IF:10.0Q1 DOI:10.1158/1078-0432.CCR-22-0905 PMID:36067339	研究论文	研究探讨了CD27和CD70在透明细胞肾细胞癌中的相互作用及其对免疫治疗抵抗的影响	首次证明了sCD27作为T细胞功能障碍的替代标记物，是肾细胞癌免疫治疗抵抗的预测生物标志物	研究样本量有限，且仅限于透明细胞肾细胞癌患者	探究CD27-CD70相互作用对肾细胞癌免疫治疗抵抗的影响	透明细胞肾细胞癌患者的肿瘤组织和血浆中的sCD27水平	数字病理学	肾细胞癌	多重免疫荧光、流式细胞术、单细胞RNA测序	NA	组织、血浆	25名透明细胞肾细胞癌患者和81名接受免疫治疗的肾细胞癌患者