单细胞与空转测序相关文章
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当前共找到 27474 篇文献，本页显示第 21221 - 21240 篇。
| 序号 | 推送日期 | 文章 | 类型 | 简述 | 创新点 | 不足 | 研究目的 | 研究对象 | 领域 | 病种 | 技术 | 模型 | 数据类型 | 样本量 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 21221 | 2024-08-08 |
Prioritizing Autism Risk Genes using Personalized Graphical Models Estimated from Single Cell RNA-seq Data
2022, Journal of the American Statistical Association
IF:3.0Q1
DOI:10.1080/01621459.2021.1933495
PMID:35529781
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研究论文 | 本文通过个性化基因相互作用图谱，利用单细胞RNA测序数据，识别与自闭症相关的风险基因 | 提出了一种新的方法，通过分析已知自闭症风险基因的连接，利用个性化基因相互作用图谱来识别更多的自闭症风险基因 | 需要进一步的功能研究来验证这些基因的相关性 | 识别更多的自闭症风险基因 | 自闭症风险基因及其在个性化基因相互作用图谱中的连接 | 数字病理学 | 自闭症 | 单细胞RNA测序 (scRNA-seq) | NA | 基因数据 | 每个个体的细胞数量从891到1241不等，分析了1500个基因 |
| 21222 | 2024-08-08 |
Ulcerative Colitis: Novel Epithelial Insights Provided by Single Cell RNA Sequencing
2022, Frontiers in medicine
IF:3.1Q1
DOI:10.3389/fmed.2022.868508
PMID:35530046
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综述 | 本文综述了利用单细胞RNA测序技术在溃疡性结肠炎中对上皮细胞转录组景观的研究 | 单细胞RNA测序技术揭示了与溃疡性结肠炎发病机制相关的细胞亚群，并提供了连接基因组与病理的新途径 | NA | 探讨单细胞RNA测序技术在溃疡性结肠炎中的应用及其对上皮细胞转录组的新发现 | 溃疡性结肠炎中的上皮细胞 | 数字病理学 | 炎症性肠病 | 单细胞RNA测序 | NA | 转录组数据 | NA |
| 21223 | 2024-08-08 |
Characterization of Immunogenicity of Malignant Cells with Stemness in Intrahepatic Cholangiocarcinoma by Single-Cell RNA Sequencing
2022, Stem cells international
IF:3.8Q2
DOI:10.1155/2022/3558200
PMID:35530414
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研究论文 | 本研究利用单细胞RNA测序技术，探讨了肝内胆管癌（iCCA）中具有干细胞特性的恶性细胞的免疫原性 | 首次揭示了肝内胆管癌中高干细胞特性恶性细胞的免疫逃避机制 | NA | 研究肝内胆管癌中癌症干细胞的免疫原性及其与干细胞特性的关系 | 肝内胆管癌中的恶性细胞 | 数字病理学 | 肝内胆管癌 | 单细胞RNA测序 | CytoTRACE | 转录组数据 | NA |
| 21224 | 2024-08-08 |
Single-Cell RNA-Sequencing Analyses Revealed Heterogeneity and Dynamic Changes of Metabolic Pathways in Astrocytes at the Acute Phase of Ischemic Stroke
2022, Oxidative medicine and cellular longevity
DOI:10.1155/2022/1817721
PMID:35535357
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研究论文 | 本研究通过单细胞RNA测序分析，揭示了缺血性中风急性期星形胶质细胞代谢途径的异质性和动态变化 | 本研究首次通过单细胞测序技术，比较了短暂性大脑中动脉闭塞后12小时和24小时的星形胶质细胞的细胞表型和动态变化 | NA | 研究缺血性中风急性期星形胶质细胞的特征变化及其在神经保护中的潜在作用 | 星形胶质细胞在缺血性中风急性期的代谢途径异质性和动态变化 | 数字病理学 | 中风 | 单细胞RNA测序 | NA | 基因表达数据 | 小鼠皮质样本在短暂性大脑中动脉闭塞后12小时和24小时 |
| 21225 | 2024-08-08 |
Multi-scale integrative analyses identify THBS2+ cancer-associated fibroblasts as a key orchestrator promoting aggressiveness in early-stage lung adenocarcinoma
2022, Theranostics
IF:12.4Q1
DOI:10.7150/thno.69590
PMID:35547750
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研究论文 | 本研究通过多尺度综合分析，揭示了THBS2+癌症相关成纤维细胞在早期肺腺癌中的关键作用，促进其侵袭性 | 首次在多组学水平上验证了THBS2作为早期肺腺癌的独立预后标志物，并揭示了THBS2+癌症相关成纤维细胞在肿瘤微环境中的具体作用机制 | NA | 旨在识别和验证早期肺腺癌中促进侵袭性表型的分子基础 | 早期肺腺癌样本及其相关成纤维细胞 | 数字病理学 | 肺癌 | 单细胞转录组测序 | NA | 转录组数据、蛋白质组数据、分泌组数据和空间组数据 | 多个独立临床队列的早期肺腺癌样本 |
| 21226 | 2024-08-08 |
Deep Nonnegative Matrix Factorization Using a Variational Autoencoder With Application to Single-Cell RNA Sequencing Data
2023 Mar-Apr, IEEE/ACM transactions on computational biology and bioinformatics
DOI:10.1109/TCBB.2022.3172723
PMID:35511832
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研究论文 | 本文提出了一种基于变分自编码器的深度非负矩阵分解方法，用于单细胞RNA测序数据的分析 | 该方法通过将参数分解为细胞间共享和细胞特异性参数，实现了有效的非线性降维，并引入了对数正则化以提高估计准确性 | NA | 旨在提高单细胞RNA测序数据分析的准确性和生物学解释性 | 单细胞RNA测序数据 | 生物信息学 | NA | RNA测序 | 变分自编码器 | 基因表达数据 | 多个单细胞样本 |
| 21227 | 2024-08-05 |
Dynamic Autophagy Map in Mouse Female Germ Cells Throughout the Fetal to Postnatal Life
2023-01, Reproductive sciences (Thousand Oaks, Calif.)
DOI:10.1007/s43032-022-00940-z
PMID:35501593
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研究论文 | 本研究调查了小鼠雌性生殖细胞在胎儿到出生后生活中的自噬动态表达。 | 发现了阶段特异性的自噬相关基因，并绘制了自噬图谱，提供了对小鼠雌性生殖细胞发育自噬调控网络的新见解。 | NA | 研究小鼠雌性生殖细胞中自噬的潜在机制。 | 研究七类生殖细胞的自噬相关基因的动态表达。 | 数字病理学 | 女性不育 | 单细胞RNA-seq, 免疫荧光, 透射电子显微镜 | NA | 基因表达数据 | 七种类型的生殖细胞 |
| 21228 | 2024-08-08 |
A novel oncolytic virus induces a regional cytokine storm and safely eliminates malignant ascites of colon cancer
2022-11, Cancer medicine
IF:2.9Q2
DOI:10.1002/cam4.4772
PMID:35510373
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研究论文 | 本研究评估了溶瘤单纯疱疹病毒2型（OH2）是否能安全消除结肠癌恶性腹水及其通过何种特定机制发挥抗肿瘤免疫作用 | 发现OH2能通过诱导局部细胞因子风暴，主要通过IL-6过度分泌，安全消除结肠癌恶性腹水，并在早期抗肿瘤免疫反应中显著改变免疫微环境 | NA | 评估OH2安全消除结肠癌恶性腹水的能力及其抗肿瘤免疫的具体机制 | 结肠癌恶性腹水及其免疫微环境 | NA | 结肠癌 | 单细胞RNA测序 | NA | RNA | 使用CT26细胞建立腹水小鼠模型进行实验 |
| 21229 | 2024-08-08 |
CHRNA5 Is Overexpressed in Patients with Psoriasis and Promotes Psoriasis-Like Inflammation in Mouse Models
2022-11, The Journal of investigative dermatology
IF:5.7Q1
DOI:10.1016/j.jid.2022.04.014
PMID:35513071
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研究论文 | 本研究探讨了CHRNA5在银屑病发展及发病机制中的作用 | 首次证实CHRNA5在银屑病中的高表达，并揭示了CHRNA5敲除通过MAPK激酶激酶-1/c-Jun N端激酶‒MAPK/NF-κB通路调节炎症反应 | NA | 研究CHRNA5在银屑病中的作用及其机制 | 银屑病患者组织及咪喹莫特诱导的小鼠模型 | NA | 银屑病 | 单细胞测序 | NA | 组织样本 | 涉及银屑病患者组织及Chrna5敲除小鼠模型 |
| 21230 | 2024-08-08 |
DIALOGUE maps multicellular programs in tissue from single-cell or spatial transcriptomics data
2022-10, Nature biotechnology
IF:33.1Q1
DOI:10.1038/s41587-022-01288-0
PMID:35513526
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research paper | 本文介绍了一种名为DIALOGUE的方法，用于从单细胞或空间转录组数据中系统地揭示组织中的多细胞程序（MCPs） | DIALOGUE方法能够从空间数据或单细胞数据中识别与动物行为相关的MCPs，并在未见数据上恢复空间属性，优于其他方法和指标 | NA | 旨在解码组织中细胞的功能相互作用 | 多细胞程序（MCPs）及其在健康和疾病中的多细胞调控分析 | digital pathology | lung cancer, Alzheimer's disease, ulcerative colitis | single-cell RNA sequencing, spatial transcriptomics | NA | spatial data, single-cell data | 包括小鼠的多个脑区（下丘脑、小脑、视觉皮层和大脑皮层）以及人类肺癌数据 |
| 21231 | 2024-08-08 |
scESI: evolutionary sparse imputation for single-cell transcriptomes from nearest neighbor cells
2022-09-20, Briefings in bioinformatics
IF:6.8Q1
DOI:10.1093/bib/bbac144
PMID:35512331
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研究论文 | 本文提出了一种名为scESI的进化稀疏插补算法，用于从最近邻细胞中插补单细胞转录组数据，以解决单细胞RNA测序中的普遍数据丢失问题 | scESI算法基于细胞间的基因调控关系构建稀疏表示模型，并通过非支配排序遗传算法优化框架，迭代搜索全局最优解，学习Pareto最优的细胞间亲和矩阵 | NA | 旨在提高单细胞RNA测序数据质量，减少数据噪声 | 单细胞转录组数据 | 生物信息学 | NA | 单细胞RNA测序 | 稀疏表示模型 | 基因表达数据 | NA |
| 21232 | 2024-08-08 |
A Markov random field model-based approach for differentially expressed gene detection from single-cell RNA-seq data
2022-09-20, Briefings in bioinformatics
IF:6.8Q1
DOI:10.1093/bib/bbac166
PMID:35514182
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研究论文 | 本文介绍了一种基于马尔可夫随机场模型的新统计模型MARBLES，用于从单细胞RNA测序数据中检测跨条件的差异表达基因 | MARBLES模型通过借用相似细胞类型的信息并利用细胞类型特异性伪批量计数来考虑样本水平变异性，从而比现有方法更有效地检测差异表达基因 | NA | 开发一种新的统计模型，用于从单细胞RNA测序数据中检测差异表达基因 | 单细胞RNA测序数据中的差异表达基因 | 生物信息学 | 帕金森病 | 单细胞RNA测序 | 马尔可夫随机场模型 | RNA测序数据 | 包括一个含有24,381个细胞和11,076个基因的小鼠数据集，以及一个含有76,212个细胞和15,891个基因的人类帕金森病数据集 |
| 21233 | 2024-08-08 |
Airway Macrophages Encompass Transcriptionally and Functionally Distinct Subsets Altered by Smoking
2022-08, American journal of respiratory cell and molecular biology
IF:5.9Q1
DOI:10.1165/rcmb.2021-0563OC
PMID:35522264
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研究论文 | 本研究探讨了吸烟和慢性阻塞性肺病（COPD）对人类肺泡巨噬细胞（AMs）异质性的影响 | 首次通过单细胞RNA测序分析，揭示了吸烟相关肺泡巨噬细胞的转录特征，包括解毒、氧化应激和促炎反应 | 研究样本仅包括健康非吸烟者、无COPD的吸烟者和有COPD的吸烟者，可能未能涵盖所有相关人群 | 探索吸烟和COPD对肺泡巨噬细胞异质性的影响 | 人类肺泡巨噬细胞 | 数字病理学 | 慢性阻塞性肺病 | 流式细胞术，单细胞RNA测序 | NA | 细胞 | 健康非吸烟者、无COPD的吸烟者和有COPD的吸烟者的肺泡巨噬细胞 |
| 21234 | 2024-08-08 |
Abnormal Cyclic Nucleotide Signaling at the Outer Mitochondrial Membrane In Sympathetic Neurons During the Early Stages of Hypertension
2022-07, Hypertension (Dallas, Tex. : 1979)
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研究论文 | 本研究探讨了高血压早期阶段交感神经元中细胞外线粒体膜上异常的环核苷酸信号传导 | 发现了在高血压前期自发性高血压大鼠的星状神经节神经元中，外线粒体膜上的环腺苷酸和环鸟苷酸水平下降，并揭示了PDE2A和PDE6D在其中的作用 | NA | 研究高血压早期阶段交感神经元中环核苷酸信号传导的异常及其机制 | 交感神经元中的环核苷酸信号传导 | NA | 高血压 | 单细胞RNA测序，Forster共振能量转移传感器 | NA | RNA序列数据 | 年轻Wistar大鼠神经元及自发性高血压大鼠神经元 |
| 21235 | 2024-08-08 |
Well-Paired-Seq: A Size-Exclusion and Locally Quasi-Static Hydrodynamic Microwell Chip for Single-Cell RNA-Seq
2022-07, Small methods
IF:10.7Q1
DOI:10.1002/smtd.202200341
PMID:35521945
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研究论文 | 本文介绍了一种名为Well-paired-seq的新型单细胞RNA测序技术，该技术通过尺寸排除和局部准静态流体动力学原理，提高了细胞捕获和珠子配对的效率 | Well-paired-seq通过双阱设计，结合尺寸排除和局部准静态流体动力学原理，实现了高密度的单细胞/珠子配对，显著提高了细胞捕获和配对效率 | NA | 开发一种高效的单细胞RNA测序平台，以揭示细胞状态的异质性 | 单细胞RNA测序技术及其在基础和临床研究中的应用 | 数字病理学 | NA | 单细胞RNA测序（scRNA-seq） | NA | 转录组数据 | 约200,000个细胞，来自21个样本 |
| 21236 | 2024-08-08 |
Isolation of macrophages from mouse skin wounds for single-cell RNA sequencing
2022-06-17, STAR protocols
IF:1.3Q4
DOI:10.1016/j.xpro.2022.101337
PMID:35496783
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研究论文 | 本文描述了一种从皮肤伤口中分离免疫细胞并进行单细胞RNA测序的方法 | 使用改进的Smart-seq2协议提高了速度和准确性 | NA | 理解组织修复中巨噬细胞的异质性 | 皮肤伤口中的巨噬细胞 | 数字病理学 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | RNA | NA |
| 21237 | 2024-08-08 |
miR-6077 promotes cisplatin/pemetrexed resistance in lung adenocarcinoma via CDKN1A/cell cycle arrest and KEAP1/ferroptosis pathways
2022-Jun-14, Molecular therapy. Nucleic acids
DOI:10.1016/j.omtn.2022.03.020
PMID:35505963
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研究论文 | 本研究通过CRISPR-Cas9筛选技术，发现miR-6077通过调控CDKN1A/细胞周期阻滞和KEAP1/铁死亡途径，促进肺癌腺癌对顺铂/培美曲塞的耐药性 | 首次揭示miR-6077在肺癌腺癌中通过调控CDKN1A和KEAP1途径影响顺铂/培美曲塞的耐药性，为克服临床化疗耐药提供新策略 | NA | 探讨miR-6077在肺癌腺癌中对顺铂/培美曲塞耐药性的作用机制 | 肺癌腺癌细胞及其对顺铂/培美曲塞的耐药性 | 数字病理学 | 肺癌 | CRISPR-Cas9筛选, RNA测序, 单细胞测序 | NA | RNA | 细胞系和患者来源的异种移植模型 |
| 21238 | 2024-08-08 |
Spatiotemporal mapping of gene expression landscapes and developmental trajectories during zebrafish embryogenesis
2022-05-23, Developmental cell
IF:10.7Q1
DOI:10.1016/j.devcel.2022.04.009
PMID:35512701
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研究论文 | 本研究利用Stereo-seq技术对91个斑马鱼胚胎切片在发育前24小时内的六个关键时间点进行了空间转录组分析，重建了斑马鱼胚胎发育过程中的细胞命运转变和分子变化的空间解析发育轨迹。 | 首次在接近细胞大小的分辨率下，通过空间转录组学技术，详细描绘了斑马鱼胚胎发育过程中的基因表达景观和发育轨迹。 | NA | 旨在通过空间转录组学技术，深入理解脊椎动物胚胎发育过程中的细胞命运决定和分子变化。 | 斑马鱼胚胎在发育前24小时内的基因表达和细胞命运转变。 | 数字病理学 | NA | Stereo-seq | NA | 空间转录组数据 | 91个斑马鱼胚胎切片，覆盖六个关键时间点，共获得152,977个spots。 |
| 21239 | 2024-08-08 |
Deep neural network modeling identifies biomarkers of response to immune-checkpoint therapy
2022-May-20, iScience
IF:4.6Q1
DOI:10.1016/j.isci.2022.104228
PMID:35494249
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研究论文 | 开发了一种名为DeepGeneX的计算框架，利用深度神经网络模型和特征消除技术，从单细胞RNA测序数据中筛选出六个关键基因，用于预测免疫检查点抑制剂治疗的反应 | 首次利用深度神经网络模型从大量基因数据中筛选出关键的六个基因，用于准确预测免疫疗法的反应 | NA | 开发一种新的计算框架，用于识别预测免疫检查点疗法反应的生物标志物 | 单细胞RNA测序数据和免疫检查点抑制剂治疗的反应 | 机器学习 | 肺癌 | 单细胞RNA测序 | 深度神经网络 | 基因数据 | 约26,000个基因 |
| 21240 | 2024-08-08 |
Single-cell analysis reveals the Comma-1D cell line as a unique model for mammary gland development and breast cancer
2022-05-15, Journal of cell science
IF:3.3Q3
DOI:10.1242/jcs.259329
PMID:35502723
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研究论文 | 通过单细胞RNA测序研究，揭示了Comma-1D细胞系在乳腺发育和乳腺癌研究中的独特模型作用 | 发现Comma-1D细胞系包含具有腔上皮和基底上皮特征的主要细胞群，以及具有混合谱系和双潜能特征的较小细胞群 | 研究主要基于细胞系模型，可能与体内情况存在差异 | 研究乳腺上皮细胞异质性的发展及其对肿瘤发生的影响 | Comma-1D细胞系及其在乳腺发育和乳腺癌研究中的应用 | 数字病理学 | 乳腺癌 | 单细胞RNA测序 | NA | 基因表达数据 | 多个Comma-1D细胞群 |