单细胞与空转测序相关文章
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当前共找到 27474 篇文献，本页显示第 21181 - 21200 篇。
| 序号 | 推送日期 | 文章 | 类型 | 简述 | 创新点 | 不足 | 研究目的 | 研究对象 | 领域 | 病种 | 技术 | 模型 | 数据类型 | 样本量 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 21181 | 2024-08-08 |
Single-cell transcriptome highlights a multilayer regulatory network on an invasive trajectory within colorectal cancer progression
2022-Sep, Journal of cancer research and clinical oncology
IF:2.7Q3
DOI:10.1007/s00432-022-04020-2
PMID:35523976
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研究论文 | 本研究通过单细胞转录组分析，揭示了结直肠癌进展中从癌症干细胞到侵袭细胞的逐步转变路径及其多层调控网络 | 本研究首次构建了从癌症干细胞到侵袭细胞的转变路径，并揭示了多层调控网络在获取侵袭特性中的关键作用 | NA | 探索结直肠癌进展中癌症干细胞向侵袭细胞转变的机制及其调控网络 | 结直肠癌中的癌症干细胞和侵袭细胞 | 数字病理学 | 结直肠癌 | 单细胞转录组分析 | NA | 转录组数据 | 大量结直肠癌样本 |
| 21182 | 2024-08-08 |
Reconstructing physical cell interaction networks from single-cell data using Neighbor-seq
2022-08-12, Nucleic acids research
IF:16.6Q1
DOI:10.1093/nar/gkac333
PMID:35536255
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research paper | 本文开发了一种名为Neighbor-seq的方法，用于从大规模并行单细胞测序数据中识别和注释直接细胞间相互作用的结构及其相关的配体-受体信号传导 | Neighbor-seq方法能够准确识别多种组织类型（如小肠上皮、终末呼吸道和脾白髓）的微解剖特征，并捕捉胰腺和皮肤肿瘤中癌症-免疫-基质细胞通信的不同拓扑结构 | NA | 研究细胞间相互作用在健康和疾病中的器官级细胞互作组 | 细胞间相互作用及其相关的配体-受体信号传导 | digital pathology | NA | Neighbor-seq | NA | single-cell sequencing data | 多种组织类型（如小肠上皮、终末呼吸道和脾白髓）及胰腺和皮肤肿瘤 |
| 21183 | 2024-08-08 |
Cell type identification in spatial transcriptomics data can be improved by leveraging cell-type-informative paired tissue images using a Bayesian probabilistic model
2022-08-12, Nucleic acids research
IF:16.6Q1
DOI:10.1093/nar/gkac320
PMID:35536287
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研究论文 | 本文介绍了一种新的计算方法，通过整合空间转录组数据与细胞类型信息丰富的配对组织图像，来提高组织细胞类型组成的推断 | 提出了一种贝叶斯概率模型，能够结合空间转录组数据和配对组织图像，显著提高细胞类型识别的准确性 | 该方法依赖于能够获取信息丰富的配对组织图像的空间转录组技术 | 提高空间转录组数据中细胞类型识别的准确性 | 空间转录组数据和配对组织图像 | 数字病理学 | 乳腺癌 | 空间转录组技术 | 贝叶斯概率模型 | 图像和基因表达数据 | 涉及小鼠脑组织和乳腺癌组织样本 |
| 21184 | 2024-08-08 |
Sequential Single-Cell Transcriptional and Protein Marker Profiling Reveals TIGIT as a Marker of CD19 CAR-T Cell Dysfunction in Patients with Non-Hodgkin Lymphoma
2022-08-05, Cancer discovery
IF:29.7Q1
DOI:10.1158/2159-8290.CD-21-1586
PMID:35554512
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研究论文 | 本研究通过单细胞转录组和蛋白质表面标记分析，揭示了CD19 CAR-T细胞在非霍奇金淋巴瘤患者中的功能障碍，并发现TIGIT表达是一个重要的生物标志物。 | 首次通过单细胞RNA测序和蛋白质表面标记分析，揭示了CD19 CAR-T细胞在患者体内的变化，并验证了TIGIT阻断对CAR-T细胞抗肿瘤功能的改善作用。 | NA | 揭示CD19 CAR-T细胞在非霍奇金淋巴瘤患者中的功能障碍及其生物标志物。 | CD19 CAR-T细胞在非霍奇金淋巴瘤患者中的功能状态和生物标志物。 | 数字病理学 | 非霍奇金淋巴瘤 | 单细胞RNA测序 | NA | 转录组数据 | 多个非霍奇金淋巴瘤患者的CAR-T细胞样本 |
| 21185 | 2024-08-08 |
Spatial determinants of CD8+ T cell differentiation in cancer
2022-08, Trends in cancer
IF:14.3Q1
DOI:10.1016/j.trecan.2022.04.003
PMID:35527216
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研究论文 | 本文探讨了癌症中CD8+ T细胞分化的空间决定因素 | 利用新的空间转录组学和成像技术揭示了CD8 T细胞功能调控的机制 | 现有的流式细胞术和单细胞转录组学技术未能捕捉到重要的空间信息 | 揭示调控CD8 T细胞功能的空间决定因素 | CD8+ T细胞在癌症中的分化 | 数字病理学 | 癌症 | 空间转录组学和成像技术 | NA | 细胞状态数据 | NA |
| 21186 | 2024-08-08 |
Macrophage functional diversity in NAFLD - more than inflammation
2022-08, Nature reviews. Endocrinology
DOI:10.1038/s41574-022-00675-6
PMID:35534573
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综述 | 本文综述了巨噬细胞在非酒精性脂肪肝病（NAFLD）中的多样性和功能，特别是肝内常驻巨噬细胞（Kupffer细胞）和单核细胞来源的肝巨噬细胞在稳态及NAFLD状态下的变化 | 利用单细胞RNA测序（scRNA-seq）技术，深入研究了巨噬细胞在肝脏中的异质性，揭示了其在NAFLD和NASH发病机制中超越传统炎症角色的功能 | NA | 探讨巨噬细胞在NAFLD中的多样性和功能，特别是NASH中的作用 | 肝内常驻巨噬细胞（Kupffer细胞）和单核细胞来源的肝巨噬细胞 | NA | 非酒精性脂肪肝病 | 单细胞RNA测序（scRNA-seq） | NA | 基因表达数据 | NA |
| 21187 | 2024-08-08 |
Single-cell transcriptomics identifies premature aging features of TERC-deficient mouse brain and bone marrow
2022-08, GeroScience
IF:5.3Q1
DOI:10.1007/s11357-022-00578-4
PMID:35545739
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研究论文 | 本研究通过单细胞转录组测序技术，分析了TERC缺陷小鼠的脑和骨髓在早衰特征上的差异表达基因，揭示了早衰相关的炎症反应和神经发育抑制现象 | 首次通过单细胞转录组测序技术研究了TERC缺陷小鼠脑和骨髓的早衰特征，并发现了早衰相关的炎症反应和神经发育抑制现象 | NA | 探究TERC缺陷小鼠脑和骨髓的早衰特征及其相关机制 | TERC缺陷小鼠的脑和骨髓 | 数字病理学 | 早衰症 | 单细胞转录组测序 | NA | 转录组数据 | 年轻小鼠、自然衰老小鼠和TERC缺陷（TERC-KO）小鼠的脑和骨髓样本 |
| 21188 | 2024-08-08 |
Computational Identification of Preneoplastic Cells Displaying High Stemness and Risk of Cancer Progression
2022-07-18, Cancer research
IF:12.5Q1
DOI:10.1158/0008-5472.CAN-22-0668
PMID:35536873
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研究论文 | 本文介绍了一种名为CancerStemID的新型计算方法，用于从单细胞RNA测序数据中估计细胞的干细胞指数，并验证了其在人食管鳞状细胞癌（ESCC）中的应用 | CancerStemID方法能够识别未分化的癌前细胞，这些细胞的转录组状态在侵袭性癌症中过度表达 | NA | 研究细胞分化状态作为癌症风险和进展的标志，并开发早期检测和风险预测的新策略 | 单细胞的分化状态及其与癌症发展的关系 | 生物信息学 | 食管鳞状细胞癌 | 单细胞RNA测序 | NA | RNA测序数据 | 两个食管鳞状细胞癌（ESCC）队列及一个ESCC发展的小鼠模型 |
| 21189 | 2024-08-08 |
Single-cell RNA sequencing reveals the existence of pro-metastatic subpopulation within a parental B16 murine melanoma cell line
2022-07-12, Biochemical and biophysical research communications
IF:2.5Q3
DOI:10.1016/j.bbrc.2022.05.003
PMID:35550198
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研究论文 | 本研究通过单细胞RNA测序技术，揭示了B16小鼠黑色素瘤细胞系中存在促进转移的亚群 | 首次在单细胞水平上揭示了从原发性黑色素瘤到转移的演变过程，并识别了与转移相关的差异表达基因 | NA | 理解黑色素瘤从原发到转移的演变机制 | B16小鼠黑色素瘤细胞系及其高转移性亚克隆 | 数字病理学 | 黑色素瘤 | 单细胞RNA测序 | NA | 转录组 | B16F0和B16F10细胞的单细胞转录组数据 |
| 21190 | 2024-08-08 |
Follistatin-like 1 (FSTL1) interacts with Wnt ligands and Frizzled receptors to enhance Wnt/β-catenin signaling in obstructed kidneys in vivo
2022-07, The Journal of biological chemistry
IF:4.0Q2
DOI:10.1016/j.jbc.2022.102010
PMID:35525270
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研究论文 | 本文研究了Follistatin-like 1 (FSTL1)在肾脏阻塞中的作用及其与Wnt/β-catenin信号通路的相互作用 | 首次揭示了FSTL1作为Wnt/β-catenin信号通路的新型细胞外增强因子，通过与Wnt配体和Frizzled受体相互作用来促进肾脏纤维化 | 研究主要集中在小鼠模型和人类患者样本上，未来研究需要进一步验证这些发现是否适用于其他物种或其他病理条件 | 探讨FSTL1在肾脏纤维化中的作用及其对Wnt/β-catenin信号通路的调控机制 | FSTL1在阻塞性肾脏中的表达及其对肾脏纤维化的影响 | NA | NA | 单细胞RNA测序 | NA | RNA | 小鼠和人类患者的肾脏组织样本 |
| 21191 | 2024-08-08 |
Serine Protease Inhibitors Restrict Host Susceptibility to SARS-CoV-2 Infections
2022-06-28, mBio
IF:5.1Q1
DOI:10.1128/mbio.00892-22
PMID:35532162
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research paper | 本研究使用基于多个人类供体来源的肺细胞3D模型，通过转录组学方法发现较低易感性的供体显示出丝氨酸蛋白酶抑制剂SERPINA1、SERPINE1和SERPINE2的高表达水平，这些蛋白酶抑制剂通过抑制细胞丝氨酸蛋白酶TMPRSS2来阻止病毒刺突蛋白的切割和TMPRSS2介导的病毒进入靶细胞，从而限制宿主对SARS-CoV-2感染的易感性。 | 本研究首次确定了丝氨酸蛋白酶抑制剂作为限制宿主对SARS-CoV-2感染易感性的因素，并揭示了其抗病毒机制。 | 研究主要基于体外肺细胞模型，尚未在临床上验证丝氨酸蛋白酶抑制剂的治疗效果。 | 旨在识别影响个体对SARS-CoV-2易感性的宿主因子，并探索其作为抗病毒药物开发的潜在靶点。 | 研究对象为人类肺细胞模型中的丝氨酸蛋白酶抑制剂及其对SARS-CoV-2感染的影响。 | NA | COVID-19 | 转录组学分析，单细胞RNA测序 | NA | 转录组数据 | 多个供体来源的肺细胞 |
| 21192 | 2024-08-08 |
Kidney Organoids Are Capable of Forming Tumors, but Not Teratomas
2022-06-22, Stem cells (Dayton, Ohio)
DOI:10.1093/stmcls/sxac009
PMID:35524742
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研究论文 | 研究iPSC衍生的肾脏类器官在免疫缺陷小鼠模型中的长期安全性和稳定性，以及其肿瘤形成能力 | 发现肾脏类器官在长期植入后具有形成肿瘤的能力，并揭示了与未分化iPSCs相关的独特甲基化基因簇 | 未检测到导致肿瘤细胞在肾脏类器官中出现的遗传变化 | 研究肾脏类器官的长期安全性和稳定性，以及其恶性转化的潜力 | iPSC衍生的肾脏类器官及其在免疫缺陷小鼠模型中的肿瘤形成能力 | 再生医学 | 肾脏疾病 | 基因表达分析，单细胞测序，免疫组化 | NA | 基因表达数据，单细胞测序数据，组织学数据 | 103个植入的肾脏类器官 |
| 21193 | 2024-08-08 |
Genomic sequences and RNA-binding proteins predict RNA splicing efficiency in various single-cell contexts
2022-06-13, Bioinformatics (Oxford, England)
DOI:10.1093/bioinformatics/btac321
PMID:35552604
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研究论文 | 本文通过利用最新的RNA速度工具，评估了多种单细胞RNA-Seq数据集中的相对剪接效率，并发现大量基因组特征和120种RNA结合蛋白特征对跨多个组织和器官的相对RNA剪接效率具有高度预测性 | 本文首次展示了基因组特征和RNA结合蛋白特征对跨多个组织和器官的相对RNA剪接效率的高度预测性 | NA | 旨在理解基因表达的调控机制和估计单细胞中的RNA速度 | RNA剪接效率及其在不同单细胞环境中的基因组调控和随机性 | 基因组学 | NA | RNA-Seq | NA | 基因组特征和RNA结合蛋白特征 | 多种单细胞RNA-Seq数据集 |
| 21194 | 2024-08-08 |
Developmental landscape of human forebrain at a single-cell level identifies early waves of oligodendrogenesis
2022-06-06, Developmental cell
IF:10.7Q1
DOI:10.1016/j.devcel.2022.04.016
PMID:35523173
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研究论文 | 本研究通过单细胞RNA测序和单细胞ATAC-seq技术，揭示了人类前脑在胚胎发育早期的少突胶质细胞生成过程 | 首次在人类前脑中发现并证实了早在胚胎发育第8周就出现的少突胶质细胞谱系细胞的第一波生成 | NA | 探究人类前脑在胚胎发育早期的少突胶质细胞生成过程及其调控机制 | 人类前脑的神经多样性和少突胶质细胞生成 | 数字病理学 | NA | 单细胞RNA测序, 单细胞ATAC-seq, 原位测序 | NA | 基因表达数据 | 涉及胚胎发育第8至10周的人类前脑样本 |
| 21195 | 2024-08-08 |
Single-cell transcriptional profiling of human carotid plaques reveals a subpopulation of endothelial cells associated with stroke incidences
2022-06, Journal of cellular and molecular medicine
IF:4.3Q2
DOI:10.1111/jcmm.17354
PMID:35527426
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研究论文 | 本研究通过单细胞转录组测序技术分析了有症状和无症状患者颈动脉斑块中的细胞异质性，并揭示了与中风发生相关的内皮细胞亚群 | 首次揭示了有症状和无症状颈动脉斑块中内皮细胞的异质性，并发现了与斑块稳定性和出血相关的特定基因AOC3 | NA | 揭示不同颈动脉斑块中的细胞异质性及其与中风发生的关系 | 有症状和无症状患者的颈动脉斑块 | 数字病理学 | 心血管疾病 | 单细胞RNA测序（scRNA-seq） | NA | 转录组数据 | 有症状和无症状患者的颈动脉斑块样本 |
| 21196 | 2024-08-08 |
A downsampling method enables robust clustering and integration of single-cell transcriptome data
2022-06, Journal of biomedical informatics
IF:4.0Q2
DOI:10.1016/j.jbi.2022.104093
PMID:35537690
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研究论文 | 本文提出了一种基于最小无偏代表点（MURP）的模型驱动下采样算法，用于增强单细胞转录组数据的聚类和整合 | MURP算法通过减少基因水平的随机独立误差并保留生物学来源的协方差结构，提供了一种无偏的细胞群体表示 | NA | 调整单细胞RNA测序数据中的随机噪声、采样偏差和批次效应，以增强下游分析的鲁棒性 | 单细胞转录组数据 | 生物信息学 | NA | 单细胞RNA测序（scRNA-seq） | MURP | 转录组数据 | NA |
| 21197 | 2024-08-08 |
Lineage tracing reveals the phylodynamics, plasticity, and paths of tumor evolution
2022-05-26, Cell
IF:45.5Q1
DOI:10.1016/j.cell.2022.04.015
PMID:35523183
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研究论文 | 本研究通过引入一个具有单细胞RNA测序读出的进化谱系追踪系统，在Kras;Trp53(KP)驱动的肺腺癌小鼠模型中，以空前的分辨率追踪了从单个转化细胞到转移性肿瘤的肿瘤进化过程。 | 研究首次在单细胞水平上追踪了肿瘤从初始稳定状态到转移性亚克隆的进化过程，揭示了肿瘤进化的层次性质和可塑性的变化。 | 研究主要集中在小鼠模型上，其结果在人类肿瘤中的适用性需要进一步验证。 | 揭示肿瘤进化的动态过程和可塑性，以及肿瘤发展的典型进化轨迹。 | Kras;Trp53(KP)驱动的肺腺癌小鼠模型中的肿瘤细胞。 | 数字病理学 | 肺癌 | 单细胞RNA测序 | NA | RNA | 涉及从小鼠模型中获得的多个肿瘤样本 |
| 21198 | 2024-08-08 |
scIMC: a platform for benchmarking comparison and visualization analysis of scRNA-seq data imputation methods
2022-05-20, Nucleic acids research
IF:16.6Q1
DOI:10.1093/nar/gkac317
PMID:35524568
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研究论文 | 本文介绍了scIMC平台，用于比较和可视化分析scRNA-seq数据插补方法 | 开发了首个集成所有先进插补方法的在线平台scIMC，用于基准比较和可视化分析 | NA | 全面评估和比较现有的scRNA-seq数据插补方法 | scRNA-seq数据插补方法的性能 | 单细胞测序 | NA | scRNA-seq | 深度学习模型 | scRNA-seq数据 | 六个模拟数据集和两个真实数据集 |
| 21199 | 2024-08-08 |
Single-cell sequencing: a promising approach for uncovering the mechanisms of tumor metastasis
2022-05-12, Journal of hematology & oncology
IF:29.5Q1
DOI:10.1186/s13045-022-01280-w
PMID:35549970
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综述 | 本文综述了单细胞测序技术在肿瘤转移机制研究和治疗策略开发中的应用 | 单细胞测序技术结合人工智能用于液体活检中循环肿瘤细胞的识别，为肿瘤转移治疗提供了新策略 | 讨论了单细胞测序技术的前景和局限性，为寻找治疗靶点和转移机制提供了理论基础 | 探索肿瘤转移机制和开发治疗策略 | 肿瘤转移相关的恶性生物特征、细胞图谱构建、治疗靶点识别 | 数字病理学 | 癌症 | 单细胞测序（SCS） | NA | 基因组学、转录组学和表观遗传学数据 | 单个细胞级别 |
| 21200 | 2024-08-08 |
Variant calling from scRNA-seq data allows the assessment of cellular identity in patient-derived cell lines
2022-05-12, Nature communications
IF:14.7Q1
DOI:10.1038/s41467-022-30230-w
PMID:35551450
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NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA |