单细胞与空转测序相关文章

序号	推送日期	文章	类型	简述	创新点	不足	研究目的	研究对象	领域	病种	技术	模型	数据类型	样本量
2101	2025-04-05	Life-long microbiome rejuvenation improves intestinal barrier function and inflammaging in mice 2025-Apr-02, Microbiome IF:13.8Q1 DOI:10.1186/s40168-025-02089-8 PMID:40176137	研究论文	该研究探讨了终身微生物组 rejuvenation 对小鼠肠道屏障功能和炎症衰老的影响	首次在小鼠模型中验证了终身微生物组 rejuvenation 对延缓衰老的潜在作用，并揭示了其分子机制	研究仅在小鼠模型中进行，尚未在人类中验证	探索微生物组干预对延缓衰老过程的影响	小鼠	微生物组学	衰老相关疾病	粪便微生物移植(FMT), 16S rRNA基因分析, 宏基因组学, 单细胞RNA测序	小鼠模型	基因表达数据, 微生物组数据	未明确说明具体数量的小鼠样本
2102	2025-04-05	Faecalibacterium prausnitzii-derived outer membrane vesicles reprogram gut microbiota metabolism to alleviate Porcine Epidemic Diarrhea Virus infection 2025-Apr-02, Microbiome IF:13.8Q1 DOI:10.1186/s40168-025-02078-x PMID:40176190	research paper	研究Faecalibacterium prausnitzii及其外膜囊泡在缓解猪流行性腹泻病毒（PEDV）感染中的作用	首次发现Faecalibacterium prausnitzii的外膜囊泡（OMVs）通过改变肠道菌群代谢和增加磷脂酰胆碱（PC）水平来缓解PEDV感染	研究仅基于猪模型和细胞实验，尚未进行人体或更广泛的动物验证	探索Faecalibacterium prausnitzii及其OMVs在缓解PEDV感染中的潜在应用	猪流行性腹泻病毒（PEDV）感染的猪模型及IPEC-J2和Vero细胞	微生物学与病毒学	猪流行性腹泻	蛋白质组学、非靶向代谢组学、小RNA测序、单细胞测序	NA	微生物组数据、代谢组数据、单细胞测序数据	猪模型及IPEC-J2和Vero细胞
2103	2025-04-05	RUNX2 promotes fibrosis via an alveolar-to-pathological fibroblast transition 2025-Apr, Nature IF:50.5Q1 DOI:10.1038/s41586-024-08542-2 PMID:39910313	research paper	该研究揭示了RUNX2通过肺泡到病理性成纤维细胞的转变促进肺纤维化的机制	发现LEPR成纤维细胞中的SCUBE2肺泡成纤维细胞是CTHRC1POSTN病理性成纤维细胞的主要来源，并证实RUNX2是纤维化基因表达的关键调控因子	研究仅基于小鼠模型，尚未在人类样本中验证	探索肺纤维化中病理性成纤维细胞生成的关键调控机制	小鼠肺纤维化模型中的LEPR成纤维细胞和SCUBE2肺泡成纤维细胞	分子生物学	肺纤维化	scRNA-seq, scATAC-seq	小鼠遗传模型	单细胞转录组数据, 单细胞染色质可及性数据	两种小鼠肺纤维化模型
2104	2025-04-05	A key role of PIEZO2 mechanosensitive ion channel in adipose sensory innervation 2025-Apr-01, Cell metabolism IF:27.7Q1 DOI:10.1016/j.cmet.2025.02.004 PMID:40054462	research paper	该研究揭示了机械敏感离子通道PIEZO2在脂肪感觉神经支配中的关键作用	首次发现PIEZO2在脂肪组织感觉神经支配中的主导作用，并揭示了其对脂肪组织交感神经活性的调控机制	研究主要基于小鼠模型，尚未在人类组织中验证	探索脂肪组织中感觉传入神经的分子基础及其功能	脂肪组织中的感觉神经元和PIEZO2通道	神经生物学	NA	单细胞RNA测序	NA	RNA测序数据	NA
2105	2025-04-05	Characterization of shell field populations in gastropods and their autonomous specification mechanism independent of inter-quartet interactions 2025-Apr-01, Development (Cambridge, England) DOI:10.1242/dev.204538 PMID:40105679	research paper	该研究重新调查了帽贝中壳场规范的诱导假说，并识别了发育壳场中的三个细胞群体	研究发现壳场在2q来源细胞中的早期规范在很大程度上独立于其他四分体的相互作用	诱导假说仍存在疑问，因为实验证据有限且结果矛盾	研究帽贝中壳场规范的机制	帽贝的胚胎壳场	developmental biology	NA	two-color in situ hybridization, single-cell transcriptome analysis	NA	gene expression data	16-cell embryos
2106	2025-04-05	Deletion of hepcidin disrupts iron homeostasis and hematopoiesis in zebrafish embryogenesis 2025-Apr-01, Development (Cambridge, England) DOI:10.1242/dev.204307 PMID:40110772	research paper	研究通过CRISPR/Cas9系统创建稳定的hamp敲除斑马鱼模型，探讨hamp在斑马鱼造血过程中的作用	首次创建稳定的hamp敲除斑马鱼模型，揭示了hamp缺失导致胚胎中铁过载和造血异常的新机制	研究仅针对斑马鱼模型，人类相关性的验证需要进一步研究	探讨hamp在斑马鱼铁稳态和造血过程中的作用	斑马鱼胚胎和造血祖细胞	developmental biology	blood disorders	CRISPR/Cas9系统, 单细胞RNA测序	knockout zebrafish model	gene expression data	斑马鱼胚胎和特定造血祖细胞亚群
2107	2025-04-05	IL-12-producing cytokine factories induce precursor exhausted T cells and elimination of primary and metastatic tumors 2025-Apr-01, Journal for immunotherapy of cancer IF:10.3Q1 DOI:10.1136/jitc-2024-010685 PMID:40169286	研究论文	本研究评估了一种局部施用IL-12的细胞因子递送平台的安全性和抗肿瘤效果，发现其能有效诱导前体耗竭T细胞（Tpex）的招募并产生系统性免疫，从而治疗多种癌症类型	利用IL-12细胞因子工厂技术，避免了传统IL-12治疗的毒性问题，同时有效诱导Tpex细胞的招募和系统性免疫，为多种实体瘤提供了新的治疗策略	研究目前仅在动物模型和非人灵长类中验证，尚未进行人体临床试验	开发一种安全有效的免疫治疗方法，通过诱导Tpex细胞的招募和系统性免疫来治疗实体瘤	前体耗竭T细胞（Tpex）、肿瘤微环境、结直肠癌和黑色素瘤小鼠模型	免疫治疗	结直肠癌、黑色素瘤	单细胞RNA测序、细胞因子递送平台	NA	RNA测序数据、体内实验数据	9只结直肠癌小鼠、黑色素瘤小鼠模型、非人灵长类
2108	2025-04-05	Severe inflammation and lineage skewing are associated with poor engraftment of engineered hematopoietic stem cells in patients with sickle cell disease 2025-Apr-01, Nature communications IF:14.7Q1 DOI:10.1038/s41467-025-58321-4 PMID:40169559	research paper	该研究探讨了镰状细胞病(SCD)患者中基因改造造血干细胞(HSPCs)移植的效果及其与炎症和谱系偏斜的关系	首次通过单细胞转录组分析揭示了移植效果差的患者中最不成熟的HSCs表现出加剧的炎症特征和谱系偏斜	研究样本量较小，且长期疗效仍需进一步观察	评估基于DREPAGLOBE的基因疗法在SCD患者中的安全性和有效性	镰状细胞病患者	基因治疗	镰状细胞病	慢病毒载体(DREPAGLOBE)基因治疗，单细胞转录组分析	NA	临床数据，转录组数据	未明确说明患者数量(Phase I/II临床试验)
2109	2025-04-05	BRD4 as the key lactylation related gene in heart failure identified through bioinformatics analysis 2025-Apr-01, Scientific reports IF:3.8Q1 DOI:10.1038/s41598-025-91506-x PMID:40169651	研究论文	通过生物信息学分析识别出BRD4作为心力衰竭中与乳酸化修饰相关的关键基因	首次利用多种生物信息学分析方法确定BRD4是心力衰竭中关键的乳酸化相关基因，为研究心力衰竭中酰化相关机制奠定了基础	研究机制尚未完全阐明，需要进一步的实验验证	识别与心力衰竭进展相关的乳酸化修饰基因并探究其生物学意义	心力衰竭数据集(GSE5406)和单细胞测序数据集(GSE161470)	生物信息学	心血管疾病	生物信息学分析、LASSO、WGCNA、ROC曲线分析、基因集富集分析、免疫细胞浸润分析、单细胞测序	NA	基因表达数据	NA
2110	2025-04-05	Integrating single-cell RNA sequencing, WGCNA, and machine learning to identify key biomarkers in hepatocellular carcinoma 2025-Apr-01, Scientific reports IF:3.8Q1 DOI:10.1038/s41598-025-95493-x PMID:40169794	研究论文	通过整合单细胞RNA测序、WGCNA和机器学习技术，识别肝细胞癌的关键生物标志物	结合单细胞RNA测序、WGCNA和多种机器学习算法，识别出肝细胞癌的潜在生物标志物，并利用分子对接技术验证药物与核心蛋白的结合能力	研究依赖于公共数据库的数据，未进行实验验证	识别肝细胞癌的诊断和治疗生物标志物	肝细胞癌（HCC）患者	生物信息学	肝细胞癌	单细胞RNA测序（scRNA-seq）、WGCNA、分子对接	机器学习算法（未具体说明）、逻辑回归	基因表达数据	从GEO数据库下载的微阵列和单细胞RNA测序数据集
2111	2025-04-05	STopover captures spatial colocalization and interaction in the tumor microenvironment using topological analysis in spatial transcriptomics data 2025-Apr-01, Genome medicine IF:10.4Q1 DOI:10.1186/s13073-025-01457-1 PMID:40170080	research paper	介绍了一种名为STopover的新方法，利用空间分辨转录组学数据和拓扑分析来研究肿瘤微环境的空间配置	通过逐步降低特征阈值提取连通组件，利用Jaccard指数量化空间重叠，并通过转录组谱置换评估统计显著性	NA	阐明肿瘤微环境的空间配置以揭示肿瘤-免疫相互作用	肺和乳腺癌的空间分辨转录组学数据	digital pathology	lung cancer, breast cancer	spatially resolved transcriptomics (SRT), topological analysis	NA	spatial transcriptomics data	NA
2112	2025-04-05	Landscape of T Cells in Tuberculous Pleural Effusion 2025-Apr, The clinical respiratory journal DOI:10.1111/crj.70066 PMID:40170555	research paper	本研究通过单细胞RNA测序分析结核性胸腔积液（TPE）患者中T淋巴细胞亚群的分布、功能及调控机制	首次在单细胞水平上揭示了TPE患者胸腔积液和外周血中T淋巴细胞亚群的分布模式和动态变化	样本量较小（仅4例TPE患者），可能影响结果的普遍性	探究结核性胸腔积液患者T淋巴细胞亚群的表达模式、调控机制和功能	结核性胸腔积液患者的胸腔积液和外周血中的T淋巴细胞	免疫学	结核病	scRNA-seq, T-SNE, GSVA, 伪时间分析, ELISA	NA	单细胞RNA测序数据, 细胞因子数据	4例TPE患者的胸腔积液和外周血样本
2113	2025-04-05	Differentiation stage predicts radiosensitivity in mesenchymal-like pancreatic cancer 2025-Apr-01, International journal of radiation oncology, biology, physics DOI:10.1016/j.ijrobp.2025.03.034 PMID:40180058	研究论文	通过基因组分类器预测胰腺癌细胞系和患者的放射敏感性，以实现基因组引导的放射治疗	利用单细胞RNA测序数据区分上皮和间充质细胞，预测胰腺癌细胞系的分化阶段，并发现分化阶段与放射敏感性相关	研究主要基于细胞系和小鼠模型，临床患者数据的验证仍需进一步研究	预测胰腺癌的放射敏感性，优化放射治疗方案	胰腺癌细胞系和患者	基因组学	胰腺癌	scRNA-seq, bulk RNA-seq	基因组分类器	RNA测序数据	45个胰腺癌细胞系和来自The Cancer Genome Atlas的胰腺癌患者数据
2114	2025-04-05	Integrative single-cell analysis reveals transcriptional and epigenetic regulatory features of human developmental dysplasia of the hip 2025-Mar-26, Osteoarthritis and cartilage IF:7.2Q1 DOI:10.1016/j.joca.2025.02.788 PMID:40154730	研究论文	本研究通过整合单细胞RNA测序和染色质可及性测序技术，揭示了人类发育性髋关节发育不良（DDH）的转录和表观遗传调控特征	发现了一种具有独特分子特征的新型炎症性软骨细胞群体，并重建了软骨细胞的分化轨迹，阐明了它们在DDH发病机制中的作用	NA	理解DDH发展过程中涉及的特定软骨细胞组成，识别DDH预测的有效生物标志物，并阐明驱动DDH进展的基因调控元件	人类发育性髋关节发育不良（DDH）	表观遗传学	发育性髋关节发育不良	单细胞RNA测序（scRNA-seq），单细胞染色质可及性测序（scATAC-seq）	NA	单细胞转录组数据，染色质可及性数据	NA
2115	2025-04-05	An atlas of early human mandibular endochondral and osteogenic paracrine signaling regions of Meckel's cartilage 2025-Mar-25, Proceedings of the National Academy of Sciences of the United States of America IF:9.4Q1 DOI:10.1073/pnas.2420466122 PMID:40096606	research paper	该研究通过单细胞RNA测序和单细胞空间转录组学分析，建立了人类胎儿7至15周后受孕期间Meckel软骨（MC）的时空图谱，揭示了MC在下颌骨骨化中的关键作用	研究发现MC的两个不同区域通过不同机制参与下颌骨骨化，前部MC可分化为成骨细胞，中间MC通过细胞间通讯促进膜内骨化	研究主要基于胎儿样本，可能无法完全反映成人下颌骨发育的机制	探究Meckel软骨在下颌骨骨化过程中的作用机制	人类胎儿7至15周后受孕期间的Meckel软骨	发育生物学	口腔和颅面疾病	单细胞RNA测序, 单细胞空间转录组学分析	NA	单细胞转录组数据, 空间转录组数据	人类胎儿样本（7-15周后受孕）
2116	2025-04-05	Dnmt3a-mediated hypermethylation of FoxO3 promotes redox imbalance during osteoclastogenesis 2025-Mar-25, Proceedings of the National Academy of Sciences of the United States of America IF:9.4Q1 DOI:10.1073/pnas.2418023122 PMID:40106360	研究论文	本研究探讨了Dnmt3a介导的FoxO3高甲基化在破骨细胞生成过程中促进氧化还原失衡的作用	揭示了Dnmt3a通过上调FoxO3抑制ROS从而缓解破骨细胞生成的新机制，而非通过诱导RANK和TRAF6的解离	研究主要基于小鼠模型，人类样本的验证可能不足	阐明FoxO3在破骨细胞生成和骨质疏松症中的作用及机制	FoxO3转录因子、Dnmt3a、破骨细胞生成过程	表观遗传学	骨质疏松症	scRNA-seq	Lysm-Cre;FoxO3 OVX小鼠模型	基因表达数据	人类股骨头样本及小鼠模型
2117	2025-04-05	Engineering sonogenetic EchoBack-CAR T cells 2025-Mar-23, Cell IF:45.5Q1 DOI:10.1016/j.cell.2025.02.035 PMID:40179881	研究论文	本文介绍了一种新型的声遗传学EchoBack-CAR T细胞，用于治疗实体瘤	利用从库中筛选的超敏感热休克启动子与CAR信号的正反馈回路结合，实现了在聚焦超声刺激下持久的CAR表达	NA	改善CAR T细胞疗法在实体瘤治疗中的效果，减少脱靶毒性和T细胞耗竭	EchoBack-CAR T细胞	生物医学工程	胶质母细胞瘤和前列腺癌	单细胞RNA测序	NA	NA	3D胶质母细胞瘤模型和小鼠模型
2118	2025-04-05	Conserved spatial subtypes and cellular neighborhoods of cancer-associated fibroblasts revealed by single-cell spatial multi-omics 2025-Mar-21, Cancer cell IF:48.8Q1 DOI:10.1016/j.ccell.2025.03.004 PMID:40154487	研究论文	通过单细胞空间多组学分析揭示了癌症相关成纤维细胞（CAFs）的保守空间亚型和细胞邻域	发现了四种不同的空间CAF亚型，这些亚型在多种癌症类型和空间组学平台中具有保守性，并展示了独特的空间组织模式、邻域细胞组成、互作网络和转录组特征	NA	研究CAFs在肿瘤微环境（TME）中的空间组织和相互作用，以深入了解肿瘤生物学和免疫生物学	癌症相关成纤维细胞（CAFs）	数字病理学	癌症	单细胞空间转录组学和蛋白质组学	NA	空间多组学数据	来自10种癌症类型的超过1400万个细胞
2119	2025-04-05	Construction of a Single-cell Atlas of Thyroid Cancer 2025-Mar-10, Endocrine, metabolic & immune disorders drug targets DOI:10.2174/0118715303359688250209090544 PMID:40183263	研究论文	通过单细胞RNA测序技术构建甲状腺癌的单细胞图谱，揭示肿瘤细胞的异质性	首次构建了甲状腺癌的单细胞全景图谱，并发现lncRNA XIST在未分化甲状腺癌中的高表达及其调控机制	样本量较小（20例患者），且数据来源于公共数据库，可能影响结果的广泛适用性	探索甲状腺癌的分子特征，为临床分期和治疗策略提供新见解	甲状腺癌及癌旁组织、转移淋巴结和远处转移灶	数字病理	甲状腺癌	scRNA-seq	NA	基因表达数据	20例患者的11个原发肿瘤组织、6个癌旁组织、8个转移淋巴结和2个远处转移灶
2120	2025-04-05	Microglial intervention in ischemic stroke: roles and intervention strategies 2025-Feb-24, Neural regeneration research IF:5.9Q1 DOI:10.4103/NRR.NRR-D-24-01166 PMID:39995094	综述	本文综述了缺血性中风中小胶质细胞的作用及其干预策略	探讨了小胶质细胞在缺血性中风中的动态功能状态及其潜在干预策略，包括天然化合物和中药成分的应用	未提及具体实验数据或样本量，可能缺乏实证支持	研究缺血性中风中小胶质细胞的作用及其干预策略	小胶质细胞及其在缺血性中风中的动态功能状态	神经科学	缺血性中风	单细胞RNA测序和空间转录组学	NA	NA	NA