单细胞与空转测序相关文章

序号	推送日期	文章	类型	简述	创新点	不足	研究目的	研究对象	领域	病种	技术	模型	数据类型	样本量
2101	2025-03-20	Graph neural networks for single-cell omics data: a review of approaches and applications 2025-Mar-04, Briefings in bioinformatics IF:6.8Q1 DOI:10.1093/bib/bbaf109 PMID:40091193	综述	本文系统回顾了图神经网络（GNNs）在单细胞组学数据分析中的应用及其六种变体	首次系统总结了GNNs在单细胞组学数据分析中的107个成功应用案例，并探讨了未来研究方向	当前研究存在潜在不足，未来需要进一步探索	探讨图神经网络在单细胞组学数据分析中的应用	单细胞组学数据	机器学习	NA	单细胞测序技术	图神经网络（GNNs）及其六种变体	单细胞组学数据	77个公开可用的单细胞数据集
2102	2025-03-20	MulNet: a scalable framework for reconstructing intra- and intercellular signaling networks from bulk and single-cell RNA-seq data 2025-Mar-04, Briefings in bioinformatics IF:6.8Q1 DOI:10.1093/bib/bbaf081 PMID:40095604	研究论文	本文介绍了MulNet，一个可扩展的多层网络框架，用于从bulk和单细胞RNA-seq数据重建细胞内和细胞间信号网络	MulNet框架能够整合多种分子相互作用，准确识别基因模块和关键调控因子，并在多种癌症数据集中优于现有方法	未明确提及具体限制	研究目的是开发一个可扩展的框架，用于从基因表达数据中重建细胞内和细胞间信号网络	研究对象为bulk和单细胞RNA-seq数据	生物信息学	癌症	RNA-seq	多层网络	RNA-seq数据	未明确提及具体样本数量
2103	2025-03-20	Immune Cell Biology in Peripheral Nervous System Injury 2025-Mar, Neurorehabilitation and neural repair IF:3.7Q1 DOI:10.1177/15459683241304325 PMID:39744962	研究论文	本文总结了免疫细胞在周围神经系统（PNS）损伤和修复过程中的关键作用	通过单细胞测序分析，提供了关于损伤过程中巨噬细胞表型的新见解	巨噬细胞在损伤过程中的表型仍存在争议	探讨免疫细胞在周围神经系统损伤和修复中的作用	周围神经系统损伤后的免疫细胞	免疫学	周围神经系统损伤	单细胞测序	NA	NA	NA
2104	2025-03-20	Analysis of multi-condition single-cell data with latent embedding multivariate regression 2025-Mar, Nature genetics IF:31.7Q1 DOI:10.1038/s41588-024-01996-0 PMID:39753773	研究论文	本文介绍了一种名为潜在嵌入多元回归（LEMUR）的模型，用于分析多条件单细胞RNA测序数据，无需或先于离散分类	LEMUR模型无需或先于离散分类，能够整合不同条件的数据，预测每个细胞的基因表达变化，并识别具有一致差异表达的细胞邻域	未明确提及具体局限性	识别异质组织中不同条件下的基因表达差异	单细胞RNA测序数据	生物信息学	癌症、阿尔茨海默病	单细胞RNA测序（RNA-seq）	潜在嵌入多元回归（LEMUR）	单细胞RNA测序数据	NA
2105	2025-03-20	Tissue-resident memory CD8 T cell diversity is spatiotemporally imprinted 2025-Mar, Nature IF:50.5Q1 DOI:10.1038/s41586-024-08466-x PMID:39843748	研究论文	本文研究了小肠中组织驻留记忆CD8 T细胞的多样性及其空间时间印记	利用空间转录组学、小鼠急性系统性病毒感染模型和光学编码基因扰动策略，揭示了小肠中T细胞分化的空间分布和功能状态的关系	研究主要依赖于小鼠模型和人类样本的空间转录组学数据，可能不完全适用于其他组织或物种	探究小肠中组织驻留记忆CD8 T细胞的多样性及其形成机制	小肠中的组织驻留记忆CD8 T细胞	免疫学	NA	空间转录组学、光学编码基因扰动	NA	空间转录组数据	人类样本和小鼠模型
2106	2025-03-20	Spatial transcriptomics identifies molecular niche dysregulation associated with distal lung remodeling in pulmonary fibrosis 2025-Mar, Nature genetics IF:31.7Q1 DOI:10.1038/s41588-025-02080-x PMID:39901013	研究论文	本文利用基于图像的空间转录组学技术，分析了来自35个独特肺部的160万个细胞的基因表达，揭示了肺纤维化（PF）中远端肺重塑的分子生态失调	通过创新的细胞无关分析，识别了PF中出现的细胞类型的定位，并建立了经典PF组织病理学特征的细胞和分子基础，发现了控制和PF肺部中多种分子定义的空间生态位	研究样本量相对较小，仅包括35个肺部样本，可能限制了结果的普遍性	研究肺纤维化（PF）中远端肺重塑的分子机制	35个独特肺部的160万个细胞	数字病理学	肺纤维化	空间转录组学	机器学习	图像	35个肺部样本，160万个细胞
2107	2025-03-20	SLC13A5 plays an essential role in the energy shift to oxidative phosphorylation in cisplatin-resistant mesothelioma stem cells 2025-Mar, Pathology international IF:2.5Q2 DOI:10.1111/pin.70001 PMID:39912507	研究论文	本文研究了SLC13A5在顺铂耐药性间皮瘤干细胞能量代谢向氧化磷酸化转变中的关键作用	揭示了SLC13A5在间皮瘤干细胞中的新功能，即通过促进氧化磷酸化代谢转变和增加顺铂耐药性来维持干细胞存活	研究主要基于体外实验，需要进一步在体内模型中验证SLC13A5的功能	探索针对癌症干细胞的新型治疗方法，特别是间皮瘤干细胞	人类间皮瘤细胞系和诱导的间皮瘤干细胞样细胞	癌症研究	间皮瘤	微阵列分析、scRNA-seq	NA	基因表达数据	人类间皮瘤细胞系和临床间皮瘤样本
2108	2025-03-20	The end of the genetic paradigm of cancer 2025-Mar, PLoS biology IF:7.8Q1 DOI:10.1371/journal.pbio.3003052 PMID:40100793	评论	本文讨论了癌症基因组测序和单细胞转录组学的研究结果，挑战了癌症作为‘遗传疾病’的观点，并提出了超越遗传因果的新思路	挑战了传统的体细胞突变理论（SMT），提出了细胞状态动力学和组织场等非遗传可塑性概念，以解释癌症研究中的不一致性	主要基于理论讨论，缺乏具体的实验验证或数据支持	探讨癌症的遗传范式与生物学现实之间的不一致性，并提出新的理论框架	癌症组织和正常组织的基因组测序数据及单细胞转录组学数据	癌症生物学	癌症	基因组测序、单细胞转录组学	NA	基因组数据、转录组数据	NA
2109	2025-03-20	Single-Cell Landscape of Peripheral Blood Mononuclear Cells in Patients With Graves Disease 2025-Feb-27, Endocrinology IF:3.8Q2 DOI:10.1210/endocr/bqaf038 PMID:39996309	研究论文	本研究通过单细胞RNA测序技术，揭示了Graves病（GD）患者外周血单个核细胞（PBMCs）的细胞组成和功能变化	首次在单细胞分辨率下描绘了GD患者PBMCs的细胞景观，揭示了免疫细胞亚群的组成和功能特征性变化	样本量相对较小（8名GD患者和12名健康对照），可能限制结果的普遍性	探讨GD患者PBMCs的细胞组成和功能变化	Graves病（GD）患者和健康对照的外周血单个核细胞（PBMCs）	单细胞组学	Graves病	单细胞RNA测序（scRNA-seq）	NA	单细胞RNA测序数据	22,680个外周血单个核细胞（PBMCs），来自8名GD患者和12名健康对照
2110	2025-03-20	Dissection of Gαs and Hedgehog signaling crosstalk reveals therapeutic opportunities to target adenosine receptor 2b in Hedgehog-dependent tumors 2025-Feb-27, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2025.02.21.639530 PMID:40060632	研究论文	本文探讨了Gαs和Hedgehog信号通路的交叉作用，揭示了在Hedgehog依赖性肿瘤中靶向腺苷受体2b的治疗机会	研究发现Gαs通路失活导致的肿瘤与经典Hedgehog SMO驱动的肿瘤相似，并提出了通过激活Gαs偶联的腺苷2B受体来抑制肿瘤形成的新治疗策略	NA	研究Gαs和Hedgehog信号通路的相互作用及其在基底细胞癌（BCC）治疗中的应用	小鼠BCC样肿瘤和人类BCC	分子生物学	基底细胞癌	组织学、批量RNA测序、单细胞RNA测序	NA	RNA测序数据	NA
2111	2025-03-20	Human memory CD4+ T-cells recognize Mycobacterium tuberculosis-infected macrophages amid broader pathogen-specific responses 2025-Feb-27, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2025.02.23.639515 PMID:40060660	研究论文	本文研究了人类记忆CD4+ T细胞如何识别被结核分枝杆菌（Mtb）感染的巨噬细胞，并探讨了这些T细胞在结核病（TB）预防中的作用	研究发现，在稳定的潜伏性结核感染（LTBI）中，超过70%的独特和90%的总Mtb特异性TCR克隆型与识别感染巨噬细胞相关，同时揭示了Mtb特异性T细胞的效应功能特征	研究中发现部分T细胞需要外源性抗原暴露才能识别感染巨噬细胞，表明识别过程不完全	研究目的是了解CD4+ T细胞如何识别被Mtb感染的巨噬细胞，并探讨这些T细胞在结核病预防中的作用	研究对象为潜伏性结核感染（LTBI）个体的单核细胞衍生巨噬细胞（MDMs）和自体记忆CD4+ T细胞	免疫学	结核病	T细胞抗原受体（TCR）测序、单细胞转录组学	NA	基因序列数据、单细胞转录组数据	潜伏性结核感染（LTBI）个体的单核细胞衍生巨噬细胞（MDMs）和自体记忆CD4+ T细胞
2112	2025-03-20	MIG-21 is a novel regulator of Wnt and Netrin signaling in gonad migration identified from published scRNA-seq data and functionally validated in C. elegans 2025-Feb-25, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2025.02.24.639896 PMID:40060509	研究论文	本文利用已发表的单细胞RNA测序数据，发现了一个新的调节Wnt和Netrin信号通路的基因MIG-21，并在秀丽隐杆线虫中进行了功能验证	首次发现MIG-21基因在生殖干细胞微环境中的调节作用，并揭示其在Wnt和Netrin信号通路中的整合功能	研究仅限于秀丽隐杆线虫模型，尚未在更复杂的生物系统中验证	揭示生殖干细胞微环境中新的遗传网络调节机制	秀丽隐杆线虫的远端尖端细胞（DTC）	遗传学	NA	scRNA-seq, RNAi knockdown, 活细胞成像	NA	单细胞RNA测序数据	NA
2113	2025-03-20	Structure and Function Relationships of Mucociliary Clearance in Human and Rat Airways 2025-Feb-20, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2023.12.24.572054 PMID:38187619	研究论文	本文研究了人类和老鼠气道中黏液纤毛清除的结构与功能关系，揭示了物种间在纤毛和分泌细胞分布及纤毛摆动上的差异，并建立了评估人类气道功能的通用基准	通过结合多种实验和基于物理的建模，建立了评估人类气道功能的通用基准，并揭示了实验室培养物与人类气道在清除效果上的结构差异	研究主要依赖于动物实验，限制了创建准确的人类气道疾病模型的能力	研究人类和老鼠气道中黏液纤毛清除的结构与功能关系，以更好地理解疾病特定的黏液纤毛清除障碍	人类和老鼠的气道	生物医学工程	慢性阻塞性肺疾病（COPD）和哮喘	单细胞转录组学	基于物理的建模	实验数据	人类和老鼠的气道样本
2114	2025-03-20	RNase L represses hair follicle regeneration through altered innate immune signaling 2025-Feb-04, The Journal of clinical investigation IF:13.3Q1 DOI:10.1172/JCI172595 PMID:39903537	研究论文	本文探讨了RNase L在抑制毛囊再生中的作用及其通过改变先天免疫信号传导的机制	揭示了RNase L作为再生抑制基因的功能，并发现其通过调节IL-36α和caspase-1来影响再生能力	研究主要基于小鼠模型，人类数据的适用性尚需进一步验证	揭示哺乳动物再生能力的调控机制	人类参与者和小鼠模型	分子生物学	NA	单细胞RNA测序和空间转录组分析	NA	RNA-seq数据	人类参与者和小鼠模型
2115	2025-03-20	Circulating monocytes upregulate CD52 and sustain innate immune function in cirrhosis unless acute decompensation emerges 2025-Jan-14, Journal of hepatology IF:26.8Q1 DOI:10.1016/j.jhep.2024.12.031 PMID:39818234	研究论文	本文通过单细胞RNA测序技术，研究了肝硬化患者循环单核细胞的异质性及其功能变化，首次发现CD52在单核细胞上的表达变化及其与免疫功能的关系	首次发现CD52在肝硬化患者单核细胞上的表达变化，并揭示了其在免疫功能中的作用	研究主要基于体外实验，未在体内验证CD52稳定化的治疗效果	解析肝硬化患者循环单核细胞的异质性及其功能变化，探索CD52在免疫功能中的作用	肝硬化患者的循环单核细胞	免疫学	肝硬化	单细胞RNA测序、流式细胞术、功能实验	NA	RNA测序数据、流式细胞数据	健康个体和肝硬化患者的循环单核细胞
2116	2025-03-20	Targeting the CD74 signaling axis suppresses inflammation and rescues defective hematopoiesis in RUNX1-familial platelet disorder 2025-Jan-08, Science translational medicine IF:15.8Q1 DOI:10.1126/scitranslmed.adn9832 PMID:39772771	研究论文	本研究通过单细胞RNA测序和功能分析，揭示了家族性血小板障碍（FPD）中CD74信号轴的激活导致炎症和造血缺陷，并提出了针对CD74及其下游靶点的干预策略	首次揭示了CD74信号轴在FPD中的关键作用，并提出了通过抑制CD74及其下游靶点（JAK1/2和mTOR）来逆转FPD分化缺陷和减少炎症的创新干预策略	研究样本量相对较小（单细胞RNA测序样本=10，FPD患者样本>75），且主要基于体外和体内实验，临床应用的长期效果尚需进一步验证	研究家族性血小板障碍（FPD）的发病机制，并探索预防白血病进展的干预策略	家族性血小板障碍（FPD）患者的造血干细胞和祖细胞（HSPCs）	血液学	家族性血小板障碍	单细胞RNA测序	NA	RNA测序数据	单细胞RNA测序样本=10，FPD患者样本>75
2117	2025-03-20	Multi-omics analysis of the dynamic role of STAR+ cells in regulating platinum-based chemotherapy responses and tumor microenvironment in serous ovarian carcinoma 2025, Frontiers in pharmacology IF:4.4Q1 DOI:10.3389/fphar.2025.1545762 PMID:40098624	研究论文	本研究通过多组学分析探讨了STAR+细胞在调节浆液性卵巢癌铂类化疗反应和肿瘤微环境中的动态作用	首次识别出STAR+细胞作为一种新型的CAF亚型，其在化疗敏感的浆液性卵巢癌患者中富集，并通过调节关键代谢途径和潜在抑制WNT信号传导来增强化疗敏感性	研究尚未完全阐明STAR+细胞与肿瘤细胞之间具体的相互作用机制，需要进一步的功能验证	探讨CAF亚型与化疗敏感性之间的关系，以改善浆液性卵巢癌的临床治疗效果	浆液性卵巢癌患者	数字病理学	卵巢癌	单细胞RNA测序（scRNA-seq）、批量RNA测序（bulk RNA-seq）、空间转录组学、免疫组织化学（IHC）、免疫荧光（IF）	NA	RNA测序数据、空间转录组数据、免疫组织化学数据、免疫荧光数据	化疗敏感和化疗耐药的浆液性卵巢癌患者
2118	2025-03-20	Integrating machine learning and single-cell sequencing to identify shared biomarkers in type 1 diabetes mellitus and clear cell renal cell carcinoma 2025, Frontiers in oncology IF:3.5Q2 DOI:10.3389/fonc.2025.1543806 PMID:40098701	研究论文	本研究通过整合机器学习和单细胞测序技术，识别了1型糖尿病和透明细胞肾细胞癌的共同生物标志物	首次结合WGCNA、LASSO和SVM算法，从多组公开数据集中识别出1型糖尿病和透明细胞肾细胞癌的共同枢纽基因，并通过临床样本和单细胞测序数据验证其表达模式和细胞类型特异性	研究依赖于公开数据集，可能受到数据质量和样本量的限制	识别1型糖尿病和透明细胞肾细胞癌的共同生物标志物，以促进高风险人群的预防和早期检测	1型糖尿病和透明细胞肾细胞癌	生物信息学	1型糖尿病, 透明细胞肾细胞癌	单细胞测序, WGCNA, LASSO, SVM	LASSO, SVM	基因表达数据, 单细胞测序数据	多个公开数据集和临床样本
2119	2025-03-20	STsisal: a reference-free deconvolution pipeline for spatial transcriptomics data 2025, Frontiers in genetics IF:2.8Q2 DOI:10.3389/fgene.2025.1512435 PMID:40098978	研究论文	本文介绍了一种名为STsisal的无参考解卷积方法，专门用于处理空间转录组学数据，以揭示复杂组织中的细胞类型组成	STsisal方法创新性地结合了标记基因选择、混合比例分解和细胞类型特征矩阵分析，能够精确高效地识别复杂组织中的不同细胞类型	方法的有效性依赖于空间转录组学数据的质量，且未提及在特定组织类型或疾病中的应用效果	开发一种无参考解卷积方法，用于空间转录组学数据分析，以解决单细胞分辨率不足的问题	空间转录组学数据	生物信息学	NA	空间转录组学	SISAL算法	空间转录组学数据	未明确提及具体样本数量，但包括模拟数据和真实数据
2120	2025-03-20	Integration of single-nuclei and spatial transcriptomics to decipher tumor phenotype predictive of relapse-free survival in Wilms tumor 2025, Frontiers in immunology IF:5.7Q1 DOI:10.3389/fimmu.2025.1539897 PMID:40098972	研究论文	本研究通过整合单核RNA测序和空间转录组学数据，识别出与Wilms肿瘤复发相关的肿瘤亚型，并开发了一个预后集成机器学习模型来预测患者的无复发生存期	首次整合单核RNA测序和空间转录组学数据，识别出与Wilms肿瘤复发相关的肿瘤亚型，并开发了一个预后集成机器学习模型	研究依赖于公共数据库中的数据，可能受到数据质量和可用性的限制	识别与Wilms肿瘤复发相关的分子特征，并发现新的治疗靶点	Wilms肿瘤患者	数字病理学	Wilms肿瘤	单核RNA测序（snRNA-seq）、空间转录组学（ST）、bulk RNA-seq、突变/拷贝数数据分析	集成机器学习模型	RNA测序数据、空间转录组数据	公共数据库中的Wilms肿瘤患者数据