单细胞与空转测序相关文章
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当前共找到 31780 篇文献，本页显示第 2101 - 2120 篇。
| 序号 | 推送日期 | 文章 | 类型 | 简述 | 创新点 | 不足 | 研究目的 | 研究对象 | 领域 | 病种 | 技术 | 模型 | 数据类型 | 样本量 | 平台公司 | 平台技术 | 具体产品 | 平台详情 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 2101 | 2025-10-06 |
Segger: Fast and accurate cell segmentation of imaging-based spatial transcriptomics data
2025-Mar-16, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2025.03.14.643160
PMID:40161614
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研究论文 | 开发了一种基于图神经网络的新型细胞分割方法segger，用于成像空间转录组学数据 | 将细胞分割构建为转录本到细胞的链接预测任务，能够利用单细胞RNA-seq信息改进转录本分配 | NA | 解决成像空间转录组学中转录本准确分配到原始细胞的技术挑战 | 成像空间转录组学数据中的细胞和转录本 | 空间转录组学 | NA | 成像空间转录组学，单细胞RNA-seq | 图神经网络(GNN) | 空间转录组学图像数据 | 多个Xenium数据集基准测试 | 10x Genomics | 成像空间转录组学 | Xenium | 10x Genomics Xenium空间转录组学平台 |
| 2102 | 2025-10-06 |
Integration of Imaging-based and Sequencing-based Spatial Omics Mapping on the Same Tissue Section via DBiTplus
2024-Dec-11, Research square
DOI:10.21203/rs.3.rs-5398491/v1
PMID:39711562
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研究论文 | 开发了一种整合成像和测序的空间多组学方法DBiTplus，可在同一组织切片上同时进行空间转录组和空间蛋白质分析 | 首次将测序型空间转录组与成像型空间蛋白质分析整合在同一组织切片上，实现单细胞分辨率细胞分型和基因组规模生物学通路研究 | NA | 开发空间多组学技术以更好地理解异质性细胞过程并连接细胞类型与功能 | 小鼠胚胎、正常人淋巴结、人类淋巴瘤FFPE组织 | 空间多组学 | 淋巴瘤 | 空间转录组测序、空间蛋白质成像、微流控技术 | NA | 空间转录组数据、空间蛋白质成像数据 | 小鼠胚胎、正常人淋巴结、人类淋巴瘤FFPE组织样本 | NA | 单细胞空间转录组、空间蛋白质组学 | DBiTplus、CODEX | DBiTplus整合了测序型空间转录组和CODEX高重蛋白质成像技术，通过微流控递送DNA寡核苷酸进行空间条形码标记，利用RNaseH酶选择性降解RNA-DNA杂交体中的RNA，保留完整组织切片用于蛋白质成像 |
| 2103 | 2025-10-06 |
Role of Dual Specificity Phosphatase 1 (DUSP1) in influencing inflammatory pathways in macrophages modulated by Borrelia burgdorferi lipoproteins
2024-Nov-21, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2024.11.20.624562
PMID:39605372
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研究论文 | 本研究探讨了双特异性磷酸酶1（DUSP1）在伯氏疏螺旋体脂蛋白调控巨噬细胞炎症通路中的作用机制 | 首次应用单细胞RNA测序和多组学方法揭示DUSP1在莱姆病病原体脂蛋白诱导的巨噬细胞反应中的调控作用 | 研究仅使用小鼠骨髓来源巨噬细胞，未在人体细胞或动物模型中进行验证 | 阐明DUSP1在伯氏疏螺旋体脂蛋白调控宿主免疫反应中的分子机制 | 小鼠骨髓来源巨噬细胞（BMDMs） | 免疫学 | 莱姆病 | 单细胞RNA测序, 蛋白质组学分析 | NA | RNA测序数据, 蛋白质组数据 | 经不同浓度伯氏疏螺旋体脂蛋白处理的小鼠骨髓来源巨噬细胞 | NA | 单细胞RNA-seq, 蛋白质组学 | NA | NA |
| 2104 | 2025-10-06 |
Integration of Imaging-based and Sequencing-based Spatial Omics Mapping on the Same Tissue Section via DBiTplus
2024-Nov-11, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2024.11.07.622523
PMID:39605581
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研究论文 | 提出DBiTplus整合多模态空间组学方法，在同一组织切片上结合测序型空间转录组和成像型空间蛋白质分析 | 开发了DBiTplus整合工作流程，首次实现同一组织切片上测序型空间转录组和成像型空间蛋白质的同时分析 | NA | 开发整合多模态空间组学技术，实现单细胞分辨率的空间转录组和蛋白质组联合分析 | 小鼠胚胎、正常人淋巴结、人类淋巴瘤FFPE组织 | 空间组学 | 淋巴瘤 | 空间转录组测序,空间蛋白质成像,微流控技术 | NA | 空间转录组数据,空间蛋白质图像数据 | 小鼠胚胎、正常人淋巴结、人类淋巴瘤FFPE组织样本 | NA | 单细胞空间转录组,空间蛋白质组学,多组学整合 | DBiTplus,CODEX | DBiTplus整合测序型空间转录组和CODEX高重蛋白质成像技术 |
| 2105 | 2025-10-06 |
Spatiotemporal lineage tracing reveals the dynamic spatial architecture of tumor growth and metastasis
2024-Oct-24, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2024.10.21.619529
PMID:39484491
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研究论文 | 本研究整合空间转录组学和谱系追踪技术，揭示肺腺癌肿瘤生长和转移过程中的时空动态架构 | 首次将高分辨率空间转录组学与演化谱系追踪技术相结合，解析肿瘤细胞状态与微环境结构的协同演化 | 研究基于小鼠肺腺癌模型，结果在人类肿瘤中的适用性需要进一步验证 | 阐明肿瘤细胞状态与微环境结构如何协同促进肿瘤进展 | Kras驱动的肺腺癌小鼠模型 | 空间转录组学 | 肺癌 | 空间转录组学, 谱系追踪 | NA | 空间转录组数据, 谱系追踪数据 | NA | NA | 空间转录组学, 单细胞分析 | NA | NA |
| 2106 | 2025-10-06 |
Monocyte Single-Cell Multimodal Profiling in Cardiovascular Disease Risk States
2024-Aug-30, Circulation research
IF:16.5Q1
DOI:10.1161/CIRCRESAHA.124.324457
PMID:39105287
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研究论文 | 通过单细胞多组学技术对心血管疾病风险状态下单核细胞进行综合表征 | 首次采用CITE-seq和单细胞RNA测序相结合的多模态方法，系统揭示单核细胞的高度异质性及其在心血管疾病风险状态下的变化 | 研究主要关注特定心血管疾病风险因素，未涵盖所有可能的病理条件 | 探索单核细胞在心血管疾病风险状态下的异质性变化和功能特征 | 437,126个人类单核细胞 | 单细胞生物学 | 心血管疾病 | CITE-seq, 单细胞RNA测序, 流式细胞术 | NA | 单细胞转录组数据, 蛋白质表位数据 | 437,126个单核细胞 | NA | 单细胞多组学, 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 2107 | 2025-10-06 |
Cytomulate: accurate and efficient simulation of CyTOF data
2023-11-16, Genome biology
IF:10.1Q1
DOI:10.1186/s13059-023-03099-1
PMID:37974276
|
研究论文 | 开发了一种准确高效的CyTOF数据模拟算法Cytomulate | 能够捕捉CyTOF数据的多种特征，在整体数据分布学习上优于scDesign2、Splatter等单细胞RNA-seq导向方法和LAMBDA等生成模型 | NA | 为流式飞行时间质谱数据分析方法的开发和评估提供基础 | CyTOF数据 | 机器学习 | NA | 流式飞行时间质谱 | 生成模型 | 质谱数据 | NA | NA | 质谱流式细胞术 | NA | NA |
| 2108 | 2025-10-06 |
Integrated multidimensional bioinformatics analysis of the molecular mechanisms of ulcerative colitis-associated colorectal cancer and MMP1 as a potential therapeutic target
2025-Sep, Cancer gene therapy
IF:4.8Q1
DOI:10.1038/s41417-025-00917-5
PMID:40681672
|
研究论文 | 通过整合多组学分析研究溃疡性结肠炎相关结直肠癌的分子机制并确定MMP1作为潜在治疗靶点 | 首次通过孟德尔随机化分析与单细胞RNA测序相结合，揭示MMP1在UC相关CRC中的保护作用及免疫调节机制 | 研究依赖于公共数据库数据，需要实验验证 | 研究溃疡性结肠炎相关结直肠癌的分子机制并识别潜在治疗靶点 | 溃疡性结肠炎和结直肠癌的分子机制 | 生物信息学 | 结直肠癌 | 单细胞RNA测序,全基因组关联研究,分子对接 | 孟德尔随机化分析,蛋白质-蛋白质相互作用网络 | 基因表达数据,基因组数据 | 来自GEO、TCGA和GWAS数据库的数据 | NA | 单细胞RNA测序,多组学分析 | NA | NA |
| 2109 | 2025-10-06 |
Immune signaling mediates stromal changes to support epithelial reprogramming in celiac duodenum
2025-Aug-26, Cell reports
IF:7.5Q1
DOI:10.1016/j.celrep.2025.116039
PMID:40694474
|
研究论文 | 本研究通过单细胞RNA测序分析揭示了乳糜泻十二指肠中免疫信号介导的基质变化如何支持上皮重编程 | 构建了迄今为止最全面的乳糜泻单细胞RNA测序数据集，揭示了T细胞-髓系细胞-基质细胞-上皮细胞通讯网络在疾病中的作用机制 | 样本量相对有限（21例活动性乳糜泻和11例对照），且为观察性研究 | 探究乳糜泻发病机制中细胞间通讯和上皮重编程的分子基础 | 乳糜泻患者和健康对照的十二指肠组织样本 | 单细胞转录组学 | 乳糜泻 | 单细胞RNA测序 | NA | 单细胞转录组数据 | 203,555个细胞，来自21例活动性乳糜泻和11例对照十二指肠样本 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 2110 | 2025-10-06 |
Cancer-associated fibroblast-derived fibulin-5 promotes radioresistance in non-small-cell lung cancer
2025-Aug-26, Cell reports
IF:7.5Q1
DOI:10.1016/j.celrep.2025.116018
PMID:40711881
|
研究论文 | 本研究揭示了癌症相关成纤维细胞分泌的Fibulin-5通过整合素αVβ5受体激活Src-STAT3通路并抑制铁死亡，从而促进非小细胞肺癌放疗抵抗的机制 | 首次发现CAF来源的Fibulin-5在放疗抵抗中的关键作用，并阐明其通过整合素αVβ5-Src-STAT3-ACSL4轴抑制铁死亡的新机制 | NA | 鉴定预测放疗疗效的CAF表达分子并阐明非小细胞肺癌放疗抵抗机制 | 非小细胞肺癌患者组织样本和癌症相关成纤维细胞 | 数字病理学 | 肺癌 | 空间转录组学, 单细胞RNA测序, 基因敲低 | NA | 转录组数据, 临床组织数据 | NA | NA | 空间转录组学, 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 2111 | 2025-10-06 |
Gut commensal microbiota drive tailored macrophage responses
2025-Aug-26, Cell reports
IF:7.5Q1
DOI:10.1016/j.celrep.2025.116157
PMID:40828655
|
研究论文 | 本研究通过单细胞RNA测序分析人类巨噬细胞对不同肠道共生菌的响应模式 | 首次在单细胞水平系统评估人类巨噬细胞对15种主要共生菌的异质性响应，发现特定菌种驱动不同免疫反应 | 研究基于体外单核细胞来源的巨噬细胞模型，可能与体内组织驻留巨噬细胞存在差异 | 探究肠道共生菌如何调控巨噬细胞的免疫反应特性 | 人类单核细胞来源的巨噬细胞和15种主要肠道共生菌 | 免疫学 | 肠道疾病 | 单细胞RNA测序 | NA | 基因表达数据 | 74,476个巨噬细胞 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | 多重单细胞RNA测序 |
| 2112 | 2025-10-06 |
Biallelic BRF2 mutations disrupt redox homeostasis as etiological factors in syndromic immunodeficiency and developmental disorders
2025-Aug-07, Molecular therapy : the journal of the American Society of Gene Therapy
IF:12.1Q1
DOI:10.1016/j.ymthe.2025.08.006
PMID:40781771
|
研究论文 | 本研究通过鉴定双等位BRF2基因突变，揭示了其通过破坏RNA聚合酶III转录活性导致氧化还原稳态失衡的分子机制 | 首次建立BRF2功能障碍与氧化还原稳态失衡之间的致病联系，并阐明其在血液免疫和发育异常中的分子机制 | 仅基于单个家系病例研究，样本量有限 | 探究BRF2基因突变导致综合征性免疫缺陷和发育障碍的分子病因学 | 携带双等位BRF2突变的多系统异常患者 | 遗传学 | 免疫缺陷病 | 全外显子组测序, 单细胞RNA测序 | NA | 基因组数据, 转录组数据 | 1个家系病例 | NA | 单细胞RNA-seq, 全外显子组测序 | NA | NA |
| 2113 | 2025-10-06 |
Deciphering the tumor immune microenvironment: single-cell and spatial transcriptomic insights into cervical cancer fibroblasts
2025-Jul-05, Journal of experimental & clinical cancer research : CR
IF:11.4Q1
DOI:10.1186/s13046-025-03432-5
PMID:40616092
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研究论文 | 本研究整合单细胞RNA测序、空间转录组学和反卷积分析，揭示宫颈癌肿瘤免疫微环境中成纤维细胞亚型的作用机制 | 首次系统鉴定宫颈癌中六种成纤维细胞亚型，发现C0 MYH11⁺成纤维细胞通过MDK-SDC1信号轴在肿瘤-成纤维细胞相互作用中的核心作用 | 研究结果仅部分揭示了CAFs在宫颈癌TIME中的免疫调节和肿瘤支持作用，机制研究仍需深入 | 探索宫颈癌肿瘤免疫微环境中成纤维细胞亚型的特征及其在肿瘤进展中的作用 | 宫颈癌组织样本中的癌症相关成纤维细胞(CAFs) | 数字病理学 | 宫颈癌 | 单细胞RNA测序, 空间转录组学, 反卷积分析, 伪时间轨迹映射, 荧光激活细胞分选, 多重免疫荧光, 免疫组织化学 | 预后模型 | 单细胞RNA测序数据, 空间转录组数据, 批量RNA测序数据, 图像数据 | 人类宫颈癌组织样本和培养细胞 | NA | 单细胞RNA-seq, 空间转录组学, 批量RNA-seq | NA | NA |
| 2114 | 2025-10-06 |
A human-specific enhancer fine-tunes radial glia potency and corticogenesis
2025-Jul, Nature
IF:50.5Q1
DOI:10.1038/s41586-025-09002-1
PMID:40369080
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研究论文 | 本研究揭示了人类特异性增强子HARE5通过调控神经祖细胞增殖和神经发生能力来精细调节大脑皮层发育和连接 | 首次证明人类特异性增强子HARE5通过放大经典WNT信号通路调控神经祖细胞行为，促进大脑皮层扩张 | 研究主要依赖基因编辑动物模型和类器官，与真实人类大脑发育存在差异 | 探索人类加速区域HARs在物种特异性大脑皮层发育中的功能作用 | 基因编辑小鼠模型、灵长类模型、人类和黑猩猩神经祖细胞、皮层类器官 | 发育生物学 | NA | 单细胞RNA测序、基因组编辑、活体成像、谱系分析 | NA | 基因表达数据、成像数据、电生理数据 | 多种基因编辑动物模型和细胞模型 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 2115 | 2025-10-06 |
Setdb1 ablation in macrophages attenuates fibrosis in heart allografts
2025-Jul, Proceedings of the National Academy of Sciences of the United States of America
IF:9.4Q1
DOI:10.1073/pnas.2424534122
PMID:40553495
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研究论文 | 本研究通过单细胞转录组分析揭示了Setdb1通过调控巨噬细胞重编程在心脏移植物纤维化和肿瘤组织免疫排斥中的作用机制 | 首次发现Setdb1介导的组蛋白甲基化调控巨噬细胞重编程在纤维化形成中的关键作用，并揭示CCR2-Creb/Setdb1-FN1信号轴机制 | 研究主要基于小鼠模型，人类样本验证有限 | 探究巨噬细胞中Setdb1在纤维化形成中的作用机制及其治疗潜力 | 人类和小鼠心脏移植物、肿瘤组织中的巨噬细胞和成纤维细胞 | 单细胞组学 | 心血管疾病 | 单细胞RNA测序 | 基因敲除模型 | 单细胞转录组数据 | 人类和小鼠心脏移植物样本 | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 2116 | 2025-10-06 |
Long-read sequencing transcriptome quantification with lr-kallisto
2025-Jan-29, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2024.07.19.604364
PMID:39071335
|
研究论文 | 开发了lr-kallisto工具用于长读长测序数据的转录本定量分析 | 将kallisto批量与单细胞RNA-seq定量方法适配于长读长测序技术，并证明外显子捕获可提高定量准确性 | NA | 实现长读长测序数据的快速准确转录本定量 | 转录本异构体 | 生物信息学 | NA | 长读长测序，外显子捕获 | kallisto算法 | RNA测序数据 | NA | Oxford Nanopore Technologies | 长读长测序 | ONT | Oxford Nanopore长读长测序平台 |
| 2117 | 2025-10-06 |
METI: deep profiling of tumor ecosystems by integrating cell morphology and spatial transcriptomics
2024-Aug-25, Nature communications
IF:14.7Q1
DOI:10.1038/s41467-024-51708-9
PMID:39181865
|
研究论文 | 开发了一种整合细胞形态和空间转录组学的肿瘤生态系统深度分析框架METI | 首次将空间转录组学、细胞形态学和基因特征整合到端到端分析框架中，无需匹配单细胞RNA测序数据 | 未明确说明样本量的具体数量和研究设计的局限性 | 开发能够增强肿瘤微环境中细胞相互作用理解的分析工具 | 胃癌、肺癌、膀胱癌肿瘤组织及癌前组织 | 数字病理学 | 多癌种肿瘤 | 空间转录组学 | 深度学习模型 | 空间转录组数据、细胞形态数据 | NA | NA | 空间转录组学 | NA | NA |
| 2118 | 2025-10-06 |
Single-cell Mayo Map (scMayoMap): an easy-to-use tool for cell type annotation in single-cell RNA-sequencing data analysis
2023-10-20, BMC biology
IF:4.4Q1
DOI:10.1186/s12915-023-01728-6
PMID:37858214
|
研究论文 | 开发了一个名为scMayoMap的易于使用的单细胞RNA测序数据细胞类型注释工具及其配套数据库 | 构建了全面的细胞标记物数据库scMayoMapDatabase，并开发了无需标记训练数据集或预定义细胞亚群标记物的用户友好注释工具 | 未在摘要中明确说明研究的局限性 | 开发准确且用户友好的单细胞RNA测序数据细胞类型注释工具 | 单细胞RNA测序数据中的细胞类型注释 | 生物信息学 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | 单细胞RNA测序数据 | 48个独立的单细胞RNA测序数据集 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 2119 | 2025-10-06 |
Single-cell transcriptomics and cell-specific proteomics reveals molecular signatures of sleep
2022-08-19, Communications biology
IF:5.2Q1
DOI:10.1038/s42003-022-03800-3
PMID:35986171
|
研究论文 | 通过单细胞转录组学和细胞特异性蛋白质组学揭示睡眠的分子特征 | 首次结合单细胞RNA测序和细胞类型特异性蛋白质组学技术系统研究睡眠分子机制 | 仅研究了三个脑区，未覆盖全脑所有区域；样本量未明确说明 | 探索睡眠调控的分子机制 | 脑干、皮层和下丘脑中的不同细胞类型（星形胶质细胞和神经元） | 生物信息学 | NA | 单细胞RNA测序, 蛋白质组学, 磷酸化蛋白质组学 | NA | 基因表达数据, 蛋白质表达数据, 磷酸化数据 | NA | NA | 单细胞RNA-seq, 蛋白质组学 | NA | NA |
| 2120 | 2025-10-06 |
Single-cell immunomics reveals the immunological hallmarks about the onset and different outcomes for ankylosing spondylitis patients
2025-Sep, Clinical rheumatology
IF:2.9Q2
DOI:10.1007/s10067-025-07549-y
PMID:40665054
|
研究论文 | 通过单细胞免疫组学揭示强直性脊柱炎发病和不同预后的免疫学特征 | 首次通过单细胞RNA测序结合TCR/BCR分析系统揭示AS不同病程阶段的免疫细胞克隆扩增模式和V(D)J基因使用特征 | 样本量有限，未包含其他免疫细胞类型的深入分析 | 探索强直性脊柱炎发生发展和不同预后的免疫学机制 | 健康供者和不同病程阶段AS患者的外周血单个核细胞 | 单细胞组学 | 强直性脊柱炎 | 单细胞RNA测序，T细胞受体分析，B细胞受体分析 | NA | 单细胞转录组数据，免疫受体序列数据 | 健康供者和不同病程阶段AS患者的外周血单个核细胞样本 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |