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序号 | 推送日期 | 文章 | 类型 | 简述 | 创新点 | 不足 | 研究目的 | 研究对象 | 领域 | 病种 | 技术 | 模型 | 数据类型 | 样本量 | 平台公司 | 平台技术 | 具体产品 | 平台详情 |
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2101 | 2025-10-06 |
Reversal of injury-associated retinal ganglion cell gene expression by a phosphodiesterase anchoring disruptor peptide
2024-Sep, Experimental eye research
IF:3.0Q1
DOI:10.1016/j.exer.2024.110017
PMID:39097072
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研究论文 | 本研究探讨了通过干扰磷酸二酯酶锚定来逆转损伤相关视网膜神经节细胞基因表达的机制 | 首次证明通过表达修饰的PDE4D3 N端肽4D3(E)能够逆转视神经损伤诱导的基因表达变化 | 研究仅限于小鼠模型,尚未在人类细胞或临床环境中验证 | 探索PDE4D3位移促进神经保护作用的分子机制 | 视网膜神经节细胞(RGCs) | 神经科学 | 青光眼 | 单细胞RNA测序(scRNA-seq), 腺相关病毒转染 | NA | 基因表达数据 | 小鼠视网膜神经节细胞 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
2102 | 2025-10-06 |
A Comprehensive Flow Cytometry Panel for Analysis of Idiopathic Subglottic Stenosis
2024-Sep, Otolaryngology--head and neck surgery : official journal of American Academy of Otolaryngology-Head and Neck Surgery
DOI:10.1002/ohn.754
PMID:38606634
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研究论文 | 本文提出了一种用于分析特发性声门下狭窄的综合流式细胞术检测方案 | 开发了针对iSGS的全面流式细胞术检测组合,首次系统描述了iSGS瘢痕组织的细胞特征 | 样本量较小(9对样本),单中心研究 | 建立特发性声门下狭窄的流式细胞术检测平台并分析其细胞组成 | 特发性声门下狭窄患者的正常组织和瘢痕组织样本 | 数字病理学 | 特发性声门下狭窄 | 流式细胞术, 单细胞RNA测序 | NA | 细胞表型数据, 基因表达数据 | 9对正常和瘢痕组织样本 | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
2103 | 2025-10-06 |
Machine learning-based gene expression biomarkers to distinguish Zika and Dengue virus infections: implications for diagnosis
2024-Sep, Virusdisease
DOI:10.1007/s13337-024-00885-8
PMID:39464736
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研究论文 | 本研究通过机器学习算法识别能够区分寨卡病毒和登革热病毒感染的基因表达生物标志物 | 首次结合单细胞RNA测序数据和多种机器学习算法来识别区分寨卡和登革热病毒感染的基因生物标志物 | 仅分析了24小时时间点的数据,且需要进一步的实验验证 | 开发基于基因表达特征的寨卡和登革热病毒感染诊断方法 | 人类肝癌细胞系Huh7感染寨卡病毒和登革热病毒后的基因表达数据 | 机器学习 | 病毒感染 | 单细胞RNA测序,生物信息学分析 | 逻辑回归,支持向量机,随机森林,决策树 | 基因表达数据 | GSE110496数据集中的单细胞RNA测序数据 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
2104 | 2025-10-06 |
Spatiotemporal R-loop accumulation orchestrates microenvironmental remodeling after spinal cord injury
2025-Oct-01, Neurobiology of disease
IF:5.1Q1
DOI:10.1016/j.nbd.2025.107055
PMID:40789519
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研究论文 | 本研究首次报道了脊髓损伤后R-loop积累通过神经炎症驱动神经退行性变的机制 | 首次发现R-loop在脊髓损伤中的时空积累模式及其通过神经炎症驱动神经退行性变的作用 | 研究样本量有限,仅使用剪切挫伤模型,需要进一步验证其他损伤模型 | 探究R-loop在脊髓损伤进展中的潜在作用机制 | 小鼠脊髓损伤模型中的新鲜脊髓组织 | 空间转录组学 | 脊髓损伤 | 空间转录组学,免疫荧光染色,单细胞分析,HE/LFB染色 | 细胞反卷积计算模型 | 基因表达数据,组织图像数据 | 损伤腔区50-100mg新鲜脊髓组织,采集时间点为损伤后0,1,3,7,14天 | NA | 空间转录组学,单细胞分析 | NA | NA |
2105 | 2025-10-06 |
Unveiling the role of TAM-derived extracellular vesicles in glioma progression through Treg polarization and immune suppression
2025-Sep, Oncogene
IF:6.9Q1
DOI:10.1038/s41388-025-03497-8
PMID:40681801
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研究论文 | 本研究揭示了肿瘤相关巨噬细胞来源的细胞外囊泡通过调节Treg细胞分化和免疫抑制促进胶质瘤进展的机制 | 首次发现TAM来源的EVs通过下调BPI蛋白表达诱导Treg分化,并证实其在胶质瘤进展中的关键作用 | 研究主要基于小鼠模型,人类临床样本验证尚不充分 | 阐明TAM来源的细胞外囊泡在胶质瘤进展中的作用机制 | 胶质瘤肿瘤微环境中的肿瘤相关巨噬细胞和调节性T细胞 | 肿瘤免疫学 | 胶质瘤 | 单细胞RNA测序 | NA | 基因表达数据 | NA | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
2106 | 2025-10-06 |
Natural small molecule bergapten ameliorates rheumatoid arthritis by targeting STAT3
2025-Sep, Pharmacological research
IF:9.1Q1
DOI:10.1016/j.phrs.2025.107878
PMID:40714303
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研究论文 | 研究发现天然小分子佛手柑素通过靶向STAT3改善类风湿关节炎 | 首次发现天然小分子佛手柑素可通过直接结合STAT3抑制其磷酸化和激活,从而发挥抗类风湿关节炎作用 | 仅部分阐明了佛手柑素的抗炎机制,可能还存在其他作用途径 | 探索佛手柑素治疗类风湿关节炎的疗效和分子机制 | 胶原诱导性关节炎大鼠模型、滑膜组织中的成纤维样滑膜细胞和巨噬细胞 | 生物医学 | 类风湿关节炎 | 单细胞RNA测序 | NA | 基因表达数据 | 胶原诱导性关节炎大鼠 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
2107 | 2025-10-06 |
From molecular chaos to precision medicine in the treatment of cardiac hypertrophy: A rational use of natural products by integrating artificial intelligence and multi-omics data
2025-Sep, Pharmacological research
IF:9.1Q1
DOI:10.1016/j.phrs.2025.107898
PMID:40754044
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综述 | 本文提出通过整合天然产物、人工智能和多组学技术治疗心脏肥大的创新方法 | 首次将天然产物与人工智能和多组学技术相结合,系统阐述心脏肥大的精准医疗策略 | NA | 探索心脏肥大的精准药物治疗新策略 | 心脏肥大的分子机制和天然产物治疗 | 机器学习 | 心血管疾病 | 单细胞空间转录组学,多组学技术 | 机器学习算法 | 多组学数据 | NA | NA | 单细胞空间转录组学 | NA | NA |
2108 | 2025-10-06 |
Immunoregulatory Endothelial Cells Interact With T Cells After Myocardial Infarction
2025-Aug-29, Circulation research
IF:16.5Q1
DOI:10.1161/CIRCRESAHA.125.326145
PMID:40735785
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研究论文 | 本研究揭示了心肌梗死后心脏内皮细胞通过形成免疫调节表型调控T细胞活化的新机制 | 首次发现心肌梗死后出现的CD45+CD11b+Cdh5+免疫调节内皮细胞表型及其通过MHC-II和细胞因子调控T细胞活化的功能 | 研究主要基于小鼠模型,人类临床相关性需要进一步验证 | 探究心肌梗死后内皮细胞的免疫调节功能及其机制 | 小鼠心肌梗死模型中的内皮细胞和T细胞 | 单细胞生物学 | 心血管疾病 | 单细胞RNA测序, 空间转录组学, 骨髓移植, 谱系追踪 | 基因敲除小鼠模型 | 单细胞基因表达数据, 空间定位数据 | 未明确说明具体样本数量 | NA | 单细胞RNA测序, 空间转录组学 | NA | NA |
2109 | 2025-10-06 |
Bacterial Infections Shape Cardiac Macrophages' Response to Ischemia
2025-Aug-29, Circulation research
IF:16.5Q1
DOI:10.1161/CIRCRESAHA.124.325147
PMID:40735767
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研究论文 | 本研究探讨细菌感染如何通过改变心脏巨噬细胞的特性来增强后续心肌缺血损伤的炎症反应 | 首次发现细菌感染诱导心脏巨噬细胞形成两个具有不同功能特征的新亚群,并证明这些变化会加剧后续缺血损伤的炎症反应 | 研究主要基于动物模型,在人类中的适用性需要进一步验证 | 探究细菌感染对心脏先天免疫细胞的长期影响及其在后续心肌缺血中的作用机制 | 心脏髓系细胞、外周白细胞、造血干细胞和祖细胞 | 免疫学 | 心血管疾病 | 流式细胞术、单细胞RNA测序、纳米颗粒介导的RNA干扰 | 遗传命运图谱模型 | 单细胞转录组数据、流式细胞数据 | NA | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
2110 | 2025-10-06 |
StemDriver: a knowledgebase of gene functions for hematopoietic stem cell fate determination
2024-Jan-05, Nucleic acids research
IF:16.6Q1
DOI:10.1093/nar/gkad1063
PMID:37953308
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研究论文 | 介绍了一个专门用于造血干细胞命运决定基因功能注释的综合知识库StemDriver | 整合了42项研究的单细胞RNA测序数据,构建了从胚胎期到成年期的全面造血谱系图谱 | NA | 建立造血干细胞命运决定相关基因功能的知识库 | 人类和小鼠的造血干细胞及其分化谱系 | 生物信息学 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | 单细胞RNA测序数据 | 整合42项研究数据,涵盖14种组织类型,评估人类23,839个基因和小鼠29,533个基因 | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
2111 | 2025-10-06 |
Amyloid-beta and tau pathologies act synergistically to induce novel disease stage-specific microglia subtypes
2022-12-17, Molecular neurodegeneration
IF:14.9Q1
DOI:10.1186/s13024-022-00589-x
PMID:36536457
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研究论文 | 本研究通过单细胞RNA测序技术揭示了淀粉样蛋白-β和tau病理在阿尔茨海默病进展中协同诱导新型疾病阶段特异性小胶质细胞亚型 | 首次发现Aβ和tau病理协同作用在疾病不同阶段诱导特异性小胶质细胞亚型EADAM和LADAM,并鉴定Siglec基因作为AD进展的生物标志物 | 研究主要基于小鼠模型,人类样本验证仍需扩展 | 探究阿尔茨海默病中Aβ和tau病理如何协同调控小胶质细胞亚型 | AD模型小鼠的小胶质细胞及人类颞上回和内嗅皮层组织 | 单细胞基因组学 | 阿尔茨海默病 | 单细胞RNA测序, snRNA-Seq | NA | 单细胞转录组数据 | AD模型小鼠及不同Braak分期的人类脑组织 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
2112 | 2025-10-06 |
Spatial isoform sequencing at sub-micrometer single-cell resolution reveals novel patterns of spatial isoform variability in brain cell types
2025-Jun-25, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2025.06.25.661563
PMID:40667010
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研究论文 | 本研究开发了亚微米单细胞分辨率空间异构体测序技术Spl-ISO-Seq2,揭示了小鼠大脑细胞类型中新的空间异构体变异模式 | 开发了220nm点大小和500nm分辨率的Spl-ISO-Seq2技术及配套分析软件,首次在单细胞分辨率实现空间异构体测序 | 技术仍处于发展阶段,仅在小鼠脑组织中进行验证,尚未在其他组织或物种中广泛应用 | 研究大脑细胞类型中空间异构体的变异模式 | 成年小鼠大脑组织 | 空间转录组学 | NA | 空间长读长测序,异构体测序 | NA | 空间转录组数据,异构体表达数据 | 成年小鼠大脑组织样本 | NA | 空间异构体测序 | Spl-ISO-Seq2 | 220nm点大小,500nm分辨率空间异构体测序平台 |
2113 | 2025-10-06 |
Segger: Fast and accurate cell segmentation of imaging-based spatial transcriptomics data
2025-Mar-16, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2025.03.14.643160
PMID:40161614
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研究论文 | 开发了一种基于图神经网络的新型细胞分割方法segger,用于成像空间转录组学数据 | 将细胞分割构建为转录本到细胞的链接预测任务,能够利用单细胞RNA-seq信息改进转录本分配 | NA | 解决成像空间转录组学中转录本准确分配到原始细胞的技术挑战 | 成像空间转录组学数据中的细胞和转录本 | 空间转录组学 | NA | 成像空间转录组学,单细胞RNA-seq | 图神经网络(GNN) | 空间转录组学图像数据 | 多个Xenium数据集基准测试 | 10x Genomics | 成像空间转录组学 | Xenium | 10x Genomics Xenium空间转录组学平台 |
2114 | 2025-10-06 |
Integration of Imaging-based and Sequencing-based Spatial Omics Mapping on the Same Tissue Section via DBiTplus
2024-Dec-11, Research square
DOI:10.21203/rs.3.rs-5398491/v1
PMID:39711562
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研究论文 | 开发了一种整合成像和测序的空间多组学方法DBiTplus,可在同一组织切片上同时进行空间转录组和空间蛋白质分析 | 首次将测序型空间转录组与成像型空间蛋白质分析整合在同一组织切片上,实现单细胞分辨率细胞分型和基因组规模生物学通路研究 | NA | 开发空间多组学技术以更好地理解异质性细胞过程并连接细胞类型与功能 | 小鼠胚胎、正常人淋巴结、人类淋巴瘤FFPE组织 | 空间多组学 | 淋巴瘤 | 空间转录组测序、空间蛋白质成像、微流控技术 | NA | 空间转录组数据、空间蛋白质成像数据 | 小鼠胚胎、正常人淋巴结、人类淋巴瘤FFPE组织样本 | NA | 单细胞空间转录组、空间蛋白质组学 | DBiTplus、CODEX | DBiTplus整合了测序型空间转录组和CODEX高重蛋白质成像技术,通过微流控递送DNA寡核苷酸进行空间条形码标记,利用RNaseH酶选择性降解RNA-DNA杂交体中的RNA,保留完整组织切片用于蛋白质成像 |
2115 | 2025-10-06 |
Role of Dual Specificity Phosphatase 1 (DUSP1) in influencing inflammatory pathways in macrophages modulated by Borrelia burgdorferi lipoproteins
2024-Nov-21, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2024.11.20.624562
PMID:39605372
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研究论文 | 本研究探讨了双特异性磷酸酶1(DUSP1)在伯氏疏螺旋体脂蛋白调控巨噬细胞炎症通路中的作用机制 | 首次应用单细胞RNA测序和多组学方法揭示DUSP1在莱姆病病原体脂蛋白诱导的巨噬细胞反应中的调控作用 | 研究仅使用小鼠骨髓来源巨噬细胞,未在人体细胞或动物模型中进行验证 | 阐明DUSP1在伯氏疏螺旋体脂蛋白调控宿主免疫反应中的分子机制 | 小鼠骨髓来源巨噬细胞(BMDMs) | 免疫学 | 莱姆病 | 单细胞RNA测序, 蛋白质组学分析 | NA | RNA测序数据, 蛋白质组数据 | 经不同浓度伯氏疏螺旋体脂蛋白处理的小鼠骨髓来源巨噬细胞 | NA | 单细胞RNA-seq, 蛋白质组学 | NA | NA |
2116 | 2025-10-06 |
Integration of Imaging-based and Sequencing-based Spatial Omics Mapping on the Same Tissue Section via DBiTplus
2024-Nov-11, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2024.11.07.622523
PMID:39605581
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研究论文 | 提出DBiTplus整合多模态空间组学方法,在同一组织切片上结合测序型空间转录组和成像型空间蛋白质分析 | 开发了DBiTplus整合工作流程,首次实现同一组织切片上测序型空间转录组和成像型空间蛋白质的同时分析 | NA | 开发整合多模态空间组学技术,实现单细胞分辨率的空间转录组和蛋白质组联合分析 | 小鼠胚胎、正常人淋巴结、人类淋巴瘤FFPE组织 | 空间组学 | 淋巴瘤 | 空间转录组测序,空间蛋白质成像,微流控技术 | NA | 空间转录组数据,空间蛋白质图像数据 | 小鼠胚胎、正常人淋巴结、人类淋巴瘤FFPE组织样本 | NA | 单细胞空间转录组,空间蛋白质组学,多组学整合 | DBiTplus,CODEX | DBiTplus整合测序型空间转录组和CODEX高重蛋白质成像技术 |
2117 | 2025-10-06 |
Monocyte Single-Cell Multimodal Profiling in Cardiovascular Disease Risk States
2024-Aug-30, Circulation research
IF:16.5Q1
DOI:10.1161/CIRCRESAHA.124.324457
PMID:39105287
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研究论文 | 通过单细胞多组学技术对心血管疾病风险状态下单核细胞进行综合表征 | 首次采用CITE-seq和单细胞RNA测序相结合的多模态方法,系统揭示单核细胞的高度异质性及其在心血管疾病风险状态下的变化 | 研究主要关注特定心血管疾病风险因素,未涵盖所有可能的病理条件 | 探索单核细胞在心血管疾病风险状态下的异质性变化和功能特征 | 437,126个人类单核细胞 | 单细胞生物学 | 心血管疾病 | CITE-seq, 单细胞RNA测序, 流式细胞术 | NA | 单细胞转录组数据, 蛋白质表位数据 | 437,126个单核细胞 | NA | 单细胞多组学, 单细胞RNA测序 | NA | NA |
2118 | 2025-10-06 |
Cytomulate: accurate and efficient simulation of CyTOF data
2023-11-16, Genome biology
IF:10.1Q1
DOI:10.1186/s13059-023-03099-1
PMID:37974276
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研究论文 | 开发了一种准确高效的CyTOF数据模拟算法Cytomulate | 能够捕捉CyTOF数据的多种特征,在整体数据分布学习上优于scDesign2、Splatter等单细胞RNA-seq导向方法和LAMBDA等生成模型 | NA | 为流式飞行时间质谱数据分析方法的开发和评估提供基础 | CyTOF数据 | 机器学习 | NA | 流式飞行时间质谱 | 生成模型 | 质谱数据 | NA | NA | 质谱流式细胞术 | NA | NA |
2119 | 2025-10-06 |
Integrated multidimensional bioinformatics analysis of the molecular mechanisms of ulcerative colitis-associated colorectal cancer and MMP1 as a potential therapeutic target
2025-Sep, Cancer gene therapy
IF:4.8Q1
DOI:10.1038/s41417-025-00917-5
PMID:40681672
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研究论文 | 通过整合多组学分析研究溃疡性结肠炎相关结直肠癌的分子机制并确定MMP1作为潜在治疗靶点 | 首次通过孟德尔随机化分析与单细胞RNA测序相结合,揭示MMP1在UC相关CRC中的保护作用及免疫调节机制 | 研究依赖于公共数据库数据,需要实验验证 | 研究溃疡性结肠炎相关结直肠癌的分子机制并识别潜在治疗靶点 | 溃疡性结肠炎和结直肠癌的分子机制 | 生物信息学 | 结直肠癌 | 单细胞RNA测序,全基因组关联研究,分子对接 | 孟德尔随机化分析,蛋白质-蛋白质相互作用网络 | 基因表达数据,基因组数据 | 来自GEO、TCGA和GWAS数据库的数据 | NA | 单细胞RNA测序,多组学分析 | NA | NA |
2120 | 2025-10-06 |
Immune signaling mediates stromal changes to support epithelial reprogramming in celiac duodenum
2025-Aug-26, Cell reports
IF:7.5Q1
DOI:10.1016/j.celrep.2025.116039
PMID:40694474
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研究论文 | 本研究通过单细胞RNA测序分析揭示了乳糜泻十二指肠中免疫信号介导的基质变化如何支持上皮重编程 | 构建了迄今为止最全面的乳糜泻单细胞RNA测序数据集,揭示了T细胞-髓系细胞-基质细胞-上皮细胞通讯网络在疾病中的作用机制 | 样本量相对有限(21例活动性乳糜泻和11例对照),且为观察性研究 | 探究乳糜泻发病机制中细胞间通讯和上皮重编程的分子基础 | 乳糜泻患者和健康对照的十二指肠组织样本 | 单细胞转录组学 | 乳糜泻 | 单细胞RNA测序 | NA | 单细胞转录组数据 | 203,555个细胞,来自21例活动性乳糜泻和11例对照十二指肠样本 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |