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序号 | 推送日期 | 文章 | 类型 | 简述 | 创新点 | 不足 | 研究目的 | 研究对象 | 领域 | 病种 | 技术 | 模型 | 数据类型 | 样本量 |
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21161 | 2024-08-08 |
Revealing the Immune Heterogeneity between Systemic Lupus Erythematosus and Rheumatoid Arthritis Based on Multi-Omics Data Analysis
2022-May-05, International journal of molecular sciences
IF:4.9Q2
DOI:10.3390/ijms23095166
PMID:35563556
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研究论文 | 本研究利用计算方法TRUST4从系统性红斑狼疮(SLE)和类风湿性关节炎(RA)患者的批量RNA-seq数据中构建TCR和BCR谱,并分析了两种疾病间免疫谱的克隆性和多样性 | 本研究首次利用计算方法从批量RNA-seq数据中构建TCR和BCR谱,并分析了免疫细胞亚群的比例变化及细胞间通信,为SLE和RA的诊断和治疗提供了新的见解 | 本研究未涵盖每种免疫细胞类型的差异表达基因及免疫细胞群之间的细胞间相互作用 | 揭示系统性红斑狼疮和类风湿性关节炎之间的免疫异质性 | 系统性红斑狼疮(SLE)和类风湿性关节炎(RA)患者的免疫细胞 | 数字病理学 | 自身免疫疾病 | NGS | TRUST4 | RNA-seq数据 | SLE和RA患者的外周血样本 |
21162 | 2024-08-08 |
CD4+ T-cell epitope-based heterologous prime-boost vaccination potentiates anti-tumor immunity and PD-1/PD-L1 immunotherapy
2022-05, Journal for immunotherapy of cancer
IF:10.3Q1
DOI:10.1136/jitc-2021-004022
PMID:35580929
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研究论文 | 本文开发了一种基于CD4+ T细胞表位的异源初次加强疫苗策略,旨在有效诱导肿瘤特异性TH1细胞,并评估其抗肿瘤疗效及其增强PD-1/PD-L1免疫疗法的能力。 | 首次研究了针对MHC-II限制性CD4+ T细胞表位的疫苗策略,以诱导肿瘤特异性TH1反应,并探讨其有效抑制肿瘤生长的能力。 | NA | 开发一种新的疫苗策略,通过诱导肿瘤特异性TH1细胞来增强抗肿瘤免疫,并评估其与PD-1/PD-L1免疫疗法的协同作用。 | 基于CD4+ T细胞表位的异源初次加强疫苗策略在黑色素瘤和结直肠腺癌模型中的抗肿瘤效果。 | 免疫学 | 黑色素瘤, 结直肠腺癌 | 流式细胞术, 单细胞RNA测序, 单细胞TCR测序 | NA | 细胞 | 使用小鼠模型进行实验 |
21163 | 2024-08-08 |
Mitoribosomal defects aggravate liver cancer via aberrant glycolytic flux and T cell exhaustion
2022-05, Journal for immunotherapy of cancer
IF:10.3Q1
DOI:10.1136/jitc-2021-004337
PMID:35580931
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研究论文 | 研究探讨了线粒体核糖体功能障碍通过异常的糖酵解通量和T细胞耗竭加剧肝癌的机制 | 首次揭示了肝细胞特异性线粒体核糖体功能障碍对肝癌进展的影响,并阐明了其通过促进糖酵解通量和乳酸合成导致T细胞耗竭的机制 | 研究主要基于小鼠模型和TCGA数据集,可能需要进一步的人体临床研究来验证这些发现 | 探究线粒体核糖体功能障碍在肝细胞癌中的作用及其对免疫代谢特征的影响 | 线粒体核糖体蛋白与肝细胞癌的关系 | 数字病理学 | 肝癌 | 单细胞RNA测序,流式细胞术 | NA | 转录组数据 | 使用了来自HCC患者和小鼠模型的肝脏组织样本,以及TCGA数据集 |
21164 | 2024-08-08 |
A New Generation of Lineage Tracing Dynamically Records Cell Fate Choices
2022-Apr-30, International journal of molecular sciences
IF:4.9Q2
DOI:10.3390/ijms23095021
PMID:35563412
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综述 | 本文综述了基于CRISPR/Cas9的谱系追踪技术(CbLT)在动态记录细胞命运选择方面的最新进展 | 利用CRISPR/Cas9条形码编辑进行大规模谱系追踪,重建细胞的伪时间轨迹,提高谱系追踪的准确性 | 讨论了当前应用中的局限性和潜在的技术陷阱 | 重建谱系关系和细胞命运图谱的发展 | 细胞命运选择和谱系追踪 | 分子生物学 | NA | CRISPR/Cas9, 单细胞RNA测序 | NA | 单细胞转录组 | NA |
21165 | 2024-08-08 |
Single-Cell RNA Sequencing Analysis for Oncogenic Mechanisms Underlying Oral Squamous Cell Carcinoma Carcinogenesis with Candida albicans Infection
2022-Apr-27, International journal of molecular sciences
IF:4.9Q2
DOI:10.3390/ijms23094833
PMID:35563222
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研究论文 | 本研究通过单细胞RNA测序分析探讨了口腔鳞状细胞癌(OSCC)与白色念珠菌感染相关的致癌机制及潜在治疗标志物 | 首次揭示了在有和无白色念珠菌感染情况下,OSCC致癌过程中的特定细胞群及其相关信号通路,并验证了stratifin(SFN)作为OSCC感染的特异性标志物 | NA | 验证口腔鳞状细胞癌(OSCC)与白色念珠菌感染相关的致癌机制,并识别早期检测OSCC和治疗靶点的生物标志物 | 口腔鳞状细胞癌(OSCC)及其与白色念珠菌感染的关系 | 数字病理学 | 口腔鳞状细胞癌 | 单细胞RNA测序分析(scRNA-seq) | NA | RNA | 涉及正常口腔黏膜、口腔潜在恶性病变(OPMD)和OSCC组织的细胞亚型 |
21166 | 2024-08-08 |
Glioblastoma Embryonic-like Stem Cells Exhibit Immune-Evasive Phenotype
2022-Apr-21, Cancers
IF:4.5Q1
DOI:10.3390/cancers14092070
PMID:35565200
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研究论文 | 研究揭示了胶质母细胞瘤中具有胚胎干细胞样特征的肿瘤干细胞群体的免疫逃避机制 | 首次识别出同时高表达胚胎干细胞标志物并下调免疫相关途径的肿瘤干细胞群体,并提供了配对的基因表达和DNA甲基化图谱以探索胶质母细胞瘤免疫治疗的潜在治疗补充 | NA | 揭示胶质母细胞瘤中的免疫逃避机制 | 胶质母细胞瘤中的肿瘤干细胞 | 数字病理学 | 脑肿瘤 | 单细胞RNA测序, 诱导多能干细胞技术, DNA甲基化分析 | NA | 基因表达数据, DNA甲基化数据 | 28个来自患者的胶质母细胞瘤数据集 |
21167 | 2024-08-08 |
Heterogeneous microenvironment analysis to explore the potential regulatory role of endothelial-mesenchymal transition in idiopathic pulmonary fibrosis
2022-Apr, Annals of translational medicine
DOI:10.21037/atm-22-1438
PMID:35571445
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研究论文 | 本研究通过分析特发性肺纤维化(IPF)相关的单细胞测序和基因表达谱数据,探讨了内皮细胞向间充质细胞转化的潜在调控作用及其对IPF发展的影响 | 本研究首次详细分析了IPF发展过程中细胞微环境的变化,特别是内皮细胞向间充质细胞转化的过程,并揭示了相关基因在其中的调控作用 | NA | 探索特发性肺纤维化(IPF)发展过程中细胞微环境的变化及其潜在的调控机制 | 特发性肺纤维化(IPF)的细胞微环境及其中的细胞间相互作用 | 数字病理学 | 特发性肺纤维化 | 单细胞测序 | NA | 基因表达谱 | NA |
21168 | 2024-08-08 |
Landscape of Peripheral Blood Mononuclear Cells and Soluble Factors in Severe COVID-19 Patients With Pulmonary Fibrosis Development
2022, Frontiers in immunology
IF:5.7Q1
DOI:10.3389/fimmu.2022.831194
PMID:35558069
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研究论文 | 研究探讨了严重COVID-19患者外周血单个核细胞和可溶性因子在肺纤维化发展中的作用 | 首次通过单细胞RNA测序分析了严重COVID-19患者中CD4+激活T细胞和Treg细胞的频率变化,并探讨了IFN应答基因及相关信号通路在肺纤维化进展中的作用 | 研究样本量较小,仅包括12名患者 | 探究免疫反应在COVID-19患者肺纤维化进展中的作用 | 严重COVID-19患者的外周血单个核细胞和可溶性因子 | 数字病理学 | 肺纤维化 | 单细胞RNA测序 | NA | 图像 | 12名严重COVID-19患者 |
21169 | 2024-08-08 |
Dissecting Intra-Tumoral Changes Following Immune Checkpoint Blockades in Intrahepatic Cholangiocarcinoma via Single-Cell Analysis
2022, Frontiers in immunology
IF:5.7Q1
DOI:10.3389/fimmu.2022.871769
PMID:35558087
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研究论文 | 本研究通过单细胞分析技术,探讨了免疫检查点阻断剂在肝内胆管癌中的肿瘤内变化。 | 发现了免疫检查点阻断剂治疗后肝内胆管癌中细胞间通信网络的紧密化,以及通过PGF-VEGFR1介导的VEGF信号的新兴作用。 | 研究样本量相对较小,仅基于10名患者的单细胞RNA测序数据。 | 旨在通过单细胞水平分析,揭示免疫检查点阻断剂在肝内胆管癌中的肿瘤生态系统变化。 | 肝内胆管癌患者在接受免疫检查点阻断剂治疗后的肿瘤生态系统变化。 | 数字病理学 | 肝内胆管癌 | 单细胞RNA测序(scRNA-seq) | NA | 单细胞转录组数据 | 10名肝内胆管癌患者的单细胞RNA测序数据,255名患者的批量RNA测序数据,264份切除的肝内胆管癌样本的双重免疫荧光染色数据 |
21170 | 2024-08-08 |
Robust Colonic Epithelial Regeneration and Amelioration of Colitis via FZD-Specific Activation of Wnt Signaling
2022, Cellular and molecular gastroenterology and hepatology
IF:7.1Q1
DOI:10.1016/j.jcmgh.2022.05.003
PMID:35569814
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研究论文 | 本文研究了通过FZD特异性激活Wnt信号通路来实现结肠上皮再生和改善结肠炎的方法 | 开发了FZD5/8和LRP6受体特异性的Wnt模拟物SZN-1326-p,能有效修复受损的结肠上皮并减少炎症 | NA | 探索通过调节Wnt信号通路来治疗炎症性肠病中的上皮损伤 | 结肠上皮细胞和炎症性肠病模型 | NA | 炎症性肠病 | 单细胞转录组分析 | NA | 转录组数据 | 使用右旋糖酐硫酸钠小鼠模型进行实验 |
21171 | 2024-08-08 |
Immunophenotyping of Acute Inflammatory Exacerbations of Lung Injury Driven by Mutant Surfactant Protein-C: A Role for Inflammatory Eosinophils
2022, Frontiers in pharmacology
IF:4.4Q1
DOI:10.3389/fphar.2022.875887
PMID:35571100
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研究论文 | 本研究利用临床相关模型,研究了突变型表面活性蛋白C引发的急性炎症加重期间,嗜酸性粒细胞与肺实质的相互作用及其在肺纤维化中的作用。 | 通过单细胞测序分析和遗传学方法,揭示了嗜酸性粒细胞在肺纤维化前炎症事件中的有害作用,并证明了皮质类固醇治疗在高度嗜酸性粒细胞性加重中的有效性。 | NA | 研究嗜酸性粒细胞在肺纤维化前急性炎症加重中的作用及皮质类固醇治疗的效果。 | 嗜酸性粒细胞、肺纤维化、皮质类固醇治疗。 | 数字病理学 | 肺部疾病 | 单细胞测序分析、流式细胞术 | NA | 细胞、组织 | 控制组和突变型SP-C模型小鼠,以及SP-CGATA1模型小鼠,时间跨度为7-42天。 |
21172 | 2024-08-08 |
Single-Cell Sequencing and Its Applications in Liver Cancer
2022, Frontiers in oncology
IF:3.5Q2
DOI:10.3389/fonc.2022.857037
PMID:35574365
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review | 本文介绍了单细胞测序技术及其在肝癌中的应用 | 单细胞测序技术能够检测癌细胞间的异质性,区分肿瘤微环境中的每个细胞亚群,并揭示癌细胞的克隆特征 | 讨论了该领域目前面临的一些挑战 | 理解肿瘤的演化 | 肝癌的癌细胞异质性、肿瘤微环境、癌变和转移机制 | digital pathology | 肝癌 | 单细胞测序 | NA | 细胞 | NA |
21173 | 2024-08-08 |
Single-Cell Transcriptomics of Liver Cancer: Hype or Insights?
2022, Cellular and molecular gastroenterology and hepatology
IF:7.1Q1
DOI:10.1016/j.jcmgh.2022.04.014
PMID:35577269
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综述 | 本文综述了单细胞RNA测序技术在肝细胞癌(HCC)研究中的最新发现及其在解析HCC复杂生态系统中的应用 | 单细胞RNA测序技术提供了前所未有的分辨率来表征HCC的潜在发病机制和异质性 | NA | 探讨单细胞RNA测序技术在HCC研究中的应用及其在个性化医学时代的转化应用 | 肝细胞癌的肿瘤微环境及其细胞层面的主要特征,包括恶性细胞、不同类型的免疫细胞及细胞间相互作用 | 数字病理学 | 肝癌 | 单细胞RNA测序 | NA | 转录组数据 | NA |
21174 | 2024-08-08 |
Single-cell RNA Sequencing Uncovered the Involvement of an Endothelial Subset in Neutrophil Recruitment in Chemically Induced Rat Pulmonary Inflammation
2022, International journal of medical sciences
IF:3.2Q1
DOI:10.7150/ijms.67806
PMID:35582423
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研究论文 | 本文通过单细胞RNA测序技术,揭示了化学诱导的大鼠肺部炎症中内皮细胞亚群在嗜中性粒细胞招募中的作用 | 首次在单细胞水平上揭示了肺部炎症的复杂过程,并鉴定了参与嗜中性粒细胞招募的促炎性内皮细胞亚群 | NA | 探索慢性炎症促进肺部肿瘤发生的分子和细胞基础 | 化学诱导的大鼠肺部炎症中的细胞类型和基因表达模式 | 数字病理学 | 肺部疾病 | 单细胞RNA测序 | NA | 基因表达数据 | 化学处理和对照组大鼠中鉴定了14种细胞类型 |
21175 | 2024-08-08 |
Single-cell profiling of transcriptomic changes during in vitro maturation of human oocytes
2022 Jan-Dec, Reproductive medicine and biology
IF:2.7Q2
DOI:10.1002/rmb2.12464
PMID:35582522
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研究论文 | 本研究通过单细胞RNA测序分析了体外成熟人卵母细胞的基因表达谱,以揭示其分子机制 | 首次在单细胞水平上研究了人卵母细胞体外成熟过程中的转录组变化,并揭示了可能调控卵母细胞成熟的分子途径和上游调节因子 | 样本量较小,仅涉及11名患者的19个卵母细胞 | 探讨体外成熟人卵母细胞的分子机制 | 人卵母细胞 | NA | NA | 单细胞RNA测序 | NA | 转录组数据 | 19个卵母细胞来自11名患者 |
21176 | 2024-08-08 |
Modeling disease progression in Multiple Myeloma with Hopfield networks and single-cell RNA-seq
2019-Nov, Proceedings. IEEE International Conference on Bioinformatics and Biomedicine
DOI:10.1109/bibm47256.2019.8983325
PMID:35574240
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研究论文 | 使用Hopfield网络和单细胞RNA测序数据来模拟多发性骨髓瘤(MM)的疾病进展路径 | 将Hopfield神经网络中的联想记忆映射到基因表达模式,以模拟多发性骨髓瘤的不同进展路径 | NA | 研究多发性骨髓瘤的疾病进展 | 多发性骨髓瘤患者以及被诊断为意义未明的单克隆免疫球蛋白病(MGUS)和隐匿性多发性骨髓瘤(SMM)的患者 | 数字病理学 | 多发性骨髓瘤 | 单细胞RNA测序 | Hopfield网络 | 基因表达数据 | 来自多发性骨髓瘤、MGUS和SMM患者的骨髓穿刺样本 |
21177 | 2024-08-08 |
Semi-Supervised Deep Learning for Cell Type Identification From Single-Cell Transcriptomic Data
2023 Mar-Apr, IEEE/ACM transactions on computational biology and bioinformatics
DOI:10.1109/TCBB.2022.3173587
PMID:35536811
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研究论文 | 本文提出了一种半监督学习模型SemiRNet,用于从单细胞转录组数据中识别细胞类型 | 使用半监督学习方法,结合少量标记和大量未标记的单细胞转录组数据进行细胞类型识别 | 需要大量未标记的单细胞转录组数据和有限数量的标记数据 | 提高从单细胞转录组数据中识别细胞类型的效率和准确性 | 单细胞转录组数据中的细胞类型 | 机器学习 | NA | 单细胞RNA测序(scRNAseq) | 循环卷积神经网络(RCNN) | 转录组数据 | 两个大规模单细胞转录组数据集 |
21178 | 2024-08-05 |
Assimilating Epigenetics and Transcriptomics for the Identification of Prognostic Novel Biomarkers and Imminent Targets in Colorectal Carcinoma with Therapeutic Potential
2023, Current molecular medicine
IF:2.2Q3
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研究论文 | 本文探讨了表观遗传学和转录组学在结直肠癌中识别预后新生物标志物和潜在治疗靶点的应用 | 研究结合了表观遗传学和转录组学,为结直肠癌的诊断和预后提供了新的生物标志物和治疗靶点 | NA | 识别结直肠癌的预后新生物标志物和治疗靶点 | 结直肠癌及其相关的表观遗传学和转录组学特征 | 数字病理学 | 结直肠癌 | 转录组学 | 单细胞转录组学 | 文本 | NA |
21179 | 2024-08-08 |
Cutting edge technologies expose the temporal regulation of neurogenesis in the Drosophila nervous system
2022-12, Fly
IF:2.4Q3
DOI:10.1080/19336934.2022.2073158
PMID:35549651
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综述 | 本文综述了利用尖端技术研究果蝇神经系统中神经发生的时间调控机制的最新发现 | 采用单细胞RNA测序等组学分析方法,大规模研究神经系统,对理解神经发生的时间机制有重要贡献 | 仅通过分子遗传学方法难以阐明众多分子在多种细胞类型中的功能 | 探讨果蝇中枢神经系统发育过程中神经发生的时间调控机制 | 果蝇中枢神经系统中的神经发生及其时间调控 | NA | NA | 单细胞RNA测序 | NA | 基因表达数据 | NA |
21180 | 2024-08-08 |
A parameter-free deep embedded clustering method for single-cell RNA-seq data
2022-09-20, Briefings in bioinformatics
IF:6.8Q1
DOI:10.1093/bib/bbac172
PMID:35524494
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研究论文 | 本文开发了一种无需预设聚类数量的深度嵌入聚类方法ADClust,用于单细胞RNA测序数据分析 | ADClust方法无需预先设定聚类数量,通过预训练的自编码器获取低维表示,并使用统计测试合并相似的微聚类,实现了自动聚类 | NA | 开发一种自动的深度嵌入聚类方法,以准确地对单细胞RNA测序数据进行聚类分析 | 单细胞RNA测序数据 | 机器学习 | NA | scRNA-seq | 自编码器 | RNA测序数据 | 11个真实单细胞RNA测序数据集 |