单细胞与空转测序相关文章
本数据库通过收集和整理最新科研文献信息而得，供了解领域前沿进展之用。数据源自 PubMed Data ，每日自动更新，已收录文献数量参见 统计表格。表格内容由 GPT 自动整理，可能存在错误或遗漏，请使用时务必注意核实！
如有建议或合作意向，欢迎联系 linlin.yan(AT)bioinfo.app 或 微信 yanlinlin82。本项目遵循 MIT 许可 发布，欢迎下载 源码 自行修改使用。如觉得不错，还请不吝 给我打赏，你的支持是我继续创新的重要动力！
添加微信请说明来意
微信赞赏
除通过在线浏览外，为方便用户离线查阅，本站也提供 付费下载（定价10元）。之所以考虑收费，是因为批量扫描这些文献并整理也是有一定成本的，还请理解并多多支持。本站数据会持续更新，而仅需一次付费，未来就可以随时重新下载到最新版本数据。
当前共找到 27474 篇文献，本页显示第 21141 - 21160 篇。
| 序号 | 推送日期 | 文章 | 类型 | 简述 | 创新点 | 不足 | 研究目的 | 研究对象 | 领域 | 病种 | 技术 | 模型 | 数据类型 | 样本量 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 21141 | 2024-08-08 |
Single Cell Multiomic Approaches to Disentangle T Cell Heterogeneity
2022-06, Immunology letters
IF:3.3Q3
DOI:10.1016/j.imlet.2022.04.008
PMID:35577000
|
综述 | 本文综述了单细胞多组学领域的快速发展，介绍了常用的单细胞分析方法流程及其优势和潜在局限性 | 单细胞多组学技术的发展和专用计算工具的准确性提高，使得能够基于基因表达模式区分看似相同的细胞 | 分析步骤中可能引入的分析偏差和数据解释的潜在不准确性 | 探讨单细胞多组学分析方法及其在T细胞受体重建中的应用 | 单细胞分析方法流程、生物信息学工具及其在T细胞受体重建中的应用 | 生物信息学 | NA | 单细胞测序技术 | NA | 基因表达数据 | NA |
| 21142 | 2024-08-08 |
Benchmarking spatial and single-cell transcriptomics integration methods
2022-06, Nature methods
IF:36.1Q1
DOI:10.1038/s41592-022-01481-8
PMID:35577955
|
NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA |
| 21143 | 2024-08-08 |
Benchmarking spatial and single-cell transcriptomics integration methods for transcript distribution prediction and cell type deconvolution
2022-06, Nature methods
IF:36.1Q1
DOI:10.1038/s41592-022-01480-9
PMID:35577954
|
研究论文 | 本文通过比较分析16种整合方法，评估了它们在预测空间转录组数据中未检测到的转录本分布和进行细胞类型反卷积的表现 | 首次独立研究比较了多种空间转录组与单细胞RNA测序数据整合方法的性能 | NA | 评估和比较空间转录组与单细胞RNA测序数据整合方法的性能 | 16种整合方法在预测转录本空间分布和细胞类型反卷积中的表现 | 单细胞RNA测序 | NA | 空间转录组学 | NA | 转录组数据 | 45对配对数据集和32个模拟数据集 |
| 21144 | 2024-08-08 |
Hoxb5 reprogrammes murine multipotent blood progenitors into haematopoietic stem cell-like cells
2022-Jun, Cell proliferation
IF:5.9Q2
DOI:10.1111/cpr.13235
PMID:35582777
|
研究论文 | 本研究探讨了转录因子Hoxb5在多能血液祖细胞中的表达效果 | 发现Hoxb5能在多能血液祖细胞中诱导产生一种新的细胞类型，具有长期多系造血重建能力 | NA | 研究Hoxb5在多能血液祖细胞中的表达效果及其对造血干细胞样细胞生成的影响 | 多能血液祖细胞及Hoxb5的表达 | NA | NA | 单细胞RNA测序 | NA | RNA序列 | 使用Mx1cre/RosaLSL-Hoxb5-EGFP/+小鼠模型进行实验 |
| 21145 | 2024-08-08 |
Single-cell RNA sequencing of the Mongolia sheep testis reveals a conserved and divergent transcriptome landscape of mammalian spermatogenesis
2022-06, FASEB journal : official publication of the Federation of American Societies for Experimental Biology
IF:4.4Q2
DOI:10.1096/fj.202200152R
PMID:35583907
|
研究论文 | 本研究利用单细胞RNA测序技术，探讨了蒙古绵羊、人类、食蟹猴和小鼠在精子发生过程中同源基因的保守性、差异及其生物学功能 | 研究揭示了蒙古绵羊与人类在精子发生过程中的基因表达保守性，并提供了新的分子调控机制信息 | NA | 探索蒙古绵羊精子发生的分子调控机制，并为建立大型哺乳动物男性不育疾病模型提供基础 | 蒙古绵羊、人类、食蟹猴和小鼠的精子发生过程 | 数字病理学 | 男性不育 | 单细胞RNA测序 | NA | RNA测序数据 | 涉及蒙古绵羊、人类、食蟹猴和小鼠的多个样本 |
| 21146 | 2024-08-08 |
Integrative analysis of scRNA-seq and scATAC-seq revealed transit-amplifying thymic epithelial cells expressing autoimmune regulator
2022-05-17, eLife
IF:6.4Q1
DOI:10.7554/eLife.73998
PMID:35578835
|
研究论文 | 本文通过整合单细胞RNA测序（scRNA-seq）和单细胞染色质可及性测序（scATAC-seq）分析，揭示了表达自身免疫调节因子（Aire）的髓质胸腺上皮细胞（mTECs）在成年胸腺中的增殖和分化机制 | 首次发现并描述了在成年胸腺中增殖的AireCD80 mTECs，这些细胞在经过短暂的增殖后转变为静止状态并高表达组织特异性抗原（TSAs） | NA | 探究成年胸腺中髓质胸腺上皮细胞的分化机制 | 髓质胸腺上皮细胞（mTECs）及其在成年胸腺中的增殖和分化过程 | 生物信息学 | NA | 单细胞RNA测序（scRNA-seq）和单细胞染色质可及性测序（scATAC-seq） | NA | 基因表达数据和染色质可及性数据 | NA |
| 21147 | 2024-08-08 |
A murine model of large-scale bone regeneration reveals a selective requirement for Sonic Hedgehog
2022-May-17, NPJ Regenerative medicine
IF:6.4Q1
DOI:10.1038/s41536-022-00225-8
PMID:35581202
|
研究论文 | 本文通过小鼠大规模肋骨再生模型，研究了Sonic Hedgehog (SHH)在大规模骨愈合中的早期和关键作用 | 发现SHH在大规模损伤中对骨再生的独特需求，以及其在Prrx1表达的Sox9阴性间充质细胞中的必要性 | 研究仅限于小鼠模型，且未探讨SHH在其他物种或人体中的作用 | 探究Sonic Hedgehog在大规模骨再生中的作用机制 | 小鼠的肋骨再生 | 数字病理学 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | RNA | 小鼠肋骨再生组织样本 |
| 21148 | 2024-08-08 |
Twist2-driven chromatin remodeling governs the postnatal maturation of dermal fibroblasts
2022-05-17, Cell reports
IF:7.5Q1
DOI:10.1016/j.celrep.2022.110821
PMID:35584664
|
研究论文 | 本文揭示了Twist2驱动的染色质重塑在真皮成纤维细胞出生后成熟过程中的作用 | 首次阐明了Twist2在真皮成纤维细胞出生后成熟过程中的关键作用及其对再生能力的调控机制 | NA | 探讨真皮成纤维细胞出生后成熟过程中的内在细胞机制 | 真皮成纤维细胞的出生后成熟过程 | NA | NA | 单细胞转录组学、转座酶可及染色质测序（ATAC-seq）、染色质免疫沉淀测序（ChIP-seq） | NA | 基因组数据 | NA |
| 21149 | 2024-08-08 |
Temporal perturbation of histone deacetylase activity reveals a requirement for HDAC1-3 in mesendoderm cell differentiation
2022-05-17, Cell reports
IF:7.5Q1
DOI:10.1016/j.celrep.2022.110818
PMID:35584683
|
研究论文 | 研究评估了锌含HDACs在细胞分化过程中的染色质可及性和转录组动态，并结合化学扰动，以识别HDACs在mesendoderm细胞命运指定中的作用 | 通过单细胞RNA测序分析，揭示了HDAC1和-3与mesendoderm基因程序在退出多能性时的独特关联 | NA | 研究HDACs在mesendoderm细胞分化中的作用 | 人类多能干细胞（hPSC）和鼠类胚胎发育过程中的细胞分化 | NA | NA | 单细胞RNA测序 | NA | RNA | 涉及人类多能干细胞和鼠类胚胎的细胞样本 |
| 21150 | 2024-08-08 |
Liver Colonization by Colorectal Cancer Metastases Requires YAP-Controlled Plasticity at the Micrometastatic Stage
2022-05-16, Cancer research
IF:12.5Q1
DOI:10.1158/0008-5472.CAN-21-0933
PMID:35570706
|
研究论文 | 本文通过分析结直肠癌患者的肝脏标本和实时监测小鼠肝脏中的转移形成，揭示了微小转移灶缺乏癌症干细胞（CSC），而发展成明显转移灶的病变中出现了通过细胞可塑性产生的CSC | 首次揭示了在微小转移阶段，YAP调控的细胞可塑性对于结直肠癌肝转移的形成至关重要 | NA | 深入理解结直肠癌转移过程中的关键步骤，以改进转移的预防和治疗 | 结直肠癌的微小转移灶及其向明显转移灶的转变过程 | 数字病理学 | 结直肠癌 | 单细胞RNA测序 | NA | 组织样本 | 患者肝脏标本和小鼠肝脏 |
| 21151 | 2024-08-08 |
Myelodysplastic syndromes are multiclonal diseases derived from hematopoietic stem and progenitor cells
2022-May-16, Experimental hematology & oncology
IF:9.4Q1
DOI:10.1186/s40164-022-00280-3
PMID:35578364
|
研究论文 | 本研究通过单细胞RNA测序技术，分析了骨髓中CD34细胞和六个系细胞的基因突变，以确定骨髓增生异常综合征（MDS）的起源细胞 | 首次通过单细胞分析技术确定MDS的多克隆起源，并区分了克隆性造血（CH）突变和MDS特异性突变 | 研究样本仅包括健康供体和MDS患者，未涵盖其他相关疾病患者 | 确定骨髓增生异常综合征的起源细胞 | 骨髓增生异常综合征（MDS）的起源细胞 | 数字病理学 | 血液疾病 | 单细胞RNA测序 | NA | 基因数据 | 健康供体和MDS患者的骨髓中的CD34细胞和六个系细胞 |
| 21152 | 2024-08-08 |
Generation and clinical potential of functional T lymphocytes from gene-edited pluripotent stem cells
2022-May-14, Experimental hematology & oncology
IF:9.4Q1
DOI:10.1186/s40164-022-00285-y
PMID:35568954
|
研究论文 | 本文探讨了从基因编辑的多能干细胞生成功能性T淋巴细胞的方法及其在临床上的潜在应用 | 引入了三维人工胸腺类器官共培养系统和Runx1/Hoxa9增强的iT淋巴生成技术，以提高T细胞生成的效率 | 目前PSC-to-iT平台面临低效率的传统T细胞亚群指定、有限的功能潜力和大规模应用的限制 | 研究如何从多能干细胞生成精确工程化的治疗性诱导T细胞，并探索其在免疫防御和重建中的应用 | 基因编辑的多能干细胞及其衍生的功能性T细胞 | 细胞生物学 | NA | 基因编辑技术 | 三维人工胸腺类器官共培养系统 | 单细胞转录组数据 | NA |
| 21153 | 2024-08-08 |
BSDE: barycenter single-cell differential expression for case-control studies
2022-05-13, Bioinformatics (Oxford, England)
DOI:10.1093/bioinformatics/btac171
PMID:35561165
|
研究论文 | 本文提出了一种名为BSDE的非参数方法，用于在病例对照研究中识别差异表达基因（DEGs），通过使用最优运输来聚合分布并计算其距离，克服了标准混合效应建模方法的限制性参数假设 | BSDE方法通过最优运输技术，有效地聚合单细胞数据中的分布并计算其距离，从而在病例对照研究中准确识别差异表达基因 | NA | 开发一种新的方法来识别病例对照研究中的差异表达基因 | 单细胞测序数据中的差异表达基因 | 生物信息学 | NA | 单细胞测序 | 非参数方法 | 单细胞测序数据 | 1345和1568个细胞类型特异性差异表达基因分别从肺纤维化和多发性硬化数据集中识别 |
| 21154 | 2024-08-08 |
BFF and cellhashR: analysis tools for accurate demultiplexing of cell hashing data
2022-05-13, Bioinformatics (Oxford, England)
DOI:10.1093/bioinformatics/btac213
PMID:35561167
|
研究论文 | 本文介绍了Bimodal Flexible Fitting (BFF)去复用算法BFFcluster和BFFraw，以及一个名为cellhashR的R包，用于准确分类细胞哈希数据中的液滴。 | BFF算法基于条形码计数分布是双峰的唯一不可违背的假设，提供了一种新颖的去复用算法。cellhashR包集成了多种去复用算法，并提供了一键执行和比较的功能。 | NA | 提高细胞哈希方法中去复用算法的准确性，从而改善单细胞测序分析的质量。 | 单细胞测序中的细胞哈希数据去复用算法。 | 生物信息学 | NA | 单细胞测序 | BFF算法 | 细胞哈希数据 | 使用两个特征明确的参考数据集进行验证。 |
| 21155 | 2024-08-08 |
findPC: An R package to automatically select the number of principal components in single-cell analysis
2022-05-13, Bioinformatics (Oxford, England)
DOI:10.1093/bioinformatics/btac235
PMID:35561205
|
研究论文 | 本文介绍了一个名为findPC的R包，用于自动选择单细胞分析中的主成分数量 | 开发了六种基于肘部方法的自动选择主成分数量的方法，并在实际单细胞RNA测序数据中评估了这些方法的性能 | 肘部方法需要人工视觉检查肘部图并手动选择肘部点 | 解决在单细胞分析中自动选择主成分数量的难题 | 单细胞RNA测序数据 | 生物信息学 | NA | 主成分分析 | NA | 数据 | 涉及多个人和鼠组织及细胞类型的单细胞RNA测序数据 |
| 21156 | 2024-08-08 |
Non-negative Independent Factor Analysis disentangles discrete and continuous sources of variation in scRNA-seq data
2022-05-13, Bioinformatics (Oxford, England)
DOI:10.1093/bioinformatics/btac136
PMID:35561207
|
研究论文 | 本文介绍了一种新的概率性单细胞因子分析模型——非负独立因子分析（NIFA），该模型在一个单一的建模框架中整合了不同的可解释性诱导假设 | NIFA模型能够同时建模单峰和多峰潜在因子，从而将离散的细胞类型身份和连续的通路活性分离到不同的组件中 | NA | 旨在提高单细胞RNA测序数据分析中的生物学可解释性 | 单细胞RNA测序数据中的离散和连续变异源 | 生物信息学 | NA | 单细胞RNA测序 | 非负独立因子分析（NIFA） | 单细胞RNA测序数据 | 涉及多个数据集，具体样本数量未详细说明 |
| 21157 | 2024-08-08 |
Nuclear oligo hashing improves differential analysis of single-cell RNA-seq
2022-05-13, Nature communications
IF:14.7Q1
DOI:10.1038/s41467-022-30309-4
PMID:35562344
|
研究论文 | 本文介绍了一种简单且成本效益高的方法，通过固定合成单链DNA寡核苷酸梯度到每个细胞的RNA-seq文库中，来改善单细胞RNA测序中的转录本计数归一化和减去技术变异性，从而提高差异表达分析的准确性。 | 提出了一种新的方法——核寡核苷酸哈希法，用于改善单细胞RNA测序中的差异表达分析，该方法通过固定合成单链DNA寡核苷酸梯度到每个细胞的RNA-seq文库中，有效地归一化转录本计数并减去技术变异性。 | NA | 改善单细胞RNA测序中的差异表达分析，探索化学扰动对基因调控的影响。 | 单细胞RNA测序数据，化学扰动对基因调控的影响。 | 基因组学 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | RNA序列 | 未具体说明样本数量 |
| 21158 | 2024-08-08 |
Single-cell landscape of immunocytes in patients with extrahepatic cholangiocarcinoma
2022-05-13, Journal of translational medicine
IF:6.1Q1
DOI:10.1186/s12967-022-03424-5
PMID:35562760
|
研究论文 | 本研究利用单细胞RNA测序技术深入分析了外周胆管癌患者肿瘤组织、瘤旁组织和外周血中的免疫细胞，揭示了肿瘤微环境中免疫细胞的组成和潜在的细胞间相互作用 | 首次详细描述了外周胆管癌中罕见的免疫细胞亚群，如“中间”耗竭的CD8+ T细胞和“非经典”浆细胞，并识别了潜在的免疫治疗靶点 | NA | 揭示外周胆管癌肿瘤微环境中免疫细胞的组成和潜在的细胞间相互作用，为外周胆管癌的免疫学研究和免疫治疗提供新视角 | 外周胆管癌患者的肿瘤组织、瘤旁组织和外周血中的免疫细胞 | 数字病理学 | 胆管癌 | 单细胞RNA测序 | NA | RNA | 13526个细胞 |
| 21159 | 2024-08-08 |
Identifying potential regulators of JAGGED1 expression in portal mesenchymal cells
2022-May-13, BMC research notes
IF:1.6Q2
DOI:10.1186/s13104-022-06058-4
PMID:35562782
|
研究论文 | 本研究通过综合生物信息学方法，探索了JAGGED1在门脉间充质细胞中的上游调控转录因子 | 首次预测并验证了SLUG、SOX2和EGR1作为JAGGED1的上游转录因子，并强调了SLUG在调控JAGGED1表达中的重要性 | NA | 揭示JAGGED1表达的分子机制及其在肝脏发育中的作用 | 门脉间充质细胞中的JAGGED1表达调控因子 | NA | NA | 生物信息学方法 | NA | 单细胞RNA测序数据 | 两个先前报道的人类胎儿肝脏单细胞RNA-seq数据集 |
| 21160 | 2024-08-08 |
Defining the Skeletal Myogenic Lineage in Human Pluripotent Stem Cell-Derived Teratomas
2022-05-09, Cells
IF:5.1Q2
DOI:10.3390/cells11091589
PMID:35563894
|
研究论文 | 本文研究了从人类多能干细胞衍生的畸胎瘤中定义骨骼肌祖细胞系的过程 | 首次展示了畸胎瘤形成能够从人类多能干细胞中产生骨骼肌祖细胞，并发现了ERBB3和CD82作为有效的表面标记物用于分离骨骼肌祖细胞系 | NA | 探索从人类多能干细胞衍生的畸胎瘤中获取骨骼肌祖细胞的方法 | 人类多能干细胞衍生的畸胎瘤中的骨骼肌祖细胞 | 干细胞生物学 | 骨骼疾病 | 单细胞转录组学 | NA | 转录组数据 | 多个不同的骨骼肌祖细胞亚群 |