本数据库通过收集和整理最新科研文献信息而得,供了解领域前沿进展之用。数据源自 PubMed Data ,每日自动更新(使用关键词“['single-cell sequencing', 'single-cell RNA sequencing', 'single-cell transcriptomics', 'single-cell RNA-seq', 'single-cell transcriptome', 'scRNA-seq', 'spatial transcriptomics']”过滤),已收录文献数量参见 统计表格。表格内容由 GPT 自动整理,可能存在错误或遗漏,请使用时务必注意核实!
如有建议或合作意向,欢迎联系 linlin.yan(AT)bioinfo.app 或 微信 yanlinlin82。本项目遵循 MIT 许可 发布,欢迎下载 源码 自行修改使用。如觉得不错,还请不吝 给我打赏,你的支持是我继续创新的重要动力!


除通过在线浏览外,为方便用户离线查阅,本站也提供 付费下载(定价19.9元)。之所以考虑收费,是因为批量扫描这些文献并整理也是有一定成本的,还请理解并多多支持。本站数据会持续更新,而仅需一次付费,未来就可以随时重新下载到最新版本数据。
| 序号 | 推送日期 | 文章 | 类型 | 简述 | 创新点 | 不足 | 研究目的 | 研究对象 | 领域 | 病种 | 技术 | 模型 | 数据类型 | 样本量 | 平台公司 | 平台技术 | 具体产品 | 平台详情 | 
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 21061 | 2024-08-07 | 
         Large-scale reconstruction of cell lineages using single-cell readout of transcriptomes and CRISPR-Cas9 barcodes by scGESTALT 
        
          2018-Nov, Nature protocols
          
          IF:13.1Q1
          
         
        
          DOI:10.1038/s41596-018-0058-x
          PMID:30353175
         
       | 
      
      研究论文 | 本文介绍了一种名为scGESTALT的方法,该方法结合CRISPR-Cas9的累积编辑和基于液滴的单细胞RNA测序,用于大规模重建细胞系谱关系。 | scGESTALT技术通过在多个时间点使用Cas9和单导向RNA(sgRNAs)进行编辑,生成条形码阵列的编辑,从而与类似的Cas9系谱追踪方法区分开来。 | 生成转基因线需要6个月,进行条形码编辑和生成单细胞文库需要7天的手动操作时间。 | 提供一个可扩展的平台,用于在任何允许发育、再生或疾病期间进行基因组编辑的系统中映射细胞类型之间的系谱关系。 | 重建发育过程中产生的大量异质细胞类型的系谱关系。 | 基因组学 | NA | CRISPR-Cas9, 单细胞RNA测序(scRNA-seq) | NA | 转录组 | 数千个细胞转录组和记录的系谱 | NA | NA | NA | NA | 
| 21062 | 2024-08-07 | 
         On the design of CRISPR-based single-cell molecular screens 
        
          2018-Apr, Nature methods
          
          IF:36.1Q1
          
         
        
          DOI:10.1038/nmeth.4604
          PMID:29457792
         
       | 
      
      研究论文 | 本文探讨了基于CRISPR的单细胞分子筛选设计,特别是优化了CROP-seq方法,提高了引导RNA分配给细胞的效率 | 提出了CROP-seq方法的优化,使得引导RNA分配给细胞的效率提高到94% | NA | 优化基于CRISPR的单细胞分子筛选设计 | CRISPR引导RNA与单细胞RNA测序的结合 | NA | NA | CRISPR, 单细胞RNA测序 | NA | RNA | NA | NA | NA | NA | NA | 
| 21063 | 2024-08-05 | 
         Integrative analysis reveals chemokines CCL2 and CXCL5 mediated shear stress-induced aortic dissection formation 
        
          2024-Jan-15, Heliyon
          
          IF:3.4Q1
          
         
        
          DOI:10.1016/j.heliyon.2023.e23312
          PMID:38163105
         
       | 
      
      研究论文 | 本研究通过定量生物信息学分析探讨了与剪切应力相关的主动脉夹层形成中的关键分子 | 通过整合分析确定了与剪切应力相关的核心AD差异基因及其潜在治疗剂 | 本研究未能完全阐明剪切应力对主动脉夹层的所有影响机制 | 探讨剪切应力诱导的主动脉夹层形成过程中关键分子的作用 | 主要研究与剪切应力诱导的主动脉夹层相关的化学因子和基因 | 心血管疾病 | 主动脉夹层 | RNA测序 | 无具体模型类型提及 | 基因表达数据 | 分析三个数据集的临床样本及公共RNA测序数据库,共计367个基因 | NA | NA | NA | NA | 
| 21064 | 2024-08-05 | 
         Enhancing Spatial Transcriptomics Analysis by Integrating Image-Aware Deep Learning Methods 
        
          2024, Pacific Symposium on Biocomputing. Pacific Symposium on Biocomputing
          
         
        
          
          PMID:38160299
         
       | 
      
      研究论文 | 本文章提出了一种新方法,通过整合空间转录组学和组织病理图像数据,以捕捉患者数据中的生物学意义模式 | 整合空间转录组学与组织病理图像数据的新方法,强调了图像感知深度学习在肿瘤分析中的应用 | 没有提到具体的局限性 | 研究如何使用深度学习技术更好地分析空间转录组学数据 | 针对高度侵袭性的癌症类型,如胶质母细胞瘤和三阴性乳腺癌 | 数字病理学 | 胶质母细胞瘤,三阴性乳腺癌 | 深度学习 | ResNet | 图像,基因表达数据 | 未提及样本量 | NA | NA | NA | NA | 
| 21065 | 2024-08-07 | 
         Single-Cell Atlas of Neonatal Mouse Hearts Reveals an Unexpected Cardiomyocyte 
        
          2023-12-05, Journal of the American Heart Association
          
          IF:5.0Q1
          
         
        
          DOI:10.1161/JAHA.122.028287
          PMID:38014657
         
       | 
      
      研究论文 | 本文通过设计新生小鼠心脏细胞的分离程序,提供了出生后四个不同阶段心脏细胞的单细胞分辨率详细图谱 | 本文发现了意外的红细胞样心肌细胞-终末期心肌细胞,并提供了心肌细胞与其他心脏细胞之间全面相互作用的初步蓝图 | NA | 研究心肌细胞的异质性并提供在不同生理条件和疾病中的参考 | 新生小鼠心脏的心肌细胞 | 数字病理学 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | 细胞图谱 | 10,000个心肌细胞 | NA | NA | NA | NA | 
| 21066 | 2024-08-05 | 
         Unveiling Hypothalamic Molecular Signatures via Retrograde Viral Tracing and Single-Cell Transcriptomics 
        
          2023-12-04, Scientific data
          
          IF:5.8Q1
          
         
        
          DOI:10.1038/s41597-023-02789-6
          PMID:38049462
         
       | 
      
      研究论文 | 本研究通过逆行病毒追踪和单细胞转录组学揭示了下丘脑分子的特征 | 本研究创新地结合了多样化数据集进行验证,提供了更细致的下丘脑细胞类型多样性 | 本研究的局限性未在摘要中提及 | 深入理解下丘脑神经回路及其分子身份 | 来自CRH-IRES-Cre小鼠的1,533个下丘脑细胞 | 数字病理学 | NA | 单核RNA测序(snRNA-seq) | NA | 细胞转录组数据 | 1,533个来自CRH-IRES-Cre小鼠的细胞 | NA | NA | NA | NA | 
| 21067 | 2024-08-05 | 
         CD133+ endothelial-like stem cells restore neovascularization and promote longevity in progeroid and naturally aged mice 
        
          2023-Nov, Nature aging
          
          IF:17.0Q1
          
         
        
          DOI:10.1038/s43587-023-00512-z
          PMID:37946040
         
       | 
      
      研究论文 | 这篇文章研究了CD133+内皮样干细胞如何恢复新生血管形成并促进前老化和自然衰老小鼠的寿命 | 首次识别出CD133骨髓源性内皮样细胞作为潜在内皮祖细胞,并阐明其在衰老小鼠中新生血管形成和寿命延长的机制 | 缺乏在人体研究中的验证,或对临床应用的直接影响未进行评估 | 探讨干细胞在衰老和组织退化中的作用,并提出基于干细胞的治疗策略 | 使用前老化和自然衰老的小鼠作为研究对象 | 数字病理学 | 老年病 | 单细胞转录组学 | NA | 生物样本 | 包含前老化和自然衰老小鼠 | NA | NA | NA | NA | 
| 21068 | 2024-08-05 | 
         Spatiotemporal molecular dynamics of the developing human thalamus 
        
          2023-10-13, Science (New York, N.Y.)
          
         
        
          DOI:10.1126/science.adf9941
          PMID:37824646
         
       | 
      
      研究论文 | 本研究探讨了人类丘脑发育过程中分子动态的时空特征 | 首次使用单细胞和多重空间转录组技术描绘人类丘脑神经元的分子轨迹 | 尚未深入了解丘脑发育的分子架构 | 阐明人类正在发育的丘脑中细胞命运特征和组织的分子轨迹 | 人类发育中的丘脑神经元及其分子特征 | 数字病理学 | NA | 单细胞空间转录组 | NA | 转录组数据 | NA | NA | NA | NA | NA | 
| 21069 | 2024-08-05 | 
         Identification of efferocytosis-related subtypes in gliomas and elucidating their characteristics and clinical significance 
        
          2023, Frontiers in cell and developmental biology
          
          IF:4.6Q1
          
         
        
          DOI:10.3389/fcell.2023.1295891
          PMID:38161335
         
       | 
      
      研究论文 | 本研究识别了胶质瘤中的吞噬凋亡相关亚型,并探讨了其特征和临床意义 | 首次通过分析137个与吞噬凋亡相关的基因,建立了与吞噬凋亡相关的胶质瘤亚型分类,并探讨了其在免疫环境、细胞间通信和代谢过程中的特征 | 未提及特定实验设计或样本选择的限制 | 探讨胶质瘤中吞噬凋亡相关亚型的特征和临床意义 | 胶质瘤中的吞噬凋亡相关亚型及其相关特征 | 数字病理学 | NA | RNA-seq | NMF算法 | 基因表型数据 | NA | NA | NA | NA | NA | 
| 21070 | 2024-08-07 | 
         Single-cell RNA landscape of osteoimmune microenvironment in osteoporotic vertebral compression fracture and Kümmell's disease 
        
          2023, Frontiers in cell and developmental biology
          
          IF:4.6Q1
          
         
        
          DOI:10.3389/fcell.2023.1276098
          PMID:38161331
         
       | 
      
      研究论文 | 本研究利用单细胞RNA测序技术分析了骨质疏松性椎体压缩骨折和Kümmell病在骨免疫微环境中的细胞组成和相互作用 | 首次在单细胞水平上揭示了骨质疏松性椎体压缩骨折和Kümmell病在骨免疫微环境中的分子途径、细胞群组成和细胞间相互作用的差异 | NA | 探讨骨质疏松性椎体压缩骨折和Kümmell病在骨免疫微环境中的细胞组成和相互作用 | 骨质疏松性椎体压缩骨折和Kümmell病 | 数字病理学 | 骨质疏松症 | 单细胞RNA测序 | NA | 单细胞转录组数据 | 8741个单细胞 | NA | NA | NA | NA | 
| 21071 | 2024-08-07 | 
         APOL1 Induces Pyroptosis of Fibroblasts Through NLRP3/Caspase-1/GSDMD Signaling Pathway in Ulcerative Colitis 
        
          2023, Journal of inflammation research
          
          IF:4.2Q2
          
         
        
          DOI:10.2147/JIR.S437875
          PMID:38161356
         
       | 
      
      研究论文 | 本研究探讨了APOL1通过NLRP3/Caspase-1/GSDMD信号通路诱导纤维母细胞焦亡在溃疡性结肠炎中的作用 | 首次揭示了APOL1通过NLRP3-Caspase1-GSDMD信号通路诱导纤维母细胞焦亡,并促进趋化因子CXCL1的释放,这一发现有助于理解溃疡性结肠炎的发病机制 | NA | 研究APOL1在溃疡性结肠炎中诱导纤维母细胞焦亡的作用及其分子机制 | 溃疡性结肠炎中的纤维母细胞 | NA | 溃疡性结肠炎 | 生物信息学分析、免疫组织化学、免疫荧光、Western blot | NA | 基因表达数据、单细胞RNA测序数据 | 使用了来自Gene Expression Omnibus (GEO)数据库的GSE193677和GSE231993数据集 | NA | NA | NA | NA | 
| 21072 | 2024-08-07 | 
         Urinary PART1 and PLA2R1 Could Potentially Serve as Diagnostic Markers for Diabetic Kidney Disease Patients 
        
          2023, Diabetes, metabolic syndrome and obesity : targets and therapy
          
         
        
          DOI:10.2147/DMSO.S445341
          PMID:38162802
         
       | 
      
      研究论文 | 本研究通过bulk-seq、scRNA-seq和snRNA-seq数据分析,识别出与糖尿病肾病相关的尿液-肾脏特异性基因,特别是PART1和PLA2R1,这些基因可能作为早期诊断糖尿病肾病的标志物 | 首次识别出尿液中的PART1和PLA2R1作为糖尿病肾病的潜在诊断标志物,并探讨了它们与肾脏损伤和蛋白尿的关系 | 研究样本量较小,且仅包括糖尿病肾病患者和健康对照组,未来研究需扩大样本量并考虑更多疾病阶段的患者 | 探索糖尿病肾病的非侵入性诊断方法,特别是早期诊断 | 糖尿病肾病患者和健康对照组的尿液样本 | NA | 糖尿病肾病 | bulk-seq, scRNA-seq, snRNA-seq | NA | 尿液样本 | 56个尿液样本,包括11个来自糖尿病肾病患者和11个来自健康对照组 | NA | NA | NA | NA | 
| 21073 | 2024-08-07 | 
         Single-cell analyses EMP1 as a marker of the ratio of M1/M2 macrophages is associated with EMT, immune infiltration, and prognosis in bladder cancer 
        
          2023, Bladder (San Francisco, Calif.)
          
         
        
          DOI:10.14440/bladder.2023.852
          PMID:38163006
         
       | 
      
      研究论文 | 本研究探讨了单细胞分析中EMP1作为M1/M2巨噬细胞比例的标志物与膀胱癌的EMT、免疫浸润及预后的关联 | 首次研究了M1和M2巨噬细胞联合作用在膀胱癌发展、生长、进展和转移中的意义,并识别了EMP1作为关键基因 | 研究样本量较小,仅涉及32名患者 | 探究EMP1在膀胱癌中的作用及其作为预后标志物的潜力 | 膀胱癌中的M1/M2巨噬细胞比例及EMP1基因 | 数字病理学 | 膀胱癌 | Cibersortx算法、流式细胞术、Gene Set Enrichment Analysis (GSEA)、Gene Set Variation Analysis (GSVA)、Gene Ontology (GO)、单细胞转录组分析(scRNA-seq)、Cellchat | NA | 基因表达数据 | 32名膀胱癌患者 | NA | NA | NA | NA | 
| 21074 | 2024-08-07 | 
         Deciphering the Divergent Gene Expression Landscapes of m6A/m5C/m1A Methylation Regulators in Hepatocellular Carcinoma Through Single-Cell and Bulk RNA Transcriptomic Analysis 
        
          2023, Journal of hepatocellular carcinoma
          
          IF:4.2Q2
          
         
        
          DOI:10.2147/JHC.S448047
          PMID:38164510
         
       | 
      
      研究论文 | 本研究通过单细胞和批量RNA转录组分析,探索了m6A/m5C/m1A甲基化调控基因在肝细胞癌中的表达差异 | 本研究首次在单细胞水平上探索了m6A/m5C/m1A甲基化调控基因的表达,并验证了其在癌组织和邻近非癌肝组织中的表达 | 本研究仅分析了m6A/m5C/m1A甲基化调控基因的表达差异,未深入探讨其具体功能和机制 | 探索m6A/m5C/m1A甲基化调控基因在肝细胞癌中的表达差异 | m6A/m5C/m1A甲基化调控基因在肝细胞癌中的表达 | 数字病理学 | 肝细胞癌 | 单细胞RNA测序 | NA | RNA | 收集了成人肝细胞癌患者的癌组织和邻近非癌肝组织样本 | NA | NA | NA | NA | 
| 21075 | 2024-08-07 | 
         Titration of 124 antibodies using CITE-Seq on human PBMCs 
        
          2022-12-02, Scientific reports
          
          IF:3.8Q1
          
         
        
          DOI:10.1038/s41598-022-24371-7
          PMID:36460735
         
       | 
      
      研究论文 | 研究使用CITE-Seq技术在人外周血单个核细胞(PBMCs)上滴定124种抗体的最佳浓度 | 首次系统地评估了188种CITE-Seq抗体在PBMCs上的检测能力,并找到了最佳的染色浓度 | 研究仅限于人外周血单个核细胞,未涉及其他细胞类型 | 确定哪些CITE-Seq抗体能在PBMCs上检测到其抗原,并找到最佳的染色浓度 | 188种CITE-Seq抗体及其在PBMCs上的检测能力 | 单细胞测序 | NA | CITE-Seq | NA | 单细胞RNA测序数据 | 人外周血单个核细胞(PBMCs) | NA | NA | NA | NA | 
| 21076 | 2024-08-07 | 
         Single-cell transcriptomes and T cell receptors of vaccine-expanded apolipoprotein B-specific T cells 
        
          2022, Frontiers in cardiovascular medicine
          
          IF:2.8Q2
          
         
        
          DOI:10.3389/fcvm.2022.1076808
          PMID:36684560
         
       | 
      
      研究论文 | 本研究通过单细胞RNA测序分析了接种ApoB肽P6疫苗的小鼠中ApoB特异性T细胞的转录组和T细胞受体 | 首次深入表征了疫苗扩增的ApoB特异性T细胞,并揭示了T细胞受体与ApoB肽P6:MHC-II相互作用的特异性 | 研究仅限于C57BL/6J小鼠模型,尚未在人类中进行验证 | 探究疫苗接种对ApoB表位的诱导反应 | ApoB特异性T细胞的单细胞转录组和T细胞受体 | 数字病理学 | 心血管疾病 | 单细胞RNA测序 | NA | 转录组数据 | C57BL/6J小鼠接种ApoB肽P6疫苗后的T细胞 | NA | NA | NA | NA | 
| 21077 | 2024-08-05 | 
         Single-cell transcriptomics reveals the pulmonary inflammation induced by inhalation of subway fine particles 
        
          2024-02-05, Journal of hazardous materials
          
          IF:12.2Q1
          
         
        
          DOI:10.1016/j.jhazmat.2023.132896
          PMID:37951166
         
       | 
      
      研究论文 | 本研究揭示了地铁细颗粒物如何引起肺部炎症。 | 首次实验研究地铁PM引起的肺部炎症损伤 | 研究主要在小鼠模型中进行,可能不完全适用于人类 | 探索地铁细颗粒物对肺部炎症的影响及其机制 | 小鼠及其免疫细胞亚群 | 数字病理学 | 肺癌 | 单细胞RNA测序 | NA | 组织样本和生物液体 | 小鼠样本,具体数量未提及 | NA | NA | NA | NA | 
| 21078 | 2024-08-07 | 
         Isolation and functional identification of immune cells in hemolymph of blood clams Tegillarca granosa 
        
          2024-Jan, Fish & shellfish immunology
          
          IF:4.1Q1
          
         
        
          DOI:10.1016/j.fsi.2023.109320
          PMID:38122950
         
       | 
      
      研究论文 | 本研究通过单细胞转录组测序技术,对血蛤Tegillarca granosa的血液细胞进行了分子层面的分类和功能鉴定 | 首次报道了血蛤Tegillarca granosa免疫细胞的分离和鉴定,为理解其免疫防御机制提供了新视角 | NA | 旨在深入研究红血软体动物的先天免疫系统 | 血蛤Tegillarca granosa的免疫细胞 | NA | NA | 单细胞转录组测序(scRNA-seq) | NA | 转录组数据 | 具体样本数量未在摘要中提及 | NA | NA | NA | NA | 
| 21079 | 2024-08-07 | 
         Convergent differentiation of multiciliated cells 
        
          2023-12-27, Scientific reports
          
          IF:3.8Q1
          
         
        
          DOI:10.1038/s41598-023-50077-5
          PMID:38155158
         
       | 
      
      研究论文 | 研究通过跨物种数据整合分析了人类和小鼠的鼻上皮细胞、支气管、输卵管和室下区室管膜细胞的单细胞转录组数据,探讨了多纤毛细胞(MCCs)在不同组织中的相似性和差异性 | 研究确认了MCCs在最终分化步骤中具有收敛的基因集表达,为理解发育过程中的纤毛生成提供了新的见解 | NA | 理解多纤毛细胞在多个组织中的相似性和差异性 | 多纤毛细胞在不同组织中的分化过程 | NA | NA | 单细胞转录组测序 | NA | 转录组数据 | 人类和小鼠的鼻上皮细胞、支气管、输卵管和室下区室管膜细胞 | NA | NA | NA | NA | 
| 21080 | 2024-08-07 | 
         Host CD34+ cells are replacing donor endothelium of transplanted heart 
        
          2023-12, The Journal of heart and lung transplantation : the official publication of the International Society for Heart Transplantation
          
         
        
          DOI:10.1016/j.healun.2023.08.015
          PMID:37634574
         
       | 
      
      研究论文 | 本研究通过单细胞RNA测序和诱导性谱系追踪小鼠模型,探讨了心脏移植后供体内皮细胞被宿主CD34+细胞替代的机制 | 首次通过单细胞RNA测序和谱系追踪技术,揭示了宿主CD34+细胞在心脏移植后替代供体内皮细胞的详细过程和机制 | 研究主要基于小鼠模型,其结果在人类心脏移植中的适用性需要进一步验证 | 探讨心脏移植后内皮细胞再生的来源及其机制 | 心脏移植后的内皮细胞再生和宿主CD34+细胞的作用 | 数字病理学 | 心血管疾病 | 单细胞RNA测序 | NA | RNA序列 | 小鼠模型 | NA | NA | NA | NA |