单细胞与空转测序相关文章
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当前共找到 27967 篇文献，本页显示第 21041 - 21060 篇。
| 序号 | 推送日期 | 文章 | 类型 | 简述 | 创新点 | 不足 | 研究目的 | 研究对象 | 领域 | 病种 | 技术 | 模型 | 数据类型 | 样本量 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 21041 | 2024-08-08 |
Hijacking of transcriptional condensates by endogenous retroviruses
2022-08, Nature genetics
IF:31.7Q1
DOI:10.1038/s41588-022-01132-w
PMID:35864192
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研究论文 | 研究报告了TRIM28蛋白的快速选择性降解触发转录凝聚体从超级增强子驱动的多能性基因位点解离，并与转录的ERV位点结合，影响小鼠胚胎干细胞的发育。 | 首次揭示了内源性逆转录病毒RNA在TRIM28降解后对转录凝聚体的劫持作用，以及这种作用对多能性细胞谱系的影响。 | 研究主要集中在小鼠胚胎干细胞中，可能需要进一步研究在其他物种或细胞类型中的普遍性。 | 探讨内源性逆转录病毒在早期发育中导致致命性的原因及其对转录凝聚体的劫持机制。 | 小鼠胚胎干细胞中的TRIM28蛋白、ERV RNA及转录凝聚体。 | 分子生物学 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | RNA | TRIM28敲除的小鼠胚胎 |
| 21042 | 2024-08-08 |
Directed evolution of adeno-associated virus for efficient gene delivery to microglia
2022-08, Nature methods
IF:36.1Q1
DOI:10.1038/s41592-022-01547-7
PMID:35879607
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研究论文 | 本文报道了通过定向进化腺相关病毒（AAV）衣壳蛋白，发现能够高效介导体外和体内小胶质细胞转导的AAV变体 | 通过定向进化AAV衣壳蛋白，成功开发出能够高效向小胶质细胞传递遗传物质的新型AAV变体 | NA | 开发有效且安全的转基因传递载体，以促进小胶质细胞生物学及其相关疾病机制的研究 | 小胶质细胞 | 基因传递 | 中枢神经系统疾病 | 定向进化 | NA | RNA测序 | NA |
| 21043 | 2024-08-08 |
Systematic study of single-cell isolation from musculoskeletal tissues for single-sell sequencing
2022-Jul-26, BMC molecular and cell biology
IF:2.4Q4
DOI:10.1186/s12860-022-00429-2
PMID:35883033
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研究论文 | 本研究设计了一种快速循环酶处理方法，使用组织特异性酶混合物处理不同的人病理肌肉骨骼组织，以快速高效地制备合格的单细胞悬液用于单细胞RNA测序 | 采用快速循环酶处理方法，显著提高了细胞活力，与传统的长时间连续消化组相比，细胞活力显著增加 | 未能从关节软骨中获得合格样本，由于细胞活力低和细胞聚集物及双胞胎过多 | 旨在为从人类肌肉骨骼组织制备单细胞悬液提供全面的协议，并保证细胞异质性，这对于单细胞RNA测序数据分析至关重要 | 人类病理肌肉骨骼组织，包括退化的髓核、骨化的后纵韧带和患有骨关节炎的膝关节关节软骨 | 数字病理学 | 骨关节炎 | 单细胞RNA测序 | NA | 单细胞悬液 | 包括退化的髓核、骨化的后纵韧带和患有骨关节炎的膝关节关节软骨 |
| 21044 | 2024-08-08 |
Single-cell transcriptome atlas of the human corpus cavernosum
2022-07-25, Nature communications
IF:14.7Q1
DOI:10.1038/s41467-022-31950-9
PMID:35879305
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研究论文 | 本文通过单细胞转录组测序技术，分析了正常勃起和有机勃起功能障碍患者的阴茎海绵体细胞异质性和信号网络 | 首次对人类阴茎海绵体的单细胞转录组进行了大规模分析，揭示了海绵体纤维母细胞在旁分泌信号网络中的中心作用 | 研究样本数量有限，且仅包括男性患者 | 探究阴茎海绵体的细胞异质性和分子层面的信号网络，为勃起功能障碍的治疗提供参考 | 阴茎海绵体的细胞类型和信号通路 | 数字病理学 | 勃起功能障碍 | 单细胞转录组测序 | NA | 转录组数据 | 64,993个单细胞转录组，来自3名正常勃起和5名有机勃起功能障碍患者 |
| 21045 | 2024-08-08 |
Cell landscape of larval and adult Xenopus laevis at single-cell resolution
2022-07-25, Nature communications
IF:14.7Q1
DOI:10.1038/s41467-022-31949-2
PMID:35879314
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研究论文 | 本研究构建了首个Xenopus laevis（非洲爪蟾）的细胞图谱，包括幼体和成体器官，并分析了其中的细胞异质性 | 首次构建了Xenopus laevis的细胞图谱，并发现了跨物种的细胞系特异性转录因子以及变态过程中的共同调控机制 | NA | 揭示Xenopus laevis的细胞异质性及其在变态过程中的调控机制 | Xenopus laevis的幼体和成体器官细胞 | 数字病理学 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | 转录组数据 | 包括幼体和成体器官的大规模样本 |
| 21046 | 2024-08-08 |
Single-cell RNA-seq of primary bone marrow neutrophils from female and male adult mice
2022-07-23, Scientific data
IF:5.8Q1
DOI:10.1038/s41597-022-01544-7
PMID:35871169
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研究论文 | 本文通过单细胞RNA测序技术研究了成年雌性和雄性小鼠骨髓中性粒细胞的转录组差异 | 首次生成了成年雌性和雄性小鼠骨髓中性粒细胞的单细胞RNA测序数据集，揭示了中性粒细胞亚群的性别相关标记差异表达 | 由于中性粒细胞RNA含量极低，单细胞测序技术上存在挑战 | 研究中性粒细胞在单细胞分辨率下的生物学意义及其性别二态性 | 成年雌性和雄性小鼠骨髓中性粒细胞 | NA | NA | 单细胞RNA测序 | NA | RNA | 成年雌性和雄性小鼠骨髓中性粒细胞 |
| 21047 | 2024-08-08 |
Construction of the axolotl cell landscape using combinatorial hybridization sequencing at single-cell resolution
2022-07-22, Nature communications
IF:14.7Q1
DOI:10.1038/s41467-022-31879-z
PMID:35869072
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研究论文 | 本文开发了一种基于组合杂交的单细胞测序方法，构建了墨西哥蝾螈（Ambystoma mexicanum）的组织特异性转录组图谱，并比较了变态前后蝾螈组织的单细胞转录组，揭示了非免疫实质细胞在不同组织中的异质性及其调控网络。 | 首次构建了成年蝾螈的细胞图谱，并描述了变态过程中动态的基因表达模式。 | NA | 探索蝾螈的分子身份，并促进对变态过程的更好理解。 | 墨西哥蝾螈的变态前后的组织细胞。 | 数字病理学 | NA | 单细胞测序 | NA | 转录组数据 | 超过100万个单细胞，涉及19种组织 |
| 21048 | 2024-08-08 |
Single-cell RNA sequencing reveals the potential mechanism of heterogeneity of immunomodulatory properties of foreskin and umbilical cord mesenchymal stromal cells
2022-Jul-22, Cell & bioscience
DOI:10.1186/s13578-022-00848-w
PMID:35869528
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研究论文 | 本研究通过单细胞RNA测序揭示了包皮和脐带间充质干细胞免疫调节特性异质性的潜在机制 | 首次通过单细胞RNA测序技术揭示了免疫MSC在免疫调节异质性中的重要作用 | 研究仅限于体外实验，尚未在体内环境中验证结果 | 探究不同来源间充质干细胞免疫调节功能的异质性及其潜在机制 | 包皮间充质干细胞（FSMSCs）和人类脐带间充质干细胞（HuMSCs） | 细胞生物学 | NA | 单细胞RNA测序（scRNA-seq） | NA | RNA | FSMSCs和HuMSCs的多个细胞亚群 |
| 21049 | 2024-08-08 |
The role of microglial/macrophagic salt-inducible kinase 3 on normal and excessive phagocytosis after transient focal cerebral ischemia
2022-Jul-21, Cellular and molecular life sciences : CMLS
IF:6.2Q1
DOI:10.1007/s00018-022-04465-1
PMID:35864266
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研究论文 | 本研究通过创建转基因的tamoxifen诱导的Mi/MΦ特异性SIK3条件性敲除（SIK3-cKO）小鼠，探讨了SIK3在短暂性脑缺血（tFCI）诱导的吞噬功能中的作用。 | 首次揭示了SIK3在中枢神经系统疾病中对Mi/MΦ吞噬作用的影响，并发现促进Mi/MΦ的抗炎异质化可以抑制活细胞的“过度吞噬”并促进凋亡细胞的“正常吞噬”。 | NA | 探讨SIK3在中枢神经系统疾病中对Mi/MΦ吞噬功能的影响及其潜在机制。 | Mi/MΦ特异性SIK3条件性敲除（SIK3-cKO）小鼠及其在短暂性脑缺血（tFCI）后的吞噬功能。 | 神经科学 | 脑血管疾病 | 单细胞RNA测序 | NA | RNA | NA |
| 21050 | 2024-08-08 |
SnapShot: Spatial transcriptomics
2022-07-21, Cell
IF:45.5Q1
DOI:10.1016/j.cell.2022.06.002
PMID:35868280
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research paper | 本文介绍了利用RNA测序原理的空间转录组学方法，这些方法有助于解析组织的分子景观，并通过与组织形态学的结合，实现对细胞形态和转录过程在时间和空间上的健康与疾病状态的分析。 | NA | NA | 解析组织的分子景观，并结合组织形态学进行细胞形态和转录过程的分析。 | 空间转录组学方法及其在健康与疾病状态下的应用。 | digital pathology | NA | RNA sequencing | NA | sequencing data | NA |
| 21051 | 2024-08-08 |
Identification and Characterization of Cancer-Associated Fibroblast Subpopulations in Lung Adenocarcinoma
2022-Jul-18, Cancers
IF:4.5Q1
DOI:10.3390/cancers14143486
PMID:35884546
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研究论文 | 本研究通过单细胞RNA测序和生物信息学分析，鉴定并描述了人肺腺癌中癌症相关成纤维细胞（CAFs）的亚群及其转录组和功能特征 | 本研究首次通过单细胞RNA测序技术鉴定了肺腺癌中CAFs的多个亚群，并描述了它们的功能特征 | NA | 鉴定并描述肺腺癌中癌症相关成纤维细胞的亚群及其转录组和功能特征 | 人肺腺癌中的癌症相关成纤维细胞 | 数字病理学 | 肺癌 | 单细胞RNA测序 | NA | 转录组数据 | NA |
| 21052 | 2024-08-08 |
Differential Expression Analysis of Single-Cell RNA-Seq Data: Current Statistical Approaches and Outstanding Challenges
2022-Jul-18, Entropy (Basel, Switzerland)
DOI:10.3390/e24070995
PMID:35885218
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综述 | 本文综述了单细胞RNA测序数据差异表达分析的当前统计方法及其面临的挑战 | 将现有的差异表达分析方法分为六大类，并讨论了每类方法的局限性及后续方法如何解决这些局限 | 指出了当前方法的局限性，并强调了开发下一代创新方法需要解决的挑战 | 旨在为基因组研究人员和实验生物学家提供选择分析方法的客观指南 | 单细胞RNA测序数据的差异表达分析方法及其统计原理 | 生物信息学 | NA | 单细胞RNA测序（scRNA-seq） | NA | 基因表达数据 | 数千个基因在数百万个细胞中的表达数据 |
| 21053 | 2024-08-08 |
The Analysis of the Human Megakaryocyte and Platelet Coding Transcriptome in Healthy and Diseased Subjects
2022-Jul-11, International journal of molecular sciences
IF:4.9Q2
DOI:10.3390/ijms23147647
PMID:35886993
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综述 | 本文综述了利用批量和单细胞RNA测序技术研究健康和疾病状态下人类巨核细胞和血小板编码转录组的研究进展 | 介绍了单细胞RNA测序技术在血小板研究中的潜在应用，以及如何结合多组学方法解开未解释的遗传性血小板疾病 | 批量RNA测序在研究体外培养的高度异质性巨核细胞时存在局限性，而单细胞RNA测序由于血小板RNA含量极少尚未应用于血小板 | 探讨如何利用RNA测序技术在遗传性血小板疾病领域进行基因发现和揭示新的疾病机制 | 人类巨核细胞和血小板的编码转录组 | 数字病理学 | 遗传性血小板疾病 | RNA测序（RNA-seq） | NA | 转录组数据 | 未具体说明样本数量 |
| 21054 | 2024-08-08 |
Spatial Profiling of Protein and RNA Expression in Tissue: An Approach to Fine-tune Virtual Microdissection
2022-07-06, Journal of visualized experiments : JoVE
DOI:10.3791/62651
PMID:35876560
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研究论文 | 本文研究了空间蛋白质和RNA表达的组织分析方法，通过自动化定制抗体可视化协议与空间蛋白质组学检测相结合，优化虚拟显微切割技术 | 开发了一种3重免疫荧光（IF）检测方法，利用酪胺信号放大（TSA）增强荧光信号，并评估了DAPI替换为SYTO染料的效果，以适应空间分析平台 | 该自动化可视化协议不适用于空间转录组学检测 | 探讨空间蛋白质组学技术在自动化标准化协议指导下选择感兴趣区域（ROI）的效益 | 组织中的蛋白质和RNA表达 | 数字病理学 | NA | 免疫荧光（IF）检测，酪胺信号放大（TSA） | NA | 图像 | 收集了直径为50 µm和300 µm的感兴趣区域（ROI），分别对应约15个细胞和100个细胞 |
| 21055 | 2024-08-08 |
Drug-Target Network Study Reveals the Core Target-Protein Interactions of Various COVID-19 Treatments
2022-07-06, Genes
IF:2.8Q2
DOI:10.3390/genes13071210
PMID:35885993
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研究论文 | 本研究通过文献挖掘和蛋白质相互作用网络分析，揭示了多种COVID-19治疗药物的核心靶蛋白相互作用 | 利用Steiner树分析提取核心子网络，并结合单细胞RNA测序数据，构建了与COVID-19严重程度相关的人类靶蛋白模块 | NA | 揭示COVID-19治疗药物的核心靶蛋白相互作用，为药物发现或药物再利用提供知识基础 | COVID-19治疗药物及其靶蛋白相互作用 | 生物信息学 | COVID-19 | 单细胞RNA测序 | Steiner树分析 | 蛋白质相互作用网络数据 | 174种广泛使用的COVID-19药物，34个相互关联的基因，1355种人类组织细胞类型 |
| 21056 | 2024-08-08 |
Haisu: Hierarchically supervised nonlinear dimensionality reduction
2022-07, PLoS computational biology
IF:3.8Q1
DOI:10.1371/journal.pcbi.1010351
PMID:35862429
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研究论文 | 提出了一种将层次监督标签信息融入非线性降维技术的新策略，名为Haisu | Haisu方法通过变量扰动高维空间，保留了可视化方法的核心特征，并在提供已知或假设类别标签时改变流形，以尊重这些标签 | NA | 旨在帮助发现和理解受父子关系强烈影响的复杂数据集中的潜在模式 | 单细胞RNA测序数据集 | 机器学习 | NA | 非线性降维技术（如t-SNE, UMAP, PHATE） | NA | 数据集 | 多个单细胞RNA测序数据集 |
| 21057 | 2024-08-08 |
Multimodule characterization of immune subgroups in intrahepatic cholangiocarcinoma reveals distinct therapeutic vulnerabilities
2022-07, Journal for immunotherapy of cancer
IF:10.3Q1
DOI:10.1136/jitc-2022-004892
PMID:35863823
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研究论文 | 本研究通过多模块分析，揭示了肝内胆管癌（iCCA）中三种不同的免疫亚群及其治疗脆弱性 | 本研究首次通过综合基因组、转录组和蛋白质组数据，识别出肝内胆管癌的三种免疫亚群，并探讨了它们与治疗反应的关系 | 研究样本量相对较小，且未涵盖所有可能的免疫亚群 | 深入了解肝内胆管癌的免疫基因组特征，为个性化免疫治疗提供依据 | 肝内胆管癌及其邻近肝组织 | 数字病理学 | 肝内胆管癌 | 单细胞RNA测序（scRNA-seq） | NA | 基因组、转录组和蛋白质组数据 | 255对肝内胆管癌和邻近肝组织样本 |
| 21058 | 2024-08-08 |
Distinct Inflammatory Macrophage Populations Sequentially Infiltrate Bone-to-Tendon Interface Tissue After Anterior Cruciate Ligament (ACL) Reconstruction Surgery in Mice
2022-Jul, JBMR plus
IF:3.4Q2
DOI:10.1002/jbm4.10635
PMID:35866148
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研究论文 | 本研究使用单细胞RNA测序、流式细胞术和转录组学方法，分析了小鼠前交叉韧带重建手术后骨-腱界面组织中巨噬细胞的功能表型 | 发现了新的“手术诱导”高度炎症性CD9+ IL1+巨噬细胞群体，该群体表达与中性粒细胞相关的基因，并在手术后1天达到峰值，随后逐渐转变为更趋向于稳态的表型 | NA | 探讨巨噬细胞在肌肉骨骼组织手术修复后的愈合过程中的作用 | 小鼠前交叉韧带重建手术后的骨-腱界面组织中的巨噬细胞 | NA | NA | 单细胞RNA测序 | NA | RNA | 小鼠前交叉韧带重建模型 |
| 21059 | 2024-08-08 |
Integrative analysis of omics summary data reveals putative mechanisms linked to different cell populations in systemic lupus erythematosus
2022-07, Genomics
IF:3.4Q2
DOI:10.1016/j.ygeno.2022.110435
PMID:35878812
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研究论文 | 本文通过综合分析系统性红斑狼疮（SLE）的组学总结数据，揭示了与不同细胞群体相关的潜在机制。 | 本文提出了一种基于GWAS位点的单细胞水平基因和调控元件优先级分析范式，并识别了SLE的两种中介模式：转录中介模型和表观遗传中介模型。 | NA | 揭示系统性红斑狼疮在不同细胞群体中的发病机制。 | 系统性红斑狼疮的基因和表观遗传调控机制。 | 数字病理学 | 系统性红斑狼疮 | GWAS, eQTL, LD, mQTL | NA | 单细胞RNA测序数据 | NA |
| 21060 | 2024-08-08 |
Overview of Transcriptomic Research on Type 2 Diabetes: Challenges and Perspectives
2022-06-30, Genes
IF:2.8Q2
DOI:10.3390/genes13071176
PMID:35885959
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综述 | 本文综述了使用表达阵列、RNA测序和单细胞测序进行的2型糖尿病转录组研究，并强调了相关的新发现和挑战 | 介绍了RNA测序和单细胞技术在转录组研究中的应用，这些新技术为发现新的生物标志物提供了可能 | 标准遗传方法无法完全解释2型糖尿病的遗传因素 | 探讨转录组分析在发现2型糖尿病及其并发症风险群体中的新生物标志物的作用 | 2型糖尿病及其微血管和大血管并发症 | NA | 糖尿病 | RNA测序 | NA | 转录组数据 | NA |