单细胞与空转测序相关文章
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当前共找到 28647 篇文献，本页显示第 21001 - 21020 篇。
| 序号 | 推送日期 | 文章 | 类型 | 简述 | 创新点 | 不足 | 研究目的 | 研究对象 | 领域 | 病种 | 技术 | 模型 | 数据类型 | 样本量 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 21001 | 2024-08-08 |
SCOTv2: Single-Cell Multiomic Alignment with Disproportionate Cell-Type Representation
2022-Nov, Journal of computational biology : a journal of computational molecular cell biology
IF:1.4Q2
DOI:10.1089/cmb.2022.0270
PMID:36251763
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研究论文 | 本文介绍了SCOTv2方法，用于处理单细胞多组学数据中细胞类型不均衡的问题，通过使用不平衡的Gromov-Wasserstein最优传输进行单细胞对齐 | SCOTv2方法通过使用不平衡的Gromov-Wasserstein最优传输，有效处理了单细胞实验中细胞类型不均衡和样本大小差异的问题 | NA | 开发一种新的单细胞多组学数据对齐方法，以解决现有算法在非共测序单细胞实验中表现不佳的问题 | 单细胞多组学数据的对齐 | 生物信息学 | NA | 单细胞测序 | 最优传输 | 单细胞数据 | 五个非共测序数据集（模拟和真实世界） |
| 21002 | 2024-08-08 |
GM-CSF-activated human dendritic cells promote type 1 T follicular helper cell polarization in a CD40-dependent manner
2022-11-01, Journal of cell science
IF:3.3Q3
DOI:10.1242/jcs.260298
PMID:36254574
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研究论文 | 研究通过单细胞RNA测序和蛋白质验证，发现GM-CSF激活的人类树突状细胞能够促进幼稚CD4+ T细胞向Tfh1细胞分化 | 首次揭示了GM-CSF激活的树突状细胞通过CD40依赖性方式促进Tfh1细胞分化的细胞和分子机制 | NA | 探究人类Tfh1细胞分化的细胞和分子要求 | 人类血液中的CD1c+树突状细胞和幼稚CD4+ T细胞 | 免疫学 | 感染性疾病 | 单细胞RNA测序 | NA | 转录组数据 | 涉及COVID-19轻症患者和潜伏性结核感染患者的血液样本 |
| 21003 | 2024-08-08 |
Deterministic programming of human pluripotent stem cells into microglia facilitates studying their role in health and disease
2022-10-25, Proceedings of the National Academy of Sciences of the United States of America
IF:9.4Q1
DOI:10.1073/pnas.2123476119
PMID:36251998
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研究论文 | 本文介绍了一种从人类多能干细胞（hPSCs）生成微胶质细胞（MGLs）的前向编程协议，并探讨了其在健康和疾病中的作用 | 通过短暂过表达PU.1和C/EBPβ，实现了从hPSCs到成熟微胶质细胞的同质群体生成，时间为16天 | NA | 研究微胶质细胞在健康和疾病中的作用 | 人类多能干细胞（hPSCs）生成的微胶质细胞（MGLs） | 细胞生物学 | 神经退行性疾病 | 前向编程 | NA | 单细胞RNA测序 | NA |
| 21004 | 2024-08-08 |
Disruption of proteostasis causes IRE1 mediated reprogramming of alveolar epithelial cells
2022-10-25, Proceedings of the National Academy of Sciences of the United States of America
IF:9.4Q1
DOI:10.1073/pnas.2123187119
PMID:36252035
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研究论文 | 研究探讨了肺泡上皮细胞蛋白质量控制失调在慢性肺病中的作用，特别是通过IRE1介导的细胞重编程 | 首次发现肺泡上皮细胞在经历显著的内质网应激后，会失去其典型特征并发展出一种新的细胞状态，这种状态可以通过抑制IRE1α信号来减轻 | NA | 研究蛋白稳态失调如何导致肺泡上皮细胞重编程，并探讨其对肺纤维化的影响 | 肺泡上皮细胞（AEC2）和其蛋白质量控制 | NA | 肺纤维化 | 单细胞RNA测序 | NA | RNA | 使用两个临床SP-C突变模型 |
| 21005 | 2024-08-08 |
Online single-cell data integration through projecting heterogeneous datasets into a common cell-embedding space
2022-10-17, Nature communications
IF:14.7Q1
DOI:10.1038/s41467-022-33758-z
PMID:36253379
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研究论文 | 本文介绍了一种名为SCALEX的深度学习方法，该方法通过将细胞投影到一个批次不变的通用细胞嵌入空间中，实现了单细胞数据的在线集成 | SCALEX方法能够在不重新训练模型的情况下，以真正在线的方式集成单细胞数据，并且在处理具有部分重叠的数据集时，能够准确对齐相似的细胞群并保留真实的生物学差异 | NA | 开发一种新的计算工具，用于集成多样化的单细胞实验数据，并能够与基础数据集进行信息交叉引用 | 单细胞RNA测序、scRNA-seq、单细胞转座酶可及染色质测序（scATAC-seq）等多种模态的单细胞数据 | 机器学习 | NA | 深度学习 | 深度学习方法 | 单细胞数据 | 涉及人类、小鼠和COVID-19患者的单细胞图谱，数据来源多样且随新数据不断增长 |
| 21006 | 2024-08-08 |
Loss of CASZ1 tumor suppressor linked to oncogenic subversion of neuroblastoma core regulatory circuitry
2022-10-15, Cell death & disease
IF:8.1Q1
DOI:10.1038/s41419-022-05314-6
PMID:36243768
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研究论文 | 本文研究了神经母细胞瘤中核心调控电路（CRC）的癌基因颠覆与肿瘤抑制因子CASZ1丢失之间的关系 | 首次揭示了CASZ1肿瘤抑制因子与神经母细胞瘤核心调控电路之间的负反馈调节机制 | NA | 探讨CASZ1肿瘤抑制因子在神经母细胞瘤中的作用及其与核心调控电路的关系 | 神经母细胞瘤中的CASZ1肿瘤抑制因子和核心调控电路 | 数字病理学 | 神经母细胞瘤 | 单细胞RNA测序, ChIP-seq | NA | RNA序列 | NA |
| 21007 | 2024-08-08 |
Alignment of single-cell trajectory trees with CAPITAL
2022-10-14, Nature communications
IF:14.7Q1
DOI:10.1038/s41467-022-33681-3
PMID:36241645
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研究论文 | 本文介绍了一种名为CAPITAL的方法，用于通过树对齐比较单细胞轨迹，能够自动比较分支轨迹 | CAPITAL方法能够实现复杂伪时间轨迹的全局对齐，特别是在处理分支轨迹方面相较于现有工具的创新 | NA | 开发一种新的方法来对齐不同单细胞RNA-seq数据集中的复杂伪时间轨迹 | 单细胞RNA-seq数据集中的伪时间轨迹 | 生物信息学 | NA | 单细胞RNA测序 | 树对齐 | 数据集 | 合成数据集和真实骨髓细胞数据集 |
| 21008 | 2024-08-08 |
CellCallEXT: Analysis of Ligand-Receptor and Transcription Factor Activities in Cell-Cell Communication of Tumor Immune Microenvironment
2022-Oct-10, Cancers
IF:4.5Q1
DOI:10.3390/cancers14194957
PMID:36230879
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研究论文 | 本文介绍了CellCallEXT工具，该工具通过整合配体-受体（L-R）和转录因子（TF）活动信息，分析肿瘤免疫微环境中的细胞间通信 | CellCallEXT扩展了CellCall的功能，能够处理两种条件的比较，并整合了Reactome数据库和L-R-TF信号传导及基因调控数据集 | CellCall受限于组织中基因表达的特异性，且无法直接处理两种条件的比较 | 开发和验证一种新的工具，用于分析基于单细胞RNA测序数据的疾病中细胞间通信 | 肿瘤和免疫细胞微环境中的细胞间通信及相关的基因调控网络 | 生物信息学 | NA | 单细胞RNA测序（scRNA-seq） | NA | 基因表达数据 | 涉及来自腺苷脱氨酶2缺乏症患者的scRNA-seq数据 |
| 21009 | 2024-08-08 |
Early Mechanisms of Chemoresistance in Retinoblastoma
2022-Oct-10, Cancers
IF:4.5Q1
DOI:10.3390/cancers14194966
PMID:36230889
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研究论文 | 本文研究了视网膜母细胞瘤对卡铂化疗产生早期耐药的分子机制 | 利用单细胞下一代RNA测序和单细胞条形码技术，发现了卡铂诱导的快速转录组重编程与PI3K-AKT通路目标的上调有关 | NA | 探讨视网膜母细胞瘤对卡铂化疗早期耐药的分子机制 | 低代次的人类视网膜母细胞瘤细胞 | NA | 视网膜母细胞瘤 | 单细胞下一代RNA测序（scRNA-seq） | NA | RNA | NA |
| 21010 | 2024-08-08 |
Single-Cell Identification of Melanoma Biomarkers in Circulating Tumor Cells
2022-Oct-08, Cancers
IF:4.5Q1
DOI:10.3390/cancers14194921
PMID:36230844
|
研究论文 | 本文探讨了循环肿瘤细胞（CTCs）作为黑色素瘤生物标志物的潜力，并介绍了一种可行的单细胞CTC分离和分析方法 | 提出了一种临床可行的单细胞CTC分离和分析方法，克服了以往的限制 | NA | 研究黑色素瘤CTCs作为生物标志物的潜力 | 黑色素瘤患者的循环肿瘤细胞 | 数字病理学 | 黑色素瘤 | 单细胞RNA测序 | NA | 转录组 | 来自黑色素瘤患者的循环肿瘤细胞 |
| 21011 | 2024-08-08 |
Global Transcriptional and Epigenetic Reconfiguration during Chemical Reprogramming of Human Retinal Pigment Epithelial Cells into Photoreceptor-like Cells
2022-10-06, Cells
IF:5.1Q2
DOI:10.3390/cells11193146
PMID:36231108
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研究论文 | 本文通过使用小分子化合物直接将人胎儿视网膜色素上皮细胞重编程为化学诱导的类光感受器细胞，并进行了转录组和表观遗传学的多组学分析 | 首次展示了通过小分子化合物有效诱导视网膜色素上皮细胞转化为类光感受器细胞，并揭示了这一过程中的转录和表观遗传变化 | 当前的重编程效率仍然较低，且分子机制尚未完全阐明 | 探讨视网膜色素上皮细胞向类光感受器细胞重编程的分子机制，为视网膜退行性疾病的治疗提供新的细胞来源 | 人胎儿视网膜色素上皮细胞及其重编程后的类光感受器细胞 | 数字病理学 | 视网膜退行性疾病 | RNA测序、甲基化测序 | NA | 转录组数据、表观遗传数据 | 涉及大量和单细胞样本 |
| 21012 | 2024-08-08 |
Spatial Transcriptomic Analysis Reveals Associations between Genes and Cellular Topology in Breast and Prostate Cancers
2022-Oct-04, Cancers
IF:4.5Q1
DOI:10.3390/cancers14194856
PMID:36230778
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研究论文 | 本文通过空间转录组学分析，揭示了乳腺癌和前列腺癌中基因与细胞拓扑结构之间的关联 | 首次通过空间转录组学技术，探讨了细胞基因表达与其空间关系之间的联系 | NA | 研究乳腺癌和前列腺癌中基因表达与细胞空间关系之间的关联 | 乳腺癌和前列腺癌中的基因与细胞拓扑结构 | 数字病理学 | 乳腺癌, 前列腺癌 | 空间转录组学 | NA | 图像, 基因表达数据 | 700个图像拓扑特征在乳腺癌和前列腺癌空间转录组样本中 |
| 21013 | 2024-08-08 |
Single-cell transcriptome analyses reveal distinct gene expression signatures of severe COVID-19 in the presence of clonal hematopoiesis
2022-10, Experimental & molecular medicine
DOI:10.1038/s12276-022-00866-1
PMID:36229591
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研究论文 | 本研究通过单细胞转录组分析，揭示了克隆性造血（CHIP）在严重COVID-19患者中通过特定的基因表达程序影响免疫反应的机制 | 首次揭示了CHIP突变通过改变染色质结构，增强IFN-γ介导的炎症反应，从而增加严重COVID-19的风险 | NA | 探究CHIP在严重COVID-19中的免疫学特征及基因表达调控机制 | 严重COVID-19患者的单细胞转录组及CHIP相关的基因表达 | 数字病理学 | COVID-19 | 单细胞转录组分析 | NA | 转录组数据 | 外周血单个核细胞样本 |
| 21014 | 2024-08-08 |
Plap-1 lineage tracing and single-cell transcriptomics reveal cellular dynamics in the periodontal ligament
2022-10-01, Development (Cambridge, England)
DOI:10.1242/dev.201203
PMID:36245218
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研究论文 | 本研究通过Plap-1谱系追踪和单细胞转录组学揭示了牙周韧带中的细胞动态 | 首次鉴定了牙周韧带特异性细胞外基质蛋白Plap-1，并通过遗传谱系追踪和单细胞图谱定义了牙周韧带中的多种细胞群体及其在组织稳态和修复中的作用 | NA | 阐明牙周韧带中各种细胞类型的特征及其谱系层次 | 牙周韧带中的细胞类型及其在组织稳态和修复中的作用 | 数字病理学 | NA | 单细胞转录组学 | NA | 单细胞数据 | NA |
| 21015 | 2024-08-08 |
Single-cell transcriptome profiling reveals the key role of ZNF683 in natural killer cell exhaustion in multiple myeloma
2022-10, Clinical and translational medicine
IF:7.9Q1
DOI:10.1002/ctm2.1065
PMID:36245253
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研究论文 | 本研究通过单细胞RNA测序分析和体外实验，揭示了ZNF683在多发性骨髓瘤中自然杀伤细胞耗竭的关键作用 | 首次通过单细胞RNA测序和体外实验验证了ZNF683在多发性骨髓瘤中自然杀伤细胞耗竭的分子机制 | 研究样本仅包括10名新诊断的多发性骨髓瘤患者和三名健康志愿者，可能影响结果的普遍性 | 旨在揭示和验证多发性骨髓瘤中自然杀伤细胞耗竭的分子调控因子，并为新的免疫疗法提供潜在目标 | 多发性骨髓瘤患者的骨髓和外周血样本中的自然杀伤细胞 | 数字病理学 | 多发性骨髓瘤 | 单细胞RNA测序 | NA | 转录组数据 | 10名新诊断的多发性骨髓瘤患者和3名健康志愿者的骨髓和外周血样本 |
| 21016 | 2024-08-08 |
IgE type multiple myeloma exhibits hypermutated phenotype and tumor reactive T cells
2022-10, Journal for immunotherapy of cancer
IF:10.3Q1
DOI:10.1136/jitc-2022-005815
PMID:36252999
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研究论文 | 本文通过综合分析DNA和单细胞RNA测序数据，全面剖析了IgE型kappa多发性骨髓瘤的基因组和免疫组库特征，并与非IgE型多发性骨髓瘤样本进行比较 | 揭示了IgE型多发性骨髓瘤独特的病理生理机制，并提出了针对高肿瘤突变负荷多发性骨髓瘤的个性化新表位靶向细胞治疗的新机会 | NA | 研究IgE型多发性骨髓瘤的遗传和免疫学特征，探索其治疗新策略 | IgE型kappa多发性骨髓瘤 | 数字病理学 | 多发性骨髓瘤 | DNA测序, 单细胞RNA测序 | NA | 基因组数据, 免疫组库数据 | NA |
| 21017 | 2024-08-08 |
Lipopolysaccharide distinctively alters human microglia transcriptomes to resemble microglia from Alzheimer's disease mouse models
2022-10-01, Disease models & mechanisms
IF:4.0Q1
DOI:10.1242/dmm.049349
PMID:36254682
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研究论文 | 本研究通过单细胞RNA测序技术，分析了由诱导多能干细胞（iPSC）衍生的微胶质细胞（iPSC-microglia）在不同刺激下的转录反应，特别是与阿尔茨海默病（AD）相关的反应 | 首次揭示了脂多糖（LPS）在iPSC-microglia中诱导的转录反应与AD小鼠模型中微胶质细胞的转录变化相似 | 研究仅限于体外iPSC-microglia模型，未涉及体内环境及临床应用 | 探讨iPSC-microglia在不同免疫刺激下的转录反应及其与AD病理机制的相关性 | iPSC-microglia在前列腺素E2（PGE2）、脂多糖（LPS）+干扰素γ（IFN-γ）及ATPγS刺激下的转录反应 | 数字病理学 | 阿尔茨海默病 | 单细胞RNA测序 | NA | 转录组数据 | 未具体说明样本数量 |
| 21018 | 2024-08-08 |
Exploring Precise Medication Strategies for OSCC Based on Single-Cell Transcriptome Analysis from a Dynamic Perspective
2022-Sep-30, Cancers
IF:4.5Q1
DOI:10.3390/cancers14194801
PMID:36230722
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研究论文 | 本研究结合单细胞RNA-Seq数据的静态和动态分析方法，全面剖析口腔鳞状细胞癌（OSCC）的复杂异质性和进化过程，并提出精确治疗策略。 | 首次引入患者伪时间评分概念，量化动态发展过程中的异质性水平，评估其与生存状态的关系，并据此调整药物治疗策略。 | NA | 从动态角度理解癌症发展，制定精确治疗措施。 | 口腔鳞状细胞癌（OSCC）患者及其治疗策略。 | 数字病理学 | 口腔鳞状细胞癌 | 单细胞RNA测序 | NA | 单细胞转录组数据 | 具体样本数量未在摘要中提及 |
| 21019 | 2024-08-08 |
An Integrative Analysis of Identified Schizophrenia-Associated Brain Cell Types and Gene Expression Changes
2022-Sep-30, International journal of molecular sciences
IF:4.9Q2
DOI:10.3390/ijms231911581
PMID:36232882
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研究论文 | 本研究利用人类背外侧前额叶皮层的大量RNA-seq数据，通过RNA-seq反卷积算法CIBERSORTx生成精神分裂症（SCZ）大脑单细胞RNA-seq数据，全面分析了SCZ相关的大脑细胞类型和基因表达变化。 | 本研究首次通过RNA-seq反卷积算法CIBERSORTx生成SCZ大脑单细胞RNA-seq数据，揭示了SCZ相关的大脑细胞类型和基因表达变化的细胞异质性和分子机制。 | NA | 理解精神分裂症（SCZ）相关的大脑细胞类型和基因表达变化 | 精神分裂症（SCZ）患者的大脑细胞类型和基因表达 | 数字病理学 | 精神分裂症 | RNA-seq | CIBERSORTx | RNA-seq数据 | NA |
| 21020 | 2024-08-08 |
Single-Cell Gene Expression Analysis Revealed Immune Cell Signatures of Delta COVID-19
2022-09-21, Cells
IF:5.1Q2
DOI:10.3390/cells11192950
PMID:36230912
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研究论文 | 本研究通过单细胞基因表达分析揭示了Delta COVID-19的免疫细胞特征 | 本研究首次揭示了Delta变异株特有的免疫相关分子因子，特别是大量具有特定基因表达特征的单核细胞 | NA | 理解与COVID-19变异株相关的免疫反应，以辅助开发治疗和诊断策略 | COVID-19患者的血液单核细胞及不同严重程度的病毒变异株 | 数字病理学 | COVID-19 | 单细胞转录组测序 | NA | 基因表达数据 | 不同严重程度的COVID-19患者血液单核细胞样本 |