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| 序号 | 推送日期 | 文章 | 类型 | 简述 | 创新点 | 不足 | 研究目的 | 研究对象 | 领域 | 病种 | 技术 | 模型 | 数据类型 | 样本量 | 平台公司 | 平台技术 | 具体产品 | 平台详情 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 2081 | 2025-11-23 |
Non-visual photoreceptive brain specification in sea urchin larvae
2025-Nov-19, Nature communications
IF:14.7Q1
DOI:10.1038/s41467-025-65628-9
PMID:41258319
|
研究论文 | 本研究在海胆幼虫中发现了一个对光敏感的神经元簇,这些神经元表达紫外线敏感蛋白Opsin5及多个保守的调控基因 | 首次在海胆幼虫中鉴定出具有非视觉光感受功能的神经中枢,揭示了其与脊椎动物脑区共享的分子特征 | 需要进一步研究以完全建立神经回路与行为之间的完整关系 | 探索后口动物中枢神经系统的进化起源 | 海胆幼虫 | 神经科学 | NA | 单细胞RNA测序,原位杂交,基因敲低 | NA | 基因表达数据,行为数据 | NA | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 2082 | 2025-11-23 |
Comprehensive profiling of migratory primordial germ cells reveals niche-specific differences in non-canonical Wnt and Nodal-Lefty signaling in anterior vs posterior migrants
2025-Nov-19, eLife
IF:6.4Q1
DOI:10.7554/eLife.103074
PMID:41259237
|
研究论文 | 通过单细胞RNA测序分析小鼠迁移原始生殖细胞及其周围体细胞,揭示前后位置差异对细胞信号通路的影响 | 首次系统比较前后位置迁移原始生殖细胞的转录组差异,发现非经典Wnt信号和Nodal-Lefty信号通路的区域特异性表达模式 | 研究仅基于小鼠模型,人类数据为重新分析已发表数据集,需要进一步实验验证 | 阐明原始生殖细胞迁移过程中与不同体细胞微环境相互作用的分子机制 | 小鼠原始生殖细胞和周围体细胞 | 单细胞组学 | NA | 单细胞RNA测序,全胚胎免疫荧光染色 | 轨迹推断方法 | 单细胞转录组数据,图像数据 | 13,262个小鼠原始生殖细胞和7,868个周围体细胞 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 2083 | 2025-11-23 |
Inference of cell-type composition and single-cell spatial maps from spatial transcriptomics data with SWOT
2025-Nov-19, Communications biology
IF:5.2Q1
DOI:10.1038/s42003-025-09001-y
PMID:41261170
|
研究论文 | 提出一种名为SWOT的空间加权最优传输方法,可从基于spot的空间转录组数据推断细胞类型组成和单细胞空间图谱 | 首次通过细胞到spot的映射方法同时推断细胞类型比例和单细胞空间位置,能够重建单细胞空间图谱 | 方法依赖于spot分辨率的空间转录组数据,在单细胞定位精度方面可能存在限制 | 开发从空间转录组数据重建单细胞分辨率空间图谱的计算方法 | 空间转录组数据中的细胞类型和空间位置 | 空间转录组学 | NA | 空间转录组学,最优传输算法 | 空间加权最优传输模型 | 空间转录组数据 | NA | NA | 空间转录组学 | NA | 基于spot的空间转录组数据 |
| 2084 | 2025-11-23 |
SpatialFusion: A Unified Model for Integrating Spatial Transcriptomics to Unveil Cell-type Distribution, Interaction, and Functional Heterogeneity in Tissue Microenvironments
2025-Nov-17, Journal of molecular biology
IF:4.7Q1
DOI:10.1016/j.jmb.2025.169535
PMID:41237948
|
研究论文 | 提出SpatialFusion深度学习模型,通过整合基因表达和空间坐标数据改进空间域识别和细胞类型反卷积 | 使用图神经网络和注意力机制通过空间数据多维度嵌入捕获复杂空间关系,采用双编码策略和自监督对比学习 | NA | 提高空间转录组数据分析的准确性、鲁棒性和计算效率 | 组织微环境中的细胞类型分布、相互作用和功能异质性 | 空间转录组学 | 乳腺癌 | 空间转录组学 | 图神经网络(GNN), 注意力机制, 深度学习 | 基因表达数据, 空间坐标数据 | 人类DLPFC数据集和乳腺癌肿瘤微环境数据 | NA | 空间转录组学 | NA | NA |
| 2085 | 2025-11-23 |
Harnessing spatial transcriptomics to understand host-parasite interactions in plants and animals
2025-Nov-17, Biotechnology advances
IF:12.1Q1
DOI:10.1016/j.biotechadv.2025.108760
PMID:41260341
|
综述 | 探讨空间转录组技术在动植物宿主-寄生虫相互作用研究中的应用与挑战 | 提出将动物寄生虫研究中成熟的空间转录组技术跨学科应用于植物-寄生虫互作研究的新视角 | 植物领域空间转录组技术的应用仍存在技术限制 | 通过空间转录组技术揭示宿主-寄生虫相互作用的分子机制 | 动植物宿主与专性寄生虫的相互作用 | 空间转录组学 | 寄生虫感染 | 空间转录组技术 | NA | 空间基因表达数据 | NA | NA | 空间转录组学 | NA | NA |
| 2086 | 2025-11-23 |
Spatial multi-omics guides ASCT2-targeted delivery of glycolysis inhibitor for cervical cancer suppression and chemoresistance reversal
2025-Nov-16, Journal of advanced research
IF:11.4Q1
DOI:10.1016/j.jare.2025.11.035
PMID:41253274
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研究论文 | 本研究通过空间多组学分析识别宫颈癌糖酵解重编程特征,并开发靶向ASCT2的纳米平台递送糖酵解抑制剂用于肿瘤抑制和化疗增敏 | 首次通过空间多组学技术验证宫颈癌糖酵解脆弱性,并基于ASCT2过表达设计谷氨酰胺功能化脂质体实现肿瘤选择性药物递送 | 未明确说明样本规模和研究人群特征,临床前研究需进一步验证 | 建立宫颈癌糖酵解重编程的空间验证并开发靶向纳米递送系统 | 宫颈癌临床标本、小鼠模型和多种宫颈癌细胞系 | 空间多组学 | 宫颈癌 | 空间代谢组学, 空间转录组学, 单细胞RNA-seq | 纳米递送系统 | 空间多组学数据, 基因组数据, 实验数据 | 包含TCGA队列、配对患者标本、匹配小鼠样本和多种细胞系 | NA | 空间代谢组学, 空间转录组学, 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 2087 | 2025-11-23 |
Hypertension-induced neurovascular and cognitive dysfunction at single-cell resolution
2025-Nov-14, Neuron
IF:14.7Q1
DOI:10.1016/j.neuron.2025.10.018
PMID:41240912
|
研究论文 | 通过单细胞RNA测序揭示高血压诱导的神经血管和认知功能障碍的细胞分子机制 | 首次在单细胞分辨率下系统描绘高血压发展过程中脑细胞的动态转录组变化,发现内皮细胞、中间神经元和少突胶质细胞的早期脆弱性 | 研究基于小鼠模型,需要在人类样本中验证;机制研究仍需进一步深入 | 阐明高血压如何影响脑细胞并导致认知功能障碍的分子机制 | 高血压小鼠模型的新皮质细胞 | 单细胞组学 | 心血管疾病 | 单细胞RNA测序 | NA | 单细胞转录组数据 | 高血压小鼠模型在不同时间点(3天和42天)的新皮质样本 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 2088 | 2025-11-23 |
Single-cell RNA sequencing in osteosarcoma: applications in diagnosis, prognosis, and treatment
2025-Nov-13, Medical oncology (Northwood, London, England)
DOI:10.1007/s12032-025-03121-5
PMID:41231422
|
综述 | 本文通过文献综述探讨单细胞RNA测序技术在骨肉瘤诊断、预后和治疗中的应用 | 系统评估单细胞RNA测序在揭示骨肉瘤肿瘤微环境异质性、识别治疗靶点和发现新型治疗策略方面的创新贡献 | 存在单细胞方案的技术偏倚和非英语文献排除的问题,可能影响结果的普适性 | 评估单细胞RNA测序对骨肉瘤发生发展的贡献 | 骨肉瘤肿瘤微环境中的细胞亚群 | 单细胞测序 | 骨肉瘤 | 单细胞RNA测序 | NA | 单细胞转录组数据 | 基于107项研究的分析 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 2089 | 2025-11-23 |
RGS proteins: Potential regulators of mouse melanopsin's signaling phototransduction cascade across ipRGC subtypes
2025-Nov-07, Biophysical journal
IF:3.2Q2
DOI:10.1016/j.bpj.2025.11.006
PMID:41204666
|
研究论文 | 本研究探讨了RGS蛋白如何调节小鼠黑视蛋白在不同ipRGC亚型中的信号转导级联 | 首次发现ipRGC亚型选择性富集特定RGS蛋白,揭示了单个GPCR在不同细胞类型中启动不同信号转导级联的潜在机制 | 研究主要基于异源表达系统和体外实验,需要在更接近生理条件下进一步验证 | 探索单个GPCR在不同ipRGC亚型中启动不同信号转导级联的分子机制 | 小鼠视网膜中的内在光敏视网膜神经节细胞(ipRGCs)亚型 | 分子神经生物学 | NA | 单细胞转录组学, RNAscope, 异源表达系统, DREADD技术 | NA | 转录组数据, 图像数据, 电生理记录 | NA | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 2090 | 2025-11-23 |
Enhanced hematopoietic stem cell self-renewal and engraftment through human lung exosomal communication
2025-Nov-05, Molecular therapy : the journal of the American Society of Gene Therapy
IF:12.1Q1
DOI:10.1016/j.ymthe.2025.08.020
PMID:40798884
|
研究论文 | 本研究揭示了肺细胞通过外泌体通讯调控造血干细胞自我更新和移植能力的新机制 | 首次发现肺细胞通过外泌体通讯参与造血干细胞稳态调控,突破了传统认为仅由骨髓微环境调控的认知 | 研究主要基于实验条件,临床转化应用仍需进一步验证 | 探索肺细胞外泌体对造血干细胞功能的调控机制 | 人造血干细胞和肺小气道上皮细胞 | 单细胞生物学 | 血液系统疾病 | 单细胞外泌体追踪分析,单细胞RNA测序,外泌体microRNA分析,蛋白质组学,体内移植研究 | NA | 单细胞测序数据,miRNA数据,蛋白质组数据 | NA | NA | 单细胞RNA测序,外泌体分析 | NA | NA |
| 2091 | 2025-11-23 |
Precision T cell correction platform for inborn errors of immunity
2025-Nov-05, Molecular therapy : the journal of the American Society of Gene Therapy
IF:12.1Q1
DOI:10.1016/j.ymthe.2025.08.018
PMID:40808259
|
研究论文 | 开发了一种基于CRISPR-Cas9和同源定向修复的精确T细胞单核苷酸变异校正平台 | 首次建立了基于HDR的T细胞SNV精确校正平台,可实现高达80%的校正效率且未检测到基因组、转录组或蛋白质组异常 | 不适用于晚期疾病、炎症或急性感染患者 | 开发精确基因编辑平台治疗先天性免疫缺陷病 | T细胞和四种先天性免疫缺陷病模型(STAT1功能获得性突变、软骨毛发发育不全、ADA2缺乏症、自身免疫性多内分泌病-念珠菌病-外胚层营养不良) | 基因治疗 | 先天性免疫缺陷病 | CRISPR-Cas9基因编辑、同源定向修复、GUIDE-seq、单细胞RNA测序、长读长基因组测序、蛋白质组学分析 | NA | 基因组数据、转录组数据、蛋白质组数据 | NA | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 2092 | 2025-11-23 |
Integrated analysis of single-cell and bulk RNA sequencing identifies GSTM4 as a tumor suppressor and prognostic biomarker in breast cancer
2025-Nov-03, Discover oncology
IF:2.8Q2
DOI:10.1007/s12672-025-03850-z
PMID:41182420
|
研究论文 | 通过整合单细胞和批量RNA测序分析,鉴定GSTM4作为乳腺癌的肿瘤抑制因子和预后生物标志物 | 首次通过整合单细胞和批量RNA测序方法系统揭示GSTM4在乳腺癌中的肿瘤抑制功能及其与肿瘤免疫微环境的关联 | 研究主要基于生物信息学分析,实验验证相对有限,需要更多功能实验确认机制 | 探索乳腺癌的新型生物标志物和治疗靶点 | 乳腺癌组织和细胞 | 生物信息学 | 乳腺癌 | 单细胞RNA测序,批量RNA测序,TWAS,WGCNA,ssGSEA,PPI网络分析 | NA | 基因表达数据,蛋白质相互作用数据,表观遗传数据 | 来自GSE148673数据库的单细胞RNA测序数据及多个公共数据库的乳腺癌样本 | NA | 单细胞RNA测序,批量RNA测序 | NA | NA |
| 2093 | 2025-11-23 |
A machine learning framework using urinary biomarkers for pancreatic ductal adenocarcinoma prediction with post hoc validation via single-cell transcriptomics
2025-Nov-01, Briefings in bioinformatics
IF:6.8Q1
DOI:10.1093/bib/bbaf583
PMID:41212589
|
研究论文 | 开发基于尿液生物标志物和人口统计学数据的机器学习框架用于胰腺导管腺癌预测,并通过单细胞转录组学进行验证 | 首次结合尿液生物标志物与人口统计学数据构建PDAC预测模型,并利用单细胞RNA测序验证生物标志物的表达显著性 | 需要在不同数据集上进一步验证框架性能,尚未整合其他组学数据 | 开发早期准确诊断胰腺导管腺癌的预测工具 | 胰腺导管腺癌患者尿液生物标志物和人口统计学数据 | 机器学习 | 胰腺癌 | 单细胞RNA测序,机器学习,深度学习 | 深度学习,机器学习 | 生物标志物数据,人口统计学数据,基因表达数据 | NA | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 2094 | 2025-11-23 |
ScRDAVis: An R shiny application for single-cell transcriptome data analysis and visualization
2025-Nov, PLoS computational biology
IF:3.8Q1
DOI:10.1371/journal.pcbi.1013721
PMID:41231930
|
研究论文 | 开发了一个基于R Shiny的单细胞转录组数据分析和可视化网络应用程序 | 首个提供hdWGCNA用于共表达网络和转录因子调控网络分析的GUI平台 | NA | 为无编程经验的生物学家提供单细胞RNA测序数据分析工具 | 单细胞转录组数据 | 生物信息学 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | 单细胞基因表达数据 | NA | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 2095 | 2025-11-23 |
CD24 is a promising immunotherapeutic target for enhancing efficacy of third-generation EGFR-TKIs on EGFR-mutated lung cancer
2025-Nov, Cancer communications (London, England)
DOI:10.1002/cac2.70068
PMID:41084191
|
研究论文 | 本研究探讨CD24作为免疫治疗靶点增强第三代EGFR-TKIs对EGFR突变肺癌疗效的潜力 | 首次揭示CD24在EGFR-TKI治疗后的表达上调机制及其通过YY1 S247磷酸化调控的分子通路 | NA | 探索增强第三代EGFR-TKIs对EGFR突变肺癌疗效的免疫治疗策略 | EGFR突变肺癌细胞、临床残留肿瘤样本、异种移植模型和自发肺癌小鼠模型 | 癌症免疫治疗 | 肺癌 | RNA测序,单细胞RNA测序,单核RNA测序,免疫组化,CRISPR/Cas9,染色质免疫沉淀测序,质谱分析,磷酸化蛋白质组学 | NA | 基因表达数据,蛋白质数据,细胞表型数据 | 29例肺癌标本的scRNA-seq数据+TKI治疗后临床残留肿瘤样本 | NA | 单细胞RNA测序,单核RNA测序,RNA测序 | NA | NA |
| 2096 | 2025-11-23 |
Latent plasticity of the human pancreas across development, health, and disease
2025-Oct-03, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2025.10.01.679230
PMID:41256699
|
研究论文 | 构建了人类胰腺的单细胞多组学图谱,涵盖发育、健康和疾病状态 | 首次在成人中发现具有胎儿样特征的转录可塑性中心腺泡样细胞(pCACs),并揭示了HNF1A定义的β细胞表观遗传状态 | 样本数量有限(57名供体),疾病状态仅关注2型糖尿病 | 解析人类胰腺的细胞多样性和可塑性 | 人类胰腺细胞 | 单细胞多组学 | 2型糖尿病 | 单细胞/单核RNA测序, 单核ATAC测序, VASA-seq, 空间转录组学, 多重蛋白质组学 | NA | 单细胞多组学数据, 空间转录组数据, 蛋白质组数据 | 57名供体的超过400万个细胞和细胞核 | 10x Genomics | 单细胞RNA测序, 单细胞ATAC测序, 空间转录组学, 单细胞多组学 | 10x Chromium, 10x Xenium | 10x Xenium空间转录组平台, CODEX多重蛋白质组分析技术 |
| 2097 | 2025-11-23 |
Integrative analysis of spatiotemporal transcriptomics delineates dynamic cell states in squamous tumorigenesis
2025-Oct-02, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2025.09.30.679409
PMID:41256392
|
研究论文 | 通过整合分析时空转录组数据揭示鳞状肿瘤发生过程中的动态细胞状态 | 首次在鳞状上皮癌变连续过程中整合单细胞和空间转录组数据,揭示发育不良特异性伤口愈合和免疫重塑程序的上调 | 研究样本数量有限,机制验证需要进一步实验 | 探索鳞状细胞癌治疗耐药性的内在机制 | 小鼠和人类口腔鳞状上皮组织,涵盖从最早癌前阶段到浸润性癌的整个过程 | 数字病理学 | 头颈部鳞状细胞癌 | 单细胞RNA测序,空间转录组学 | NA | 单细胞转录组数据,空间转录组数据 | 小鼠和人类口腔鳞状上皮组织样本 | NA | 单细胞RNA测序,空间转录组学 | NA | NA |
| 2098 | 2025-11-23 |
Photolabile oligonucleotides combined with topologically imposed light gradients enable spatially resolved single-cell transcriptomics and epigenomics
2025-Oct-02, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2025.10.01.679703
PMID:41256573
|
研究论文 | 开发了一种名为scSTAMP-seq的空间分辨单细胞转录组和表观基因组分析技术 | 利用胆固-醇标记的光不稳定寡核苷酸和空间光梯度实现活细胞的高分辨率空间定位 | NA | 开发能够同时保留空间信息的单细胞转录组和表观基因组分析方法 | 组织中的单个细胞 | 单细胞测序技术 | NA | 单细胞RNA测序,单细胞多组学测序 | NA | 转录组数据,表观基因组数据 | NA | NA | 单细胞RNA-seq,单细胞多组学 | NA | 平板法和液滴法单细胞测序 |
| 2099 | 2025-11-23 |
A single-cell transcriptomic atlas of inner ear morphogenesis in zebrafish
2025-Sep-30, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2025.09.30.679639
PMID:41256471
|
研究论文 | 本研究通过单细胞RNA测序构建了斑马鱼内耳形态发生的转录组图谱 | 首次提供了发育中内耳最全面的转录组分析,发现了半规管发生区的最早标记物、内淋巴囊中组织收缩相关基因、神经丘与耳部感觉斑块的平行基因集,以及在耳道和囊中细胞周期暂停的保守作用 | 研究仅使用斑马鱼胚胎模型,结果在哺乳动物中的适用性需要进一步验证 | 揭示内耳发育过程中不同细胞状态的建立机制 | 野生型和突变型斑马鱼胚胎的内耳组织 | 单细胞转录组学 | 内耳发育异常 | 单细胞RNA测序 | NA | 单细胞转录组数据 | 斑马鱼胚胎(具体数量未明确说明) | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 2100 | 2025-11-23 |
Low Dose GLP-1 Therapy Attenuates Pathological Cardiac and Hepatic Remodelling in HFpEF Independent of Weight Loss
2025-Sep-29, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2025.09.26.678829
PMID:41256540
|
研究论文 | 本研究探讨低剂量GLP-1受体激动剂在保留射血分数心衰模型中的心脏和肝脏保护作用 | 首次证明低剂量GLP-1受体激动剂在不依赖体重减轻的情况下改善HFpEF的心脏和肝脏病理重构 | 研究使用啮齿类动物模型,结果需在人类临床试验中验证 | 探究低剂量GLP-1受体激动剂在HFpEF中的非体重减轻依赖性治疗机制 | 自发性HFpEF的ZSF1肥胖大鼠 | 心血管疾病研究 | 心力衰竭 | 单细胞RNA测序,蛋白质组学,二维超声心动图,有创血流动力学检测 | 动物模型 | 多组学数据,生理参数,组织学数据 | 6只接受低剂量索马鲁肽治疗的ZSF1肥胖大鼠 | NA | 单细胞RNA测序,蛋白质组学 | NA | NA |