单细胞与空转测序相关文章

序号	推送日期	文章	类型	简述	创新点	不足	研究目的	研究对象	领域	病种	技术	模型	数据类型	样本量
2081	2025-07-04	Distinct transcriptional changes in hematopoietic progenitor subsets on LPS-induced emergency granulopoiesis 2025-Jul, Experimental hematology IF:2.5Q3 DOI:10.1016/j.exphem.2025.104792 PMID:40316244	研究论文	研究探讨了不同多能祖细胞（MPPs）在LPS诱导的紧急粒细胞生成早期阶段的转录变化及其作用	揭示了LPS暴露如何通过转录重编程影响MPPs的谱系输出，特别是发现炎症祖细胞群体的出现及其染色质可及性变化	研究仅在小鼠模型中进行，未涉及人类样本或其他感染模型	探究MPPs在LPS诱导的紧急粒细胞生成中的作用及其分子机制	野生型小鼠的多能祖细胞（MPPs）	免疫学	感染性疾病	单细胞RNA测序（scRNA-seq）、移植实验、伪时间分析	NA	单细胞转录组数据	野生型小鼠的MPPs样本
2082	2025-07-04	Differentiable graph clustering with structural grouping for single-cell RNA-seq data 2025-Jul-01, Bioinformatics (Oxford, England) DOI:10.1093/bioinformatics/btaf347 PMID:40511990	研究论文	提出了一种名为DGCSG的新型可微分图聚类方法，用于单细胞RNA测序数据分析，通过结合图聚类信息优化细胞亚群划分	设计了可微分聚类机制，将K-way归一化割从离散优化问题转化为可微分学习目标，并通过谱松弛联合优化GATE	未明确提及方法在大规模数据集上的计算效率或可扩展性	改进单细胞RNA测序数据中的细胞亚群聚类效果	单细胞RNA测序数据中的细胞亚群	生物信息学	NA	scRNA-seq	GATE (图注意力自编码器), AE (自编码器)	单细胞RNA测序数据	14个scRNA-seq基准数据集
2083	2025-07-04	Putting AML Differentiation States on the BoneMarrowMap 2025-Jul-01, Blood cancer discovery IF:11.5Q1 DOI:10.1158/2643-3230.BCD-25-0083 PMID:40294281	研究论文	本文介绍了一种名为'BoneMarrowMap'的新型计算工具，用于将白血病单细胞RNA测序数据集映射到造血分化状态	开发了BoneMarrowMap工具，发现了12种与预后和治疗相关的急性髓系白血病分化模式，并解析了患者个体内的白血病克隆结构	NA	研究急性髓系白血病的分化状态及其与预后和治疗的关系	白血病单细胞RNA测序数据集	数字病理学	急性髓系白血病	单细胞RNA测序	NA	RNA测序数据	NA
2084	2025-07-04	T-cell differentiation stage block bias confers hypermethylation and mediastinal preference in T-cell lymphoblastic lymphoma 2025-Jul, Clinical and translational medicine IF:7.9Q1 DOI:10.1002/ctm2.70380 PMID:40579780	研究论文	本研究通过单细胞RNA测序和单细胞T细胞受体测序，揭示了T-LBL中恶性T细胞主要阻滞在DN和DP阶段，并探讨了这种阻滞模式如何导致免疫抑制微环境和纵隔偏好	首次从分化阻滞的角度揭示T-LBL与T-ALL的异质性，并发现E2F2上调UHRF1表达导致肿瘤抑制基因高甲基化的新机制	研究样本量有限，且主要基于单中心数据	重新评估T-LBL和T-ALL之间的差异，并探索其分子机制	T细胞淋巴母细胞淋巴瘤（T-LBL）和T细胞急性淋巴细胞白血病（T-ALL）	肿瘤学	淋巴瘤	单细胞RNA测序，单细胞T细胞受体测序，流式细胞术	NA	单细胞测序数据，表达阵列数据，流式细胞数据	NCH-TALL-LBL队列（具体样本数量未明确说明）
2085	2025-07-04	Spatial Transcriptome Analysis Reveals Diverse Human Burn Wound Microenvironment 2025 Jul-Aug, Wound repair and regeneration : official publication of the Wound Healing Society [and] the European Tissue Repair Society IF:3.8Q1 DOI:10.1111/wrr.70061 PMID:40579885	研究论文	本研究利用空间转录组技术揭示了人类烧伤伤口微环境中的基因表达空间模式	首次在烧伤组织中应用空间转录组技术，识别了不同烧伤深度区域的独特基因表达模式	提供了该技术在烧伤组织应用中的注意事项，需要未来研究进一步验证	探索烧伤伤口微环境的分子特征和再生潜力区域	人类烧伤组织	数字病理学	烧伤	空间转录组分析	NA	空间转录组数据	未明确说明样本数量
2086	2025-07-04	Spatially informed phenotyping by cyclic-in-situ-hybridisation identifies novel fibroblast populations and their pathogenic niches in systemic sclerosis 2025-Jul-01, Annals of the rheumatic diseases IF:20.3Q1 DOI:10.1016/j.ard.2025.06.002 PMID:40603206	研究论文	本研究利用循环原位杂交技术（cISH）进行单细胞空间转录组分析，识别了系统性硬化症（SSc）皮肤中新的成纤维细胞亚群及其致病性微环境	首次采用cISH技术实现单细胞分辨率下的原位转录组分析，并结合BANKSY算法进行空间信息聚类，发现了SFRP2+网状真皮成纤维细胞和CCL19+非血管周围成纤维细胞两个新亚群	研究样本可能不足以代表所有SSc亚型，且机制验证主要基于转录组数据	解析系统性硬化症皮肤纤维化过程中成纤维细胞亚群的时空特征与致病机制	系统性硬化症患者和健康人的皮肤成纤维细胞	数字病理学	系统性硬化症	循环原位杂交（cISH）、单细胞RNA测序（scRNA-seq）	BANKSY聚类算法	空间转录组数据、单细胞转录组数据	未明确说明样本数量（SSc患者和健康对照的皮肤样本）
2087	2025-07-04	Innovative Single-Cell Sequencing Techniques for B-Cell Analysis and Their Implications for Rational HIV-1 Vaccine Design 2025-Jul-01, Current HIV research IF:0.8Q4 DOI:10.2174/011570162X362655250620115404 PMID:40605159	综述	本文综述了单细胞测序技术在B细胞分析中的最新进展及其在HIV-1疫苗设计中的应用	介绍了革命性的单细胞分析技术，能够以前所未有的方式探索免疫细胞多样性，特别是在B细胞反应方面的详细表征	NA	促进下一代疫苗的设计，特别是针对HIV-1的疫苗	B细胞及其在感染和疫苗接种中的反应	生物信息学	HIV-1感染	单细胞测序	NA	单细胞数据	NA
2088	2025-07-04	Diversity of mast cell subpopulations in the tumor microenvironment of colorectal cancer and their prognostic implications 2025-Jun-30, Cancer immunology, immunotherapy : CII DOI:10.1007/s00262-025-04119-8 PMID:40586903	研究论文	本研究通过单细胞RNA测序和生物信息学分析，探讨了结直肠癌肿瘤微环境中肥大细胞亚群的异质性及其与预后的关系	首次揭示了结直肠癌肿瘤微环境中肥大细胞亚群的功能异质性及其在肿瘤进展中的不同作用，并鉴定了亚群特异性标记基因	样本量相对较小（40例CRC肿瘤样本），且未进行实验验证	探索结直肠癌肿瘤微环境中肥大细胞亚群的异质性及其预后意义	结直肠癌肿瘤微环境中的肥大细胞亚群	肿瘤免疫学	结直肠癌	单细胞RNA测序（scRNA-seq）、批量RNA测序、生物信息学分析	非负矩阵分解（NMF）	RNA测序数据	40例CRC肿瘤样本（单细胞数据）及HMU、GEO和TCGA队列的批量RNA-seq数据
2089	2025-07-04	Spatial Transcriptome Analysis of B7-H4 in Head and Neck Squamous Cell Carcinoma: A Novel Therapeutic Target for Anti-Immune Checkpoint Inhibitors 2025-Jun-30, Head and neck pathology DOI:10.1007/s12105-025-01815-w PMID:40586978	研究论文	本研究通过免疫组化和空间转录组学分析，探讨了B7-H4在头颈部鳞状细胞癌中的治疗潜力	发现B7-H4与PD-L1在肿瘤细胞中呈现互斥表达模式，并证实B7-H4与低CD8+ T细胞浸润显著相关	样本量较小（空间转录组学仅分析6例HNSCC），且未进行功能验证实验	探索头颈部鳞状细胞癌中B7-H4作为免疫检查点抑制剂耐药治疗靶点的潜力	头颈部鳞状细胞癌（HNSCC）组织样本	数字病理学	头颈部鳞状细胞癌	免疫组化（IHC）、空间转录组学（ST）	NA	组织微阵列图像、空间转录组数据	94例HNSCC、94例相邻鳞状上皮内瘤变、69例正常口腔黏膜（IHC）；6例HNSCC及其配对的瘤变和正常组织（ST）
2090	2025-07-04	Low-dose radiotherapy enhances the efficacy of PD-L1 blockade and induces the abscopal effect 2025-Jun-30, Journal for immunotherapy of cancer IF:10.3Q1 DOI:10.1136/jitc-2025-011487 PMID:40588370	research paper	该研究探讨了低剂量放疗（RT）如何增强PD-L1阻断的疗效并诱导远隔效应	研究发现低剂量RT与抗PD-L1联合治疗在远隔未照射肿瘤中产生与高剂量RT相当的远隔效应，并揭示了肿瘤相关巨噬细胞（TAMs）在此过程中的关键作用	研究仅在免疫健全小鼠模型中进行，尚未在人类临床试验中验证	探索低剂量RT与免疫检查点抑制剂联合治疗在癌症治疗中的优化策略	携带MC38或CT26小鼠肿瘤模型的免疫健全小鼠	癌症治疗	癌症	单细胞RNA测序	小鼠肿瘤模型	RNA测序数据	使用不同剂量RT处理的小鼠肿瘤模型
2091	2025-07-04	Peritoneal cavity-derived GATA6+ macrophages inhibit fibrosis through IL33 in endometrium 2025-Jun-29, Journal of advanced research IF:11.4Q1 DOI:10.1016/j.jare.2025.06.088 PMID:40592367	研究论文	本研究通过单细胞测序技术，识别并验证了GATA6+巨噬细胞在子宫内膜损伤修复和抑制纤维化中的关键作用	首次发现腹膜腔来源的GATA6+巨噬细胞通过IL33抑制子宫内膜纤维化的机制	研究样本可能仅限于特定类型的子宫内膜损伤患者，未涉及其他病因的子宫内膜疾病	探究子宫内膜损伤后修复过程中巨噬细胞的来源及其功能机制	正常子宫内膜和宫腔粘连(IUA)患者的子宫内膜组织	生殖医学	宫腔粘连	单细胞测序	NA	单细胞RNA测序数据	未明确提及具体样本数量，但包括正常子宫内膜和IUA患者的样本
2092	2025-07-04	The progress and trends of the mechanism of cardiopulmonary bypass-associated acute lung injury: A narrative review 2025-Jun-27, Medicine IF:1.3Q2 DOI:10.1097/MD.0000000000043019 PMID:40587734	综述	本文回顾了心肺转流相关急性肺损伤机制的研究进展与趋势	强调未来研究应聚焦于炎症关键靶点（如中性粒细胞、巨噬细胞和糖萼细胞外衣）以及基因编辑和单细胞测序等先进技术	多年来该领域未取得突破性进展，导致管理策略和临床医学措施停滞不前	揭示心肺转流相关急性肺损伤的潜在机制并寻找有效的预防和治疗策略	心肺转流相关急性肺损伤的机制	临床医学	心血管疾病	基因编辑、单细胞测序	NA	NA	NA
2093	2025-07-04	Sp140L functions as a herpesvirus restriction factor suppressing viral transcription and activating interferon-stimulated genes 2025-Jun-24, Proceedings of the National Academy of Sciences of the United States of America IF:9.4Q1 DOI:10.1073/pnas.2426339122 PMID:40526717	研究论文	该研究揭示了Sp140L作为一种疱疹病毒限制因子，通过抑制病毒转录和激活干扰素刺激基因来发挥作用	首次发现Sp140L作为疱疹病毒的限制因子，并揭示了其在干扰素非依赖性先天免疫反应中的作用	研究主要基于EBV病毒模型，对其他疱疹病毒的普适性需要进一步验证	探究疱疹病毒如何逃避宿主防御机制以及宿主限制因子的作用	EB病毒（EBV）及其与宿主B细胞的相互作用	病毒学	多发性硬化症	单细胞RNA测序	EBNA-LP敲除（LPKO）模型	RNA-seq数据	未明确说明样本数量，使用EBNA-LP敲除感染的B细胞
2094	2025-07-04	CRISPR for cystic fibrosis: Advances and insights from a systematic review 2025-Jun-17, Molecular therapy : the journal of the American Society of Gene Therapy IF:12.1Q1 DOI:10.1016/j.ymthe.2025.06.021 PMID:40534129	系统综述	本文系统综述了CRISPR技术在囊性纤维化(CF)基因治疗中的应用进展，分析了27篇相关研究文章	通过跨研究比较，分析了多种CRISPR技术对CF致病变异的编辑效果，并提出了标准化报告编辑效率和功能恢复的建议	需要更多单细胞RNA测序和体内研究以达到临床相关结论	为CRISPR基因编辑技术在CF治疗中的进一步探索提供技术见解	囊性纤维化(CF)致病变异	基因编辑	囊性纤维化	CRISPR, 同源定向修复, 碱基编辑, 原始编辑	NA	研究文章	27篇研究文章
2095	2025-07-04	A Molecular, Spatial, and Regulatory Atlas of the Hydra vulgaris Nervous System 2025-Jun-11, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2023.03.15.531610 PMID:36993575	研究论文	本研究提供了Hydra vulgaris神经系统的最全面分子和空间特征	首次通过单细胞RNA测序鉴定了八种神经元类型，并进一步细分为十五种转录不同的亚型，每种亚型具有独特的空间分布和形态	研究仅针对Hydra vulgaris，结果可能不适用于其他生物	揭示神经系统发育、稳态和再生的分子机制	Hydra vulgaris的神经系统	神经科学	NA	单细胞RNA测序, ATAC-seq	NA	分子数据, 空间数据	NA
2096	2025-07-04	Transcriptional landscape of pleural mesothelioma patients in relation to NF2 gene mutational status 2025-Jun-09, Journal of the Egyptian National Cancer Institute IF:2.1Q3 DOI:10.1186/s43046-025-00284-0 PMID:40484892	研究论文	本研究探讨了NF2基因突变状态对胸膜间皮瘤患者转录景观的影响	揭示了NF2突变如何影响肿瘤微环境、免疫浸润、细胞因子信号传导及化疗敏感性	样本量相对较小（82例），且缺乏实验验证	阐明NF2基因突变在胸膜间皮瘤生物学行为和治疗反应中的作用	82例胸膜间皮瘤患者	肿瘤基因组学	胸膜间皮瘤	RNA测序、单细胞RNA测序、生物信息学分析（xCell, Cytosig, pRRophetic）	逻辑回归模型	转录组数据	82例胸膜间皮瘤患者（来自TCGA数据库）
2097	2025-07-04	Single-Cell RNA Sequencing of Rabbit Sclera at Different Developmental Stages: Unveiling Scleral Cells Atlas and the Heterogeneity of Fibroblasts 2025-Jun-02, Investigative ophthalmology & visual science IF:5.0Q1 DOI:10.1167/iovs.66.6.83 PMID:40576432	研究论文	本研究通过单细胞RNA测序技术构建了兔巩膜发育的单细胞转录组图谱，揭示了成纤维细胞的异质性、分化轨迹、基质组表达模式及细胞间通讯	首次构建兔巩膜发育的单细胞图谱，揭示了成纤维细胞的异质性及跨物种保守特征	研究仅针对新西兰兔，未涉及其他物种或人类样本的直接验证	阐明巩膜成纤维细胞的异质性及发育过程中的分子特征	新西兰兔巩膜组织（胚胎25天及出生后7天、21天、180天）	单细胞转录组学	近视	scRNA-seq	NA	单细胞转录组数据	新西兰兔巩膜组织（E25、P7、P21、P180四个发育阶段）
2098	2025-07-04	Elevated Fcy receptor expression augments pro-inflammatory macrophage phagocytosis in systemic sclerosis and associated rheumatic diseases 2025-Jun-01, Rheumatology (Oxford, England) DOI:10.1093/rheumatology/keae688 PMID:39672802	research paper	本研究通过分析系统性硬化症（SSc）和其他风湿性疾病的巨噬细胞激活、信号通路及治疗反应，揭示了增强吞噬作用的机制	发现SSc患者巨噬细胞中FCGR基因表达升高及FcγR介导的吞噬途径富集，并指出FcγRI和FcγRII水平升高是增强吞噬活性和IL-6驱动炎症的关键因素	研究主要基于体外实验和单细胞RNA测序数据，可能无法完全反映体内复杂的免疫环境	探究SSc及其他风湿性疾病中巨噬细胞的促吞噬表型及其机制	健康对照者及SSc、RA、PsA和axSpA患者的皮肤和肺巨噬细胞	免疫学	系统性硬化症及相关风湿性疾病	scRNA-seq, 流式细胞术, Western blot, RT-qPCR	NA	基因表达数据, 蛋白质数据	来自健康对照者及SSc、RA、PsA和axSpA患者的CD14+单核细胞衍生的巨噬细胞
2099	2025-07-04	Lung-resident memory CD4+ T cells are dependent on Batf3 2025-Jun-01, Journal of immunology (Baltimore, Md. : 1950) DOI:10.1093/jimmun/vkaf035 PMID:40184040	研究论文	本文研究了Batf3转录因子在肺组织中CD4+记忆T细胞积累中的作用及其对过敏反应的影响	揭示了Batf3通过促进特定CD4+记忆T细胞亚群的发育来调控过敏性反应的分子机制	研究仅在小鼠模型中进行，尚未在人体中验证	探究肺组织中记忆T细胞积累的细胞和分子机制	小鼠肺组织中的CD4+记忆T细胞	免疫学	哮喘	单细胞RNA测序	小鼠哮喘模型	基因表达数据	Batf3缺陷小鼠和对照小鼠
2100	2025-07-04	Cardiac Fibroblasts regulate myocardium and coronary vasculature development via the collagen signaling pathway 2025-May-27, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2024.09.11.612512 PMID:39314489	研究论文	本研究揭示了心脏成纤维细胞通过胶原信号通路调控心肌和冠状血管发育的功能	首次系统研究了心脏成纤维细胞与心肌细胞、血管内皮细胞在发育过程中的相互作用，并确定了胶原信号通路的关键调控作用	研究主要基于小鼠模型，人类心脏发育可能存在差异；长期成纤维细胞消融的补偿机制需要进一步研究	探究心脏成纤维细胞在心肌和冠状血管发育中的作用机制	小鼠心脏发育过程中的成纤维细胞、心肌细胞和血管内皮细胞	发育生物学	心血管疾病	scRNA-seq, RNA染色, Pdgfra-CreER控制的DTA消融系统	NA	单细胞转录组数据	不同发育阶段的小鼠心脏组织样本