单细胞与空转测序相关文章

序号	推送日期	文章	类型	简述	创新点	不足	研究目的	研究对象	领域	病种	技术	模型	数据类型	样本量
20961	2024-08-05	Liver sinusoidal endothelial cells induce BMP6 expression in response to non-transferrin-bound iron 2023-01-19, Blood IF:21.0Q1 DOI:10.1182/blood.2022016987 PMID:36351237	研究论文	本文研究了肝窦内皮细胞如何在非转铁蛋白结合的铁的刺激下诱导BMP6表达	研究揭示了肝窦内皮细胞内铁感应机制，并提出了Tfr1在低铁条件下的作用	在铁挑战下，尽管最终能够诱导Bmp6，但相对于肝脏铁含量的水平有时略低	探讨肝窦内皮细胞对系统性铁过载的适应机制	使用转铁蛋白受体1特异性缺失的转基因小鼠进行单细胞转录组分析	数字病理学	NA	单细胞转录组学	转基因小鼠	mRNA	TfrcTek-Cre和Tfrcfl/fl小鼠
20962	2024-08-05	TEDD: a database of temporal gene expression patterns during multiple developmental periods in human and model organisms 2023-01-06, Nucleic acids research IF:16.6Q1 DOI:10.1093/nar/gkac978 PMID:36350663	研究论文	TEDD是一个关于人类和模式生物在多个发育阶段的时间基因表达模式的数据库。	系统策划并整合了来自2760个大样本和超过510万个单细胞的最新和最全面的测序数据集。	本研究未提及具体的局限性。	研究基因在组织/器官发育以及导致疾病的机制中的作用。	涉及481种细胞类型、79种组织类型和92个时间点的基因表达和染色质可及性分析。	数字病理学	NA	单细胞测序	NA	数据集	2760个大样本和超过510万个单细胞
20963	2024-08-08	NPInter v5.0: ncRNA interaction database in a new era 2023-01-06, Nucleic acids research IF:16.6Q1 DOI:10.1093/nar/gkac1002 PMID:36373614	研究论文	本文介绍了NPInter数据库的第五次更新，该数据库记录了非编码RNA（ncRNA）与其他生物分子之间的相互作用	通过手动文献挖掘和高通量数据处理，ncRNA相互作用条目数量翻倍，并集成了来自iMARGI、ChAR-seq和GRID-seq的全球RNA-DNA相互作用数据，显著增加了RNA-DNA相互作用的记录数量	NA	更新和扩展NPInter数据库，以记录更多的ncRNA相互作用，为生物学研究提供有价值的信息	ncRNA与其他生物分子之间的相互作用	生物信息学	NA	高通量测序	NA	文本	ncRNA相互作用条目从1,100,618增加到2,596,695，RNA-DNA相互作用从888,915增加到8,329,382
20964	2024-08-08	Single-cell profiling reveals mechanisms of uncontrolled inflammation and glycolysis in decidual stromal cell subtypes in recurrent miscarriage 2023-01-05, Human reproduction (Oxford, England) DOI:10.1093/humrep/deac240 PMID:36355621	研究论文	研究通过单细胞RNA测序揭示了反复流产中基质细胞亚型的炎症和糖酵解机制	首次鉴定出三种基质细胞亚型，其中炎症型和糖酵解型在反复流产中显著富集，并提出了一个由缺氧压力、失控炎症和异常糖酵解驱动的病理模型	单细胞RNA测序的基质样本数量有限，未来研究需要深入的功能研究	探究反复流产中基质细胞亚型的存在及其在疾病中的作用	基质细胞亚型及其在反复流产中的作用	NA	反复流产	单细胞RNA测序	NA	RNA	15个早期基质样本，包括5个健康供体和10个反复流产患者
20965	2024-08-05	A novel cuproptosis-related gene signature of prognosis and immune microenvironment in head and neck squamous cell carcinoma cancer 2023-Jan, Journal of cancer research and clinical oncology IF:2.7Q3 DOI:10.1007/s00432-022-04471-7 PMID:36376617	研究论文	该研究系统评估了与cuproptosis相关的基因在头颈癌中的表达和遗传变化，并构建了风险模型来预测患者的生存率	提出了cuproptosis相关基因的风险模型，并分析了其与免疫微环境的关系	本研究尚未在临床应用中进行验证	探讨cuproptosis相关基因在头颈鳞状细胞癌患者中的预后价值	头颈鳞状细胞癌患者及其非癌性组织样本	数字病理学	头颈癌	单细胞测序	Cox回归和Lasso回归模型	基因表达数据	涉及19个cuproptosis相关基因的头颈鳞状细胞癌和非癌性组织样本
20966	2024-08-08	Isolation of Murine Articular Chondrocytes for Single-Cell RNA or Bulk RNA Sequencing Analysis 2023, Methods in molecular biology (Clifton, N.J.) DOI:10.1007/978-1-0716-2839-3_14 PMID:36355293	研究论文	本文介绍了一种从啮齿动物模型关节中分离软骨细胞的技术，用于单细胞RNA或批量RNA测序分析	提出了一种优化的技术，通过一系列酶消化和双阴性选择过程，使用流式细胞术从密集的细胞外基质中分离出软骨细胞	NA	开发一种有效的方法来分离软骨细胞，以便进行单细胞RNA测序分析	啮齿动物模型的关节软骨细胞	NA	NA	单细胞RNA测序 (scRNA-seq), 流式细胞术 (FACS)	NA	RNA	NA
20967	2024-08-08	Single-cell RNA sequencing of peripheral blood reveals that monocytes with high cathepsin S expression aggravate cerebral ischemia-reperfusion injury 2023-01, Brain, behavior, and immunity DOI:10.1016/j.bbi.2022.11.001 PMID:36371010	研究论文	本文通过单细胞RNA测序研究了外周血中单核细胞的cathepsin S表达在脑缺血-再灌注损伤中的作用	首次揭示了cathepsin S在单核细胞中的表达模式及其在脑缺血-再灌注损伤中的关键作用	NA	探讨外周免疫细胞如何影响中枢炎症反应及干预措施对缺血-再灌注损伤的影响	小鼠外周血中的单核细胞及其在脑缺血-再灌注损伤中的作用	数字病理学	脑血管疾病	单细胞转录组测序	NA	转录组数据	小鼠外周血样本
20968	2024-08-08	Directly induced human retinal ganglion cells mimic fetal RGCs and are neuroprotective after transplantation in vivo 2022-12-13, Stem cell reports IF:5.9Q2 DOI:10.1016/j.stemcr.2022.10.011 PMID:36368332	研究论文	本文开发了一种快速协议，用于从人干细胞直接诱导视网膜神经节细胞（iRGC）的分化，并通过钙成像和单细胞RNA测序验证了其与胎儿视网膜神经节细胞的高度相似性，并展示了其在移植后的神经保护功能。	本文首次展示了直接诱导的人视网膜神经节细胞（iRGC）与胎儿视网膜神经节细胞的高度相似性，并证明了其在移植后的神经保护功能。	NA	开发一种新的视网膜神经节细胞替换疗法，以恢复青光眼和其他视神经病变患者的视力。	人干细胞直接诱导的视网膜神经节细胞（iRGC）及其在移植后的功能。	干细胞研究	视神经病变	钙成像，单细胞RNA测序	NA	细胞	NA
20969	2024-08-08	Liver tumour immune microenvironment subtypes and neutrophil heterogeneity 2022-12, Nature IF:50.5Q1 DOI:10.1038/s41586-022-05400-x PMID:36352227	研究论文	本研究通过单细胞RNA测序分析了189个肝癌样本，揭示了肝癌免疫微环境的不同亚型及其与临床相关性的联系	首次详细描述了肝癌免疫微环境的五种亚型，并揭示了肿瘤相关中性粒细胞在免疫抑制中的作用	NA	探究肝癌免疫微环境的异质性及其与临床相关性的联系	肝癌患者的免疫微环境和肿瘤相关中性粒细胞	数字病理学	肝癌	单细胞RNA测序	NA	RNA	189个样本，包括124名患者和8只小鼠
20970	2024-08-08	Tissue-resident memory T cells: The key frontier in local synovitis memory of rheumatoid arthritis 2022-12, Journal of autoimmunity IF:7.9Q1 DOI:10.1016/j.jaut.2022.102950 PMID:36356551	研究论文	本文探讨了类风湿性关节炎（RA）中组织驻留记忆T细胞（T）在局部滑膜炎记忆中的作用	提出使用单细胞RNA测序（scRNA-seq）与空间转录组学技术来探索T细胞在时间和空间维度上的基因表达模式，以识别特定的治疗靶点	目前对滑膜T细胞的异质性了解不明确	研究T细胞在RA局部复发和器官受累中的作用，并探索新的治疗方法	组织驻留记忆T细胞（T）及其在RA中的作用	免疫学	类风湿性关节炎	单细胞RNA测序（scRNA-seq）	NA	基因表达数据	未具体说明
20971	2024-08-08	Graph deep learning for the characterization of tumour microenvironments from spatial protein profiles in tissue specimens 2022-12, Nature biomedical engineering IF:26.8Q1 DOI:10.1038/s41551-022-00951-w PMID:36357512	研究论文	本文展示了利用图神经网络基于组织样本中的空间蛋白质分布来模拟肿瘤微环境，并将其建模为局部子图，以捕捉与不同临床结果相关的独特细胞相互作用	本文提出的图深度学习模型在预测患者结果方面比基于细胞类型局部组成的深度学习方法更为准确，并提供了关于肿瘤细胞和粒细胞空间分隔对患者预后影响的见解	NA	研究如何从多重免疫荧光成像的丰富数据集中识别和表征与疾病相关的微环境	人类头颈部和结直肠癌的组织样本	计算机视觉	头颈部癌, 结直肠癌	多重免疫荧光成像	图神经网络	图像	40-plex免疫荧光成像应用于人类头颈部和结直肠癌的组织样本
20972	2024-08-08	A transient inflammatory response contributes to oxaliplatin neurotoxicity in mice 2022-Dec, Annals of clinical and translational neurology IF:4.4Q1 DOI:10.1002/acn3.51691 PMID:36369764	研究论文	本研究通过单细胞RNA测序分析了背根神经节中小神经元和卫星胶质细胞的转录组，揭示了奥沙利铂引起的神经毒性与炎症反应的关系。	本研究首次通过单细胞RNA测序揭示了奥沙利铂神经毒性中炎症反应的分子机制，并提出了抗炎策略作为预防奥沙利铂引起的外周神经病变的新治疗方法。	NA	确定奥沙利铂神经毒性发展的确切分子机制，并寻找新的治疗靶点。	小鼠模型的背根神经节中的感觉神经元和卫星胶质细胞。	NA	结直肠癌	单细胞RNA测序	NA	RNA	NA
20973	2024-08-08	Epigenomic landscape study reveals molecular subtypes and EBV-associated regulatory epigenome reprogramming in nasopharyngeal carcinoma 2022-Dec, EBioMedicine IF:9.7Q1 DOI:10.1016/j.ebiom.2022.104357 PMID:36371985	研究论文	本研究通过整合全基因组亚硫酸氢盐测序、转座酶可及染色质测序、全外显子测序和单细胞RNA测序数据，探讨了EB病毒相关表观遗传失调在鼻咽癌中的作用	发现了EB病毒阳性鼻咽癌中一种新的全局低甲基化亚型，并识别了EB病毒特异性差异甲基化区域，这些区域与CTCF结合丢失相关	NA	揭示鼻咽癌中的表观遗传异质性，并探讨EB病毒感染与宿主因子在病毒相关表观遗传变化中的作用	鼻咽癌中的EB病毒相关表观遗传失调	数字病理学	鼻咽癌	全基因组亚硫酸氢盐测序（WGBS）、转座酶可及染色质测序（ATAC-Seq）、全外显子测序（WES）、单细胞RNA测序（scRNA-Seq）	NA	基因组数据、转录组数据	NA
20974	2024-08-08	Single-cell mapping reveals dysregulation of immune cell populations and VISTA+ monocytes in myasthenia gravis 2022-12, Clinical immunology (Orlando, Fla.) DOI:10.1016/j.clim.2022.109184 PMID:36372318	研究论文	本研究通过单细胞测序和流式细胞术分析了重症肌无力患者和健康对照者的免疫细胞组成和功能变化	首次揭示了重症肌无力患者中VISTA+单核细胞的增加以及多种免疫检查点的异常表达	研究样本量相对较小，且未涉及长期随访数据	探究重症肌无力患者免疫细胞的异常调控及其潜在的生物标志物	重症肌无力患者和健康对照者的血液样本	免疫学	重症肌无力	单细胞RNA测序	NA	RNA	12名未接受免疫抑制治疗的重症肌无力患者和10名性别及年龄匹配的健康对照者，以及外部验证队列中的38名重症肌无力患者和21名健康对照者
20975	2024-08-08	Single-cell RNA sequencing for traumatic spinal cord injury 2022-12, FASEB journal : official publication of the Federation of American Societies for Experimental Biology IF:4.4Q2 DOI:10.1096/fj.202200943R PMID:36374259	研究论文	本文探讨了单细胞RNA测序（scRNA-seq）在创伤性脊髓损伤（tSCI）研究中的应用，分析了损伤后脊髓微环境的细胞和分子变化	利用scRNA-seq技术深入研究了tSCI后脊髓细胞类型的多样性和细胞间通讯的分子机制	NA	探索tSCI后脊髓微环境的细胞和分子变化，以及细胞间通讯的机制	创伤性脊髓损伤后的脊髓细胞和分子变化	数字病理学	脊髓损伤	单细胞RNA测序（scRNA-seq）	NA	RNA	NA
20976	2024-08-08	Twist2-expressing cells reside in human skeletal muscle and are responsive to aging and resistance exercise training 2022-12, FASEB journal : official publication of the Federation of American Societies for Experimental Biology IF:4.4Q2 DOI:10.1096/fj.202201349RR PMID:36374263	研究论文	本文通过单细胞RNA测序分析和免疫荧光染色，证明了Twist2表达细胞在人体骨骼肌中的存在及其定位，并探讨了这些细胞对衰老和阻力训练的响应	首次在人体骨骼肌中发现Twist2表达细胞，并证实这些细胞与小鼠中的Twist2表达细胞在转录水平上高度相似	尚未完全阐明Twist2表达细胞的成肌潜能及其与肌肉质量或肌肉纤维横截面积的关系	探讨Twist2表达细胞在人体骨骼肌中的存在及其对衰老和阻力训练的响应	人体骨骼肌中的Twist2表达细胞及其对衰老和阻力训练的响应	NA	NA	单细胞RNA测序分析，免疫荧光染色	NA	单细胞RNA测序数据，免疫荧光图像	年轻和老年人的骨骼肌活检样本，以及进行12周阻力训练的人体样本
20977	2024-08-08	Multiplexed analysis of gene expression and chromatin accessibility of human umbilical cord blood using scRNA-Seq and scATAC-Seq 2022-12, Molecular immunology IF:3.2Q3 DOI:10.1016/j.molimm.2022.10.013 PMID:36375296	研究论文	本研究利用scRNA-Seq和scATAC-Seq技术对人类脐带血细胞的基因表达和染色质可及性进行了无偏分析	首次全面揭示了脐带血细胞在不同孕周的基因表达和染色质可及性特征	NA	深入理解脐带血细胞的染色质景观和调控网络	人类脐带血细胞的基因表达和染色质可及性	数字病理学	NA	scRNA-Seq, scATAC-Seq	NA	基因表达数据, 染色质可及性数据	31至37孕周的脐带血细胞样本
20978	2024-08-08	scSSA: A clustering method for single cell RNA-seq data based on semi-supervised autoencoder 2022-12, Methods (San Diego, Calif.) DOI:10.1016/j.ymeth.2022.10.006 PMID:36377123	研究论文	本文提出了一种基于半监督自编码器的单细胞RNA测序数据聚类方法scSSA	scSSA结合了半监督自编码器、快速独立成分分析和高斯混合聚类，充分利用了现有的生物信息	NA	开发一种新的单细胞RNA测序数据聚类方法	单细胞RNA测序数据	生物信息学	NA	单细胞RNA测序	半监督自编码器	基因表达数据	10个公共单细胞RNA测序数据集
20979	2024-08-08	Polony gels enable amplifiable DNA stamping and spatial transcriptomics of chronic pain 2022-11-23, Cell IF:45.5Q1 DOI:10.1016/j.cell.2022.10.021 PMID:36368323	研究论文	本文介绍了一种大规模可扩展的印章方法，用于制造含有独特条形码的约1微米克隆DNA集群的聚合物凝胶阵列，并利用这些凝胶开发了一种名为Pixel-seq的单细胞空间转录组测定法，应用于小鼠的旁臂核并分析了神经性疼痛调节的转录组和细胞间通信的变化。	提出了一种新的聚合物凝胶印章方法，相比依赖测序的阵列制造方法，成本降低了至少35倍，时间缩短至约7小时。	NA	开发一种成本效益高、通量大的方法来获取复杂组织中空间解析的组学数据。	小鼠的旁臂核组织，以及神经性疼痛调节的转录组和细胞间通信。	分子生物学	神经性疼痛	聚合物凝胶印章技术	NA	转录组数据	小鼠的旁臂核组织样本
20980	2024-08-08	Single-cell sequencing unveils key contributions of immune cell populations in cancer-associated adipose wasting 2022-Nov-15, Cell discovery IF:13.0Q1 DOI:10.1038/s41421-022-00466-3 PMID:36376273	研究论文	本研究利用单细胞转录组学技术，揭示了癌症相关恶病质（CAC）中脂肪组织损失的免疫细胞群体的关键作用	首次全面分析了CAC患者和非CAC患者的白色脂肪组织中的间质血管部分细胞组成，并发现了脂肪前体细胞和免疫细胞的库房特异性和疾病特异性集群及发育轨迹	NA	揭示癌症相关恶病质中慢性炎症和脂肪消耗的因果机制	癌症相关恶病质患者的白色脂肪组织中的免疫细胞和脂肪前体细胞	数字病理学	癌症	单细胞转录组学	NA	转录组	CAC患者和非CAC患者的白色脂肪组织样本