单细胞与空转测序相关文章
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当前共找到 27435 篇文献，本页显示第 20921 - 20940 篇。
| 序号 | 推送日期 | 文章 | 类型 | 简述 | 创新点 | 不足 | 研究目的 | 研究对象 | 领域 | 病种 | 技术 | 模型 | 数据类型 | 样本量 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 20921 | 2024-08-08 |
Skeletal Stem/Progenitor Cells in Periosteum and Skeletal Muscle Share a Common Molecular Response to Bone Injury
2022-08, Journal of bone and mineral research : the official journal of the American Society for Bone and Mineral Research
IF:5.1Q1
DOI:10.1002/jbmr.4616
PMID:35652423
|
研究论文 | 研究显示，骨再生过程中，来自骨膜和骨骼肌的骨骼干细胞/祖细胞（SSPCs）在骨折修复期间比骨髓基质细胞更有效地参与软骨内骨化 | 首次揭示了骨膜和骨骼肌中的SSPCs在骨折后共同激活的分子机制，并发现BMP信号传导在此过程中的关键作用 | NA | 探讨骨骼干细胞/祖细胞在骨再生过程中的分子响应和功能 | 骨骼干细胞/祖细胞（SSPCs）及其在骨膜和骨骼肌中的作用 | NA | NA | 单细胞RNA测序（RNAseq） | NA | RNA | NA |
| 20922 | 2024-08-08 |
Detection of cell-cell interactions via photocatalytic cell tagging
2022-08, Nature chemical biology
IF:12.9Q1
DOI:10.1038/s41589-022-01044-0
PMID:35654846
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研究论文 | 本文介绍了利用光催化细胞标记技术（PhoTag）来研究细胞间相互作用的方法 | 引入了光催化细胞标记技术（PhoTag），结合单域抗体和光活化黄素基辅因子，实现了对细胞间相互作用的高分辨率分析 | NA | 开发一种新技术来研究疾病环境中免疫细胞间的相互作用 | 免疫细胞间的相互作用，特别是抗原呈递细胞与T细胞系统中的PD-1/PD-L1轴 | 生物技术 | NA | 光催化细胞标记技术（PhoTag） | NA | 细胞 | 外周血单个核细胞和Raji PD-L1 B细胞 |
| 20923 | 2024-08-08 |
Single cell- and spatial 'Omics revolutionize physiology
2022-08, Acta physiologica (Oxford, England)
DOI:10.1111/apha.13848
PMID:35656634
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综述 | 本文综述了单细胞多组学和空间转录组学技术在生理学研究中的应用 | 介绍了单细胞和空间转录组学技术在胚胎发育、肿瘤免疫学等领域的最新进展 | 讨论了这些技术的优势和局限性 | 探讨单细胞和空间转录组学技术在生理学研究中的应用 | 胚胎发育、肿瘤免疫学、复杂组织的细胞组成和功能等 | 生物技术 | NA | 单细胞多组学、空间转录组学 | NA | 转录组数据 | NA |
| 20924 | 2024-08-08 |
Future directions for precision oncology in prostate cancer
2022-08, The Prostate
DOI:10.1002/pros.24354
PMID:35657153
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综述 | 本文综述了前列腺癌精准肿瘤学未来的发展方向，重点讨论了临床基因组检测、肿瘤异质性、分子特征及新技术在前列腺癌精准治疗中的应用 | 探讨了全基因组测序、转录组分析、表观遗传分析和单细胞RNA测序等扩展组织技术以及基于血液的细胞游离DNA、循环肿瘤细胞和外泌体等技术在前列腺癌精准医学中的潜在应用 | 目前前列腺癌中可操作的基因组改变总体发生率较低，且对肿瘤异质性和共存改变对治疗反应和结果的影响理解有限 | 探讨前列腺癌精准肿瘤学测试的未来实施和技术进步 | 前列腺癌患者及肿瘤分子特征 | 数字病理学 | 前列腺癌 | 全基因组测序、转录组分析、表观遗传分析、单细胞RNA测序、细胞游离DNA、循环肿瘤细胞、外泌体 | NA | 基因组数据、转录组数据、表观遗传数据、单细胞RNA数据、细胞游离DNA、循环肿瘤细胞、外泌体 | NA |
| 20925 | 2024-08-08 |
Integrated analysis of single-cell and bulk RNA sequencing reveals pro-fibrotic PLA2G7high macrophages in pulmonary fibrosis
2022-08, Pharmacological research
IF:9.1Q1
DOI:10.1016/j.phrs.2022.106286
PMID:35662628
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研究论文 | 本研究通过综合分析肺部单细胞和批量RNA测序数据，揭示了在肺纤维化中高度表达PLA2G7的特定巨噬细胞亚群及其在纤维化过程中的作用 | 首次发现并验证了PLA2G7在肺纤维化中的特定巨噬细胞亚群，并揭示了其在纤维母细胞向肌纤维母细胞转化中的作用机制 | NA | 探讨肺纤维化中特定巨噬细胞亚群的作用及其分子机制 | 肺纤维化患者的肺部单细胞和批量RNA测序数据，以及bleomycin诱导的小鼠肺纤维化模型 | 数字病理学 | 肺纤维化 | RNA测序 | NA | RNA数据 | 涉及肺纤维化患者和小鼠模型的肺部样本 |
| 20926 | 2024-08-08 |
Hepatobiliary Tumor Organoids Reveal HLA Class I Neoantigen Landscape and Antitumoral Activity of Neoantigen Peptide Enhanced with Immune Checkpoint Inhibitors
2022-08, Advanced science (Weinheim, Baden-Wurttemberg, Germany)
DOI:10.1002/advs.202105810
PMID:35665491
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研究论文 | 本研究通过分析肿瘤组织和匹配的肿瘤类器官（27对）的neoantigen-peptides的免疫原性潜力，利用全基因组测序（WGS）基于HLA-I类算法的Score工具，揭示了肝胆肿瘤的HLA-I类新抗原景观及新抗原肽增强的抗肿瘤活性与免疫检查点抑制剂的联合作用 | 开发了一个平台来评估T细胞对新抗原的反应，用于新抗原筛选 | NA | 研究肝胆肿瘤的HLA-I类新抗原景观，并探索新抗原肽在个性化免疫治疗中的应用 | 肿瘤组织和匹配的肿瘤类器官的新抗原肽 | 数字病理学 | 肝胆肿瘤 | 全基因组测序（WGS），RNA-seq，单细胞RNA-seq，质谱 | NA | 基因组数据，转录组数据 | 27对肿瘤组织和匹配的肿瘤类器官 |
| 20927 | 2024-08-08 |
Comparative analysis of the testes from wild-type and Alkbh5-knockout mice using single-cell RNA sequencing
2022-07-29, G3 (Bethesda, Md.)
DOI:10.1093/g3journal/jkac130
PMID:35652742
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研究论文 | 本研究通过单细胞RNA测序技术，对比分析了野生型和Alkbh5敲除小鼠的睾丸样本，揭示了ALKBH5在精子发生和生殖细胞发育中的重要作用 | 本研究首次提供了ALKBH5缺陷小鼠睾丸的单细胞RNA测序图谱，为理解ALKBH5在生殖细胞发育和精子发生中的分子机制提供了新的见解 | NA | 探究ALKBH5缺陷如何影响小鼠的精子发生和生殖细胞发育 | 野生型和Alkbh5敲除小鼠的睾丸细胞 | 数字病理学 | 男性不育 | 单细胞RNA测序 | NA | RNA测序数据 | 5,596个野生型小鼠睾丸细胞和6,816个敲除小鼠睾丸细胞 |
| 20928 | 2024-08-08 |
Spectral clustering of single-cell multi-omics data on multilayer graphs
2022-07-11, Bioinformatics (Oxford, England)
DOI:10.1093/bioinformatics/btac378
PMID:35652725
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研究论文 | 本文介绍了两种基于多层图的谱聚类算法，用于对多组学单细胞测序数据进行细胞聚类 | 本文通过统一的数学框架，将多层图的每一层用哈密顿算子和其本征态的混合表示，展示了加权局部线性（WLL）方法是流行的Seurat加权最近邻（WNN）算法的多层谱图理论重构 | NA | 探索如何整合多模态信息以获得共同的细胞类型识别 | 多组学单细胞测序数据 | 生物信息学 | NA | 单细胞测序技术 | 多层图谱聚类算法 | 多组学数据 | 脐带血单个核细胞的CITE-seq数据集 |
| 20929 | 2024-08-08 |
WAT3R: recovery of T-cell receptor variable regions from 3' single-cell RNA-sequencing
2022-07-11, Bioinformatics (Oxford, England)
DOI:10.1093/bioinformatics/btac382
PMID:35674381
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研究论文 | 本文介绍了一种分析管道WAT3R，用于处理从3'单细胞RNA测序（scRNA-seq）中富集的T细胞受体（TCR）可变区域数据 | WAT3R工具能够将TRA和TRB的核苷酸和氨基酸序列与细胞条形码关联，从而重建具有相关转录组的T细胞克隆型 | NA | 开发一种全面的计算管道，用于处理从3' scRNA-seq中富集的TCR可变区域数据 | T细胞受体（TCR）的可变区域及其在单细胞转录组中的应用 | 生物信息学 | NA | 3'单细胞RNA测序（scRNA-seq） | NA | 转录组数据 | 使用健康供者的外周血单个核细胞进行软件验证 |
| 20930 | 2024-08-08 |
Multimodal analyses of vitiligo skin identify tissue characteristics of stable disease
2022-07-08, JCI insight
IF:6.3Q1
DOI:10.1172/jci.insight.154585
PMID:35653192
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研究论文 | 本文通过结合非侵入性多光子显微镜（MPM）成像和单细胞RNA测序（scRNA-Seq），研究了稳定期白癜风患者的皮肤特征，揭示了角质形成细胞的亚群及其在疾病持续中的作用。 | 首次结合MPM成像和scRNA-Seq技术，揭示了稳定期白癜风皮肤中角质形成细胞的新亚群及其在疾病持续中的作用。 | 研究主要集中在稳定期白癜风患者，对活动期白癜风的研究较少。 | 探索稳定期白癜风皮肤中角质形成细胞的亚群及其在疾病持续中的作用。 | 稳定期白癜风患者的皮肤组织。 | 数字病理学 | 白癜风 | 多光子显微镜（MPM）成像，单细胞RNA测序（scRNA-Seq） | NA | 图像，基因表达数据 | 具体样本数量未在摘要中提及 |
| 20931 | 2024-08-08 |
hapln1 Defines an Epicardial Cell Subpopulation Required for Cardiomyocyte Expansion During Heart Morphogenesis and Regeneration
2022-07-05, Circulation
IF:35.5Q1
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研究论文 | 本研究通过单细胞RNA测序分析了成年斑马鱼心脏中的7个心外膜细胞集群，并发现其中表达hapln1a和hapln1b的集群与心脏再生有最强关联。研究揭示了这些细胞在心脏生长和再生过程中促进透明质酸沉积，支持心室致密肌层形成，并在心脏损伤部位促进心肌细胞增殖和肌肉再生。 | 首次鉴定出在心脏再生过程中表达hapln1a和hapln1b的心外膜细胞集群，并阐明了其在心脏生长和再生中的关键作用。 | 研究主要集中在斑马鱼模型上，未来需要进一步在哺乳动物模型中验证这些发现。 | 探讨心外膜细胞在心脏再生中的作用及其分子机制。 | 心外膜细胞及其在心脏再生中的作用。 | 数字病理学 | 心血管疾病 | 单细胞RNA测序 | NA | 基因表达数据 | 成年斑马鱼的心外膜细胞 |
| 20932 | 2024-08-08 |
Automatic Microfluidic Cell Wash Platform for Purifying Cells in Suspension: Puriogen
2022-07-05, Analytical chemistry
IF:6.7Q1
DOI:10.1021/acs.analchem.2c01616
PMID:35658406
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研究论文 | 本文介绍了一种名为Puriogen的自动化微流控细胞清洗平台，用于悬浮细胞的纯化 | Puriogen采用独特的惯性微流控装置，无需离心，能高效自动完成细胞清洗过程，处理速度高达500 μL/min以上 | NA | 开发一种无需离心且自动化的细胞清洗平台，以提高细胞分析前的样本准备效率 | 悬浮细胞的纯化 | 生物技术 | NA | 微流控技术 | NA | 细胞样本 | 处理速度高达500 μL/min |
| 20933 | 2024-08-08 |
Cellular and immunometabolic mechanisms of inflammation in depression: Preliminary findings from single cell RNA sequencing and a tribute to Bruce McEwen
2022-Jul, Neurobiology of stress
IF:4.3Q1
DOI:10.1016/j.ynstr.2022.100462
PMID:35655933
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研究论文 | 本研究通过单细胞RNA测序探索了重度抑郁症（MD）患者中炎症与免疫代谢重编程之间的关系，特别是在高C反应蛋白（CRP）水平下的单核细胞和CD4 T细胞的变化。 | 首次在单细胞水平上揭示了MD患者中炎症与免疫代谢重编程的关联，特别是在高CRP水平下的单核细胞和CD4 T细胞的变化。 | 研究样本量较小，仅包括6名MD患者，且仅限于未接受药物治疗且病情稳定的门诊患者。 | 探究重度抑郁症患者中炎症与免疫代谢重编程的细胞和分子机制。 | 重度抑郁症患者的外周血单核细胞和CD4 T细胞。 | NA | 抑郁症 | 单细胞RNA测序 | NA | RNA | 6名重度抑郁症患者 |
| 20934 | 2024-08-08 |
Development and characterization of a mass cytometry panel for detecting the effect of acute doxorubicin exposure on murine cardiac nonmyocytes
2022-07-01, American journal of physiology. Heart and circulatory physiology
DOI:10.1152/ajpheart.00514.2021
PMID:35657614
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研究论文 | 本文研究了多柔比星（DOX）对小鼠心脏非肌细胞的急性影响，并开发了一种质谱流式细胞术（CyTOF）面板来检测这种影响。 | 首次使用质谱流式细胞术研究心脏非肌细胞，并结合单细胞RNA测序数据进行分析。 | NA | 探讨儿童癌症幸存者接受化疗后慢性心脏疾病的病理机制。 | 小鼠心脏非肌细胞对多柔比星的急性反应。 | 数字病理学 | NA | 质谱流式细胞术（CyTOF），单细胞RNA测序（scRNAseq） | 稀疏自编码器（SAUCIE） | 细胞 | 小鼠模型，每天给予4 mg/kg/天的多柔比星，持续5天，分别在24小时和72小时后进行检测。 |
| 20935 | 2024-08-08 |
Novel bi-allelic variants in KASH5 are associated with meiotic arrest and non-obstructive azoospermia
2022-Jun-30, Molecular human reproduction
IF:3.6Q1
DOI:10.1093/molehr/gaac021
PMID:35674372
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研究论文 | 本研究通过全外显子测序和CNV阵列，在非阻塞性无精症患者及其不育姐妹中发现了KASH5基因的新型杂合拷贝数变异和功能丧失变异，并首次评估了KASH5蛋白在人类精母细胞中的表达。 | 首次在人类中评估KASH5蛋白表达，并通过单细胞RNA测序揭示了人和小鼠中LINC复合体及相关基因的相似表达模式，表明染色体运动和核膜重塑的保守调控机制。 | NA | 探索KASH5基因变异与非阻塞性无精症及减数分裂停滞的关联，并研究其在人类减数分裂前期的调控作用。 | KASH5基因、非阻塞性无精症患者及其不育姐妹、KASH5蛋白在人类精母细胞中的表达。 | NA | 男性不育症 | 全外显子测序、CNV阵列、单细胞RNA测序 | NA | 基因序列、蛋白质表达 | 非阻塞性无精症患者及其不育姐妹 |
| 20936 | 2024-08-08 |
Protocols for SARS-CoV-2 infection in primary ocular cells and eye organoids
2022-06-17, STAR protocols
IF:1.3Q4
DOI:10.1016/j.xpro.2022.101383
PMID:35664254
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研究论文 | 本文描述了一系列评估SARS-CoV-2在人眼模型中感染的协议 | 提供了完整的眼器官分化、SARS-CoV-2感染及单细胞RNA测序处理的详细步骤 | NA | 评估SARS-CoV-2在人眼模型中的感染情况 | 人眼器官和成人眼部细胞 | 数字病理学 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | 细胞 | 从尸体捐赠者眼中获取的成人眼部细胞 |
| 20937 | 2024-08-08 |
popsicleR: A R Package for Pre-processing and Quality Control Analysis of Single Cell RNA-seq Data
2022-06-15, Journal of molecular biology
IF:4.7Q1
DOI:10.1016/j.jmb.2022.167560
PMID:35662457
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研究论文 | 介绍了一个名为popsicleR的R包，用于单细胞RNA测序数据的预处理和质量控制分析 | popsicleR包整合了多种广泛使用的管道方法，为有经验和无经验的用户提供了一个交互式的指导工具，用于单细胞RNA测序数据的预处理和质量控制 | NA | 开发一个工具，简化单细胞RNA测序数据的预处理和质量控制过程 | 单细胞RNA测序数据 | 生物信息学 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | 基因表达数据 | NA |
| 20938 | 2024-08-08 |
Characterization of gene cluster heterogeneity in single-cell transcriptomic data within and across cancer types
2022-06-15, Biology open
IF:1.8Q3
DOI:10.1242/bio.059256
PMID:35665803
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研究论文 | 本文提供了一系列定量方法来分析癌症单细胞RNA测序数据，包括评估肿瘤内异质性/同质性的两种定量措施，从单细胞RNA测序数据中建立基因簇层次结构并进行功能富集和异质性分析，以及开发算法将多个数据集的基因簇层次结构对齐到少数几个元基因簇 | 本文首次提出了定量评估肿瘤内异质性/同质性的方法，并开发了算法将多个数据集的基因簇层次结构对齐到少数几个元基因簇，从而揭示了癌症细胞转录组的异质性和功能富集特征 | 本文未能在单细胞数据中保留乳腺癌亚型在批量级数据中的组合表达模式 | 旨在通过定量方法和算法分析癌症单细胞RNA测序数据，揭示癌症细胞转录组的异质性和功能富集特征 | 癌症单细胞RNA测序数据中的基因簇异质性和功能富集 | 数字病理学 | NA | 单细胞RNA测序 (sc-RNAseq) | NA | 基因表达数据 | 九个癌症单细胞RNA测序数据集 |
| 20939 | 2024-08-08 |
Signatures of glial activity can be detected in the CSF proteome
2022-06-14, Proceedings of the National Academy of Sciences of the United States of America
IF:9.4Q1
DOI:10.1073/pnas.2119804119
PMID:35666874
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研究论文 | 研究利用单细胞转录组学揭示的特定胶质细胞激活状态，探索其在脑脊液（CSF）蛋白质组中的变化，特别是在阿尔茨海默病和帕金森病中的应用。 | 首次发现胶质细胞相关的蛋白质在CSF中的变化，这些变化与单细胞转录组学中描述的疾病相关胶质基因有重叠。 | 研究主要基于小鼠模型，需要进一步在人类样本中验证。 | 探索胶质细胞活动在脑脊液蛋白质组中的表现，以及其在疾病监测和治疗反应中的应用。 | 胶质细胞在脑脊液中的蛋白质变化，特别是在阿尔茨海默病和帕金森病中的表现。 | 数字病理学 | 神经退行性疾病 | 非靶向液相色谱-质谱法 | NA | 蛋白质组数据 | 超过20种胶质细胞来源的蛋白质在老年β-淀粉样蛋白前体蛋白和α-突触核蛋白转基因小鼠的CSF中增加 |
| 20940 | 2024-08-08 |
Author Correction: Single-cell transcriptomics captures features of human midbrain development and dopamine neuron diversity in brain organoids
2022-Jun-08, Nature communications
IF:14.7Q1
DOI:10.1038/s41467-022-31024-w
PMID:35676291
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NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA |