单细胞与空转测序相关文章

序号	推送日期	文章	类型	简述	创新点	不足	研究目的	研究对象	领域	病种	技术	模型	数据类型	样本量
20881	2024-08-08	Genetic encoding of an esophageal motor circuit 2022-06-14, Cell reports IF:7.5Q1 DOI:10.1016/j.celrep.2022.110962 PMID:35705034	研究论文	本文通过单细胞RNA测序分析，揭示了核模糊（nAmb）神经元的三种分子特异性亚型，并探讨了它们在食道肌肉控制中的作用	首次通过基因表达谱和轴突投射图揭示了nAmb神经元的分子特异性亚型，并证实了Crhr2神经元在食道肌肉功能控制中的作用	NA	阐明食道运动控制的遗传编码电路	核模糊（nAmb）神经元的分子特异性亚型及其在食道肌肉控制中的作用	NA	NA	单细胞RNA测序	NA	基因表达数据	NA
20882	2024-08-08	Deciphering the origins and fates of steroidogenic lineages in the mouse testis 2022-06-14, Cell reports IF:7.5Q1 DOI:10.1016/j.celrep.2022.110935 PMID:35705036	研究论文	本研究利用单细胞转录组学技术揭示了小鼠睾丸中类固醇生成细胞系（包括Leydig细胞和其前体细胞）的起源和分化动态	首次详细描述了小鼠睾丸中类固醇生成细胞系的双重起源及其在胚胎发育早期的分化过程	NA	探究小鼠睾丸中类固醇生成细胞系的起源和分化机制	小鼠睾丸中的Leydig细胞及其前体细胞	NA	NA	单细胞转录组学	NA	转录组数据	涉及多个胚胎发育阶段的样本
20883	2024-08-08	Unravelling the sex-specific diversity and functions of adrenal gland macrophages 2022-06-14, Cell reports IF:7.5Q1 DOI:10.1016/j.celrep.2022.110949 PMID:35705045	研究论文	本文通过单细胞RNA测序和遗传模型研究了肾上腺巨噬细胞的异质性及其发育机制	首次定义了肾上腺巨噬细胞的异质性，并发现了一种具有低主要组织相容性复合体II类表达的女性特异性亚群	NA	揭示肾上腺巨噬细胞的性别特异性多样性和功能	肾上腺巨噬细胞	NA	NA	单细胞RNA测序	NA	RNA	NA
20884	2024-08-08	Fbxw11 impairs the repopulation capacity of hematopoietic stem/progenitor cells 2022-06-11, Stem cell research & therapy IF:7.1Q1 DOI:10.1186/s13287-022-02926-9 PMID:35690796	研究论文	研究探讨了Fbxw11蛋白在造血干细胞/祖细胞（HSPCs）中的作用及其对细胞增殖和分化的影响	首次揭示了Fbxw11在HSPCs中的功能，并展示了其对细胞周期分布和转录组变化的影响	研究主要集中在体外和体内实验，可能需要更多临床数据来验证这些发现	探究Fbxw11在HSPCs中的作用及其对细胞自我更新和分化的影响	造血干细胞/祖细胞（HSPCs）	NA	NA	实时PCR，单细胞RNA测序（scRNA-seq）	NA	RNA	多个造血亚群细胞，具体数量未详细说明
20885	2024-08-08	Single_cell_GRN: gene regulatory network identification based on supervised learning method and Single-cell RNA-seq data 2022-Jun-11, BioData mining IF:4.0Q1 DOI:10.1186/s13040-022-00297-8 PMID:35690842	研究论文	本文研究了七种分类器在单细胞RNA测序数据上推断基因调控网络（GRN）的性能	本文首次比较了监督学习方法在单细胞RNA测序数据上推断基因调控网络的性能，并发现支持向量机（SVM）、随机森林（RF）和K-最近邻（KNN）表现最佳	研究仅使用了三种真实的单细胞RNA测序数据集，可能需要更多数据集来验证结果的普遍性	评估不同分类器在单细胞RNA测序数据上推断基因调控网络的性能	七种分类器在单细胞RNA测序数据上的性能	机器学习	NA	单细胞RNA测序	支持向量机（SVM）、随机森林（RF）、朴素贝叶斯（NB）、GBDT、逻辑回归（LR）、决策树（DT）和K-最近邻（KNN）	单细胞RNA测序数据	三种真实的单细胞RNA测序数据集
20886	2024-08-08	Exploring the cellular landscape of circular RNAs using full-length single-cell RNA sequencing 2022-06-10, Nature communications IF:14.7Q1 DOI:10.1038/s41467-022-30963-8 PMID:35688820	研究论文	本研究利用全长单细胞RNA测序技术探索了环状RNA在人和小鼠组织中的细胞景观	首次在单细胞水平上全面表征了环状RNA的细胞架构，并揭示了其在不同细胞类型中的特异性表达模式	NA	探索环状RNA在单细胞水平上的表达模式及其在不同细胞类型中的特异性	环状RNA在人和小鼠组织中的细胞景观	数字病理学	NA	全长单细胞RNA测序	NA	RNA序列	171个全长单细胞RNA-seq数据集，包含139,643个人和214,747个小鼠环状RNA
20887	2024-08-08	LSH-GAN enables in-silico generation of cells for small sample high dimensional scRNA-seq data 2022-06-10, Communications biology IF:5.2Q1 DOI:10.1038/s42003-022-03473-y PMID:35688990	research paper	本文提出了一种改进的生成对抗网络LSH-GAN，用于生成高质量的细胞样本，以解决scRNA-seq数据下游分析中细胞样本不足的问题	LSH-GAN通过使用局部敏感哈希更新生成器的训练过程，加快了样本生成速度，并提高了生成细胞样本的质量	NA	解决scRNA-seq数据下游分析中细胞样本不足的问题	scRNA-seq数据中的细胞样本	machine learning	NA	scRNA-seq	GAN	scRNA-seq数据	小样本
20888	2024-08-08	Identification of the central intermediate in the extra-embryonic to embryonic endoderm transition through single-cell transcriptomics 2022-06, Nature cell biology IF:17.3Q1 DOI:10.1038/s41556-022-00923-x PMID:35681011	研究论文	本文利用大规模单细胞RNA测序技术，解析了从胚外到胚胎内胚层过渡过程中的中间细胞类型	开发了一种单参数计算方法来关联数据集中的细胞类型，并首次在空间上定位了从胚外身份到胚胎内胚层的中间细胞类型	在胚胎干细胞分化过程中，这种细胞类型的证据较少	研究胚胎发育过程中细胞身份的获取及其分化路径	FOXA2报告基因小鼠胚胎和向内胚层分化的胚胎干细胞	发育生物学	NA	单细胞RNA测序	NA	转录组数据	使用FOXA2报告基因小鼠胚胎和胚胎干细胞分化样本
20889	2024-08-08	Synaptic Cell Adhesion Molecule 3 (SynCAM3) Deletion Promotes Recovery from Spinal Cord Injury by Limiting Glial Scar Formation 2022-Jun-01, International journal of molecular sciences IF:4.9Q2 DOI:10.3390/ijms23116218 PMID:35682897	研究论文	研究探讨了SynCAM3缺失对脊髓损伤后胶质瘢痕形成的影响及其对功能恢复的作用	首次揭示了SynCAM3在脊髓损伤后胶质瘢痕形成中的作用，并提出其作为治疗脊髓损伤的新靶点	研究仅在SynCAM3敲除小鼠模型中进行，结果的普遍性和临床应用需进一步验证	探究SynCAM3在脊髓损伤后胶质瘢痕形成中的作用及其对功能恢复的影响	SynCAM3敲除小鼠与野生型小鼠在脊髓损伤后的表现	NA	脊髓损伤	单细胞RNA测序分析、定量实时聚合酶链反应（qRT-PCR）分析、免疫组织化学（IHC）	NA	NA	SynCAM3敲除小鼠与野生型小鼠作为对照
20890	2024-08-08	Optocoder: computational decoding of spatially indexed bead arrays 2022-Jun, NAR genomics and bioinformatics IF:4.0Q1 DOI:10.1093/nargab/lqac042 PMID:35685220	研究论文	本文介绍了一种名为Optocoder的计算框架，用于处理显微镜图像以在空间中解码珠子条形码	Optocoder通过使用监督机器学习显著增加了光学解码和测序条形码之间的匹配数量	NA	开发一种高效的计算管道，用于处理显微镜图像并准确地基调用珠子条形码	空间转录组学方法中使用的条形码珠子阵列	计算机视觉	NA	显微镜	监督机器学习	图像	使用自家的空间转录组学平台和Slide-Seq(V2)数据进行了基准测试
20891	2024-08-08	Cytokine storm promoting T cell exhaustion in severe COVID-19 revealed by single cell sequencing data analysis 2022-Jun, Precision clinical medicine IF:5.1Q1 DOI:10.1093/pcmedi/pbac014 PMID:35694714	研究论文	本研究通过单细胞RNA测序数据分析，揭示了细胞因子风暴在严重COVID-19中促进T细胞耗竭的分子机制	发现了严重耗竭的CD8 T细胞新亚群，并揭示了细胞因子与抑制受体之间的相互作用轴	NA	解析细胞因子风暴与T细胞耗竭之间的分子关系	COVID-19患者的支气管肺泡灌洗液中的细胞类型	数字病理学	COVID-19	单细胞RNA测序	NA	RNA测序数据	从COVID-19患者和健康人的支气管肺泡灌洗液中鉴定出14种细胞类型
20892	2024-08-08	Flow goes forward and cells step backward: endothelial migration 2022-06, Experimental & molecular medicine DOI:10.1038/s12276-022-00785-1 PMID:35701563	综述	本文综述了近期关于血管生成机制的研究进展，特别是静脉内皮细胞在发育和病理条件下血管生成中的作用	利用先进的细胞命运图谱、时间流逝成像、基因组编辑和单细胞RNA测序技术，揭示了静脉内皮细胞在血管生成中的独特作用	NA	旨在更新对血管生成过程的理解	内皮细胞及其在血管生成中的作用	NA	NA	单细胞RNA测序	NA	NA	NA
20893	2024-08-08	EPIC: Inferring relevant cell types for complex traits by integrating genome-wide association studies and single-cell RNA sequencing 2022-06, PLoS genetics IF:4.0Q1 DOI:10.1371/journal.pgen.1010251 PMID:35709291	研究论文	本文介绍了一种名为EPIC的统计框架，该框架通过整合全基因组关联研究（GWAS）和单细胞RNA测序（scRNA-seq）数据，推断与复杂性状相关的细胞类型	EPIC框架能够有效地关联GWAS总结统计数据与细胞类型特异性基因表达测量，通过广义最小二乘法优先考虑与性状相关的细胞类型，同时考虑基因内和基因间的相关结构	NA	旨在通过整合GWAS和scRNA-seq数据，推断与复杂性状相关的细胞类型，以阐明疾病病因	复杂性状相关的细胞类型	基因组学	糖尿病，精神分裂症	全基因组关联研究（GWAS），单细胞RNA测序（scRNA-seq）	广义最小二乘法	基因表达数据	多个scRNA-seq数据集，涉及不同平台
20894	2024-08-08	The Modulatory Effect of Cyclocarya paliurus Flavonoids on Intestinal Microbiota and Hypothalamus Clock Genes in a Circadian Rhythm Disorder Mouse Model 2022-May-31, Nutrients IF:4.8Q1 DOI:10.3390/nu14112308 PMID:35684108	research paper	研究了富含黄酮类化合物（CPF）的饮食对肠道微生物群、代谢物和下丘脑时钟基因在诱发昼夜节律紊乱小鼠模型中的影响	采用多组学分析方法，发现CPF补充改变了由昼夜节律紊乱诱导的肠道微生物群和代谢物的特定组成和功能，并显著调节了与昼夜节律、髓鞘形成和神经退行性疾病相关基因的表达	NA	探讨CPF对昼夜节律紊乱小鼠模型中肠道微生物群和下丘脑时钟基因的影响	肠道微生物群、代谢物和下丘脑时钟基因	NA	circadian rhythm disorder	multi-omics profiling, single-cell RNA-seq	NA	microbiota, metabolites, gene expression	小鼠模型
20895	2024-08-08	Long-Term High-Fat High-Fructose Diet Induces Type 2 Diabetes in Rats through Oxidative Stress 2022-May-24, Nutrients IF:4.8Q1 DOI:10.3390/nu14112181 PMID:35683981	研究论文	研究长期高脂高果糖饮食对大鼠胰腺结构和功能的影响及其与2型糖尿病的关系	首次通过单细胞RNA测序验证了氧化还原酶在不同胰岛亚群中的转录水平变化，并揭示了长期高脂高果糖饮食和衰老相关的胰腺胰岛功能衰退的潜在机制	NA	探讨长期高脂高果糖饮食对大鼠胰腺结构和功能的影响及其与2型糖尿病的关系	大鼠胰腺结构和功能	NA	2型糖尿病	单细胞RNA测序	NA	生物化学参数、炎症因子、氧化应激指标	大鼠
20896	2024-08-08	The science of Hirschsprung disease: What we know and where we are headed 2022-Apr, Seminars in pediatric surgery IF:1.4Q3 DOI:10.1016/j.sempedsurg.2022.151157 PMID:35690468	综述	本文综述了Hirschsprung病的科学研究，包括其基本生物学、动物模型、当前热点和未来研究方向	介绍了遗传风险评估、干细胞疗法、非侵入性诊断技术、单细胞测序技术和基因型-表型相关性等前沿研究	NA	探讨Hirschsprung病的科学基础和未来研究方向	Hirschsprung病及其相关神经肠道疾病	NA	神经肠道疾病	单细胞测序技术	NA	NA	NA
20897	2024-08-08	Can we infer tumor presence of single cell transcriptomes and their tumor of origin from bulk transcriptomes by machine learning? 2022, Computational and structural biotechnology journal IF:4.4Q2 DOI:10.1016/j.csbj.2022.05.035 PMID:35685355	研究论文	研究使用机器学习模型从批量转录组数据中推断单细胞转录组的肿瘤存在及其原发肿瘤类型	引入scTumorTrace方法，该方法使用转录组范围内的2元组，无需标准化且不受log2转换量的限制，能够从批量转录组数据中推断单细胞转录组的肿瘤存在及其原发肿瘤类型	现有的机器学习模型中，只有scTumorTrace适用于单细胞转录组数据，其他模型均不适用	探索是否可以从批量转录组数据中使用机器学习模型推断单细胞转录组的肿瘤存在及其原发肿瘤类型	单细胞转录组数据和批量转录组数据	机器学习	NA	单细胞RNA测序（scRNA-seq），批量RNA测序	k-最近邻，一对多支持向量机，一对一支持向量机，随机森林，scTumorTrace	转录组数据	包含白细胞和七种主要癌症类型的实验数据
20898	2024-08-08	Genome-wide characterization of RNA editing highlights roles of high editing events of glutamatergic synapse during mouse retinal development 2022, Computational and structural biotechnology journal IF:4.4Q2 DOI:10.1016/j.csbj.2022.05.029 PMID:35685368	研究论文	本文通过全基因组筛选高可信度的RNA编辑事件，揭示了RNA编辑在小鼠视网膜发育中的动态转录调控作用	首次系统地分析了小鼠视网膜发育过程中RNA编辑的模式及其对神经递质受体功能的调控作用	NA	探讨RNA编辑在小鼠视网膜发育中的作用及其机制	小鼠视网膜发育过程中的RNA编辑事件	数字病理学	NA	单细胞RNA测序	NA	RNA序列	2000个高可信度编辑位点，跨越八个发育阶段的视网膜
20899	2024-08-08	Constructing a Prognostic Gene Signature for Lung Adenocarcinoma Based on Weighted Gene Co-Expression Network Analysis and Single-Cell Analysis 2022, International journal of general medicine IF:2.1Q2 DOI:10.2147/IJGM.S353848 PMID:35685695	研究论文	本研究利用加权基因共表达网络分析和单细胞分析技术构建了肺腺癌的预后基因标志物	利用先进的单细胞RNA测序技术分析肿瘤内异质性，提高了基于单细胞表达数据识别生物标志物的准确性，从而有助于预测癌症患者的预后并辅助癌症治疗决策	NA	构建肺腺癌的预后基因标志物	肺腺癌及其癌旁组织样本	数字病理学	肺腺癌	单细胞RNA测序（scRNA-seq）	加权基因共表达网络分析（WGCNA）	基因表达数据	包含两个肺腺癌和两个癌旁组织样本的scRNA-seq数据
20900	2024-08-08	The Chemokines Initiating and Maintaining Immune Hot Phenotype Are Prognostic in ICB of HNSCC 2022, Frontiers in genetics IF:2.8Q2 DOI:10.3389/fgene.2022.820065 PMID:35692828	研究论文	本研究通过分析单细胞RNA测序数据，探索了头颈鳞状细胞癌（HNSCC）中肿瘤相关巨噬细胞（TAMM）的异质性与免疫特性和预后的关系，并利用深度学习框架构建神经网络模型预测抗PD-1/PDL-1治疗的疗效。	本研究首次通过网络拓扑结构筛选出CXCL9、10、11和CCL5等关键基因，这些基因在HNSCC中启动和维持免疫热表型，并通过构建神经网络模型预测抗PD-1/PDL-1治疗的疗效。	NA	探索HNSCC中TAMM异质性对免疫反应的调控作用及预测ICB治疗的有效性。	头颈鳞状细胞癌（HNSCC）中的肿瘤相关巨噬细胞（TAMM）及其免疫反应。	免疫学	头颈鳞状细胞癌	单细胞RNA测序	神经网络模型	RNA测序数据	NA