单细胞与空转测序相关文章
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当前共找到 31780 篇文献，本页显示第 20801 - 20820 篇。
| 序号 | 推送日期 | 文章 | 类型 | 简述 | 创新点 | 不足 | 研究目的 | 研究对象 | 领域 | 病种 | 技术 | 模型 | 数据类型 | 样本量 | 平台公司 | 平台技术 | 具体产品 | 平台详情 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 20801 | 2024-08-07 |
Interpretation of the Yak Skin Single-Cell Transcriptome Landscape
2023-Dec-11, Animals : an open access journal from MDPI
IF:2.7Q1
DOI:10.3390/ani13243818
PMID:38136855
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研究论文 | 本研究通过单细胞RNA测序技术分析了牦牛肩胛皮肤在毛囊休止期和生长期的单细胞转录组图谱 | 首次揭示了牦牛皮肤中11种主要细胞类型的转录组特征，并详细分析了DP细胞和成纤维细胞谱系的单细胞图谱 | NA | 探索毛囊形态发生过程中的转录调控机制 | 牦牛皮肤中的单细胞 | 数字病理学 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | 转录组数据 | 26,573个单细胞 | NA | NA | NA | NA |
| 20802 | 2024-08-05 |
ATAT: Automated Tissue Alignment and Traversal in Spatial Transcriptomics with Self-Supervised Learning
2023-Dec-10, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2023.12.08.570839
PMID:38106010
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研究论文 | 本研究提出了一个新的计算框架ATAT，用于增强空间转录组学分析 | ATAT利用自我监督对比学习自动对齐和遍历ST数据，填补了当前ST分析方法中的关键空白 | 未在摘要中提及具体的限制 | 旨在提升空间转录组学在多样化和复杂组织结构分析中的应用 | 主要关注胃肠道活检组织样本中的转录组数据 | 数字病理学 | NA | 自我监督对比学习 | NA | H&E染色图像 | 多样本的组织活检数据 | NA | NA | NA | NA |
| 20803 | 2024-08-05 |
The Construction and Validation of a Novel Ferroptosis-Related Gene Signature in Parkinson's Disease
2023-Dec-06, International journal of molecular sciences
IF:4.9Q2
DOI:10.3390/ijms242417203
PMID:38139032
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研究论文 | 本文构建并验证了一种与铁死亡相关的基因特征，用于帕金森病的研究 | 提出了一种新的与铁死亡相关的基因特征，并显示其在帕金森病早期诊断中的潜在应用 | 研究主要基于小鼠模型，尚未在人类样本中验证 | 探讨铁死亡在帕金森病发病机制中的作用 | 分析GSE8397数据集中差异表达基因与铁死亡相关基因的关系 | 数字病理学 | 帕金森病 | Western blotting, 免疫组化, 并利用Cytoscape进行网络图构建 | MPTP诱导的鼠模型 | 基因表达数据 | 使用了GSE8397数据集的相关样本以及MPTP诱导的小鼠模型 | NA | NA | NA | NA |
| 20804 | 2024-08-05 |
Identification and Interpretation of A-to-I RNA Editing Events in Insect Transcriptomes
2023-Dec-05, International journal of molecular sciences
IF:4.9Q2
DOI:10.3390/ijms242417126
PMID:38138955
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review | 本综述介绍了A-to-I RNA编辑事件在昆虫转录组中的识别和解释 | 系统回顾了RNA编辑的生物学意义，并总结了识别这些编辑事件的方法 | 在小型非模型昆虫中准确识别RNA编辑事件仍然面临一些困难 | 探讨RNA编辑的生物学重要性及其识别方法 | 主要关注小型非模型昆虫中的RNA编辑事件识别 | 数字病理学 | NA | 单细胞测序 | NA | 转录组数据 | NA | NA | NA | NA | NA |
| 20805 | 2024-08-07 |
Investigation of a UPR-Related Gene Signature Identifies the Pro-Fibrotic Effects of Thrombospondin-1 by Activating CD47/ROS/Endoplasmic Reticulum Stress Pathway in Lung Fibroblasts
2023-Nov-21, Antioxidants (Basel, Switzerland)
DOI:10.3390/antiox12122024
PMID:38136144
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研究论文 | 本研究通过生物信息学分析，探讨了未折叠蛋白反应（UPR）状态与特发性肺纤维化（IPF）患者肺功能之间的关系，并发现血小板反应蛋白-1（TSP-1）通过激活CD47/ROS/内质网应激途径在肺成纤维细胞中发挥促纤维化作用。 | 本研究首次揭示了TSP-1在肺纤维化中的病理作用，并证明了TSP-1通过CD47依赖的ROS产生促进内质网应激和成纤维细胞活化。 | 研究主要基于生物信息学分析和体外实验，未来需要进一步的临床试验和体内实验来验证这些发现。 | 探讨UPR状态与IPF患者肺功能及预后的关系，并研究TSP-1在肺纤维化中的作用机制。 | 特发性肺纤维化患者，肺成纤维细胞。 | 数字病理学 | 肺纤维化 | 基因集富集分析（GSEA） | NA | RNA测序数据 | 使用了大量的RNA测序和单细胞RNA测序数据 | NA | NA | NA | NA |
| 20806 | 2024-08-05 |
Comprehensive Analysis of METTLs (METTL1/13/18/21A/23/25/2A/2B/5/6/9) and Associated mRNA Risk Signature in Hepatocellular Carcinoma
2023, Analytical cellular pathology (Amsterdam)
DOI:10.1155/2023/6007431
PMID:38130905
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研究论文 | 本研究分析了METTLs及其相关的mRNA风险特征在肝细胞癌中的价值 | 本研究构建了与METTLs相关的mRNA风险特征，并探讨了其作为独立预后标志物的临床应用 | 主要的限制是对METTL25之外其他基因的特定功能缺乏深入研究 | 本研究旨在揭示METTL家族基因在肝细胞癌的预后价值 | 主要针对METTLs和关联的mRNA在肝细胞癌患者中的表达及其预后影响进行研究 | 数字病理学 | 肝癌 | 单细胞测序 | NA | mRNA | 共涉及664个mRNA | NA | NA | NA | NA |
| 20807 | 2024-08-05 |
Identification and validation of prognostic and tumor microenvironment characteristics of necroptosis index and BIRC3 in clear cell renal cell carcinoma
2023, PeerJ
IF:2.3Q2
DOI:10.7717/peerj.16643
PMID:38130918
|
研究论文 | 本研究探讨了坏死性凋亡指数及BIRC3在透明细胞肾细胞癌中的预后和肿瘤微环境特征 | 研究识别了新的坏死性凋亡相关基因，并提出了一种新的预后模型，评估了其在免疫特性和肿瘤突变负担中的作用 | 研究可能受到样本量和数据来源的限制，需进一步验证结果的普适性 | 探讨坏死性凋亡在透明细胞肾细胞癌中的重要性及其机制 | 透明细胞肾细胞癌中的坏死性凋亡相关基因及BIRC3的表达和功能 | 数字病理学 | 肾癌 | 单细胞测序、定量实时PCR | LASSO回归模型 | 基因表达数据 | 涉及TCGA和GEO数据库中的多组样本，具体样本量NA | NA | NA | NA | NA |
| 20808 | 2024-08-05 |
Corrigendum: Exploring the shared molecular mechanisms between systemic lupus erythematosus and primary Sjögren's syndrome based on integrated bioinformatics and single-cell RNA-seq analysis
2023, Frontiers in immunology
IF:5.7Q1
DOI:10.3389/fimmu.2023.1339929
PMID:38143754
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更正 | 这篇文章纠正了先前关于系统性红斑狼疮和原发性干燥综合症的分子机制研究的错误 | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA |
| 20809 | 2024-08-05 |
Exploring the shared molecular mechanisms between systemic lupus erythematosus and primary Sjögren's syndrome based on integrated bioinformatics and single-cell RNA-seq analysis
2023, Frontiers in immunology
IF:5.7Q1
DOI:10.3389/fimmu.2023.1212330
PMID:37614232
|
研究论文 | 本研究探讨了系统性红斑狼疮与原发性干燥综合征之间的共享分子机制 | 识别出IFI44L、ISG15和ITGB2作为共享基因，并找到了共同的转录因子STAT1和IRF7 | 未详细讨论共享基因的生物学功能及其在疾病中的具体作用 | 研究系统性红斑狼疮和原发性干燥综合征之间的共同病理机制 | 系统性红斑狼疮和原发性干燥综合征的基因及转录因子 | 数字病理 | 系统性红斑狼疮与原发性干燥综合征 | 单细胞RNA测序 | NA | 基因表达数据 | 152个共享基因 | NA | NA | NA | NA |
| 20810 | 2024-08-05 |
SODB facilitates comprehensive exploration of spatial omics data
2023-03, Nature methods
IF:36.1Q1
DOI:10.1038/s41592-023-01773-7
PMID:36797409
|
研究论文 | 本文介绍了一个名为空间组学数据库(SODB)的网络平台，该平台提供丰富的数据资源和交互式数据分析模块 | SODB提供了一种统一的数据格式，兼容多种计算软件包，并介绍了独特的空间组学视图模块(SOView)，能够更好地分析和展示空间组学数据 | 可能尚未涵盖所有空间组学技术的实验数据 | 构建一个整合空间组学数据的数据库和分析工具 | 来自25种以上空间组学技术的2400多个实验数据 | 数字病理学 | NA | 空间组学 | NA | 实验数据 | 超过2400个实验 | NA | NA | NA | NA |
| 20811 | 2024-08-07 |
223Ra Induces Transient Functional Bone Marrow Toxicity
2022-10, Journal of nuclear medicine : official publication, Society of Nuclear Medicine
IF:9.1Q1
DOI:10.2967/jnumed.121.263310
PMID:35177425
|
研究论文 | 本研究探讨了223Ra治疗对骨髓生物学的影响，通过结合流式细胞术、单细胞RNA测序、三维多光子显微镜和骨髓移植分析 | 本研究首次全面解释了223Ra对骨髓细胞的可逆效应，并排除了长期骨髓毒性 | NA | 研究223Ra治疗对骨髓功能的影响及其安全性 | 骨髓生物学和骨髓细胞 | NA | 前列腺癌 | 流式细胞术、单细胞RNA测序、三维多光子显微镜 | NA | 细胞 | NA | NA | NA | NA | NA |
| 20812 | 2024-08-07 |
Inference on spatial heterogeneity in tumor microenvironment using spatial transcriptomics data
2022-Sep, Computational and systems oncology
DOI:10.1002/cso2.1043
PMID:36035873
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研究论文 | 本文提出了一种基于网络图的空间统计模型框架，用于分析空间转录组数据，以揭示肿瘤微环境中的模块性和空间异质性 | 首次提出使用网络图的空间统计模型来量化肿瘤微环境中的空间异质性 | 研究仅限于胰腺导管腺癌样本，可能不适用于其他类型的癌症 | 研究肿瘤微环境中的空间异质性及其对肿瘤生长和癌症特征的影响 | 肿瘤微环境中的细胞类型和通路特征的空间分布 | 数字病理学 | 胰腺癌 | 空间转录组学 | 网络图 | 分子数据 | 胰腺导管腺癌样本 | NA | NA | NA | NA |
| 20813 | 2024-08-07 |
PANoptosis signaling enables broad immune response in psoriasis: From pathogenesis to new therapeutic strategies
2024-Dec, Computational and structural biotechnology journal
IF:4.4Q2
DOI:10.1016/j.csbj.2023.11.049
PMID:38125299
|
研究论文 | 本文探讨了PANoptosis信号在银屑病中的作用及其作为潜在治疗策略的可能性 | 首次揭示了PANoptosis在银屑病中的作用，并通过多转录组分析和实验验证确定了PANoptosis信号及其相关基因 | NA | 揭示PANoptosis在银屑病中的作用，探索新的治疗策略 | 银屑病患者中的PANoptosis信号及其对免疫细胞浸润的影响 | NA | 银屑病 | RNA-seq, scRNA-seq, WGCNA | NA | 转录组数据 | 具体样本数量未在摘要中提及 | NA | NA | NA | NA |
| 20814 | 2024-08-07 |
SCInter: A comprehensive single-cell transcriptome integration database for human and mouse
2024-Dec, Computational and structural biotechnology journal
IF:4.4Q2
DOI:10.1016/j.csbj.2023.11.024
PMID:38125297
|
研究论文 | 本文开发了一个全面的单细胞转录组整合数据库SCInter，用于人类和小鼠的基因表达数据 | SCInter数据库提供了手动 curated 的基因表达数据，支持跨不同细胞类型的样本级别分析，并包含多种分析工具 | NA | 旨在支持单细胞RNA测序数据的综合和有效注释与分析 | 人类和小鼠的单细胞转录组数据 | 生物信息学 | NA | 单细胞RNA测序 (scRNA-seq) | NA | 转录组数据 | 115个整合数据集和1016个样本，覆盖近150个组织/细胞系，包含8016,646个细胞标记 | NA | NA | NA | NA |
| 20815 | 2024-08-05 |
Translatome Profiling of Tissue-Resident Macrophages Using the RiboTag Approach
2024, Methods in molecular biology (Clifton, N.J.)
DOI:10.1007/978-1-0716-3437-0_17
PMID:37639128
|
研究论文 | 本文讨论了一种新的方法RiboTag，用于从粗糙的组织提取物中获取组织驻留巨噬细胞的转录组。 | 提出了RiboTag方法，可以避免传统细胞分离中的偏差和伪影 | 只集中于脑巨噬细胞的研究，没有涉及其他类型的组织巨噬细胞 | 探索RiboTag方法在组织驻留巨噬细胞研究中的应用 | 脑巨噬细胞，包括小胶质细胞和边界相关细胞 | 数字病理学 | NA | RiboTag | NA | 转录组 | NA | NA | NA | NA | NA |
| 20816 | 2024-08-07 |
Hemocyte Nuclei Isolation from Adult Drosophila melanogaster for snRNA-seq
2024, Methods in molecular biology (Clifton, N.J.)
DOI:10.1007/978-1-0716-3437-0_4
PMID:37639115
|
研究论文 | 本文提供了一种从成年果蝇中分离血细胞核用于单核RNA测序（snRNA-seq）的详细方案 | 首次提供了从成年果蝇血细胞中分离核用于snRNA-seq的具体方法 | NA | 研究果蝇血细胞在不同实验条件下的功能和特性 | 成年果蝇的血细胞核 | NA | NA | snRNA-seq | NA | RNA | 具体样本数量未提及 | NA | NA | NA | NA |
| 20817 | 2024-08-07 |
Association of WHSC1/NSD2 and T-cell infiltration with prostate cancer metastasis and prognosis
2023-12-07, Scientific reports
IF:3.8Q1
DOI:10.1038/s41598-023-48906-8
PMID:38062230
|
研究论文 | 本研究评估了NSD2作为前列腺癌免疫治疗靶点的可行性，并通过免疫组织化学、单细胞RNA测序和基因集富集分析等方法探讨了NSD2与T细胞浸润的关系及其在前列腺癌转移和预后中的作用。 | 首次基于NSD2表达和CD4及CD8 TILs成功对前列腺癌患者进行免疫分类，并发现NSD2在定义前列腺癌免疫浸润中的新作用。 | NA | 评估NSD2作为前列腺癌免疫治疗靶点的可行性。 | NSD2在前列腺癌中的表达模式及其与T细胞浸润的关系。 | 数字病理学 | 前列腺癌 | 免疫组织化学、单细胞RNA测序、基因集富集分析 | NA | 组织样本 | 34例良性前列腺增生、36例前列腺上皮内瘤变、57例前列腺癌（包括19例转移性去势抵抗性前列腺癌） | NA | NA | NA | NA |
| 20818 | 2024-08-07 |
Identification and validation of a T cell marker gene-based signature to predict prognosis and immunotherapy response in gastric cancer
2023-12-04, Scientific reports
IF:3.8Q1
DOI:10.1038/s41598-023-48930-8
PMID:38049463
|
研究论文 | 本研究通过分析GSE183904数据集中的单细胞RNA测序数据，使用R包“Seurat”的“FindAllMarkers”方法识别了322个T细胞标记基因，并基于这些基因构建了一个五基因预测签名，用于预测胃癌患者的预后和免疫治疗反应 | 本研究首次基于T细胞标记基因构建了一个五基因预测签名，用于预测胃癌患者的预后和免疫治疗反应 | NA | 研究旨在识别和验证基于T细胞标记基因的签名，以预测胃癌的预后和免疫治疗反应 | 胃癌患者的预后和免疫治疗反应 | 数字病理学 | 胃癌 | 单细胞RNA测序 | NA | RNA测序数据 | TCGA数据库中的STAD患者 | NA | NA | NA | NA |
| 20819 | 2024-08-05 |
POSTN Secretion by Extracellular Matrix Cancer-Associated Fibroblasts (eCAFs) Correlates with Poor ICB Response via Macrophage Chemotaxis Activation of Akt Signaling Pathway in Gastric Cancer
2023-Dec-01, Aging and disease
IF:7.0Q1
DOI:10.14336/AD.2023.0503
PMID:37199594
|
研究论文 | 本研究探讨了胃癌中eCAFs分泌的POSTN与免疫检查点抑制（ICB）反应的关系 | 揭示了CAFs分泌的POSTN通过激活巨噬细胞的Akt信号通路来促进巨噬细胞的趋化作用，从而导致ICB抵抗 | 研究仅依赖于TCGA-STAD和真实世界队列的分析，可能存在样本选择偏倚 | 期望阐明eCAFs与胃癌ICB反应之间的关系及其机制 | 主要研究对象为胃癌患者中的POSTN+FAP+外基质癌相关成纤维细胞（eCAFs）和巨噬细胞 | 数字病理学 | 胃癌 | 单细胞RNA-seq | NA | 基因表达数据 | 涉及TCGA-STAD和真实世界胃癌队列的患者样本 | NA | NA | NA | NA |
| 20820 | 2024-08-05 |
IFNγ Transcribed by IRF1 in CD4+ Effector Memory T Cells Promotes Senescence-Associated Pulmonary Fibrosis
2023-Dec-01, Aging and disease
IF:7.0Q1
DOI:10.14336/AD.2023.0320
PMID:37199578
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研究论文 | 本研究探讨了生理老化肺部中CD4+效应记忆T细胞转录的IFNγ如何促进与衰老相关的肺纤维化的机制 | 揭示了老化T细胞通过IFNγ信号通路促进AT2细胞衰老和肺纤维化的作用机制 | 未提及样本的具体来源及种类，可能影响研究结果的广泛适用性 | 确定影响肺泡II型上皮细胞的老化T细胞机制和亚型 | 年轻和老年小鼠的肺部单细胞转录组分析，重点是CD4+ T细胞 | 数字病理学 | 衰老相关肺纤维化 | 单细胞转录组学 | NA | 细胞 | 年轻和老年小鼠的肺部细胞，具体样本数量未提及 | NA | NA | NA | NA |