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| 序号 | 推送日期 | 文章 | 类型 | 简述 | 创新点 | 不足 | 研究目的 | 研究对象 | 领域 | 病种 | 技术 | 模型 | 数据类型 | 样本量 | 平台公司 | 平台技术 | 具体产品 | 平台详情 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 2061 | 2026-04-28 |
An integrated bulk and single-cell transcriptomic analysis reveals stemness-driven immune regulation and therapeutic vulnerability in colorectal cancer
2026, Journal of Cancer
IF:3.3Q2
DOI:10.7150/jca.132694
PMID:42038026
|
研究论文 | 通过整合型转录组分析揭示结直肠癌中干性驱动的免疫调控和治疗脆弱性 | 首次整合批量转录组和单细胞RNA-seq数据,建立基于干性的风险模型,揭示肿瘤干性对免疫调控和治疗反应的影响 | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA |
| 2062 | 2026-04-28 |
Exploring the expression and prognostic roles of LAD1 in lung adenocarcinoma
2025-Dec-21, Scientific reports
IF:3.8Q1
DOI:10.1038/s41598-025-33277-z
PMID:41423496
|
研究论文 | 探索LAD1在肺腺癌中的表达和预后作用 | 首次结合单细胞和批量RNA测序数据全面分析LAD1在肺腺癌中的表达模式和预后价值,并通过实验验证LAD1敲低对细胞迁移和侵袭的影响 | 样本量有限,缺乏LAD1在肺腺癌中作用机制的深入分子生物学验证 | 鉴定肺腺癌的新型生物标志物并理解其潜在机制 | 肺腺癌患者肿瘤组织、相邻正常组织以及A549细胞系 | 机器学习 | 肺癌 | 单细胞RNA测序、批量RNA测序、免疫组化染色、siRNA敲低实验 | 列线图模型 | 单细胞基因表达数据、批量基因表达数据、临床病理数据 | 10名肺腺癌患者(scRNA-seq),36名肺腺癌患者(免疫组化) | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 2063 | 2026-04-28 |
A novel zinc finger protein gene signature for prognostic prediction, tumor microenvironment characterization, and therapeutic response in uterine corpus endometrial carcinoma
2025-Nov-27, Scientific reports
IF:3.8Q1
DOI:10.1038/s41598-025-28415-6
PMID:41309884
|
研究论文 | 利用锌指蛋白基因构建风险评分模型,用于子宫内膜癌的预后预测、肿瘤微环境表征及治疗反应评估 | 首次系统利用锌指蛋白基因确定子宫内膜癌患者的预后结局,并建立风险评分模型 | 基于公开数据库分析,缺乏独立外部验证队列及前瞻性临床验证 | 开发基于锌指蛋白基因的预后预测模型,评估其在子宫内膜癌中的临床应用价值 | 子宫内膜癌患者 | 生物信息学 | 子宫内膜癌 | 转录组测序、单细胞RNA测序、数据非依赖采集定量蛋白质组学分析 | LASSO回归、Cox比例风险回归模型 | 转录组数据、单细胞测序数据、临床数据 | 未明确说明具体样本数量(来自TCGA和GEO数据库的子宫内膜癌样本) | NA | 单细胞RNA测序、批量RNA测序 | NA | NA |
| 2064 | 2026-04-28 |
Lactylation-related gene signatures define immune heterogeneity and provide diagnostic biomarkers for periodontitis
2025-Nov-27, Scientific reports
IF:3.8Q1
DOI:10.1038/s41598-025-30213-z
PMID:41310117
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研究论文 | 通过系统分析牙周炎患者与健康对照的基因表达数据集和单细胞RNA测序数据,鉴定乳酸化相关基因特征,揭示免疫异质性并建立诊断标志物 | 首次系统性地将蛋白质乳酸化修饰与牙周炎的免疫微环境联系起来,通过多级整合分析(包括批量基因表达、单细胞RNA测序和机器学习)识别核心诊断标志物EAF1、NEFL和VIM,并揭示乳酸化相关基因在免疫重塑中的作用 | 数据来源于公开数据集,可能受限于样本大小和异质性;需要更大规模的临床验证来确认诊断标志物的普适性;乳酸化修饰的具体分子机制尚未完全阐明 | 探究乳酸化相关基因在牙周炎免疫异质性中的作用及其作为诊断标志物的潜力 | 牙周炎患者与健康对照者的牙龈组织和外周血单核细胞 | 机器学习 | 牙周炎 | 基因表达微阵列、单细胞RNA测序、免疫组织化学 | LASSO回归、随机森林、极限梯度提升 | 基因表达数据、单细胞转录组数据 | GSE10334和GSE16134两个基因表达数据集,以及来自牙周炎患者和健康对照的外周血单核细胞单细胞RNA测序数据 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 2065 | 2026-04-28 |
Cross-species identification of conserved cell-type specific mechanisms during early placenta development in ruminants
2025-Nov-26, Scientific reports
IF:3.8Q1
DOI:10.1038/s41598-025-29895-2
PMID:41298965
|
研究论文 | 整合绵羊和牛早期胎盘发育的单细胞RNA测序数据,跨物种鉴定保守的细胞类型特异性机制 | 首次通过跨物种单细胞转录组分析,揭示反刍动物早期胎盘中上皮-间充质转化作为保守关键过程,并发现牛特有的两种滋养层细胞亚群 | 仅依赖已发表的scRNA-seq数据,可能缺少动态时间点或空间信息;未对EMT进行功能验证实验 | 阐明反刍动物早期胎盘发育中保守的细胞类型特异性机制 | 绵羊和牛的早期胎盘组织 | 数字病理学 | 妊娠失败 | 单细胞RNA测序 | NA | 基因表达数据 | 整合绵羊和牛的scRNA-seq数据,具体样本量未在摘要中说明 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 2066 | 2026-04-28 |
Single-cell RNA sequencing revealed the association between proximal tubular epithelial cells and renal interstitial cells in chronic kidney disease progression
2025-Nov-24, Scientific reports
IF:3.8Q1
DOI:10.1038/s41598-025-28988-2
PMID:41286490
|
研究论文 | 通过单细胞RNA测序揭示近端肾小管上皮细胞与肾间质细胞在慢性肾病进展中的关联 | 首次鉴定出位于S1节段的受损近端肾小管上皮细胞亚群PT_5,并阐明其通过多种配体-受体对与巨噬细胞、成纤维细胞及免疫细胞协同作用,驱动慢性肾病进展的新机制 | 尚需进一步验证PT_5在人体组织中的存在及其与特定间质细胞协调促进疾病进展的分子机制 | 研究受损近端肾小管上皮细胞在慢性肾病发生中的特征及其与间质细胞的协同机制 | 通过腺嘌呤饮食诱导的慢性肾病小鼠模型 | 机器学习 | 慢性肾病 | 单细胞RNA测序 | NA | 单细胞转录组数据 | 共使用0.2%腺嘌呤饮食喂养2周、4周和8周的小鼠模型 | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 2067 | 2026-04-28 |
Senescence-related gene signatures in Crohn's disease: integrating bulk and single-cell RNA sequencing analysis
2025-Nov-24, Scientific reports
IF:3.8Q1
DOI:10.1038/s41598-025-29727-3
PMID:41286494
|
研究论文 | 本研究整合批量RNA测序和单细胞RNA测序分析,识别与克罗恩病相关的衰老基因特征 | 首次系统性地结合批量与单细胞RNA测序技术,揭示五个衰老相关枢纽基因(STAT1、S100A11、FILIP1L、F3和HPS5)在克罗恩病中的潜在作用及其与免疫浸润的关联 | 未详细说明样本量大小及独立外部数据集的具体来源,可能限制结果的普适性 | 探讨衰老相关基因在克罗恩病中的具体作用及其对预后的影响 | 克罗恩病患者肠道组织样本及小鼠模型 | 计算生物学 | 克罗恩病 | RNA-seq | 机器学习算法 | 转录组数据 | NA | NA | 批量RNA测序, 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 2068 | 2026-04-28 |
LRP12 promotes gastric cancer progression through AKT/mTOR signaling and M2 macrophage-mediated immunosuppression
2025-Nov-23, Scientific reports
IF:3.8Q1
DOI:10.1038/s41598-025-28503-7
PMID:41276539
|
研究论文 | LRP12通过AKT/mTOR信号通路和M2巨噬细胞介导的免疫抑制促进胃癌进展 | 首次鉴定LRP12为炎症相关预后标志物,并揭示其通过激活AKT/mTOR通路和诱导M2巨噬细胞极化参与胃癌免疫抑制微环境调控 | 研究主要基于公共数据集和体外实验,缺乏大规模临床验证及体内免疫微环境动态分析 | 鉴定胃癌中与炎症反应相关的预后生物标志物并阐明其调节肿瘤免疫微环境的机制 | 胃癌细胞系及患者组织样本 | 机器学习 | 胃癌 | 单细胞转录组测序、多重免疫荧光、免疫组化、Western blot、异种移植模型 | NA | 基因表达数据、蛋白质表达数据、组织图像 | 公共数据集及内部队列样本 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 2069 | 2026-04-28 |
Single-Cell RNA Sequencing Uncovers Neutrophil Clusters Associated with Autoimmune Neuroinflammation
2025-Nov-19, Research square
DOI:10.21203/rs.3.rs-8012709/v1
PMID:41333423
|
研究论文 | 利用单细胞RNA测序揭示与自身免疫性神经炎症相关的中性粒细胞亚群 | 首次通过单细胞RNA测序技术,在实验性自身免疫性脑脊髓炎模型中揭示了中性粒细胞的异质性及其在脑靶向自身免疫炎症中的致病性,并发现Saa3/SAA1作为潜在的生物标志物和治疗靶点 | 研究基于小鼠模型,其向人类多发性硬化症的转化应用需要进一步验证 | 阐明中性粒细胞在自身免疫性神经炎症中的致病机制及寻找潜在生物标志物和治疗靶点 | 中性粒细胞,特别是髓系细胞和中性粒细胞中SOCS3缺陷的小鼠模型 | 免疫学与神经科学 | 多发性硬化症 | 单细胞RNA测序 | NA | 转录组数据 | 小鼠小脑和脊髓的中性粒细胞,包括初始状态和实验性自身免疫性脑脊髓炎模型,以及人类多发性硬化症患者血浆样本 | 10x Genomics | 单细胞RNA测序 | 10x Chromium | 10x Chromium Single Cell 3' |
| 2070 | 2026-04-28 |
Human heart-macrophage assembloids mimic immune-cardiac interactions and enable arrhythmia disease modeling
2025-Nov-06, Cell stem cell
IF:19.8Q1
DOI:10.1016/j.stem.2025.09.011
PMID:41151577
|
研究论文 | 通过将人类多能干细胞衍生的胚胎单核细胞整合到心脏类器官中,构建出人心脏-巨噬细胞组装体模型,用于模拟免疫-心脏相互作用和心律失常疾病建模 | 首次利用自体人类多能干细胞衍生的胚胎单核细胞与心脏类器官整合,生成具有生理相关性的胚胎组织驻留巨噬细胞,并长期维持以促进心脏发生 | 未明确提及 | 研究心脏组织驻留巨噬细胞在心脏发育和心律失常疾病中的功能及机制 | 人类心脏-巨噬细胞组装体模型及心脏驻留巨噬细胞 | 数字病理学 | 心血管疾病 | 单细胞转录组学 | 类器官模型 | 单细胞转录组数据、活体成像数据、蛋白质组数据 | 未明确提及 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 2071 | 2026-04-28 |
Microvascular Endothelial Cells License APS Vasculopathy Through YAP1- and CCN2-Mediated Signaling
2025-Nov-04, Circulation
IF:35.5Q1
|
研究论文 | 本研究揭示了抗磷脂综合征(APS)中微血管内皮细胞通过YAP1和CCN2介导的信号通路促进血管病变的机制 | 首次通过单细胞RNA测序鉴定出APS患者皮肤微血管内皮细胞中CCN1和CCN2表达增高,并阐明YAP1-CCN2信号轴在介导内皮细胞与血管平滑肌细胞间的促增殖通讯中的关键作用 | 未能在摘要中明确指出研究局限性 | 阐明APS血管病变的细胞和分子机制,寻找潜在治疗靶点 | 抗磷脂综合征(APS)患者及其微血管内皮细胞 | 数字病理学 | 心血管疾病 | 单细胞RNA测序、免疫荧光显微镜、ELISA、定量PCR、免疫印迹 | NA | 图像、文本 | APS患者的皮肤活检样本、肾脏活检样本以及血浆样本;健康人真皮微血管内皮细胞培养;小鼠模型 | 10x Genomics | 单细胞RNA测序 | 10x Chromium | 10x Chromium单细胞RNA测序平台 |
| 2072 | 2026-04-28 |
Ongoing genome doubling shapes evolvability and immunity in ovarian cancer
2025-08, Nature
IF:50.5Q1
DOI:10.1038/s41586-025-09240-3
PMID:40670783
|
research paper | 探讨全基因组加倍在高级别浆液性卵巢癌中作为持续突变过程对肿瘤演化性和免疫逃逸的影响 | 首次在单细胞分辨率下揭示全基因组加倍是卵巢癌中的持续性突变过程,并开发了基于突变的WGD计时方法doubleTime来解析其驱动肿瘤演化的具体模式 | 未提及具体局限性,但样本来源仅限于高级别浆液性卵巢癌患者,可能限制对其他癌症类型的推广性 | 研究全基因组加倍在肿瘤体细胞演化及免疫逃逸中的作用机制 | 高级别浆液性卵巢癌患者的肿瘤样本 | machine learning | ovarian cancer | 单细胞全基因组测序、单细胞RNA测序、高分辨率免疫荧光显微镜 | NA | 基因组数据、转录组数据、图像数据 | 来自41名患者的70个高级别浆液性卵巢癌样本(30,260个肿瘤基因组) | NA | 单细胞全基因组测序、单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 2073 | 2026-04-28 |
The Dual Molecular Identity of Vestibular Kinocilia: Bridging Structural and Functional Traits of Primary and Motile Cilia
2025-Jun-23, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2025.04.16.647417
PMID:40568142
|
研究论文 | 通过对前庭毛细胞的单细胞RNA测序,揭示前庭动纤毛同时具有初级纤毛和运动纤毛的分子特征,并发现其自发性运动功能 | 首次发现前庭动纤毛同时表达初级纤毛与运动纤毛相关基因,且具有自发性运动能力,改变了传统上对动纤毛仅为感觉支撑结构的认知 | 未明确动纤毛自发性运动的确切分子机制,且样本局限于成年动物模型,缺乏人类活体功能验证 | 阐明前庭动纤毛的分子组成、结构特性及其在毛细胞束中的功能角色 | 成年小鼠、牛蛙、斑马鱼和人类的前庭毛细胞 | 数字病理学 | 前庭系统疾病 | 单细胞RNA测序、免疫染色、活细胞成像 | NA | 基因表达数据、图像数据 | 成年小鼠前庭和耳蜗毛细胞(未提供具体数量)、牛蛙与小鼠壶腹嵴毛细胞(未提供具体数量)、斑马鱼和人类前庭毛细胞(未提供具体数量) | 10x Genomics | 单细胞RNA测序 | 10x Chromium | 10x Chromium单细胞3'测序平台 |
| 2074 | 2026-04-28 |
SOAR elucidates biological insights and empowers drug discovery through spatial transcriptomics
2025-Jun-13, Science advances
IF:11.7Q1
DOI:10.1126/sciadv.adt7450
PMID:40498826
|
研究论文 | 提出一个全面的空间转录组学分析平台SOAR,包含3461个统一处理样本,涵盖13个物种、42种组织类型和19种技术 | 首次构建集成多物种、多组织、多平台空间转录组数据的统一分析资源,并展示其在药物发现中的创新应用 | 未明确提及具体局限性,但可能包括数据覆盖的偏倚或分析方法对某些技术平台的适用性 | 通过空间转录组学数据整合与分析,推动生物学发现和药物研发 | 13个物种的空间转录组样本,包括人、小鼠等模式生物 | 数字病理学 | 癌症, 溃疡性结肠炎 | 空间转录组学 | NA | 基因表达数据 | 3461个样本 | NA | 空间转录组学 | NA | 整合19种不同空间转录组学技术平台的数据 |
| 2075 | 2026-04-28 |
Single-cell RNA sequencing reveals tissue-specific transcriptomic changes induced by perfluorooctanesulfonic acid (PFOS) in larval zebrafish (Danio rerio)
2025-06-05, Journal of hazardous materials
IF:12.2Q1
DOI:10.1016/j.jhazmat.2025.137515
PMID:39947082
|
研究论文 | 通过单细胞RNA测序分析PFOS暴露对斑马鱼幼虫组织特异性转录组的影响 | 首次使用单细胞RNA-seq揭示PFOS在斑马鱼幼虫中诱导的组织特异性转录组变化,并发现消化器官、肌肉和耳石是受影响最显著的组织 | 研究局限于单一浓度(16 µM)和短期暴露(3-72小时),未测试剂量-反应关系或长期效应 | 探究全氟辛烷磺酸(PFOS)对斑马鱼幼虫发育毒性的组织特异性分子机制 | 斑马鱼幼虫(Danio rerio) | 机器学习 | 发育毒性 | 单细胞RNA测序 | NA | 单细胞转录组数据 | 暴露于16 µM PFOS或0.01% DMSO的斑马鱼幼虫,共检测27,698个基因,其中2,390个差异表达 | 10x Genomics | 单细胞转录组 | 10x Chromium | 10x Chromium单细胞RNA测序平台 |
| 2076 | 2026-04-28 |
Oncogene aberrations drive medulloblastoma progression, not initiation
2025-06, Nature
IF:50.5Q1
DOI:10.1038/s41586-025-08973-5
PMID:40335697
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research paper | 本研究利用单细胞技术揭示癌基因异常驱动髓母细胞瘤进展而非起始的过程 | 首次通过单细胞核RNA测序、单细胞核ATAC测序和空间转录组学技术,证明大规模染色体畸变是早期肿瘤起始事件,而单基因癌基因事件在后期出现并呈亚克隆性 | 未提及具体限制 | 阐明癌基因异常和广泛拷贝数变异在髓母细胞瘤肿瘤进化和治疗抵抗中的作用 | 3/4组髓母细胞瘤患者肿瘤样本 | 单细胞组学 | 髓母细胞瘤 | 单细胞核RNA测序、单细胞核ATAC测序、空间转录组学 | 群体遗传学模型 | 基因表达数据、染色质可及性数据、空间转录组数据 | 一群已知MYC、MYCN和PRDM6癌基因改变的3/4组髓母细胞瘤患者 | NA | 单细胞RNA测序、单细胞ATAC测序、空间转录组学 | NA | NA |
| 2077 | 2026-04-28 |
Concurrent loss of the Y chromosome in cancer and T cells impacts outcome
2025-06, Nature
IF:50.5Q1
DOI:10.1038/s41586-025-09071-2
PMID:40468066
|
研究论文 | 该研究通过泛癌分析揭示Y染色体缺失在癌症与T细胞中并发存在并影响患者预后 | 首次系统证明外周血单核细胞和肿瘤中Y染色体缺失的关联性,并建立恶性上皮细胞与免疫细胞中LOY共存的预后模型 | 未明确LOY导致免疫抑制的分子机制及功能验证的局限性 | 探究Y染色体缺失在外周血单核细胞、免疫细胞和癌细胞中的相互关系及其对癌症死亡率的影响 | 29种人类肿瘤类型的bulk和单细胞RNA测序数据,以及自发性及同源小鼠肿瘤模型 | 数字病理学 | 泛癌种 | RNA-seq, 单细胞RNA-seq | NA | 文本序列数据 | 涵盖29种人类肿瘤类型及小鼠模型的多组学数据 | Illumina, 10x Genomics | bulk RNA-seq, 单细胞RNA-seq | Illumina NovaSeq, 10x Chromium | 使用Illumina NovaSeq进行bulk RNA测序,10x Chromium进行单细胞测序 |
| 2078 | 2026-04-28 |
Insight into perfluorooctanoic acid-induced impairment of mouse embryo implantation via single-cell RNA-seq
2025-05-05, Journal of hazardous materials
IF:12.2Q1
DOI:10.1016/j.jhazmat.2025.137375
PMID:39892134
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研究论文 | 通过单细胞RNA测序揭示全氟辛酸诱导小鼠胚胎着床障碍的机制 | 首次利用单细胞RNA测序技术系统揭示低剂量PFOA暴露通过破坏子宫内膜上皮细胞功能及ANGPTL信号通路导致胚胎着床失败的具体分子机制 | 该研究仅在小鼠模型中开展,缺乏人类临床样本验证;未深入探讨其他细胞类型(如免疫细胞)在PFOA暴露下的作用 | 探究全氟辛酸暴露对子宫内膜容受性的影响及其分子机制 | 小鼠子宫内膜组织及胚胎着床过程 | 数字病理学 | 生殖相关疾病 | 单细胞RNA测序 | NA | 基因表达数据 | 未明确提及具体样本量,但涉及多组小鼠模型的子宫内膜组织 | 10x Genomics | 单细胞RNA测序 | 10x Chromium | 10x Chromium Single Cell 3' 测序平台 |
| 2079 | 2026-04-28 |
Programs, origins and immunomodulatory functions of myeloid cells in glioma
2025-04, Nature
IF:50.5Q1
DOI:10.1038/s41586-025-08633-8
PMID:40011771
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研究论文 | 通过整合单细胞RNA测序、染色质可及性、空间转录组学和胶质瘤类器官外植体系统,系统研究胶质瘤中髓系细胞的免疫调节程序、起源和功能 | 首次发现四种免疫调节表达程序,包括两种原发性脑肿瘤特有的小胶质细胞炎症和清除免疫抑制程序,以及两种非脑肿瘤中也表达的系统性炎症和补体免疫抑制程序,并揭示了微环境信号驱动而非细胞类型或突变状态决定这些程序 | 未明确说明具体局限性 | 阐明胶质瘤中髓系细胞的免疫调节表型及其调控机制 | 胶质瘤中的髓系细胞 | 数字病理学 | 胶质瘤 | 单细胞RNA测序, 染色质可及性测序, 空间转录组学 | NA | 基因表达数据, 染色质可及性数据, 空间转录组数据 | NA | 10x Genomics | 单细胞RNA测序, 单细胞ATAC测序, 空间转录组学 | 10x Chromium, 10x Visium | 10x Chromium单细胞3'测序, 10x Visium空间转录组学 |
| 2080 | 2026-04-28 |
Uncovering endothelial to mesenchymal transition drivers in atherosclerosis via multi-omics analysis
2025-02-17, BMC cardiovascular disorders
IF:2.0Q3
DOI:10.1186/s12872-025-04571-5
PMID:39956907
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研究论文 | 通过整合多组学数据,揭示了动脉粥样硬化中调控内皮-间充质转化的新候选因子 | 首次通过整合单细胞RNA测序、批量RNA测序和微阵列数据,系统鉴定出七个新的内皮-间充质转化候选基因(PTGS2、TPM1、SERPINE1、FN1、RASD1、SEMA3C和ESM1) | 研究主要依赖公开数据库和生物信息学分析,验证仅通过qPCR和western blotting进行,尚未在体内模型或临床样本中进行功能验证 | 识别动脉粥样硬化中调控内皮-间充质转化的新候选分子 | 动脉粥样硬化斑块中的内皮细胞及体外内皮-间充质转化模型 | 机器学习 | 心血管疾病 | 单细胞RNA测序、批量RNA测序、微阵列分析、qPCR、western blotting | NA | 基因表达数据 | 三个数据集:GSE159677(scRNA-seq)、GSE118446(bulk RNA-seq)和GSE56309(微阵列) | NA | 单细胞RNA-seq, 批量RNA-seq | NA | NA |