单细胞与空转测序相关文章

序号	推送日期	文章	类型	简述	创新点	不足	研究目的	研究对象	领域	病种	技术	模型	数据类型	样本量
2061	2025-04-06	Mouse-Geneformer: A deep learning model for mouse single-cell transcriptome and its cross-species utility 2025-Mar, PLoS genetics IF:4.0Q1 DOI:10.1371/journal.pgen.1011420 PMID:40106407	研究论文	本研究开发了一个针对小鼠的单细胞转录组深度学习模型mouse-Geneformer，并探讨了其跨物种应用的潜力	首次构建了基于小鼠大规模单细胞转录组数据的预训练模型mouse-Geneformer，并验证了其在小鼠和人类数据上的跨物种分析能力	在人类COVID-19模型上的分析结果与人类专用Geneformer仅部分一致，表明物种特异性模型对某些疾病机制分析的重要性	开发适用于小鼠单细胞转录组分析的深度学习模型，并探索其在跨物种分析中的应用	小鼠和人类的单细胞转录组数据	生物信息学	心肌梗塞和COVID-19	单细胞RNA测序(scRNA-seq)	Transformer Encoder	单细胞转录组数据	2100万个小鼠单细胞转录组样本
2062	2025-04-06	Chemokine Ligands and Receptors Regulate Macrophage Polarization in Atherosclerosis: A Comprehensive Database Mining Study 2025-Mar, CJC open IF:2.5Q2 DOI:10.1016/j.cjco.2024.11.018 PMID:40182401	研究论文	通过生物信息学方法研究趋化因子配体和受体在动脉粥样硬化中调控巨噬细胞极化的作用	首次通过公共数据库挖掘和生物信息学分析，揭示了趋化因子在动脉粥样硬化中调控巨噬细胞极化的具体机制	研究主要基于生物信息学分析，缺乏实验验证	探究趋化因子在动脉粥样硬化中调控巨噬细胞极化的作用机制	巨噬细胞极化和趋化因子	生物信息学	心血管疾病	scRNA-seq, GEO2R, IPA分析	巨噬细胞极化调控模型	基因表达数据	公共数据库中的小鼠组织数据
2063	2025-04-06	Spatial profiling of the interplay between cell type- and vision-dependent transcriptomic programs in the visual cortex 2025-Feb-18, Proceedings of the National Academy of Sciences of the United States of America IF:9.4Q1 DOI:10.1073/pnas.2421022122 PMID:39946537	research paper	该研究通过空间转录组分析，探讨了视觉经验对初级视觉皮层（V1）中L2/3神经元细胞类型空间组织的影响	揭示了视觉剥夺诱导的转录组变化包含两个独立的基因程序，并提出了L2/3细胞类型空间分区与基因表达连续性的关联	研究仅关注了L2/3细胞类型，未涵盖其他皮层细胞类型	探究早期感觉经验如何影响哺乳动物新皮层神经元细胞类型的组织和功能	初级视觉皮层（V1）中的L2/3神经元细胞类型	神经科学	NA	空间转录组分析，单核RNA测序	多任务理论	转录组数据	正常饲养和黑暗饲养的L2/3细胞
2064	2025-04-06	HMGA2 Expression Predicts Subtype, Survival, and Treatment Outcome in Pancreatic Ductal Adenocarcinoma 2025-Feb-17, Clinical cancer research : an official journal of the American Association for Cancer Research IF:10.0Q1 DOI:10.1158/1078-0432.CCR-24-2200 PMID:39680021	研究论文	本研究旨在确立HMGA2作为胰腺导管腺癌(PDAC)基底样疾病的标志物，并探索其作为预后和治疗抵抗生物标志物的用途	发现HMGA2表达可预测PDAC患者的生存期和治疗反应，并与GATA6状态结合可识别疾病亚型	研究样本量有限，且需要进一步验证HMGA2作为生物标志物的临床应用价值	探索HMGA2在PDAC中的预后和治疗抵抗预测价值	胰腺导管腺癌(PDAC)患者样本	数字病理学	胰腺癌	单细胞RNA测序(RNA-seq)、多重免疫组化(IHC)	NA	RNA-seq数据、免疫组化数据	172例患者样本(单细胞RNA-seq)、580例PDAC样本(多重IHC)、额外30例多样化患者样本
2065	2025-04-06	Integrating bulk and single-cell RNA sequencing reveals SH3D21 promotes hepatocellular carcinoma progression by activating the PI3K/AKT/mTOR pathway 2025, PloS one IF:2.9Q1 DOI:10.1371/journal.pone.0302766 PMID:40179068	研究论文	本研究通过整合大量和单细胞RNA测序数据，揭示了SH3D21通过激活PI3K/AKT/mTOR通路促进肝细胞癌进展的机制	首次揭示了SH3D21作为新型遗传生物标志物在肝细胞癌中的表达和功能，并证实其通过激活PI3K/AKT/mTOR信号通路促进肿瘤进展	研究主要基于生物信息学分析和体外实验，缺乏体内实验验证	探究SH3D21在肝细胞癌中的表达特征、临床意义及其促癌机制	肝细胞癌患者样本和癌细胞系	癌症基因组学	肝细胞癌	RNA测序（bulk和单细胞）、qRT-PCR、CCK-8实验、集落形成实验、Western blot	NA	基因表达数据	来自TCGA、ICGC和GEO数据库的肝细胞癌样本
2066	2025-04-06	Predicting and comparing transcription start sites in single cell populations 2025, PLoS computational biology IF:3.8Q1 DOI:10.1371/journal.pcbi.1012878 PMID:40179341	研究论文	该研究开发了一个名为scTSS的计算流程，用于预测和比较单细胞群体中的转录起始位点（TSS）	scTSS能够同时处理配对端和单端5'单细胞RNA测序数据，并进行差异TSS使用分析	当前方法缺乏在单细胞环境中的比较评估，且主要针对配对端数据	开发一个计算流程以分析单细胞分辨率下的转录起始位点	单细胞群体中的转录起始位点（TSS）	生物信息学	NA	5'单细胞RNA测序（scRNA-seq）	Binomial广义线性混合模型	RNA测序数据	两种不同疾病的单细胞数据
2067	2025-04-06	Unraveling the spatial and signaling dynamics and splicing kinetics of immune infiltration in osteoarthritis synovium 2025, Frontiers in immunology IF:5.7Q1 DOI:10.3389/fimmu.2025.1521038 PMID:40181977	研究论文	本研究通过整合单细胞RNA测序和空间转录组学数据，揭示了骨关节炎滑膜中免疫浸润的空间动态、剪接动力学及信号通路	首次构建了骨关节炎滑膜的空间和转录图谱，鉴定了驱动免疫浸润的关键基因和转录因子，并提出了潜在的治疗靶点	样本量较小（8例OA和4例健康滑膜样本），且仅基于计算预测提出治疗靶点，需进一步实验验证	解析骨关节炎滑膜中免疫浸润的空间动态和分子机制	骨关节炎患者和健康人的滑膜组织	数字病理学	骨关节炎	scRNA-seq, 空间转录组学, Spatrio, STT分析, NMF, CellPhoneDB, pyLIGER	空间过渡张量(STT), 非负矩阵分解(NMF)	单细胞转录组数据, 空间转录组数据	8例OA患者和4例健康人的滑膜样本
2068	2025-04-06	A prognostic model based on autophagy-and senescence-related genes for gastric cancer: implications for immunotherapy and personalized treatment 2025, Frontiers in oncology IF:3.5Q2 DOI:10.3389/fonc.2025.1509771 PMID:40182050	研究论文	本研究基于自噬和衰老相关基因构建了一个胃癌预后模型，用于预测免疫浸润、免疫治疗效果并指导个性化治疗	首次结合自噬和衰老相关基因构建胃癌预后模型，并验证其在免疫治疗和个性化治疗中的潜在应用	研究结果需要进一步通过大规模临床试验验证	开发一个能够预测胃癌预后和免疫治疗效果的模型	胃癌患者	数字病理学	胃癌	基因表达分析、单细胞测序	LASSO回归模型	基因表达数据、临床数据	来自TCGA和GEO数据库的胃癌样本
2069	2025-04-06	Temporal and spatial distribution of histone acetylation in mouse molar development 2025, PeerJ IF:2.3Q2 DOI:10.7717/peerj.19215 PMID:40183048	研究论文	本研究通过小鼠磨牙模型，揭示了组蛋白乙酰化修饰在牙齿发育过程中的时空分布及其作用机制	首次系统描绘了牙齿发育过程中组蛋白H3和H4及其乙酰化位点的分布模式，并鉴定了关键组蛋白乙酰转移酶和去乙酰化酶	研究仅局限于小鼠磨牙模型，人类牙齿发育中的组蛋白乙酰化机制仍需进一步验证	揭示组蛋白乙酰化修饰与牙齿发育的关联机制	小鼠磨牙发育过程中的上皮细胞和间充质细胞	发育生物学	NA	scRNA-seq（单细胞RNA测序）和免疫组织化学	NA	基因表达数据和蛋白质定位数据	NA
2070	2025-04-06	Epithelial tubule interconnection driven by HGF-Met signaling in the kidney 2024-Dec-24, Proceedings of the National Academy of Sciences of the United States of America IF:9.4Q1 DOI:10.1073/pnas.2416887121 PMID:39705305	研究论文	本研究通过单细胞RNA测序和荧光标记技术，揭示了HGF-Met信号通路在肾脏上皮小管互连中的作用机制	首次发现HGF通过MAPK信号通路和MMPs促进小管吻合，且独立于细胞增殖过程	研究仅在小鼠胚胎肾脏中进行，尚未在人类组织或成年组织中验证	探究上皮小管互连的分子机制及其在肾脏发育中的作用	小鼠胚胎肾脏上皮小管	发育生物学	肾脏疾病	单细胞RNA测序，荧光标记技术	NA	基因表达数据，图像数据	小鼠胚胎肾脏样本
2071	2025-04-06	Automatically Detecting Anchor Cells and Clustering for scRNA-Seq Data Using scTSNN 2024-11, IEEE journal of biomedical and health informatics IF:6.7Q1 DOI:10.1109/JBHI.2024.3460761 PMID:39283774	研究论文	提出了一种名为scTSNN的张量共享最近邻锚点聚类方法，用于自动检测单细胞RNA测序数据中的锚点细胞和聚类	利用张量亲和力学习模块挖掘细胞的局部-全局平衡拓扑结构，设计基于密度的共享最近邻测量方法自动检测锚点细胞	在无监督场景下发现scRNA-seq数据的真实细胞类型仍然具有挑战性	提高单细胞RNA测序数据中细胞异质性研究的精度和鲁棒性	单细胞RNA测序数据	生物信息学	宫颈癌	scRNA-seq	scTSNN	单细胞RNA测序数据	合成数据集和scRNA-seq数据集（包括哺乳动物细胞和宫颈癌肿瘤细胞）
2072	2025-04-06	Perivascular NOTCH3+ Stem Cells Drive Meningioma Tumorigenesis and Resistance to Radiotherapy 2024-Oct-04, Cancer discovery IF:29.7Q1 DOI:10.1158/2159-8290.CD-23-1459 PMID:38742767	研究论文	研究发现NOTCH3+干细胞在脑膜瘤的发生和放疗抵抗中起关键作用，并提出了一种新的治疗策略	首次报道了血管周围NOTCH3+干细胞在脑膜瘤发生和放疗抵抗中的作用，并发现了一种通过稳定NOTCH3负调控区域的抗体来抑制肿瘤生长和增强放疗敏感性的治疗方法	研究主要基于小鼠模型和异种移植实验，临床转化效果需进一步验证	探究脑膜瘤发生和放疗抵抗的细胞类型及信号机制，并寻找有效的系统性治疗方法	人类、狗和小鼠的脑膜瘤组织	肿瘤学	脑膜瘤	单细胞转录组学、谱系追踪、成像技术	基因工程小鼠模型和异种移植模型	基因表达数据、影像数据	涉及人类、狗和小鼠的脑膜瘤样本，具体数量未明确说明
2073	2025-04-06	Inferring Characteristics of the Tumor Immune Microenvironment of Patients with HNSCC from Single-Cell Transcriptomics of Peripheral Blood 2024-09-01, Cancer research communications IF:2.0Q3 DOI:10.1158/2767-9764.CRC-24-0092 PMID:39113621	research paper	本研究探讨了从血液中推断肿瘤免疫微环境特征的可能性，并分析了头颈部鳞状细胞癌患者的单细胞RNA测序数据	研究发现耗竭T细胞特征可从血液中预测，并可作为免疫治疗反应的预后血液生物标志物，同时揭示了肿瘤记忆B细胞与调节性T细胞比例的预测价值	研究样本规模有限，需要更大规模的进一步验证	探索从外周血单细胞RNA测序数据推断肿瘤免疫微环境特征的可行性	头颈部鳞状细胞癌患者的外周血单个核细胞和肿瘤组织的单细胞RNA测序数据	digital pathology	head and neck squamous cell carcinoma	scRNA-seq	NA	RNA sequencing data	两个头颈部鳞状细胞癌患者数据集
2074	2025-04-06	STFormer: Learning to Explore Spot Relationships for Spatial Transcriptomics Prediction from Histology of Colorectal Cancer 2024-Jul, Annual International Conference of the IEEE Engineering in Medicine and Biology Society. IEEE Engineering in Medicine and Biology Society. Annual International Conference DOI:10.1109/EMBC53108.2024.10782295 PMID:40031511	研究论文	本文提出了一种名为STFormer的深度学习方法，用于从结直肠癌组织学图像中预测空间转录组学数据	引入了Style-Aug模块增强特征泛化能力，并通过Cross-WSI Transformer模块有效捕捉跨WSI的spot关系	未明确提及具体样本量限制或计算资源需求	开发一种成本效益高的空间转录组学预测方法	结直肠癌组织学图像与空间转录组学数据	数字病理学	结直肠癌	深度学习	Transformer	图像	NA
2075	2025-04-06	Autofluorescence is a biomarker of neural stem cell activation state 2024-Apr-04, Cell stem cell IF:19.8Q1 DOI:10.1016/j.stem.2024.02.011 PMID:38521057	研究论文	利用自发荧光成像技术研究神经干细胞激活状态	首次发现静止和激活状态的神经干细胞具有独特的自发荧光特征，并可作为生物标志物	研究仅限于小鼠神经干细胞，未涉及其他物种或细胞类型	探索神经干细胞激活状态的生物标志物及其与代谢重塑的关系	小鼠神经干细胞（NSCs）	生物医学成像	NA	荧光寿命成像（FLIM）和单细胞RNA测序	NA	图像和转录组数据	未明确说明样本数量，但研究涉及单细胞分辨率分析
2076	2025-04-06	Progesterone attenuates Th17-cell pathogenicity in autoimmune uveitis via Id2/Pim1 axis 2023-Jun-21, Journal of neuroinflammation IF:9.3Q1 DOI:10.1186/s12974-023-02829-3 PMID:37344856	研究论文	本研究探讨了孕酮（PRG）通过Id2/Pim1轴减弱Th17细胞在自身免疫性葡萄膜炎（AU）中的致病性	首次通过单细胞RNA测序构建了PRG治疗的EAU模型小鼠的高维免疫图谱，揭示了PRG通过调节Th17/Treg平衡及Id2/Pim1轴缓解炎症的机制	研究仅使用动物模型，尚未在人体中进行验证	探究孕酮治疗自身免疫性葡萄膜炎的作用机制	实验性自身免疫性葡萄膜炎（EAU）模型小鼠	免疫学	自身免疫性葡萄膜炎	单细胞RNA测序	EAU动物模型	基因表达数据	未明确提及样本数量
2077	2025-04-06	Spatial epigenome-transcriptome co-profiling of mammalian tissues 2023-04, Nature IF:50.5Q1 DOI:10.1038/s41586-023-05795-1 PMID:36922587	research paper	该研究开发了两种空间表观基因组和转录组联合分析技术，用于在小鼠和人类脑组织中同时检测染色质可及性、组蛋白修饰和基因表达	首次实现了空间分辨的全基因组表观组和转录组联合分析，能够在近单细胞分辨率下同时检测多种分子层信息	技术尚未应用于更广泛的生物样本和疾病模型	研究表观遗传机制如何控制组织中的转录表型和细胞动态	小鼠胚胎和幼年脑组织、成年人类脑组织	空间组学	NA	空间转录组学、空间表观组学、共测序技术	NA	空间组学数据（表观组+转录组）	小鼠胚胎和幼年脑组织、成年人类脑组织样本
2078	2025-04-06	Ensembles of endothelial and mural cells promote angiogenesis in prenatal human brain 2022-09-29, Cell IF:45.5Q1 DOI:10.1016/j.cell.2022.09.004 PMID:36179668	研究论文	研究揭示了人类胎儿大脑中血管细胞成熟的关键机制及其与神经发生的相互作用	首次在妊娠中期人类大脑中发现内皮细胞和周细胞亚型的组合，并揭示其通过胶原蛋白、层粘连蛋白和中期因子等信号机制促进细胞间通讯和成熟	研究主要关注妊娠中期，未涵盖整个胎儿发育过程	探索人类胎儿大脑血管细胞成熟的机制及其与神经发生的相互作用	人类胎儿大脑中的血管细胞（内皮细胞和周细胞）	发育生物学	NA	荧光激活细胞分选、单细胞转录组学、组织学和超微结构分析	NA	单细胞转录组数据、组织学图像、超微结构数据	妊娠中期人类胎儿大脑样本
2079	2025-04-06	Single-cell analysis identifies the interaction of altered renal tubules with basophils orchestrating kidney fibrosis 2022-06, Nature immunology IF:27.7Q1 DOI:10.1038/s41590-022-01200-7 PMID:35552540	research paper	该研究通过单细胞测序技术揭示了肾脏纤维化中肾小管细胞与嗜碱性粒细胞的相互作用机制	首次发现促纤维化肾小管细胞通过分泌CXCL1招募CXCR2嗜碱性粒细胞，并证实后者通过产生IL-6促进T17辅助T细胞募集从而驱动肾脏纤维化	研究主要基于小鼠模型，人类数据验证仍需进一步扩展	阐明肾脏纤维化的免疫调控机制	肾脏纤维化模型小鼠及人类肾脏组织	单细胞生物学	慢性肾脏病	单细胞测序、免疫染色	NA	单细胞基因表达数据、批量基因表达数据、免疫组织化学数据	小鼠模型及人类肾脏组织样本（具体数量未明确说明）
2080	2025-04-06	Deep learning and alignment of spatially resolved single-cell transcriptomes with Tangram 2021-11, Nature methods IF:36.1Q1 DOI:10.1038/s41592-021-01264-7 PMID:34711971	研究论文	提出Tangram方法，用于将单细胞/单核RNA测序数据与空间数据对齐，以重建器官的生物图谱	Tangram方法能够将sc/snRNA-seq数据与多种空间数据形式对齐，包括MERFISH、STARmap、smFISH、Spatial Transcriptomics (Visium)和组织学图像，支持多模态数据如SHARE-seq	未提及具体样本量的限制或方法在特定数据集上的性能限制	克服现有技术在空间分辨率和基因通量上的限制，重建器官的生物图谱	健康小鼠脑组织	数字病理	NA	sc/snRNA-seq, MERFISH, STARmap, smFISH, Spatial Transcriptomics (Visium), SHARE-seq	深度学习	单细胞转录组数据、空间数据、组织学图像	未明确提及样本量