单细胞与空转测序相关文章
本数据库通过收集和整理最新科研文献信息而得，供了解领域前沿进展之用。数据源自 PubMed Data ，每日自动更新（使用关键词“['single-cell sequencing', 'single-cell RNA sequencing', 'single-cell transcriptomics', 'single-cell RNA-seq', 'single-cell transcriptome', 'scRNA-seq', 'spatial transcriptomics']”过滤），已收录文献数量参见 统计表格。表格内容由 GPT 自动整理，可能存在错误或遗漏，请使用时务必注意核实！
如有建议或合作意向，欢迎联系 linlin.yan(AT)bioinfo.app 或 微信 yanlinlin82。本项目遵循 MIT 许可 发布，欢迎下载 源码 自行修改使用。如觉得不错，还请不吝 给我打赏，你的支持是我继续创新的重要动力！
添加微信请说明来意
微信赞赏
除通过在线浏览外，为方便用户离线查阅，本站也提供 付费下载（定价19.9元）。之所以考虑收费，是因为批量扫描这些文献并整理也是有一定成本的，还请理解并多多支持。本站数据会持续更新，而仅需一次付费，未来就可以随时重新下载到最新版本数据。
当前共找到 34750 篇文献，本页显示第 2061 - 2080 篇。
| 序号 | 推送日期 | 文章 | 类型 | 简述 | 创新点 | 不足 | 研究目的 | 研究对象 | 领域 | 病种 | 技术 | 模型 | 数据类型 | 样本量 | 平台公司 | 平台技术 | 具体产品 | 平台详情 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 2061 | 2025-12-03 |
Neuroprotective role of DNTαβ Cell transplantation on modulating immune microenvironment in spinal cord injured mice
2025-Oct, Neurotherapeutics : the journal of the American Society for Experimental NeuroTherapeutics
IF:5.6Q1
DOI:10.1016/j.neurot.2025.e00743
PMID:40987706
|
研究论文 | 本研究探讨了DNTαβ细胞移植在脊髓损伤小鼠中通过调节免疫微环境发挥神经保护作用的机制 | 首次利用单细胞测序揭示DNT细胞的异质性，并验证DNTαβ细胞移植通过Gzmb和IFN通路调节免疫反应，促进脊髓损伤后的早期修复和神经保护 | 研究仅在小鼠模型中进行，尚未在人类临床试验中验证，且具体分子机制需进一步深入探索 | 探究DNTαβ细胞移植对脊髓损伤后免疫微环境的调节作用及其神经保护效果 | 脊髓损伤小鼠模型 | 神经科学 | 脊髓损伤 | 流式细胞术、单细胞测序、转录组测序、免疫组织化学 | NA | 单细胞测序数据、转录组数据、流式细胞术数据、免疫组织化学图像 | 未明确指定样本数量，但使用小鼠模型 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 2062 | 2025-12-03 |
Coxiella burnetii strains elicit distinct inflammatory responses in human macrophages
2025-Aug-11, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2025.08.10.669536
PMID:40832301
|
研究论文 | 本研究通过RNA测序和单细胞RNA测序，揭示了不同毒力Coxiella burnetii菌株感染人肺泡巨噬细胞后诱导的差异性炎症反应 | 首次在单细胞分辨率下比较不同毒力Coxiella burnetii菌株感染人巨噬细胞后的转录组差异，揭示了菌株特异性和细胞异质性对免疫应答的影响 | 研究仅使用人肺泡巨噬细胞，未涉及其他免疫细胞类型；体外感染模型可能无法完全模拟体内感染环境 | 阐明Coxiella burnetii不同菌株与宿主巨噬细胞相互作用的分子机制，为Q热治疗提供新见解 | 人肺泡巨噬细胞感染不同毒力Coxiella burnetii菌株（NMI、G、NMII、Dugway） | 感染免疫学 | Q热 | RNA测序，单细胞RNA测序，细胞因子检测 | NA | 转录组数据，单细胞转录组数据 | 未明确样本数量 | NA | 单细胞RNA-seq，bulk RNA-seq | NA | NA |
| 2063 | 2025-12-03 |
Multi-region spatial transcriptomics reveals region specific differences in response to amyloid beta (Aβ) plaque induced changes in Alzheimer's Disease (AD)
2025-Aug-02, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2025.07.31.667719
PMID:40766691
|
研究论文 | 本研究利用多区域空间转录组学技术，揭示了阿尔茨海默病中不同脑区对淀粉样蛋白斑块诱导变化的区域特异性差异 | 首次在AD研究中同时进行匹配的多区域空间转录组学和Aβ免疫荧光染色，揭示了Aβ斑块微环境中细胞类型比例、基因表达和细胞间通讯的区域特异性差异 | 研究样本量较小（仅2名Braak III和Thal 4期AD患者），且仅分析了特定脑区，可能无法代表AD的完整疾病谱系 | 阐明AD中不同脑区对Aβ斑块诱导变化表现出不同脆弱性和恢复力的细胞类型和分子机制 | 两名Braak III和Thal 4期AD患者的四个脑区：内嗅皮层、颞枕皮层、背外侧前额叶皮层和纹状皮层 | 空间转录组学 | 阿尔茨海默病 | 空间转录组学，免疫荧光染色 | NA | 空间转录组数据，免疫荧光图像 | 2名AD患者的4个脑区组织样本 | NA | 空间转录组学 | NA | NA |
| 2064 | 2025-12-03 |
Uncovering the Regional and Cell Specific Bioactivity of Injectable Extracellular Matrix Biomaterials in Myocardial Infarction through Spatial and Single Nucleus Transcriptomics
2025-Jun-27, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2025.06.25.661525
PMID:40667036
|
研究论文 | 本研究利用空间转录组学和单核RNA测序技术，揭示了注射性细胞外基质生物材料在心肌梗死中的区域和细胞特异性生物活性 | 首次结合空间转录组学和单核RNA测序技术，系统探究细胞外基质水凝胶在心肌梗死治疗中的区域和细胞特异性生物活性，揭示了未发现的治疗靶点 | 未明确提及样本量或实验设计的局限性，可能缺乏长期疗效评估或临床转化验证 | 探究细胞外基质生物材料在心肌梗死治疗中的治疗活性和机制 | 心肌梗死模型中的心脏组织，包括巨噬细胞、成纤维细胞、淋巴管、血管、平滑肌细胞和心肌细胞等 | 数字病理学 | 心血管疾病 | 空间转录组学，单核RNA测序 | NA | 转录组数据 | NA | NA | 空间转录组学，单核RNA测序 | NA | NA |
| 2065 | 2025-12-03 |
TFcomb identifies transcription factor combinations for cellular reprogramming based on single-cell multiomics data
2025-Jun-02, Genome research
IF:6.2Q1
DOI:10.1101/gr.279955.124
PMID:40210438
|
研究论文 | 本文提出了一种名为TFcomb的计算方法，利用单细胞多组学数据识别细胞重编程所需的转录因子及其组合 | 将寻找重编程转录因子及其组合的任务建模为逆问题，采用Tikhonov正则化保证解的泛化能力，并设计图注意力网络增强基于单细胞RNA-seq和ATAC-seq数据构建的基因调控网络 | NA | 开发计算工具以识别驱动细胞状态转换的重编程转录因子组合 | 细胞重编程过程 | 机器学习 | NA | 单细胞RNA-seq, 单细胞ATAC-seq | 图注意力网络 | 单细胞多组学数据 | NA | NA | 单细胞多组学 | NA | NA |
| 2066 | 2025-12-03 |
Dissecting multilayer cell-cell communications with signaling feedback loops from spatial transcriptomics data
2025-Jun-02, Genome research
IF:6.2Q1
DOI:10.1101/gr.279857.124
PMID:40262896
|
研究论文 | 本文介绍了一种名为stMLnet的方法，用于从空间转录组学数据中解析多层细胞间通讯及信号反馈环路 | stMLnet创新性地整合了空间信息和多层信号调控机制，以识别多层细胞间通讯中的信号反馈环路，相比现有方法在配体-受体推断和细胞内靶基因预测方面表现更优 | NA | 开发一种工具以更好地解析空间转录组学数据中的多层细胞间通讯和信号反馈机制 | 空间转录组学数据，包括来自seqFISH+、Slide-seq v2、MERFISH和Stereo-seq等多种技术的样本 | 空间转录组学 | COVID-19感染 | 空间转录组学 | 扩散模型和质量作用模型 | 空间转录组学数据 | NA | NA | 空间转录组学 | seqFISH+, Slide-seq v2, MERFISH, Stereo-seq | NA |
| 2067 | 2025-12-03 |
STCC enhances spatial domain detection through consensus clustering of spatial transcriptomics data
2025-Jun-02, Genome research
IF:6.2Q1
DOI:10.1101/gr.280031.124
PMID:40355284
|
研究论文 | 本文介绍了一种名为STCC的新型共识聚类框架，用于整合空间转录组学数据中的空间域检测工具，以提高聚类准确性和稳定性 | 开发了STCC共识聚类框架，首次整合了多种先进工具和共识策略（如Onehot-based、average-based、hypergraph-based和wNMF-based方法），以优化空间转录组学数据的空间域检测 | 未明确说明框架在处理高度异质性或复杂组织样本时的具体局限性，且可能依赖于输入参数的设置 | 通过共识策略整合不同工具，提高空间转录组学数据中空间域检测的准确性和稳定性 | 空间转录组学数据，包括模拟数据和来自不同实验平台的真实数据，涉及正常组织和肿瘤样本 | 空间转录组学 | NA | 共识聚类 | NA | 空间转录组学数据 | NA | NA | 空间转录组学 | NA | NA |
| 2068 | 2025-12-03 |
Eosinophils Enhance Granuloma-Mediated Control of Persistent Salmonella Infection
2025-Jan-03, Research square
DOI:10.21203/rs.3.rs-5610725/v1
PMID:39801515
|
研究论文 | 本研究通过小鼠模型揭示了嗜酸性粒细胞在控制鼠伤寒沙门氏菌持续性感染中的宿主保护作用 | 首次发现嗜酸性粒细胞通过CCL11依赖性机制被招募至肉芽肿，并在控制持续性细菌感染中发挥关键作用 | 研究仅基于小鼠模型，尚未在人类感染中得到验证 | 探究嗜酸性粒细胞在宿主对抗持续性细菌感染中的作用机制 | 鼠伤寒沙门氏菌（Tm）感染的小鼠模型 | 感染免疫学 | 细菌感染 | 空间转录组学 | NA | 空间转录组数据 | NA | NA | 空间转录组学 | NA | NA |
| 2069 | 2025-12-03 |
Transcriptomic Evaluation of a Stress Vulnerability Network Using Single-Cell RNA Sequencing in Mouse Prefrontal Cortex
2024-Dec-01, Biological psychiatry
IF:9.6Q1
DOI:10.1016/j.biopsych.2024.05.023
PMID:38866174
|
研究论文 | 本研究通过单细胞RNA测序评估小鼠前额叶皮层中的应激脆弱性网络，揭示了与应激脆弱性相关的细胞类型和基因表达差异 | 首次结合多点在体神经生理学和单细胞RNA测序技术，识别出大脑中潜在应激脆弱性状态涉及的细胞类型和基因 | 研究仅基于小鼠模型，样本量较小（n=12），且性别仅限于C57BL/6品系，可能限制对人类应激脆弱性的直接推广 | 探究应激脆弱性的分子机制，以理解情绪障碍如重度抑郁症的风险因素 | 雄性及雌性C57BL/6小鼠的前额叶皮层细胞 | 神经科学 | 情绪障碍 | 单细胞RNA测序，多点在体神经生理学 | NA | 转录组数据，电生理数据 | 12只C57BL/6小鼠 | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 2070 | 2025-12-03 |
Nonepithelial Gene Expression Correlates With Symptom Severity in Adults With Eosinophilic Esophagitis
2024-Dec, The journal of allergy and clinical immunology. In practice
DOI:10.1016/j.jaip.2024.05.015
PMID:38768900
|
研究论文 | 本研究探讨了嗜酸性粒细胞性食管炎（EoE）患者症状严重程度与非上皮细胞基因表达之间的相关性 | 首次将患者报告的症状指标（EEsAI）与食管非上皮细胞基因表达关联，揭示了成纤维细胞等非上皮细胞在EoE症状严重性中的潜在作用 | 样本量相对有限（146名成人），且仅基于回顾性数据分析，未进行实验验证 | 揭示EoE症状变异的分子机制，探索症状严重程度与食管基因表达的关系 | 146名成人EoE患者，根据食管扩张史分组 | 生物信息学 | 嗜酸性粒细胞性食管炎 | 单细胞RNA测序 | NA | 转录组数据 | 146名成人EoE患者 | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 2071 | 2025-12-03 |
Spatial Transcriptomics Unravel the Tissue Complexity of Oral Pathogenesis
2024-Dec, Journal of dental research
IF:5.7Q1
DOI:10.1177/00220345241271934
PMID:39382116
|
综述 | 本文综述了空间转录组学在口腔疾病组织复杂性研究中的应用，包括其工作流程、数据分析方法以及在颅面发育和疾病中的具体案例 | 空间转录组学作为一种前沿方法，首次在口腔疾病领域系统性地整合了基因表达与空间信息，揭示了传统方法无法观察到的细胞区域间复杂相互作用 | 本文为综述性文章，未涉及原始实验数据，且空间转录组学技术本身可能存在分辨率限制和数据分析复杂性等挑战 | 探讨空间转录组学在理解口腔疾病组织复杂性和发病机制中的应用潜力 | 颅面区域组织（如颅骨、腭部、唾液腺、舌头、口腔底部、口咽部和牙周组织）以及相关疾病状态（如Sjögren病、口腔鳞状细胞癌、HPV感染、牙周病） | 数字病理学 | 口腔疾病 | 空间转录组学 | NA | 空间基因表达数据 | NA | NA | 空间转录组学 | NA | NA |
| 2072 | 2025-12-03 |
Targeting GSDME-mediated macrophage polarization for enhanced antitumor immunity in hepatocellular carcinoma
2024-Dec, Cellular & molecular immunology
IF:21.8Q1
DOI:10.1038/s41423-024-01231-0
PMID:39496854
|
研究论文 | 本研究通过分析肝癌患者样本，发现GSDME通过调控巨噬细胞极化影响抗PD1治疗耐药性，并探索了Eliprodil与抗PD1联合治疗的潜力 | 首次揭示GSDME在肿瘤相关巨噬细胞中通过PDPK1/PI3K-AKT通路促进M2样极化，并发现小分子Eliprodil可阻断该通路，为联合免疫治疗提供新靶点 | 样本量较小（仅9例患者），临床前模型结果需在更大规模临床试验中验证 | 探索肝细胞癌抗PD1治疗耐药机制并开发联合免疫治疗新策略 | 肝细胞癌患者肿瘤组织、肿瘤相关巨噬细胞、CD8+T细胞及小鼠肝癌模型 | 肿瘤免疫学 | 肝细胞癌 | RNA测序、单细胞测序、流式细胞术 | NA | 转录组数据、单细胞数据 | 9例接受抗PD1单药治疗的肝细胞癌患者肿瘤组织 | NA | RNA-seq, 单细胞测序 | NA | NA |
| 2073 | 2025-12-03 |
Splicing the Difference: Harnessing the Complexity of the Transcriptome in Hematopoiesis
2024-Dec, Experimental hematology
IF:2.5Q3
DOI:10.1016/j.exphem.2024.104655
PMID:39393608
|
综述 | 本文综述了转录组复杂性在造血过程中的作用，重点关注可变剪接、相关调控因子及其在血液系统恶性肿瘤中的意义 | 整合了多色流式细胞分选与批量及单细胞测序等前沿技术，系统阐述了可变剪接在造血及血液疾病中的调控机制 | 作为一篇综述文章，未提供原始实验数据，主要基于现有文献进行总结和展望 | 更新关于可变剪接在造血过程中作用的研究进展，阐明剪接因子突变如何导致血液恶性肿瘤 | 造血系统，包括造血干细胞、祖细胞、成熟血细胞及相关血液疾病（如骨髓增生异常综合征） | 自然语言处理 | 血液系统恶性肿瘤 | 多色流式细胞分选，批量测序，单细胞测序 | NA | 测序数据 | NA | NA | 单细胞RNA-seq，批量RNA-seq | NA | NA |
| 2074 | 2025-12-03 |
Nanomaterial-Mediated Reprogramming of Macrophages to Inhibit Refractory Muscle Fibrosis
2024-Dec, Advanced materials (Deerfield Beach, Fla.)
DOI:10.1002/adma.202410368
PMID:39548911
|
研究论文 | 本研究开发了一种功能化纳米材料，通过调控巨噬细胞极化来抑制难治性肌肉纤维化 | 利用聚乙烯亚胺功能化的纳米材料捕获细胞游离核酸，通过TLR7/9-NF-κB信号通路调控巨噬细胞表型，从而改变纤维-脂肪生成祖细胞的亚群平衡 | 研究主要关注口面部肌肉纤维化，在其他肌肉类型或组织中的适用性需进一步验证 | 开发治疗难治性肌肉纤维化的新策略 | 巨噬细胞和纤维-脂肪生成祖细胞 | NA | 肌肉纤维化 | 单细胞RNA测序 | NA | 基因表达数据 | NA | NA | single-cell RNA-seq | NA | NA |
| 2075 | 2025-12-03 |
Age-Related ECM Stiffness Mediates TRAIL Activation in Muscle Stem Cell Differentiation
2024-Dec, Advanced biology
IF:3.2Q3
DOI:10.1002/adbi.202400334
PMID:39601528
|
研究论文 | 本研究探讨了年龄相关的细胞外基质（ECM）硬化如何通过TRAIL通路影响肌肉干细胞（MuSC）的分化，揭示了其在肌肉再生障碍中的作用机制 | 首次结合单细胞RNA测序和体外基质工程，系统分析了年龄和ECM硬度对MuSC分化的协同影响，并识别出TRAIL通路在年龄相关纤维化群体中的关键作用 | 研究主要基于体外模型和动物实验，人类样本的验证不足；BAPN的长期治疗效果和副作用未充分评估 | 探究年龄相关ECM硬化如何通过分子机制影响肌肉干细胞的分化和功能，以阐明肌肉再生障碍的成因 | 年轻和年老小鼠的肌肉干细胞（MuSCs） | 单细胞组学 | 老年性疾病 | 单细胞RNA测序（scRNA-seq），免疫染色 | NA | 单细胞转录组数据，图像数据 | 年轻和年老MuSCs在软硬不同基质条件下的四组实验样本 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 2076 | 2025-12-03 |
GSK3β and UCHL3 govern RIPK4 homeostasis via deubiquitination to enhance tumor metastasis in ovarian cancer
2024-06, Oncogene
IF:6.9Q1
DOI:10.1038/s41388-024-03040-1
PMID:38664501
|
研究论文 | 本研究揭示了GSK3β和UCHL3通过去泛素化调控RIPK4稳定性，从而促进卵巢癌转移的新机制 | 首次发现UCHL3作为关键去泛素酶调控RIPK4稳定性，并阐明GSK3β介导的磷酸化增强RIPK4与UCHL3互作，形成促进卵巢癌转移的新通路 | NA | 探究卵巢癌中RIPK4稳定性的调控机制及其在肿瘤转移中的作用 | 卵巢癌组织、细胞系及动物模型 | 肿瘤生物学 | 卵巢癌 | 单细胞测序、去泛素化分析、磷酸化修饰研究 | NA | 测序数据、蛋白质表达数据 | NA | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 2077 | 2025-12-03 |
ScRNA-seq of gastric cancer tissues reveals differences in the immune microenvironment of primary tumors and metastases
2024-05, Oncogene
IF:6.9Q1
DOI:10.1038/s41388-024-03012-5
PMID:38555278
|
研究论文 | 本研究通过单细胞RNA测序分析胃癌组织，揭示了原发肿瘤与转移灶之间免疫微环境的差异 | 首次在单细胞分辨率上系统比较了胃癌原发灶与转移灶的免疫微环境差异，并发现ApoE表达巨噬细胞与不良预后的关联 | 样本量相对有限（46例组织），且未进行长期临床随访验证功能机制 | 探究胃癌原发肿瘤与转移灶之间免疫微环境的差异及其对疾病进展的影响 | 胃癌患者的原发肿瘤组织、癌旁非肿瘤组织及转移灶组织 | 单细胞组学 | 胃癌 | 单细胞RNA测序 | NA | 单细胞转录组数据 | 46例胃癌组织（包括原发灶、癌旁组织和转移灶） | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 2078 | 2025-12-03 |
ZEB1 controls a lineage-specific transcriptional program essential for melanoma cell state transitions
2024-05, Oncogene
IF:6.9Q1
DOI:10.1038/s41388-024-03010-7
PMID:38519642
|
研究论文 | 本研究通过全基因组分析揭示了转录因子ZEB1在黑色素瘤细胞状态转换中的关键调控作用 | 首次在全基因组层面鉴定ZEB1在黑色素瘤中的转录靶点，并设计了黑色素瘤特异的ZEB1调控网络，结合单细胞空间多组学分析验证其在肿瘤异质性中的作用 | 研究主要基于黑色素瘤模型，在乳腺癌细胞中的比较分析显示谱系特异性，可能限制了结论在其他癌症类型的普适性 | 阐明黑色素瘤细胞可塑性和肿瘤异质性的转录调控机制 | 黑色素瘤细胞模型和人类黑色素瘤样本 | 计算生物学 | 黑色素瘤 | ChIP测序，RNA测序，单细胞RNA测序，空间多组学分析 | NA | 基因组测序数据，转录组数据，单细胞数据 | 未明确具体样本数量，包括黑色素瘤模型和人类黑色素瘤样本 | NA | ChIP-seq，RNA-seq，scRNA-seq，空间转录组学 | NA | NA |
| 2079 | 2025-12-03 |
LPCAT2 inhibits colorectal cancer progression via the PRMT1/SLC7A11 axis
2024-05, Oncogene
IF:6.9Q1
DOI:10.1038/s41388-024-02996-4
PMID:38605214
|
研究论文 | 本研究通过单细胞RNA测序发现LPCAT2+肿瘤细胞群恶性程度较低，并阐明LPCAT2通过PRMT1/SLC7A11轴诱导铁死亡抑制结直肠癌进展的分子机制 | 首次在结直肠癌中鉴定出LPCAT2+低恶性细胞群，并揭示LPCAT2通过调控PRMT1乙酰化抑制其核转位，进而下调SLC7A11表达诱导铁死亡的新通路 | 研究主要基于小鼠模型和体外实验，人类临床样本验证相对有限，且未深入探讨LPCAT2表达异质性的调控机制 | 探究LPCAT2在结直肠癌进展中的功能及分子机制，寻找潜在治疗靶点 | 人类和小鼠结直肠癌组织、结直肠癌细胞系、LPCAT2基因敲除小鼠 | 单细胞组学 | 结直肠癌 | 单细胞RNA测序 | NA | 单细胞转录组数据 | 人类和小鼠结直肠癌组织样本（具体数量未明确说明） | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 2080 | 2025-12-03 |
scATAnno: Automated Cell Type Annotation for single-cell ATAC Sequencing Data
2024-Mar-25, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2023.06.01.543296
PMID:37333088
|
研究论文 | 本文介绍了scATAnno，一个用于自动注释单细胞ATAC测序数据的Python软件包 | 开发了基于大规模scATAC-seq参考图谱的自动注释工具，无需使用scRNA-seq数据，并整合了KNN和加权距离不确定性评分以提高准确性 | NA | 开发一种自动化工具，用于单细胞ATAC测序数据的细胞类型注释 | 单细胞ATAC测序数据 | 生物信息学 | 三阴性乳腺癌、基底细胞癌 | 单细胞ATAC测序 | KNN | 表观遗传数据 | 多个数据集，包括外周血单核细胞、三阴性乳腺癌和基底细胞癌样本 | NA | 单细胞ATAC-seq | NA | NA |