单细胞与空转测序相关文章
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当前共找到 27366 篇文献，本页显示第 20741 - 20760 篇。
| 序号 | 推送日期 | 文章 | 类型 | 简述 | 创新点 | 不足 | 研究目的 | 研究对象 | 领域 | 病种 | 技术 | 模型 | 数据类型 | 样本量 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 20741 | 2024-08-08 |
Single-cell RNA-seq of a soft-tissue sarcoma model reveals the critical role of tumor-expressed MIF in shaping macrophage heterogeneity
2022-06-21, Cell reports
IF:7.5Q1
DOI:10.1016/j.celrep.2022.110977
PMID:35732118
|
研究论文 | 本文利用单细胞RNA测序技术研究软组织肉瘤模型，揭示肿瘤表达的MIF在塑造巨噬细胞异质性中的关键作用 | 首次详细描述了软组织肉瘤模型中巨噬细胞的不同激活状态，并证明了MIF在调节巨噬细胞激活状态和促肿瘤潜能中的作用 | 研究主要基于小鼠模型，可能与人类软组织肉瘤存在差异 | 探讨软组织肉瘤微环境中的免疫成分，特别是巨噬细胞的异质性及其调控机制 | 软组织肉瘤模型中的巨噬细胞和肿瘤细胞 | 数字病理学 | 软组织肉瘤 | 单细胞RNA测序 | NA | RNA测序数据 | 小鼠模型中的软组织肉瘤样本 |
| 20742 | 2024-08-08 |
Joint profiling of gene expression and chromatin accessibility during amphioxus development at single-cell resolution
2022-06-21, Cell reports
IF:7.5Q1
DOI:10.1016/j.celrep.2022.110979
PMID:35732129
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research paper | 本文通过单细胞核RNA测序（snRNA-seq）和单细胞转座酶可及染色质测序（scATAC-seq）技术，对文昌鱼的不同发育阶段进行了基因表达和染色质可及性的联合分析 | 首次在文昌鱼中进行基因表达和染色质可及性的单细胞分辨率联合分析，构建了文昌鱼的发育树 | NA | 探索脊椎动物的起源和进化 | 文昌鱼的基因表达和染色质可及性 | digital pathology | NA | 单细胞核RNA测序（snRNA-seq）和单细胞转座酶可及染色质测序（scATAC-seq） | NA | 基因表达和染色质可及性数据 | 涵盖文昌鱼的胚胎发生和成体组织不同阶段 |
| 20743 | 2024-08-08 |
Identification of prostate cancer subtypes based on immune signature scores in bulk and single-cell transcriptomes
2022-Jun-18, Medical oncology (Northwood, London, England)
DOI:10.1007/s12032-022-01719-7
PMID:35716212
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研究论文 | 本研究基于肿瘤免疫微环境中的28种免疫细胞类型的富集分数，通过无监督聚类方法识别前列腺癌的免疫特异性亚型 | 首次在大量和单细胞转录组数据中识别出前列腺癌的免疫特异性亚型，并探讨了这些亚型与临床特征的关系 | NA | 探索前列腺癌的免疫微环境异质性及其与临床特征的相关性 | 前列腺癌的免疫特异性亚型 | 数字病理学 | 前列腺癌 | 单细胞RNA测序 | 无监督聚类 | 转录组数据 | 十个不同的肿瘤转录组数据集和一个单细胞RNA测序数据集 |
| 20744 | 2024-08-08 |
Comprehensive characterization of the prostate tumor microenvironment identifies CXCR4/CXCL12 crosstalk as a novel antiangiogenic therapeutic target in prostate cancer
2022-06-18, Molecular cancer
IF:27.7Q1
DOI:10.1186/s12943-022-01597-7
PMID:35717322
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研究论文 | 本文详细描述了前列腺癌肿瘤内皮细胞（TEC）的特征，并揭示了CXCR4/CXCL12相互作用作为前列腺癌抗血管生成治疗新靶点的潜力 | 通过单细胞RNA测序和多组学分析，首次在前列腺癌中详细描述了肿瘤内皮细胞的分子特征，并验证了CXCR4/CXCL12相互作用作为治疗靶点 | 研究样本仅来自67例根治性前列腺切除术标本，且主要在体外和小鼠模型中验证，需要进一步在临床试验中验证其疗效 | 揭示前列腺癌肿瘤微环境中细胞间相互作用，寻找新的治疗靶点 | 前列腺癌肿瘤内皮细胞及其与肿瘤微环境的相互作用 | 数字病理学 | 前列腺癌 | 单细胞RNA测序 | NA | RNA | 67例新鲜根治性前列腺切除术标本 |
| 20745 | 2024-08-08 |
Comparative parallel multi-omics analysis during the induction of pluripotent and trophectoderm states
2022-06-17, Nature communications
IF:14.7Q1
DOI:10.1038/s41467-022-31131-8
PMID:35715410
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研究论文 | 本文通过比较并行多组学分析（包括bulk RNA-seq、scRNA-seq、ATAC-seq、ChIP-seq、RRBS和CNVs）研究了细胞在体外通过核重编程获得多能性和滋养层细胞状态的过程，揭示了两种状态获取的不同轨迹。 | 本研究首次展示了细胞重编程至多能性和滋养层细胞状态的特定轨迹，提出了‘V’形模型，并详细描述了两种状态获取的不同轨迹和阶段特异性标记物、阻断剂、促进剂及滋养层细胞亚群。 | NA | 探讨细胞在体外通过核重编程获得多能性和滋养层细胞状态的动态过程及其相似性。 | 细胞重编程至多能性和滋养层细胞状态的过程。 | 生物信息学 | NA | bulk RNA-seq, scRNA-seq, ATAC-seq, ChIP-seq, RRBS, CNVs | NA | 基因组数据 | NA |
| 20746 | 2024-08-08 |
scCAN: single-cell clustering using autoencoder and network fusion
2022-06-17, Scientific reports
IF:3.8Q1
DOI:10.1038/s41598-022-14218-6
PMID:35715568
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研究论文 | 介绍了一种名为scCAN的新方法，该方法利用自动编码器和网络融合技术对单细胞RNA测序数据进行无监督聚类 | scCAN能够准确地分离大型和稀疏的单细胞RNA测序数据中的不同细胞类型，并且在准确性和可扩展性方面优于现有的先进方法 | NA | 开发一种新的方法来克服单细胞RNA测序数据分析中的挑战 | 单细胞RNA测序数据 | 生物信息学 | NA | 自动编码器和网络融合 | 自动编码器 | 单细胞RNA测序数据 | 28个真实单细胞RNA测序数据集（超过三百万个细胞）和243个模拟数据集 |
| 20747 | 2024-08-08 |
Benchmarking imputation methods for network inference using a novel method of synthetic scRNA-seq data generation
2022-Jun-17, BMC bioinformatics
IF:2.9Q1
DOI:10.1186/s12859-022-04778-9
PMID:35715748
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研究论文 | 本文介绍了一种名为Biomodelling.jl的工具，用于生成合成scRNA-seq数据，并评估不同插补方法对基因调控网络推断算法性能的影响。 | 开发了一种新的合成scRNA-seq数据生成方法，用于基准测试基因调控网络推断的不同方法。 | NA | 评估插补方法对单细胞RNA测序数据中基因调控网络推断的影响。 | 单细胞RNA测序数据中的基因调控网络。 | 数字病理学 | NA | scRNA-seq | 多尺度模型 | 基因表达数据 | 合成数据 |
| 20748 | 2024-08-08 |
Single-cell transcriptomic analysis of neuroepithelial cells and other cell types of the gills of zebrafish (Danio rerio) exposed to hypoxia
2022-06-16, Scientific reports
IF:3.8Q1
DOI:10.1038/s41598-022-13693-1
PMID:35710785
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研究论文 | 本文通过单细胞RNA测序技术分析了暴露于低氧环境下的斑马鱼鳃中的神经上皮细胞和其他细胞类型的转录组特征 | 首次全面揭示了斑马鱼鳃中多种细胞类型的转录组图谱，特别是神经上皮细胞在低氧条件下的基因表达变化 | NA | 研究斑马鱼鳃在低氧环境下的细胞转录组变化 | 斑马鱼鳃中的神经上皮细胞和其他细胞类型 | 数字病理学 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | 转录组数据 | 12,819个细胞 |
| 20749 | 2024-08-08 |
Integrated analysis reveals the pivotal interactions between immune cells in the melanoma tumor microenvironment
2022-06-16, Scientific reports
IF:3.8Q1
DOI:10.1038/s41598-022-14319-2
PMID:35710862
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研究论文 | 本研究通过综合分析微阵列数据和单细胞RNA测序数据，揭示了黑色素瘤微环境中免疫细胞间的关键相互作用 | 发现了CCL5-CCR1、SELPLG-SELL、CXCL10-CXCR3和CXCL9-CXCR3通路在肿瘤微环境中免疫细胞间通信的重要作用 | NA | 确定肿瘤与免疫系统相互作用的机制及其分子决定因素，以改善癌症免疫治疗 | 黑色素瘤微环境中免疫细胞间的相互作用 | 数字病理学 | 皮肤癌 | 微阵列数据分析、单细胞RNA测序 | NA | 基因表达数据 | 使用了GEO2R获取的正常和恶性组织中的差异表达基因（DEGs），以及GSE123139中的单细胞分析数据 |
| 20750 | 2024-08-08 |
Unbiased spatial proteomics with single-cell resolution in tissues
2022-06-16, Molecular cell
IF:14.5Q1
DOI:10.1016/j.molcel.2022.05.022
PMID:35714588
|
综述 | 本文综述了基于液相色谱-质谱（LC-MS）的单细胞水平微量蛋白质分析的挑战与最新进展 | 介绍了单细胞蛋白质组学技术的发展，以及如何通过新兴技术如多重成像和空间转录组学与超灵敏蛋白质组学结合，实现组织中单细胞空间组织的研究 | NA | 探讨单细胞蛋白质组学技术在生物学基础问题和精准医学中的应用潜力 | 单细胞水平的蛋白质组学分析及其在组织空间结构研究中的应用 | 蛋白质组学 | NA | 质谱（MS） | NA | 蛋白质数据 | 单细胞 |
| 20751 | 2024-08-08 |
Prostate organogenesis
2022-06-15, Development (Cambridge, England)
DOI:10.1242/dev.200394
PMID:35726824
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研究论文 | 本文讨论了前列腺器官发生的过程及其在胚胎发育和青春期中的重要性 | 近年来，随着遗传谱系追踪、单细胞RNA测序和类器官培养方法等新技术的出现，对前列腺器官发生的研究有了重要进展 | NA | 探讨前列腺器官发生的机制及其在理解前列腺疾病中的相关性 | 前列腺的器官发生过程及其调控机制 | 数字病理学 | 前列腺癌 | 单细胞RNA测序 | NA | 细胞 | NA |
| 20752 | 2024-08-08 |
Nuclear mechanoprotection: From tissue atlases as blueprints to distinctive regulation of nuclear lamins
2022-Jun, APL bioengineering
IF:6.6Q1
DOI:10.1063/5.0080392
PMID:35719698
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研究论文 | 本文探讨了核层粘连蛋白在保护DNA免受损伤中的作用，并分析了其在不同细胞和组织中的表达模式和调控机制 | 通过单细胞RNA测序分析了主要公共数据集中层粘连蛋白的表达蓝图，并揭示了层粘连蛋白A、C与机械敏感因子Vinculin、Yap1和Piezo1的表达模式相似性 | 不同细胞和组织中层粘连蛋白表达和调控的差异性仍然是一个挑战 | 理解核层粘连蛋白在机械保护中的作用及其在不同细胞和组织中的表达和调控机制 | 核层粘连蛋白及其在细胞和组织中的表达和调控 | NA | NA | 单细胞RNA测序 | NA | RNA | 涉及主要公共数据集中的多个样本 |
| 20753 | 2024-08-08 |
BCG hydrogel promotes CTSS-mediated antigen processing and presentation, thereby suppressing metastasis and prolonging survival in melanoma
2022-06, Journal for immunotherapy of cancer
IF:10.3Q1
DOI:10.1136/jitc-2021-004133
PMID:35732347
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研究论文 | 本文研究了一种新型BCG裂解物及其制备的温敏性PLGA-PEG-PLGA水凝胶（BCG水凝胶）在黑色素瘤治疗中的抗肿瘤效果 | BCG水凝胶通过促进组织蛋白酶S（CTSS）介导的抗原加工和呈递，增强抗肿瘤免疫反应，抑制黑色素瘤转移并延长生存期 | 目前BCG水凝胶的临床转化尚需进一步研究 | 探讨BCG水凝胶在黑色素瘤治疗中的作用机制及临床应用前景 | BCG水凝胶对黑色素瘤的抗肿瘤效果及其对肿瘤微环境的影响 | 肿瘤学 | 黑色素瘤 | 单细胞RNA测序（scRNA-seq），T细胞受体测序（TCR-sequencing），RNA测序（RNA-seq） | NA | 基因表达数据 | 使用了B16F10和MC38同基因肿瘤模型，以及来自黑色素瘤患者的活检样本 |
| 20754 | 2024-08-08 |
Effects of helminths on the human immune response and the microbiome
2022-06, Mucosal immunology
IF:7.9Q1
DOI:10.1038/s41385-022-00532-9
PMID:35732819
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review | 本文综述了寄生虫对人类免疫反应和微生物组的影响 | 介绍了最近关于人类挑战感染、自我感染者、旅行者和流行地区人群的研究如何增进我们对人类2型免疫及其对微生物组影响的理解 | 个体间反应的异质性和组织样本（除外周血外）的有限获取限制了对寄生虫的人体研究 | 探讨寄生虫感染对人类免疫系统的影响，并探索其作为治疗炎症性疾病的潜在疗法 | 人类免疫系统对寄生虫的反应及其对微生物组的影响 | NA | NA | 单细胞测序 | NA | NA | NA |
| 20755 | 2024-08-08 |
Increased expression of tribbles homolog 3 predicts poor prognosis and correlates with tumor immunity in clear cell renal cell carcinoma: a bioinformatics study
2022-05, Bioengineered
IF:4.2Q2
DOI:10.1080/21655979.2022.2086380
PMID:35726370
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研究论文 | 本研究探讨了TRIB3在透明细胞肾细胞癌（ccRCC）中的作用及其与肿瘤微环境的关系 | 首次揭示了TRIB3在ccRCC中的表达与肿瘤侵袭性和患者预后的关联，并分析了其与免疫细胞类型的关系 | 研究主要基于公开数据库和细胞实验，缺乏临床样本的直接验证 | 评估TRIB3在ccRCC中的生物学作用及其对患者预后的影响 | TRIB3在ccRCC中的表达及其与肿瘤微环境和免疫细胞的关系 | 数字病理学 | 肾癌 | RT-qPCR, 蛋白质印迹, Transwell迁移实验, 单细胞测序 | NA | 基因表达数据, 免疫细胞数据 | 使用The Cancer Genome Atlas的公开数据，具体样本数量未明确提及 |
| 20756 | 2024-08-08 |
Single-cell RNA sequencing-based immunological feature analysis of a COVID-19 patient with recurrent positive SARS-CoV-2 RNA
2022-04-20, Chinese medical journal
IF:7.5Q1
DOI:10.1097/CM9.0000000000001956
PMID:35730376
|
NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA |
| 20757 | 2024-08-08 |
Identification of Heparan Sulfate in Dilated Cardiomyopathy by Integrated Bioinformatics Analysis
2022, Frontiers in cardiovascular medicine
IF:2.8Q2
DOI:10.3389/fcvm.2022.900428
PMID:35711374
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研究论文 | 本研究通过综合生物信息学分析，探讨了肝素硫酸盐（HS）在扩张型心肌病（DCM）中的作用 | 建立了基于肝素硫酸盐蛋白聚糖（HSPGs）的DCM患者分子分类 | NA | 探索肝素硫酸盐在扩张型心肌病中的作用 | 扩张型心肌病心脏中的肝素硫酸盐及其蛋白聚糖 | 生物信息学 | 心血管疾病 | RNA测序，微阵列，单细胞RNA测序 | NA | RNA序列数据 | 两个高通量RNA测序数据集，两个微阵列数据集，一个单细胞RNA测序数据集 |
| 20758 | 2024-08-08 |
Differential Expression of Genes Regulating Store-operated Calcium Entry in Conjunction With Mitochondrial Dynamics as Potential Biomarkers for Cancer: A Single-Cell RNA Analysis
2022, Frontiers in genetics
IF:2.8Q2
DOI:10.3389/fgene.2022.866473
PMID:35711942
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研究论文 | 本研究分析了头颈鳞状细胞癌患者中调节存储操作钙通道（SOCs）及相关线粒体动态基因的mRNA和蛋白质表达，并探讨了它们作为癌症生物标志物的潜力。 | 首次在单细胞水平上分析了SOCs与线粒体动态基因在头颈鳞状细胞癌中的表达关系，并验证了蛋白质-蛋白质对接结果。 | 研究仅限于头颈鳞状细胞癌，且依赖于TCGA、CPTAC和GEO数据库的数据。 | 探讨SOCs及相关线粒体动态基因在头颈鳞状细胞癌中的表达及其作为生物标志物的潜力。 | 头颈鳞状细胞癌患者的SOCs及相关线粒体动态基因的mRNA和蛋白质表达。 | 数字病理学 | 头颈鳞状细胞癌 | 单细胞RNA测序 | NA | mRNA和蛋白质 | 头颈鳞状细胞癌患者样本 |
| 20759 | 2024-08-08 |
Lipid-associated macrophages in the tumor-adipose microenvironment facilitate breast cancer progression
2022, Oncoimmunology
IF:6.5Q1
DOI:10.1080/2162402X.2022.2085432
PMID:35712121
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研究论文 | 本文首次揭示了肿瘤-脂肪微环境中的M2样巨噬细胞浸润与乳腺癌不良生存率相关，并通过单细胞RNA测序和空间转录组学技术，识别出一种新型巨噬细胞亚群——脂质相关巨噬细胞（LAMs），其在肿瘤-脂肪交界区域分布，具有M2样巨噬细胞的典型功能特征，并能增强吞噬作用。 | 本文首次定义了肿瘤-脂肪微环境中的一种新型巨噬细胞亚群——脂质相关巨噬细胞（LAMs），并揭示了其在乳腺癌中的独特特征和临床结果。 | NA | 探索肿瘤-脂肪微环境中脂质相关变化及其对巨噬细胞功能的影响。 | 肿瘤-脂肪微环境中的巨噬细胞及其在乳腺癌中的作用。 | 数字病理学 | 乳腺癌 | 单细胞RNA测序（scRNA-seq）和空间转录组学 | NA | RNA | NA |
| 20760 | 2024-08-08 |
A Germline Mutation in ATR Is Associated With Lung Adenocarcinoma in Asian Patients
2022, Frontiers in oncology
IF:3.5Q2
DOI:10.3389/fonc.2022.855305
PMID:35712480
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研究论文 | 本研究通过全外显子测序和单细胞RNA测序，发现ATR基因的胚系突变与亚洲患者中的肺腺癌有关 | 首次在家族性肺腺癌患者中发现ATR基因的胚系突变，并探讨了其在肿瘤免疫细胞和基质细胞中的表达差异 | 研究样本仅限于一个中国家族的三姐妹，可能存在样本量较小的问题 | 旨在识别与家族性肺腺癌相关的基因 | 研究对象为一个被诊断为肺腺癌的中国家族的三姐妹 | 数字病理学 | 肺腺癌 | 全外显子测序，单细胞RNA测序 | NA | 基因组数据，转录组数据 | 3名患者 |