单细胞与空转测序相关文章
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当前共找到 27703 篇文献，本页显示第 20641 - 20660 篇。
| 序号 | 推送日期 | 文章 | 类型 | 简述 | 创新点 | 不足 | 研究目的 | 研究对象 | 领域 | 病种 | 技术 | 模型 | 数据类型 | 样本量 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 20641 | 2024-08-08 |
Dual ontogeny of disease-associated microglia and disease inflammatory macrophages in aging and neurodegeneration
2022-08-09, Immunity
IF:25.5Q1
DOI:10.1016/j.immuni.2022.07.004
PMID:35931085
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研究论文 | 本文通过生成小鼠大脑髓系scRNA-seq整合数据，系统地描绘了大脑巨噬细胞群体，并揭示了疾病相关小胶质细胞和疾病炎症巨噬细胞在衰老和神经退行性疾病中的双重起源 | 首次揭示了疾病相关小胶质细胞实际上包含两种在起源和功能上不同的细胞谱系，并提出了这两种不同群体在人脑中的保守性 | NA | 旨在阐明大脑巨噬细胞群体在不同环境下的表型、定位和功能，并识别治疗神经退行性疾病的细胞靶点 | 大脑巨噬细胞群体，包括实质小胶质细胞、边界相关巨噬细胞和募集的单核细胞衍生细胞 | 数字病理学 | 神经退行性疾病 | scRNA-seq | NA | RNA序列 | 小鼠大脑髓系细胞 |
| 20642 | 2024-08-08 |
Single-neuron models linking electrophysiology, morphology, and transcriptomics across cortical cell types
2022-08-09, Cell reports
IF:7.5Q1
DOI:10.1016/j.celrep.2022.111176
PMID:35947954
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研究论文 | 本文介绍了一种计算优化工作流程，用于生成9,200个带有主动传导的单神经元模型，这些模型基于230个体外电生理实验和从小鼠视觉皮层进行的形态重建。 | 本文展示了生成的模型能够稳健地代表单个实验和通过电生理学或转录组学定义的皮层细胞类型，这与当前的信念相反。 | NA | 建立跨细胞数据模式的对应关系，并探索因果关系。 | 单神经元模型，电生理学，形态学，转录组学。 | 神经科学 | NA | 计算优化 | 单神经元模型 | 电生理数据，形态数据，转录组数据 | 230个体外电生理实验，9,200个单神经元模型 |
| 20643 | 2024-08-08 |
Scarf enables a highly memory-efficient analysis of large-scale single-cell genomics data
2022-08-08, Nature communications
IF:14.7Q1
DOI:10.1038/s41467-022-32097-3
PMID:35941103
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research paper | 本文介绍了一个名为Scarf的Python包，它能够高效地处理大规模单细胞基因组数据，即使在低成本设备上也能够进行分析 | Scarf通过模块化设计和内存高效实现，使得在普通笔记本电脑上也能处理数百万细胞的数据 | NA | 开发一种能够在低成本设备上高效处理大规模单细胞基因组数据的工具 | 单细胞RNA-Seq和ATAC-Seq数据集 | digital pathology | NA | 单细胞RNA-Seq, ATAC-Seq | 图基t-随机邻居嵌入, 层次聚类算法 | 基因组数据 | 数百万细胞 |
| 20644 | 2024-08-08 |
GSDMD-dependent neutrophil extracellular traps promote macrophage-to-myofibroblast transition and renal fibrosis in obstructive nephropathy
2022-08-08, Cell death & disease
IF:8.1Q1
DOI:10.1038/s41419-022-05138-4
PMID:35941120
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研究论文 | 本研究探讨了中性粒细胞外陷阱（NETs）在阻塞性肾病中促进肾纤维化的分子机制 | 首次揭示了GSDMD依赖的NETs通过促进巨噬细胞向肌成纤维细胞转化（MMT）参与肾纤维化的过程 | NA | 探究阻塞性肾病中肾纤维化的分子机制 | 中性粒细胞、巨噬细胞和肌成纤维细胞 | NA | 肾脏疾病 | 单细胞RNA测序 | NA | RNA | NA |
| 20645 | 2024-08-08 |
SMaSH: a scalable, general marker gene identification framework for single-cell RNA-sequencing
2022-Aug-08, BMC bioinformatics
IF:2.9Q1
DOI:10.1186/s12859-022-04860-2
PMID:35941549
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研究论文 | 本文介绍了一种名为SMaSH的可扩展通用计算框架，用于从单细胞RNA测序数据中提取关键标记基因，以表征高度特异性和特定细胞群 | SMaSH框架在提取稳健且生物学上合理的标记基因方面优于现有计算方法，并能有效识别高度局部化的细胞区域 | NA | 开发一种新的方法来计算大型单细胞RNA测序数据集中的稳健标记基因 | 单细胞RNA测序数据中的细胞类型特异性基因 | 生物信息学 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | RNA测序数据 | 跨越超过50种不同细胞类型的数十万细胞 |
| 20646 | 2024-08-08 |
Precise reconstruction of the TME using bulk RNA-seq and a machine learning algorithm trained on artificial transcriptomes
2022-08-08, Cancer cell
IF:48.8Q1
DOI:10.1016/j.ccell.2022.07.006
PMID:35944503
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研究论文 | 本文介绍了一种基于决策树机器学习算法Kassandra，通过分析大量RNA-seq数据来精确重建肿瘤微环境（TME） | Kassandra算法通过使用超过9,400个组织和血液排序细胞RNA profiles构建的人工转录组进行训练，提高了TME重建的准确性和稳定性 | NA | 开发一种新的机器学习算法，用于精确重建肿瘤微环境并提高免疫治疗反应的预测能力 | 肿瘤微环境（TME）的细胞组成 | 机器学习 | NA | RNA-seq | 决策树 | RNA profiles | 超过9,400个组织和血液排序细胞RNA profiles，4,000个H&E切片和1,000个组织 |
| 20647 | 2024-08-08 |
GREM1/PPP2R3A expression in heterogeneous fibroblasts initiates pulmonary fibrosis
2022-Aug-06, Cell & bioscience
DOI:10.1186/s13578-022-00860-0
PMID:35933397
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研究论文 | 本研究通过使用硅尘建立小鼠肺病理变化模型，结合单细胞测序、空间转录组测序及细胞亚型标记物分析，识别了在肺纤维化早期病理阶段起重要作用的异质性成纤维细胞亚群，并发现GREM1/PPP2R3A表达在这些细胞中启动早期肺病理变化。 | 首次揭示了炎症-增殖性成纤维细胞在硅肺早期病理变化中的关键作用，并识别了GREM1/PPP2R3A通路作为潜在的治疗靶点。 | NA | 研究肺纤维化过程中异质性成纤维细胞的时空分布及其在疾病进展中的作用。 | 异质性成纤维细胞及其在肺纤维化中的作用。 | 数字病理学 | 肺纤维化 | 单细胞测序，空间转录组测序 | NA | 基因表达数据 | 小鼠模型 |
| 20648 | 2024-08-08 |
Spatiotemporal dynamics of macrophage heterogeneity and a potential function of Trem2hi macrophages in infarcted hearts
2022-08-06, Nature communications
IF:14.7Q1
DOI:10.1038/s41467-022-32284-2
PMID:35933399
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研究论文 | 本研究通过空间转录组学和单细胞RNA测序技术，探讨了心肌梗死后小鼠模型中免疫细胞的时空动态变化及其在心衰治疗中的潜在作用 | 首次揭示了心肌梗死后不同阶段免疫细胞的组成变化，特别是Trem2高表达巨噬细胞的功能 | 需要进一步研究Trem2信号通路的调控因子以开发新的治疗策略 | 识别心肌梗死后炎症细胞的精确时间依赖性组成，为心衰治疗提供新的生物标志物和治疗方法 | 心肌梗死后小鼠模型中的免疫细胞 | 数字病理学 | 心血管疾病 | 空间转录组学，单细胞RNA测序 | NA | 转录组数据 | 小鼠模型 |
| 20649 | 2024-08-08 |
Temporal profiling of the breast tumour microenvironment reveals collagen XII as a driver of metastasis
2022-08-06, Nature communications
IF:14.7Q1
DOI:10.1038/s41467-022-32255-7
PMID:35933466
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研究论文 | 本研究通过时间蛋白质组学分析去细胞化的肿瘤，探讨了乳腺癌进展过程中基质组的变化，并揭示了胶原蛋白XII在调节胶原蛋白I组织和促进肿瘤转移中的关键作用 | 本研究首次揭示了胶原蛋白XII在乳腺癌转移中的作用，并通过结合蛋白质组学和单细胞转录组学，以及遗传操作模型，深入探讨了其机制 | NA | 探讨乳腺癌进展过程中肿瘤微环境的变化，特别是基质组和细胞外基质的作用 | 乳腺癌肿瘤微环境中的基质组和细胞外基质 | 数字病理学 | 乳腺癌 | 蛋白质组学 | NA | 蛋白质组数据 | NA |
| 20650 | 2024-08-08 |
Single-cell transcriptome and cell type-specific molecular pathways of human non-alcoholic steatohepatitis
2022-08-05, Scientific reports
IF:3.8Q1
DOI:10.1038/s41598-022-16754-7
PMID:35931712
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研究论文 | 本研究旨在通过单细胞RNA测序技术，分析非酒精性脂肪性肝炎（NASH）患者的细胞类型特异性转录特征，以增进对该疾病的理解 | 本研究首次提供了NASH病理学的全面单细胞分析，描述了19,627个单细胞转录组，并发现NASH相关巨噬细胞的概念可以通过肝脏巨噬亚群的上调来解释 | NA | 研究非酒精性脂肪性肝炎（NASH）的细胞类型特异性转录特征 | NASH患者的肝脏活检样本 | 数字病理学 | 非酒精性脂肪性肝炎 | 单细胞RNA测序 | NA | 转录组 | 10名NASH患者和160名非酒精性脂肪肝病（NAFLD）患者及24名正常肝脏组织对照 |
| 20651 | 2024-08-08 |
BASS: multi-scale and multi-sample analysis enables accurate cell type clustering and spatial domain detection in spatial transcriptomic studies
2022-08-04, Genome biology
IF:10.1Q1
DOI:10.1186/s13059-022-02734-7
PMID:35927760
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研究论文 | 本文介绍了一种名为BASS的计算方法，该方法通过多尺度和多样本分析，实现了单细胞分辨率的空间转录组学研究中的细胞类型聚类和空间域检测 | BASS在单细胞尺度进行细胞类型聚类，并在组织区域尺度进行空间域检测，这两项任务在贝叶斯分层建模框架内同时进行 | NA | 开发一种能够进行多尺度和多样本分析的计算方法，以提高空间转录组学研究中的准确性 | 单细胞分辨率的空间转录组数据 | 生物信息学 | NA | 贝叶斯分层建模 | 贝叶斯分层模型 | 转录组数据 | 涉及三个数据集 |
| 20652 | 2024-08-08 |
Fate mapping of hematopoietic stem cells reveals two pathways of native thrombopoiesis
2022-08-03, Nature communications
IF:14.7Q1
DOI:10.1038/s41467-022-31914-z
PMID:35922411
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研究论文 | 本文通过计算整合命运图谱、有丝分裂追踪和单细胞RNA测序实验方法，揭示了造血干细胞（HSCs）产生细胞谱系的原生途径及其生理调控机制 | 发现了血栓形成的两条不同途径，并阐明了血栓生成素信号增强对短途径的差异化加速作用 | NA | 揭示造血干细胞的生理分化通量图谱及原生血栓形成的两条功能性不同途径 | 造血干细胞及其产生的细胞谱系 | NA | NA | 命运图谱、有丝分裂追踪、单细胞RNA测序 | NA | RNA | 单细胞 |
| 20653 | 2024-08-08 |
Medulloblastoma group 3 and 4 tumors comprise a clinically and biologically significant expression continuum reflecting human cerebellar development
2022-08-02, Cell reports
IF:7.5Q1
DOI:10.1016/j.celrep.2022.111162
PMID:35926460
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研究论文 | 本研究通过RNA测序分析了髓母细胞瘤第3组和第4组的转录连续性，并发现这种连续性与人类胎儿小脑发育中的转录细胞类型连续性相似 | 首次展示了髓母细胞瘤第3组和第4组在转录水平上的连续性，并将其与人类胎儿小脑发育的转录连续性相联系 | NA | 探讨髓母细胞瘤第3组和第4组的转录连续性及其与人类胎儿小脑发育的关系 | 髓母细胞瘤第3组和第4组的转录特征及其与人类胎儿小脑发育的关联 | 数字病理学 | 髓母细胞瘤 | RNA测序 | NA | RNA序列 | 大型且良好注释的髓母细胞瘤样本 |
| 20654 | 2024-08-08 |
Wound healing in aged skin exhibits systems-level alterations in cellular composition and cell-cell communication
2022-08-02, Cell reports
IF:7.5Q1
DOI:10.1016/j.celrep.2022.111155
PMID:35926463
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研究论文 | 本文利用单细胞RNA测序技术，研究了年轻和老年皮肤在稳态和伤口愈合过程中的细胞组成和细胞间通讯的系统级变化 | 首次全面揭示了老年皮肤伤口愈合过程中细胞组成、动力学和分子特征的主要变化，以及细胞间通讯的系统级差异 | NA | 深入理解老年皮肤伤口愈合过程中的细胞和分子变化 | 年轻和老年皮肤在稳态和伤口愈合过程中的细胞类型和细胞间通讯 | 数字病理学 | 老年病 | 单细胞RNA测序 | NA | RNA序列 | 年轻和老年皮肤样本 |
| 20655 | 2024-08-08 |
CRISPR-Cas9-mediated gene editing of the BCL11A enhancer for pediatric β0/β0 transfusion-dependent β-thalassemia
2022-08, Nature medicine
IF:58.7Q1
DOI:10.1038/s41591-022-01906-z
PMID:35922667
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研究论文 | 本研究报道了使用CRISPR-Cas9技术编辑BCL11A增强子治疗儿童输血依赖型β地中海贫血的初步结果 | 首次在临床试验中使用CRISPR-Cas9技术编辑BCL11A增强子，以诱导γ球蛋白表达，从而治疗β地中海贫血 | 研究样本量较小，仅涉及两名患者，需要更大规模的研究来验证其安全性和有效性 | 评估基因编辑治疗在儿童输血依赖型β地中海贫血中的安全性和有效性 | 两名患有最严重类型输血依赖型β地中海贫血的儿童 | 基因编辑 | 地中海贫血 | CRISPR-Cas9 | NA | 骨髓细胞、外周血单个核细胞 | 两名儿童 |
| 20656 | 2024-08-08 |
Single-cell RNA sequencing of Plasmodium vivax sporozoites reveals stage- and species-specific transcriptomic signatures
2022-08, PLoS neglected tropical diseases
IF:3.4Q1
DOI:10.1371/journal.pntd.0010633
PMID:35926062
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研究论文 | 本研究通过单细胞RNA测序技术分析了9,947个P. vivax子孢子的转录组，揭示了其在蚊子唾液腺中的不同发育状态和物种特异性基因表达模式 | 首次在单细胞分辨率下分析P. vivax子孢子的转录组，揭示了其与P. falciparum在基因使用模式上的异同 | NA | 探索P. vivax子孢子的转录组特征及其在疟疾传播中的作用 | P. vivax子孢子的转录组 | 数字病理学 | 疟疾 | 单细胞RNA测序 | NA | 转录组数据 | 9,947个P. vivax子孢子 |
| 20657 | 2024-08-08 |
A root phloem pole cell atlas reveals common transcriptional states in protophloem-adjacent cells
2022-08, Nature plants
IF:15.8Q1
DOI:10.1038/s41477-022-01178-y
PMID:35927456
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研究论文 | 本文利用第二代单细胞测序技术，对根部的韧皮部极细胞进行高分辨率转录组分析，揭示了原生韧皮部筛分子（PSE）邻近细胞系的发育轨迹和基因调控网络的相似性 | 本文采用第二代单细胞测序技术，对根部韧皮部极细胞进行高分辨率分析，揭示了PSE邻近细胞系的共同转录状态和发育轨迹 | NA | 研究根部韧皮部极细胞的转录组特征及其在根发育中的功能 | 根部韧皮部极细胞及其邻近细胞系的转录组和发育轨迹 | NA | NA | 单细胞测序 | NA | 转录组数据 | 具体样本数量未提及 |
| 20658 | 2024-08-08 |
Transcriptome Analysis Reveals Hub Genes Regulating Autophagy in Patients With Severe COVID-19
2022, Frontiers in genetics
IF:2.8Q2
DOI:10.3389/fgene.2022.908826
PMID:35923698
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研究论文 | 本研究通过RNA测序分析了严重COVID-19患者的外周血单个核细胞（PBMCs），揭示了调控自噬的关键基因 | 首次通过RNA测序和基因表达分析，识别出在严重COVID-19中特异性表达的差异表达基因（DEGs），并发现这些基因与自噬过程显著相关 | 研究样本量较小，仅包括四名严重COVID-19患者、四名轻度COVID-19患者和四名健康对照 | 深入了解严重COVID-19的生物学特征和发病机制，并开发新的治疗策略 | 严重COVID-19患者的外周血单个核细胞（PBMCs） | 数字病理学 | COVID-19 | RNA测序（RNA-Seq） | NA | RNA | 12名参与者（4名严重COVID-19患者，4名轻度COVID-19患者，4名健康对照） |
| 20659 | 2024-08-08 |
IL-17A Increases Doxorubicin Efficacy in Triple Negative Breast Cancer
2022, Frontiers in oncology
IF:3.5Q2
DOI:10.3389/fonc.2022.928474
PMID:35924165
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研究论文 | 本研究探讨了IL-17A在三阴性乳腺癌中增强多柔比星疗效的作用 | 首次发现γδ T细胞衍生的IL-17A在敏感肿瘤微环境中高度丰富，并能直接增加TNBC细胞对多柔比星的敏感性 | NA | 研究IL-17A在三阴性乳腺癌中对多柔比星化疗效果的影响 | 三阴性乳腺癌细胞及肿瘤微环境中的T细胞 | 数字病理学 | 乳腺癌 | 单细胞RNA测序 | NA | RNA | 使用4T1同源小鼠模型进行实验 |
| 20660 | 2024-08-08 |
Integrative Analyses Identify Potential Key Genes and Calcium-Signaling Pathway in Familial Atrioventricular Nodal Reentrant Tachycardia Using Whole-Exome Sequencing
2022, Frontiers in cardiovascular medicine
IF:2.8Q2
DOI:10.3389/fcvm.2022.910826
PMID:35924220
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研究论文 | 本研究通过全外显子测序技术，分析了家族性房室结折返性心动过速患者的基因突变情况，并识别了潜在的关键基因和钙信号通路 | 首次报道了家族性房室结折返性心动过速的疾病相关基因，并揭示了钙信号通路在该疾病发生中的核心作用 | 研究样本仅限于20名患者和100名对照组，可能需要更大样本量以验证结果 | 探究家族性房室结折返性心动过速的遗传贡献 | 家族性房室结折返性心动过速患者及其基因突变 | 遗传学 | 心血管疾病 | 全外显子测序 | NA | 基因序列 | 20名患者和100名对照组 |