单细胞与空转测序相关文章

序号	推送日期	文章	类型	简述	创新点	不足	研究目的	研究对象	领域	病种	技术	模型	数据类型	样本量
20621	2024-08-08	Single-Cell RNAseq Clustering 2023, Methods in molecular biology (Clifton, N.J.) DOI:10.1007/978-1-0716-2756-3_12 PMID:36495454	研究论文	本文介绍了如何使用多种聚类工具对单细胞RNA测序转录组数据进行聚类分析	NA	本文提到了聚类过程中存在的一些限制	探讨单细胞RNA测序数据中细胞亚群组织的识别	单细胞RNA测序转录组数据	数字病理学	NA	单细胞RNA测序	聚类工具	转录组数据	大量单个细胞
20622	2024-08-08	A Guide to Trajectory Inference and RNA Velocity 2023, Methods in molecular biology (Clifton, N.J.) DOI:10.1007/978-1-0716-2756-3_14 PMID:36495456	研究论文	本文讨论了轨迹推断和RNA速度的概念和理论方面，并展示了如何将这两种方法结合使用，以及在真实数据上的应用案例	本文结合了轨迹推断和RNA速度方法，利用未剪接和剪接的mRNA丰度来推断单个细胞的RNA速度	NA	探讨从单细胞RNA测序数据中研究细胞动态过程的方法	单细胞RNA测序数据中的细胞动态过程，如细胞分化、细胞周期和细胞（去）激活	生物信息学	NA	单细胞RNA测序（scRNA-seq）	NA	基因表达数据	NA
20623	2024-08-08	Integration of scATAC-Seq with scRNA-Seq Data 2023, Methods in molecular biology (Clifton, N.J.) DOI:10.1007/978-1-0716-2756-3_15 PMID:36495457	研究论文	本文探讨了单细胞RNA测序（scRNA-Seq）与单细胞转座酶可及染色质测序（scATAC-Seq）数据的整合分析方法	本文首次聚焦于scRNA-Seq与scATAC-Seq数据的结合，以进行人类胎儿前体细胞的单细胞转录组和染色质可及性的综合分析	NA	研究目的是整合多组学数据，以更好地理解细胞异质性和复杂细胞群体的发现	研究对象是人类胎儿前体细胞的单细胞转录组和染色质可及性	生物信息学	NA	scRNA-Seq, scATAC-Seq	NA	转录组数据, 染色质可及性数据	NA
20624	2024-08-08	Bringing Cell Subpopulation Discovery on a Cloud-HPC Using rCASC and StreamFlow 2023, Methods in molecular biology (Clifton, N.J.) DOI:10.1007/978-1-0716-2756-3_17 PMID:36495459	研究论文	本文介绍了如何利用rCASC和StreamFlow框架在云-HPC基础设施上高效执行细胞亚群发现算法	本文引入了新的单细胞RNA测序（scRNA-seq）流程，结合大规模高通量测序，能够在前所未有的分辨率下评估细胞群体和生物系统的基本生物学特性	NA	探讨如何在云-HPC基础设施上高效执行细胞亚群发现算法	单细胞RNA测序数据和细胞亚群发现算法	生物信息学	NA	单细胞RNA测序（scRNA-seq）	NA	测序数据	每次运行可分析数千个细胞
20625	2024-08-08	Versatile, facile and low-cost single-cell isolation, culture and sequencing by optical tweezer-assisted pool-screening 2022-12-20, Lab on a chip IF:6.1Q2 DOI:10.1039/d2lc00888b PMID:36477690	研究论文	本文介绍了一种基于光学镊子辅助的池筛选和单细胞分离（OPSI）系统，用于精确、索引式地分离单个细菌、酵母或人癌细胞	该系统通过微流控芯片实现可控的静态流场，利用明场、荧光或拉曼成像精确筛选1至40微米大小的细胞，并通过1064 nm光学镊子捕获目标细胞，实现高纯度和高速度的单细胞分离	NA	开发一种通用的单细胞分离、培养和测序方法，适用于不同大小的细胞	细菌、酵母和人癌细胞	数字病理学	癌症	RNA-seq	NA	图像	1至40微米大小的细胞
20626	2024-08-08	Mitochondrial dysfunction induces ALK5-SMAD2-mediated hypovascularization and arteriovenous malformations in mouse retinas 2022-12-10, Nature communications IF:14.7Q1 DOI:10.1038/s41467-022-35262-w PMID:36496409	研究论文	本文研究了线粒体功能障碍如何通过ALK5-SMAD2信号通路诱导小鼠视网膜血管发育迟缓和动静脉畸形	揭示了线粒体功能障碍通过ALK5-SMAD2信号通路诱导视网膜血管畸形的新机制	NA	探究线粒体功能障碍对视网膜血管发育的影响及其分子机制	小鼠视网膜血管发育	NA	NA	单细胞RNA测序	NA	RNA	三种突变小鼠的视网膜内皮细胞
20627	2024-08-08	The establishment of COPD organoids to study host-pathogen interaction reveals enhanced viral fitness of SARS-CoV-2 in bronchi 2022-Dec-10, Nature communications IF:14.7Q1 DOI:10.1038/s41467-022-35253-x PMID:36496442	研究论文	本文描述了从健康个体和慢性阻塞性肺疾病（COPD）患者中建立鼻咽和支气管类器官的方法，并研究了宿主-病原体相互作用	首次建立了COPD类器官模型，用于研究宿主-病原体相互作用和新兴传染病	NA	研究COPD患者中宿主-病原体相互作用，特别是SARS-CoV-2在支气管中的复制能力	COPD患者的鼻咽和支气管类器官	数字病理学	慢性阻塞性肺疾病	单细胞转录组学	类器官	细胞	健康个体和COPD患者的鼻咽和支气管类器官
20628	2024-08-08	Rapid induction and long-term self-renewal of neural crest-derived ectodermal chondrogenic cells from hPSCs 2022-Dec-08, NPJ Regenerative medicine IF:6.4Q1 DOI:10.1038/s41536-022-00265-0 PMID:36477591	研究论文	本研究报道了从人多能干细胞（hPSCs）通过神经嵴（NC）诱导产生外胚层软骨细胞（ECCs）的双相过程，这些细胞能够长期自我更新并表达颅神经嵴来源的下颌髁软骨标志物	首次展示了ECCs能够长期自我更新，并在移植后形成类似下颌髁软骨的结构，为颅软骨损伤的细胞治疗提供了新的可能性	NA	开发一种新的细胞治疗方法，用于治疗颅软骨损伤	人多能干细胞（hPSCs）诱导产生的神经嵴来源的外胚层软骨细胞（ECCs）	干细胞研究	软骨损伤	NA	NA	细胞	NA
20629	2024-08-08	Dysregulated thrombospondin 1 and miRNA-29a-3p in severe COVID-19 2022-12-08, Scientific reports IF:3.8Q1 DOI:10.1038/s41598-022-23533-x PMID:36481664	研究论文	研究通过分析外周血单个核细胞（PBMCs）的mRNA和micro-RNA表达谱，探讨了严重COVID-19患者中失调的基因表达情况	首次揭示了血栓调节蛋白1（THBS1）和miRNA-29a-3p在严重COVID-19中的失调表达，并预测了它们与IL17RA mRNA 3'-非翻译区的结合	研究样本量较小，且仅基于RNA测序数据进行分析，缺乏功能验证实验	旨在阐明严重COVID-19患者中基因表达的失调机制	严重COVID-19患者的PBMCs	NA	COVID-19	RNA-Seq, 单细胞RNA-Seq, micro-RNA测序	NA	mRNA, micro-RNA	5名COVID-19患者（2名严重，3名轻度）和3名健康对照
20630	2024-08-08	A tensor decomposition-based integrated analysis applicable to multiple gene expression profiles without sample matching 2022-12-08, Scientific reports IF:3.8Q1 DOI:10.1038/s41598-022-25524-4 PMID:36481877	研究论文	本文提出了一种基于张量分解的无监督特征提取策略，用于整合多个独立研究中的基因表达谱，无需样本匹配或标签	该方法能够在没有样本匹配和共同标签的情况下，整合多个基因表达谱，并应用于阿尔茨海默病相关的单细胞RNA测序数据	NA	开发一种新的方法来整合多个基因表达谱，以进行无监督的集成分析	多个独立研究中的基因表达谱，特别是阿尔茨海默病相关的单细胞RNA测序数据	机器学习	阿尔茨海默病	张量分解	无监督特征提取	基因表达谱	多个独立研究中的样本，具体数量未提及
20631	2024-08-08	Transcriptomic changes underlying EGFR inhibitor resistance in human and mouse models of basal-like breast cancer 2022-12-08, Scientific reports IF:3.8Q1 DOI:10.1038/s41598-022-25541-3 PMID:36482068	研究论文	本研究旨在识别表皮生长因子受体抑制剂（EGFRi）耐药性发展过程中基底样乳腺癌细胞的转录组变化，并识别在EGFRi耐药性发生后具有细胞毒性的药物。	研究发现了在EGFRi耐药性基底样乳腺癌中上调的五个基因（IL19, KLK7, LCN2, SAA1, SAA2），其中LCN2的敲除恢复了EGFRi敏感性。	研究未探讨这些基因签名在预测患者对EGFRi反应的实际应用，也未深入研究LCN2如何导致EGFRi耐药性的机制。	识别基底样乳腺癌细胞在EGFRi耐药性发展中的转录组变化及具有细胞毒性的药物。	基底样乳腺癌细胞及其对EGFRi的耐药性。	数字病理学	乳腺癌	单细胞RNA测序，批量RNA测序	NA	基因表达数据	使用了来自基底样PDX WHIM2的乳腺肿瘤样本，并在免疫缺陷小鼠中进行了长期erlotinib治疗。
20632	2024-08-08	The anterior gradient homologue 2 (AGR2) co-localises with the glucose-regulated protein 78 (GRP78) in cancer stem cells, and is critical for the survival and drug resistance of recurrent glioblastoma: in situ and in vitro analyses 2022-Dec-08, Cancer cell international IF:5.3Q1 DOI:10.1186/s12935-022-02814-5 PMID:36482387	研究论文	本文研究了前梯度同源物2（AGR2）和葡萄糖调节蛋白78（GRP78）在癌症干细胞中的共定位及其对复发性胶质母细胞瘤生存和药物抗性的影响。	首次探讨了AGR2在药物抗性复发性胶质母细胞瘤细胞中的作用及其通过多种途径诱导细胞凋亡的机制。	NA	研究AGR2在药物抗性复发性胶质母细胞瘤细胞中的作用。	AGR2和GRP78在癌症干细胞中的表达及其对胶质母细胞瘤细胞生存和药物抗性的影响。	数字病理学	脑肿瘤	免疫荧光、全外显子测序	NA	细胞	Jed66_GB和Jed41_GB复发性胶质母细胞瘤组织和细胞系
20633	2024-08-08	An IGF1-expressing endometrial stromal cell population is associated with human decidualization 2022-12-08, BMC biology IF:4.4Q1 DOI:10.1186/s12915-022-01483-0 PMID:36482461	研究论文	研究通过单细胞转录组分析，探讨了IGF1+基质细胞在人类蜕膜化过程中的作用	发现了IGF1+基质细胞在启动蜕膜化中的独特作用，并开发了一个系统性的细胞间通讯数据库	NA	深入了解蜕膜化的分子和细胞特征，并为相关疾病的治疗提供平台	子宫内膜基质细胞和早期妊娠的蜕膜细胞	NA	妊娠障碍	单细胞RNA测序	NA	转录组数据	具体样本数量未在摘要中提及
20634	2024-08-08	Identification of a novel ER-NFĸB-driven stem-like cell population associated with relapse of ER+ breast tumors 2022-12-08, Breast cancer research : BCR IF:6.1Q1 DOI:10.1186/s13058-022-01585-1 PMID:36482488	研究论文	本文通过单细胞RNA测序和生物信息学方法，鉴定了一种由ER和NFĸB驱动的静止干细胞样细胞群，与ER阳性乳腺癌复发相关	发现了由ER和NFĸB驱动的新的静止干细胞样细胞群，并证实其在ER阳性乳腺癌中的临床相关性	NA	鉴定驱动ER阳性乳腺癌干细胞样细胞特性的基因/通路	ER阳性乳腺癌干细胞样细胞	数字病理学	乳腺癌	单细胞RNA测序	NA	基因表达数据	多个ER阳性乳腺癌模型和患者来源的细胞系
20635	2024-08-08	Expression of CFTR, a hallmark gene of ionocytes, is downregulated in salivary glands of Sjögren's syndrome patients 2022-12-07, Arthritis research & therapy IF:4.4Q1 DOI:10.1186/s13075-022-02959-8 PMID:36476557	研究论文	研究探讨了Sjögren's综合征患者唾液腺中CFTR基因表达的下调及其临床意义	首次发现Sjögren's综合征患者唾液腺中CFTR基因表达水平较低，并揭示了其与干口感、淋巴细胞浸润及特定自身抗体的关联	NA	探究Sjögren's综合征患者唾液腺中CFTR基因表达的变化及其在疾病发生中的作用	Sjögren's综合征患者的唾液腺	NA	自身免疫性疾病	单细胞RNA测序, 免疫荧光检测	NA	RNA, 蛋白质	44名非Sjögren's综合征患者和36名Sjögren's综合征患者
20636	2024-08-08	Multiregional single-cell dissection of tumor and immune cells reveals stable lock-and-key features in liver cancer 2022-12-07, Nature communications IF:14.7Q1 DOI:10.1038/s41467-022-35291-5 PMID:36476645	研究论文	本研究通过多区域单细胞RNA测序分析，揭示了肝癌中肿瘤细胞与免疫细胞的稳定分子网络特征	本研究首次通过大规模单细胞RNA测序数据，验证了肝癌中肿瘤细胞与免疫细胞间的关键配体-受体相互作用对，为治疗探索提供了新路径	NA	揭示肝癌中肿瘤细胞与免疫细胞的分子网络特征，为治疗探索提供新思路	肝癌患者的肿瘤细胞和免疫细胞	数字病理学	肝癌	单细胞RNA测序 (scRNA-seq)	NA	RNA	7名肝癌患者（4名肝细胞癌，3名肝内胆管癌），以及额外的542名肝细胞癌患者和12名肝内胆管癌患者
20637	2024-08-08	Extracellular traps from activated vascular smooth muscle cells drive the progression of atherosclerosis 2022-12-06, Nature communications IF:14.7Q1 DOI:10.1038/s41467-022-35330-1 PMID:36473863	研究论文	本研究探讨了活化的血管平滑肌细胞（VSMCs）释放的细胞外DNA陷阱（ETs）在动脉粥样硬化进展中的作用	首次展示了通过AAV8介导的PCSK9突变过表达和Cl-amidine及DNase I处理抑制ETs，从而减轻动脉粥样硬化斑块形成	NA	研究CD68 VSMCs与ETs形成之间的相互作用及其在动脉粥样硬化中的功能	CD68 VSMCs和ETs	NA	心血管疾病	单细胞RNA测序（scRNA-seq）	NA	RNA	使用了Myh11Pad4雄性小鼠模型
20638	2024-08-08	Expression of hub genes of endothelial cells in glioblastoma-A prognostic model for GBM patients integrating single-cell RNA sequencing and bulk RNA sequencing 2022-Dec-06, BMC cancer IF:3.4Q2 DOI:10.1186/s12885-022-10305-z PMID:36474171	研究论文	本研究利用单细胞RNA测序（scRNA-seq）发现内皮细胞（ECs）的标记基因，并结合传统的高通量RNA测序（bulk RNA-seq）构建胶质母细胞瘤（GBM）患者的预后模型	本研究首次结合单细胞RNA测序和传统RNA测序数据，构建了一个基于四个关键基因表达水平的GBM预后模型	NA	旨在发现内皮细胞的标记基因并构建胶质母细胞瘤患者的预后模型	内皮细胞的标记基因及胶质母细胞瘤患者的预后	数字病理学	脑癌	单细胞RNA测序（scRNA-seq），高通量RNA测序（bulk RNA-seq）	非负矩阵分解（NMF）算法	RNA序列数据	10个scRNA-seq和bulk RNA-seq数据样本
20639	2024-08-08	Reconstruction of the gastric cancer microenvironment after neoadjuvant chemotherapy by longitudinal single-cell sequencing 2022-12-06, Journal of translational medicine IF:6.1Q1 DOI:10.1186/s12967-022-03792-y PMID:36474268	研究论文	本研究通过单细胞RNA测序技术，分析了胃癌患者在接受新辅助化疗前后肿瘤微环境的变化	首次在分子水平上研究了胃癌新辅助化疗后肿瘤微环境的响应，揭示了治疗前后细胞类型和转录程序的变化	研究样本量相对较小，可能影响结果的普遍性	深入理解胃癌新辅助化疗的机制，并推动潜在优化治疗程序和新药的开发	胃癌患者的肿瘤微环境	数字病理学	胃癌	单细胞RNA测序	非负矩阵分解	转录组数据	11名胃癌患者的14个样本，包括4个治疗前样本、4个治疗后样本和3对治疗前后配对样本
20640	2024-08-08	Developmental trajectories of thalamic progenitors revealed by single-cell transcriptome profiling and Shh perturbation 2022-12-06, Cell reports IF:7.5Q1 DOI:10.1016/j.celrep.2022.111768 PMID:36476860	研究论文	本研究通过单细胞转录组测序和Shh扰动，揭示了丘脑前体细胞、中间前体细胞和有丝分裂后神经元的发展轨迹及其在形成特定丘脑核中的作用	首次应用纵向单细胞RNA测序和区域性Shh取消来绘制丘脑前体细胞的发展轨迹，揭示了丘脑复杂结构的早期胚胎脑发育机制	NA	揭示丘脑发育的关键原则，并提供由丘脑功能障碍引起的神经发育障碍的机制性见解	丘脑前体细胞、中间前体细胞和有丝分裂后神经元的发展轨迹及其在形成特定丘脑核中的作用	NA	婴儿帕金森病	单细胞RNA测序	NA	转录组数据	NA