单细胞与空转测序相关文章
本数据库通过收集和整理最新科研文献信息而得，供了解领域前沿进展之用。数据源自 PubMed Data ，每日自动更新，已收录文献数量参见 统计表格。表格内容由 GPT 自动整理，可能存在错误或遗漏，请使用时务必注意核实！
如有建议或合作意向，欢迎联系 linlin.yan(AT)bioinfo.app 或 微信 yanlinlin82。本项目遵循 MIT 许可 发布，欢迎下载 源码 自行修改使用。如觉得不错，还请不吝 给我打赏，你的支持是我继续创新的重要动力！
添加微信请说明来意
微信赞赏
除通过在线浏览外，为方便用户离线查阅，本站也提供 付费下载（定价10元）。之所以考虑收费，是因为批量扫描这些文献并整理也是有一定成本的，还请理解并多多支持。本站数据会持续更新，而仅需一次付费，未来就可以随时重新下载到最新版本数据。
当前共找到 27536 篇文献，本页显示第 20621 - 20640 篇。
| 序号 | 推送日期 | 文章 | 类型 | 简述 | 创新点 | 不足 | 研究目的 | 研究对象 | 领域 | 病种 | 技术 | 模型 | 数据类型 | 样本量 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 20621 | 2024-08-08 |
Differential Expression Analysis of Single-Cell RNA-Seq Data: Current Statistical Approaches and Outstanding Challenges
2022-Jul-18, Entropy (Basel, Switzerland)
DOI:10.3390/e24070995
PMID:35885218
|
综述 | 本文综述了单细胞RNA测序数据差异表达分析的当前统计方法及其面临的挑战 | 将现有的差异表达分析方法分为六大类，并讨论了每类方法的局限性及后续方法如何解决这些局限 | 指出了当前方法的局限性，并强调了开发下一代创新方法需要解决的挑战 | 旨在为基因组研究人员和实验生物学家提供选择分析方法的客观指南 | 单细胞RNA测序数据的差异表达分析方法及其统计原理 | 生物信息学 | NA | 单细胞RNA测序（scRNA-seq） | NA | 基因表达数据 | 数千个基因在数百万个细胞中的表达数据 |
| 20622 | 2024-08-08 |
The Analysis of the Human Megakaryocyte and Platelet Coding Transcriptome in Healthy and Diseased Subjects
2022-Jul-11, International journal of molecular sciences
IF:4.9Q2
DOI:10.3390/ijms23147647
PMID:35886993
|
综述 | 本文综述了利用批量和单细胞RNA测序技术研究健康和疾病状态下人类巨核细胞和血小板编码转录组的研究进展 | 介绍了单细胞RNA测序技术在血小板研究中的潜在应用，以及如何结合多组学方法解开未解释的遗传性血小板疾病 | 批量RNA测序在研究体外培养的高度异质性巨核细胞时存在局限性，而单细胞RNA测序由于血小板RNA含量极少尚未应用于血小板 | 探讨如何利用RNA测序技术在遗传性血小板疾病领域进行基因发现和揭示新的疾病机制 | 人类巨核细胞和血小板的编码转录组 | 数字病理学 | 遗传性血小板疾病 | RNA测序（RNA-seq） | NA | 转录组数据 | 未具体说明样本数量 |
| 20623 | 2024-08-08 |
Spatial Profiling of Protein and RNA Expression in Tissue: An Approach to Fine-tune Virtual Microdissection
2022-07-06, Journal of visualized experiments : JoVE
DOI:10.3791/62651
PMID:35876560
|
研究论文 | 本文研究了空间蛋白质和RNA表达的组织分析方法，通过自动化定制抗体可视化协议与空间蛋白质组学检测相结合，优化虚拟显微切割技术 | 开发了一种3重免疫荧光（IF）检测方法，利用酪胺信号放大（TSA）增强荧光信号，并评估了DAPI替换为SYTO染料的效果，以适应空间分析平台 | 该自动化可视化协议不适用于空间转录组学检测 | 探讨空间蛋白质组学技术在自动化标准化协议指导下选择感兴趣区域（ROI）的效益 | 组织中的蛋白质和RNA表达 | 数字病理学 | NA | 免疫荧光（IF）检测，酪胺信号放大（TSA） | NA | 图像 | 收集了直径为50 µm和300 µm的感兴趣区域（ROI），分别对应约15个细胞和100个细胞 |
| 20624 | 2024-08-08 |
Drug-Target Network Study Reveals the Core Target-Protein Interactions of Various COVID-19 Treatments
2022-07-06, Genes
IF:2.8Q2
DOI:10.3390/genes13071210
PMID:35885993
|
研究论文 | 本研究通过文献挖掘和蛋白质相互作用网络分析，揭示了多种COVID-19治疗药物的核心靶蛋白相互作用 | 利用Steiner树分析提取核心子网络，并结合单细胞RNA测序数据，构建了与COVID-19严重程度相关的人类靶蛋白模块 | NA | 揭示COVID-19治疗药物的核心靶蛋白相互作用，为药物发现或药物再利用提供知识基础 | COVID-19治疗药物及其靶蛋白相互作用 | 生物信息学 | COVID-19 | 单细胞RNA测序 | Steiner树分析 | 蛋白质相互作用网络数据 | 174种广泛使用的COVID-19药物，34个相互关联的基因，1355种人类组织细胞类型 |
| 20625 | 2024-08-08 |
Haisu: Hierarchically supervised nonlinear dimensionality reduction
2022-07, PLoS computational biology
IF:3.8Q1
DOI:10.1371/journal.pcbi.1010351
PMID:35862429
|
研究论文 | 提出了一种将层次监督标签信息融入非线性降维技术的新策略，名为Haisu | Haisu方法通过变量扰动高维空间，保留了可视化方法的核心特征，并在提供已知或假设类别标签时改变流形，以尊重这些标签 | NA | 旨在帮助发现和理解受父子关系强烈影响的复杂数据集中的潜在模式 | 单细胞RNA测序数据集 | 机器学习 | NA | 非线性降维技术（如t-SNE, UMAP, PHATE） | NA | 数据集 | 多个单细胞RNA测序数据集 |
| 20626 | 2024-08-08 |
Multimodule characterization of immune subgroups in intrahepatic cholangiocarcinoma reveals distinct therapeutic vulnerabilities
2022-07, Journal for immunotherapy of cancer
IF:10.3Q1
DOI:10.1136/jitc-2022-004892
PMID:35863823
|
研究论文 | 本研究通过多模块分析，揭示了肝内胆管癌（iCCA）中三种不同的免疫亚群及其治疗脆弱性 | 本研究首次通过综合基因组、转录组和蛋白质组数据，识别出肝内胆管癌的三种免疫亚群，并探讨了它们与治疗反应的关系 | 研究样本量相对较小，且未涵盖所有可能的免疫亚群 | 深入了解肝内胆管癌的免疫基因组特征，为个性化免疫治疗提供依据 | 肝内胆管癌及其邻近肝组织 | 数字病理学 | 肝内胆管癌 | 单细胞RNA测序（scRNA-seq） | NA | 基因组、转录组和蛋白质组数据 | 255对肝内胆管癌和邻近肝组织样本 |
| 20627 | 2024-08-08 |
Distinct Inflammatory Macrophage Populations Sequentially Infiltrate Bone-to-Tendon Interface Tissue After Anterior Cruciate Ligament (ACL) Reconstruction Surgery in Mice
2022-Jul, JBMR plus
IF:3.4Q2
DOI:10.1002/jbm4.10635
PMID:35866148
|
研究论文 | 本研究使用单细胞RNA测序、流式细胞术和转录组学方法，分析了小鼠前交叉韧带重建手术后骨-腱界面组织中巨噬细胞的功能表型 | 发现了新的“手术诱导”高度炎症性CD9+ IL1+巨噬细胞群体，该群体表达与中性粒细胞相关的基因，并在手术后1天达到峰值，随后逐渐转变为更趋向于稳态的表型 | NA | 探讨巨噬细胞在肌肉骨骼组织手术修复后的愈合过程中的作用 | 小鼠前交叉韧带重建手术后的骨-腱界面组织中的巨噬细胞 | NA | NA | 单细胞RNA测序 | NA | RNA | 小鼠前交叉韧带重建模型 |
| 20628 | 2024-08-08 |
Integrative analysis of omics summary data reveals putative mechanisms linked to different cell populations in systemic lupus erythematosus
2022-07, Genomics
IF:3.4Q2
DOI:10.1016/j.ygeno.2022.110435
PMID:35878812
|
研究论文 | 本文通过综合分析系统性红斑狼疮（SLE）的组学总结数据，揭示了与不同细胞群体相关的潜在机制。 | 本文提出了一种基于GWAS位点的单细胞水平基因和调控元件优先级分析范式，并识别了SLE的两种中介模式：转录中介模型和表观遗传中介模型。 | NA | 揭示系统性红斑狼疮在不同细胞群体中的发病机制。 | 系统性红斑狼疮的基因和表观遗传调控机制。 | 数字病理学 | 系统性红斑狼疮 | GWAS, eQTL, LD, mQTL | NA | 单细胞RNA测序数据 | NA |
| 20629 | 2024-08-08 |
Overview of Transcriptomic Research on Type 2 Diabetes: Challenges and Perspectives
2022-06-30, Genes
IF:2.8Q2
DOI:10.3390/genes13071176
PMID:35885959
|
综述 | 本文综述了使用表达阵列、RNA测序和单细胞测序进行的2型糖尿病转录组研究，并强调了相关的新发现和挑战 | 介绍了RNA测序和单细胞技术在转录组研究中的应用，这些新技术为发现新的生物标志物提供了可能 | 标准遗传方法无法完全解释2型糖尿病的遗传因素 | 探讨转录组分析在发现2型糖尿病及其并发症风险群体中的新生物标志物的作用 | 2型糖尿病及其微血管和大血管并发症 | NA | 糖尿病 | RNA测序 | NA | 转录组数据 | NA |
| 20630 | 2024-08-08 |
Microfluidics Facilitates the Development of Single-Cell RNA Sequencing
2022-Jun-24, Biosensors
DOI:10.3390/bios12070450
PMID:35884253
|
综述 | 本文综述了单细胞RNA测序（scRNA-seq）技术的发展历程及其在微流控技术中的应用 | 微流控技术在scRNA-seq中的应用极大地提高了测序通量 | 未提及具体限制 | 探讨微流控技术在促进scRNA-seq技术发展中的作用及未来方向 | 单细胞RNA测序技术 | 生物技术 | NA | 单细胞RNA测序（scRNA-seq） | NA | NA | NA |
| 20631 | 2024-08-08 |
Single-Cell RNA Sequencing of Cerebrospinal Fluid as an Advanced Form of Liquid Biopsy for Neurological Disorders
2022-Jun-22, Brain sciences
IF:2.7Q3
DOI:10.3390/brainsci12070812
PMID:35884620
|
review | 本文综述了利用脑脊液中单细胞RNA测序技术作为液体活检方法，用于中枢神经系统肿瘤和非肿瘤疾病的诊断和监测 | 单细胞测序能提供罕见细胞群的新见解，揭示单细胞分辨率下的基因表达异质性，有助于理解疾病病理和治疗 | NA | 探讨单细胞RNA测序在脑脊液中的应用，以提高神经系统疾病的诊断和监测能力 | 中枢神经系统肿瘤和非肿瘤疾病患者的脑脊液细胞 | digital pathology | neurological disorder | single-cell RNA sequencing | NA | cell | NA |
| 20632 | 2024-08-08 |
Analysis of Melanoma Gene Expression Signatures at the Single-Cell Level Uncovers 45-Gene Signature Related to Prognosis
2022-Jun-22, Biomedicines
IF:3.9Q1
DOI:10.3390/biomedicines10071478
PMID:35884783
|
研究论文 | 本文通过基因表达特征分类和Cox回归分析，在单细胞水平上生物学特征化黑色素瘤细胞，并构建了与黑色素瘤预后相关的基因特征 | 本文首次在单细胞水平上识别出与黑色素瘤预后相关的45基因特征（MPS_45），并验证了其在多个数据集中的预后预测能力 | NA | 建立精确的黑色素瘤预后相关基因特征 | 黑色素瘤细胞的基因表达特征 | 数字病理学 | 黑色素瘤 | scRNA-seq, RNA-seq | Cox回归分析 | 基因表达数据 | 多个黑色素瘤数据集，包括TCGA-SKCM、GSE65904、GSE19234和GSE53118 |
| 20633 | 2024-08-08 |
The Dynamic Nature of Human Dermal Fibroblasts Is Defined by Marked Variation in the Gene Expression of Specific Cytoskeletal Markers
2022-Jun-22, Life (Basel, Switzerland)
DOI:10.3390/life12070935
PMID:35888024
|
研究论文 | 本研究利用单细胞转录组学技术研究人皮肤成纤维细胞的基因表达，并根据其遗传特征分离成纤维细胞亚群 | 首次报道了人皮肤成纤维细胞中特定基因的差异表达，这些基因可能有助于其在体内外的动态变化 | 尚未明确这些亚型成纤维细胞的特性是否能预测其来源或具有功能后果 | 研究人皮肤成纤维细胞的异质性和不同亚群的存在 | 人皮肤成纤维细胞及其亚群的基因表达 | NA | NA | 单细胞转录组学 (10X Genomics) | NA | 基因表达数据 | 成人皮肤样本和新生儿皮肤样本 |
| 20634 | 2024-08-08 |
Identification of COVID-19-Associated DNA Methylation Variations by Integrating Methylation Array and scRNA-Seq Data at Cell-Type Resolution
2022-06-21, Genes
IF:2.8Q2
DOI:10.3390/genes13071109
PMID:35885892
|
研究论文 | 本文通过整合甲基化阵列和单细胞RNA测序数据，探索了COVID-19患者在细胞类型水平上的DNA甲基化变异 | 开发了一种分析流程，将大量组织的知识转移到单细胞水平，发现了COVID-19患者全血中甲基化变异的显著细胞类型特异性 | NA | 理解COVID-19患者中由DNA甲基化调节的特定免疫反应细胞类型 | COVID-19患者的DNA甲基化变异 | 数字病理学 | COVID-19 | 甲基化测序 | NA | 甲基化数据 | NA |
| 20635 | 2024-08-08 |
Integration of Bulk RNA Sequencing and Single-Cell RNA Sequencing to Reveal Uveal Melanoma Tumor Heterogeneity and Cells Related to Survival
2022, Frontiers in immunology
IF:5.7Q1
DOI:10.3389/fimmu.2022.898925
PMID:35865532
|
研究论文 | 本研究通过整合批量RNA测序和单细胞RNA测序技术，揭示了葡萄膜黑色素瘤的肿瘤异质性及其与生存相关的细胞类型 | 本研究首次结合批量RNA测序和单细胞RNA测序技术，全面分析了葡萄膜黑色素瘤的免疫亚型及其免疫特征，并通过伪时间轨迹分析和SCENIC分析探索了细胞分化轨迹和单细胞转录因子调控网络 | NA | 探索葡萄膜黑色素瘤的肿瘤异质性 | 葡萄膜黑色素瘤的肿瘤异质性和与生存相关的细胞类型 | 数字病理学 | 葡萄膜黑色素瘤 | RNA测序（RNA-seq）和单细胞RNA测序（scRNA-seq） | NA | RNA | 11,988个细胞来自6个葡萄膜黑色素瘤样本 |
| 20636 | 2024-08-08 |
Single-cell RNA Sequencing Analysis Reveals New Immune Disorder Complexities in Hypersplenism
2022, Frontiers in immunology
IF:5.7Q1
DOI:10.3389/fimmu.2022.921900
PMID:35865544
|
研究论文 | 本研究通过单细胞RNA测序分析了脾功能亢进（HS）组织中的细胞转录组特征 | 首次揭示了HS中B细胞的缺失及其在HS合并肝细胞癌（HS-HCC）中的存在，并发现了HS中CD74-COPA和CD94-HLA-E的上调 | NA | 探索脾功能亢进的遗传特征 | 脾功能亢进组织及其对照组织的细胞转录组 | 数字病理学 | 肝病 | 单细胞RNA测序 | NA | 转录组数据 | 43,037个细胞，来自四个HS组织和一个对照组织 |
| 20637 | 2024-08-08 |
Single-Cell Transcriptome Analysis Reveals Mesenchymal Stem Cells in Cavernous Hemangioma
2022, Frontiers in cell and developmental biology
IF:4.6Q1
DOI:10.3389/fcell.2022.916045
PMID:35865633
|
研究论文 | 本研究利用单细胞RNA测序技术分析了海绵状血管瘤中的细胞异质性，发现大量胚胎间充质干细胞，并提出海绵状血管瘤可能起源于胚胎间充质干细胞 | 首次在海绵状血管瘤中发现大量胚胎间充质干细胞，并揭示了这些细胞在免疫反应中的作用 | NA | 探究海绵状血管瘤的起源及其相关的细胞类型和分子机制 | 海绵状血管瘤中的细胞类型和分子机制 | 数字病理学 | 血管畸形 | 单细胞RNA测序（scRNA-seq） | NA | RNA | NA |
| 20638 | 2024-08-08 |
From single-omics to interactomics: How can ligand-induced perturbations modulate single-cell phenotypes?
2022, Advances in protein chemistry and structural biology
DOI:10.1016/bs.apcsb.2022.05.006
PMID:35871896
|
研究论文 | 本文探讨了从单组学到相互作用组学的发展，以及配体诱导的扰动如何调节单细胞表型 | 介绍了单细胞转录组学数据与其他组学数据（如蛋白质组学和表观基因组学数据）的整合，以阐明细胞水平的扰动效应和机制 | 文章提到当前计算工具和算法的局限性，以及大量数据处理的挑战 | 旨在通过单细胞组学数据和计算工具，提高对药物研究和开发的认识 | 研究对象包括单细胞表型、药物治疗对生物系统的影响以及相关的计算工具和算法 | 生物信息学 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | 转录组学数据、蛋白质组学数据、表观基因组学数据 | NA |
| 20639 | 2024-08-08 |
Single-Cell Sequencing Yields Insights in the Evolution of Foot-and-Mouth Disease Virus Persistent Infection
2022, Frontiers in cellular and infection microbiology
IF:4.6Q1
DOI:10.3389/fcimb.2022.940906
PMID:35873170
|
研究论文 | 本研究通过单细胞测序技术，探讨了口蹄疫病毒（FMDV）持续感染细胞系的细胞异质性及其机制 | 首次通过单细胞测序技术揭示口蹄疫病毒持续感染的形成机制，并首次应用伪时间轨迹分析于口蹄疫病毒持续感染细胞系 | NA | 阐明口蹄疫病毒持续感染细胞系的细胞异质性机制 | 口蹄疫病毒持续感染细胞系 | 数字病理学 | 口蹄疫 | 单细胞测序 | NA | 基因表达数据 | BHK-Op细胞系 |
| 20640 | 2024-08-08 |
A Novel Artificial Neural Network Prognostic Model Based on a Cancer-Associated Fibroblast Activation Score System in Hepatocellular Carcinoma
2022, Frontiers in immunology
IF:5.7Q1
DOI:10.3389/fimmu.2022.927041
PMID:35874676
|
研究论文 | 本文构建了一种基于癌症相关成纤维细胞激活评分系统的新型人工神经网络预测模型，用于肝细胞癌的预后评估 | 本文创新性地利用12个癌症相关成纤维细胞相关基因构建了人工神经网络模型，并通过功能、突变、免疫和临床分析揭示了模型的信息 | NA | 识别肝细胞癌进展机制并预测患者预后 | 肝细胞癌患者及其癌症相关成纤维细胞 | 机器学习 | 肝细胞癌 | 单细胞转录组和配体-受体相互作用分析 | 人工神经网络（ANN） | 基因表达数据 | 数据来自The Cancer Genome Atlas、International Cancer Genome Consortium和Gene Expression Omnibus数据库 |