单细胞与空转测序相关文章

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序号 推送日期 文章 类型 简述 创新点 不足 研究目的 研究对象 领域 病种 技术 模型 数据类型 样本量
20581 2024-08-08
Single-cell transcriptomics reveals the cell fate transitions of human dopaminergic progenitors derived from hESCs
2022-08-13, Stem cell research & therapy IF:7.1Q1
研究论文 本文通过单细胞转录组学分析,揭示了从人胚胎干细胞衍生的多巴胺能前体细胞在分化过程中的细胞命运转变 本研究首次详细描述了多巴胺能分化轨迹及非多巴胺能细胞群体,并确定了关键的谱系分支点 NA 研究旨在优化帕金森病细胞疗法中多巴胺能前体细胞的制备和质量控制 人胚胎干细胞衍生的多巴胺能前体细胞 数字病理学 帕金森病 单细胞RNA测序(scRNA-seq) NA 转录组数据 不同时间点的分化细胞
20582 2024-08-08
Signatures of recent activation identify a circulating T cell compartment containing tumor-specific antigen receptors with high avidity
2022-08-12, Science immunology IF:17.6Q1
研究论文 研究探讨了肿瘤新抗原特异性T细胞在不同亲和力T细胞受体(TCR)下的命运和功能 发现具有高保护能力的肿瘤反应性TCR在外周血中循环时具有近期激活的特征 研究主要基于小鼠模型和少数黑色素瘤患者,可能需要更多临床数据验证 研究肿瘤特异性T细胞的TCR亲和力对其命运和功能的影响 肿瘤新抗原特异性T细胞及其TCR亲和力 免疫学 黑色素瘤 流式细胞术,单细胞测序,CRISPR-Cas9 NA 细胞 涉及小鼠和两名黑色素瘤患者
20583 2024-08-08
Modeling SARS-CoV-2 and influenza infections and antiviral treatments in human lung epithelial tissue equivalents
2022-08-12, Communications biology IF:5.2Q1
研究论文 本文描述了在人肺泡和气管支气管气液界面(ALI)组织模型中,SARS-CoV-2和流感A病毒(IAV)感染的细胞复杂性 通过单细胞RNA测序分析,揭示了SARS-CoV-2感染与体内相似的发现,包括抑制的IFN反应、增加的趋化因子诱导和未观察到的MHC I类呈现 NA 开发快速模型新兴病毒感染性和开发新抗病毒治疗的体外细胞测定平台 SARS-CoV-2和流感A病毒在人肺上皮组织等效物中的感染和抗病毒治疗 数字病理学 NA 单细胞RNA测序 NA 细胞 NA
20584 2024-08-08
ZC3H4 regulates infiltrating monocytes, attenuating pulmonary fibrosis through IL-10
2022-Aug-12, Respiratory research IF:4.7Q1
研究论文 本研究探讨了ZC3H4通过调节IL-10分泌影响硅肺病中肺纤维化的机制 首次揭示了ZC3H4通过诱导自噬调节单核细胞分泌功能,进而抑制成纤维细胞功能,减少肺纤维化 NA 探索ZC3H4在硅肺病发展中的作用及其机制 单核细胞和成纤维细胞在硅肺病中的作用 NA 肺纤维化 单细胞测序、Western blotting、定量实时PCR、ELISA、细胞功能实验、CRISPR/Cas9系统 NA 细胞 25,002个细胞
20585 2024-08-08
Evidence of pyroptosis and ferroptosis extensively involved in autoimmune diseases at the single-cell transcriptome level
2022-08-12, Journal of translational medicine IF:6.1Q1
研究论文 本研究通过单细胞转录组数据分析,探讨了铁死亡和焦亡在多种自身免疫疾病中的作用 首次在单细胞转录组水平上全面分析了铁死亡和焦亡在自身免疫疾病中的作用,为新的治疗策略提供了新的视角 研究主要基于scRNA-seq数据和细胞系模型,可能需要更多体内实验验证 探讨铁死亡和焦亡在自身免疫疾病发病机制中的作用 多种代表性自身免疫疾病,包括银屑病、特应性皮炎、白癜风、多发性硬化症等 数字病理学 自身免疫疾病 scRNA-seq NA 转录组数据 涉及多种自身免疫疾病的样本
20586 2024-08-08
Transcriptomic Signature and Growth Factor Regulation of Castration-Tolerant Prostate Luminal Progenitor Cells
2022-Aug-03, Cancers IF:4.5Q1
研究论文 本研究通过单细胞RNA测序分析和生物信息学方法,探讨了去势耐受性前列腺腔内祖细胞(LSC细胞)的转录组特征及其在前列腺癌中的作用 本研究首次提供了LSC细胞的15基因特征,并揭示了EGFR/ERBB4、IGF-1R和MET通路作为LSC细胞增殖和分化特性的自分泌/旁分泌调节因子 研究主要基于小鼠模型,对人类前列腺癌的直接应用需要进一步验证 评估LSC细胞在去势耐受性前列腺癌中的相关性及其在人类前列腺癌进展中的作用 去势耐受性前列腺腔内祖细胞(LSC细胞)及其在前列腺癌中的作用 数字病理学 前列腺癌 单细胞RNA测序 NA 转录组数据 健康和恶性小鼠前列腺中分离的LSC细胞
20587 2024-08-08
Improved ClickTags enable live-cell barcoding for highly multiplexed single cell sequencing
2022-Aug-03, RSC chemical biology IF:4.2Q2
research paper 本文报道了一种新的协议,使用改进的ClickTags对活细胞进行条形码标记,以实现单细胞RNA测序(scRNA-seq)中的样本多重化。 开发了一种新的协议,使用改进的ClickTags对活细胞进行条形码标记,而不影响其生理状态,实现了活细胞在scRNA-seq中的样本多重化。 当前的ClickTags仅在甲醇中有效标记固定样本,限制了其在活细胞中的应用。 开发一种新的方法,用于在单细胞RNA测序中对活细胞进行条形码标记,以实现样本多重化。 研究对象包括小鼠和人类的主要样本,以及多达16个样本的多重化和解多重化。 digital pathology NA 单细胞RNA测序(scRNA-seq) NA text 多达16个样本
20588 2024-08-08
Profiling Microglia through Single-Cell RNA Sequencing over the Course of Development, Aging, and Disease
2022-08-02, Cells IF:5.1Q2
review 本文综述了通过单细胞RNA测序技术研究微胶质细胞在发育、衰老和疾病过程中的分子异质性 介绍了单细胞RNA测序技术在揭示微胶质细胞亚群分子和功能特征方面的应用 NA 探讨微胶质细胞在不同生命阶段和疾病状态下的分子异质性 微胶质细胞的分子异质性和功能特征 digital pathology NA scRNAseq NA RNA NA
20589 2024-08-08
CellRegMap: a statistical framework for mapping context-specific regulatory variants using scRNA-seq
2022-08, Molecular systems biology IF:8.5Q1
研究论文 提出了一种名为CellRegMap的统计框架,用于利用单细胞RNA测序(scRNA-seq)数据映射特定上下文调控变异 CellRegMap框架能够识别和表征已知eQTL变异在不同细胞上下文中的基因型-上下文交互作用,解决了现有方法依赖于先验定义的离散细胞类型的局限 NA 开发一种新的统计框架,以分析单细胞RNA测序数据中的遗传效应 单细胞RNA测序数据中的遗传效应 生物信息学 NA 单细胞RNA测序(scRNA-seq) 统计模型 基因表达数据 数百个个体
20590 2024-08-08
Patient-associated mutations in Drosophila Alk perturb neuronal differentiation and promote survival
2022-08-01, Disease models & mechanisms IF:4.0Q1
研究论文 本文利用CRISPR/Cas9技术在果蝇中引入与人类肿瘤相关的人类ALK基因突变,研究这些突变对神经分化和生存的影响。 首次在果蝇模型中研究人类ALK激活突变对神经发育的影响,并发现这些突变通过减少细胞凋亡而不是增加细胞增殖来促进神经细胞的过度增生。 研究主要集中在果蝇模型中,可能需要进一步在哺乳动物模型中验证这些发现。 研究ALK激活突变在神经发育中的作用及其对神经细胞生存的影响。 果蝇中的ALK基因突变及其对神经细胞分化和生存的影响。 遗传学 NA CRISPR/Cas9, 单细胞RNA测序 NA 基因组数据 涉及果蝇的多个突变体样本
20591 2024-08-08
Nonproductive exposure of PBMCs to SARS-CoV-2 induces cell-intrinsic innate immune responses
2022-08, Molecular systems biology IF:8.5Q1
研究论文 研究分析了健康供者的外周血单个核细胞(PBMCs)在体外暴露于SARS-CoV和SARS-CoV-2后的易感性和表达谱 揭示了SARS-CoV-2特异性的JAK/STAT依赖性干扰素刺激基因(ISGs)的诱导,而非促炎细胞因子的产生 尚未明确这些细胞内在反应是由呼吸道有效感染细胞发出的信号触发,还是由与病毒颗粒的物理相互作用引起 探讨PBMCs在暴露于SARS-CoV-2后的细胞内在先天免疫反应 健康供者的外周血单个核细胞(PBMCs) 免疫学 COVID-19 RT-PCR实验和单细胞RNA测序 NA RNA 来自健康供者的外周血单个核细胞(PBMCs)
20592 2024-08-08
Live-seq enables temporal transcriptomic recording of single cells
2022-08, Nature IF:50.5Q1
研究论文 本文介绍了一种名为Live-seq的单细胞转录组分析方法,该方法在RNA提取过程中保持细胞活性,从而能够将细胞的基础转录组与其后续的分子或表型行为相结合。 Live-seq的创新之处在于它能够在不破坏细胞的情况下进行单细胞转录组分析,使得可以对同一细胞进行后续的分子或功能分析。 NA 开发一种新的单细胞转录组分析方法,以实现对细胞动态变化的实时记录。 单细胞转录组分析技术及其在细胞类型和状态分类中的应用。 单细胞生物学 NA 单细胞转录组测序 NA 转录组数据 多个单细胞样本,包括巨噬细胞和脂肪间充质细胞
20593 2024-08-08
Single-cell analysis reveals clonally expanded tumor-associated CD57+ CD8 T cells are enriched in the periphery of patients with metastatic urothelial cancer responding to PD-L1 blockade
2022-08, Journal for immunotherapy of cancer IF:10.3Q1
研究论文 本文通过单细胞分析揭示了在响应PD-L1阻断的转移性尿路上皮癌患者中,克隆扩增的肿瘤相关CD57+ CD8 T细胞在外周血中富集 首次在转移性尿路上皮癌患者中研究了新抗原特异性CD8 T细胞的表型,并发现CD57+ CD8 T细胞的高频率与对atezolizumab的响应相关 研究样本量相对较小,需要在更大规模的研究中验证这些发现 探究转移性尿路上皮癌患者中新抗原特异性CD8 T细胞的表型,并寻找atezolizumab治疗的预测生物标志物 转移性尿路上皮癌患者的外周CD8 T细胞 免疫学 尿路上皮癌 单细胞RNA测序(scRNA-seq),CITE-seq,T细胞受体(TCR)测序 NA 细胞 20名转移性尿路上皮癌患者,30名接受atezolizumab治疗的患者,40名接受化疗的患者,16名进行单细胞分析的患者
20594 2024-08-08
Transcriptomes of Injured Lamprey Axon Tips: Single-Cell RNA-Seq Suggests Differential Involvement of MAPK Signaling Pathways in Axon Retraction and Regeneration after Spinal Cord Injury
2022-07-27, Cells IF:5.1Q2
研究论文 本文通过单细胞RNA测序技术研究了脊椎损伤后七鳃鳗轴突尖端的转录组,探讨了MAPK信号通路在轴突回缩和再生中的差异性作用。 首次使用单细胞RNA测序技术分析脊椎损伤后七鳃鳗轴突尖端的转录组,揭示了MAPK信号通路在轴突再生和回缩中的差异性作用。 研究仅限于七鳃鳗的轴突尖端,且样本量相对较小,可能限制了结果的普遍性和广泛应用。 探讨脊椎损伤后轴突再生和回缩过程中MAPK信号通路的差异性作用。 七鳃鳗脊椎损伤后的轴突尖端。 分子生物学 NA 单细胞RNA测序 NA RNA 共采集了24个轴突尖端样本,包括10个生长中的、9个静止的和5个回缩的轴突尖端。
20595 2024-08-08
Single-cell analysis of transcription factor regulatory networks reveals molecular basis for subtype-specific dysregulation in acute myeloid leukemia
2022-Apr, Blood science (Baltimore, Md.)
研究论文 本文通过分析单细胞RNA测序数据,全面绘制了急性髓系白血病(AML)亚型中与恶性相关的转录因子(TF)激活网络,揭示了亚型特异性失调的分子基础。 首次在单细胞分辨率下阐明了AML亚型中的转录因子调控网络,并揭示了亚型特异性失调的分子机制。 NA 揭示急性髓系白血病亚型特异性失调的分子基础,并为AML的发病机制和潜在的诊断与治疗靶点提供新的视角。 急性髓系白血病(AML)及其亚型的转录因子调控网络。 数字病理学 血液病 单细胞RNA测序 NA RNA测序数据 来自AML患者和健康捐赠者的单细胞RNA测序数据
20596 2024-08-08
Single-cell transcriptomics reveals cell-type-specific diversification in human heart failure
2022-Mar, Nature cardiovascular research IF:9.4Q1
研究论文 本研究通过单细胞和单核RNA测序数据的整合分析,揭示了健康和心衰患者心脏的细胞组成及其转录特征 首次定义了健康和心衰患者心脏的细胞组成,并识别了与年龄和心衰相关的细胞特异性转录特征 NA 研究心衰患者心脏的细胞和转录组景观 健康和心衰患者的心脏细胞 数字病理学 心血管疾病 单细胞RNA测序 NA RNA测序数据 27名健康捐赠者和18名扩张型心肌病患者
20597 2024-08-08
Advances in application of single-cell RNA sequencing in cardiovascular research
2022, Frontiers in cardiovascular medicine IF:2.8Q2
综述 本文综述了单细胞RNA测序技术在心血管系统研究中的应用及其最新进展 单细胞RNA测序技术为心血管系统的发育轨迹、表型转变和细胞互作提供了新的见解 NA 探讨单细胞RNA测序在心血管研究领域的应用前景 单细胞RNA测序技术及其在心血管系统研究中的应用 数字病理学 心血管疾病 单细胞RNA测序 NA 转录组数据 NA
20598 2024-08-08
Identification of hub biomarkers of myocardial infarction by single-cell sequencing, bioinformatics, and machine learning
2022, Frontiers in cardiovascular medicine IF:2.8Q2
研究论文 本研究通过单细胞测序、生物信息学和机器学习方法,识别心肌梗死的关键生物标志物 首次综合运用单细胞测序、生物信息学和机器学习三种方法研究心肌梗死中mRNA的作用 研究仅使用了四个RNA微阵列数据集,可能需要更多数据集以增强结果的普遍性 筛选心肌梗死中mRNA的表达,探究其功能,并为心肌梗死的诊断提供科学依据 心肌梗死中的mRNA表达及其在炎症反应中的作用 生物信息学 心血管疾病 单细胞测序(SCS) 机器学习算法 基因表达数据 四个RNA微阵列数据集,包括GSE66360, GSE97320, GSE60993, 和 GSE48060
20599 2024-08-08
Defining Patient-Level Molecular Heterogeneity in Psoriasis Vulgaris Based on Single-Cell Transcriptomics
2022, Frontiers in immunology IF:5.7Q1
研究论文 本文利用单细胞RNA测序技术研究了寻常型银屑病患者层面的分子异质性 通过单细胞RNA测序技术,提高了对复杂组织如皮肤中分子异质性的分辨率 NA 确定人类疾病背后的遗传变异,为治疗开发建立目标,并帮助为个体患者定制治疗方案 寻常型银屑病患者的分子异质性 数字病理学 皮肤病 单细胞RNA测序 NA 转录组数据 从活动性病变中分离的CD45细胞
20600 2024-08-08
Ednrb -/- mice with hirschsprung disease are missing Gad2-expressing enteric neurons in the ganglionated small intestine
2022, Frontiers in cell and developmental biology IF:4.6Q1
研究论文 本研究通过单细胞RNA测序和免疫染色,探讨了Ednrb-/-小鼠小肠中表达Gad2的神经元缺失情况及其对胃肠道功能的影响 首次发现Hirschsprung病小肠神经节区域中存在神经亚群的缺失,这可能解释了手术矫正后持续的胃肠道功能障碍 NA 探究Ednrb-/-小鼠小肠神经节区域中神经系统的异常是否导致胃肠道功能异常 Ednrb-/-小鼠的小肠神经节细胞 NA Hirschsprung病 单细胞RNA测序 NA 细胞 Ednrb-/-小鼠及其野生型同窝小鼠的小肠神经节细胞
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