单细胞与空转测序相关文章
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当前共找到 27536 篇文献，本页显示第 20581 - 20600 篇。
| 序号 | 推送日期 | 文章 | 类型 | 简述 | 创新点 | 不足 | 研究目的 | 研究对象 | 领域 | 病种 | 技术 | 模型 | 数据类型 | 样本量 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 20581 | 2024-08-08 |
Selecting Representative Samples From Complex Biological Datasets Using K-Medoids Clustering
2022, Frontiers in genetics
IF:2.8Q2
DOI:10.3389/fgene.2022.954024
PMID:35910222
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研究论文 | 本文介绍了一种名为Cookie的工具包，用于从具有多样性特征的大规模单细胞群体中高效选择最具代表性的样本 | Cookie方法通过量化样本间的曼哈顿距离并使用k-medoids聚类，能够从大规模单细胞群体中选择出代表性样本，相比于传统采样方法具有更高的效能、效率和灵活性 | NA | 开发一种新的方法来从复杂的生物数据集中选择代表性样本 | 大规模单细胞群体 | 生物信息学 | NA | 单细胞测序技术 | k-medoids聚类 | 单细胞数据 | 从多个候选大小中评估关键属性的覆盖范围来确定适当的样本大小 |
| 20582 | 2024-08-08 |
Neurochemical Signalling Associated With Gill Oxygen Sensing and Ventilation: A Receptor Focused Mini-Review
2022, Frontiers in physiology
IF:3.2Q2
DOI:10.3389/fphys.2022.940020
PMID:35910553
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综述 | 本文综述了与鱼类鳃部氧气感知和通气相关的神经化学信号传导中涉及的受体类型 | 近期使用单细胞RNA测序对斑马鱼鳃部的转录组分析开始阐明鳃部特定受体目标 | 鳃部细胞水平上缺乏受体表征是理解缺氧信号传导神经化学控制的主要限制 | 总结迄今为止与鱼类鳃部氧气感知相关的神经传递或神经调节中涉及的受体类型 | 鱼类鳃部氧气感知相关的受体和传入途径 | NA | NA | 单细胞RNA测序 | NA | 转录组数据 | NA |
| 20583 | 2024-08-08 |
Dedifferentiated Schwann cell-derived TGF-β3 is essential for the neural system to promote wound healing
2022, Theranostics
IF:12.4Q1
DOI:10.7150/thno.72317
PMID:35910794
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研究论文 | 研究探讨了去分化施旺细胞在伤口愈合中的作用及其分泌的TGF-β3对皮肤再生的影响 | 首次揭示了去分化施旺细胞在伤口修复早期上调Wnt信号通路的作用，并发现TGF-β3补充能增强糖尿病小鼠慢性伤口的愈合 | 研究主要基于小鼠模型和糖尿病患者的scRNA-seq分析，可能需要更多临床数据验证 | 探究神经源性细胞在皮肤再生中的作用，并寻找治疗伤口愈合障碍的新策略 | 去分化施旺细胞及其在伤口愈合中的作用 | 数字病理学 | 糖尿病 | 单细胞RNA测序（scRNA-seq） | NA | RNA序列 | 涉及小鼠和糖尿病患者的样本 |
| 20584 | 2024-08-08 |
Identification of cortical interneuron cell markers in mouse embryos based on machine learning analysis of single-cell transcriptomics
2022, Frontiers in neuroscience
IF:3.2Q2
DOI:10.3389/fnins.2022.841145
PMID:35911980
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研究论文 | 本研究利用单细胞转录组学和机器学习方法，预测小鼠胚胎中皮层中间神经元的多样性 | 首次使用最小冗余最大相关性方法分析单细胞转录组数据，并通过增量特征选择和两种分类算法提取关键基因，构建强大的分类器 | NA | 预测小鼠胚胎中皮层中间神经元的多样性 | 小鼠胚胎中的皮层中间神经元 | 机器学习 | NA | 单细胞转录组测序 | 随机森林和重复增量剪枝产生误差减少 | 转录组数据 | 2669个单细胞 |
| 20585 | 2024-08-08 |
Multimodal Dimension Reduction and Subtype Classification of Head and Neck Squamous Cell Tumors
2022, Frontiers in oncology
IF:3.5Q2
DOI:10.3389/fonc.2022.892207
PMID:35912202
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研究论文 | 本文开发了一种计算策略，通过多模态整合与谱聚类及现代降维技术如PHATE，对头颈鳞状细胞肿瘤进行亚型分类 | 本文首次将主要为单细胞测序开发的分析方法应用于大量肿瘤测序数据，并展示了其在捕捉肿瘤动态异质性和识别新亚型方面的有效性 | NA | 开发一种更强大的癌症亚型分类方法 | 头颈鳞状细胞癌（HNSC）肿瘤样本 | 数字病理学 | 头颈鳞状细胞癌 | 多模态整合、谱聚类、PHATE | NA | 基因表达、DNA甲基化、微生物组数据 | 514个头颈鳞状细胞癌肿瘤样本 |
| 20586 | 2024-08-05 |
Surface Lin28A expression consistent with cellular stress parallels indicators of senescence
2023-05-02, Cardiovascular research
IF:10.2Q1
DOI:10.1093/cvr/cvac122
PMID:35880724
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研究论文 | 该文章研究了表面Lin28A在心脏间质细胞中应对氧化压力与老化相关的作用 | 首次探讨了Lin28A在心脏间质细胞中的表达与氧化压力及衰老的关系 | 对Lin28A在临床应用中的具体作用尚未进行深入研究 | 研究Lin28A在心脏间质细胞中如何响应环境氧化压力与衰老 | 成年小鼠心脏间质细胞 | 数字病理学 | 心血管疾病 | 单细胞RNA测序 | NA | 细胞 | 涉及5%的新鲜心脏间质细胞 |
| 20587 | 2024-08-05 |
Direct chemical induction of hepatocyte-like cells with capacity for liver repopulation
2023-05-01, Hepatology (Baltimore, Md.)
DOI:10.1002/hep.32686
PMID:35881538
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研究论文 | 该研究展示了将小鼠成纤维细胞直接化学重编程为具有肝再生能力的功能性肝细胞样细胞的可行性 | 首次成功实现了化学诱导生成可再生的肝细胞样细胞，证明了化学重编程在治疗应用中的潜力 | 仅在小鼠模型中进行测试，临床应用的可行性尚需进一步验证 | 研究化学重编程是否能够生成有功能的肝细胞样细胞以应用于肝组织再生 | 小鼠成纤维细胞及其转化为肝细胞样细胞的过程 | 数字病理学 | 肝脏疾病 | RNA测序 | NA | 生物样本 | 使用了多个小鼠模型以验证研究结果 |
| 20588 | 2024-08-08 |
Shh activation restores interneurons and cognitive function in newborns with intraventricular haemorrhage
2023-02-13, Brain : a journal of neurology
IF:10.6Q1
DOI:10.1093/brain/awac271
PMID:35867870
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研究论文 | 本文研究了早产儿脑室内出血（IVH）后认知功能障碍的机制，并探讨了Sonic Hedgehog信号通路的激活对神经发生和认知功能的恢复作用。 | 首次揭示了IVH通过下调Sonic Hedgehog信号通路减少内侧豆状核神经元前体细胞的数量，并提出通过激活该信号通路恢复神经发生和认知功能的治疗策略。 | 研究主要基于早产兔模型和人类早产儿尸检样本，需要进一步的人体临床试验验证。 | 探讨IVH对早产儿神经行为功能的影响及其机制，并评估Sonic Hedgehog信号通路激活的治疗潜力。 | 早产儿脑室内出血（IVH）及其对神经行为功能的影响。 | 神经科学 | 新生儿疾病 | 单细胞转录组分析 | NA | 基因表达数据 | 包括早产兔模型和人类早产儿尸检样本 |
| 20589 | 2024-08-08 |
The M3 Muscarinic Acetylcholine Receptor Promotes Epidermal Differentiation
2022-12, The Journal of investigative dermatology
IF:5.7Q1
DOI:10.1016/j.jid.2022.06.013
PMID:35870560
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研究论文 | 研究M3毒蕈碱乙酰胆碱受体如何调控表皮结构和功能 | 首次揭示了乙酰胆碱如何控制表皮分化，并为未来在皮肤病学中评估胆碱能药物的治疗潜力奠定了基础 | NA | 研究M3毒蕈碱乙酰胆碱受体在表皮分化中的作用及其细胞和分子机制 | M3毒蕈碱乙酰胆碱受体在表皮细胞中的表达和功能 | NA | 自身免疫性水疱病 | 单细胞RNA测序 | NA | 基因表达数据 | Chmr3新生小鼠的表皮细胞 |
| 20590 | 2024-08-08 |
The Value of Single-cell Technologies in Solid Organ Transplantation Studies
2022-12-01, Transplantation
IF:5.3Q1
DOI:10.1097/TP.0000000000004237
PMID:35876376
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综述 | 本文综述了单细胞技术在实体器官移植研究中的应用和价值 | 单细胞技术为实体器官移植后的免疫反应机制提供了深入的见解 | 文章讨论了单细胞技术在实体器官移植研究中面临的挑战 | 探讨单细胞技术在实体器官移植研究中的应用，以更好地理解排斥和耐受的免疫机制 | 单细胞技术在实体器官移植中的应用，包括免疫细胞亚群的特征识别和生物标志物的鉴定 | NA | NA | 单细胞RNA测序 | NA | 细胞 | NA |
| 20591 | 2024-08-08 |
Identification of an FXR-modulated liver-intestine hybrid state in iPSC-derived hepatocyte-like cells
2022-11, Journal of hepatology
IF:26.8Q1
DOI:10.1016/j.jhep.2022.07.009
PMID:35863491
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研究论文 | 本文通过单细胞和批量RNA测序技术，研究了人诱导多能干细胞（hiPSC）衍生的肝细胞样细胞（HLC）的基因表达模式，并探讨了核受体FXR在HLC功能成熟中的作用 | 发现HLC在单细胞层面表现出一种混合状态，同时表达肝细胞相关基因和肠道基因，并通过FXR表达和激动剂暴露增强了HLC与人类原代肝细胞（PHH）的相似性 | 尽管FXR表达和激动剂暴露能够减少非肝脏基因的表达，但这种减少仅是适度的 | 旨在改善HLC的分化，使其更接近PHH，以用于药物筛选、毒理学和细胞替代疗法 | 人诱导多能干细胞衍生的肝细胞样细胞 | 干细胞研究 | NA | 单细胞RNA测序，批量RNA测序 | NA | 基因表达数据 | NA |
| 20592 | 2024-08-08 |
The kidney matrisome in health, aging, and disease
2022-11, Kidney international
IF:14.8Q1
DOI:10.1016/j.kint.2022.06.029
PMID:35870643
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综述 | 本文综述了肾脏基质组在健康、衰老和疾病中的作用 | 通过先进的质谱技术揭示了衰老和疾病中基质组成的分子细节，并探讨了基质变化对物理特性和细胞反应的影响 | 仍存在关于驱动基质组成改变的机制的关键问题 | 理解基质动态过程，以开发对抗基质失调的治疗方法 | 肾脏基质组在健康、衰老和疾病中的作用 | NA | NA | 质谱技术 | NA | 蛋白质组数据 | NA |
| 20593 | 2024-08-08 |
A Bayesian modified Ising model for identifying spatially variable genes from spatial transcriptomics data
2022-10-15, Statistics in medicine
IF:1.8Q1
DOI:10.1002/sim.9530
PMID:35871762
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研究论文 | 本文介绍了一种基于贝叶斯修正伊辛模型的方法，用于从空间转录组学数据中识别表现出空间相关表达模式的基因 | 本文提出的方法通过使用伊辛模型的能量相互作用参数来表征空间表达模式，并采用辅助变量马尔可夫链蒙特卡罗算法从模型中难以处理的归一化常数的后验分布中采样，从而能够捕捉更多类型的空间模式 | NA | 旨在克服现有基于高斯过程的地统计模型在识别复杂空间模式方面的局限性 | 空间转录组学数据中的空间变异基因 | 生物信息学 | NA | 空间分子剖面技术 | 伊辛模型 | 转录组数据 | 两个真实空间转录组学数据集 |
| 20594 | 2024-08-08 |
Gastric Microbiome Alterations Are Associated with Decreased CD8+ Tissue-Resident Memory T Cells in the Tumor Microenvironment of Gastric Cancer
2022-10-04, Cancer immunology research
IF:8.1Q1
DOI:10.1158/2326-6066.CIR-22-0107
PMID:35881964
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研究论文 | 本研究探讨了胃癌患者胃微生物群的变化及其与免疫失调的可能关联 | 发现胃癌微生物群中Oceanobacter、Methylobacterium和Syntrophomonas属的富集与CD8+组织驻留记忆T细胞频率的反向相关性，以及Methylobacterium在胃癌发生中的潜在作用 | NA | 研究胃癌患者胃微生物群的变化及其与免疫失调的关联 | 胃癌患者的胃微生物群及肿瘤微环境 | 数字病理学 | 胃癌 | 16S rRNA基因测序、单细胞测序、免疫组织化学、多重免疫荧光染色、流式细胞术 | NA | 微生物群数据、组织样本 | 53名胃癌患者和30名慢性胃炎患者的肿瘤微生物群及胃黏膜组织微生物群 |
| 20595 | 2024-08-08 |
Single-cell immunoprofiling after immunotherapy for allergic rhinitis reveals functional suppression of pathogenic TH2 cells and clonal conversion
2022-10, The Journal of allergy and clinical immunology
IF:11.4Q1
DOI:10.1016/j.jaci.2022.06.024
PMID:35863510
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研究论文 | 本文通过单细胞免疫分析技术，研究了日本杉花粉症患者在接受舌下免疫疗法（SLIT）前后特定T细胞的变化及其作用机制 | 首次结合单细胞RNA测序和序列分析技术，揭示了SLIT通过促进病原性TH2细胞上MSC的表达并抑制其功能，从而影响过敏性鼻炎的治疗效果 | NA | 全面研究特定抗原T细胞在接受舌下免疫疗法前后在过敏性鼻炎治疗中的作用和变化 | 日本杉花粉症患者的特定T细胞 | 免疫学 | 过敏性鼻炎 | 单细胞RNA测序 | NA | 细胞 | 包括参与SLIT片剂II/III期试验的患者和门诊患者 |
| 20596 | 2024-08-08 |
CBLRR: a cauchy-based bounded constraint low-rank representation method to cluster single-cell RNA-seq data
2022-09-20, Briefings in bioinformatics
IF:6.8Q1
DOI:10.1093/bib/bbac300
PMID:35870203
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研究论文 | 本文提出了一种基于柯西的边界约束低秩表示方法（CBLRR），用于聚类单细胞RNA测序数据 | 引入柯西损失函数（CLF）和有界核范数正则化，以增强细胞类型识别的鲁棒性并确保单细胞数据条目值在限制区间内 | NA | 旨在解决单细胞RNA测序数据聚类中的技术噪声和数据丢失问题 | 单细胞RNA测序数据 | 生物信息学 | NA | 单细胞RNA测序（scRNA-seq） | 低秩表示方法 | 基因表达数据 | 15个单细胞RNA测序数据集 |
| 20597 | 2024-08-08 |
FitDevo: accurate inference of single-cell developmental potential using sample-specific gene weight
2022-09-20, Briefings in bioinformatics
IF:6.8Q1
DOI:10.1093/bib/bbac293
PMID:35870444
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research paper | 本文介绍了一种名为FitDevo的新方法，用于通过scRNA-seq数据推断细胞发育潜力 | FitDevo通过生成样本特定基因权重（SSGW）并计算其与基因表达的相关性来推断发育潜力，这种方法结合了样本特定信息和从训练数据集中学习的基因权重 | NA | 量化发育潜力，以确定发育阶段并识别单细胞研究中的关键分子特征 | 单细胞发育潜力 | natural language processing | NA | scRNA-seq | generalized linear model | scRNA-seq data | 训练数据集涵盖了17个已发表的数据集，测试数据集包括28个现有数据集 |
| 20598 | 2024-08-08 |
Benchmarking methods for detecting differential states between conditions from multi-subject single-cell RNA-seq data
2022-09-20, Briefings in bioinformatics
IF:6.8Q1
DOI:10.1093/bib/bbac286
PMID:35880426
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研究论文 | 本文比较了18种方法在多受试者单细胞RNA测序数据中检测条件间差异状态的能力 | 本文首次全面比较了多种方法在多受试者单细胞RNA测序数据中检测差异状态的表现，发现伪批量方法和混合模型表现最佳 | 尽管朴素模型在敏感性上高于伪批量方法和混合模型，但它们存在较高的假阳性率 | 研究如何从多受试者单细胞RNA测序数据中准确检测条件间的差异状态 | 多受试者单细胞RNA测序数据中的细胞类型特异性差异状态 | 生物信息学 | NA | 单细胞RNA测序 | 混合模型 | 单细胞RNA测序数据 | 多受试者 |
| 20599 | 2024-08-08 |
CST6 suppresses osteolytic bone disease in multiple myeloma by blocking osteoclast differentiation
2022-09-15, The Journal of clinical investigation
IF:13.3Q1
DOI:10.1172/JCI159527
PMID:35881476
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研究论文 | 研究通过结合PET-CT和基因表达谱分析，揭示了CST6在多发性骨髓瘤中抑制溶骨性骨病的作用机制 | 首次揭示了CST6在多发性骨髓瘤中通过抑制破骨细胞分化和功能来抑制溶骨性骨病的作用 | NA | 探究CST6在多发性骨髓瘤中抑制溶骨性骨病的分子机制 | 多发性骨髓瘤患者的骨髓CD138+细胞和破骨细胞分化 | 数字病理学 | 多发性骨髓瘤 | PET-CT, 基因表达谱分析, 单细胞RNA测序 | NA | 基因表达数据, 蛋白质水平数据 | 512名新诊断的多发性骨髓瘤患者 |
| 20600 | 2024-08-08 |
Delineating COVID-19 immunological features using single-cell RNA sequencing
2022-Sep-13, Innovation (Cambridge (Mass.))
DOI:10.1016/j.xinn.2022.100289
PMID:35879967
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综述 | 本文综述了单细胞RNA测序在揭示COVID-19患者不同严重程度下的免疫特征中的应用和发现 | 利用单细胞RNA测序技术详细描绘了COVID-19患者的细胞异质性和免疫反应特征 | 讨论了当前研究中的局限性，并展望了未来的发展方向 | 理解COVID-19的发病机制和免疫反应，为开发治疗方案提供依据 | COVID-19患者的免疫特征和细胞异质性 | 数字病理学 | COVID-19 | 单细胞RNA测序 | NA | RNA序列数据 | 超过80项原始COVID-19单细胞RNA测序研究和许多二次分析研究 |