单细胞与空转测序相关文章

序号	推送日期	文章	类型	简述	创新点	不足	研究目的	研究对象	领域	病种	技术	模型	数据类型	样本量
2041	2025-05-04	Selective changes in vasopressin neurons and astrocytes in the suprachiasmatic nucleus of Prader-Willi syndrome subjects 2025-May, Journal of neuroendocrinology IF:3.3Q2 DOI:10.1111/jne.70015 PMID:40055943	research paper	该研究探讨了Prader-Willi综合征(PWS)患者下丘脑视交叉上核(SCN)中精氨酸加压素(AVP)神经元和星形胶质细胞的选择性变化	首次揭示了PWS患者SCN中AVP神经元数量增加和星形胶质细胞减少的特定变化	研究样本来自尸检组织，可能存在死后变化影响结果	探究PWS患者昼夜节律紊乱的神经生物学基础	PWS患者和匹配对照的下丘脑视交叉上核组织	神经生物学	Prader-Willi综合征	单细胞RNA测序、免疫组织化学	NA	基因表达数据、组织图像数据	PWS患者和对照的尸检下丘脑组织样本(具体数量未明确说明)
2042	2025-05-04	Mitochondrial fatty acid oxidation regulates adult muscle stem cell function through modulating metabolic flux and protein acetylation 2025-May, The EMBO journal DOI:10.1038/s44318-025-00397-1 PMID:40065099	研究论文	本文揭示了线粒体脂肪酸氧化（FAO）在卫星细胞完整性和功能中的作用	发现脂肪酸氧化通过调节代谢流和蛋白质乙酰化控制卫星细胞功能	未探讨其他能量来源对卫星细胞代谢的影响	研究卫星细胞代谢调控机制	成年肌肉干细胞（卫星细胞）	细胞生物学	肌肉疾病	单细胞RNA测序	NA	基因表达数据	未明确说明样本数量
2043	2025-05-04	Systemic inflammation impairs myelopoiesis and interferon type I responses in humans 2025-May, Nature immunology IF:27.7Q1 DOI:10.1038/s41590-025-02136-4 PMID:40251340	研究论文	该研究通过LPS诱导的系统性炎症模型，揭示了急性高炎症期和晚期免疫抑制期的机制，并提出了IFNβ作为潜在治疗选项	发现了一种炎症性单核细胞样亚群infMono，并揭示了IFNβ在恢复I型干扰素反应和促炎细胞因子产生中的作用	研究主要基于LPS诱导的模型，虽然在细菌性败血症和COVID-19患者中也有所发现，但需要更多临床验证	探究系统性炎症条件下急性高炎症期和晚期免疫抑制期的分子机制	人类系统性炎症模型及患者队列（细菌性败血症和COVID-19患者）	免疫学	细菌性败血症, 冠状病毒病	单细胞RNA测序	LPS诱导的系统性炎症模型	RNA测序数据	未明确提及具体样本数量
2044	2025-05-04	Unveiling the immune microenvironment of complex tissues and tumors in transcriptomics through a deconvolution approach 2025-May-01, BMC cancer IF:3.4Q2 DOI:10.1186/s12885-025-14089-w PMID:40307726	研究论文	开发了一个名为DOCexpress_fastqc的docker化工具包和mySORT网络应用，用于从转录组数据中解析肿瘤浸润白细胞的组成	提出了一个简化的两步工作流程，整合了hisat2-stringtie管道和定制脚本，并通过mySORT应用使用反卷积算法解析21种免疫细胞亚类	虽然验证了合成伪批量数据，但可能仍需进一步在真实临床数据中验证	提高从转录组数据中解析肿瘤浸润白细胞组成的准确性，以推进癌症免疫治疗策略	肿瘤浸润白细胞的组成	生物信息学	黑色素瘤,头颈癌	RNA-seq, scRNA-seq	反卷积算法	转录组数据	使用来自黑色素瘤和头颈癌患者的scRNA-seq数据集生成的合成伪批量数据进行验证
2045	2025-05-04	CXCL12+ fibroblastic reticular cells in lymph nodes facilitate immune tolerance by regulating T cell-mediated alloimmunity 2025-May-01, The Journal of clinical investigation IF:13.3Q1 DOI:10.1172/JCI182709 PMID:40309773	research paper	研究探讨了淋巴结中CXCL12高表达的纤维网状细胞（FRCs）在通过调节T细胞介导的同种免疫反应促进免疫耐受中的作用	首次揭示了CXCL12hi FRCs在淋巴结微环境中通过表达免疫调节基因促进心脏移植耐受的新机制	研究主要基于小鼠模型，人类淋巴结数据有限，需要进一步验证	探究特定FRC亚群在控制同种免疫反应中的作用及其机制	小鼠和人类淋巴结中的CXCL12hi FRCs	免疫学	器官移植	scRNA-Seq	NA	基因表达数据	小鼠和人类淋巴结样本
2046	2025-05-04	Transcriptome associated with single-cell analysis reveal the role of S-palmitoylation in coronary artery disease 2025-Apr-30, Scientific reports IF:3.8Q1 DOI:10.1038/s41598-025-99648-8 PMID:40307438	研究论文	本研究通过生物信息学方法探讨了S-棕榈酰化在冠状动脉疾病中的作用，并鉴定了关键的棕榈酰化相关基因	首次通过单细胞测序和生物信息学分析揭示了S-棕榈酰化在冠状动脉疾病中的关键作用，并确定了三个核心基因CXCL12、KRTAP4-7和PPP2R2B	研究主要基于生物信息学分析，需要进一步的实验验证	阐明S-棕榈酰化在冠状动脉疾病中的作用机制	冠状动脉疾病相关基因和细胞	生物信息学	心血管疾病	单细胞测序、WGCNA、PPI网络分析、CIBERSORT免疫浸润分析	机器学习算法	基因表达数据	GSE113079和GSE121893数据集
2047	2025-05-04	Single-cell sequencing unveils the transcriptomic landscape of castration-resistant prostate cancer-associated fibroblasts and their association with prognosis and immunotherapy response 2025-Apr-30, BMC cancer IF:3.4Q2 DOI:10.1186/s12885-025-14212-x PMID:40307786	研究论文	通过单细胞测序揭示了去势抵抗性前列腺癌相关成纤维细胞的转录组学特征及其与预后和免疫治疗反应的关系	首次通过单细胞RNA测序揭示了CRPC-CAFs与PCa-CAFs的转录组差异，并发现TGF-β信号阻断可增强免疫治疗效果	研究样本量未明确说明，且体外模型可能无法完全模拟人体内复杂环境	探究去势抵抗性前列腺癌相关成纤维细胞的分子特征及其在肿瘤微环境中的作用	去势抵抗性前列腺癌相关成纤维细胞(CRPC-CAFs)	数字病理学	前列腺癌	scRNA-seq, bulk RNA-seq	皮下PCa模型	RNA测序数据	NA
2048	2025-05-04	Multiple-omics analysis of aggrephagy-related cellular patterns and development of an aggrephagy-related signature for hepatocellular carcinoma 2025-Apr-30, World journal of surgical oncology IF:2.5Q1 DOI:10.1186/s12957-025-03816-z PMID:40307857	研究论文	通过多组学分析聚集自噬相关细胞模式并开发肝细胞癌的聚集自噬相关特征	首次系统地分析了聚集自噬相关基因（AGGRGs）在肝细胞癌（HCC）中的调控机制和临床意义，并构建了风险预测模型	研究主要基于公开数据库的数据，可能受到数据质量和样本量的限制	探索聚集自噬在肝细胞癌中的调控机制及其临床意义	肝细胞癌（HCC）患者及其肿瘤微环境中的细胞	癌症研究	肝细胞癌	RNA-seq, scRNA-seq, 组织微阵列	LASSO回归, 单细胞转录组分析	RNA测序数据, 单细胞转录组数据, 组织微阵列数据	TCGA和GEO数据库中的HCC患者数据
2049	2025-05-04	Universal fibroblasts across tissues can differentiate into niche cells for hematopoietic stem cells 2025-Apr-30, Cell reports IF:7.5Q1 DOI:10.1016/j.celrep.2025.115620 PMID:40315055	研究论文	本文证明了存在于所有组织中的通用成纤维细胞可以分化为造血干细胞（HSC）的特定生态位细胞	首次提供了直接证据，证明通用成纤维细胞可以在远距离位置分化为特定组织成纤维细胞，如CAR/LepR细胞	未明确说明通用成纤维细胞分化为特定生态位细胞的具体分子机制	研究通用成纤维细胞分化为造血干细胞生态位细胞的潜能	CD248通用成纤维细胞（来自肺、结肠和肌肉）和造血干细胞生态位细胞（CAR/LepR细胞）	细胞生物学	NA	单细胞RNA测序	NA	基因表达数据	NA
2050	2025-05-04	A tumour necrosis factor-α responsive cryptic promoter drives overexpression of the human endogenous retrovirus ERVK-7 2025-Apr-30, The Journal of biological chemistry IF:4.0Q2 DOI:10.1016/j.jbc.2025.108568 PMID:40316021	研究论文	本文揭示了人类内源性逆转录病毒ERVK-7在肺腺癌中的过表达机制及其调控方式	发现了ERVK-7的两个新转录本ERVK-7.long和ERVK-7.short，并阐明了它们在肺腺癌中的细胞类型特异性起源和炎症信号调控机制	研究主要关注肺腺癌，未广泛验证其他癌症类型中ERVK-7的调控机制	探究ERVK-7在肺腺癌中的过表达机制及其作为生物标志物和治疗靶点的潜力	人类内源性逆转录病毒ERVK-7及其在肺腺癌中的表达调控	分子生物学	肺腺癌	单细胞转录组测序、表观遗传图谱分析	NA	RNA测序数据、表观遗传数据	肺腺癌患者样本和小气道上皮细胞(SAECs)
2051	2025-05-04	Identification and validation of biomarkers in Alzheimer's disease based on machine learning algorithms and single-cell sequencing analysis 2025-Apr-23, Computational biology and chemistry IF:2.6Q2 DOI:10.1016/j.compbiolchem.2025.108475 PMID:40315768	研究论文	通过机器学习算法和单细胞测序分析，识别并验证了阿尔茨海默病的生物标志物	结合机器学习算法和单细胞测序技术，系统识别并验证了SCG3作为阿尔茨海默病早期诊断的生物标志物	样本量相对较小，且仅基于公开数据集和动物实验验证，未涉及大规模临床验证	识别和验证阿尔茨海默病的潜在诊断标志物	阿尔茨海默病患者和正常对照的基因表达数据	机器学习	阿尔茨海默病	单细胞RNA测序、免疫荧光检测	LASSO、SVM-RFE、Random forest	基因表达数据	295个样本（153例AD患者和142例正常对照）
2052	2025-05-04	High-resolution single-cell RNA-seq data and heterogeneity analysis of human ESCs and ffEPSCs 2025-Apr-22, Scientific data IF:5.8Q1 DOI:10.1038/s41597-025-05024-6 PMID:40263373	research paper	本研究通过单细胞RNA测序技术对人类无饲养层扩展多能干细胞(ffEPSCs)及其亲本人类胚胎干细胞(ESCs)进行了全面的转录组分析，为理解人类早期发育和多能性的细胞异质性提供了新见解	利用Smart-seq2单细胞RNA测序技术比较了ESCs和ffEPSCs的基因表达谱，发现了两种细胞群中的不同亚群，并通过伪时间分析揭示了从ESCs向ffEPSCs转变的关键分子通路	NA	深入理解人类早期多能性和扩展多能状态的分子机制	人类无饲养层扩展多能干细胞(ffEPSCs)和人类胚胎干细胞(ESCs)	stem cell biology	NA	Smart-seq2-based single-cell RNA sequencing (scRNA-seq), pseudotime analysis, repeat sequence analysis	NA	single-cell RNA-seq data	NA
2053	2025-05-04	Single-cell Rapid Capture Hybridization sequencing reliably detects isoform usage and coding mutations in targeted genes 2025-Apr-14, Genome research IF:6.2Q1 DOI:10.1101/gr.279322.124 PMID:39794120	research paper	开发了一种名为scRaCH-seq的单细胞快速捕获杂交测序方法，用于高特异性和高效地捕获目标转录本，以深入分析感兴趣基因的突变状态和转录本使用情况	scRaCH-seq方法结合了长读长测序技术，能够高效捕获目标转录本，并可与现有的短读长RNA-seq数据集结合分析	尽管能够高效捕获目标转录本，但该方法在抗癌药物venetoclax敏感性方面未显示出影响	开发一种高效的单细胞测序方法，用于分析目标基因的突变状态和转录本使用情况	慢性淋巴细胞白血病（CLL）患者的样本	单细胞基因组学	慢性淋巴细胞白血病	scRaCH-seq, 长读长测序, Oxford Nanopore Technologies	NA	RNA-seq数据	慢性淋巴细胞白血病（CLL）患者的样本
2054	2025-05-04	Long-read single-cell RNA sequencing enables the study of cancer subclone-specific genotypes and phenotypes in chronic lymphocytic leukemia 2025-Apr-14, Genome research IF:6.2Q1 DOI:10.1101/gr.279049.124 PMID:39965935	研究论文	本研究利用长读长单细胞RNA测序技术（MAS-seq）研究慢性淋巴细胞白血病（CLL）中癌症亚克隆的基因型和表型	使用长读长单细胞RNA测序技术（MAS-seq）显著提高转录本覆盖范围，并扩展了将细胞与癌症亚克隆联系起来的信息突变集	研究样本量较小，仅涉及六名CLL患者	研究携带特定突变的癌症亚克隆，并确定这些亚克隆是否表现出独特的转录组行为	慢性淋巴细胞白血病（CLL）患者中的癌症亚克隆	数字病理学	慢性淋巴细胞白血病	长读长单细胞RNA测序（MAS-seq），单细胞RNA测序（scRNA-seq）	scBayes	RNA测序数据	六名CLL患者
2055	2025-05-04	Integrating short-read and long-read single-cell RNA sequencing for comprehensive transcriptome profiling in mouse retina 2025-Apr-14, Genome research IF:6.2Q1 DOI:10.1101/gr.279167.124 PMID:40050124	研究论文	本研究通过整合短读长和长读长单细胞RNA测序技术，全面分析了小鼠视网膜细胞的转录组	首次系统比较了单细胞长读长和传统短读长RNA测序技术，发现了大量未表征的转录本异构体	研究仅限于小鼠视网膜细胞，未涉及其他组织或人类样本	建立高效的转录本异构体表征方法，研究视网膜生物学中的可变剪接机制	小鼠视网膜细胞	转录组学	NA	单细胞RNA测序（短读长Illumina和长读长ONT技术）	NA	RNA测序数据	约30,000个小鼠视网膜细胞，包含15.4亿条Illumina短读长和14亿条ONT长读长数据
2056	2025-05-04	Accurate fusion transcript identification from long- and short-read isoform sequencing at bulk or single-cell resolution 2025-Apr-14, Genome research IF:6.2Q1 DOI:10.1101/gr.279200.124 PMID:40086881	研究论文	开发了一种新的计算工具CTAT-LR-Fusion，用于从长读RNA测序中检测融合转录本，适用于批量或单细胞转录组	CTAT-LR-Fusion工具能够从长读RNA测序中高精度检测融合转录本，且支持批量或单细胞样本	未明确提及具体限制，但可能依赖于长读测序技术的可用性和数据质量	提高融合转录本检测的准确性，以支持癌症临床诊断、预后和治疗开发	批量或单细胞转录组数据，包括九种肿瘤细胞系和来自黑色素瘤及三种转移性高级别浆液性卵巢癌样本的肿瘤单细胞	生物信息学	癌症（包括黑色素瘤和卵巢癌）	长读RNA测序（可能包括ONT或PacBio）和短读RNA测序（Illumina）	CTAT-LR-Fusion（专有计算工具）	RNA测序数据	九种肿瘤细胞系的批量转录组数据，以及来自黑色素瘤和三种转移性高级别浆液性卵巢癌样本的单细胞数据
2057	2025-05-04	Single-cell transcriptome analysis revealing mechanotransduction via the Hippo/YAP pathway in promoting fibroblast-to-myofibroblast transition and idiopathic pulmonary fibrosis development 2025-Apr-05, Gene IF:2.6Q2 DOI:10.1016/j.gene.2025.149271 PMID:39855369	研究论文	通过单细胞转录组分析揭示机械转导通过Hippo/YAP途径促进成纤维细胞向肌成纤维细胞转变及特发性肺纤维化发展的分子机制	揭示了机械转导通过Hippo/YAP途径在肌成纤维细胞转化和特发性肺纤维化发展中的关键作用	研究主要基于体外细胞实验，未涉及动物模型验证	探索特发性肺纤维化发展的潜在分子机制	特发性肺纤维化患者的肺组织样本和健康个体的样本	数字病理	特发性肺纤维化	单细胞转录组测序、GO和KEGG富集分析、免疫荧光定位	NA	转录组数据、单细胞测序数据	IPF患者和健康个体的肺组织样本
2058	2025-05-04	Comparison of Lean, Obese, and Weight-Loss Models Reveals TREM2 Deficiency Attenuates Breast Cancer Growth Uniquely in Lean Mice and Alters Clonal T-cell Populations 2025-Apr-03, Cancer research IF:12.5Q1 DOI:10.1158/0008-5472.CAN-24-3511 PMID:39841585	research paper	本研究探讨了肥胖、瘦身和体重减轻模型下TREM2缺陷对绝经后乳腺癌生长的影响，并揭示了TREM2缺陷在瘦小鼠中独特地抑制肿瘤生长的机制	揭示了TREM2缺陷在瘦小鼠中独特抑制肿瘤生长的机制，并发现体重历史影响TREM2抑制和抗PD-1治疗的疗效	研究局限于小鼠模型，尚未在人类中进行验证	探讨肥胖与乳腺癌关联的机制及体重减轻的潜在益处	瘦、肥胖和体重减轻的小鼠模型	肿瘤免疫学	乳腺癌	单细胞RNA测序、可变-多样-连接测序（VDJ测序）	小鼠模型	RNA测序数据、免疫细胞数据	多种饮食-基因型组合的小鼠样本
2059	2025-05-04	Hypoxia Promotes Malignant Progression of Colorectal Cancer by Inducing POSTN+ Cancer-Associated Fibroblast Formation 2025-Apr, Molecular carcinogenesis IF:3.0Q2 DOI:10.1002/mc.23882 PMID:39835715	research paper	该研究探讨了缺氧如何通过诱导POSTN+癌症相关成纤维细胞（CAF）的形成促进结直肠癌（CRC）的恶性进展	识别了与缺氧密切相关的POSTN+Fib CAF亚群，并开发了POSTNFib缺氧相关风险模型（PFHRM）用于预测CRC患者的生存和免疫治疗反应	研究主要基于生物信息学分析和体外实验，缺乏体内实验验证	探索缺氧对结直肠癌免疫微环境的调控机制	结直肠癌患者和癌症相关成纤维细胞	digital pathology	colorectal cancer	bulk RNA sequencing, scRNA-seq, bioinformatics analysis	machine learning correlation model	RNA sequencing data, clinicopathological information	来自TCGA和GEO数据库的CRC患者数据
2060	2025-05-04	Spatial transcriptomics and single-cell RNA-sequencing revealed dendritic cell-mediated inflammation in keratoconus 2025-Apr, The ocular surface DOI:10.1016/j.jtos.2025.01.008 PMID:39837422	研究论文	本研究利用空间转录组学和单细胞RNA测序技术揭示了树突状细胞介导的炎症在圆锥角膜中的作用	首次结合空间转录组学和单细胞RNA测序技术揭示了圆锥角膜中复杂的区域性炎症变化及树突状细胞与基质细胞的相互作用机制	研究主要关注炎症机制，可能未全面覆盖圆锥角膜的其他病理因素	探究圆锥角膜的分子和细胞变化机制，特别是炎症反应的作用	圆锥角膜患者的角膜组织	数字病理学	圆锥角膜	空间转录组学, 单细胞RNA测序(scRNA-seq)	NA	转录组数据	未明确说明样本数量