单细胞与空转测序相关文章

序号	推送日期	文章	类型	简述	创新点	不足	研究目的	研究对象	领域	病种	技术	模型	数据类型	样本量
2041	2025-03-23	Knowledge of the genetics of human pain gained over the last decade from next-generation sequencing 2025-Apr, Pharmacological research IF:9.1Q1 DOI:10.1016/j.phrs.2025.107667 PMID:39988004	综述	本文综述了过去十年中利用下一代测序（NGS）技术在人类疼痛遗传学领域取得的进展	NGS技术揭示了疼痛相关基因的突变谱、关键剪接事件和单细胞转录组学，开发了基于NGS的疼痛分类器，并发现了与骨关节炎和类风湿性关节炎疼痛相关的新基因	NGS在疼痛研究中面临复杂数据分析和罕见遗传变异功能未知的挑战	探讨NGS技术在疼痛遗传学研究中的应用及其对个性化疼痛管理的潜力	人类疼痛相关基因和遗传变异	基因组学	疼痛相关疾病	下一代测序（NGS）	NA	基因组数据	NA
2042	2025-03-23	Insights into the single-cell transcriptome characteristics of porcine endometrium with embryo loss 2025-Mar-31, FASEB journal : official publication of the Federation of American Societies for Experimental Biology IF:4.4Q2 DOI:10.1096/fj.202402212RR PMID:40105155	研究论文	本研究通过构建猪子宫内膜在胚胎丢失和成功妊娠期间的单细胞转录组图谱，揭示了胚胎丢失子宫内膜组织的分子特征	首次构建了猪胚胎丢失和成功妊娠期间子宫内膜的单细胞转录组图谱，并识别了22种细胞亚群，揭示了胚胎丢失和成功妊娠子宫内膜在细胞类型组成、功能差异及基因表达水平上的显著差异	研究仅关注了猪的子宫内膜，未涉及其他物种或更广泛的生殖障碍机制	研究胚胎丢失和成功妊娠期间猪子宫内膜的分子特征，以揭示生殖障碍的子宫内膜微环境	猪的子宫内膜组织	单细胞转录组学	生殖障碍	单细胞转录组测序	NA	单细胞转录组数据	胚胎丢失和成功妊娠的猪子宫内膜组织样本
2043	2025-03-23	Diversity and heterogeneity in human pancreaticobiliary maljunction revealed by single-cell RNA sequencing 2025-Mar-21, Pediatric surgery international IF:1.5Q3 DOI:10.1007/s00383-025-05997-w PMID:40116982	研究论文	本文通过单细胞RNA测序技术揭示了人类胰胆管连接不良（PBM）中的细胞多样性和微环境差异	首次在单细胞水平上揭示了PBM的细胞组成和功能状态，特别是成纤维细胞在PBM中的核心作用	样本量较小，仅包括6名患者	阐明PBM的病因和发病机制	胰胆管连接不良（PBM）患者和非PBM患者的胆管组织	数字病理学	胰胆管连接不良	单细胞RNA测序	NA	RNA测序数据	6名患者（3名PBM患者和3名非PBM患者）
2044	2025-03-23	A Visible-Light Photocatalysis/Hydrolysis Hydrogen-Generating Nanoplatform for Dynamic Inflammation Management via Immune Metabolism Orchestration during Wound Repair 2025-Mar-21, ACS applied materials & interfaces IF:8.3Q1 DOI:10.1021/acsami.5c00667 PMID:40117501	研究论文	本研究介绍了一种可见光光催化/水解产氢纳米平台ISO-ZIF-8@AB，用于动态炎症管理，通过免疫代谢调控促进伤口修复	该研究首次实现了按需可控的氢释放，结合了可见光光催化和水解反应，并揭示了氢治疗的免疫代谢调控机制	研究未详细探讨氢释放的长期效果及其在不同类型伤口中的适用性	开发一种可控氢释放的纳米平台，用于动态炎症管理和伤口修复	炎症管理和伤口修复	纳米技术	慢性伤口	可见光光催化、水解反应、bulk-RNA测序、单细胞RNA测序	NA	RNA测序数据	未明确提及具体样本数量
2045	2025-03-23	Single-cell RNA sequencing of the holothurian regenerating intestine reveals the pluripotency of the coelomic epithelium 2025-Mar-20, eLife IF:6.4Q1 DOI:10.7554/eLife.100796 PMID:40111904	研究论文	本文通过单细胞RNA测序和杂交链反应荧光原位杂交分析，研究了海参再生肠道的细胞组成，揭示了再生原基的细胞多能性	首次使用scRNA-seq和HCR-FISH技术对海参再生肠道的细胞群体进行详细分析，识别出13个不同的细胞群，并发现再生原基的体腔上皮具有多能性	研究局限于海参的再生过程，未涉及其他物种或更广泛的再生机制	研究海参再生肠道的细胞组成及其分子特征	海参再生肠道的细胞群体	生物信息学	NA	单细胞RNA测序（scRNA-seq），杂交链反应荧光原位杂交（HCR-FISH）	NA	RNA测序数据	NA
2046	2025-03-23	Single-cell sequencing reveals tumor microenvironment features associated with the response to neoadjuvant immunochemotherapy in oral squamous cell carcinoma 2025-Mar-19, Cancer immunology, immunotherapy : CII DOI:10.1007/s00262-025-04014-2 PMID:40105941	研究论文	本研究通过单细胞RNA测序分析了新辅助化疗免疫治疗（NACI）对口腔鳞状细胞癌（OSCC）肿瘤微环境的影响，旨在优化治疗策略	首次通过单细胞RNA测序揭示了OSCC肿瘤微环境中与新辅助化疗免疫治疗反应相关的特征，并识别了与患者生存率相关的肿瘤细胞亚群	样本量较小，仅包括四名患者，可能影响结果的普遍性	分析NACI对OSCC肿瘤微环境的影响，以优化治疗策略	口腔鳞状细胞癌（OSCC）患者	数字病理学	口腔鳞状细胞癌	单细胞RNA测序	NA	RNA测序数据	四名OSCC患者的活检、原发肿瘤、匹配的转移淋巴结和正常淋巴结样本
2047	2025-03-23	Bioinformatic analysis of serpina1 expression in papillary thyroid carcinoma and its potential association with Hashimoto's thyroiditis 2025-Mar-19, Discover oncology IF:2.8Q2 DOI:10.1007/s12672-025-02079-0 PMID:40106166	研究论文	本文通过生物信息学分析探讨了SERPINA1在甲状腺乳头状癌（PTC）中的表达及其与桥本甲状腺炎（HT）的潜在关联	首次结合单细胞转录组数据和细胞间相互作用分析，揭示了SERPINA1在PTC和HT中的复杂作用机制	研究结果需要进一步实验验证，且样本来源局限于TCGA和GEO数据库	探讨SERPINA1基因在PTC中的作用及其与HT的关系	甲状腺乳头状癌（PTC）患者和桥本甲状腺炎（HT）患者	生物信息学	甲状腺癌	转录组数据分析、单细胞转录组分析、CIBERSORT工具、GSVA分析、CellChat分析	NA	转录组数据、单细胞转录组数据	来自TCGA和GEO数据库的PTC患者数据
2048	2025-03-23	CHI3L1: a key driver in gastritis-to-cancer transformation 2025-Mar-19, Journal of translational medicine IF:6.1Q1 DOI:10.1186/s12967-025-06352-2 PMID:40108688	研究论文	本研究通过机器学习方法识别了胃炎向胃癌转变过程中的关键驱动基因，特别是CHI3L1，并验证了其在胃癌前病变中的上调及其通过CD44-β-catenin通路促进恶性转化的机制	首次将CHI3L1确定为胃炎向胃癌转变的核心驱动基因，并揭示了其通过CD44-β-catenin通路促进恶性转化的具体机制	研究主要基于数据集和模型分析，虽然进行了体外和类器官验证，但临床样本的验证仍需进一步扩展	阐明胃癌发生的致病机制并识别早期诊断生物标志物，以降低胃癌的发病率	胃炎向胃癌转变过程中的关键基因及其作用机制	机器学习	胃癌	单细胞RNA测序、多重免疫组化	机器学习模型	基因表达数据、组织微阵列数据	数据集中的胃癌和胃炎样本，以及体外和类器官模型
2049	2025-03-23	Screening and analysis of programmed cell death related genes and targeted drugs in sepsis 2025-Mar-19, Hereditas IF:2.1Q3 DOI:10.1186/s41065-025-00403-w PMID:40108736	研究论文	本研究利用生物信息学技术识别与程序性细胞死亡相关的诊断基因，并探索脓毒症治疗的潜在药物	通过WGCNA、LASSO、RF等方法识别关键基因，构建TF-miRNA-枢纽基因网络，并预测潜在治疗药物	研究依赖于生物信息学分析，需要进一步实验验证	识别与脓毒症相关的程序性细胞死亡基因，并探索潜在治疗药物	脓毒症患者的基因表达谱	生物信息学	脓毒症	WGCNA, LASSO, RF, 单细胞RNA测序, CIBERSORT, DGIdb, 孟德尔随机化	NA	基因表达数据	NA
2050	2025-03-23	Single-cell transcriptomic analysis reveals CD8 + T cell heterogeneity and identifies a prognostic signature in cervical cancer 2025-Mar-18, BMC cancer IF:3.4Q2 DOI:10.1186/s12885-025-13901-x PMID:40102789	研究论文	本研究通过单细胞转录组分析揭示了宫颈癌中CD8+ T细胞的异质性，并构建了一个基于CD8+ T细胞转录组特征的预后风险模型	首次在宫颈癌微环境中系统性地描述了CD8+ T细胞的异质性、发育轨迹、调控网络和细胞间通讯，并构建了一个包含八个核心基因的预后风险模型	研究主要基于转录组数据，缺乏蛋白质水平和功能实验的全面验证	研究宫颈癌微环境中CD8+ T细胞的异质性及其功能，并构建预后风险模型	宫颈癌微环境中的CD8+ T细胞	数字病理学	宫颈癌	单细胞RNA测序	机器学习	RNA测序数据	来自TCGA和GEO数据库的宫颈癌肿瘤样本
2051	2025-03-23	Increased melanin induces aberrant keratinocyte - melanocyte - basal - fibroblast cell communication and fibrogenesis by inducing iron overload and ferroptosis resistance in keloids 2025-Mar-18, Cell communication and signaling : CCS IF:8.2Q1 DOI:10.1186/s12964-025-02116-z PMID:40102920	研究论文	本研究探讨了黑色素在促进瘢痕疙瘩成纤维细胞纤维化中的作用及其机制，并评估了干预黑色素治疗瘢痕疙瘩的潜在治疗效果	首次揭示了黑色素通过诱导铁过载和抗铁死亡来促进瘢痕疙瘩成纤维细胞纤维化的机制，并提出了降低黑色素作为瘢痕疙瘩治疗新靶点的可能性	研究主要基于体外实验和小鼠模型，尚未在人类临床试验中验证其治疗效果	研究黑色素在瘢痕疙瘩成纤维细胞纤维化中的作用及其机制，并探索其作为治疗靶点的潜力	瘢痕疙瘩患者的皮肤组织和细胞	皮肤病学	瘢痕疙瘩	单细胞RNA测序（scRNA-seq）、Masson-Fontana染色、铁定量检测、细胞活力检测、脂质ROS检测、丙二醛检测	NA	RNA测序数据、染色数据、细胞实验数据	瘢痕疙瘩患者的皮肤组织和细胞，以及瘢痕疙瘩裸鼠模型
2052	2025-03-23	Single-cell RNA sequencing and spatial transcriptomics reveal the heterogeneity and intercellular communication of cancer-associated fibroblasts in gastric cancer 2025-Mar-18, Journal of translational medicine IF:6.1Q1 DOI:10.1186/s12967-025-06376-8 PMID:40102930	研究论文	本研究通过单细胞RNA测序和空间转录组学技术，揭示了胃癌中癌症相关成纤维细胞（CAFs）的异质性及其与恶性上皮细胞间的细胞间通讯	首次在胃癌中全面表征了CAF的异质性，并揭示了CAF亚群与恶性细胞之间的复杂细胞间网络	样本量相对较小（24个胃癌样本），可能限制了结果的普遍性	研究胃癌中癌症相关成纤维细胞（CAFs）的异质性及其在肿瘤微环境中的作用	胃癌样本中的癌症相关成纤维细胞（CAFs）和恶性上皮细胞（ECs）	数字病理学	胃癌	单细胞RNA测序，空间转录组学，多色免疫组化	NA	单细胞测序数据，空间转录组数据	24个胃癌样本
2053	2025-03-23	Transcriptomic and metabolic profiling reveals the effects of long-term microwave exposure on testicular tissue 2025-Mar-15, Ecotoxicology and environmental safety IF:6.2Q1 DOI:10.1016/j.ecoenv.2025.118040 PMID:40086029	研究论文	本研究通过转录组和代谢组分析，揭示了长期微波暴露对睾丸组织的损害及其对精子活力、形态、激素水平和能量代谢的影响	首次结合bulk RNA测序、代谢组学、单细胞RNA测序和转座酶可及染色质测序技术，全面解析微波辐射对睾丸损伤的转录和代谢图谱	研究仅基于大鼠模型，未涉及人类样本，且微波暴露剂量和时长可能不具普遍代表性	探讨长期微波暴露对男性生殖系统的影响	大鼠睾丸组织	生物医学	男性生殖系统疾病	bulk RNA测序, 代谢组学, 单细胞RNA测序, 转座酶可及染色质测序	NA	RNA序列数据, 代谢物数据	大鼠暴露于30 mW/cm²微波辐射（2.856 GHz）六周
2054	2025-03-23	DNTT-mediated DNA damage response drives inotuzumab ozogamicin resistance in B-cell acute lymphoblastic leukemia 2025-Mar-13, Blood IF:21.0Q1 DOI:10.1182/blood.2024026085 PMID:39791601	研究论文	本文探讨了DNTT介导的DNA损伤反应如何驱动B细胞急性淋巴细胞白血病（B-ALL）对inotuzumab ozogamicin（InO）的耐药性	通过全基因组CRISPR筛选发现DNTT的缺失是InO耐药性的主要驱动因素，并揭示了DNTT在白血病细胞中对InO诱导的DNA损伤反应、细胞周期阻滞和线粒体凋亡启动的关键作用	研究主要基于体外实验和患者来源的异种移植模型，尚未在更大规模的患者群体中进行验证	研究B-ALL患者对InO治疗反应的遗传基础，特别是DNTT在耐药性中的作用	B细胞急性淋巴细胞白血病（B-ALL）患者及其白血病细胞	癌症研究	白血病	全基因组CRISPR筛选、单细胞RNA测序	患者来源的异种移植模型	基因表达数据	参与儿童肿瘤学组试验AALL1621的B-ALL患者及其白血病细胞
2055	2025-03-23	Embracing the heterogeneity of neural stem cells in the subventricular zone 2025-Mar-12, Stem cell reports IF:5.9Q2 DOI:10.1016/j.stemcr.2025.102452 PMID:40118056	研究论文	本文通过整合六个已发表的单细胞RNA测序数据集，探讨了不同方法在识别小鼠脑室下区神经干细胞（NSCs）时的选择性差异	首次比较了不同NSC标记物在识别特定NSC状态时的选择性，并提供了一个优化NSC状态富集方法的框架	研究仅基于小鼠模型，未涉及人类数据，且未验证所有可能的NSC标记物	探讨不同方法在识别脑室下区神经干细胞时的选择性差异，并优化NSC状态富集方法	小鼠脑室下区的神经干细胞	神经科学	NA	单细胞RNA测序	NA	单细胞RNA测序数据	六个已发表的小鼠脑室下区单细胞RNA测序数据集
2056	2025-03-23	SAMD4A inhibits abdominal aortic aneurysm development and VSMC phenotypic transformation through targeting KDM2B 2025-Mar-11, Journal of advanced research IF:11.4Q1 DOI:10.1016/j.jare.2025.03.018 PMID:40081568	研究论文	本文研究了RNA结合蛋白SAMD4A在抑制血管平滑肌细胞（VSMC）表型转化和腹主动脉瘤（AAA）形成中的作用	首次揭示了SAMD4A通过靶向KDM2B抑制AAA发展和VSMC表型转化的机制	研究主要基于小鼠模型，尚未在人体中进行验证	确定SAMD4A是否抑制VSMC表型转化并抑制AAA形成	血管平滑肌细胞（VSMC）和腹主动脉瘤（AAA）	分子生物学	心血管疾病	单细胞RNA测序（scRNA-seq）、RNA免疫沉淀（RIP）测序、染色质免疫沉淀（ChIP）-qPCR	小鼠AAA模型	RNA测序数据	小鼠模型
2057	2025-03-23	Spatiotemporal transcriptome atlas of developing mouse lung 2025-Mar-10, Science bulletin IF:18.8Q1 DOI:10.1016/j.scib.2025.03.012 PMID:40118721	研究论文	本文通过高通量空间转录组学技术，构建了小鼠肺发育的时空转录组图谱，涵盖了从E12.5到P0的关键发育事件	首次报道了小鼠肺发育的全面时空转录组图谱，整合了单细胞RNA测序数据，识别了10个对功能性肺组织至关重要的空间域	研究局限于小鼠模型，未直接涉及人类肺发育	研究小鼠肺发育过程中的空间和时间转录组变化	小鼠肺发育过程中的细胞类型及其状态	生物信息学	NA	高通量空间转录组学，单细胞RNA测序	NA	转录组数据	从小鼠E12.5到P0的肺组织样本
2058	2025-03-23	Disturbed Flow Induces Reprogramming of Endothelial Cells to Immune-like and Foam Cells under Hypercholesterolemia during Atherogenesis 2025-Mar-07, Research square DOI:10.21203/rs.3.rs-4397799/v1 PMID:40092444	研究论文	本研究探讨了在动脉粥样硬化形成过程中，紊乱血流（d-flow）和高胆固醇血症如何共同诱导内皮细胞重编程为免疫样细胞和泡沫细胞	首次验证了紊乱血流和高胆固醇血症共同作用下的内皮细胞重编程假说，并发现了内皮细胞向免疫样细胞（EndIT）和泡沫细胞（EndFT）的转变	研究主要基于小鼠模型，尚未在人类中完全验证	研究紊乱血流和高胆固醇血症在动脉粥样硬化形成中的作用机制	小鼠内皮细胞	生物医学	心血管疾病	单细胞RNA测序（scRNA-seq），免疫组织化学染色	小鼠模型	单细胞RNA测序数据，免疫组织化学数据	95只小鼠，98,553个单细胞
2059	2025-03-23	ENACT: End-to-End Analysis of Visium High Definition (HD) Data 2025-Mar-04, Bioinformatics (Oxford, England) DOI:10.1093/bioinformatics/btaf094 PMID:40053700	研究论文	本文介绍了一种名为ENACT的端到端分析管道，用于处理Visium高清晰度（HD）数据，以提高空间转录组学研究的细胞分辨率	ENACT管道整合了先进的细胞分割技术与Visium HD转录组学数据，引入了新的bin-to-cell分配方法，提高了单细胞转录估计的准确性	尽管ENACT在合成和真实数据集上进行了验证，但其在更广泛的组织类型和条件下的适用性仍需进一步验证	开发一种能够准确映射转录本到细胞并根据转录数据分配细胞类型的工具，以支持高分辨率的空间转录组学研究	组织切片中的细胞	数字病理学	NA	Visium HD转录组学	NA	转录组数据	数十万细胞的样本
2060	2025-03-23	Scale-Up of Human Amniotic Epithelial Cells Through Regulation of Epithelial-Mesenchymal Plasticity Under Defined Conditions 2025-Mar, Advanced science (Weinheim, Baden-Wurttemberg, Germany) DOI:10.1002/advs.202408581 PMID:39804851	研究论文	本文通过单细胞RNA测序技术研究了不同孕周和传代次数的人羊膜上皮细胞的增殖机制，揭示了上皮-间质可塑性在细胞增殖中的作用，并优化了体外培养系统	首次通过单细胞RNA测序技术揭示了人羊膜上皮细胞增殖与上皮-间质可塑性的关系，并开发了一种新的体外培养系统，使细胞扩增50倍	研究主要基于体外实验，未涉及体内环境对细胞增殖的影响	研究人羊膜上皮细胞的增殖机制及其在疾病治疗中的应用潜力	人羊膜上皮细胞（hAECs）	细胞生物学	NA	单细胞RNA测序（scRNA-seq）	NA	RNA测序数据	不同孕周和传代次数的人羊膜上皮细胞