单细胞与空转测序相关文章

序号	推送日期	文章	类型	简述	创新点	不足	研究目的	研究对象	领域	病种	技术	模型	数据类型	样本量
20481	2024-08-08	Single-cell transcriptome of the mouse retinal pigment epithelium in response to a low-dose of doxorubicin 2022-07-20, Communications biology IF:5.2Q1 DOI:10.1038/s42003-022-03676-3 PMID:35859009	研究论文	研究分析了正常小鼠和低剂量多柔比星诱导的视网膜色素上皮细胞衰老小鼠的单细胞转录组	首次详细描述了正常视网膜色素上皮细胞和衰老视网膜色素上皮细胞的单细胞RNA图谱，并发现了与衰老相关的新的基因表达变化	NA	探讨视网膜色素上皮细胞在衰老过程中的单细胞转录组变化	小鼠视网膜色素上皮细胞	数字病理学	年龄相关性黄斑变性	单细胞RNA测序	NA	转录组数据	正常小鼠和低剂量多柔比星处理的小鼠
20482	2024-08-08	Single-cell multiomics analysis reveals regulatory programs in clear cell renal cell carcinoma 2022-Jul-19, Cell discovery IF:13.0Q1 DOI:10.1038/s41421-022-00415-0 PMID:35853872	研究论文	本文通过单细胞RNA测序（scRNA-seq）和单细胞转座酶可及染色质测序（scATAC-seq）技术，分析了透明细胞肾细胞癌（ccRCC）的转录和表观基因组图谱，揭示了肿瘤细胞特异性的调控程序及其潜在的治疗靶点。	本文首次综合应用单细胞多组学技术，揭示了ccRCC细胞异质性和细胞间通讯的详细机制，并识别了具有预后意义的转录因子。	NA	旨在深入理解透明细胞肾细胞癌的细胞结构和基因调控特征，并探索潜在的治疗策略。	透明细胞肾细胞癌（ccRCC）的微环境及其细胞和基因调控特征。	数字病理学	肾细胞癌	单细胞RNA测序（scRNA-seq），单细胞转座酶可及染色质测序（scATAC-seq）	NA	转录组，表观基因组	未具体说明样本数量
20483	2024-08-08	FAM69C, a kinase critical for synaptic function and memory, is defective in neurodegenerative dementia 2022-07-19, Cell reports IF:7.5Q1 DOI:10.1016/j.celrep.2022.111101 PMID:35858575	研究论文	本文报道了FAM69C激酶在神经退行性痴呆中的关键作用，并通过多种实验方法验证了其在记忆和突触功能中的保护作用。	首次揭示FAM69C激酶在神经退行性痴呆中的作用，并提出其作为治疗记忆丧失的潜在靶点。	NA	探讨FAM69C激酶在神经退行性痴呆中的分子机制及其作为治疗靶点的可能性。	FAM69C激酶及其在神经退行性痴呆中的作用。	NA	神经退行性痴呆	单细胞RNA测序、电生理学、形态学和行为学实验、磷酸蛋白质组学	NA	RNA、蛋白质	Fam69c敲除小鼠及阿尔茨海默病患者的死后脑组织样本
20484	2024-08-08	Monocytic myeloid-derived suppressive cells mitigate over-adipogenesis of bone marrow microenvironment in aplastic anemia by inhibiting CD8+ T cells 2022-07-18, Cell death & disease IF:8.1Q1 DOI:10.1038/s41419-022-05080-5 PMID:35851002	研究论文	本研究探讨了单核细胞来源的抑制细胞（mMDSCs）在再生障碍性贫血（AA）中通过抑制CD8+ T细胞减轻骨髓微环境过度脂肪生成的作用	首次揭示了mMDSCs通过抑制T细胞增殖和IFN-γ产生，减少骨髓中未成熟的Adipo-Cxcl12-丰富的网状细胞，从而重建骨髓造血前体细胞，恢复骨髓免疫平衡	NA	研究mMDSCs在AA中对骨髓微环境的影响及其免疫调节机制	骨髓间充质基质细胞（BM-MSCs）和单核细胞来源的抑制细胞（mMDSCs）	NA	再生障碍性贫血	单细胞RNA测序（scRNA-seq）	NA	RNA	AA小鼠模型中的骨髓细胞
20485	2024-08-08	Heparanase is a prognostic biomarker independent of tumor purity and hypoxia based on bioinformatics and immunohistochemistry analysis of esophageal squamous cell carcinoma 2022-Jul-16, World journal of surgical oncology IF:2.5Q1 DOI:10.1186/s12957-022-02698-9 PMID:35840985	研究论文	本研究通过生物信息学和免疫组化分析，探讨了肝素酶（HPSE）作为食管鳞状细胞癌（ESCC）独立于肿瘤纯度和缺氧状态的预后生物标志物的潜力	发现肝素酶（HPSE）是食管鳞状细胞癌中独立于肿瘤纯度和缺氧状态的新型预后生物标志物	NA	研究肝素酶（HPSE）在食管鳞状细胞癌中的预后价值及其与肿瘤微环境的关系	食管鳞状细胞癌（ESCC）及其肿瘤微环境	数字病理学	食管癌	生物信息学分析、免疫组化、单细胞测序	蛋白质-蛋白质相互作用网络（PPI）	组织微阵列	使用公共ESCC队列数据进行分析，具体样本数量未详述
20486	2024-08-08	ZnT8 loss-of-function accelerates functional maturation of hESC-derived β cells and resists metabolic stress in diabetes 2022-07-16, Nature communications IF:14.7Q1 DOI:10.1038/s41467-022-31829-9 PMID:35842441	研究论文	本研究通过单细胞RNA测序分析，发现ZnT8功能丧失（LOF）能加速人胚胎干细胞衍生的β细胞（SC-β细胞）的功能成熟，并增强其对代谢应激的抵抗力。	首次揭示了ZnT8 LOF通过解除锌对胰岛素分泌的负反馈抑制，促进SC-β细胞的葡萄糖刺激胰岛素分泌（GSIS），并通过调节锌水平减轻内质网（ER）压力，赋予SC-β细胞对脂毒性和糖毒性引起的细胞死亡的抵抗力。	NA	探索ZnT8 LOF对SC-β细胞功能成熟和代谢应激抵抗的影响，以期为糖尿病治疗提供新的细胞替代疗法。	人胚胎干细胞衍生的β细胞（SC-β细胞）及其在糖尿病治疗中的应用。	数字病理学	糖尿病	单细胞RNA测序	NA	RNA序列	NA
20487	2024-08-08	Integrated single-cell analyses decode the developmental landscape of the human fetal spine 2022-Jul-15, iScience IF:4.6Q1 DOI:10.1016/j.isci.2022.104679 PMID:35832888	研究论文	本研究利用综合单细胞RNA测序和单细胞转座酶可及染色质测序分析，揭示了发育中的人类脊柱的细胞异质性、谱系和转录调控网络	发现具有干细胞特性的成纤维细胞可以通过高表达软骨生成标记物分化为软骨细胞；神经元可能起源于神经内分泌细胞，MEIS2可能是促进脊髓神经前体细胞在早期妊娠中选择性分化为神经元的关键转录因子；NRP2_SEMA3C和CD74_APP在巨噬细胞和神经元之间的相互作用可能对脊髓发育至关重要	NA	揭示人类胎儿脊柱发育的细胞层面特征	人类胎儿脊柱的细胞异质性、谱系和转录调控网络	数字病理学	NA	单细胞RNA测序、单细胞转座酶可及染色质测序	NA	RNA序列数据	NA
20488	2024-08-08	Clinical assessment and molecular mechanism of the upregulation of Toll-like receptor 2 (TLR2) in myocardial infarction 2022-07-15, BMC cardiovascular disorders IF:2.0Q3 DOI:10.1186/s12872-022-02754-y PMID:35840880	研究论文	本文研究了 Toll 样受体 2 (TLR2) 在心肌梗死 (MI) 中的临床评估和分子机制	首次阐明了 TLR2 在 MI 中的临床价值和分子机制	TLR2 的机制仍不完全清楚，需要进一步研究	阐明 TLR2 在 MI 中的临床价值和分子机制	TLR2 在 MI 中的表达和作用机制	心血管疾病	心血管疾病	单细胞 RNA 测序	NA	基因表达数据	包括 325 例 MI 和 306 例对照
20489	2024-08-08	Human umbilical cord blood-derived MSCs trans-differentiate into endometrial cells and regulate Th17/Treg balance through NF-κB signaling in rabbit intrauterine adhesions endometrium 2022-07-15, Stem cell research & therapy IF:7.1Q1 DOI:10.1186/s13287-022-02990-1 PMID:35841027	研究论文	本研究探讨了人脐带血来源的间充质干细胞（hUCB-MSCs）在移植后对兔子宫内膜粘连（IUA）后子宫内膜重建的影响及其潜在机制	本研究首次展示了hUCB-MSCs能够通过跨分化、免疫调节能力和NF-κB信号传导修复受损的子宫内膜	NA	研究hUCB-MSCs对子宫内膜重建的影响及其潜在机制	人脐带血来源的间充质干细胞（hUCB-MSCs）和兔子宫内膜粘连模型	NA	子宫内膜粘连	流式细胞术、单细胞RNA测序（scRNA-seq）、RNA测序、qRT-PCR和Western blot	NA	细胞	六个IUA样本
20490	2024-08-08	Recombinant DTβ4-inspired porous 3D vascular graft enhanced antithrombogenicity and recruited circulating CD93+/CD34+ cells for endothelialization 2022-07-15, Science advances IF:11.7Q1 DOI:10.1126/sciadv.abn1958 PMID:35857526	研究论文	本文研究了一种基于重组DTβ4启发的多孔3D血管移植物，该移植物具有调节聚合物成分、孔隙度、机械强度和降解速率的能力，并能通过高度多孔结构实现肝素结合肽和二聚体胸腺素β4（DTβ4）的三维图案化，从而增强抗血栓形成和招募循环中的CD93+/CD34+细胞以促进内皮化。	本文创新性地利用DTβ4启发的多孔3D血管移植物，通过单细胞RNA测序分析和细胞追踪研究，识别出髓源性CD93/CD34细胞作为主要贡献者，促进了小口径动脉的再生。	NA	研究匹配材料降解与宿主重塑（包括内皮化和肌肉重塑）的血管再生方法。	基于重组DTβ4启发的多孔3D血管移植物及其在血管再生中的应用。	生物医学工程	心血管疾病	单细胞RNA测序	NA	细胞	兔子模型
20491	2024-08-08	Single-cell profiling of immune cells after neoadjuvant pembrolizumab and chemotherapy in IIIA non-small cell lung cancer (NSCLC) 2022-07-13, Cell death & disease IF:8.1Q1 DOI:10.1038/s41419-022-05057-4 PMID:35831283	研究论文	本研究通过单细胞RNA测序和TCR测序，分析了非小细胞肺癌患者在接受新辅助化疗联合免疫检查点抑制剂治疗前后的免疫细胞变化	发现了B细胞和CD4 T细胞的协同增加与新辅助化疗联合免疫治疗的积极治疗反应相关，并揭示了B细胞IgG亚类IgG1和IgG3在抗肿瘤免疫反应中的关键作用	NA	探究非小细胞肺癌患者在接受新辅助化疗联合免疫检查点抑制剂治疗后的免疫细胞变化及其机制	非小细胞肺癌患者的免疫细胞	数字病理学	肺癌	单细胞RNA测序，TCR测序	NA	单细胞RNA测序数据	186,477个免疫细胞来自48个样本，包括26个未治疗和30个接受新辅助化疗联合免疫治疗的IIIA/IIIB非小细胞肺癌患者
20492	2024-08-08	Integrated single cell and spatial transcriptomics reveal autoreactive differentiated B cells in joints of early rheumatoid arthritis 2022-07-13, Scientific reports IF:3.8Q1 DOI:10.1038/s41598-022-15293-5 PMID:35831338	研究论文	本研究通过单细胞和空间转录组学技术，探讨了早期类风湿性关节炎关节组织中分化B细胞的存在及其特性	首次揭示了早期类风湿性关节炎关节组织中存在自身反应性分化B细胞，并展示了局部B细胞成熟和浆细胞生存的组织结构	样本量较小，仅包括8个滑膜活检样本	探究早期类风湿性关节炎关节组织中分化B细胞的存在及其在疾病发展中的作用	类风湿性关节炎患者的滑膜组织中的B细胞	数字病理学	类风湿性关节炎	单细胞RNA测序和空间转录组学	NA	RNA序列	8个滑膜活检样本，3414个B细胞
20493	2024-08-08	Single-cell transcriptional pharmacodynamics of trifluridine in a tumor-immune model 2022-07-13, Scientific reports IF:3.8Q1 DOI:10.1038/s41598-022-16077-7 PMID:35831404	研究论文	研究使用单细胞RNA测序技术评估三氟胸苷在肿瘤-免疫共培养模型中的转录药效学效应	首次在肿瘤和免疫细胞的共培养模型中使用单细胞RNA测序技术评估三氟胸苷的药效学效应，并提供了对T细胞介导的抗肿瘤反应的治疗诱导效应的新见解	NA	理解化疗的免疫学效应，特别是在化疗和免疫治疗结合的时代	人结直肠癌细胞和外周血单个核细胞的共培养模型	数字病理学	结直肠癌	单细胞RNA测序（scRNA-seq）	NA	基因表达数据	数千个单独的癌症和免疫细胞
20494	2024-08-08	A functional reference map of the RNF8 interactome in cancer 2022-07-13, Biology direct IF:5.7Q1 DOI:10.1186/s13062-022-00331-z PMID:35831895	研究论文	本研究通过LC-MS技术构建了RNF8在癌症中的互作组参考图谱，并发现了新的互作蛋白和生物学功能	首次构建了RNF8的互作组参考图谱，并揭示了RNF8与神经退行性疾病及肿瘤浸润免疫细胞的关联	NA	探索RNF8在癌症中的生物学功能及其作为治疗靶点的潜力	RNF8互作蛋白及其在癌症中的作用	NA	癌症	LC-MS	NA	RNA-seq数据	NA
20495	2024-08-08	SH3GLB1-related autophagy mediates mitochondrial metabolism to acquire resistance against temozolomide in glioblastoma 2022-Jul-13, Journal of experimental & clinical cancer research : CR IF:11.4Q1 DOI:10.1186/s13046-022-02429-8 PMID:35831908	研究论文	研究SH3GLB1基因在胶质母细胞瘤中通过自噬调节线粒体代谢，从而获得对替莫唑胺（TMZ）的耐药性的机制	首次揭示了SH3GLB1通过调节自噬影响线粒体功能，从而在胶质母细胞瘤中产生对TMZ的耐药性	研究主要集中在体外和动物模型中，需要进一步的临床验证	探讨胶质母细胞瘤如何逃避替莫唑胺诱导的细胞毒性，特别是线粒体在此过程中的作用	胶质母细胞瘤细胞、SH3GLB1基因、线粒体代谢	NA	脑肿瘤	RNA干扰、基因扩增、单细胞转录组分析	NA	RNA转录组	临床样本和肿瘤细胞
20496	2024-08-08	Targeted inducible delivery of immunoactivating cytokines reprograms glioblastoma microenvironment and inhibits growth in mouse models 2022-07-13, Science translational medicine IF:15.8Q1 DOI:10.1126/scitranslmed.abl4106 PMID:35857642	研究论文	本文利用基于慢病毒载体的平台，体外改造造血干细胞，使其肿瘤浸润的单核/巨噬细胞后代在空间和时间上选择性释放干扰素-α（IFN-α）或白细胞介素-12（IL-12），以重编程胶质母细胞瘤的微环境并抑制其在小鼠模型中的生长。	本文创新性地利用慢病毒载体改造造血干细胞，实现免疫激活细胞因子在肿瘤微环境中的选择性释放，从而克服了系统性给药的严重毒性问题。	NA	研究旨在开发一种新的治疗胶质母细胞瘤的方法，通过重编程肿瘤微环境来提高免疫疗法的疗效。	胶质母细胞瘤（GBM）及其免疫抑制性肿瘤微环境（TME）。	数字病理学	脑肿瘤	慢病毒载体	NA	单细胞RNA测序数据	使用同基因GBM小鼠模型进行实验
20497	2024-08-08	Detection of cell markers from single cell RNA-seq with sc2marker 2022-Jul-12, BMC bioinformatics IF:2.9Q1 DOI:10.1186/s12859-022-04817-5 PMID:35831796	research paper	本文提出了一种基于最大边缘指数和抗体蛋白数据库的sc2marker方法，用于从单细胞RNA测序数据中选择流式细胞术或成像的标记物	sc2marker方法在准确性上优于竞争方法，同时具有竞争性的运行时间	NA	开发一种新的计算方法，用于从单细胞RNA测序数据中选择特定标记基因	单细胞RNA测序数据中的免疫细胞和基质细胞	生物信息学	NA	单细胞RNA测序	最大边缘指数	RNA测序数据	NA
20498	2024-08-08	scDLC: a deep learning framework to classify large sample single-cell RNA-seq data 2022-Jul-12, BMC genomics IF:3.5Q2 DOI:10.1186/s12864-022-08715-1 PMID:35831808	研究论文	本文提出了一种名为scDLC的深度学习框架，用于分类大型样本的单细胞RNA测序数据	scDLC基于长短期记忆循环神经网络（LSTMs），不需要对数据分布有先验知识，而是考虑了最显著特征基因的依赖性	NA	开发一种新的深度学习方法，用于处理大型样本的单细胞RNA测序数据分类问题	大型样本的单细胞RNA测序数据	机器学习	NA	单细胞RNA测序（scRNA-seq）	长短期记忆循环神经网络（LSTMs）	单细胞RNA测序数据	大型样本
20499	2024-08-08	Neoantigens in precision cancer immunotherapy: from identification to clinical applications 2022-Jun-05, Chinese medical journal IF:7.5Q1 DOI:10.1097/CM9.0000000000002181 PMID:35838545	综述	本文综述了癌症免疫治疗中基于新抗原的疗法，从识别到临床应用的进展	新抗原相关疗法在临床实践中的广泛应用，包括新抗原疫苗、新抗原特异性CD8+和CD4+ T细胞以及新抗原脉冲树突状细胞	需要不断努力揭示新抗原在抗肿瘤免疫中的全面作用并扩展其临床应用	总结新抗原研究的进展，并讨论其在精准癌症免疫治疗中的机遇和挑战	新抗原在癌症免疫治疗中的应用	癌症免疫治疗	NA	下一代测序、高通量单细胞测序、质谱分析	NA	测序数据、质谱数据	NA
20500	2024-08-08	Comprehensive analysis of lower mitochondrial complex I expression is associated with cell metastasis of clear cell renal cell carcinoma 2022-Jun, Translational cancer research IF:1.5Q4 DOI:10.21037/tcr-22-242 PMID:35836523	研究论文	本研究分析了线粒体复合物I（CI）在透明细胞肾细胞癌（ccRCC）细胞转移中的作用	首次揭示了线粒体复合物I在ccRCC转移中的关键作用，并提出了CI和PPARG作为潜在的转移性ccRCC生物标志物	NA	探讨ccRCC转移的机制并开发有效的治疗方法	透明细胞肾细胞癌（ccRCC）的细胞转移机制	数字病理学	肾癌	单细胞RNA测序（scRNA-seq）	蛋白质-蛋白质相互作用（PPI）网络	基因表达数据	使用了GSE73121和TCGA-KIRC数据库中的数据