单细胞与空转测序相关文章
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当前共找到 27536 篇文献，本页显示第 20461 - 20480 篇。
| 序号 | 推送日期 | 文章 | 类型 | 简述 | 创新点 | 不足 | 研究目的 | 研究对象 | 领域 | 病种 | 技术 | 模型 | 数据类型 | 样本量 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 20461 | 2024-08-08 |
Single cell gene expression profiling of nasal ciliated cells reveals distinctive biological processes related to epigenetic mechanisms in patients with severe COVID-19
2022-09, Computers in biology and medicine
IF:7.0Q1
DOI:10.1016/j.compbiomed.2022.105895
PMID:35926268
|
研究论文 | 本研究通过单细胞RNA测序分析了鼻纤毛细胞的基因表达，揭示了与COVID-19严重患者中表观遗传机制相关的独特生物学过程 | 发现轻中度COVID-19患者与健康对照组相比，基因表达特征上调与线粒体功能、错误折叠蛋白和膜通透性相关；重度COVID-19患者与轻中度疾病相比，表观遗传机制下调 | NA | 探索COVID-19患者中与细胞调控程序相关的分子过程，包括由表观遗传机制介导的基因激活或抑制 | 鼻咽上皮细胞的基因表达 | 数字病理学 | COVID-19 | 单细胞RNA测序（scRNAseq） | NA | 基因表达数据 | 12,725个鼻纤毛细胞样本，包括13个健康对照组、13个轻中度COVID-19患者和14个重度COVID-19患者 |
| 20462 | 2024-08-08 |
Drug resistance in NSCLC is associated with tumor micro-environment
2022-Sep, Reproductive biology
IF:2.5Q3
DOI:10.1016/j.repbio.2022.100680
PMID:35926330
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研究论文 | 本研究通过单细胞转录组测序数据分析，探讨了非小细胞肺癌（NSCLC）化疗耐药性与肿瘤微环境（TME）之间的关系 | 首次成功利用单细胞转录组测序数据识别耐药和敏感簇，并建立了比例风险模型来发现影响预后的基因 | 研究主要基于GSE149383数据集，可能需要更多数据集验证结果 | 探讨非小细胞肺癌化疗耐药性与肿瘤微环境之间的关系 | 非小细胞肺癌的化疗耐药性及其与肿瘤微环境的关系 | 数字病理学 | 肺癌 | 单细胞转录组测序 | 比例风险模型 | 转录组数据 | GSE149383数据集中的样本 |
| 20463 | 2024-08-08 |
New insights into macrophage subsets in atherosclerosis
2022-09, Journal of molecular medicine (Berlin, Germany)
DOI:10.1007/s00109-022-02224-0
PMID:35930063
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综述 | 本文综述了利用单细胞RNA测序技术在动脉粥样硬化中识别巨噬细胞亚群及其在斑块病变发病机制中的潜在作用 | 利用单细胞RNA测序技术揭示了动脉粥样硬化斑块病变中多个巨噬细胞亚群的存在及其基因表达水平和功能的显著差异 | NA | 探讨动脉粥样硬化中不同类型巨噬细胞及其相关分子机制，并识别这些巨噬细胞类型在斑块病变发病机制中的潜在作用 | 动脉粥样硬化中的巨噬细胞亚群及其在斑块病变发展、稳定和消退中的作用 | NA | 心血管疾病 | 单细胞RNA测序 | NA | RNA | NA |
| 20464 | 2024-08-08 |
The current status of gene expression profilings in COVID-19 patients
2022-Sep, Clinical and translational discovery
DOI:10.1002/ctd2.104
PMID:35942159
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研究论文 | 本文综述了COVID-19患者中基因表达谱的研究现状，特别是通过RNA测序（RNA-seq）技术进行的研究 | 首次系统性地回顾了COVID-19患者中使用RNA-seq技术生成的基因表达数据，并探讨了其在理解疾病机制和长期影响中的应用 | 尽管积累了大量OMICS数据，但对COVID-19疾病机制的理解仍不充分 | 旨在通过分析COVID-19患者的RNA-seq数据，深入理解疾病机制和长期影响 | COVID-19患者的各种样本类型，包括全血、血浆、外周血单个核细胞（PBMCs）、白细胞、淋巴细胞、单核细胞、T细胞、鼻拭子和尸检样本 | 数字病理学 | COVID-19 | RNA测序（RNA-seq） | NA | RNA | 108项研究的数据 |
| 20465 | 2024-08-08 |
Differential requirement for DICER1 activity during the development of mitral and tricuspid valves
2022-09-01, Journal of cell science
IF:3.3Q3
DOI:10.1242/jcs.259783
PMID:35946425
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研究论文 | 本研究通过在心脏发育期间特异性失活内皮细胞中的Dicer1，发现Dicer1缺失导致先天性二尖瓣狭窄和反流，而对其他瓣膜无影响，揭示了miRNA介导的基因调控是调节二尖瓣和三尖瓣发育的新型分子机制。 | 首次揭示miRNA介导的基因调控在二尖瓣和三尖瓣发育中的差异性作用。 | NA | 探究二尖瓣和三尖瓣发育中的差异性调控机制。 | 二尖瓣和三尖瓣的发育过程及调控机制。 | NA | 先天性心脏疾病 | 单细胞RNA测序 | NA | 基因表达数据 | NA |
| 20466 | 2024-08-08 |
Highly Variable Expression of Merozoite Surface Protein MSPDBL2 in Diverse Plasmodium falciparum Clinical Isolates and Transcriptome Scans for Correlating Genes
2022-08-30, mBio
IF:5.1Q1
DOI:10.1128/mbio.01948-22
PMID:35950755
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研究论文 | 本研究分析了96个来自不同西非国家的临床分离株在第一培养周期中成熟裂殖子表面蛋白MSPDBL2的表达情况，并通过全转录组测序探讨了与MSPDBL2表达相关的基因 | 首次展示了MSPDBL2在自然感染中的表达频率模式，并发现与MSPDBL2阳性相关的基因主要与性发育有关，表明MSPDBL2阳性亚群与准备传播的性发育寄生虫经常同时存在 | NA | 研究疟原虫抗原性和发育变异，特别是受强烈平衡选择影响的单一位点编码的裂殖子表面蛋白 | 疟原虫裂殖子表面蛋白MSPDBL2的表达及其相关基因 | NA | 疟疾 | 免疫荧光显微镜，全转录组测序 | NA | 转录组数据 | 96个临床分离株 |
| 20467 | 2024-08-08 |
Decreased Microglia in Pax2 Mutant Mice Leads to Impaired Learning and Memory
2022-08-17, ACS chemical neuroscience
IF:4.1Q2
DOI:10.1021/acschemneuro.2c00352
PMID:35929805
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研究论文 | 本研究使用 Pax2 基因杂合子敲除小鼠作为研究对象，通过行为测试、形态学和分子生物学方法以及单细胞转录组测序，观察 Pax2 基因缺失对学习和记忆能力及神经结构的影响。 | 本研究首次探讨了 Pax2 基因缺失对小鼠学习和记忆能力的影响，并通过单细胞转录组测序揭示了相关的细胞亚型和差异表达基因及信号通路。 | 研究仅限于 Pax2 基因杂合子敲除小鼠，未来研究可以扩展到其他基因变异或纯合子敲除小鼠，以更全面地理解 Pax2 基因在神经发育中的作用。 | 探讨 Pax2 基因缺失对小鼠学习和记忆能力的影响及其分子机制。 | Pax2 基因杂合子敲除小鼠。 | 神经科学 | 神经退行性疾病 | 单细胞转录组测序 | NA | 转录组数据 | Pax2 基因杂合子敲除小鼠 |
| 20468 | 2024-08-08 |
DARPP32, a target of hyperactive mTORC1 in the retinal pigment epithelium
2022-08-16, Proceedings of the National Academy of Sciences of the United States of America
IF:9.4Q1
DOI:10.1073/pnas.2207489119
PMID:35939707
|
研究论文 | 本文通过单细胞RNA测序技术，在视网膜色素上皮细胞中鉴定了mTORC1信号通路下游的一个蛋白DARPP-32，并探讨其在年龄相关性黄斑变性中的作用 | 首次发现DARPP-32作为mTORC1调控的新信号蛋白，可能参与年龄相关性黄斑变性中视网膜色素上皮细胞的退化 | NA | 研究mTORC1在年龄相关性黄斑变性中的作用及其下游蛋白DARPP-32的功能 | 视网膜色素上皮细胞和年龄相关性黄斑变性 | NA | 年龄相关性黄斑变性 | 单细胞RNA测序 | NA | RNA | 人类AMD眼和动物模型 |
| 20469 | 2024-08-08 |
The neuropeptide landscape of human prefrontal cortex
2022-08-16, Proceedings of the National Academy of Sciences of the United States of America
IF:9.4Q1
DOI:10.1073/pnas.2123146119
PMID:35947618
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研究论文 | 本文通过微切割和基于RNA测序及RNAscope方法，结合已发表的单细胞转录组学数据，研究了人前额叶皮层（hPFC）17个子区域和三个参考皮层的肽能系统分布 | 发现了hPFC中肽能景观的独特特征，包括紧密相邻且功能不同的子区域，以及特定的肽/递质相关特征 | NA | 探讨人前额叶皮层中肽能系统的分布及其在认知和情感过程中的作用 | 人前额叶皮层的17个子区域和三个参考皮层 | NA | NA | RNA测序，RNAscope | NA | RNA | 60种神经肽和60种神经肽受体在hPFC的至少一个子区域中表达 |
| 20470 | 2024-08-08 |
Primary specification of blastocyst trophectoderm by scRNA-seq: New insights into embryo implantation
2022-Aug-12, Science advances
IF:11.7Q1
DOI:10.1126/sciadv.abj3725
PMID:35947672
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研究论文 | 本文通过单细胞RNA测序技术研究了人类和小鼠胚胎植入期滋养层（TE）的发育及其与子宫内膜的相互作用 | 发现了极性和壁滋养层在胚胎从透明带孵化后的转录组差异，以及植入失败胚胎在能量产生、蛋白质代谢和18S rRNA甲基化途径的异常 | NA | 探索胚胎植入机制，如附着极的确定、胎母交流及植入失败的原因 | 人类和小鼠的胚胎植入期胚胎 | NA | NA | 单细胞RNA测序 | NA | RNA | 人类和小鼠的胚胎植入期胚胎 |
| 20471 | 2024-08-08 |
Th2 single-cell heterogeneity and clonal distribution at distant sites in helminth-infected mice
2022-08-11, eLife
IF:6.4Q1
DOI:10.7554/eLife.74183
PMID:35950748
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研究论文 | 本研究通过结合单细胞转录组和T细胞受体（TCR）克隆型分析，探讨了在寄生虫感染小鼠模型中，Th2细胞在肠系膜淋巴结和肺部的异质性和克隆分布 | 首次揭示了Th2细胞在不同器官中的表达谱和克隆相关性，以及干扰素信号在Th2细胞分化或多样化中的作用 | NA | 研究Th2细胞在寄生虫感染中的异质性和克隆分布 | Th2细胞在肠系膜淋巴结和肺部的异质性和克隆分布 | 免疫学 | 寄生虫感染 | 单细胞转录组分析，T细胞受体（TCR）克隆型分析 | NA | 转录组数据 | 小鼠Th2细胞在肠系膜淋巴结和肺部的样本 |
| 20472 | 2024-08-08 |
Adenoviral-based vaccine promotes neoantigen-specific CD8+ T cell stemness and tumor rejection
2022-08-10, Science translational medicine
IF:15.8Q1
DOI:10.1126/scitranslmed.abo7604
PMID:35947675
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研究论文 | 本文研究了腺病毒载体疫苗编码肿瘤新生抗原在结合抗程序性细胞死亡蛋白1（αPD-1）治疗时，如何增强CD8+ T细胞的干细胞样特性并促进肿瘤排斥 | 首次展示了腺病毒疫苗结合αPD-1治疗如何通过增加多功能的肿瘤新生抗原特异性CD8 T细胞数量和Tcf1干细胞样前体细胞的积累，从而提高免疫原性和抗肿瘤效果 | 研究主要在鼠模型中进行，尚未完全阐明其转化潜力 | 探讨腺病毒载体疫苗与αPD-1联合治疗在增强肿瘤新生抗原特异性CD8 T细胞免疫反应中的机制 | 腺病毒载体疫苗、αPD-1治疗、肿瘤新生抗原特异性CD8 T细胞 | 免疫学 | 肿瘤 | 单细胞RNA测序、T细胞受体（TCR）测序 | NA | RNA | 包括12名转移性错配修复缺陷（dMMR）肿瘤患者 |
| 20473 | 2024-08-08 |
Differentiation of crescent-forming kidney progenitor cells into podocytes attenuates severe glomerulonephritis in mice
2022-08-10, Science translational medicine
IF:15.8Q1
DOI:10.1126/scitranslmed.abg3277
PMID:35947676
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研究论文 | 研究通过诱导肾小球新月体形成的小鼠模型，探讨了使用panobinostat抑制组蛋白去乙酰化酶来减轻新月体性肾小球肾炎的效果及其机制 | 首次揭示了panobinostat通过诱导未成熟的壁上皮细胞分化为足细胞，从而恢复肾小球滤过屏障，并提供了单细胞RNA测序数据支持其在人类细胞中的效果 | 研究主要基于小鼠模型，其结果在人类中的适用性需要进一步验证 | 探讨新月体性肾小球肾炎的发病机制及治疗策略 | 小鼠模型中的新月体性肾小球肾炎及人类肾祖细胞 | NA | 肾病 | 三维共聚焦显微镜、受激发射损耗超分辨率成像、单细胞RNA测序 | NA | 图像、RNA序列 | 涉及两种Pax2Cre报告小鼠模型及人类肾祖细胞的体外实验 |
| 20474 | 2024-08-08 |
Dual ontogeny of disease-associated microglia and disease inflammatory macrophages in aging and neurodegeneration
2022-08-09, Immunity
IF:25.5Q1
DOI:10.1016/j.immuni.2022.07.004
PMID:35931085
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研究论文 | 本文通过生成小鼠大脑髓系scRNA-seq整合数据，系统地描绘了大脑巨噬细胞群体，并揭示了疾病相关小胶质细胞和疾病炎症巨噬细胞在衰老和神经退行性疾病中的双重起源 | 首次揭示了疾病相关小胶质细胞实际上包含两种在起源和功能上不同的细胞谱系，并提出了这两种不同群体在人脑中的保守性 | NA | 旨在阐明大脑巨噬细胞群体在不同环境下的表型、定位和功能，并识别治疗神经退行性疾病的细胞靶点 | 大脑巨噬细胞群体，包括实质小胶质细胞、边界相关巨噬细胞和募集的单核细胞衍生细胞 | 数字病理学 | 神经退行性疾病 | scRNA-seq | NA | RNA序列 | 小鼠大脑髓系细胞 |
| 20475 | 2024-08-08 |
Single-neuron models linking electrophysiology, morphology, and transcriptomics across cortical cell types
2022-08-09, Cell reports
IF:7.5Q1
DOI:10.1016/j.celrep.2022.111176
PMID:35947954
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研究论文 | 本文介绍了一种计算优化工作流程，用于生成9,200个带有主动传导的单神经元模型，这些模型基于230个体外电生理实验和从小鼠视觉皮层进行的形态重建。 | 本文展示了生成的模型能够稳健地代表单个实验和通过电生理学或转录组学定义的皮层细胞类型，这与当前的信念相反。 | NA | 建立跨细胞数据模式的对应关系，并探索因果关系。 | 单神经元模型，电生理学，形态学，转录组学。 | 神经科学 | NA | 计算优化 | 单神经元模型 | 电生理数据，形态数据，转录组数据 | 230个体外电生理实验，9,200个单神经元模型 |
| 20476 | 2024-08-08 |
Scarf enables a highly memory-efficient analysis of large-scale single-cell genomics data
2022-08-08, Nature communications
IF:14.7Q1
DOI:10.1038/s41467-022-32097-3
PMID:35941103
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research paper | 本文介绍了一个名为Scarf的Python包，它能够高效地处理大规模单细胞基因组数据，即使在低成本设备上也能够进行分析 | Scarf通过模块化设计和内存高效实现，使得在普通笔记本电脑上也能处理数百万细胞的数据 | NA | 开发一种能够在低成本设备上高效处理大规模单细胞基因组数据的工具 | 单细胞RNA-Seq和ATAC-Seq数据集 | digital pathology | NA | 单细胞RNA-Seq, ATAC-Seq | 图基t-随机邻居嵌入, 层次聚类算法 | 基因组数据 | 数百万细胞 |
| 20477 | 2024-08-08 |
GSDMD-dependent neutrophil extracellular traps promote macrophage-to-myofibroblast transition and renal fibrosis in obstructive nephropathy
2022-08-08, Cell death & disease
IF:8.1Q1
DOI:10.1038/s41419-022-05138-4
PMID:35941120
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研究论文 | 本研究探讨了中性粒细胞外陷阱（NETs）在阻塞性肾病中促进肾纤维化的分子机制 | 首次揭示了GSDMD依赖的NETs通过促进巨噬细胞向肌成纤维细胞转化（MMT）参与肾纤维化的过程 | NA | 探究阻塞性肾病中肾纤维化的分子机制 | 中性粒细胞、巨噬细胞和肌成纤维细胞 | NA | 肾脏疾病 | 单细胞RNA测序 | NA | RNA | NA |
| 20478 | 2024-08-08 |
SMaSH: a scalable, general marker gene identification framework for single-cell RNA-sequencing
2022-Aug-08, BMC bioinformatics
IF:2.9Q1
DOI:10.1186/s12859-022-04860-2
PMID:35941549
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研究论文 | 本文介绍了一种名为SMaSH的可扩展通用计算框架，用于从单细胞RNA测序数据中提取关键标记基因，以表征高度特异性和特定细胞群 | SMaSH框架在提取稳健且生物学上合理的标记基因方面优于现有计算方法，并能有效识别高度局部化的细胞区域 | NA | 开发一种新的方法来计算大型单细胞RNA测序数据集中的稳健标记基因 | 单细胞RNA测序数据中的细胞类型特异性基因 | 生物信息学 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | RNA测序数据 | 跨越超过50种不同细胞类型的数十万细胞 |
| 20479 | 2024-08-08 |
Precise reconstruction of the TME using bulk RNA-seq and a machine learning algorithm trained on artificial transcriptomes
2022-08-08, Cancer cell
IF:48.8Q1
DOI:10.1016/j.ccell.2022.07.006
PMID:35944503
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研究论文 | 本文介绍了一种基于决策树机器学习算法Kassandra，通过分析大量RNA-seq数据来精确重建肿瘤微环境（TME） | Kassandra算法通过使用超过9,400个组织和血液排序细胞RNA profiles构建的人工转录组进行训练，提高了TME重建的准确性和稳定性 | NA | 开发一种新的机器学习算法，用于精确重建肿瘤微环境并提高免疫治疗反应的预测能力 | 肿瘤微环境（TME）的细胞组成 | 机器学习 | NA | RNA-seq | 决策树 | RNA profiles | 超过9,400个组织和血液排序细胞RNA profiles，4,000个H&E切片和1,000个组织 |
| 20480 | 2024-08-08 |
GREM1/PPP2R3A expression in heterogeneous fibroblasts initiates pulmonary fibrosis
2022-Aug-06, Cell & bioscience
DOI:10.1186/s13578-022-00860-0
PMID:35933397
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研究论文 | 本研究通过使用硅尘建立小鼠肺病理变化模型，结合单细胞测序、空间转录组测序及细胞亚型标记物分析，识别了在肺纤维化早期病理阶段起重要作用的异质性成纤维细胞亚群，并发现GREM1/PPP2R3A表达在这些细胞中启动早期肺病理变化。 | 首次揭示了炎症-增殖性成纤维细胞在硅肺早期病理变化中的关键作用，并识别了GREM1/PPP2R3A通路作为潜在的治疗靶点。 | NA | 研究肺纤维化过程中异质性成纤维细胞的时空分布及其在疾病进展中的作用。 | 异质性成纤维细胞及其在肺纤维化中的作用。 | 数字病理学 | 肺纤维化 | 单细胞测序，空间转录组测序 | NA | 基因表达数据 | 小鼠模型 |