单细胞与空转测序相关文章
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当前共找到 27366 篇文献，本页显示第 2021 - 2040 篇。
| 序号 | 推送日期 | 文章 | 类型 | 简述 | 创新点 | 不足 | 研究目的 | 研究对象 | 领域 | 病种 | 技术 | 模型 | 数据类型 | 样本量 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 2021 | 2025-03-25 |
MOSim: bulk and single-cell multilayer regulatory network simulator
2025-Mar-04, Briefings in bioinformatics
IF:6.8Q1
DOI:10.1093/bib/bbaf110
PMID:40116657
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research paper | 介绍了一个名为MOSim的R包，用于模拟批量（bulk）和单细胞（single-cell）多组学数据 | MOSim能够模拟多种组学数据（如RNA-seq、ATAC-seq等），并支持不同的实验设计，包括基因共表达模式、生物学重复和条件间差异表达 | 未明确提及具体限制 | 开发一个工具，用于生成真实且多样化的多组学数据集，以支持方法测试和基准测试 | 批量（bulk）和单细胞（single-cell）多组学数据 | machine learning | NA | RNA-seq, ATAC-seq, miRNA-seq, ChIP-seq, Methyl-seq | NA | multi-omics data | NA |
| 2022 | 2025-03-25 |
AttentionGRN: a functional and directed graph transformer for gene regulatory network reconstruction from scRNA-seq data
2025-Mar-04, Briefings in bioinformatics
IF:6.8Q1
DOI:10.1093/bib/bbaf118
PMID:40116659
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研究论文 | 提出了一种基于图变换器的新型模型AttentionGRN，用于从单细胞RNA测序数据中重建基因调控网络 | 利用软编码增强模型表达能力，设计了面向GRN的消息聚合策略，以捕捉有向网络结构信息和功能信息 | NA | 提高从scRNA-seq数据中推断基因调控网络的准确性 | 基因调控网络（GRNs） | 生物信息学 | NA | scRNA-seq | 图变换器（graph transformer） | 单细胞RNA测序数据 | 88个数据集 |
| 2023 | 2025-03-25 |
Machine Learning-Based Glycolipid Metabolism Gene Signature Predicts Prognosis and Immune Landscape in Oesophageal Squamous Cell Carcinoma
2025-Mar, Journal of cellular and molecular medicine
IF:4.3Q2
DOI:10.1111/jcmm.70434
PMID:40119618
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research paper | 利用机器学习方法开发并验证了一种基于糖脂代谢相关基因的食管鳞状细胞癌预后模型 | 建立了一个稳健的15基因标志物，能有效将患者分为不同的风险组，并揭示了与免疫浸润模式的显著关联 | 研究依赖于TCGA和GEO数据集，可能受到数据来源的限制 | 预测食管鳞状细胞癌的预后并探索糖脂代谢与肿瘤免疫的关系 | 食管鳞状细胞癌患者 | machine learning | oesophageal squamous cell carcinoma | machine learning, single-cell RNA sequencing | NA | gene expression data | TCGA和GEO数据集中的样本 |
| 2024 | 2025-03-25 |
CITEgeist: Cellular Indexing of Transcriptomes and Epitopes for Guided Exploration of Intrinsic Spatial Trends
2025-Feb-17, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2025.02.15.638331
PMID:40027773
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研究论文 | 介绍了一种名为CITEgeist的新工具，该工具利用抗体捕获技术从同一组织切片中解卷积空间转录组数据 | CITEgeist通过直接利用同一组织切片的细胞表面蛋白测量，避免了依赖scRNA-seq参考的限制，提供了一种经济高效且生物学基础坚实的替代方案 | 未明确提及具体限制，但可能依赖于抗体捕获技术的可用性和质量 | 开发一种无需scRNA-seq参考的空间转录组数据解卷积方法 | 空间转录组数据，特别是密集肿瘤微环境中的细胞类型解析 | 数字病理学 | 乳腺癌 | 抗体捕获技术，空间转录组学 | 数学优化模型 | 空间转录组数据 | 模拟数据和来自正在进行临床试验的ER+乳腺癌肿瘤的临床样本 |
| 2025 | 2025-03-25 |
Adenosine diphosphate stimulates VEGF-independent choroidal endothelial cell proliferation: A potential escape from anti-VEGF therapy
2025-Jan-28, Proceedings of the National Academy of Sciences of the United States of America
IF:9.4Q1
DOI:10.1073/pnas.2418752122
PMID:39835893
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research paper | 研究探讨了腺苷二磷酸（ADP）对视网膜脉络膜内皮细胞（EC）增殖的刺激作用及其与抗VEGF疗法逃逸的潜在关联 | 首次发现ADP能独立于VEGF通路刺激视网膜脉络膜内皮细胞增殖，并揭示了P2Y1受体在这一过程中的关键作用 | 研究主要基于体外实验和动物模型，尚未在人体临床试验中验证 | 探究组织特异性内皮细胞对普遍代谢物的血管功能响应机制 | 牛和人类眼源性内皮细胞（BCEC） | 分子生物学 | 视网膜脉络膜新生血管疾病 | 单细胞转录组学、生化纯化技术 | 小鼠脉络膜新生血管模型 | 基因表达数据、细胞增殖数据 | 未明确说明样本数量（使用牛/人眼源性EC和小鼠模型） |
| 2026 | 2025-03-25 |
Cloning and validating systems for high throughput molecular recording
2025, Methods in enzymology
DOI:10.1016/bs.mie.2025.01.015
PMID:40121084
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research paper | 本文描述了用于构建分子记录谱系追踪系统的优化克隆和验证程序 | 利用CRISPR-Cas9条形码编辑技术在基因组整合的工程DNA盒中产生突变，通过单细胞RNA测序读取并生成高分辨率谱系树 | 未提及具体的技术限制或样本量不足的问题 | 开发和验证高通量分子记录技术，用于细胞历史信息的记录和存储 | 细胞谱系追踪系统 | 分子生物学 | NA | CRISPR-Cas9条形码编辑, 单细胞RNA测序 | NA | DNA序列, RNA序列 | 未提及具体样本数量 |
| 2027 | 2025-03-25 |
Proinflammatory immune cells disrupt angiogenesis and promote germinal matrix hemorrhage in prenatal human brain
2024-Nov, Nature neuroscience
IF:21.2Q1
DOI:10.1038/s41593-024-01769-2
PMID:39349662
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research paper | 该研究揭示了产前人类大脑中促炎性免疫细胞如何破坏血管生成并促进生发基质出血的机制 | 首次展示了小胶质细胞与新生血管的年龄依赖性相互作用，并发现GMH患儿CD45细胞中活化的中性粒细胞和单核细胞通过产生促炎因子破坏血管完整性 | 研究主要基于小鼠模型和人类样本的体外分析，需要进一步验证这些发现在活体人类大脑中的适用性 | 探究早产儿生发基质出血(GMH)的发病机制 | 产前小鼠和人类大脑组织、早产儿CD45免疫细胞 | 神经发育疾病研究 | 生发基质出血(GMH) | 单细胞转录组学、流式细胞术 | NA | 基因表达数据、细胞表型数据 | 未明确说明样本数量，涉及小鼠模型和人类早产儿样本 |
| 2028 | 2025-03-25 |
Twin study identifies early immunological and metabolic dysregulation of CD8+ T cells in multiple sclerosis
2024-09-27, Science immunology
IF:17.6Q1
DOI:10.1126/sciimmunol.adj8094
PMID:39331727
|
研究论文 | 该研究通过单细胞RNA测序和T细胞受体分析，比较了多发性硬化症（MS）患者及其同卵双胞胎的CD8+ T细胞克隆，揭示了MS早期免疫和代谢失调的特征 | 首次在MS患者及其同卵双胞胎中，通过单细胞分析揭示了CD8+ T细胞的免疫和代谢异常，为MS的早期诊断和治疗提供了新靶点 | 研究样本量有限，且主要基于同卵双胞胎，可能无法完全代表更广泛的人群 | 探讨CD8+ T细胞在多发性硬化症（MS）病理中的作用及其早期免疫和代谢变化 | 同卵双胞胎中的CD8+ T细胞克隆，包括血液和脑脊液样本 | 免疫学 | 多发性硬化症 | 高通量单细胞RNA测序，单细胞T细胞受体分析 | NA | 单细胞RNA测序数据，T细胞受体数据 | 同卵双胞胎对及独立的MS患者验证队列 |
| 2029 | 2025-03-25 |
Targeting Fibroblast-Endothelial Interactions in LAM Pathogenesis: 3D Spheroid and Spatial Transcriptomic Insights for Therapeutic Innovation
2024-Sep-06, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2023.06.12.544372
PMID:37398026
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研究论文 | 本研究探讨了淋巴管平滑肌瘤病（LAM）发病机制中成纤维细胞与内皮细胞的相互作用，并通过3D球体模型和空间转录组学提出了治疗创新 | 使用空间转录组学技术识别了与肌成纤维细胞相关的激酶信号通路基因簇，并验证了多激酶抑制剂sorafenib在减少LAMF-LEC球体侵袭中的效果优于Rapamycin | 研究主要基于体外3D球体模型，尚未进行体内实验验证 | 探索LAM发病机制中成纤维细胞-内皮细胞相互作用的分子机制并寻找潜在治疗靶点 | 淋巴管平滑肌瘤病（LAM）患者的肺组织、原代LAM相关成纤维细胞（LAMFs）和淋巴管内皮细胞（LECs） | 分子病理学 | 淋巴管平滑肌瘤病 | 空间转录组学、3D共培养球体模型、激酶阵列分析 | 3D球体共培养模型 | 基因表达数据、细胞表型数据 | 未明确说明样本数量（使用原代LAMFs和LECs） |
| 2030 | 2025-03-25 |
Circulating KLRG1+ long-lived effector memory T cells retain the flexibility to become tissue resident
2024-06-28, Science immunology
IF:17.6Q1
DOI:10.1126/sciimmunol.adj8356
PMID:38941479
|
research paper | 该研究揭示了KLRG1+长寿命效应记忆T细胞在二次感染后能够进入非淋巴组织并建立驻留记忆的能力 | 发现KLRG1+长寿命效应细胞(LLECs)虽然不能分化为其他循环记忆群体，但仍保留进入组织并建立驻留记忆的灵活性 | 研究主要基于小鼠模型，人类KLRG1+ T细胞是否具有相同特性尚需验证 | 探究KLRG1+长寿命效应记忆T细胞在二次感染中的行为特征和功能 | KLRG1+ CD8 T细胞 | 免疫学 | 病毒感染 | 单细胞RNA测序 | 小鼠感染模型 | 基因表达数据 | NA |
| 2031 | 2025-03-25 |
Harmonized cross-species cell atlases of trigeminal and dorsal root ganglia
2024-Jun-21, Science advances
IF:11.7Q1
DOI:10.1126/sciadv.adj9173
PMID:38905344
|
研究论文 | 构建了跨物种的背根神经节和半月神经节细胞图谱，以促进不同研究和物种间细胞类型的比较 | 创建了一个协调的细胞图谱，涵盖了六个物种和31个数据集中的18种神经元和11种非神经元细胞类型，改进了稀疏神经元亚型的注释 | 研究中未明确指出样本量的具体限制，但跨物种比较可能存在生物学差异的挑战 | 比较不同物种间背根神经节和半月神经节细胞类型的转录组差异，为未来镇痛药物开发提供指导 | 背根神经节（DRG）和半月神经节（TG）的神经元和非神经元细胞 | 生物信息学 | NA | 单细胞/核RNA测序（scRNA-seq/snRNA-seq） | NA | RNA测序数据 | 六个物种的31个数据集，包括人类和蝾螈的DRG样本 |
| 2032 | 2025-03-25 |
Emerging measurements for tumor-infiltrating lymphocytes in breast cancer
2024-Jun-01, Japanese journal of clinical oncology
IF:1.9Q3
DOI:10.1093/jjco/hyae033
PMID:38521965
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review | 本文综述了乳腺癌中肿瘤浸润淋巴细胞的评估方法，从传统病理学方法到人工智能、流式细胞术和多组学分析等新技术 | 介绍了使用人工智能、流式细胞术和多组学分析等新技术评估肿瘤浸润淋巴细胞的方法 | 传统方法在标准化方面存在限制，且无法预测免疫检查点抑制剂的反应 | 探讨乳腺癌中肿瘤浸润淋巴细胞的评估方法及其在个性化医疗中的应用 | 乳腺癌中的肿瘤浸润淋巴细胞 | digital pathology | breast cancer | immunohistochemistry, flow cytometry, multi-omics analyses, single-cell analysis, spatial transcriptomics | NA | image, omics data | NA |
| 2033 | 2025-03-25 |
Integrated temporal transcriptional and epigenetic single-cell analysis reveals the intrarenal immune characteristics in an early-stage model of IgA nephropathy during its acute injury
2024, Frontiers in immunology
IF:5.7Q1
DOI:10.3389/fimmu.2024.1405748
PMID:39493754
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研究论文 | 该研究通过纵向单细胞RNA测序和单细胞染色质可及性测序，揭示了IgA肾病早期模型中肾内免疫细胞的动态变化及其与肾实质细胞的相互作用 | 首次在IgA肾病模型中结合scRNAseq和scATACseq技术，发现具有独特表观遗传特征的巨噬细胞亚群(Nlrp1b Mac)和早期效应T细胞亚群(CX3CR1-transTeff) | 研究仅基于小鼠模型，需要在人类样本中进一步验证 | 阐明IgA肾病急性损伤期肾内免疫细胞的动态变化特征 | IgA肾病小鼠模型中的CD45+免疫细胞和肾实质细胞 | 单细胞组学 | IgA肾病 | scRNAseq, scATACseq | 小鼠疾病模型 | 单细胞转录组数据、单细胞表观基因组数据 | 4-5只小鼠/组，共分析72304个单细胞转录组 |
| 2034 | 2025-03-25 |
Single-Cell and Population Transcriptomics Reveal Pan-epithelial Remodeling in Type 2-High Asthma
2020-07-07, Cell reports
IF:7.5Q1
DOI:10.1016/j.celrep.2020.107872
PMID:32640237
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研究论文 | 通过单细胞RNA测序研究IL-13对人呼吸道上皮细胞的影响，揭示了2型细胞因子高表达哮喘（T2H）中上皮细胞的全域重塑 | 发现IL-13在所有细胞类型中诱导了一种独特的转录状态，特别是诱导了所有细胞类型的黏液分泌程序，导致黏液和防御分泌细胞转化为具有新生黏蛋白产生和分泌的化生状态 | 研究主要基于体外细胞培养模型，可能无法完全反映体内复杂的环境 | 探究IL-13在2型细胞因子高表达哮喘中对上皮细胞的影响 | 人呼吸道上皮细胞 | 单细胞转录组学 | 哮喘 | 单细胞RNA测序 | NA | 转录组数据 | NA |
| 2035 | 2025-03-24 |
Mini Review: Spatial Transcriptomics to Decode the Central Nervous System
2025-Mar-22, Toxicologic pathology
IF:1.4Q4
DOI:10.1177/01926233251325204
PMID:40119776
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综述 | 本文探讨了空间转录组学（ST）在解码中枢神经系统（CNS）中的作用，特别是在神经退行性疾病研究中的应用 | 空间转录组学通过提供空间分辨的基因表达数据，革新了我们对中枢神经系统的理解，特别是在神经退行性疾病中的应用 | 当前面临的挑战包括数据解释和分辨率的限制 | 探索空间转录组学在中枢神经系统研究中的影响，特别是在神经退行性疾病中的应用 | 中枢神经系统，特别是神经退行性疾病如阿尔茨海默病、帕金森病、多发性硬化和肌萎缩侧索硬化症 | 数字病理学 | 神经退行性疾病 | 空间转录组学（ST） | NA | 基因表达数据 | NA |
| 2036 | 2025-03-24 |
DARLIN mouse for in vivo lineage tracing at high efficiency and clonal diversity
2025-Mar-21, Nature protocols
IF:13.1Q1
DOI:10.1038/s41596-025-01141-z
PMID:40119004
|
研究论文 | 本文介绍了一种名为DARLIN的小鼠模型，用于在体内进行高效且具有克隆多样性的谱系追踪 | DARLIN模型通过结合Cas9和末端脱氧核苷酸转移酶（TdT）来提高每个条形码阵列的编辑多样性，理论上可生成10个不同的谱系条形码，并在单细胞分析中恢复超过70%细胞的谱系条形码 | 需要熟悉测序文库生成和Linux操作，实验数据收集需要约1周时间，计算分析需要约1天时间 | 研究细胞在组织发育和稳态过程中的历史和动态 | 小鼠模型 | 生物信息学 | NA | Cas9和末端脱氧核苷酸转移酶（TdT） | DARLIN小鼠模型 | 测序数据 | NA |
| 2037 | 2025-03-24 |
Cancer‑associated fibroblasts: a pivotal regulator of tumor microenvironment in the context of radiotherapy
2025-Mar-20, Cell communication and signaling : CCS
IF:8.2Q1
DOI:10.1186/s12964-025-02138-7
PMID:40114180
|
综述 | 本文综述了癌症相关成纤维细胞（CAFs）在放射治疗（RT）背景下对肿瘤微环境（TME）的调节作用 | 详细探讨了CAFs在放射治疗后的表型和功能变化，以及它们与肿瘤细胞和免疫细胞的相互作用 | 放射治疗对CAFs的影响以及受辐射CAFs对肿瘤进展和TME的影响尚未完全明确 | 探讨CAFs在放射治疗背景下对肿瘤微环境的调节作用 | 癌症相关成纤维细胞（CAFs） | 肿瘤学 | 癌症 | 单细胞测序技术 | NA | NA | NA |
| 2038 | 2025-03-24 |
Spatially resolved multiomics of human cardiac niches
2023-Jul, Nature
IF:50.5Q1
DOI:10.1038/s41586-023-06311-1
PMID:37438528
|
研究论文 | 本文结合单细胞和空间转录组学数据，揭示了人类心脏八个区域内的细胞微环境，并绘制了细胞到微观解剖位置的图谱 | 结合单细胞和空间转录组学数据，揭示了心脏传导系统细胞的独特离子通道、G蛋白偶联受体和调控网络，并引入了新的药物靶点预测工具drug2cell | 研究仅限于人类心脏的八个区域，可能无法全面反映整个心脏的复杂性 | 揭示人类心脏不同区域的细胞微环境及其功能 | 人类心脏的八个区域及其细胞微环境 | 数字病理学 | 心血管疾病 | 单细胞转录组学、空间转录组学 | NA | 单细胞数据、空间转录组数据 | 人类心脏的八个区域 |
| 2039 | 2025-03-23 |
Spatial transcriptomics of Glomerulo-centric antibody mediated rejection in renal transplants
2025-May, Clinical immunology (Orlando, Fla.)
DOI:10.1016/j.clim.2025.110460
PMID:39993695
|
研究论文 | 本研究利用数字空间分析技术，对一名患者在急性抗体介导排斥反应治疗前后的四次肾活检样本进行空间转录组学分析 | 首次在急性抗体介导排斥反应中，通过空间转录组学技术定位了肾小球中的分子特征，揭示了天然免疫细胞和HLA II类抗原在肾小球中的表达变化 | 研究仅基于一名患者的四次活检样本，样本量较小，可能影响结果的普遍性 | 探讨急性抗体介导排斥反应中肾小球的分子特征变化及其对足细胞的影响 | 肾移植患者的肾活检样本 | 数字病理学 | 肾脏疾病 | 数字空间分析（Digital Spatial Profiling） | NA | 空间转录组数据 | 一名患者的四次肾活检样本 |
| 2040 | 2025-03-23 |
USP4 depletion-driven RAB7A ubiquitylation impairs autophagosome-lysosome fusion and aggravates periodontitis
2025-Apr, Autophagy
IF:14.6Q1
DOI:10.1080/15548627.2024.2429371
PMID:39663592
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研究论文 | 本研究揭示了USP4水平降低介导的RAB7A泛素化如何破坏正常的溶酶体运输和自噬体-溶酶体融合，从而显著促进牙周炎的进展 | 首次揭示了USP4和RAB7A之间的相互作用在牙周炎中的关键作用，并验证了USP4上调可减轻牙周炎 | 研究主要基于小鼠模型和临床牙龈样本，尚未在更广泛的人群中进行验证 | 探讨自噬与牙周炎发病机制之间的精确相互作用 | 临床牙龈样本和实验性牙周炎小鼠 | 分子生物学 | 牙周炎 | 基因组学分析、组织学分析、蛋白质组学分析 | NA | 基因组数据、组织样本数据 | 临床牙龈样本和实验性牙周炎小鼠 |