单细胞与空转测序相关文章
本数据库通过收集和整理最新科研文献信息而得，供了解领域前沿进展之用。数据源自 PubMed Data ，每日自动更新（使用关键词“['single-cell sequencing', 'single-cell RNA sequencing', 'single-cell transcriptomics', 'single-cell RNA-seq', 'single-cell transcriptome', 'scRNA-seq', 'spatial transcriptomics']”过滤），已收录文献数量参见 统计表格。表格内容由 GPT 自动整理，可能存在错误或遗漏，请使用时务必注意核实！
如有建议或合作意向，欢迎联系 linlin.yan(AT)bioinfo.app 或 微信 yanlinlin82。本项目遵循 MIT 许可 发布，欢迎下载 源码 自行修改使用。如觉得不错，还请不吝 给我打赏，你的支持是我继续创新的重要动力！
添加微信请说明来意
微信赞赏
除通过在线浏览外，为方便用户离线查阅，本站也提供 付费下载（定价19.9元）。之所以考虑收费，是因为批量扫描这些文献并整理也是有一定成本的，还请理解并多多支持。本站数据会持续更新，而仅需一次付费，未来就可以随时重新下载到最新版本数据。
当前共找到 31780 篇文献，本页显示第 2021 - 2040 篇。
| 序号 | 推送日期 | 文章 | 类型 | 简述 | 创新点 | 不足 | 研究目的 | 研究对象 | 领域 | 病种 | 技术 | 模型 | 数据类型 | 样本量 | 平台公司 | 平台技术 | 具体产品 | 平台详情 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 2021 | 2025-10-06 |
WITHDRAWN: Retinal Phenotypes and Single-cell Sequencing Analysis of Ush2a Knockout Mice
2025-01-28, Experimental eye research
IF:3.0Q1
DOI:10.1016/j.exer.2025.110247
PMID:39884543
|
撤稿文章 | 本文因出版流程错误已被编辑要求撤回 | NA | 因出版流程错误导致文章被撤回，无法获取有效研究内容 | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA |
| 2022 | 2025-10-06 |
Stimulating the regenerative capacity of the human retina with proneural transcription factors in 3D cultures
2025-Jan-21, Proceedings of the National Academy of Sciences of the United States of America
IF:9.4Q1
DOI:10.1073/pnas.2417228122
PMID:39823300
|
研究论文 | 本研究通过在3D培养系统中使用proneural转录因子刺激人类视网膜中Müller胶质细胞的再生能力 | 首次在成人人类视网膜中证明Müller胶质细胞可通过转录因子重编程生成新神经元 | 研究基于体外培养系统，尚未进行体内验证 | 开发视网膜退行性疾病的再生医学治疗方法 | 人类胎儿视网膜组织和成人死后视网膜组织 | 再生医学 | 视网膜退行性疾病 | 慢病毒载体转导，免疫组化，单细胞RNA测序，电生理学 | 3D培养系统 | 基因表达数据，电生理数据，图像数据 | 人类胎儿和成人视网膜组织样本 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 2023 | 2025-10-06 |
An integrated single-cell and spatial transcriptomic atlas of thyroid cancer progression identifies prognostic fibroblast subpopulations
2025-Jan-09, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2025.01.08.631962
PMID:39829764
|
研究论文 | 通过整合单细胞测序和空间转录组学构建甲状腺癌进展图谱，识别与预后相关的成纤维细胞亚群 | 首次结合单细胞测序、空间转录组学和批量RNA测序，系统定义甲状腺癌中基质细胞亚群和肿瘤-基质相互作用 | NA | 解析甲状腺癌进展过程中的基质细胞重组机制 | 甲状腺癌组织样本 | 数字病理学 | 甲状腺癌 | 单细胞RNA测序,空间转录组学,批量RNA测序 | NA | 基因表达数据,空间定位数据 | NA | NA | 单细胞RNA测序,空间转录组学,批量RNA测序 | NA | NA |
| 2024 | 2025-10-06 |
Supervised Gromov-Wasserstein Optimal Transport with Metric-Preserving Constraints
2025, SIAM journal on mathematics of data science
IF:1.9Q1
DOI:10.1137/24m1630499
PMID:40893388
|
研究论文 | 提出了一种带度量保持约束的监督Gromov-Wasserstein最优传输方法 | 在Gromov-Wasserstein最优传输中引入无穷大成本张量条目，通过求解最小顶点覆盖问题将高阶约束转化为耦合矩阵约束 | NA | 开发能够控制距离保持程度的监督最优传输方法 | 合成数据集和单细胞RNA测序数据 | 机器学习 | NA | 单细胞RNA测序 | 监督Gromov-Wasserstein最优传输 | 基因表达数据 | NA | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 2025 | 2025-10-06 |
Machine Learning-Derived Neddylation Gene Signature for Predicting Prognosis and Immunotherapy Benefits in Colorectal Cancer
2025, ImmunoTargets and therapy
IF:6.2Q1
DOI:10.2147/ITT.S532644
PMID:40894303
|
研究论文 | 本研究开发了一种基于neddylation相关基因的机器学习特征模型，用于预测结直肠癌患者的预后和免疫治疗反应 | 首次结合单细胞RNA测序和多种机器学习算法构建neddylation相关基因特征模型，系统分析neddylation在结直肠癌中的作用 | 需要进一步验证 | 探索neddylation在结直肠癌中的作用并开发预后预测模型 | 结直肠癌患者 | 机器学习 | 结直肠癌 | 单细胞RNA-seq, 批量RNA-seq | 十种机器学习算法 | 基因表达数据 | TCGA和GEO数据库中的结直肠癌样本 | NA | 单细胞RNA-seq, 批量RNA-seq | NA | NA |
| 2026 | 2025-10-06 |
Cellular interactions and Ion channel signatures in atrial fibrillation remodeling: insights from single-cell analysis and machine learning
2025, Frontiers in cardiovascular medicine
IF:2.8Q2
DOI:10.3389/fcvm.2025.1615574
PMID:40894480
|
研究论文 | 通过单细胞分析和机器学习方法研究心房颤动中心脏结构重塑的细胞相互作用和电重塑的离子通道标志物 | 首次结合单细胞RNA测序和机器学习算法系统分析AF的结构和电重塑机制，识别了关键的细胞亚型和离子通道标志基因 | 样本量有限，研究结果需要在更大规模队列中验证 | 阐明心房颤动的结构和电重塑机制，识别潜在的生物标志物和治疗靶点 | 心房颤动患者和窦性心律对照者的心房成纤维细胞 | 生物信息学 | 心血管疾病 | 单细胞RNA测序, 机器学习, 差异表达分析, 细胞轨迹分析, 细胞间相互作用分析 | LASSO, SVM | 单细胞RNA测序数据, 微阵列数据 | NA | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 2027 | 2025-10-06 |
eQTL and multi-omics integration reveal PPIH as a prognostic and immunotherapeutic biomarker
2025, Frontiers in immunology
IF:5.7Q1
DOI:10.3389/fimmu.2025.1647722
PMID:40895540
|
研究论文 | 通过整合多组学数据识别PPIH作为跨癌种的预后和免疫治疗生物标志物 | 首次通过孟德尔随机化整合eQTL和GWAS数据，结合单细胞转录组分析系统鉴定PPIH的泛癌生物标志物潜力 | 研究主要基于生物信息学分析，实验验证仅限于肝癌细胞系 | 系统识别跨癌种的候选生物标志物并评估其临床价值 | 食管腺癌、胃癌、透明细胞肾细胞癌和肝细胞癌等多种恶性肿瘤 | 生物信息学 | 多种癌症 | 孟德尔随机化, 单细胞RNA-seq, 多组学整合分析 | NA | 基因组数据, 转录组数据, 单细胞数据 | NA | NA | 单细胞RNA-seq, 多组学整合 | NA | NA |
| 2028 | 2025-10-06 |
A fusion ORF3a-E subgenomic RNA involved in SARS-CoV-2 infection efficacy by influencing cellular protein synthesis
2025, Frontiers in immunology
IF:5.7Q1
DOI:10.3389/fimmu.2025.1619538
PMID:40895568
|
研究论文 | 本研究鉴定了一种SARS-CoV-2的融合ORF3a-E亚基因组RNA，并揭示其通过调控细胞蛋白合成影响病毒感染效能的机制 | 首次发现并表征了SARS-CoV-2中具有双重编码功能的ORF3a-E融合亚基因组RNA及其在病毒生命周期中的关键作用 | 研究主要基于细胞系模型，尚未在动物模型或临床样本中验证 | 探究SARS-CoV-2亚基因组RNA在病毒感染过程中的功能机制 | SARS-CoV-2病毒及其感染的16HBE人支气管上皮细胞系 | 病毒学 | COVID-19 | 单细胞测序 | NA | RNA测序数据 | SARS-CoV-2感染的16HBE细胞系 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 2029 | 2025-10-06 |
The osteosarcoma immune microenvironment in progression: PLEK as a prognostic biomarker and therapeutic target
2025, Frontiers in immunology
IF:5.7Q1
DOI:10.3389/fimmu.2025.1651858
PMID:40895569
|
研究论文 | 本研究通过多组学分析发现PLEK是骨肉瘤的预后生物标志物和免疫代谢调控枢纽 | 首次揭示PLEK在骨肉瘤免疫微环境中的核心作用，连接免疫浸润与代谢重编程 | 研究样本量有限，功能验证主要在体外进行 | 鉴定骨肉瘤中的免疫代谢生物标志物 | 骨肉瘤组织和肿瘤免疫微环境 | 生物信息学 | 骨肉瘤 | RNA-seq, 单细胞RNA-seq, qRT-PCR, Western blot, siRNA | CytoHubba算法, 蛋白质相互作用网络 | 转录组数据, 单细胞数据 | TCGA/GTEx数据库和GSE162454单细胞数据集 | NA | 单细胞RNA-seq, 转录组测序 | NA | NA |
| 2030 | 2025-10-06 |
Targeting macrophages and ion homeostasis in T2D: new genes and therapeutic pathways identified
2025, Frontiers in immunology
IF:5.7Q1
DOI:10.3389/fimmu.2025.1514243
PMID:40895573
|
研究论文 | 本研究通过单细胞RNA测序和机器学习方法，探索了2型糖尿病患者中巨噬细胞特异性基因表达与异常血单价无机阳离子浓度相关基因的交叉作用 | 首次整合单细胞RNA测序与机器学习识别巨噬细胞中与离子稳态相关的关键基因，并构建了高精度的T2D预测模型 | 样本量相对有限（44例），需要更大规模研究验证发现 | 识别2型糖尿病中巨噬细胞与离子稳态相关的关键基因和潜在治疗靶点 | 2型糖尿病患者的胰岛细胞，特别是巨噬细胞 | 机器学习 | 2型糖尿病 | 单细胞RNA测序，机器学习，PPI网络分析，调控网络分析 | GBM | 单细胞RNA测序数据 | 44例（27例非糖尿病患者，17例2型糖尿病患者） | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 2031 | 2025-10-06 |
Transcriptomic features of immune inflammation and neural plasticity associated with early neurological improvement in acute ischemic stroke patients with large vessel occlusion
2025, Frontiers in neuroscience
IF:3.2Q2
DOI:10.3389/fnins.2025.1581758
PMID:40896336
|
研究论文 | 本研究通过外周血mRNA转录组分析揭示了大血管闭塞性急性缺血性卒中患者早期神经功能改善的免疫炎症和神经可塑性相关分子特征 | 首次系统揭示ENI患者外周血转录组特征，发现免疫激活与神经可塑性抑制的动态平衡机制 | 样本量较小（仅20例），回顾性研究设计 | 探究大血管闭塞性急性缺血性卒中患者血管内取栓后早期神经功能改善的分子机制 | 急性缺血性卒中伴大血管闭塞患者 | 生物信息学 | 缺血性卒中 | mRNA转录组测序，生物信息学分析 | NA | RNA测序数据 | 20例患者（13例ENI组，7例非ENI组） | NA | bulk RNA-seq | NA | NA |
| 2032 | 2025-10-06 |
Marker genes reveal dynamic features of cell evolving processes
2025, Bioinformatics advances
IF:2.4Q2
DOI:10.1093/bioadv/vbaf185
PMID:40896714
|
研究论文 | 通过分析单细胞RNA测序数据揭示细胞演化过程中关键基因的动态特征 | 发现关键基因在细胞分支前后的不同统计特征和表达模式，以及基因调控强度在伪时间轨迹上的变化规律 | 仅分析了四种特定细胞类型的数据集，需要更多验证 | 揭示细胞命运决定过程中基因表达的动态特征 | 小鼠胚胎细胞、小鼠胚胎成纤维细胞、人类骨髓和肠道类器官 | 单细胞生物学 | NA | 单细胞RNA测序 | 机器学习 | 基因表达数据 | 四个单细胞RNA测序数据集 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 2033 | 2025-10-06 |
SEMA3C regulates tumor-associated macrophage phenotype and influences lung cancer cell migration and invasion through VNN1
2025 Jan-Dec, Human & experimental toxicology
IF:2.7Q3
DOI:10.1177/09603271251376577
PMID:40901786
|
研究论文 | 本研究探讨了SEMA3C通过VNN1调控肿瘤相关巨噬细胞表型并影响肺癌细胞迁移和侵袭的机制 | 首次揭示了SEMA3C通过VNN1介导的CAFs与巨噬细胞相互作用调控TAM极化的新机制 | 研究主要基于体外实验，缺乏体内验证；样本来源和数量有限 | 探究肿瘤相关巨噬细胞在肺腺癌细胞侵袭迁移中的作用机制 | 肺腺癌细胞、肿瘤相关巨噬细胞、癌症相关成纤维细胞 | 单细胞分析 | 肺癌 | 单细胞测序, Western blot, Transwell迁移侵袭实验, 免疫荧光染色 | NA | 单细胞测序数据, 实验数据 | GSE131907数据集中的肺腺癌样本 | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 2034 | 2025-10-06 |
Spatial microenvironments tune immune response dynamics in the Drosophila larval fat body
2024-Sep-16, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2024.09.12.612587
PMID:39345471
|
研究论文 | 本研究通过活体光片荧光显微镜和空间转录组学技术，揭示了果蝇幼虫脂肪体免疫反应的空间动态模式 | 首次在果蝇幼虫脂肪体中发现了可重复的空间免疫反应模式，并证明该模式与微生物定位相关但不受其直接调控 | 研究局限于果蝇模型，需要在哺乳动物系统中进一步验证空间免疫组织的保守性 | 探究组织免疫反应的空间动态模式和调控机制 | 果蝇幼虫脂肪体 | 空间生物学 | 感染性疾病 | 活体光片荧光显微镜, 空间转录组学 | NA | 图像, 转录组数据 | 果蝇幼虫 | NA | 空间转录组学 | NA | NA |
| 2035 | 2025-10-06 |
Differential Contributions of Fibroblast Subpopulations to Intercellular Communication in Eosinophilic Esophagitis
2024-Jun-21, Biology
DOI:10.3390/biology13070461
PMID:39056656
|
研究论文 | 本研究通过单细胞RNA测序分析嗜酸性粒细胞性食管炎中成纤维细胞亚群的异质性及其在细胞间通讯中的作用 | 首次在EoE中鉴定出至少两个功能不同的成纤维细胞亚群F_A和F_B，并揭示F_B亚群通过ECM-受体信号在细胞通讯中起主导作用 | 研究基于公开数据库数据，样本来源有限；IL13处理的成纤维细胞培养模型可能无法完全模拟体内复杂环境 | 阐明嗜酸性粒细胞性食管炎中成纤维细胞亚群的异质性及其在疾病发病机制中的作用 | 嗜酸性粒细胞性食管炎患者的食管活检组织样本和IL13处理的成纤维细胞培养物 | 单细胞生物学 | 嗜酸性粒细胞性食管炎 | 单细胞RNA测序 | NA | 单细胞转录组数据 | 公开数据库GSE201153中的EoE食管活检样本 | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 2036 | 2025-10-06 |
Human Motor Neurons Elicit Pathological Hallmarks of ALS and Reveal Potential Biomarkers of the Disease in Response to Prolonged IFNγ Exposure
2024-04-17, The Journal of neuroscience : the official journal of the Society for Neuroscience
DOI:10.1523/JNEUROSCI.1787-23.2024
PMID:38413232
|
研究论文 | 本研究通过长期干扰素-γ处理人源诱导多能干细胞衍生的脊髓运动神经元，揭示了ALS病理特征并发现潜在生物标志物 | 首次证明IFNγ暴露可直接导致TDP-43细胞质聚集和p53通路激活，无需遗传突变或神经胶质细胞参与 | 研究基于体外细胞模型，未在完整生物体系统中验证 | 探究干扰素-γ在肌萎缩侧索硬化发病机制中的作用及潜在治疗靶点 | 人源诱导多能干细胞衍生的脊髓运动神经元 | 神经退行性疾病研究 | 肌萎缩侧索硬化 | 单细胞转录组分析，电生理功能检测 | NA | 转录组数据，电生理数据 | NA | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 2037 | 2025-10-06 |
Single-Cell Analysis of Rohon-Beard Neurons Implicates Fgf Signaling in Axon Maintenance and Cell Survival
2024-04-17, The Journal of neuroscience : the official journal of the Society for Neuroscience
DOI:10.1523/JNEUROSCI.1600-23.2024
PMID:38423763
|
研究论文 | 本研究通过单细胞RNA测序分析斑马鱼Rohon-Beard神经元，揭示其分为三个亚类并发现Fgf信号通路在轴突维持和细胞存活中的关键作用 | 首次在单细胞水平系统鉴定斑马鱼Rohon-Beard神经元的分子亚型，并发现Fgf信号通路在感觉神经元维持中的新功能 | 研究主要聚焦斑马鱼幼虫期神经元，成年期神经元的特性尚未探索 | 阐明斑马鱼Rohon-Beard感觉神经元的分子特征和功能调控机制 | 斑马鱼幼虫期Rohon-Beard神经元 | 单细胞转录组学 | 周围神经病变 | 单细胞RNA测序 | NA | 单细胞转录组数据 | 斑马鱼幼虫Rohon-Beard神经元 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 2038 | 2025-10-06 |
Discovery of optimal cell type classification marker genes from single cell RNA sequencing data
2024, BMC methods
DOI:10.1186/s44330-024-00015-2
PMID:40893796
|
研究论文 | 介绍NS-Forest v4.0算法及其Python包，用于从单细胞RNA测序数据中发现最优细胞类型分类标记基因 | 开发了随机森林机器学习算法NS-Forest v4.0，引入On-Target Fraction指标量化标记基因特异性，在紧密相关细胞类型中识别具有更高特异性的标记基因组合 | NA | 从单细胞RNA测序数据中发现最优细胞类型分类标记基因 | 单细胞RNA测序数据 | 机器学习 | NA | 单细胞RNA测序 | 随机森林 | 基因表达数据 | 包含数百万细胞的大规模单细胞RNA测序图谱数据集 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 2039 | 2025-10-06 |
Single-cell analysis of Rohon-Beard neurons implicates Fgf signaling in axon maintenance and cell survival
2023-Aug-31, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2023.08.26.554953
PMID:37693470
|
研究论文 | 本研究通过单细胞RNA测序分析斑马鱼Rohon-Beard神经元，揭示其分为三个亚类并发现Fgf信号通路在轴突维持和细胞存活中的关键作用 | 首次在单细胞水平系统鉴定斑马鱼Rohon-Beard神经元的三个分子亚类，并发现Fgf信号通路对其轴突维持和细胞存活的调控机制 | 研究主要聚焦斑马鱼幼虫期神经元，未验证在成年个体或其他物种中的普适性 | 探究斑马鱼外周感觉神经元的分子分类及其发育调控机制 | 斑马鱼幼虫期Rohon-Beard神经元 | 单细胞转录组学 | 神经系统疾病 | 单细胞RNA测序 | NA | 单细胞转录组数据 | 斑马鱼幼虫期Rohon-Beard神经元 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 2040 | 2025-10-06 |
Single-cell transcriptome sequencing on the Nanopore platform with ScNapBar
2021-Jun-16, RNA (New York, N.Y.)
DOI:10.1261/rna.078154.120
PMID:33906975
|
研究论文 | 提出ScNapBar软件解决Nanopore平台单细胞转录组测序中细胞条形码分配准确性问题 | 开发了混合测序方法结合Nanopore和Illumina平台优势，通过UMI或朴素贝叶斯概率方法提高细胞条形码分配准确性 | 未明确说明样本规模和技术适用范围 | 解决单细胞全长RNA测序中细胞条形码分配的技术挑战 | 单细胞转录组 | 生物信息学 | NA | 单细胞RNA测序，长读长测序，混合测序 | 朴素贝叶斯 | 测序数据 | NA | Oxford Nanopore, Illumina, 10x Genomics | 单细胞RNA-seq，长读长测序 | Nanopore平台，Illumina平台，10x Chromium | Nanopore长读长测序平台与10x Chromium单细胞测序平台整合 |