单细胞与空转测序相关文章

序号	推送日期	文章	类型	简述	创新点	不足	研究目的	研究对象	领域	病种	技术	模型	数据类型	样本量
20261	2024-08-08	A cellular hierarchy in melanoma uncouples growth and metastasis 2022-10, Nature IF:50.5Q1 DOI:10.1038/s41586-022-05242-7 PMID:36131018	研究论文	本文通过结合小鼠遗传学、单细胞和空间转录组学、谱系追踪和定量建模，揭示了黑色素瘤中肿瘤生长的层次模型，该模型反映了胚胎神经嵴细胞命运指定和分化的细胞和分子逻辑。	本文首次展示了黑色素瘤细胞在空间上定位的血管周围微环境中，通过内皮细胞建立的细胞间通讯途径获得肿瘤发生能力，并揭示了支持生长和转移的细胞池是不同的。	NA	研究黑色素瘤中细胞状态多样性的起源和程度，以及生长和转移扩散是否由重叠或不同的黑色素瘤亚群支持。	黑色素瘤细胞的生长和转移机制。	数字病理学	黑色素瘤	单细胞和空间转录组学	定量建模	转录组数据	涉及小鼠模型和黑色素瘤细胞样本
20262	2024-08-08	Malignant clonal evolution drives multiple myeloma cellular ecological diversity and microenvironment reprogramming 2022-09-22, Molecular cancer IF:27.7Q1 DOI:10.1186/s12943-022-01648-z PMID:36131282	研究论文	本研究通过结合单细胞RNA测序和单分子长读长基因组测序数据，构建了多发性骨髓瘤患者的骨髓细胞生态景观，分析了恶性克隆演化模式及其对肿瘤微环境的影响	首次在单细胞水平上描述了多发性骨髓瘤的恶性克隆演化模式，并揭示了克隆演化与肿瘤微环境之间的交互关系	NA	探讨多发性骨髓瘤的恶性克隆演化及其对肿瘤微环境的影响，为个性化精准治疗策略提供理论依据	多发性骨髓瘤患者的骨髓细胞	数字病理学	多发性骨髓瘤	单细胞RNA测序，单分子长读长基因组测序	NA	基因组数据	所有多发性骨髓瘤患者
20263	2024-08-08	Single-cell transcriptome reveals cellular hierarchies and guides p-EMT-targeted trial in skull base chordoma 2022-Sep-20, Cell discovery IF:13.0Q1 DOI:10.1038/s41421-022-00459-2 PMID:36127333	研究论文	本研究通过单细胞转录组测序揭示了颅底脊索瘤的细胞层次结构，并探索了新的治疗靶点	首次对颅底脊索瘤进行单细胞RNA测序，并发现了与放射抵抗性相关的干细胞样细胞簇和部分上皮-间质转化（p-EMT）相关的恶性细胞特征	研究样本仅包括三名颅底脊索瘤患者，临床试验的样本量较小	揭示颅底脊索瘤的细胞层次结构并探索新的治疗靶点	颅底脊索瘤的单细胞转录组	数字病理学	颅底脊索瘤	单细胞RNA测序	NA	转录组数据	90,691个单细胞样本，三名颅底脊索瘤患者参与临床试验
20264	2024-08-08	Combining single-cell RNA sequencing of peripheral blood mononuclear cells and exosomal transcriptome to reveal the cellular and genetic profiles in COPD 2022-Sep-20, Respiratory research IF:4.7Q1 DOI:10.1186/s12931-022-02182-8 PMID:36127695	研究论文	本研究通过单细胞RNA测序和外泌体转录组测序，揭示了慢性阻塞性肺疾病（COPD）患者外周血单个核细胞（PBMCs）和外泌体的细胞及遗传特征	首次结合单细胞RNA测序和外泌体转录组测序，探讨了COPD患者外周免疫状态与外泌体之间的关系，并构建了竞争性内源RNA（ceRNA）和蛋白质-蛋白质相互作用（PPI）网络	研究样本量较小，仅包括六名COPD患者和四名健康对照	探讨COPD患者外周免疫状态与外泌体之间的关系及其在疾病发展中的作用	COPD患者的外周血单个核细胞（PBMCs）和外泌体	数字病理学	慢性阻塞性肺疾病	单细胞RNA测序，外泌体转录组测序	NA	RNA	六名COPD患者和四名健康对照
20265	2024-08-08	Single-cell and WGCNA uncover a prognostic model and potential oncogenes in colorectal cancer 2022-Sep-19, Biological procedures online IF:3.7Q1 DOI:10.1186/s12575-022-00175-x PMID:36117173	研究论文	本研究利用单细胞转录组测序（scRNA-seq）和批量转录组测序（bulk RNA-seq）数据构建了一个结直肠癌（CRC）的预后模型，并发现了潜在的新癌基因。	首次基于scRNA-seq和bulk RNA-seq数据构建了CRC的预后模型，并鉴定了四个先前未报告的新癌基因（MPZ, SCARA3, MPP2 和 PBXIP1）。	NA	开发新的CRC理解方法并构建预后模型。	结直肠癌（CRC）的预后和潜在治疗靶点。	数字病理学	结直肠癌	单细胞转录组测序（scRNA-seq），批量转录组测序（bulk RNA-seq）	风险模型	基因表达数据	43,851个细胞
20266	2024-08-08	Identification of immune and stromal cell infiltration-related gene signature for prognosis prediction in acute lymphoblastic leukemia 2022-09-19, Aging DOI:10.18632/aging.204292 PMID:36126190	研究论文	本研究针对急性淋巴细胞白血病（ALL），通过生物信息学分析构建了一个基于免疫/间质细胞浸润相关基因（ISCIRG）的预后预测模型	首次描述了基于ISCIRG的预后标志物，用于ALL的预后预测	NA	研究ISCIRGs在ALL中的作用及对患者临床护理的意义	急性淋巴细胞白血病患者	数字病理学	白血病	RNA-seq	LASSO和多元Cox回归分析	RNA-seq数据	444名患者，包括437个批量和7个单细胞RNA-seq数据集
20267	2024-08-08	Single-cell transcriptomics reveal cellular diversity of aortic valve and the immunomodulation by PPARγ during hyperlipidemia 2022-09-17, Nature communications IF:14.7Q1 DOI:10.1038/s41467-022-33202-2 PMID:36115863	研究论文	研究通过单细胞转录组学分析揭示了主动脉瓣的细胞多样性以及PPARγ在血脂异常中的免疫调节作用	首次通过单细胞RNA测序分析揭示了血脂异常条件下主动脉瓣细胞的异质性及其表型变化，并发现PPARγ激活在保护主动脉瓣免受炎症中的作用	NA	探讨血脂异常与主动脉瓣炎症之间的关系，并研究PPARγ在其中的免疫调节作用	主动脉瓣的细胞多样性及PPARγ在血脂异常中的作用	数字病理学	心血管疾病	单细胞RNA测序	NA	转录组数据	涉及血脂异常小鼠及非钙化的人类主动脉瓣样本
20268	2024-08-08	Dendritic cell-derived IL-27 p28 regulates T cell program in pathogenicity and alleviates acute graft-versus-host disease 2022-09-16, Signal transduction and targeted therapy IF:40.8Q1 DOI:10.1038/s41392-022-01147-z PMID:36109504	研究论文	本研究探讨了树突状细胞来源的IL-27 p28在急性移植物抗宿主病中的作用	首次揭示了IL-27 p28在调节Treg细胞功能和效应T细胞反应中的具体机制	研究主要基于小鼠模型，需要进一步在人类中验证	探究IL-27 p28在急性移植物抗宿主病中的作用及其机制	IL-27 p28在树突状细胞中的缺乏对T细胞功能的影响	免疫学	移植物抗宿主病	单细胞RNA测序	NA	RNA	小鼠模型及人类血清样本
20269	2024-08-08	Clustering by measuring local direction centrality for data with heterogeneous density and weak connectivity 2022-09-16, Nature communications IF:14.7Q1 DOI:10.1038/s41467-022-33136-9 PMID:36114209	研究论文	本文提出了一种基于局部方向中心性的边界搜索聚类算法（CDC），用于处理具有异质密度和弱连接性的数据	CDC算法采用基于K最近邻（KNNs）分布的密度无关度量方法，区分内部点和边界点，通过边界点生成封闭笼子来绑定内部点的连接，从而防止跨集群连接并分离弱连接的集群	NA	提高在数据具有异质密度和弱连接性情况下的聚类效果	复杂结构集群、单细胞RNA测序和质谱流式细胞术数据中的细胞类型、语音语料库中的说话者识别	机器学习	NA	单细胞RNA测序（scRNA-seq）、质谱流式细胞术（CyTOF）	NA	数据集	NA
20270	2024-08-08	SimBu: bias-aware simulation of bulk RNA-seq data with variable cell-type composition 2022-09-16, Bioinformatics (Oxford, England) DOI:10.1093/bioinformatics/btac499 PMID:36124800	研究论文	本文介绍了SimBu，一个用于模拟具有可变细胞类型组成的批量RNA-seq数据的R包	SimBu能够模拟伪批量样本，并使用实验得出的或数据驱动的缩放因子来模拟细胞类型特异性mRNA偏差	目前没有用于生成伪批量RNA-seq数据的模拟软件	开发一个用户友好且灵活的工具，用于模拟现实的伪批量RNA-seq数据集，作为评估细胞类型解卷积方法的虚拟黄金标准	批量RNA-seq数据和细胞类型解卷积方法	生物信息学	NA	RNA-seq	NA	RNA-seq数据	NA
20271	2024-08-08	The Essential Role of the Choriocapillaris in Vision: Novel Insights from Imaging and Molecular Biology 2022-09-15, Annual review of vision science IF:5.0Q1 DOI:10.1146/annurev-vision-100820-085958 PMID:36108103	研究论文	本文探讨了脉络膜毛细血管在视觉中的重要作用，以及通过成像和分子生物学技术对其功能的新见解	利用单细胞RNA测序、活体成像和体外细胞模型等先进技术，深入研究了脉络膜及其在正常健康和年龄相关性黄斑变性（AMD）中的作用	NA	旨在理解脉络膜毛细血管在正常视觉和年龄相关性黄斑变性中的作用	脉络膜毛细血管及其在视觉中的功能	数字病理学	年龄相关性黄斑变性	单细胞RNA测序	NA	图像	NA
20272	2024-08-08	Liver group 2 innate lymphoid cells regulate blood glucose levels through IL-13 signaling and suppression of gluconeogenesis 2022-09-15, Nature communications IF:14.7Q1 DOI:10.1038/s41467-022-33171-6 PMID:36109558	研究论文	本文研究了肝脏中的第2组先天淋巴细胞（ILC2）通过IL-13信号传导和抑制糖异生作用调节血糖水平	首次详细研究了肝脏ILC2在血糖水平调节中的代谢贡献	NA	探讨肝脏ILC2在血糖稳态中的作用及其分子机制	肝脏中的第2组先天淋巴细胞（ILC2）及其在血糖调节中的作用	NA	NA	ChIP-seq, ATAC-seq, scRNA-seq	NA	基因表达数据	特定Hnf4a/G6pc高表达的初级肝细胞簇
20273	2024-08-08	Tmsb10 triggers fetal Leydig differentiation by suppressing the RAS/ERK pathway 2022-09-15, Communications biology IF:5.2Q1 DOI:10.1038/s42003-022-03941-5 PMID:36109592	研究论文	本研究通过单细胞RNA测序技术分析胎儿睾丸间质细胞前体细胞，揭示了胸腺素β10（Tmsb10）在胎儿睾丸间质细胞分化中的作用及其分子机制	本研究首次揭示了Tmsb10通过抑制RAS/ERK通路促进胎儿睾丸间质细胞分化的机制，并展示了DHH和PDGF在这一过程中的协同作用	NA	探讨胎儿睾丸间质细胞分化的分子机制	胎儿睾丸间质细胞及其前体细胞	NA	NA	单细胞RNA测序	NA	RNA	NA
20274	2024-08-08	Reduced cell invasion may be a characteristic of placental defects in pregnant women of advanced maternal age at single-cell level 2022 Sept 15, Journal of Zhejiang University. Science. B DOI:10.1631/jzus.B2101024 PMID:36111571	研究论文	本研究通过单细胞RNA测序和体外穿透实验，探讨了高龄产妇胎盘中滋养细胞侵袭能力下降的机制	首次在高龄产妇胎盘中发现滋养细胞侵袭能力下降，并鉴定了与侵袭相关的差异表达基因SERPINE1	样本量较小，需要进一步扩大样本验证结果	探究高龄产妇胎盘缺陷的细胞机制	高龄产妇的胎盘组织和滋养细胞	NA	NA	单细胞RNA测序	NA	转录组数据	共分析了27,607个细胞，包括来自4名高龄产妇和对照组的胎盘组织，以及来自6名孕妇的滋养细胞
20275	2024-08-08	Personalized neoantigen vaccine combined with PD-1 blockade increases CD8+ tissue-resident memory T-cell infiltration in preclinical hepatocellular carcinoma models 2022-09, Journal for immunotherapy of cancer IF:10.3Q1 DOI:10.1136/jitc-2021-004389 PMID:36113894	研究论文	本研究探讨了个性化新抗原疫苗与PD-1阻断剂联合使用在肝细胞癌模型中增加CD8+组织驻留记忆T细胞浸润的效果及其机制	首次详细研究了个性化新抗原疫苗与PD-1阻断剂联合使用在肝细胞癌中的协同作用及其分子机制	NA	开发一种临床可用的联合治疗策略，并探索其在肝细胞癌中的潜在抗肿瘤机制	肝细胞癌模型中的免疫反应和协同机制	NA	肝细胞癌	新抗原筛选，单细胞RNA测序，四聚体流式细胞术，免疫荧光	NA	单细胞RNA测序数据，流式细胞术数据，免疫荧光图像	使用小鼠原位肝细胞癌模型和患者来源的细胞进行研究
20276	2024-08-08	SPROUT: spectral sparsification helps restore the spatial structure at single-cell resolution 2022-Sep, NAR genomics and bioinformatics IF:4.0Q1 DOI:10.1093/nargab/lqac069 PMID:36128423	研究论文	本文开发了一个名为SPROUT的软件包，用于从转录组数据中重建单细胞分辨率的空间结构，通过减少伪配体-受体亲和力来实现	SPROUT通过部分相关性、光谱图稀疏化和空间坐标细化来减少细胞间亲和矩阵中的伪亲和力，并将估计的相互作用嵌入到低维空间中，以恢复细胞间结构	NA	重建单细胞分辨率的空间结构	单细胞转录组数据中的空间结构	数字病理学	NA	单细胞RNA测序	光谱图稀疏化	转录组数据	在小鼠海马体和人类器官肿瘤微环境数据集中，形状Pearson相关性范围从0.91到0.97；在人类发育心脏数据集和肿瘤微环境数据集中，细胞类型接近相关性分别为0.68和0.89
20277	2024-08-08	Analyzing network diversity of cell-cell interactions in COVID-19 using single-cell transcriptomics 2022, Frontiers in genetics IF:2.8Q2 DOI:10.3389/fgene.2022.948508 PMID:36105110	研究论文	本文通过单细胞转录组学分析了COVID-19中细胞间相互作用网络的多样性	本文首次在群体层面比较了不同疾病状态下的细胞间相互作用网络，而不仅仅是单个样本间的直接比较	NA	揭示不同疾病状态下细胞间相互作用网络的生物学特征	COVID-19患者的细胞间相互作用网络	单细胞转录组学	COVID-19	单细胞RNA测序	NA	转录组数据	大规模单细胞RNA测序数据集
20278	2024-08-08	Classification of pyroptosis patterns and construction of a novel prognostic model for prostate cancer based on bulk and single-cell RNA sequencing 2022, Frontiers in endocrinology IF:3.9Q2 DOI:10.3389/fendo.2022.1003594 PMID:36105400	研究论文	本研究通过综合分析批量和单细胞RNA测序数据，构建了一个新的与细胞焦亡相关的预后模型，用于预测前列腺癌患者的复发风险	首次基于批量和单细胞RNA测序数据构建了与细胞焦亡相关的预后模型，用于前列腺癌患者的复发风险预测	NA	开发一种新的与细胞焦亡相关的预后模型，以提高前列腺癌复发预测的准确性	前列腺癌患者的批量和单细胞RNA测序数据	数字病理学	前列腺癌	RNA测序	LASSO回归	RNA测序数据	多个在线数据库中的前列腺癌患者数据
20279	2024-08-08	Systematic identification of cancer-associated-fibroblast-derived genes in patients with colorectal cancer based on single-cell sequencing and transcriptomics 2022, Frontiers in immunology IF:5.7Q1 DOI:10.3389/fimmu.2022.988246 PMID:36105798	研究论文	本研究利用单细胞测序和转录组学方法，系统识别了结直肠癌患者中癌症相关成纤维细胞（CAFs）来源的基因	首次通过单细胞测序技术详细分析了结直肠癌中成纤维细胞的亚群及其在肿瘤微环境中的作用	研究仅限于结直肠癌患者，结果的普遍性和其他类型癌症的适用性有待验证	探讨癌症相关成纤维细胞在结直肠癌发生发展中的作用机制	结直肠癌患者的癌症相关成纤维细胞及其相关基因	数字病理学	结直肠癌	单细胞测序	lasso回归分析	基因表达数据	结直肠癌患者的成纤维细胞亚群
20280	2024-08-08	Single-cell gene expression analysis of cryopreserved equine bronchoalveolar cells 2022, Frontiers in immunology IF:5.7Q1 DOI:10.3389/fimmu.2022.929922 PMID:36105804	研究论文	本研究使用单细胞mRNA测序技术（scRNA-seq）分析了冷冻保存的马支气管肺泡灌洗液（BALF）细胞的转录组特征	首次在马中检测到与单核细胞-淋巴细胞复合体一致的转录组特征，并发现了先前未探索的T细胞和巨噬细胞亚群	NA	探索马支气管肺泡灌洗液的细胞组成，并深入分析主要免疫细胞群体的组成	冷冻保存的马支气管肺泡灌洗液细胞	数字病理学	马哮喘	单细胞mRNA测序（scRNA-seq）	NA	细胞	4,631个细胞来自三匹处于缓解期的哮喘马