单细胞与空转测序相关文章
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当前共找到 27366 篇文献，本页显示第 20221 - 20240 篇。
| 序号 | 推送日期 | 文章 | 类型 | 简述 | 创新点 | 不足 | 研究目的 | 研究对象 | 领域 | 病种 | 技术 | 模型 | 数据类型 | 样本量 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 20221 | 2024-08-08 |
Construction and verification of a hypoxia-related nine-gene prognostic model in uveal melanoma based on integrated single-cell and bulk RNA sequencing analyses
2022-10, Experimental eye research
IF:3.0Q1
DOI:10.1016/j.exer.2022.109214
PMID:35981602
|
研究论文 | 本文构建并验证了一个基于单细胞和批量RNA测序分析的与缺氧相关的九基因预后模型，用于葡萄膜黑色素瘤 | 首次基于单细胞和批量RNA测序数据集，通过综合分析识别出47个与缺氧相关的共同差异表达基因，并建立了九基因预后模型 | NA | 研究目的是构建和验证一个与缺氧相关的九基因预后模型，以预测葡萄膜黑色素瘤患者的预后并指导个性化治疗 | 葡萄膜黑色素瘤患者及其预后 | 数字病理学 | 葡萄膜黑色素瘤 | 单细胞RNA测序（scRNA-seq）和批量RNA测序 | LASSO-Cox回归模型 | RNA测序数据 | 使用了来自Gene Expression Omnibus（GEO）的单细胞测序数据集和来自癌症基因组图谱（TCGA）的批量RNA测序数据集 |
| 20222 | 2024-08-08 |
Graph attention network for link prediction of gene regulations from single-cell RNA-sequencing data
2022-09-30, Bioinformatics (Oxford, England)
DOI:10.1093/bioinformatics/btac559
PMID:35961023
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研究论文 | 本文提出了一种基于图注意力网络的GENELink方法，用于从单细胞RNA测序数据中预测基因调控网络中的潜在相互作用 | 利用图注意力网络处理单细胞RNA测序数据，提高了在低信噪比和dropout情况下的基因调控网络重建性能 | NA | 旨在从单细胞RNA测序数据中重建基因调控网络 | 单细胞RNA测序数据中的转录因子与目标基因之间的潜在相互作用 | 生物信息学 | 乳腺癌 | 单细胞RNA测序 | 图注意力网络 | 基因表达数据 | 七种单细胞RNA测序数据集，包括人类乳腺癌转移数据 |
| 20223 | 2024-08-08 |
In search of a Drosophila core cellular network with single-cell transcriptome data
2022-09-30, G3 (Bethesda, Md.)
DOI:10.1093/g3journal/jkac212
PMID:35976114
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研究论文 | 本文利用单细胞转录组数据，构建了果蝇细胞类型特异性的基因共表达网络，以寻找跨细胞类型的核心细胞网络 | 本文首次通过基因共表达分析，揭示了果蝇中跨细胞类型的核心细胞网络，该网络由高度协调的基因组成，主要编码核糖体蛋白 | 本文发现的核心细胞网络仅占细胞类型特异性基因共表达网络的一小部分，表明其可能只涵盖了少数基本功能 | 探索多细胞生物中跨细胞类型的核心细胞网络 | 果蝇的单细胞转录组数据 | 生物信息学 | NA | 单细胞RNA测序 | 基因共表达网络 | 转录组数据 | 涵盖多种细胞类型的单细胞转录组数据 |
| 20224 | 2024-08-08 |
A CRISPRi/a platform in human iPSC-derived microglia uncovers regulators of disease states
2022-09, Nature neuroscience
IF:21.2Q1
DOI:10.1038/s41593-022-01131-4
PMID:35953545
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研究论文 | 本文介绍了一种在人诱导多能干细胞衍生的微胶质细胞中使用CRISPRi/a平台进行遗传扰动筛选的方法，以揭示神经系统疾病状态的调控因子 | 开发了一种高效的8天协议，用于生成基于六个转录因子诱导表达的微胶质样细胞，并在此系统中建立了可诱导的CRISPR干扰和激活 | NA | 系统地阐明遗传扰动对人类诱导多能干细胞衍生的微胶质细胞功能后果 | 人类诱导多能干细胞衍生的微胶质细胞 | 数字病理学 | 神经系统疾病 | CRISPRi/a | NA | 单细胞RNA测序 | NA |
| 20225 | 2024-08-08 |
A Cuproptosis Activation Scoring model predicts neoplasm-immunity interactions and personalized treatments in glioma
2022-09, Computers in biology and medicine
IF:7.0Q1
DOI:10.1016/j.compbiomed.2022.105924
PMID:35964468
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研究论文 | 本文通过分析大量肿瘤和单细胞转录组数据，构建了铜死亡活性评分（CuAS）模型，用于预测胶质瘤中的肿瘤-免疫相互作用和个性化治疗 | 首次系统探讨铜死亡在胶质瘤中的作用，并构建了基于铜死亡相关基因的活性评分模型，结合机器学习技术验证了评分的稳定性 | NA | 研究铜死亡在胶质瘤中的作用及其与肿瘤-免疫相互作用的关系，并探索潜在的治疗药物 | 胶质瘤及其与免疫系统的相互作用 | 数字病理学 | 脑肿瘤 | 机器学习 | NA | 转录组数据 | NA |
| 20226 | 2024-08-08 |
Reprogramming barriers in bovine cells nuclear transfer revealed by single-cell RNA-seq analysis
2022-09, Journal of cellular and molecular medicine
IF:4.3Q2
DOI:10.1111/jcmm.17505
PMID:35971640
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研究论文 | 本研究使用单细胞RNA测序分析牛细胞核移植中的重编程障碍 | 首次通过单细胞RNA测序技术揭示了牛细胞核移植胚胎在基因表达和信号通路激活方面的异常 | 研究主要集中在基因表达和信号通路激活的异常，未涉及其他可能影响核移植效率的因素 | 揭示牛细胞核移植胚胎发育过程中的基因表达和信号通路激活的异常 | 牛成纤维细胞和三因子牛诱导多能干细胞（3F biPSCs）作为供体进行牛核移植 | NA | NA | 单细胞RNA测序（scRNA-seq） | NA | 转录组 | 使用了牛成纤维细胞和三因子牛诱导多能干细胞（3F biPSCs）作为供体 |
| 20227 | 2024-08-08 |
Dopamine and GPCR-mediated modulation of DN1 clock neurons gates the circadian timing of sleep
2022-08-23, Proceedings of the National Academy of Sciences of the United States of America
IF:9.4Q1
DOI:10.1073/pnas.2206066119
PMID:35969763
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research paper | 本文研究了多巴胺和G蛋白偶联受体（GPCRs）在调节DN1时钟神经元对睡眠时间节律中的作用。 | 通过单细胞测序和基因编辑技术，揭示了GPCRs在果蝇大脑时钟网络中的高度富集和差异表达，以及它们在时钟神经元身份中的作用。 | NA | 探索多巴胺和GPCRs在调节睡眠时间节律中的作用。 | 果蝇大脑中的时钟神经元和GPCRs。 | NA | NA | 单细胞测序 | NA | 基因数据 | 特定神经元中的单个GPCRs |
| 20228 | 2024-08-08 |
SC2sepsis: sepsis single-cell whole gene expression database
2022-08-18, Database : the journal of biological databases and curation
DOI:10.1093/database/baac061
PMID:35980286
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研究论文 | 本文介绍了SC2sepsis数据库，该数据库整合了来自45名脓毒症患者和26名健康对照者的外周血单个核细胞的单细胞RNA测序数据，共包含232,226个细胞 | SC2sepsis数据库提供了1988个在病理和健康条件下差异表达的基因检索功能和自动细胞类型注释，有助于深入理解脓毒症的免疫失调 | NA | 旨在通过单细胞RNA测序技术揭示脓毒症相关的基因表达特征，以促进对脓毒症发病机制的理解 | 脓毒症患者的免疫细胞及其基因表达变化 | 数字病理学 | 脓毒症 | 单细胞RNA测序（scRNA-seq） | NA | 基因表达数据 | 45名脓毒症患者和26名健康对照者的外周血单个核细胞，共232,226个细胞 |
| 20229 | 2024-08-08 |
Subtype and cell type specific expression of lncRNAs provide insight into breast cancer
2022-08-18, Communications biology
IF:5.2Q1
DOI:10.1038/s42003-022-03559-7
PMID:35982125
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研究论文 | 本文通过分析长非编码RNA（lncRNA）在乳腺癌中的表达，揭示了lncRNA与乳腺癌临床病理特征的关联，并探讨了其在乳腺癌中的调控机制 | 本文通过共表达分析和单细胞RNA测序，发现了由细胞类型特异性表达驱动的三个不同的lncRNA簇，并进一步研究了驱动lncRNA表达的顺式调控区域 | NA | 探讨lncRNA在乳腺癌中的表达模式及其对乳腺癌基因调控网络的影响 | 乳腺癌中的长非编码RNA（lncRNA）及其与临床病理特征的关联 | 数字病理学 | 乳腺癌 | 单细胞RNA测序 | NA | RNA | 两个基于人群的队列：SCAN-B和TCGA |
| 20230 | 2024-08-08 |
Heterogeneity of circulating CD4+CD8+ double-positive T cells characterized by scRNA-seq analysis and trajectory inference
2022-08-18, Scientific reports
IF:3.8Q1
DOI:10.1038/s41598-022-18340-3
PMID:35982155
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研究论文 | 本研究利用单细胞RNA测序技术分析了猕猴循环系统中的CD4+CD8+双阳性T细胞的异质性，并通过轨迹推断揭示了其分化状态的多样性 | 发现了两个新的CD4+CD8+双阳性T细胞亚群，并揭示了猕猴与食蟹猴中DP T细胞分化状态的差异 | NA | 深入理解CD4+CD8+双阳性T细胞的特征及其在疾病中的作用 | 猕猴和食蟹猴的循环系统中的CD4+CD8+双阳性T细胞 | NA | NA | 单细胞RNA测序 | NA | 基因表达数据 | 分析了来自猕猴的7601个细胞，检测到14,459个基因 |
| 20231 | 2024-08-08 |
Single-cell atlas of diverse immune populations in the advanced biliary tract cancer microenvironment
2022-Aug-18, NPJ precision oncology
IF:6.8Q1
DOI:10.1038/s41698-022-00300-9
PMID:35982235
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研究论文 | 本研究利用单细胞RNA测序技术，全面分析了晚期胆道癌（BTC）中的免疫微环境，识别了多种免疫细胞亚群及其在肿瘤微环境中的相互作用 | 首次在单细胞水平上详细描述了晚期胆道癌中的免疫细胞亚群，特别是耗竭的CD8 T细胞、巨噬细胞和树突状细胞在肿瘤微环境中的作用 | 研究样本量较小，仅包括16个匹配样本，可能影响结果的普遍性 | 旨在深入了解晚期胆道癌的免疫微环境，以预测免疫治疗反应并开发新的免疫治疗方法 | 晚期胆道癌中的免疫细胞及其在肿瘤微环境中的作用 | 数字病理学 | 胆道癌 | 单细胞RNA测序 | NA | 转录组数据 | 45,851个细胞来自16个匹配样本 |
| 20232 | 2024-08-08 |
High-dimensional investigation of the cerebrospinal fluid to explore and monitor CNS immune responses
2022-08-17, Genome medicine
IF:10.4Q1
DOI:10.1186/s13073-022-01097-9
PMID:35978442
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研究论文 | 本文总结了通过单细胞转录组学研究中枢神经系统（CNS）边界区域如何增进我们对神经系统疾病的理解，以及新兴的多组学方法带来的机遇和挑战 | 介绍了单细胞转录组学和多组学方法在探索和监测中枢神经系统免疫反应中的应用 | 需要多中心合作创建单细胞图谱，并面临跨中心整合患者和数据模式的挑战 | 探索和监测中枢神经系统免疫反应 | 脑脊液（CSF）中的免疫细胞组成及其在神经系统疾病中的作用 | 数字病理学 | 神经系统疾病 | 单细胞转录组学 | NA | 基因表达数据 | 具体样本数量未提及 |
| 20233 | 2024-08-08 |
Vaccine-associated enhanced respiratory pathology in COVID-19 hamsters after TH2-biased immunization
2022-08-16, Cell reports
IF:7.5Q1
DOI:10.1016/j.celrep.2022.111214
PMID:35952673
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研究论文 | 本研究评估了两种COVID-19疫苗在严重感染的仓鼠模型中的效果，发现T2偏向的疫苗引发了疫苗相关增强呼吸道疾病（VAERD），而T1偏向的疫苗则能保护动物 | 首次通过单细胞RNA测序揭示了VAERD是由过度刺激的巨噬细胞和T2细胞因子分泌的淋巴细胞共同作用引起的，并可能与抗体依赖性增强（ADE）有关 | 研究仅在仓鼠模型中进行，需要进一步在其他模型或人类中验证 | 探究COVID-19疫苗接种后可能引发的疫苗相关增强呼吸道疾病（VAERD） | COVID-19疫苗在仓鼠模型中的效果及可能引发的VAERD | 疫苗学 | COVID-19 | 单细胞RNA测序（scRNA-seq） | NA | 转录组数据 | 仓鼠模型中的肺部细胞 |
| 20234 | 2024-08-08 |
Advances of cancer-associated fibroblasts in liver cancer
2022-Aug-16, Biomarker research
IF:9.5Q1
DOI:10.1186/s40364-022-00406-z
PMID:35971182
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综述 | 本文综述了癌症相关成纤维细胞（CAFs）在肝癌中的最新研究进展 | 利用单细胞测序技术帮助更好地理解肝癌中CAFs的多样性 | NA | 更新关于CAFs在肝细胞癌（HCC）和胆管癌（CCA）中的知识，并探讨其在肝癌治疗中的新策略 | 癌症相关成纤维细胞（CAFs）在肝癌中的作用及其多样性 | NA | 肝癌 | 单细胞测序技术 | NA | NA | NA |
| 20235 | 2024-08-08 |
Expression profiles of respiratory V-ATPase and calprotectin in SARS-CoV-2 infection
2022-Aug-16, Cell death discovery
IF:6.1Q1
DOI:10.1038/s41420-022-01158-3
PMID:35974012
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研究论文 | 研究SARS-CoV-2感染中呼吸V-ATPase和钙卫蛋白的表达情况及其在病毒发病机制中的作用 | 首次详细探讨了SARS-CoV-2感染中细胞内/溶酶体pH值的变化及其对S蛋白切割的影响，并验证了V-ATPase和钙卫蛋白表达的增加 | NA | 探讨SARS-CoV-2感染中细胞微环境的变化及其在病毒发病机制中的作用 | SARS-CoV-2感染中的V-ATPase和钙卫蛋白表达 | 数字病理学 | COVID-19 | 单细胞RNA测序, bulk-RNA测序, 蛋白质组学 | NA | RNA, 蛋白质 | 包括A549细胞、肺组织和NHBE细胞等 |
| 20236 | 2024-08-08 |
Primary cilia and SHH signaling impairments in human and mouse models of Parkinson's disease
2022-08-16, Nature communications
IF:14.7Q1
DOI:10.1038/s41467-022-32229-9
PMID:35974013
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研究论文 | 本文通过多重单细胞转录组学分析，研究了散发性帕金森病（sPD）患者的人神经前体细胞（hNPCs）中与初级纤毛（PC）相关的基因表达变化，并探讨了初级纤毛缩短与Sonic Hedgehog（SHH）信号传导增加之间的关系。 | 首次揭示了初级纤毛缩短与SHH信号传导增加在散发性帕金森病中的作用，并提出了抑制过度活跃的SHH信号可能是一种潜在的神经保护疗法。 | NA | 探讨帕金森病中初级纤毛和SHH信号传导的病理机制，并寻找潜在的治疗方法。 | 散发性帕金森病患者的人神经前体细胞和PINK1缺陷的人类及小鼠模型。 | NA | 帕金森病 | 多重单细胞转录组学 | NA | 基因表达数据 | 来自散发性帕金森病患者的多个神经前体细胞样本 |
| 20237 | 2024-08-08 |
Spatiotemporal single-cell regulatory atlas reveals neural crest lineage diversification and cellular function during tooth morphogenesis
2022-08-16, Nature communications
IF:14.7Q1
DOI:10.1038/s41467-022-32490-y
PMID:35974052
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研究论文 | 本文利用小鼠臼齿作为模型，通过单细胞转录组测序研究了迁移后颅神经嵴细胞的细胞命运多样化过程，揭示了其在牙齿形态发生中的作用和细胞功能。 | 本文首次揭示了颅神经嵴细胞在牙齿形态发生中的转录异质性景观，并定义了特定细胞域及其在不同臼齿间质组织中的贡献。 | NA | 研究颅神经嵴细胞在颅面发育中的细胞命运决定机制。 | 迁移后的颅神经嵴细胞及其在牙齿形态发生中的作用。 | 数字病理学 | NA | 单细胞转录组测序 | NA | 转录组数据 | 小鼠臼齿样本 |
| 20238 | 2024-08-08 |
Statistical evidence for the presence of trajectory in single-cell data
2022-Aug-16, BMC bioinformatics
IF:2.9Q1
DOI:10.1186/s12859-022-04875-9
PMID:35974302
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研究论文 | 本文介绍了一种基于图统计的方法来识别单细胞数据中轨迹的存在 | 本文首次提出了一种方法来确定观测数据中是否存在轨迹，然后再进行轨迹推断 | NA | 评估轨迹推断中的不确定性，增进对生物系统动态的理解 | 单细胞数据中的轨迹存在性 | 生物信息学 | NA | 单细胞RNA测序 | 图统计方法 | 单细胞数据 | NA |
| 20239 | 2024-08-08 |
Single-cell genomic and transcriptomic landscapes of primary and metastatic colorectal cancer tumors
2022-08-16, Genome medicine
IF:10.4Q1
DOI:10.1186/s13073-022-01093-z
PMID:35974387
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研究论文 | 研究了结直肠癌（CRC）患者的匹配邻近正常组织、原发肿瘤和转移瘤的基因组和转录组改变 | 揭示了PPAR信号通路在CRC肿瘤中的普遍和异常激活，以及通过单细胞RNA测序和单细胞靶向cDNA Sanger测序揭示了癌症细胞中关键点突变（KRAS和TP53）的存在与否对表型差异的影响 | NA | 深入了解驱动突变如何干扰癌症细胞在体内的转录组状态，并探索CRC的转移机制及潜在的诊断和治疗标志物 | 结直肠癌患者的匹配邻近正常组织、原发肿瘤和转移瘤 | 数字病理学 | 结直肠癌 | 全基因组测序（WGS）、多区域全外显子测序（WES）、单细胞RNA测序、单细胞靶向cDNA Sanger测序 | NA | 基因组、外显子组、转录组 | 12名转移性结直肠癌患者（基因组84个，外显子组81个，单细胞9120个） |
| 20240 | 2024-08-08 |
Transcriptional heterogeneity and cell cycle regulation as central determinants of Primitive Endoderm priming
2022-08-15, eLife
IF:6.4Q1
DOI:10.7554/eLife.78967
PMID:35969041
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研究论文 | 研究探讨了细胞周期调控和转录异质性在胚胎干细胞向原始内胚层分化过程中的作用 | 发现细胞周期调控的差异可以影响原始内胚层和外胚层样细胞的比例，并且FGF/ERK信号通路不仅影响干细胞的异质性，还影响细胞周期的继承 | NA | 探索细胞周期调控如何促进或抑制异质性和分化 | 小鼠胚胎干细胞在自我更新、启动和分化为原始内胚层过程中的细胞周期调控 | 数字病理学 | NA | 单细胞RNA测序，时间流逝成像 | NA | RNA序列 | NA |