单细胞与空转测序相关文章

序号	推送日期	文章	类型	简述	创新点	不足	研究目的	研究对象	领域	病种	技术	模型	数据类型	样本量
20181	2024-08-08	Mathematical model for the relationship between single-cell and bulk gene expression to clarify the interpretation of bulk gene expression data 2022, Computational and structural biotechnology journal IF:4.4Q2 DOI:10.1016/j.csbj.2022.08.062 PMID:36147671	研究论文	本文开发了一个数学模型，用于阐明单细胞和批量基因表达之间的关系，并解释批量基因表达数据的均值和方差	提出了一个数学模型，将批量基因表达值与单细胞基因表达轮廓的均值成比例，并通过理论、模拟和真实单细胞RNA-seq数据分析验证了其有效性	NA	阐明批量基因表达数据的均值和方差的解释	单细胞和批量基因表达之间的关系	分子生物学	NA	单细胞RNA-seq	数学模型	基因表达数据	NA
20182	2024-08-08	scWizard: A web-based automated tool for classifying and annotating single cells and downstream analysis of single-cell RNA-seq data in cancers 2022, Computational and structural biotechnology journal IF:4.4Q2 DOI:10.1016/j.csbj.2022.08.028 PMID:36147672	研究论文	开发了一个名为scWizard的网络自动化工具，用于分类和注释单细胞以及下游分析单细胞RNA测序数据在癌症中的应用	scWizard集成了基于深度神经网络学习的细胞注释方法和11种下游分析方法，提供了预训练集供用户灵活选择，并在注释肿瘤衍生淋巴细胞/自然杀伤细胞和骨髓细胞亚型方面具有更高的准确性	NA	开发一个集成多种分析方法的自动化工具，用于单细胞RNA测序数据的分类、注释和下游分析	单细胞RNA测序数据在肿瘤微环境中的应用	数字病理学	癌症	单细胞RNA测序	深度神经网络	单细胞数据	使用113,976个细胞跨越13种癌症类型作为内置参考数据集
20183	2024-08-08	Single-cell transcriptome profiling reveals several LncRNAs differentially expressed in idiopathic germ cell aplasia 2022, Frontiers in cell and developmental biology IF:4.6Q1 DOI:10.3389/fcell.2022.952518 PMID:36147743	研究论文	本研究通过单细胞转录组测序技术，分析了特发性生殖细胞发育不全患者睾丸中的长链非编码RNA（LncRNA）表达差异	首次在单细胞水平上揭示了特发性生殖细胞发育不全患者中差异表达的LncRNA，并发现这些LncRNA与转录因子TAF9B及环境污染物双酚A的激活有关	NA	深入理解特发性生殖细胞发育不全的分子机制及其临床进程	特发性生殖细胞发育不全患者的睾丸组织	数字病理学	男性不育症	单细胞转录组测序	NA	转录组数据	多个特发性生殖细胞发育不全患者的睾丸组织样本
20184	2024-08-08	Single-Cell Transcriptome Analysis Reveals Different Immune Signatures in HPV- and HPV + Driven Human Head and Neck Squamous Cell Carcinoma 2022, Journal of immunology research IF:3.5Q2 DOI:10.1155/2022/2079389 PMID:36157879	研究论文	本研究通过单细胞转录组分析揭示了HPV阳性和HPV阴性驱动的人类头颈鳞状细胞癌中不同的免疫特征	本研究首次通过单细胞转录组分析揭示了HPV阳性和HPV阴性头颈鳞状细胞癌微环境中的细胞组成和信号通路差异	研究样本量较小，且仅基于公开数据库的数据进行分析，可能影响结果的普遍性	评估病毒（特别是人乳头瘤病毒[HPV]）和致癌物驱动的头颈鳞状细胞癌（HNSCC）微环境	HPV阳性和HPV阴性头颈鳞状细胞癌患者的单细胞转录组数据	数字病理学	头颈鳞状细胞癌	单细胞测序	NA	转录组数据	131224个细胞，来自18名HPV阴性HNSCC患者和8名HPV阳性HNSCC患者
20185	2024-08-08	Identification of macrophage correlated biomarkers to predict the prognosis in patients with intrahepatic cholangiocarcinoma 2022, Frontiers in oncology IF:3.5Q2 DOI:10.3389/fonc.2022.967982 PMID:36158683	研究论文	本研究利用单细胞RNA测序技术，识别与肝内胆管癌（ICC）预后相关的巨噬细胞相关生物标志物，并探讨其对免疫治疗反应的预测作用	首次在单细胞水平上研究ICC患者中的巨噬细胞，并发现MMP19和SIRPα可预测ICC的预后和免疫检查点阻断（ICB）反应	研究仅限于特定的生物标志物和特定的免疫治疗反应，未来研究需扩大样本量和探索更多潜在的生物标志物	探讨巨噬细胞在肝内胆管癌发展及治疗反应中的作用，并寻找相关的预后生物标志物	肝内胆管癌患者的巨噬细胞及相关生物标志物	数字病理学	肝内胆管癌	单细胞RNA测序（ScRNA-seq）	NA	转录组数据	ICC和邻近组织的巨噬细胞被分为12个集群
20186	2024-08-08	Comparable bidirectional neutrophil immune dysregulation between Kawasaki disease and severe COVID-19 2022, Frontiers in immunology IF:5.7Q1 DOI:10.3389/fimmu.2022.995886 PMID:36159873	研究论文	本研究通过单细胞RNA测序分析了川崎病和严重COVID-19之间的免疫失调差异	发现川崎病和严重COVID-19在单细胞RNA测序中显示出相似的免疫失调模式，特别是在中性粒细胞活化和MHC II类分子表达减少方面	NA	分析川崎病和严重COVID-19在单细胞RNA测序中的差异	川崎病患者和严重COVID-19患者的免疫失调机制	NA	川崎病, COVID-19	单细胞RNA测序	NA	RNA	22个单细胞RNA测序数据，共102,355个细胞核
20187	2024-08-08	Pan-cancer analysis of prognostic and immunological role of DTYMK in human tumors 2022, Frontiers in genetics IF:2.8Q2 DOI:10.3389/fgene.2022.989460 PMID:36159971	研究论文	本研究探讨了脱氧胸苷酸激酶（DTYMK）在人类癌症中的预后价值、功能状态及其与免疫浸润的相关性	首次全面分析了DTYMK在多种人类癌症中的表达及其与预后、恶性功能状态和免疫细胞浸润的关系	NA	研究DTYMK在人类癌症中的预后作用和免疫学角色	DTYMK在不同癌症类型中的表达及其与临床病理特征和免疫细胞浸润的关系	数字病理学	多种癌症	单细胞测序	NA	基因表达数据	使用了多个数据库中的数据，包括TCGA、GTEx、UALCAN、CPTAC等
20188	2024-08-08	Single-cell transcriptomic analysis reveals the adverse effects of cadmium on the trajectory of neuronal maturation 2023-08, Cell biology and toxicology IF:5.3Q1 DOI:10.1007/s10565-022-09775-5 PMID:36114956	研究论文	本研究使用单细胞RNA测序技术分析镉对神经元成熟轨迹的不良影响	首次揭示了镉通过改变细胞阶段数量和阻碍细胞成熟来影响神经元成熟轨迹的分子机制	NA	探讨镉对神经元成熟的影响及其分子机制	新生小鼠侧脑室下区神经干细胞	数字病理学	NA	单细胞RNA测序	NA	转录组数据	神经干细胞在镉处理24小时后分化7天得到的神经元谱系细胞
20189	2024-08-08	The impact of antidepressants on human neurodevelopment: Brain organoids as experimental tools 2023-07-30, Seminars in cell & developmental biology IF:6.2Q1 DOI:10.1016/j.semcdb.2022.09.007 PMID:36115764	研究论文	本文探讨了抗抑郁药对人类神经发育的影响，特别是使用脑类器官作为实验工具的研究	利用人诱导多能干细胞（hiPSC）生成脑类器官，克服了2D细胞培养和动物模型的局限性，通过单细胞RNA测序和电生理测量评估抗抑郁药对发育中神经元的影响	依赖于维度降低方法分析大规模转录组数据，电生理记录依赖于时间数据序列	研究抗抑郁药对人类神经发育的影响	抗抑郁药对神经发育的影响及脑类器官的应用	神经科学	NA	单细胞RNA测序（scRNA-seq）、电生理测量	脑类器官	转录组数据、电生理数据	未具体说明
20190	2024-08-08	Thymosin β4 and prothymosin α promote cardiac regeneration post-ischaemic injury in mice 2023-05-02, Cardiovascular research IF:10.2Q1 DOI:10.1093/cvr/cvac155 PMID:36125329	研究论文	本研究探讨了成年哺乳动物心脏在心肌缺血后心肌细胞的基因表达模式，并发现胸腺素β4和前胸腺素α能促进心脏再生	首次揭示了心肌缺血后心肌细胞的转录组特征，并发现胸腺素β4和前胸腺素α的过表达能促进心肌细胞增殖和心脏功能恢复	NA	确定心肌缺血后成年心肌细胞的基因表达谱，并识别促进心脏再生的因子	成年哺乳动物心脏在心肌缺血后的心肌细胞	NA	心血管疾病	单细胞RNA测序	NA	RNA序列	小鼠和新生大鼠心肌细胞
20191	2024-08-08	Role of lymphoid lineage cells aberrantly expressing alarmins S100A8/A9 in determining the severity of COVID-19 2023-03, Genes & genomics IF:1.6Q3 DOI:10.1007/s13258-022-01285-2 PMID:36107397	研究论文	本研究探讨了淋巴细胞异常表达S100A8/A9在COVID-19严重程度中的作用	发现淋巴细胞过度表达S100A8/A9与COVID-19患者早期感染阶段的先天免疫反应失调有关	NA	研究淋巴细胞表达S100A8/A9在COVID-19患者中的特征	COVID-19患者的淋巴细胞	NA	COVID-19	单细胞RNA测序（scRNA-seq）	NA	RNA	轻度COVID-19患者12例，重度COVID-19患者7例
20192	2024-08-08	Transcriptomic Heterogeneity of Skin Across Different Anatomic Sites 2023-03, The Journal of investigative dermatology IF:5.7Q1 DOI:10.1016/j.jid.2022.08.053 PMID:36122800	研究论文	本研究通过RNA测序、单细胞RNA测序和表观基因组学等多组学方法，分析了来自不同解剖部位的159个皮肤样本的转录组异质性	首次详细描述了人体皮肤在不同解剖部位的转录组异质性，并揭示了这些异质性与生理和发育变异的关系	研究主要基于手术治疗中废弃的正常皮肤组织，可能存在样本选择偏倚	探究皮肤在不同解剖部位的基因表达差异及其与皮肤病易感部位的关联	来自不同解剖部位的皮肤样本	数字病理学	NA	RNA测序	NA	基因表达数据	159个皮肤样本
20193	2024-08-08	Mostly natural sequencing-by-synthesis for scRNA-seq using Ultima sequencing 2023-02, Nature biotechnology IF:33.1Q1 DOI:10.1038/s41587-022-01452-6 PMID:36109685	研究论文	本文介绍了一种基于Ultima基因组平台的单细胞RNA测序（scRNA-seq）的mostly natural sequencing-by-synthesis（mnSBS）方法，并系统地将其与当前的scRNA-seq技术进行比较	mnSBS方法使用大部分天然、未修饰的核苷酸和少量的荧光标记核苷酸，提高了聚合酶的进程性和降低了成本	mnSBS方法在读取位置相对于注释基因边界的结果与Illumina测序存在细微差异，因为Ultima的单端读取更接近基因末端	开发一种成本效益高的单细胞RNA测序方法	单细胞RNA测序技术及其在不同生物和技术类型中的应用	基因组学	NA	mostly natural sequencing-by-synthesis (mnSBS)	NA	RNA	包括来自单个个体的5'和3' scRNA-seq、人外周血单个核细胞以及Perturb-Seq等多种类型的样本
20194	2024-08-05	HTCA: a database with an in-depth characterization of the single-cell human transcriptome 2023-01-06, Nucleic acids research IF:16.6Q1 DOI:10.1093/nar/gkac791 PMID:36130266	研究论文	HTCA是一个数据库，深入表征单细胞人类转录组	HTCA提供了基于230万个高质量细胞的全面表型轮廓和多种在线分析工具	仍缺乏全面的特征化，主要侧重于原始数据和基因表达查询	整合和深入探索单细胞RNA测序（scRNA-seq）数据	约3000个scRNA-seq样本的2.3百万高质量细胞	数字病理学	NA	单细胞RNA测序（scRNA-seq），单细胞ATAC测序（scATAC-seq），空间转录组学	NA	多组学数据	约3000个scRNA-seq样本，230万高质量细胞
20195	2024-08-08	Hypertension Promotes the Proliferation and Migration of ccRCC Cells by Downregulation of TIMP3 in Tumor Endothelial Cells through the miR-21-5p/TGFBR2/P38/EGR1 Axis 2023-01-03, Molecular cancer research : MCR IF:4.1Q2 DOI:10.1158/1541-7786.MCR-22-0089 PMID:36125433	研究论文	本研究探讨了高血压通过下调肿瘤内皮细胞中的TIMP3促进ccRCC细胞增殖和迁移的分子机制	首次揭示了高血压通过miR-21-5p/TGFBR2/P38/EGR1轴下调TIMP3表达，进而促进ccRCC细胞增殖和迁移的机制	研究主要基于体外细胞实验和动物模型，需要进一步的人体临床试验验证	探究高血压与ccRCC肿瘤发生及预后的分子机制	ccRCC细胞、肿瘤内皮细胞、高血压患者血浆	数字病理学	肾细胞癌	RNA测序	NA	RNA	包括手术切除的ccRCC样本、NCG小鼠模型、人脐静脉内皮细胞
20196	2024-08-05	Single-cell profile of tumor and immune cells in primary breast cancer, sentinel lymph node, and metastatic lymph node 2023-Jan, Breast cancer (Tokyo, Japan) DOI:10.1007/s12282-022-01400-x PMID:36129636	研究论文	本研究探讨了三阴性乳腺癌患者淋巴结转移的单细胞序列	研究揭示了肿瘤与免疫细胞在淋巴结中的相互作用，尤其是在单细胞水平上的新发现	研究仅基于一名患者的样本，可能限制了结果的广泛适用性	旨在理解淋巴结区域的肿瘤-宿主相互作用	研究对象为三阴性乳腺癌患者的原发肿瘤、哨 lymph 结和转移 lymph 结	数字病理学	乳腺癌	单细胞测序	NA	细胞	4个样本
20197	2024-08-08	Single-cell transcriptome atlas reveals protective characteristics of COVID-19 mRNA vaccine 2023-01, Journal of medical virology IF:6.8Q1 DOI:10.1002/jmv.28161 PMID:36124363	研究论文	本研究通过高分辨率单细胞分析，揭示了基于脂多聚复合物（LPP）的mRNA疫苗SW0123在抑制SARS-CoV-2引起的炎症反应和肺损伤中的保护机制	首次详细描述了SW0123疫苗通过抑制促炎巨噬细胞的招募和增加多形核髓源抑制细胞的频率来有效抑制SARS-CoV-2诱导的炎症反应，并显著抑制肺上皮和内皮细胞的凋亡过程	NA	探究SW0123 mRNA疫苗在肺部保护中的免疫特征和机制	SARS-CoV-2感染的小鼠和猕猴模型	数字病理学	冠状病毒病	单细胞分析	NA	转录组数据	小鼠和猕猴模型
20198	2024-08-08	Anomalous Epithelial Variations and Ectopic Inflammatory Response in Chronic Obstructive Pulmonary Disease 2022-12, American journal of respiratory cell and molecular biology IF:5.9Q1 DOI:10.1165/rcmb.2021-0555OC PMID:36108172	研究论文	本研究利用单细胞RNA测序技术分析了慢性阻塞性肺疾病（COPD）患者、吸烟但无COPD者和非吸烟者的肺细胞，以识别与COPD进展相关的细胞类型特异性机制和细胞间相互作用	发现了COPD患者中增加的独特AT2细胞亚群，并揭示了这些细胞在炎症反应中的特殊分化路径和细胞间相互作用网络	由于肺实质和间质结构的复杂性，COPD中持续炎症过程的具体机制仍未完全明了	旨在识别推动COPD进展的细胞类型特异性机制和细胞间相互作用	COPD患者、吸烟但无COPD者和非吸烟者的肺细胞	数字病理学	慢性阻塞性肺疾病	单细胞RNA测序	NA	细胞	57,918个细胞
20199	2024-08-08	A transcriptional cross species map of pancreatic islet cells 2022-12, Molecular metabolism IF:7.0Q1 DOI:10.1016/j.molmet.2022.101595 PMID:36113773	研究论文	本研究利用单细胞RNA测序技术，对来自健康人、猪和鼠的胰腺胰岛内分泌细胞进行了转录组分析，构建了一个跨物种的转录图谱	首次系统地描绘了跨物种的胰腺胰岛内分泌细胞的转录异质性和进化保守性，并揭示了人类α-和β-细胞状态的连续转录景观	研究主要集中在健康胰岛细胞，未涉及病理状态下的细胞功能	旨在精确描述胰腺胰岛内分泌细胞的分子基础，特别是连接动物模型与人类胰岛细胞的关系	健康人、猪和鼠的胰腺胰岛内分泌细胞	数字病理学	NA	单细胞RNA测序	NA	转录组数据	超过50,000个内分泌细胞
20200	2024-08-08	Cancer-associated fibroblasts subtypes and role in invasion and metastasis of gastric cancer 2022-Dec, Neoplasma IF:2.0Q3 DOI:10.4149/neo_2022_220513N511 PMID:36129833	综述	本文综述了癌症相关成纤维细胞（CAFs）的异质性及其在胃癌（GC）侵袭和转移中的作用	探讨了单细胞RNA测序技术在分类CAFs中的应用前景，并提出了基于细胞标记和功能的CAFs分选方法	CAFs的异质性限制了靶向治疗的应用，需要寻找特定的标记物并将其划分为不同的亚群	探讨CAFs在胃癌发展中的作用及靶向治疗的可能性	癌症相关成纤维细胞（CAFs）及其在胃癌侵袭和转移中的作用	NA	胃癌	单细胞RNA测序	NA	RNA	NA