单细胞与空转测序相关文章

序号	推送日期	文章	类型	简述	创新点	不足	研究目的	研究对象	领域	病种	技术	模型	数据类型	样本量
20181	2024-08-08	Single-cell transcriptome sequencing reveals potential novel combination of biomarkers for antibody-based cancer therapeutics in hepatocellular carcinoma 2022, Frontiers in genetics IF:2.8Q2 DOI:10.3389/fgene.2022.928256 PMID:36186483	研究论文	本研究利用单细胞RNA测序技术分析了人肝细胞癌（HCC）的肿瘤异质性，并鉴定出一种新的三基因标志物组合，可能作为基于抗体的癌症治疗的新型生物标志物。	本研究通过单细胞RNA测序技术揭示了肝细胞癌中潜在的新型生物标志物组合，为基于抗体的癌症治疗提供了新的靶点。	研究主要集中在肝细胞癌的肿瘤细胞表面抗原的鉴定，未涉及其他类型的癌症或更广泛的治疗应用。	本研究旨在通过单细胞RNA测序技术揭示肝细胞癌中的肿瘤异质性，并寻找新的生物标志物以促进基于抗体的癌症治疗。	研究对象包括肝细胞癌的肿瘤组织、癌旁组织和远端正常肝组织中的单细胞。	数字病理学	肝癌	单细胞RNA测序	NA	基因表达数据	研究涉及28个细胞集群，并在多个独立患者队列中进行了验证。
20182	2024-08-08	Identification of key monocytes/macrophages related gene set of the early-stage abdominal aortic aneurysm by integrated bioinformatics analysis and experimental validation 2022, Frontiers in cardiovascular medicine IF:2.8Q2 DOI:10.3389/fcvm.2022.950961 PMID:36186997	研究论文	本研究通过综合生物信息学分析和实验验证，识别了早期腹主动脉瘤中与单核细胞/巨噬细胞相关的关键基因集。	本研究首次通过scRNA-seq数据和WGCNA分析，识别了与早期腹主动脉瘤相关的单核细胞/巨噬细胞基因模块，并构建了基于这些基因集的逻辑回归诊断模型。	本研究主要基于生物信息学分析和有限的实验验证，未来需要更多的临床样本和实验来进一步验证这些发现。	探讨早期腹主动脉瘤中免疫细胞浸润的分子机制，并寻找有效的腹主动脉瘤标志物。	早期腹主动脉瘤中的单核细胞/巨噬细胞及其相关基因集。	数字病理学	腹主动脉瘤	scRNA-seq, WGCNA, Limma-Voom, RT-qPCR, ELISA	逻辑回归模型	mRNA表达数据, scRNA-seq数据	多个早期腹主动脉瘤模型数据集，以及人类腹主动脉瘤和健康捐赠者的样本
20183	2024-08-08	Identification of Monocyte-Associated Genes Related to the Instability of Atherosclerosis Plaque 2022, Oxidative medicine and cellular longevity DOI:10.1155/2022/3972272 PMID:36187340	研究论文	本研究通过全基因组测序和单细胞测序数据分析，识别与动脉粥样硬化斑块不稳定性相关的单核细胞关联基因	本研究首次识别了239个与单核细胞相关的基因，并通过WGCNA分析确定了与不稳定斑块高度相关的模块基因	NA	识别与动脉粥样硬化斑块不稳定性相关的单核细胞关联基因，并探讨其潜在的生物学机制	动脉粥样硬化斑块不稳定性相关的单核细胞关联基因	心血管疾病	心血管疾病	全基因组测序，单细胞测序	WGCNA	基因表达数据	来自GSE159677, GSE41571, GSE120521, 和 GSE118481的数据
20184	2024-08-08	Association of glioma CD44 expression with glial dynamics in the tumour microenvironment and patient prognosis 2022, Computational and structural biotechnology journal IF:4.4Q2 DOI:10.1016/j.csbj.2022.09.003 PMID:36187921	研究论文	本文研究了胶质瘤CD44表达与肿瘤微环境中胶质细胞动态变化及患者预后的关联	首次揭示了星形胶质细胞通过上调CD44表达增强胶质瘤细胞活性和迁移能力，并通过骨桥蛋白-CD44信号促进M1巨噬细胞的招募，从而可能促进胶质瘤干细胞特性	NA	探索胶质瘤微环境中免疫和基质成分的动态调节及其与患者预后的关系	胶质瘤细胞、星形胶质细胞、M1巨噬细胞及肿瘤微环境	数字病理学	脑瘤	RT-qPCR、细胞活力和伤口愈合实验、CIBERSORT分析、单细胞测序	NA	基因组数据	使用The Cancer Genome Atlas数据库和中国胶质瘤基因组图谱数据库的数据
20185	2024-08-08	A combined analysis of bulk and single-cell sequencing data reveals that depleted extracellular matrix and enhanced immune processes co-contribute to fluorouracil beneficial responses in gastric cancer 2022, Frontiers in immunology IF:5.7Q1 DOI:10.3389/fimmu.2022.999551 PMID:36189263	研究论文	本研究通过结合TCGA数据库的批量测序数据和GEO数据库的单细胞RNA测序数据，探讨了肿瘤微环境特征与胃癌患者氟尿嘧啶反应之间的关系	首次揭示了胃癌肿瘤微环境与氟尿嘧啶耐药性的关系，并提供了潜在的治疗靶点和预测原理	NA	探讨肿瘤微环境特征与胃癌患者氟尿嘧啶反应之间的关系	胃癌患者的肿瘤微环境特征及氟尿嘧啶反应	数字病理学	胃癌	单细胞RNA测序	NA	测序数据	涉及TCGA数据库和GEO数据库的数据，具体样本数量未详细说明
20186	2024-08-08	T cell receptor repertoire analysis in HTLV-1-associated diseases 2022, Frontiers in immunology IF:5.7Q1 DOI:10.3389/fimmu.2022.984274 PMID:36189294	综述	本文综述了在HTLV-1相关疾病中T细胞受体（TCR）谱的研究现状，并讨论了TCR克隆扩展对HTLV-1相关疾病进程和治疗的影响	利用单细胞RNA测序等突破性技术提高了T细胞克隆的特异性，并加深了对病毒感染、癌症及关联治疗中TCR特征的理解	从无症状携带者到疾病状态的转变因素仍不完全清楚	识别和追踪可用于监测从初次感染到免疫功能障碍和疾病进展的HTLV-1特异性T细胞生物标志物	HTLV-1相关疾病中的T细胞受体（TCR）谱	NA	白血病/淋巴瘤、神经炎症性疾病	单细胞RNA测序	NA	序列数据	涉及HTLV-1感染的CD4 T细胞和HTLV-1特异性CD8 T细胞
20187	2024-08-08	Development and validation of a gene model predicting lymph node metastasis and prognosis of oral squamous cell carcinoma based on single-cell and bulk RNA-seq analysis 2023-May, Journal of oral pathology & medicine : official publication of the International Association of Oral Pathologists and the American Academy of Oral Pathology IF:2.7Q2 DOI:10.1111/jop.13360 PMID:36153671	研究论文	本研究基于单细胞和批量RNA测序分析，开发并验证了一种预测口腔鳞状细胞癌淋巴结转移和预后的基因模型	本研究发现了60个与口腔鳞状细胞癌淋巴结转移相关的基因，并构建了一个五基因风险模型，以改善淋巴结转移的预测和临床结果	NA	研究口腔鳞状细胞癌中淋巴结转移的遗传和细胞差异，并开发预测模型	口腔鳞状细胞癌患者的淋巴结转移和预后	数字病理学	口腔鳞状细胞癌	单细胞RNA测序, 批量RNA测序	五基因风险模型	RNA测序数据	来自癌症基因组图谱和基因表达综合数据库的单细胞RNA测序和批量基因表达数据
20188	2024-08-08	Early Wnt Signaling Activation Promotes Inner Ear Differentiation via Cell Caudalization in Mouse Stem Cell-Derived Organoids 2023-01-30, Stem cells (Dayton, Ohio) DOI:10.1093/stmcls/sxac071 PMID:36153788	研究论文	本研究利用干细胞衍生的类器官探讨Wnt信号在早期前感觉外胚层（PPE）分化中的作用	发现调节Wnt信号显著提高了内耳类器官诱导的效率和可重复性，并揭示了Wnt信号通路在PPE区域化中的作用	NA	探究Wnt信号在内耳发育中的分子动态机制	小鼠干细胞衍生的类器官	发育生物学	NA	单细胞RNA测序	NA	RNA序列	NA
20189	2024-08-08	Methods for Isolation of Tumor-Associated Endothelial Cells for Surface Protein Analysis and Sorting by Flowcytometry 2023, Methods in molecular biology (Clifton, N.J.) DOI:10.1007/978-1-0716-2703-7_3 PMID:36161406	研究论文	本文介绍了一种基于流式细胞术的方法，用于分析肿瘤微环境中内皮细胞表面多种蛋白质并同时进行活细胞分选	本文提出了一种新的流式细胞术方法，能够同时分析和分选肿瘤微环境中占比小于0.5%的内皮细胞	NA	开发一种新的方法来分析和分选肿瘤微环境中的内皮细胞	肿瘤微环境中的内皮细胞	数字病理学	NA	流式细胞术	NA	细胞	NA
20190	2024-08-08	Influenza vaccination features revealed by a single-cell transcriptome atlas 2023-01, Journal of medical virology IF:6.8Q1 DOI:10.1002/jmv.28174 PMID:36163452	研究论文	本文报道了接种灭活流感疫苗后个体外周血单个核细胞的单细胞转录组图谱	首次在单细胞分辨率下揭示了流感疫苗接种的免疫学特征	未观察到流感疫苗接种后个体中促炎反应基因和关键血栓相关基因的显著上调	研究流感疫苗接种后的免疫反应机制	接种灭活流感疫苗的个体及其外周血单个核细胞	NA	NA	单细胞转录组	NA	转录组数据	多个接种流感疫苗的个体
20191	2024-08-08	Colorectal cancer organoid models uncover oxaliplatin-resistant mechanisms at single cell resolution 2022-Dec, Cellular oncology (Dordrecht) DOI:10.1007/s13402-022-00705-5 PMID:36136268	研究论文	本文通过建立结直肠癌患者来源的类器官模型，研究了奥沙利铂耐药的机制	首次使用单细胞RNA测序技术解析了奥沙利铂耐药的细胞群体及相关信号通路	NA	研究结直肠癌中奥沙利铂耐药的机制	结直肠癌患者来源的类器官	数字病理学	结直肠癌	单细胞RNA测序	NA	RNA	两株患者来源的类器官
20192	2024-08-08	Investigate the stemness of adult adipose-derived stromal cells based on single-cell RNA-sequencing 2022-Dec, Cell biology international IF:3.3Q3 DOI:10.1002/cbin.11898 PMID:36150081	研究论文	本研究利用单细胞RNA测序技术探讨了脂肪来源间充质干细胞的干细胞特性及其基因组特征	首次通过单细胞RNA测序技术详细分析了脂肪来源间充质干细胞的细胞异质性和干细胞基因特征	研究样本仅来自一名健康成年志愿者，可能影响结果的普遍性	探究脂肪来源间充质干细胞的干细胞特性和基因组特征	脂肪来源间充质干细胞的干细胞特性和基因组特征	数字病理学	NA	单细胞RNA测序	NA	基因表达数据	5325个脂肪来源间充质干细胞样本
20193	2024-08-08	Decoding brain memory formation by single-cell RNA sequencing 2022-11-19, Briefings in bioinformatics IF:6.8Q1 DOI:10.1093/bib/bbac412 PMID:36156112	综述	本文综述了通过单细胞RNA测序技术解码大脑记忆形成的研究进展	介绍了单细胞RNA测序和单核RNA测序技术在揭示记忆特异性基因表达动态变化及其调控网络中的应用	NA	探讨单细胞RNA测序技术在理解记忆形成分子机制中的应用及面临的计算挑战	大脑中记忆形成的分子机制	计算生物学	NA	单细胞RNA测序（scRNA-seq）和单核RNA测序（snRNA-seq）	NA	RNA	NA
20194	2024-08-08	SARA suppresses myofibroblast precursor transdifferentiation in fibrogenesis in a mouse model of scleroderma 2022-11-08, JCI insight IF:6.3Q1 DOI:10.1172/jci.insight.160977 PMID:36136606	研究论文	本文研究了SARA在硬皮病小鼠模型中抑制肌成纤维细胞前体转分化的作用	首次揭示了SARA在硬皮病发病机制中与肌成纤维细胞前体和免疫细胞之间的新型交叉对话中的关键作用	NA	探讨SARA在硬皮病小鼠模型中抑制肌成纤维细胞前体转分化的机制	SARA在PDGFR-β+周细胞和泛白细胞中的过表达对硬皮病皮肤纤维化的影响	数字病理学	硬皮病	单细胞RNA测序	NA	RNA	小鼠模型
20195	2024-08-08	Human Plasma Proteome During Normal Pregnancy 2022-11-04, Journal of proteome research IF:3.8Q1 DOI:10.1021/acs.jproteome.2c00391 PMID:36154181	研究论文	本研究利用基于适配体的新平台，在91例正常妊娠的528份血浆样本中分析了7288种蛋白质	首次在正常妊娠期间对人类血浆蛋白质组进行了大规模分析，并展示了其对监测健康和疾病的潜在价值	NA	探索正常妊娠期间人类血浆蛋白质组的变化及其在监测健康和疾病中的应用	正常妊娠期间的人类血浆蛋白质组	NA	NA	适配体技术	机器学习	蛋白质组数据	528份血浆样本来自91例正常妊娠
20196	2024-08-08	Identification of the OA-related metabolism-related genes, corresponding transcription factors, relevant pathways, and specific bioactive small molecules 2022-Nov, International immunopharmacology IF:4.8Q1 DOI:10.1016/j.intimp.2022.109096 PMID:36152536	研究论文	本研究旨在通过RNA测序数据分析，识别与骨关节炎（OA）相关的代谢相关基因、转录因子、相关通路及特定生物活性小分子	本研究通过综合分析RNA测序数据、基因本体论（GO）、京都基因与基因组百科全书（KEGG）富集分析和基因集变异分析（GSVA），构建了转录因子、代谢相关基因和标志物的综合网络，并利用ChIP-seq和单细胞测序技术进一步验证了转录因子的调控作用	NA	识别与骨关节炎相关的代谢相关基因、转录因子、相关通路及特定生物活性小分子	关节软骨的代谢变化	NA	骨关节炎	RNA测序, ChIP-seq, 单细胞测序	NA	RNA测序数据	74个差异表达的代谢相关基因和38个转录因子
20197	2024-08-08	Acute kidney injury biomarkers in the single-cell transcriptomic era 2022-11-01, American journal of physiology. Cell physiology DOI:10.1152/ajpcell.00079.2022 PMID:36154695	研究论文	本文探讨了单细胞转录组学技术在急性肾损伤（AKI）生物标志物研究中的应用	利用单细胞转录组学技术，能够详细分析尿液、血液或肾活检中的细胞，揭示传统生物标志物的细胞来源，捕捉患者异质性，定义与不同AKI亚型相关的细胞状态，并可能有助于预测治疗反应	NA	探索单细胞技术如何改变AKI的诊断方法，从单一生物标志物转向细胞特异性分子特征	急性肾损伤（AKI）的生物标志物	数字病理学	肾脏疾病	单细胞转录组学	NA	转录组	NA
20198	2024-08-08	Single-cell landscape analysis reveals distinct regression trajectories and novel prognostic biomarkers in primary neuroblastoma 2022-Nov, Genes & diseases IF:6.9Q1 DOI:10.1016/j.gendis.2021.12.020 PMID:36157484	研究论文	本研究通过单细胞RNA测序分析了17个神经母细胞瘤临床样本和3个肾上腺周围组织，揭示了神经母细胞瘤的独特退化轨迹和新的预后生物标志物。	本研究首次通过单细胞RNA测序揭示了神经母细胞瘤的退化机制，并识别出新的预后标志物和潜在的治疗靶点。	研究样本数量有限，可能影响结果的普遍性和可靠性。	揭示神经母细胞瘤的退化机制，并寻找新的预后生物标志物和治疗靶点。	神经母细胞瘤的细胞组成、退化机制和预后标志物。	数字病理学	神经母细胞瘤	单细胞RNA测序	NA	基因表达数据	17个神经母细胞瘤临床样本和3个肾上腺周围组织
20199	2024-08-08	DNA sensor-associated type I interferon signaling is increased in ulcerative colitis and induces JAK-dependent inflammatory cell death in colonic organoids 2022-11-01, American journal of physiology. Gastrointestinal and liver physiology DOI:10.1152/ajpgi.00104.2022 PMID:36165492	研究论文	本研究探讨了DNA传感器途径在溃疡性结肠炎（UC）发病机制中的作用，通过分析结肠黏膜活检组织中DNA传感器、炎症小体和I型干扰素（IFN）生物标志物基因的表达，并研究了I型IFN、IFN-γ和TNF-α对人类结肠类器官中基因表达、细胞因子产生和细胞死亡的影响。	本研究发现活动性UC患者结肠基因表达的细胞质DNA传感器、炎症小体、STING和I型IFN信号通路显著增加，I型IFN与TNF-α联合诱导了JAK依赖但NLRP3和炎症小体独立的结肠类器官炎症细胞死亡，这是一种与UC免疫病理相关的新型炎症细胞死亡表型。	NA	探讨DNA传感器途径在溃疡性结肠炎发病机制中的作用及其对结肠类器官的影响。	结肠黏膜活检组织、人类结肠类器官。	免疫学	溃疡性结肠炎	RNA测序	NA	基因表达数据	控制组31例，非活动性UC 31例，活动性UC 33例，以及一个UC单细胞RNA-Seq数据集。
20200	2024-08-08	Single-cell mapping of regenerative and fibrotic healing responses after musculoskeletal injury 2022-10-11, Stem cell reports IF:5.9Q2 DOI:10.1016/j.stemcr.2022.08.011 PMID:36150381	研究论文	本文通过单细胞测序技术比较了再生性和纤维化愈合反应在肌肉骨骼损伤后的差异	研究发现纤维化的P2 DTA模型与异位骨化（HO）的转录相似度高于再生性的P3 DTA模型，表明基因表达与愈合结果的相关性大于与损伤类型或细胞来源的相关性	NA	指导未来伤口再生策略	肌肉骨骼损伤后的再生性和纤维化愈合反应	NA	NA	单细胞测序	NA	基因表达数据	涉及第三指节元素（P3）和第二指节元素（P2）的指尖截肢（DTA）模型以及异位骨化（HO）模型