单细胞与空转测序相关文章

序号	推送日期	文章	类型	简述	创新点	不足	研究目的	研究对象	领域	病种	技术	模型	数据类型	样本量
2001	2025-05-02	Prunella vulgaris: A potential molecule for the treatment of hepatocellular carcinoma 2025-Apr-25, Medicine IF:1.3Q2 DOI:10.1097/MD.0000000000042267 PMID:40295240	研究论文	本研究评估了夏枯草（PV）在肝细胞癌（HCC）治疗中的潜力及其分子机制	首次系统性地识别了PV在HCC治疗中的关键生物活性成分及其分子机制，并提出了这些靶点作为新型生物标志物的潜力	研究主要基于体外实验，未来需要在体内实验和临床研究中进一步验证	探索夏枯草（PV）在肝细胞癌（HCC）治疗中的潜力及其分子机制	夏枯草（PV）的活性成分及其对HCC的作用靶点	药物发现	肝细胞癌	单细胞RNA测序、分子对接、体外实验	NA	基因表达数据	185个药物靶点和635个HCC相关靶点
2002	2025-05-02	scRNA-seq reveals an immune microenvironment and JUN-mediated NK cell exhaustion in relapsed T-ALL 2025-Apr-25, Cell reports. Medicine DOI:10.1016/j.xcrm.2025.102098 PMID:40306275	research paper	通过单细胞转录组分析揭示T细胞急性淋巴细胞白血病（T-ALL）复发患者的骨髓免疫微环境及JUN介导的NK细胞耗竭	首次在复发性T-ALL患者中鉴定出13种主要细胞簇，发现JUN作为维持T-ALL增殖的关键因子，并证实JUN抑制剂可有效杀伤白血病细胞并改善NK细胞耗竭	研究主要基于细胞系和小鼠模型，临床样本验证仍需进一步扩大	探究T-ALL复发的免疫微环境机制及潜在治疗靶点	T-ALL患者骨髓免疫微环境中的细胞亚群（特别是HSCs、GMPs、CD4 T、CD8 T和NK细胞）	digital pathology	leukemia	scRNA-seq	CDX/PDX/NOTCH1突变小鼠模型	单细胞转录组数据	T-ALL患者样本（未明确数量）+ 三种动物模型
2003	2025-05-02	Response of astrocytes and their interaction with surrounding brain cells after acute ischemia-reperfusion analyzed by single-cell transcriptome sequencing 2025-Apr-24, Brain research bulletin IF:3.5Q2 DOI:10.1016/j.brainresbull.2025.111355 PMID:40286940	研究论文	通过单细胞转录组测序分析急性缺血再灌注后星形胶质细胞的反应及其与周围脑细胞的相互作用	揭示了星形胶质细胞在缺血再灌注后的异质性及其与周围脑细胞的通讯机制，并识别了潜在的9个治疗靶点基因和6个特异性抵抗缺血再灌注损伤的基因	研究仅关注了缺血再灌注后12小时的时间点，未涵盖其他时间段的动态变化	揭示星形胶质细胞在缺血性中风中的抗损伤反应机制	小鼠星形胶质细胞及其与周围脑细胞的相互作用	单细胞转录组学	缺血性中风	单细胞RNA测序（scRNA-seq）、逆转录聚合酶链反应（RT-PCR）	NA	转录组数据	NA
2004	2025-05-02	Single-cell RNA and TCR repertoire analysis identify markers of virus-specific T cells 2025-Apr-23, Immunobiology IF:2.5Q3 DOI:10.1016/j.imbio.2025.152904 PMID:40305898	研究论文	通过单细胞RNA和TCR库分析识别病毒特异性T细胞的标记物	发现了七个上调基因作为增殖抗原特异性T细胞的标记物，用于早期识别病毒抗原反应性T细胞	研究仅针对CMV和EBV肽，可能不适用于其他病毒或抗原	识别抗原特异性T细胞的生物标记物，以改进过继性细胞疗法	健康供体的外周血单个核细胞和CD3/CD8 T细胞	免疫学	病毒感染	单细胞RNA测序、TCR库分析、CFSE染色	NA	RNA-seq数据、TCR序列数据	健康供体的外周血单个核细胞
2005	2025-05-02	Vitamin A treatment restores vision failures arising from Leber's hereditary optic neuropathy-linked mtDNA mutation 2025-Apr-22, JCI insight IF:6.3Q1 DOI:10.1172/jci.insight.188962 PMID:40036074	research paper	该研究探讨了维生素A治疗对Leber遗传性视神经病变（LHON）相关mtDNA突变引起的视力障碍的恢复作用	揭示了LHON相关mtDNA突变导致视网膜细胞特异性缺陷的机制，并首次证明维生素A补充能显著改善视网膜功能和结构	研究仅在小鼠模型中进行，尚未在人类患者中验证	探索LHON相关mtDNA突变的视网膜细胞特异性效应机制并寻找有效治疗方法	携带LHON相关ND6P25L突变的小鼠模型	mitochondrial retinopathy	Leber hereditary optic neuropathy (LHON)	single-cell RNA sequencing, electrophysiological analysis	mouse model	RNA sequencing data, electrophysiological data, morphological data	未明确说明小鼠数量
2006	2025-05-02	SGTB: A graph representation learning model combining transformer and BERT for optimizing gene expression analysis in spatial transcriptomics data 2025-Apr-21, Computational biology and chemistry IF:2.6Q2 DOI:10.1016/j.compbiolchem.2025.108482 PMID:40306096	研究论文	提出了一种结合Transformer和BERT的图表示学习模型SGTB，用于优化空间转录组学数据中的基因表达分析	整合了图卷积网络（GCN）、Transformer和BERT语言模型，以优化空间转录组学数据的表示能力	未提及具体的数据集或实验规模限制	优化空间转录组学数据的表示能力，提高细胞类型分类和基因调控网络构建等任务的准确性	空间转录组学数据	数字病理学	NA	空间转录组学（ST）	GCN, Transformer, BERT	基因表达矩阵	NA
2007	2025-05-02	Spatial transcriptomics delineates potential differences in intestinal phenotypes of cardiac and classical necrotizing enterocolitis 2025-Apr-18, iScience IF:4.6Q1 DOI:10.1016/j.isci.2025.112166 PMID:40201118	研究论文	通过空间转录组学比较心脏性和经典坏死性小肠结肠炎（NEC）的肠道表型差异	首次使用空间转录组学揭示心脏性和经典NEC在免疫和上皮细胞层面的通路和网络差异	样本量较小，未明确说明具体样本数量	探究心脏性和经典坏死性小肠结肠炎的潜在病理机制差异	坏死性小肠结肠炎患者的回肠组织	数字病理学	坏死性小肠结肠炎	空间转录组学	NA	转录组数据	NA
2008	2025-05-02	Regulatory T Cell Mimicry by a Subset of Mesenchymal GBM Stem Cells Suppresses CD4 and CD8 Cells 2025-04-14, Cells IF:5.1Q2 DOI:10.3390/cells14080592 PMID:40277917	研究论文	本研究揭示了胶质母细胞瘤（GBM）中一类具有免疫抑制特性的间充质胶质瘤干细胞（GSCs）通过模仿调节性T细胞（Tregs）抑制CD4+和CD8+T细胞的机制	首次发现间充质GSCs通过TGFBR2依赖的机制模仿Tregs，形成免疫抑制性Treg样（ITL）状态，并鉴定出六基因ITL特征	研究主要基于体外实验和患者来源的细胞模型，临床样本验证仍需进一步扩展	阐明GBM免疫抑制微环境中GSCs的分子机制及其对T细胞功能的抑制作用	胶质母细胞瘤干细胞（GSCs）、CD4+和CD8+T细胞	肿瘤免疫学	胶质母细胞瘤	单细胞测序、生物信息学分析、转基因表达、shRNA干扰	患者来源的GBM神经球模型	测序数据、临床数据、实验数据	患者来源的GSCs和临床GBM标本
2009	2025-05-02	Integrative bioinformatics analysis reveals mitochondrial-Immune crosstalk in depression and stroke: a multi-omics mechanistic exploration 2025-Apr-02, Progress in neuro-psychopharmacology & biological psychiatry IF:5.3Q1 DOI:10.1016/j.pnpbp.2025.111308 PMID:40058518	research paper	该研究通过生物信息学分析揭示了线粒体代谢与免疫微环境在抑郁症和中风发病机制中的相互作用	首次整合多组学数据探索线粒体-免疫串扰在抑郁症和中风中的作用机制，并识别了10个潜在治疗靶点药物	研究主要基于生物信息学分析，需要后续实验验证	阐明线粒体代谢和免疫微环境在抑郁症和中风发病机制中的相互作用	抑郁症和中风患者的基因表达数据	生物信息学	抑郁症,中风	基因表达分析,单细胞RNA测序	蛋白-蛋白相互作用网络分析	基因表达数据	来自抑郁症和中风数据集的多个基因表达谱
2010	2025-05-02	Application of bioinformatic tools in cell type classification for single-cell RNA-seq data 2025-Apr, Computational biology and chemistry IF:2.6Q2 DOI:10.1016/j.compbiolchem.2024.108332 PMID:39793515	研究论文	本文比较和评估了支持向量机（SVM）四种不同核函数在单细胞RNA测序数据细胞类型分类中的性能	通过实验证明SVM的线性和sigmoid核函数在细胞分类中具有高准确率（约99%），且线性核函数计算速度显著快于其他核函数	仅测试了三种标准scRNA-seq数据集，可能无法代表所有情况	评估不同SVM核函数在单细胞RNA测序数据细胞类型分类中的性能	单细胞RNA测序数据	生物信息学	NA	单细胞RNA测序（scRNA-seq）	支持向量机（SVM）	基因表达数据	三种标准scRNA-seq数据集
2011	2025-05-02	PcoCas12a: A novel CRISPR enzyme from Prevotella copri enhancing TCR-T-cell tumor suppression 2025-Apr, International journal of biological macromolecules IF:7.7Q1 DOI:10.1016/j.ijbiomac.2025.139740 PMID:39800033	研究论文	本研究鉴定了一种新型基因编辑酶CRISPR/PcoCas12a，源自Prevotella copri，并展示了其在TCR-T细胞中增强肿瘤抑制的能力	发现了一种新型CRISPR酶PcoCas12a，具有更广泛的编辑位点和更高的编辑效率，特别是在TCR-T细胞中增强肿瘤抑制效果	未提及具体局限性	寻找并验证一种高效的基因编辑酶用于免疫细胞编辑，特别是T细胞治疗	CRISPR/PcoCas12a酶及其在TCR-T细胞中的应用	基因编辑	肿瘤	CRISPR基因编辑技术	NA	基因序列数据	未提及具体样本数量
2012	2025-05-02	Update on mast cell biology 2025-Apr, The Journal of allergy and clinical immunology IF:11.4Q1 DOI:10.1016/j.jaci.2024.12.1092 PMID:39800266	review	本文综述了2022年至2024年间关于肥大细胞（MCs）生物学的重要研究进展	揭示了肥大细胞亚群与免疫细胞、神经元和组织结构细胞的新相互作用，改变了对其在驱动和帮助解决组织炎症、重塑组织微环境及影响宿主行为中作用的理解	NA	探讨肥大细胞在健康和疾病中的表型及其作用	肥大细胞（MCs）	NA	过敏炎症性疾病	单细胞RNA测序	NA	NA	NA
2013	2025-05-02	Characterization of NK Cells Using Single-Cell RNA Sequencing in Patients With Acute-On-Chronic Liver Failure 2025-Apr, Journal of gastroenterology and hepatology IF:3.7Q2 DOI:10.1111/jgh.16870 PMID:39800654	研究论文	通过单细胞RNA测序技术研究急性慢性肝衰竭患者中NK细胞的特性及其在炎症反应中的作用	首次在急性慢性肝衰竭患者中通过单细胞RNA测序揭示了NK细胞亚群的异质性及其与疾病进展的关系，并发现CEMIP2作为疾病进展的潜在分子标志物	研究样本量相对较小，且仅关注了外周血中的NK细胞，未涉及其他免疫细胞或组织中的NK细胞	探究急性慢性肝衰竭患者中NK细胞亚群的特征及其在炎症反应中的作用	急性慢性肝衰竭患者和健康对照者的外周血NK细胞	免疫学	急性慢性肝衰竭	单细胞RNA测序（scRNA-seq）和流式细胞术	NA	RNA测序数据	14,751个NK细胞，来自急性慢性肝衰竭患者和健康对照者
2014	2025-05-02	ODSEI Chip: An Open 3D Microfluidic Platform for Studying Tumor Spheroid-Endothelial Interactions 2025-Apr, Advanced science (Weinheim, Baden-Wurttemberg, Germany) DOI:10.1002/advs.202410659 PMID:39805002	研究论文	介绍了一种新型开放式3D微阵列平台ODSEI芯片，用于研究肿瘤球体与内皮细胞的相互作用	开发了一种能够阵列超过1000个肿瘤球体并允许单球体水平药物抗性分析的新型3D微流控平台	未明确提及研究的局限性	研究肿瘤球体与内皮细胞的相互作用及其在药物抗性中的作用	乳腺癌肿瘤球体和血管内皮细胞	数字病理学	乳腺癌	单细胞RNA测序、蛋白质阵列	3D微流控芯片	基因表达数据、蛋白质数据	超过1000个肿瘤球体
2015	2025-05-02	Unleashing the Power of Multiomics: Unraveling the Molecular Landscape of Peripheral Neuropathy 2025-Apr, Annals of clinical and translational neurology IF:4.4Q1 DOI:10.1002/acn3.70019 PMID:40126913	review	本文回顾了基因组技术在周围神经病变（PN）研究中的演变，强调了NGS在揭示遗传复杂性中的关键作用，并探讨了多组学技术在PN病理生理学中的潜在应用	强调了下一代测序（NGS）和新兴多组学技术在PN研究中的革命性作用，挑战了以往关于致病性的假设	讨论了将这些技术标准化用于临床的挑战和问题，指出需要制定强有力的指南以最大化其临床效用	旨在通过基因组和多组学技术深入了解周围神经病变的病理生理学，以改善诊断、预后评估和个性化治疗策略	周围神经病变（PN）及其相关的分子机制	基因组学	周围神经病变	NGS, 长读长/单细胞测序, RNA测序, 蛋白质组学	NA	基因组数据, 转录组数据, 蛋白质组数据	NA
2016	2025-05-02	Flow-Cytometric Quantification of Urine Kidney Epithelial Cells Specifically Reflects Tubular Damage in Acute Kidney Diseases 2025-Apr, Kidney international reports IF:5.7Q1 DOI:10.1016/j.ekir.2025.01.037 PMID:40303202	研究论文	本研究通过流式细胞术量化尿液中的肾脏上皮细胞，特别反映了急性肾脏疾病中的肾小管损伤	利用单细胞测序和流式细胞术结合CITE-Seq技术，开发了一种非侵入性检测肾小管损伤的标记物	样本量相对较小，且仅针对特定类型的急性肾脏疾病进行了验证	建立尿液中的肾小管上皮细胞作为肾小管损伤的临床标记物	急性肾损伤（AKI）、COVID-19感染、ANCA相关性血管炎（AAV）患者及健康对照	数字病理学	急性肾损伤	单细胞测序、流式细胞术、CITE-Seq	NA	尿液样本、肾脏活检样本	243名患者（包括8名用于测序的AKI和肾小球疾病患者，235名用于验证的患者）
2017	2025-05-02	Protocol for transcriptomic and epigenomic analyses of tip-like endothelial cells using scRNA-seq and ChIP-seq 2025-Mar-21, STAR protocols IF:1.3Q4 DOI:10.1016/j.xpro.2024.103326 PMID:39799578	研究论文	本文介绍了一种用于分析培养的内皮细胞中尖端样细胞的转录组和表观基因组分析的实验方案	提出了一种可扩展的实验方案，适用于包括蛋白质组学和代谢组学在内的多种组学研究	实验方案的具体执行细节需要参考Miyamura等人的完整说明	研究内皮细胞在血管生成过程中的转录组和表观基因组变化	人类脐静脉内皮细胞（HUVECs）	生物信息学	NA	scRNA-seq, ChIP-seq	NA	转录组数据, 表观基因组数据	NA
2018	2025-05-02	Protocol for the isolation of silk glands from silkworms for snRNA-seq and spatial transcriptomics 2025-Mar-21, STAR protocols IF:1.3Q4 DOI:10.1016/j.xpro.2024.103581 PMID:39804771	研究论文	本文提出了一种从蚕中分离丝腺细胞核并进行空间转录组学分析的实验方案	开发了一种能够以单细胞分辨率探索丝腺细胞空间分布的新实验方法	未提及该方法在其他昆虫或组织中的适用性	建立蚕丝腺细胞分离和空间转录组学分析的标准实验流程	蚕的丝腺组织	空间转录组学	NA	snRNA-seq, 空间转录组学	NA	RNA序列数据	未明确说明样本数量
2019	2025-05-02	Population dynamics modeling reveals that myeloid bias involves both HSC differentiation and progenitor proliferation biases 2025-Mar-20, Blood IF:21.0Q1 DOI:10.1182/blood.2024025598 PMID:39791596	研究论文	通过群体动力学建模揭示髓系偏倚涉及造血干细胞分化和祖细胞增殖偏倚	研究发现髓系偏倚不仅由造血干细胞分化偏倚引起，还包括早期髓系祖细胞的增殖增加，这一发现在不同髓系偏倚模型中具有保守性	研究主要基于小鼠模型和有限的人类样本，需要在更广泛的人类样本中验证	探究髓系偏倚的潜在机制及其在不同条件下的表现	造血干细胞和祖细胞(HSPCs)	计算生物学	髓系肿瘤	scRNA-seq, 微分方程模型	微分方程模型	单细胞RNA测序数据	IκB-小鼠模型、野生型小鼠、老年小鼠和人类髓系肿瘤患者的HSPCs
2020	2025-05-02	Study on DNA Damage Gene in Spermatogonial Stem Cells from Idiopathic Nonobstructive Azoospermia: A Bioinformatics Investigation Based on scRNA-seq Data 2025-Mar-18, Cytogenetic and genome research IF:1.7Q3 DOI:10.1159/000545275 PMID:40101697	研究论文	基于scRNA-seq数据，研究特发性非梗阻性无精子症中精原干细胞DNA损伤基因的生物信息学分析	揭示了PTN信号通路在精原干细胞发育中的重要性，并通过LASSO回归和Cytoscape中的MNC计算算法确定了ATRX、DOT1L和RUVBL2作为关键诊断基因	需要进一步研究以确认预测的潜在机制、通路和治疗靶点	探究DNA损伤与男性不育的详细关系及其在精原干细胞中的机制	特发性非梗阻性无精子症（NOA）和正常睾丸的精原干细胞	生物信息学	男性不育	scRNA-seq, WGCNA分析, LASSO回归, MNC计算算法	NA	单细胞RNA测序数据	特发性非梗阻性无精子症和正常睾丸的scRNA-seq数据集